基于SRAP标记的大蒜种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记技术对18个大蒜群体的遗传多样性进行分析,用Popgene 32软件计算遗传多样性参数,并采用NTSYS pc 21-2软件进行种质间的UPGMA聚类分析和基于遗传一致度的群体间聚类分析。结果表明,22对引物扩增出161条多态性条带,引物的多态性信息指数(PIC)在0.635 7～0.889 7之间。种质间的平均Nei’s遗传多样性指数(H)为0.434 8,平均Shannon’s信息多样性指数(I)为0.623 3,基因分化系数(Gst)为0.360 4,基因流(Nm)为0.887 4。群体间的遗传一致度范围为0.633 5～0.974 4,遗传距离范围为0.025 9～0.456 4,Nei’s基因多样性(H)介于0.144 1～0.355 7之间,Shannon’s信息指数(I)在0.210 3～0.529 7之间。采用NTSYS-sp 2.1软件构建UPGMA聚类图,大蒜种质间和群体间分别在遗传相似系数为0.58和0.83时将供试材料分为五类,其中I类又可分为7个亚类,该聚类结果主要由品种差异决定,受地域影响较小。     

基于SRAP分子标记的黑龙江紫苏种质资源遗传多样性分析

为研究紫苏遗传多样性,后续选育紫苏新品种,本研究运用SRAP分子标记方法,通过使用21对SRAP引物对100份紫苏种质资源进行SRAP分子标记遗传多样性分析。结果显示100份紫苏样品,紫苏种质遗传多样性单群体观察等位基因(Na)为1.976 6,有效等位基因数(Ne)为1.685 9,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.388 3,Shannon信息指数(I)为0.567 6,表明紫苏种质遗传多样性较为丰富。紫苏种质遗传多样性多群体观察等位基因(Na)为2.500,有效等位基因数(Ne)为1.980,Nei’s遗传多样性指数(H)为0.495,Shannon信息指数(I)为0.711。组间显著性为0.03,差异性较大,说明各群体之间遗传差异性大;组内差异不显著,说明组内群体遗传纯合度高。试验结果为紫苏种质资源的精准评价、核心种质的构建和紫苏品种的选育提供数据支撑。     

基于SSR分子标记的41份茶树种质资源遗传多样性及亲缘关系分析

为了对豫南茶树种质资源进行初步鉴定和评价，以豫南茶树种质资源圃内41份无性系品种为材料，利用SSR分子标记技术进行遗传多样性及亲缘关系分析。结果表明：从33对引物中筛选出26对扩增较好的引物，26对引物共扩增出102条谱带，平均每对引物扩增条带4条，最少为2条，最多为7条，检测的平均观测等位基因数2个，平均有效等位基因数1.8664个，平均Nei’s遗传多样性0.4626，平均Shannon信息指数0.6550，引物多态信息量最大值0.80，最小值0.23，平均值0.62。聚类分析结果显示，在相似系数为0.5处，将41份材料分为4大类群，地理来源和遗传背景相近的大都聚在一起，供试品种的遗传距离为0.08～1.87，说明资源圃内品种间遗传基础较宽。     

采用AFLP和SSR标记对扁蓿豆遗传多样性进行比较分析

为了筛选出优异的扁蓿豆育种新材料,本研究采用AFLP和SSR分子标记技术对来自于中国7个省市自治区的15份扁蓿豆种质资源进行遗传多样性的比较分析,结果表明:18对SSR引物扩增出109个多态位点,8个AFLP引物组合扩增出640条带,其中472条多态带.AFLP标记的平均Nei′s遗传多样性指数、Shannon多样性指数和遗传分化系数均高于SSR标记.15份扁蓿豆种质的遗传距离和遗传相似系数与地理类群很接近.AFLP和SSR数据的聚类分析显示:15份扁蓿豆种质分为4大类,但是聚类结果与地理类群不完全相符,主成分结果与聚类结果相似,Mantel 检测表明:AFLP和SSR数据有较高的显著相关性,AFLP和SSR标记能够有效地对扁蓿豆进行遗传多样性分析,其结果为扁蓿豆育种和资源保护具有指导意义.     

黄淮海50份大豆种质资源SSR遗传多样性分析

利用42对SSR标记对黄淮海地区的50份大豆种质材料进行遗传多样性分析。结果表明,从供试材料的基因组中扩增出203条带,多态性条带198个,多态位点百分率(PPB)为97.54%。平均等位基因数(Na)为1.952 4,平均有效等位基因数(Ne)为1.417 2,平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.267 2。遗传多样度(Ht)为0.270 4,居群内遗传多样度(Hs)为0.259 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.141 7,基因流(Nm*)为3.03。黄淮海北部大豆种质的有效等位基因数(Na)、Nei’s基因多样性指数(H)、Shannon’s信息指数(I)均大于黄淮海南部。研究表明,42对SSR引物具有丰富的多态信息。经UPMGA聚类分析,50份黄淮海大豆种质材料分为2个类群,与2个居群结构基本一致。居群间遗传距离较小,相似系数较大,存在中低度遗传分化。居群内部个体差异较大,居群之间存在丰富的基因交流。黄淮海北部大豆种质资源的遗传多样性较黄淮海南部高,黄淮海北部大豆种质资源较为丰富。     

基于ISSR标记分析连云港地区野生灵芝种质资源遗传多样性及亲缘关系

为分析连云港地区野生灵芝种质资源之间的亲缘关系和多样性水平,以连云港地区15株野生灵芝为研究对象,采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。15株野生灵芝中扩增出多态性条带为40条,片段大小在250～2000 bp之间,平均等位基因位点1.8个,平均有效等位基因数1.2454,平均Nei’s遗传多样性0.1742,平均Shannon信息指数0.2925,有效等位基因数(Ne)的变化范围为1.0000～1.6423,Nei’s遗传多样性(He)的变化范围为0.1031～0.3911,Shannon信息指数(I)的变化范围为0.2235～0.5799,根据ISSR分子标记的遗传聚类图,15株灵芝相似系数范围在0.415～0.866之间,相似系数为0.63时,可以将15株野生灵芝分为四组。研究结果为连云港地区灵芝种质资源分类、保护和品种创制提供了参考依据。     

基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析

本研究旨在了解21份国内外红甜菜品种的遗传多样性及其演化地位。利用Indel和SSR分子标记，对21份红甜菜遗传多样性研究。结果表明，InDel标记共得到25个基因位点，24个位点具有多态性，Shannon’s信息指数平均值为0.583，Nei’s基因多样性指数平均值为0.370，等位基因K为2~4个，平均2.4个，平均观测杂合度为0.235，期望杂合度0.398，多态信息含量PIC值为0.330；SSR标记共扩增出28个基因位点，全部具有多态性，平均每个标记扩增出3.5个多态性基因位点，Shannon’s 信息指数平均值为0.926，Nei’s基因多样性指数平均值为0.548，等位基因K为2~7个，平均4.625个，平均观测杂合度0.399，期望杂合度0.587，多态信息含量PIC值为0.523。本研究发现红甜菜品种大多因亲缘关系较近，因此在选育新品种时，建议尽量选择遗传距离较远的品种作为亲本。     

基于ISSR分子标记的华北蓝盆花遗传多样性分析

本研究利用ISSR分子标记技术和NTSYSpc2.10e软件、PopGen32软件对华北蓝盆花自然居群进行遗传多样性和亲缘关系初步研究,研究结果显示：64份样本用8条引物共扩增出119条谱带,平均每条ISSR引物扩增出14.9条,种群水平的多态条带百分率(PPB)为56.30%～73.11%(均值为63.55%)。8个华北蓝盆花居群的观察等位基因(Na)均值为1.635 5,有效等位基因数(Ne)均值为1.376 3,Shannon信息指数(I)均值为0.329 7,Nei’s基因多样性指数(He)均值为0.219 8,说明8个华北蓝盆花居群的遗传多样性属中等水平;种群间的遗传分化系数(Gst)均值为0.362 7,居群内遗传分化大于居群间遗传分化。基因流Nm均值为0.8784,居群间基因交流较少;遗传距离在0.108 8～0.274 1之间,遗传一致度在0.772 6～0.896 9之间,UPGMA聚类分析8个华北蓝盆花居群分为两大类,第一大类包括陈巴尔虎旗、伊尔施、圣水梁、小井沟4个居群,第二大类包括南天门、哈达门、辉腾锡勒、霍林郭勒4个居群。本研究结果为蒙药蓝盆花的种质资源的保护...     

广西古蓬,水浪种源马尾松天然林的ISSR分析

摘　要：　利用ISSR分子标记技术对广西古蓬和水浪两个种源区的马尾松天然林中共85个样品进行遗传多样性分析,从100个ISSR引物中共筛选出10个多态性引物,对这85个马尾松个体进行PCR-ISSR扩增,其中古蓬47个样品三个组共检测到192个位点,其中多态位点数为177个,水浪38个样品两个组共检测到168个多态位点。对两个种源马尾松采用POPgene 32 软件进行分析,结果表明：在古蓬马尾松天然林群体内,总的多态位点百分率（P）为94.35%,总的Shannon信息指数（I）为0.4278,Nei’s基因多样度指数（h）为0.2765;而水浪种源的马尾松群体内,总的多态位点百分率（P）为94.38 %,总的Shannon信息指数（I）为0.5190,Nei’s基因多样度指数（h）为0.3510;表明种水平的遗传多样性较高。古蓬马尾松组间的基因分化系数（Gst）为0.0481,水浪的为0.0363。表明马尾松的主要变异存在于组间,古蓬3个组的基因流为9.8877。水浪两个组的基因流为13.2643,表明基因流不是引起马尾松组间分化的主要因素。     

‘寒富’ב四倍体嘎拉’苹果的三倍性杂交后代ISSR和AFLP分析

利用ISSR及AFLP分子标记技术研究了‘寒富’ב四倍体嘎拉’苹果的7份三倍性后代及其亲本的遗传变异。结果表明ISSR扩增得到的遗传多样性指数中扩增多态性比率(PPB)为60.00%,观察等位基因数(Na)为1.600,有效等位基因数(Ne)为1.420,Nei’s基因多样性指数(H)为0.236,Shannon信息指数(I)为0.346;均小于AFLP扩增的遗传多样性指数66.54%、1.665、1.421、0.240和0.357。根据ISSR和AFLP得到的UPGMA聚类图显示这7份三倍性杂交后代倾向于母本‘寒富’。在三倍性苹果遗传多样性检测上AFLP优于ISSR,且这7份三倍性新种质在遗传上倾向于母本遗传。为三倍性苹果育种的亲本选择提供依据。     

内蒙古胡麻地方品种资源遗传多样性分析

为了揭示内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记对23份胡麻地方品种进行了遗传多样性分析。结果表明：胡麻25.0μL SRAP-PCR最佳反应体系为10μmol/L正反向引物0.3μL、2×Taq Master Mix 9.0μL、DNA模板量40ng;18对SRAP引物扩增得到219个条带,平均每对引物扩增的条带为12.17,多态性条带为136,多态性比率为62.10%,观测等位基因数为2.00,平均每个位点有效等位基因数1.59,多态性信息量（PIC）平均为0.61;有效等位基因数（N_e）、香农信息指数（I）和Nei’s遗传相似系数（H）分别为1.5630、0.6715和0.4738;在遗传相似系数0.55处供试胡麻分为两大类,在遗传相似系数0.38处,第一大类群分为3个亚群。结论认为,内蒙古胡麻地方品种的遗传多样性丰富,同一个地区培育的胡麻品种亲缘关系较近。     

云南野生大蜜蜂(Apis dorsata)群体遗传多样性的微卫星分析

为了阐明大蜜蜂的群体遗传特征,评价云南地区大蜜蜂的遗传多样性,本研究利用14对微卫星引物对采自云南省的35群野生大蜜蜂进行了群体遗传变异检测和遗传多样性分析。在大蜜蜂群体中共检测到51个等位基因,平均等位基因数为3.642 9,平均有效等位基因数2.809 2,平均期望杂合度为0.573 0,平均多态信息含量为0.524 3。根据Nei’s遗传距离用UPGMA方法对35群大蜜蜂进行亲缘关系分析,结果聚为A,B,C,D共4个支系。结果表明云南大蜜蜂群体遗传多样性相对贫乏,分化程度较低。     

7个柱花草品种的AFLP和SSR遗传多样性分析

旨在阐明不同柱花草品种的遗传差异。利用AFLP、SSR两种分子标记技术对7个柱花草品种进行遗传多样性分析。12对AFLP引物组合共扩出966个条带,其中多态性条带有850条,平均每对引物的多态性条带为70.8条,多态性比率为87.99%。10对SSR引物共扩出26个条带,其中多态性条带有23个,多态性比率为88.46%;10对引物的观察杂合度(Ho)的范围是0~0.7143,平均为0.1857,Shannon’s遗传多样性指数(I)平均值为0.6545,平均多态性含量(PIC)为0.727。根据非加权成对平均数法(UPGMA)进行聚类分析,获得品种聚类树形图,AFLP与SSR分析的聚类图相似性显著,7个品种明显分成两类。‘矮柱花草’与‘西卡柱花草’的遗传关系最为疏远,‘奥克雷柱花草’与‘爱德华柱花草’、‘格拉姆柱花草’与‘热研5号柱花草’关系最为密切。     

越橘种质资源的CDDP遗传多样性及聚类分析

分析保守DNA序列多态性(CDDP)标记在蓝莓中的分布及其与生物性状之间的联系,为蓝莓种质的科学评价和合理开发提供理论指导及技术支持。通过筛选多态性丰富的CDDP引物,对32份蓝莓种质资源的基因组DNA进行扩增,根据统计结果分析品种的遗传多样性及聚类关系。共筛选出17条多态性高、产物清晰易辨的CDDP引物。32份样品共检测到207条带,其中多态性条带188条,比例为90.82%,特异条带17条,比例为8.21%。可以用2条引物组合完全区分32种蓝莓。在种群水平上,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数分别为1.59、0.37和0.56。样本间的遗传相似系数范围在0.44~1.00之间,平均为0.73。在相似系数为0.69时,32个蓝莓种质分为3类,野生种笃斯越桔单独聚为一类,矮丛品种‘Blomidon’和半高丛品种‘Northblue’聚为一类,其他品种聚为一大类。CDDP标记在蓝莓中具有较高的多态性及特异性,与种质的需冷量、抗寒性及果实颜色具有一定的相关性。CDDP技术可有效用于蓝莓种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及分子标记辅助育种。     

抗黑胫病烟草种质的遗传多样性分析

为了从分子水平上了解种质库抗黑胫病种质的遗传多样性,为拓宽黑胫病种质的遗传多样性、提高黑胫病抗性种质的利用率提供理论和技术支持,利用筛选出来的34对烟草多态性引物,对取自国家烟草种质资源库的73份抗黑胫病烟草种质进行遗传多样性分析,根据材料类型将其中的68份普通烟草种质分为烤烟和晾晒烟2个群体。结果表明：这34对引物共扩增出88多态性条带,每对引物平均扩增出2.6个变异位点,其中有效变异占94.12%。遗传多样性指数(Nei’s)为0.4200,Shanno’s指数为0.6803,种质间遗传相似系数变异范围在0.5140~0.9818的占63.57%,表明烟草抗黑胫病种质遗传多样性较差,其遗传多样性与栽培类型没有必然联系。加大对抗性野生烟的利用,对拓宽烟草抗黑胫病种质资源的遗传多样性有重要意义。     

肺形侧耳杂交后代群体灰色关联度与遗传分析

通过对肺形侧耳(Pleurotus pulmonarius)杂交后代群体进行农艺性状的综合评价和遗传分析,为肺形侧耳杂交品种选育和应用提供指导。应用灰色关联度分析法对肺形侧耳杂交后代群体及其亲本进行综合评价分析,并利用序列相关扩增多态性(SRAP)标记技术进行杂交菌株及其亲本的遗传分析。结果表明,在杂交后代群体中菌株H155和H232的关联度排名高于亲本,综合农艺性状表现最好,综合评估结果与杂交后代实际栽培表现相一致。18对SRAP引物共扩增出218个条带,其中多态性条带总共为147个,占总条带数的67.43%,有效等位基因数Nei’s基因多态性指数和Shannon信息指数的平均值分别为1.384 1、0.224 9和0.338 9。供试菌株间遗传相似系数(GS)值变化范围为0.63～0.93,在遗传相似系数为0.77时,可将亲本菌株及其杂交后代群体分为Ⅳ个类群,供试菌株在DNA水平上存在一定的遗传差异,SRAP适用于肺形侧耳单孢杂交后代群体的鉴别。研究结果为肺形侧耳杂交后代的筛选及遗传分析提供了一定的理论依据和技术参考。     

基于叶绿体SSR分子标记的苦参种质资源遗传多样性分析

以来自15个不同产地的150份苦参为材料,采用cpSSR分子标记技术探究不同产地苦参种质资源的遗传多样性。结果表明,18对cpSSR引物共扩增出311个条带,检测出97.47个等位基因,平均每对cpSSR引物扩增出17.28个条带。平均检测到的等位基因数（Na）为5.415,有效等位基因数（Ne）为4.395,Shannon?s信息指数（I）为1.535,多样性指数（h）为0.748,无偏多样性指数（uh）为0.832,多态信息含量（PIC）为0.886,PIC>0.5说明18对cpSSR引物具有较高的多态性。不同产地的苦参遗传多样性丰富,其中山西武乡土河坪种质（THP）的I为1.600,Ne为4.786,其他遗传多样性指数均较大,是遗传多样性较丰富的苦参产地。居群分子方差分析（AMOVA）表明,苦参种质内个体间差异大,苦参种质内遗传变异率大于种质间的。聚类分析、主坐标分析（PCoA）和STRUCTURE软件进行的遗传结构分析结果均将不同产地的苦参分为2个类群,并且分类结果有明显的地理相关性。第1类群中的9个苦参种质主要来自山西、河北、陕西和内蒙古等地,第2类群主要来自山东、河南...     

丽穗凤梨杂交后代ISSR鉴定

使用9条ISSR引物,对由丽穗凤梨‘Chariotte’、‘Margot’、‘Condor’、‘Poelmanii’和‘White Line’为亲本的5对杂交组合获得的13个优异杂交后代指纹进行了分析。结果表明9条ISSR引物共扩增出112个位点,其中多态性位点88个,多态性比例为78.57%,有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数和Shann on信息指数的变异范围分别为1.0579~1.9942、0.0548~0.4985和0.1283~0.6917;亲本及杂交后代存在丰富的遗传多样性,ISSR分子标记能把杂交后代与亲本明显区分开。本研究为丽穗凤梨早期品种鉴定以及品种改良等提供科学依据。     

云南白莺山茶树种质资源遗传多样性及群体结构分析

为研究云南白莺山茶树种质资源的遗传多样性，以白莺山68 份茶树种质为试验材料，进行生物学性状的调查，并采用EST-SSR分子标记毛细管电泳的方法对云南白莺山12 个类型茶树遗传多样性、亲缘关系及群体遗传结构等内容进行研究。结果表明：（1）该群体生物学形态变异非常丰富，涵盖了乔木、小乔木和灌木；大叶种、中叶种和小叶种；叶形有椭圆形、长椭圆形和披针形；芽叶茸毛量呈现从无、少、中、多到特多的连续变化。（2）利用34 对EST-SSR引物进行分子标记分析，表明云南白莺山群体期望杂合度平均值为0.6981，观测杂合度值为0.5982；PIC 信息指数为0.6686，Shannon’s 信息指数为1.6068，有效等位基因数和观测等位基因数分别为4.1761 和9.7353。（3）基于Evanno 统计模型的群体遗传结构分析可将白莺山茶树群体资源分为5 个亚群，5 个亚群间的基因流值为1.8995，群体间遗传分化系数(Fst)0.1163，表明各亚群是一个中度分化的群体，各亚群间存在着基因交流。     

不结球白菜(Brassica campestris ssp. chinensis Makino)种质资源SRAP遗传分化分析

利用SRAP分子标记分析了国内外64份不结球白菜种质资源的DNA遗传多样性和遗传分化。21对引物组合共检测出215个位点,其中112个为多态性位点,多态性比率达52.09%,平均每对引物组合产生10.24个位点和5.33个多态性位点。不结球白菜各类型中普通白菜的Nei’s基因多样性指数（0.1410）和遗传丰富度[(190) 88.37%]最高;各生态区域中江淮流域不结球白菜的Nei’s基因多样性指数（0.1451）和遗传丰富度[(185) 86.05%]最高;国内的Nei’s基因多样性指数(0.1293)和遗传丰富度[(188) 87.44%]分别高于国外。遗传变异估算表明,不结球白菜遗传分化系数58.22%,大部分变异存在于种群间;基因流为0.4031,说明群体间基因流动较少,遗传分化程度较高。以遗传相似系数0.872为截值,可把不结球球白菜分为Ⅵ个类群。