板栗及其近缘种叶绿体SSR遗传多样性分析

为了探明板栗及其近缘种的亲缘关系并分析栗属的遗传多样性,基于叶绿体微卫星标记技术,选用4对呈现多态性的cp SSR引物,对板栗及其近缘种、野生种共6个种,56份材料进行遗传结构、遗传关系等分析。4个位点扩增等位基因数(Na)平均为3.25,有效等位基因数(Ne)平均为2.554,期望杂合度(He)平均为0.606,群体Nei’s遗传多样性(Hs)为0.320,各遗传参数值均低于核基因组对群体研究的相应值。另外,各种之间有丰富的cp SSR多样性,尤以野生板栗多样性指数最高。结果表明,我国天然野生板栗群体内蕴含更丰富的遗传变异,为我国板栗野生种质保育及可持续开发利用提供了基础数据和科学依据。     

‘寒富’ב四倍体嘎拉’苹果的三倍性杂交后代ISSR和AFLP分析

利用ISSR及AFLP分子标记技术研究了‘寒富’ב四倍体嘎拉’苹果的7份三倍性后代及其亲本的遗传变异。结果表明ISSR扩增得到的遗传多样性指数中扩增多态性比率(PPB)为60.00%,观察等位基因数(Na)为1.600,有效等位基因数(Ne)为1.420,Nei’s基因多样性指数(H)为0.236,Shannon信息指数(I)为0.346;均小于AFLP扩增的遗传多样性指数66.54%、1.665、1.421、0.240和0.357。根据ISSR和AFLP得到的UPGMA聚类图显示这7份三倍性杂交后代倾向于母本‘寒富’。在三倍性苹果遗传多样性检测上AFLP优于ISSR,且这7份三倍性新种质在遗传上倾向于母本遗传。为三倍性苹果育种的亲本选择提供依据。     

82份瓠瓜种质资源遗传多样性的SSR分析

为了明确不同瓠瓜种质资源之间的遗传关系,本研究采用SSR分子标记对82份瓠瓜种质材料的遗传多样性进行了分析。结果表明,21对SSR引物共扩增出73条多态性位点,多态性比率为93.59%,说明引物的多态性丰富;等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)的均值分别为3.71、3.09、0.63,表明份瓠瓜种质资源的遗传多样性十分丰富;通过聚类分析,当遗传距离在0.66处时,可将82份瓠瓜材料分为三大类群,并且这些材料在分子水平上的分类结果与农艺性状(瓜型)、地理分布存在一定相关性。研究结果可为瓠瓜种质资源的创新利用提供依据。     

基于SRAP的藜麦种质资源遗传多样性分析

采用SRAP分子标记分析了60份藜麦种质的遗传多样性。结果表明，筛选出的11对SRAP引物共扩增出60条特异性带，引物多态信息含量(PIC)均值为0.3199；等位基因数(N_a)均值为1.9375；有效等位基因数(N_e)均值为1.5384;Nei’s基因多样性指数(H′)均值为0.3135；香农信息指数(I)均值为0.4711。60份藜麦种质材料的遗传相似系数平均值为0.6748，在遗传相似系数0.69和0.72处，可将60份藜麦材料分为4大类和9个亚类。     

贵州地方红米品种的遗传多样性分析

利用分布于水稻12条染色体的56对SSR标记对来自贵州省内的147份地方红米水稻种质进行遗传相似性和遗传多样性研究。共检测到147个等位基因,品种间不同位点的等位基因数(Na)变幅为2～5个,平均2.642 9个;有效等位基因数(Ne)变幅为1.034 6～3.978 8个,平均1.758 5个,有效等位基因所占比例为66.5%;Nei’s基因多样性指数(He)变幅为0.033 4～0.748 7,平均为0.354 9;Shannon信息指数(I)平均为0.604 6,变幅为0.086 1～1.471 4;多态性信息含量(PIC)平均为0.369 4,变幅为0.040 0～0.748 7。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.55的水平上,可将供试材料聚为两大类,其中第Ⅰ类涵盖的品种有140个,占供试材料总数的95.24%,但在所检测的位点中没有基因型完全相同的品种。结果表明,贵州地方红米品种的遗传多样性水平较低,遗传基础较狭窄,应加强种质交流,拓宽贵州地方红米种质遗传基础。     

基于果实品质与EST-SSR标记的刺梨居群遗传多样性分析及核心种质构建

通过分析评价野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt.)资源居群遗传多样性和遗传结构,同时构建核心种质,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。本研究利用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的12个刺梨自然居群(共102份种质)的遗传多样性及遗传结构进行分析,同时结合原贵州省32份初级核心种质,采用位点优先取样策略进一步构建西南地区核心种质。结果表明,黔西(QX)居群拥有最高的Shannon信息指数I=0.6965,基因多样性指数h=0.3935,多态位点百分率p=84.62%;而古丈(GZ)居群则无论在分子数据还是表型数据都表现为遗传多样性最低;AMOVA分析表明刺梨居群内遗传变异在87%以上,居群间基因流Nem在3.5以上、平均Nei’s遗传距离(GD)0.223。构建的19份核心种质等位基因保留率和稀有等位基因保留率均为100%,能够代表原种质的遗传多样性。西南地区野生刺梨的遗传变异主要发生在居群内,居群间具有基因交流频繁、Nei’s遗传距离小等特点,构建的19份核心种质从等位基因保留率、稀有等位基因保留率及地理分布均能够较好地代表原种质的遗传多样性。自然居群以黔西(QX)居群遗传多样性最高。因此,野生刺梨的保护策略可采用就地保护黔西(QX)居群与迁地保护19份核心种质相结合的方法进行。     

基于SSR分子标记的刺槐遗传多样性分析及核心种质的构建

刺槐(Robinia pseudoacacia)是一种极具发展利用潜能的林业生物质能源树种。为了解决刺槐林业生物质能源面临的原料短缺问题,本研究选取了中国北方7个地区的96个刺槐种质资源,运用筛选出的14对SSR引物进行标记,分析了其遗传多样性并构建核心种质。结果表明:刺槐种质资源的平均等位基因数(Na)为3.2143;平均有效等位基因数(Ne)为2.1840;平均Shannon’s信息指数(I)为0.8831;平均观测杂合度(Ho)为0.4055;平均预期杂合度(He)为0.5149,收集的刺槐种质存在丰富的遗传多样性。采用逐步聚类法进行核心种质构建,最终确定的核心种质共包含23份种质。通过t检测,核心种质遗传多样性与原始种质无显著差异,可以充分地代表原始种质资源。核心种质纤维素含量提高了2.17%,平均达到33.42%,适宜作为纤维素生物质能源原料。研究结果为刺槐种质资源的保护,管理和纤维素生物质能源化利用提供了丰富的理论依据和优良的种质材料。     

古茶树种质资源遗传多样性ISSR分析

为了解贵州三都水族自治县古茶树的遗传多样性,本实验采用ISSR分子标记对145份古茶树的遗传多样性和亲缘关系进行分析。从100条ISSR通用引物中共筛选得到15条多态性好、可重复、扩增清晰的引物,利用筛选到的引物对供试的古茶树基因组DNA进行扩增。结果表明,15条引物共扩增出116条带,其中多态性条带有110条,平均多态性条带比率为94.37%。利用Popgene 32软件计算145份古茶树材料的平均观察等位基因数(Na)为1.945 7,平均有效等位基因数(Ne)为1.529 3,平均Nei’s遗传多样性指数(He)为0.312 6,平均Shannon信息多样性指数(I)为0.471 2,遗传一致度为0.448 3～0.965 5。采用NTSYS-pc 2.1软件构建UPGMA聚类图,在相似系数为0.72时,将145份供试古茶树材料分为四大类,聚类结果与形态学聚类结果相符。该研究为古茶树种质资源的保护、利用及良种培育提供理论依据。     

基于ISSR标记分析连云港地区野生灵芝种质资源遗传多样性及亲缘关系

为分析连云港地区野生灵芝种质资源之间的亲缘关系和多样性水平,以连云港地区15株野生灵芝为研究对象,采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。15株野生灵芝中扩增出多态性条带为40条,片段大小在250～2000 bp之间,平均等位基因位点1.8个,平均有效等位基因数1.2454,平均Nei’s遗传多样性0.1742,平均Shannon信息指数0.2925,有效等位基因数(Ne)的变化范围为1.0000～1.6423,Nei’s遗传多样性(He)的变化范围为0.1031～0.3911,Shannon信息指数(I)的变化范围为0.2235～0.5799,根据ISSR分子标记的遗传聚类图,15株灵芝相似系数范围在0.415～0.866之间,相似系数为0.63时,可以将15株野生灵芝分为四组。研究结果为连云港地区灵芝种质资源分类、保护和品种创制提供了参考依据。     

基于SRAP标记分析的雄性榧树及榧树物种的遗传多样性

雌雄异株天然杂交的榧树(Torreya grandis Fort. ex Lindl)存在着丰富的自然变异,具有巨大的选育潜力,自然界也不乏与榧树优良自然变异类型经无性繁殖培育而成的栽培类型香榧(T. grandis‘Merrilli’)相媲美的优良种质。但由于历史的原因及香榧产业的发展,榧树的遗传多样性受到了一定的影响。本研究在已有雌性榧树研究的基础上,采用SRAP标记对雌性榧树相同采样地的雄性榧树居群进行分析,并整合雌雄榧树居群的标记分析结果,研究了榧树物种水平的遗传多样性。结果表明,雄性榧树居群平均PPL为63.67%,等位基因数(Na)为1.636 7,有效等位基因数(Ne)为1.381 3,Nei's基因多样性(H)为0.221 8,Shannon信息指数(I)为0.331 1,说明雄性榧树存在较为丰富的遗传多样性,且变异(81.48%)主要存在于居群内个体间;与雌性榧树遗传参数相比,雄性榧树的相关遗传参数均不如雌株;就物种水平而言,榧树丰富的遗传多样性来源于雄、雌榧树共同的作用。基于研究结果提出要注重保护榧树尤其是雄性榧树的遗传多样性,同时建议基于个体的优良表现开展优株选择。     

不同地理来源旱稻种质资源的遗传多样性分析

用38对SSR引物对144份不同地理来源的旱稻种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,共检测到137个等位变异,平均每对引物检测到3.6个,等位变异范围2~9。Nei基因多样性指数（He）在0.440（RM162）~0.854（RM335）之间,平均0.598。旱稻种质资源亚种间SSR多样性差异明显,籼稻的等位基因数目和Nei基因多样性指数（Na = 3.5,He = 0.558）明显高于粳稻（Na = 3.2,He = 0.415）。Nei基因多样性指数以亚洲最高,非洲最低,亚洲其他（He = 0.594）>中国（He = 0.593）>南美（He = 0.545）>非洲（He = 0.512）。AMOVA分析表明,旱稻种质资源的遗传变异主要来自亚种内（占总变异的76.3％）,亚种间遗传分化极显著。系统聚类能较好地区分籼粳亚种,但不能区分地理组。旱稻种质资源丰富的遗传多样性为水稻节水抗旱品种的选育提供了条件。     

新疆薰衣草种质资源遗传多样性SRAP分析

为给薰衣草育种研究提供科学依据,本研究采用SRAP分子标记技术对65份薰衣草种质资源遗传多样性及亲缘关系进行评价,结果表明11对多态性引物共扩增出192个条带,其中多态性条带182个,多态性比率为94.79%。65份薰衣草的遗传相似系数范围为0.510 4～0.885 4,平均值为0.650 2;遗传距离范围为0.121 7～0.693 1,平均值为0.337 3;等位基因数(Na)为1.963 5,有效等位基因数(Ne)为1.555 6,Nei's基因多样性指数(He)为0.320 3,Shannon信息指数(I)为0.479 3。聚类分析把供试材料分为4个类群:第Ⅰ类群包括35份、第Ⅱ类群包括1份、第Ⅲ类群包括1份和第Ⅳ类群包括28份种质。本研究表明新疆薰衣草种质资源的遗传背景相对狭窄,为了创制优异的薰衣草新品种,需要引入更多亲缘关系较远的薰衣草种质资源。     

基于SSR标记的板栗种质资源遗传多样性分析

本研究利用筛选出的21对SSR分子标记对来自12个省(市)的279份板栗资源进行遗传多样性分析,为种质资源的开发利用与核心种质的构建提供科学依据。结果表明:21对引物共检测到71个等位变异位点,变异范围为2～6,平均每对SSR引物可检测到3.38个等位位点;多态性信息含量变化范围在0.614 5～0.972 3之间,平均0.866 8。通过检测10个群体的遗传多样性参数,发现山东群体Shannon's信息指数(I=0.487 0)、Nei's多样性指数(H=0.319 5)、有效等位基因数(Ne=1.530)及多态位点百分率(PPB=100%)均最大,是遗传多样性最丰富的群体;群体间遗传分化系数Gst=0.099 3,表明群体内遗传分化大于群体间分化;基因流Nm=4.536 1,说明板栗各群体间存在适度的基因交流;聚类结果和主坐标分析图表明,各群体的遗传关系和地理来源有一定联系。     

浙皖地理种源钩锥遗传多样性分析及选育策略研究

钩锥(Castanopsis tibetana Hance)为锥属(Castanopsis)高大乔木,具有材用、果用及观赏价值,其研究刚起步。为了制订该树种的选育策略,本研究基于钩锥同属或同科物种SSR引物,用筛选出的20对引物对‘浙皖龙泉’(LQ)及‘休宁’(XN)两个地理源钩锥半同胞家系及不同居群进行遗传多样性分析。结果发现,钩锥同属或同科物种间SSR引物的通用性较高;各遗传参数休宁的略大于龙泉,但二者差异不大;居群的遗传参数要大于半同胞家系,居群的等位基因数(Na)平均为3.85,有效等位基因数(Ne)平均为2.23,期望杂合度(He)平均为0.42,观测杂合度(Ho)平均为0.34,Shannon多样性指数(I)平均为0.79,主要变异在居群内;供试的材料无论在家系水平还是在居群水平均可按种源聚成二类。因此,该树种的选育应种源选择为先,在此基础上再基于生产目的进行优良单株的选择,同时因该树种分布范围广,因而要进行多点多年的引种对比试验。     

不同居群朱砂根(Ardisia crenata)的荧光ISSR遗传多样性分析

为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%～80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.376 5～1.803 9之间,Shannon指数在0.200 0～0.367 2范围内,Nei's基因多样度(H)于0.125 6～0.242 5之间、有效等位基因数(Ne)为1.192 3～1.407 9,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.059 2,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201～0.9782之间,遗传距离于0.024 2～0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。     

陕西省野生大豆种质资源的SSR遗传多样性研究

为了研究陕西地区野生大豆的遗传多样性特点,利用SSR分子标记分析了陕西省6个野生大豆(Glycine soja)天然种群和1个栽培大豆(Glycine max)种群的遗传结构与遗传多样性。结果显示：13个位点共检测出113个等位基因,平均每个位点的等位基因数(A)为8.69个,等位基因数目范围为4~13个,有效等位基因数(N_e)范围为2.135(Satt590)~9.385 (Satt487),平均有效等因基因数为5.623;观察杂合度(H_o)变化范围为0.033~0.121,平均为0.080;预期杂合度(H_e)的变化范围为0.312~0.658,平均为0.482;种群平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.657;野生大豆种群基因多样度比率(F_ST)为0.465。该研究显示,陕西省野生大豆具有较高水平的遗传多样性,野生大豆的遗传多样性普遍高于栽培大豆;随着海拔的不断升高,野生大豆遗传多样性变低;陕西中部、南部的野生大豆种质资源丰富、种群具有较高的遗传多样性,推测该区域为陕西省野生大豆的遗传多样性中心。     

基于分子标记的安徽省绿豆种质资源遗传多样性分析

为了解安徽地区绿豆种质资源的遗传背景和亲缘关系,本研究挑选了27对(15对InDel和12对SSR标记)条带清晰、多态性好的分子标记对安徽地区的66份绿豆地方品种进行遗传多样性分析。研究结果表明,单个标记检测到的等位基因数(Na)在2～4个,平均为2.57个;有效等位基因数(Ne)为1.38～3.45个,平均为2.03个;Shannon信息指数(I)的变幅介于0.45～1.31之间,平均值为0.76;Nei's基因多样性指数在0.28～0.71之间,平均为0.49;标记的多态性信息含量(PIC)值在0.24～0.66之间,平均PIC含量为0.40。66份资源间的遗传相似系数在0.33～1.00之间,平均为0.61,UPGMA聚类分析将66份材料在遗传相似系数为0.525处分为两大类群。但聚类结果没有严格按照地理来源进行划分,来源于不同地理区域的资源被划分在一起。上述研究结果表明安徽省绿豆地方品种遗传基础狭窄,遗传多样性水平较低。因此,为丰富安徽省绿豆资源遗传多样性水平,需加强资源引进和种质创新工作。本研究结果为分析安徽地区绿豆品种亲缘关系提供理论依据,同时也为资源收集和提高优良种质利用率提供依据。     

基于ISSR分子标记的5种杜鹃属植物遗传多样性研究

采用ISSR分子标记技术对5种杜鹃属植物山顶矮林优势种的遗传多样性和亲缘关系进行研究，探讨比较5种植物的遗传多样性水平和亲缘关系。结果表明，5条引物共扩增出131个位点，均为多态性位点，多态性位点比率(PPB)为100%;5种植物93个样本总的观察等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannona信息指数(I)分别为2.000 0、1.324 3、0.216 1和0.353 5。变色杜鹃与猴头杜鹃的遗传相似系数最大，为0.896 9。聚类分析将5种杜鹃属植物分为三个类群，变色杜鹃和猴头杜鹃为一类，井冈山杜鹃和光枝杜鹃为一类，云锦杜鹃为单独的一类，聚类分析支持变色杜鹃为猴头杜鹃的变种。5种杜鹃属植物的遗传多样性水平较低，ISSR分子标记技术可用于杜鹃属植物之间的遗传多样性和亲缘关系研究，可为杜鹃属植物的分类鉴定提供分子证据。     

辣椒SSR标记种质资源遗传多样性的分析

辣椒资源遗传多样性丰富,育种的潜力大,本研究从分子水平研究不同种间辣椒种质资源的遗传多样性差异,为辣椒种质资源的收集、研究及合理利用提供参考。并首次利用基于辣椒全基因组编码区序列设计152对SSR辣椒基因组引物,用不同地理来源且性状差异显著的11个种(亚种)的24份辣椒种质资源对152对SSR引物进行筛选,从而获得条带清晰、稳定性好的41对SSR多态性引物,并利用NTSYS-pc2.10e和POPGENE32软件分析24份辣椒种质资源的遗传多样性数据。结果表明:41对SSR引物扩增出211个多态性条带,平均每对引物扩增出5.15个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中有较高的实用性。有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、香农指数(Shannon-Weaver)(I)、多态信息含量(PIC)的均值结果分别为4.086 1、0.419 8、0.724 7、1.423 2、0.665 4,表明辣椒遗传信息非常丰富。UPGMA方法聚类分析及主成分分析将24份辣椒聚为7类,结果基本与辣椒种类来源相符。     

基于ISSR分子标记技术的蓝花楹遗传多样性和亲缘关系分析

利用ISSR分子标记技术对来自不同省份的19个种源共21份蓝花楹种质资源进行遗传多样性分析,探讨其亲缘关系.从33条ISSR引物中筛选出10条引物组合得到53个清晰的电泳条带,其中多态性条带44条,多态性百分率为83.02％,平均每条引物扩增出5.3个条带.21份蓝花楹种质观察等位基因数(Na)平均为1.83,有效等位基因总数(Ne)平均为1.45,Nei's基因多样性指数(H)平均为0.27,Shannon's信息指数(I)平均为0.40.ISSR分子标记聚类分析研究表明,21份蓝花楹种质资源可聚为两大类群,且具有丰富的遗传多样性,其亲缘关系与栽培区地理来源相关性不强.本研究较准确地进行了各蓝花楹种质资源的分子鉴别,可为蓝花楹的良种选育提供理论依据.