毛头鬼伞中一条新28S rRNA的发现及其同源性分析

本研究从担子菌毛头鬼伞（Coprinus comatus）菌丝中分离获得一条新的28S rRNA序列,序列长度为906bp（GenBank accession No.GU568178）。该序列是我们前期在从毛头鬼伞中克隆一种烟草花叶病毒（TMV）的抗性蛋白基因y3时意外获得的一条非目的条带。将此获得的序列通过NCBI的BLAST,以及与其同源序列进行Clustal w和MEGA聚类分析,证实该序列是28S rRNA,同时还发现毛头鬼伞的系统进化关系比较离散。此外,在这一新28S rRNA与TMV的抗性蛋白基因y3之间发现有两个同源区段有可能是PCR扩增y3基因时出现非目的条带的原因。在这两个同源区段中,其一区段与克隆y3基因时所用的PCR引物之一有较高的相似性,另一区段也是一般PCR引物的类似物。本研究中新28S rRNA序列的获得是PCR扩增中出现非目的条带的新例,该序列的发现及聚类分析的结果有助于真菌基因组学研究及真菌生物分子分类系统的建立。     

蓝粒小麦4Ag染色体的显微分离与鉴定

本研究采用显微分离技术从蓝粒小麦(Triticum aestivum L.(2n=6x=42)×Thinopyrum ponticum Liu &Wang(2n=10x=70))根尖细胞中期分裂相中分离出具有4Ag染色体形态特征的单条染色体,对分离后的细胞进行原位杂交(FISH),结果显示细胞中所剩的和显微分离到的单条染色体均为4Ag染色体.利用Sau3A接头介导的PCR方法对分离出的单条4Ag染色体进行体外扩增,扩增的DNA片段大小约为200～2 000 bp,主要集中在250～750 bp之间.以DIG-dUTP标记的蓝粒基因组DNA为探针,与该扩增产物进行Southern杂交,结果表明显微分离出的染色体得到了有效的扩增.利用该分离染色体的PCR扩增产物为探针,对蓝粒小麦进行原位杂交,证明显微分离的染色体体外扩增片段确实来源于4Ag染色体.本研究拓宽了染色体显微分离的范围,为构建4Ag染色体文库和克隆位于该染色体上的重要农艺性状基因提供了新途径.     

鸡端粒酶RNA基因的克隆

本研究采用扩增条件优化的PCR扩增技术,以MDCC-MSB1细胞基因组DNA为模板扩增出鸡端粒酶RNA（chicken telomerase RNA,chTR）全长基因,克隆到pMD18-T载体中,经酶切鉴定和PCR鉴定后测定序列。序列分析表明所克隆的鸡端粒酶RNA基因全长465bp,其中模板区的11个核苷（5＇-CUAACC-CUAAU-3＇）合成端粒亚单位（TTAGGG）n。chTR基因的克隆为进一步研究chTR在马立克氏病发病过程中的作用以及马立克氏病的发病机制提供可能的序列基础。     

巴西橡胶树4个环锌指蛋白基因（HbRZF）的物理定位

本文利用原位PCR技术和荧光原位杂交技术,对巴西橡胶树4个环锌指蛋白基因（HbRZF）在染色体的位置进行了物理定位分析。结果表明：用原位PCR技术检测到的HbRZF1和HbRZF3扩增信号分别定位于巴西橡胶热研7-33-97品种的第6号和第5号染色体长臂上,信号距着丝粒平均百分距离分别是45.76±3.18和66.33±0.75,信号检出率分别为28.79%和36.70%。用荧光原位杂交技术检测到的HbRZF2和HbRZF4探针信号分别位于第3号和7号染色体长臂上,信号距着丝粒平均百分距离分别为22.25±1.02和40.64±1.44,两种信号同时检出的机率为12.18%。本研究还对这些基因与其他定位的基因之间的连锁关系进行了讨论。     

AA肉种鸡胚胎性疾病的病原学研究及主要病原的PCR 检测

2004年6月份以来，山东某一大型AA父母代肉种鸡场孵化场出现胚胎死亡、弱雏增多、孵出的雏鸡30日龄左右免疫应答不良、生长缓慢等症状。为了探明其病因，作者通过流行病学调查和病原学检查，结果表明造成该病的主要原因是由禽波氏杆菌(Bordetella avium)、沙门氏菌(Salmonella)、大肠杆菌(Escherichia coli)、支原体(滑液囊和鸡败血支原体)及鸡传染性贫血病病毒（CIAV）和病毒性关节炎病毒（VAV）共感染种鸡后，由种蛋垂直传播到鸡胚、雏鸡造成的。同时对其主要病原禽波氏杆菌进行了16S rRNA基因的扩增，结果扩增出783 bp的目的条带; 通过PCR对CIAV VP3基因及VAV S1基因进行扩增，结果分别扩增出582和532 bp的目的条带，其PCR产物均分别能与相应的探针杂交，呈现阳性反应。     

芸薹属A基因组DNA封阻下的C染色体组核型分析

为了探索一种高效可靠的芸薹属植物核型分析方法,本文以甘蓝和白菜为实验材料,分别提取甘蓝基因组DNA用地高辛标记为探针,提取白菜基因组DNA作为封阻剂,对甘蓝有丝分裂中期染色体进行原位杂交,每对同源染色体上显示出了特定的原位杂交信号,将甘蓝的9对染色体进行了精细的分型。为区分像甘蓝这样的小型染色体提高了一条可行且精确的方法,并为研究甘蓝自交不亲和性信号传导相关基因在染色体上的定位奠定重要基础。     

应用牙釉蛋白(AML)基因鉴别牛早期胚胎性别

牛牙釉蛋白（AML）基因定位于牛X染色体和Y染色体上的同源区域.实验根据牛X、Y染色体AML基因第五内含子上序列同源性只有45.1%以及X、Y染色体该区段之间存在多处碱基缺失的特点,合成了1对性别特异性引物.该引物经扩增后母牛只得到1条467 bp的来自X染色体的扩增条带,而公牛能得到1条源自X染色体的467bp片段的扩增条带和1条源自Y染色体的341 bp的扩增条带.经基因组DNA验证,该引物的公母鉴定准确率为100%,同时该对引物具有高度的牛特异性.定量分析AML基因引物的反应灵敏度,发现1次PCR（30个循环）能扩增出0.5ng的基因组DNA,2次PCR（共50个循环）能扩增出20pg的基因组DNA.将AML基因引物与SRY基因引物的反应灵敏度相比较,结果表明前者的灵敏度比后者的高8～10倍.用AML基因反应体系鉴定了26枚优质胚胎,其中24枚有扩增结果,13枚鉴定为公牛,11枚鉴定为母牛.     

丝瓜18S rRNA基因克隆及其作为内参基因的应用

选择合适的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)准确性的重要条件。18S r RNA基因表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于实时荧光定量PCR中。为了获得丝瓜18S r RNA基因,并设计合适的荧光定量PCR内参引物,解决丝瓜实时荧光定量PCR检测中无内参基因的现状,通过PCR和序列测定,首次克隆到了丝瓜的18S r RNA基因序列,其长度为1 862 bp,Gen Bank登录号为KM656452。在此基础上设计1对荧光定量PCR引物,该引物特异性强,扩增效率高,在丝瓜各生长发育阶段及各种非生物胁迫条件下均能稳定表达,适合在丝瓜基因表达研究中作为内参基因。该研究结果可为开展丝瓜重要功能基因的表达模式和调控机制的研究奠定基础。     

利用实时荧光定量PCR筛选新蚜虫疠霉内参基因

内参基因的准确选择是利用实时荧光定量PCR进行准确分析基因相对表达量的前提。虫霉目真菌新蚜虫疠霉(Pandora neoaphidis)是重要蚜科专化性病原真菌,经常引发多种作物上蚜虫种群的流行病。本研究通过实时荧光定量PCR分析了新蚜虫疠霉ARSEF 5403中3个传统管家基因18Sr RNA(18S)、28Sr RNA(28S)和延伸因子1α相似蛋白(elongation factor-1 alpha-like protein,EF1)m RNA表达差异情况,并利用ge Norm、Norm Finder和Best Keeper软件综合分析了其在4个生长阶段(分生孢子、萌发管时期、短菌丝和长菌丝)和3种营养条件(GLEN培养基、OS-SDB培养基和Grace培养基)下表达的稳定性。结果表明,基于公共数据库序列设计的候选内参基因的引物具有良好的扩增效率和特异性。经ge Norm软件分析,新蚜虫疠霉在不同生长阶段和不同营养条件下3个候选内参基因的平均表达稳定性(M值)分别为:18S(0.457)28S(0.534)EF1(0.749)和18S(0.389)28S(0.557)EF1(0.607)。利用Norm Finder软件分析,新蚜虫疠霉不同生长阶段和不同营养条件下3个候选内参基因的平均M值分别为:18S(0.084)28S(0.264)EF1(0.509)和18S(0.118)28S(0.355)EF1(0.403)。而Best Keeper软件分析得到的稳定性等级有所差异,在不同生长阶段和不同营养条件下候选内参基因28S表达最稳定,18S次之,EF1最不稳定。综合分析3款软件对荧光定量PCR结果的稳定性等级的平均值,得出在不同生长阶段和不同营养条件下候选内参基因18S表达最为稳定。筛选出的18S可作为分析新蚜虫疠霉基因表达差异的一个较为可靠的内参基因,同时为后续研究新蚜虫疠霉的生长、毒力相关基因的表达分析研究提供技术支持。     

牡丹实时定量PCR分析中内参基因的选择

实时荧光定量PCR(qPCR)是目前研究基因定量表达的重要方法,根据特定实验材料及条件选择qPCR分析中合适的内参基因对于准确校正目的基因的表达至关重要。本研究以牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.)不同组织(根、茎、叶和花瓣)、切花开放不同时期及不同处理(乙烯或葡萄糖处理)的花瓣为材料,利用qPCR技术探讨了5种常用看家基因:β-微管蛋白基因(β-tubulin)、泛素基因(ubiquitin)、甘油醛-3-磷酸-脱氢酶基因(GAPDH)、肌动蛋白基因(actin)及18S核糖体RNA(18S rRNA)的表达情况,各看家基因均能特异扩增并显示较高的扩增效率。经geNorm和NormFinder程序统计学计算处理,综合分析结果显示,在牡丹不同组织或切花开放不同时期花瓣中,ubiquitin表达最为稳定;在不同处理的切花花瓣中,GAPDH表达最为稳定,二者分别适宜作为相应条件下的内参基因。本研究认为,各实验条件下使用ubiquitin和GAPDH两个表达最稳定的基因组合,即可获得更为精确的基因表达结果。本研究结果对牡丹中关键基因的定量表达分析具有重要的实用价值。     

鸭瘟病毒UL28基因的克隆、鉴定及序列分析

对已构建的鸭瘟病毒（DPV）DNA基因文库重组质粒序列测序后,结合ORF Finder和BLAST工具分析得到了DPVUL28基因的开放阅读框。PCR扩增后将其连接至pMD18-T克隆载体,获得完整基因。经测序、PCR和双酶切鉴定,进一步用核酸探针斑点杂交确认完整片段（ORF2412）属于DPVDNA（GenBank登录号EF643557）。运用生物信息学分析软件NNPPversion2.2、Translate tool、DNAStar等分析序列特性,并用EMBOSS软件包的CHIPS和CUSP程序分析密码子使用情况。结果显示,其具有疱疹病毒_UL28类似家族成员的典型特征,包含1个保守结构域：疱疹病毒加工和组装蛋白（PRTP）,并含有多个与功能相关的磷酸化和N-糖基化位点,编码多肽疏水区大于亲水区,是一种膜外蛋白。DPVUL28基因与禽类疱疹病毒（α-疱疹病毒）的亲缘关系最近。UL28基因在密码子选择使用上显示出较强的偏爱性。     

尖孢镰刀菌异核体及其不同核型分离子rDNA ITS区序列分析

选取从河南棉花上分离的尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f.sp.vasinfectum）异核体菌株Ag149及其两个表型差异显著的同核型分离了Ag149－Ⅰ和Ag149－Ⅲ为材料，对它们的核糖体基因ITS区段进行测序分析。结果表明，供试菌株核糖体基因ITS区段碱基组成完全相同，与GenBank中镰刀菌的ITS区序列进行同源性比较发现，属内种间的同源性在34％－99％之间，而大部分尖孢镰刀菌种内不同菌株之间的同源性均在98％以上。序列分析表明，ITS区对镰刀菌属内种间的差异鉴别具有参考价值，但看来并不适合尖孢镰刀菌内或种以下水平的鉴定和分类。     

甘蔗茎RNA提取方法的比较

以甘蔗茎为材料,分别用异硫氰酸胍法与Trizol提取法,比较从蔗汁、蔗渣和汁渣混合物匀浆中提取甘蔗茎总RNA的效果。结果表明,从蔗汁和汁渣混合物匀浆中提取到28S rRNA、18S rRNA和5S rRNA,而蔗渣中仅提取到5S RNA;蔗汁中提取的mRNA,其转录水平可代表甘蔗茎mRNA的转录水平;异硫氰酸胍法提取的蔗汁总RNA纯度和产量均优于Trizol提取法的。     

毛竹qRT-PCR分析中内参基因的选择

实时荧光定量PCR(quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)是目前研究基因表达的常用方法,而在特定的实验材料及条件下选择合适的内参基因是准确分析目标基因相对表达量的首要条件。本研究以毛竹(Phyllostachys edulis)的根、茎、叶和笋等器官和组织为实验材料,通过qRT-PCR技术对5种常用内参基因:甘油醛-3-磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)、肌动蛋白(actin,ACT)、热休克蛋白(heat shock protein,HSP)、18S核糖体RNA(18S ribosomal RNA,18S r RNA)和真核起始因子4α(eukaryotic initiation factor 4α,e IF-4α)在毛竹不同器官和组织中的表达情况进行了分析。经Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper 3个软件对比分析发现,对5种常用内参基因而言,在利用qRT-PCR分析比较毛竹不同叶片之间的基因表达差异时,可选取e IF-4α作为校正内参基因;比较笋不同部位之间的基因表达差异时,可选取18S r RNA或ACT作为校正内参基因;而比较毛竹根、茎、叶不同器官组织分化中的基因表达差异时,可选取18S r RNA作为校正内参基因。而上述发现与多数文献中把ACT作为毛竹唯一内参基因的研究不一致。本研究为在毛竹qRT-PCR分析中选择合适的内参基因提供了理论依据。     

小麦背景中披碱草部分染色体的FISH鉴定

为了建立小麦背景中粗穗披碱草(Elymus trachycaulus)和纤毛披碱草(Elymus ciliaris)染色体的跟踪鉴定方法,本研究利用寡聚核苷酸Oligo-pSc119.2-1和Oligo-pTa-535-1为探针的双色荧光原位杂交(FISH)和以(GAA)₈为探针的单色FISH,分别对4个小麦-粗穗披碱草附加系和5个小麦-纤毛披碱草附加系染色体进行分析。结果发现,经与小麦FISH核型比对后,建立了可用于追踪小麦背景中粗穗披碱草1S^t、5H^t、6H^t和7H^t染色体的标准FISH核型;而纤毛披碱草S^c和Y^c染色体FISH信号较弱。FISH检测发现,小麦-粗穗披碱草1S^t附加系自交自发变成了1S^t(1BS·3BL)代换系,且在其染色体组中检测到了一对T1BL·3BS易位染色体,同时发现5AS端部寡聚核苷酸Oligo-pSc119.2-1序列发生了删除。另外,在小麦-粗穗披碱草5H^t附加系中发现2B染色体短臂末端删除现象,形成了2B-del和2BS-4AS·4AL易位染色体,而另一条2B和4A为正常的完整染色体。这种染色体结构重排事件表明,部分小麦-远缘物种附加系细胞学并不稳定,因此,繁种前后应对材料进行单株细胞学鉴定。上述小麦-粗穗披碱草染色体结构变异体的获得,为研究染色体结构重排与基因转录表达和表型变化的关系提供了研究基础。     

草鱼MYH mRNA表达量分析中采用的内参基因稳定性比较

本研究分别以β-actin、18SrRNA和GAPDH为内参基因,采用实时荧光定量PCR对草鱼早期发育时期肌球蛋白重链（myosin heavy light,MYH）基因的mRNA表达量进行分析,并比较不同内参基因对MYH基因mRNA表达水平检测结果的准确性。研究结果表明,以β-actin和GAPDH作为内参,MYH基因mRNA表达水平完全一致,其表达量从原肠到仔鱼阶段逐次递增,仔鱼与原肠期阶段相比表达量差异显著;当采用18S rRNA作为内参时,MYH基因mRNA在发育阶段的表达量呈不稳定状态。因此,β-actin和GAPDH均可作为内参基因,用于草鱼早期发育中MYH基因mRNA的相对定量研究;而18S rRNA作为内参时,可能会对检测结果造成偏差。本研究不仅准确的揭示了草鱼MYH基因mRNA的表达特征,并且为荧光定量PCR技术在鱼类基因表达研究方面提供了有价值的参考。     

松材线虫与拟松材线虫rDNA中ITS区的比较研究

本研究利用PCR－RFLP和DNA测序技术分析了松材线虫和拟松材线虫rDNA中的ITS区。ITS区界于rDNA的18S和28S基因之间,并被5.8S基因分为ITS1和ITS2两个区。5种限制性内切酶酶切结果表明,松材线虫和拟松材线虫rDNA的ITS区存在着显著的差异;在松材线虫不同来源株系中,来自中国和日本的株系的酶切图谱一致,与来自加拿大的株系有着微小差别。对南京和日本的松材线虫及富阳的拟松材线虫株系ITS1区的序列分析显示在ITS1的280bp中,南京和日本的松材线虫株系之间,同源性高达99.7%,而来自富阳的拟松材线虫与南京和日本的松材线虫ITS1区序列的同源性相对较低,分别为90％和89.6%。     

柳枝稷根组织实时定量PCR分析中内参基因的选择

选择表达稳定性高的内参基因是提高实时荧光定量PCR分析(qRT-PCR)准确性的重要条件。本研究以能源植物柳枝稷(Panicum virgatum L.)根组织为材料,通过不同非生物条件胁迫,利用qRT-PCR技术检测UBQ1(泛素基因)、ACT2(肌动蛋白基因)、UBQ2(泛素基因)、TUB(β微管蛋白基因)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸-脱氢酶基因)、CBP20(类胡萝卜素结合蛋白基因)、UCE2(泛素接合酶基因)、18S rRNA1(18S核糖体RNA基因)、NAC(NAC域蛋白基因)和CYP2(亲环蛋白基因)10个内参基因的mRNA的表达情况,并运用Delta-Ct method,Genorm(ver.3.5)、Bestkeeper(ver.1.0)和NormFinder(ver.0.953)软件综合分析10个内参基因的表达稳定性。结果显示,在不同的非生物环境胁迫条件下,最适合作为柳枝稷根组织研究的内参基因各不相同。10个内参基因平均表达稳定由高到低排序为:ACT2,TUB,UCE2,CBP20,CYP2,UBQ2,18S rRNA1,NAC,UBQ1,GAPDH。在干旱胁迫条件下,ACT2基因表达稳定性最高;在盐胁迫和热胁迫条件下,18S rRNA1基因表达稳定性最高;在冷胁迫和涝胁迫条件下,ACT2基因表达稳定性最高。经软件综合分析显示,ACT2、TUB和UCE2基因最适合作为柳枝稷非生物胁迫研究的内参基因;UBQ1和GAPDH基因最不合适作为内参基因。该研究结果可用于柳枝稷非生物胁迫下各种基因表达的进一步研究。     

结晶纤维素降解细菌的筛选、分离与鉴定

采用以结晶纤维素（Avicel）为唯一碳源的平板活性筛选法,从60份森林腐殖土、腐术样品中分离得到2株在pH5．0、37℃条件下高效降解结晶纤维素的细菌菌株GXN152和GXN153。以菌株的总DNA基因为模板,用细菌的16S rRNA基因的通用引物扩增得到菌株GXN152和GXN153的16S rRNA基因序列。测序分析表明菌株GXN152的16S rRNA基因序列和洋葱假单胞菌（Burkholderia cepacia）菌株CNR22的16S rRNA基因序列的同源性最高,具有98％的同源性,生理生化特性检测表明菌株GXN152具有洋葱假单胞菌的鉴别特征,将结晶纤维素降解菌GXN152鉴定为洋葱假单胞菌。菌株GXN153的16S rRNA基因序列和类芽孢杆菌（Paenibacillus favisporus）菌株GMP01的16S rRNA基因序列的同源性最高,具有99％的同源性,生理生化特性检测表明菌株GXN153具有类芽孢杆菌的鉴别特征,将纤维素降解菌GXN153鉴定为类芽孢杆菌。     

芸薹属A基因组DNA封阻下的甘蓝C染色体组核型分析

为探索一种高效可靠的芸薹属植物核型分析方法,以甘蓝(Brassica oleracea)和白菜(B.pekinensis)为材料,提取甘蓝基因组DNA用地高辛标记为探针,提取白菜基因组DNA作为封阻剂,对甘蓝有丝分裂中期染色体进行原位杂交.结果表明,甘蓝每对同源染色体上均显示出了特定的原位杂交信号,依据信号特征成功地将甘蓝9对染色体进行了精细的分型.为甘蓝等小型染色体的核型分析提供了一条可行且精确的方法.