甘蓝型油菜秦优10号杂交种纯度鉴定的SSR引物筛选

为了建立一套快速可靠的油菜杂交种纯度的鉴定方法,本文以秦优10号及其亲本、杂种ZZH2为试验材料,对前人开发的2对SSR引物（7号引物,9号引物）进行了再次筛选。结果显示,7号引物不但能很好地区别出混入杂交种中的亲本,还能将杂交种子的同母异父组合种子从杂交种中分离出来,能够用于鉴别秦优10号杂交种子的真伪;9号引物能区分出杂交种和母本,但不能区分开杂交种和父本。同时,本试验利用人工制成的秦优10号杂交种标准样（纯度为100%）以及7份大田鉴定不同纯度梯度的杂交种子对7号引物鉴定结果的准确性进行了验证,鉴定结果与大田鉴定结果基本一致。本文结果将为鉴定秦优10号杂交种纯度提供更准确的技术资料。     

用过氧化物酶同工酶和SSR标记鉴定中油杂12种子纯度

杂交种的纯度鉴定是油菜种子生产的重要环节。对甘蓝型油菜（BrassicanapusL.）杂交品种中油杂12及其父母本的过氧化物酶同工酶分析结果显示,父本和杂种F1比母本多一条迁移率（Rf）为0.41的条带,该特征条带可用来进行粗放杂种纯度鉴定,但是难以鉴定出父本杂株。选用173对SSR引物对中油杂12的亲本进行扩增,筛选出了6对扩增效果好的引物,其扩增条带清晰且亲本间的差异能够重复,其中P052、P130、P131和P154这4对SSR引物在杂种F1中可分别扩增出父母本的特征条带。在同一反应体系中同时加入P131和P154两对引物,发现扩增产物带型是单独采用这两对引物分别扩增时产物带型的叠加。对于混杂程度较高的种子,采用P131＋P154引物组合可以在工作量不变的条件下提高检测外来花粉的灵敏度,从而更加准确地鉴定中油杂12的种子纯度。对100份大田制种的中油杂12单株DNA分别用引物P131、P154以及引物组合P131＋P154进行SSR分析,鉴定结果完全一致,并且与田间鉴定结果非常接近。     

应用SSR分子标记鉴定甜瓜杂交种纯度的研究

摘要：本文以两个甜瓜杂交一代品种“东方蜜1号”、“东方蜜2号”及其亲本和若干同母异父的杂交组合为实验材料,利用SSR标记对甜瓜杂交种纯度快速鉴定的方法进行了研究。结果表明：SSR标记在甜瓜杂交种及亲本间具有较高的多态性,利用筛选出的SSR引物能够快速准确的区分出杂交种中混杂的母本自交系种子,对3批杂交种纯度的快速鉴定结果与大田鉴定结果一致。但是,利用筛选出的单一SSR引物不能完全区分开杂交种和与其同母异父的供试杂交组合,而用不同的引物组合能够将杂交种与大多数供试杂交组合区分开,但对于个别与杂交种遗传背景十分接近的杂交组合仍不能区分开。     

应用SSR分子标记鉴定甜瓜杂交种纯度

以甜瓜(Cucumis meio L.)杂交一代品种东方蜜1号、东方蜜2号及其亲本和7个同母异父的杂交组合为实验材料,利用SSR标记对甜瓜杂交种纯度进行了快速鉴定.结果表明,应用筛选得到的12对东方蜜1号SSR特异性引物及3对东方蜜2号SSR特异性引物可快速准确地鉴定出杂交种中混杂的母本自交系种子,且鉴定结果与大田鉴定结果基本一致.利用SSR引物组合MS48 MS60和MS4 MS20分别可以把东方蜜1号、东方蜜2号与其各自亲本及同母异父的7个杂交组合完全区分开.应用SSR引物组合的方法不仅能够有效地检测出混杂在杂交种中的母本自交系种子,也能检测出其它不明来源花粉所导致的生物性混杂,提高了甜瓜杂交种纯度检测结果的准确度.     

适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定及纯度鉴定图谱绘制

为了确定一套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心SSR引物，利用10个SSR引物对420份已知玉米杂交种进行DNA指纹分析。综合考虑多态性和杂合率两个指标，确定bnlg161和bnlg1450为玉米杂交种纯度鉴定的首选核心引物，利用这两个引物进行筛选，412个品种（占98%）能够找到具有杂合带型的鉴定引物；确定bnlg439、bnlg125、umc2105、umc1705、bnlg1792这5个引物为玉米杂交种纯度鉴定的备选核心引物；phi072、bnlg162和phi065因多态性或杂合率低，不推荐作为玉米纯度鉴定用引物。研究了纯度鉴定用特异引物的选择问题，并确定了部分品种的纯度鉴定用特异引物。基于以上研究结果，进一步筛选玉米杂交种的双亲互补型引物，建立已知玉米杂交种的纯度鉴定DNA指纹图谱。此外，对玉米杂交种纯度鉴定用核心引物及特异引物的选择标准进行了探讨。     

SSR标记评价西瓜品种的一致性

为了评价SSR标记对西瓜品种一致性鉴定的可行性,以及建立依据SSR标记的西瓜一致性鉴定标准,本研究采用11对西瓜SSR引物,检测了78个西瓜(Citrullus lanatus)品种以及2009～2013连续5个年度北京市西瓜区域试验97个品种的11个SSR标记位点的一致性比率。每个品种取48个个体,每条染色体上选取一个标记。通过统计11对核心引物对175个西瓜品种的检测结果以及不同品种在不同位点的一致性分布的特征特性,发现品种内的随机单株个体在不同引物位点中一致性分布情况都不一样,品种内单株的某一个SSR位点的一致性比率不代表这个品种的一致性,也不能简单的依据品种内个体的某一个SSR位点的一致性比率来评估这个品种的一致性,需要综合品种内随机单株个体11个位点的平均一致性比率来评价其一致性。综合分析西瓜11对SSR核心引物对175个品种一致性比率的统计结果,提出可以将SSR位点一致性比率作为评价西瓜品种一致性的辅助标准,判断西瓜品种的一致性时,需综合单个引物的一致性r和所有引物位点的平均一致性比率R两个指标进行评价,将西瓜品种一致性级别分为5级,并说明了利用SSR标记评估西瓜品种一致性的指标以及检测方法中需注意的细节,初步拟出西瓜一致性评估标准。     

利用复合杂交群体定位陆地棉产量性状QTL

以共同亲本渝棉1号分别与中棉所35和贝尔斯诺杂交F1代,再次杂交得到复合杂交群体.利用6 565对SSR引物对3亲本进行多态性引物筛选,获得92对多态性引物.以多态性引物检测复合杂交群体172个单株的标记基因型,共获得96个标记位点,其中4对引物产生两个位点.构建的遗传连锁图谱包括63个标记、19个连锁群,总长656.0 cM,标记问平均距离10.4 cM,覆盖棉花基因组14.8%.利用多QTL作图方法,以复合杂交群体F2株系的产量性状鉴定结果,检测到7个产量性状QTL,即1个单株铃数(BN)、2个单铃重(BW)、1个衣分(LP)、1个单株籽棉(SC)和2个单株皮棉(LC).7个QTL分布于4条D基因组染色体,其中第19染色体分布4个QTL.同时,不同亲本之间存在产量性状QTL等位基因的差异.     

适于玉米杂交种纯度鉴定的SSR核心引物的确定

为了确定一套适于玉米杂交种纯度鉴定的核心SSR引物,利用10个SSR引物对420份已知玉米(Zea mays)杂交种进行DNA指纹分析。综合考虑多态性和杂合率两个指标,确定bnlg161和bnlg1450为玉米杂交种纯度鉴定的首选核心引物,利用这两个引物进行筛选,412个品种(占98%)能够找到具有杂合带型的鉴定引物,确定5个引物bnlg439、bnlg125、umc2105、umc1705和bnlg1792为玉米杂交种纯度鉴定的备选核心引物。研究了纯度鉴定所用特异引物的选择,将特异引物分为两类:第一类是利用单个引物检测,某品种的基因型仅出现1次,将该引物作为该品种在特定品种范围内的特异引物,在420个品种中,累计29个品种具有第一类特异引物,其中umc1705和bnlg1450作为特异引物的次数最多,均为8个,phi072和phi065没有作为特异引物;第二类是根据引物基因频率表,将预测基因型频率低于2.40E-03(即1/420)的基因型作为特异基因型,除了phi072和bnlg161外,其它8个引物均可能成为具有特定基因型品种的第二类特异引物。利用推荐的7个纯度鉴定用核心引物可进一步筛选每个玉米杂交种的双亲互补型引物,建立了已知玉米杂交种的纯度鉴定DNA指纹图谱。     

杂交水稻亲本分子身份证及SSR指纹数据库的建立

本研究利用GB/T20396-2006推荐的48对SSR核心标记,对133份杂交水稻亲本(包括部分常规品种)进行SSR分析,根据引物在133份材料中扩增的片段大小,构建了各品种的分子身份证和指纹图谱,该身份证由48位数字或数字与字母组合组成,代表了48对引物在该品种中的扩增情况。将品种的身份证信息与品种的形态学特征特性等信息相结合,构建了具查询功能的SSR指纹网络数据库。该SSR指纹数据库除具有品种基本信息查询、品种分子身份证查询、品种间相似率查询和身份证核对等基本功能外,还可指导杂交水稻品种真实性和纯度鉴定,分析亲本间遗传相似性,为杂交稻新组合的选育提供亲本选配的参考。该数据库的建立,不仅为检测单位和育种工作者提供了一个便利的网络数据交换和共享平台,也为品种的选育、试验、管理、评价、仲裁提供技术支撑和科学参考。     

云南杂交玉米SSR标记核心引物的筛选及多样性分析

为降低合成引物成本,加快杂交玉米品种鉴定进程,筛选适用于云南玉米杂交种SSR标记鉴定的核心引物。本研究用玉米SSR标记鉴定规程中推荐的40对SSR引物对12个杂交玉米品种DNA进行扩增,筛选出多态性高、扩增效果好、稳定性好的20对引物,推荐其作为云南玉米杂交种特异性鉴定的核心引物。并用筛选的核心引物对云南220个杂交玉米材料进行多样性分析及评价。筛选的20对SSR引物在12个杂交玉米品种中共检测到216个等位变异,平均每对引物检测到10.80个。20对SSR核心引物在220个杂交玉米材料中共检测到236个等位变异,平均每对引物检测到11.80个;平均有效等位变异为3.158 8;平均Shannon-Weaver多样性信息指数为3.028 2。聚类分析表明,220个杂交玉米材料间的相似系数为0.62~0.95。以0.62为阈值可将220个杂交玉米材料划分为两大类群,第Ⅰ类群包括10个玉米材料,占4.5%;第Ⅱ类群包括210个玉米材料,占95.5%。本研究筛选的20对SSR引物多态性高、扩增效果好、稳定性好,可作为云南玉米杂交种特异性鉴定的核心引物。     

SSR和SRAP标记研究油菜杂交种骨干亲本的遗传多样性

用SSR和SRAP两种分子标记方法研究51份甘蓝型油菜杂交种亲本系的遗传多样性,并对两种分子标记研究结果进行比较。结果发现,在51份材料中,45对SSR引物共扩增出194条多态性条带,平均每对引物为4.3条,25对SRAP引物共扩增出197条多态性条带,平均每对引物为7.9条。UPGMA聚类分析表明,SSR和SRAP标记都可将51份亲本材料划分为五大类群,本所选育的玻里马细胞质雄性不育系（Polima CMS）的主要保持系和恢复系都聚在同一类群的不同亚群中。根据系谱资料分析发现,SRAP标记划分的类群与系谱资料更为接近,SRAP标记更适用于遗传关系较近材料的遗传多样性分析。SRAP标记揭示的亲本间遗传距离要大于SSR标记揭示的遗传距离。两种不同标记方法揭示出油菜亲本遗传多样性的差异主要是由不同的标记方法揭示的标记位点等位基因变异数不同造成的。     

利用SSR标记分析部分粳稻品种的遗传多样性

以我国16个粳稻品种为材料,包括水稻雄性不育系、恢复系、杂交种以及少量常规稻,从分布在水稻基因组的12条染色体上300对SSR引物中筛选出14对多态性丰富、重复性高的引物,这些引物在16份材料间共扩增出61个多态性片段,平均每对SSR引物可检测到4.36个等位基因。聚类分析表明:品种间遗传相似系数在0.57~0.97之间。生产中应用的BT型水稻雄性不育系与恢复系分别聚类于不同的类群,遗传关系较远。     

用SSR标记对水稻品种的分类研究

用20对SSR引物对培矮64s、N422s、108s、LS2s等4个不育系和55份严自不同生态型的恢复系进行分类研究，结果表明：供试材料DNA籼粳分化明显，聚类分析结果和用RFLP对供试材料的籼粳分化明显。聚类分析结果和用RFLP对供试材料的籼粳分类结果基本一致，而且者与形态分类的结果也基本一致，在所用的20对SSR引物中，有5对是籼粳特异的，其灿粳分辨率均在90％以上。     

Analysis of Genetic Diversity in the Brassica napus L. Gene Pool Using SSR Markers

Genetic diversity throughout the rapeseed (Brassica napus ssp. napus) primary gene pool was examined by obtaining detailed molecular genetic information at simple sequence repeat (SSR) loci for a broad range of winter and spring oilseed, fodder and leaf rape gene bank accessions. The plant material investigated was selected from a preliminary B. napus core collection developed from European gene bank material, and was intended to cover as broadly as possible the diversity present in the species, excluding swedes (B. napus ssp. napobrassica (L.) Hanelt). A set of 96 genotypes was characterised using publicly available mapped SSR markers spread over the B. napus genome. Allelic information from 30 SSR primer combinations amplifying 220 alleles at 51 polymorphic loci provided unique genetic fingerprints for all genotypes. UPGMA clustering enabled identification of four general groups with increasing genetic diversity as follows (1) spring oilseed and fodder; (2) winter oilseed; (3) winter fodder; (4) vegetable genotypes. The most extreme allelic variation was observed in a spring kale from the United Kingdom and a Japanese spring vegetable genotype, and two winter rape accessions from Korea and Japan, respectively. Unexpectedly the next most distinct genotypes were two old winter oilseed varieties from Germany and Ukraine, respectively. A number of other accessions were also found to be genetically distinct from the other material of the same type. The molecular genetic information gained enables the identification of untapped genetic variability for rapeseed breeding and is potentially interesting with respect to increasing heterosis in oilseed rape hybrids.     

Microsatellites and RAPD Markers to Study Genetic Relationships Among Cowpea Breeding Lines and Local Varieties in Senegal

Genetic diversity in local cowpea varieties and breeding lines from Senegal were studied using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and microsatellite (SSR) techniques. Among the 61 RAPD primers used, twelve show polymorphism. Fifteen of the 30 microsatellite primer pairs were polymorphic, detecting one to nine alleles per locus. The RAPD and SSR data were analyzed both separately and in combination to assess relationships among genetic lines. Although RAPD provided information on levels of genetic diversity, microsatellite markers are most effective in determining the relationship among cowpea accessions and varieties. The SSR results support the genetic diversification of cowpea in Senegal and underscore their potential in elucidating patterns of germplasm diversity of cowpea in Senegal. An erratum to this article is available at .