山羊DPYD和NAV3基因多态性与产羔性能的关联分析

为分析二氢嘧啶脱氢酶(DPYD)和神经导航因子3(NAV3)基因的单核苷酸多态性与山羊产羔性能的关联性,通过MassARRAY?SNP分型技术对DPYD基因和NAV3基因的4个候选位点进行分型,探究其在云上黑山羊、济宁青山羊、辽宁绒山羊3个群体中的遗传学特征,并统计其与云上黑山羊的产羔性能(产羔数、初生窝重、断奶窝重)...     

山羊STEAP1基因和EIF2B4基因多态性与繁殖性能的关联分析

为探究候选基因STEAP1和EIF2B4与山羊繁殖性能的关联性，本实验利用MassARRAY?技术对STEAP1和EIF2B4基因的4个候选多态性位点（SNPs）进行分型，探究其在云上黑山羊（n=544）、济宁青山羊（n=133）和辽宁绒山羊（n=91）3个群体中的遗传学特征，并分析其与山羊繁殖性能（包括产羔数、初生窝重和断奶窝重）的关联性。结果表明，STEAP1 g.45853158 C>T和EIF2B4 g.72016288 T>G在不同品种山羊（济宁青山羊和辽宁绒山羊）中的基因型分布存在极显著差异；而STEAP1 g.45857345 C>T和g.45857371T>A基因型分布在山羊不同群体中差异不显著；在云上黑山羊高产群体和低产群体中，所有候选位点的基因型频率和基因频率均无显著差异；所有基因候选位点均与产羔数、初生窝重和断奶窝重无显著关联；STEAP1基因的位点g.45853158 C>T在不同繁殖性能群体中差异显著，生物信息学分析表明，突变造成STEAP1编码蛋白二级空间结构发生变化，可作为云上黑山羊繁殖性能的分子标记，但不适合进行窝选；STE...     

山羊GJB2和GJB6基因多态性与产羔性能的关联分析

本研究旨在分析间隙连接蛋白2(GJB2)和间隙连接蛋白6(GJB6)的多态性与云上黑山羊产羔性能的关联性。利用MassARRAY~?技术对GJB2和GJB6的4个候选位点进行分型,探索其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(n=91)3个群体中的遗传学特征,并分析其与云上黑山羊产羔性能(包括产羔数、初生窝重和断奶窝重)的关联性。结果表明,4个候选位点在不同繁殖力品种中的基因型分布存在极显著差异。在云上黑山羊中,GJB2的2个位点对产羔数无显著影响;所有候选位点对初生窝重和断奶窝重无显著影响;GJB6基因的g.50694816AG位点AA型产羔数显著高于GG型;GJB6基因的g.50694819GA位点GG型产羔数显著高于AG型。GJB6的组合基因型分析发现,AAGG型的产羔数显著高于AGGG型。以上提示,GJB6的2个位点可作为云上黑山羊产羔数选择的潜在分子标记,但不适合窝重选择。     

山羊ANKRD17和CLEC16A基因多态性及其与繁殖性能关联分析

为探究ANKRD17基因g.88739493 TG位点和CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点多态性及其与山羊繁殖性能之间的关联,利用Sequenom MassARRAYd誖SNP分型技术对云上黑山羊、济宁青山羊和辽宁绒山羊3个群体ANKRD17和CLEC16A基因的3个位点进行了多态性检测,并与云上黑山羊繁殖性能(包括产羔数、初生窝重和断奶窝重)进行关联分析。结果表明,ANKRD17基因g.88739493 TG在3个群体中均为低度多态(PIC0.25),CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点在3个群体中为中度多态(0.25PIC0.5);卡方检验结果显示,ANKRD17基因g.88739493 TG位点以及CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点在3个山羊品种中均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05);与繁殖性能相关的表型关联分析表明,CLEC16A基因g.9587011 GA位点中GA基因型的个体产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),3个SNPs位点对初生窝重和断奶窝重均无显著影响(P0.05)。综上,CLEC16A基因g.9587011 GA位点可作为山羊产羔数选择的潜在分子标记。     

山羊MED27和SCTR基因多态性与产羔性能的关联分析

旨在分析中介因子复合体27(Mediator complex 27,MED27)和分泌素受体基因(SCTR)的多态性与云上黑山羊产羔性能的关联性.利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对MED27和SCTR基因的4个候选位点进行分型,探索其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(...     

山羊TAOK1和RAPGEF1基因多态性与产羔性能的关联分析

旨在分析TAOK1基因和RAPGEF1基因的多态性与云上黑山羊产羔性能之间的关系,以期为山羊分子育种提供参考.利用Sequenom MassARRAY?SNP分型技术对3个山羊品种(云上黑山羊544只,济宁青山羊133只,辽宁绒山羊91只)的TAOK1基因g.20584062G>A和RAPGEF1基因g.1011699...     

山羊环状RNA circ＿0008219 SNPs位点与生产性能的关联分析

实验旨在分析山羊环状RNA circ＿0008219序列中单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位点与产羔、生长性状之间的关联性,为山羊分子育种提供新的遗传标记。选取波尔山羊、黑头羊和麻城黑山羊作为实验对象,利用SNaPshot分型技术分析候选SNPs位点的遗传多样性,并对circ＿0008219的SNPs位点与3个品种山羊的产羔性状和黑头羊的周岁生长性状进行关联分析。结果表明山羊circ＿0008219中存在3个SNPs位点均具有多态性。卡方适应性检测结果表明,g.1082G>T、g.1310A>G在3个山羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),g.651G>A在波尔山羊和麻城黑山羊群体均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。黑头羊群体中,g.651G>A位点与山羊周岁体高存在相关;g.1082G>T与周岁体重、周岁体斜长、周岁胸围和管围性状存在相关。关联分析结果显示,g.651G>A位点与黑头羊总体产羔数显著关联,g.1082G>T位...     

RBP4基因多态性与贵州黑山羊产羔性状关联性分析

为研究RBP4基因单核苷酸多态性与贵州黑山羊产羔性状之间的关系,本研究采用混合DNA池测序和直接测序法筛选SNPs位点,进行生物信息学和群体遗传参数分析,并收集118头贵州黑山羊母羊1～4胎产羔数据,分析SNPs位点与产羔性状之间的关联性。结果显示:共检测到2个SNPs位点,为g.4527GT和g.4744CT。生物信息学分析发现g.4744CT位点变异会使mRNA二级结构最小自由能增大,结构稳定性降低;群体遗传参数分析发现,g.4527GT位点基因型频率差异较大,G为优势等位基因;g.4744CT位点C为优势等位基因;χ~2检验显示两位点均处于Hardy-Weinberg平衡。基因型与产羔数关联性分析发现,g.4527GT位点在2、3、4胎次,野生型产羔数显著高于突变型;g.4744CT位点在第1胎次,突变型母羊产羔数显著高于野生型。本研究揭示了RBP4基因对贵州黑山羊产羔数存在显著影响,g.4527GT和g.4744CT可能是影响贵州黑山羊产羔性状的重要SNPs位点。     

促黄体素β基因多态性及其与济宁青山羊产羔数的关系

为了解促黄体素β基因多态性与济宁青山羊产羔数的关系,采用PCR-SSCP技术检测促黄体素v亚基(Luteinizing hormone beta-subunit,LHβ)基因5'调控区和3个外显子在高繁殖力(济宁青山羊)、中等繁殖力(波尔山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊和安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响.结果表明:山羊与绵羊的LHB基因核苷酸序列相似性为98%.6对引物中,仅引物P1和P5扩增片段存在多态性.对于P1扩增片段,在4个山羊品种中均检测到AA、AB和BB 3种基因型;测序分析发现BB与AA基因型相比在5'调控区存在2处突变202C→A和210C→T;济宁青山羊3种基因型之间产羔数差异均不显著(P>0.05).对于P5扩增片段,在济宁青山羊中检测到CC、CD和DD 3种基因型,辽宁绒山羊中检测到CC和CD2种基因型,波尔山羊和安哥拉山羊中都只检测到CC基因型;测序分析发现DD与CC基因型相比在外显子2存在单碱基突变1124C→T;济宁青山羊CC、CD和DD基因型频率分别为0.38、0.44和0.18;DD和CD基因型济宁青山羊平均产羔数分别比CC基因型的多0.99(P<0.01)和0.87只(P<0.01).济宁青山羊在P1、P5两个座位上都处于哈迪-温伯格平衡状态(P1座位:X2=1.66,P=0.437;P5座位:X2=1.22,P=0.544).     

山羊生长分化因子9基因FecTT突变检测

本研究采用PCR-RFLP方法检测生长分化因子9(growth differentiation factor 9, GDF9)基因FecTT突变在济宁青山羊、贵州白山羊、大足黑山羊、陕南白山羊、古蔺马羊、马头山羊、波尔山羊、成都麻羊、萨能奶山羊、文登奶山羊、板角山羊、金堂黑山羊、关中奶山羊、川东白山羊、安哥拉山羊、辽宁绒山羊、内蒙古绒山羊等17个山羊品种中的分布。结果表明,在17个山羊品种中都未检测到FecTT突变,提示,GDF9基因影响Thoka绵羊高繁殖力的FecTT突变对以上17个山羊品种的繁殖力均没有显著影响。     

济宁青山羊GH基因多态性及其与生产性能的关联分析

试验运用PCR-RFLP技术对济宁青山羊GH基因的多态性进行了检测,并分析了其与生产性能的相关性。结果发现,济宁青山羊群体中GH基因存在Hae Ⅲ内切酶酶切位点多态性,经χ²适合性检验结果表明,山羊群体在GH基因位点上处于Hardy-Weinberg非平衡状态。AA基因型对3、12月龄体高及出生重、断奶重、胴体重、后躯肉重均有显著影响(P<0.05),且基本上呈AA>AB>BB型趋势,说明等位基因A是济宁青山羊生长发育的有利基因。     

云上黑山羊产羔性状分子变异KASP验证分析

为挖掘云上黑山羊产羔性状相关基因或变异位点,研究选取前期全基因组关联分析(GWAS)研究中与云上黑山羊产羔性状存在潜在或显著关联的5个SNP位点,采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)检测方法进行SNP分型,应用SAS软件的GLM过程进行位点多态性与云上黑山羊产羔性状的关联分析。结果显示位点rs268244272与初产产羔数极显著相关(P<0.01),与平均胎产羔数显著相关(P<0.05)。这一结果与质谱验证结果相一致,再次验证位点rs268244272与云上黑山羊产羔性状关联的有效性,表明该位点可作为云上黑山羊产羔性状分子标记。     

山羊ZBP1基因多态性及与产羔性能的关联分析

【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...     

云上黑山羊肌肉生长抑制素基因多态性分析

为研究肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)基因在云上黑山羊中的多态性,探索可用于云上黑山羊选育提高的分子遗传标记,采用PCR-RFLP技术检测了云上黑山羊MSTN基因的多态性。结果表明:云上黑山羊MSTN基因存在DraⅠ酶切多态性位点,酶切后检测到AA、AB和BB三种基因型,其中AA型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因;经χ2检验,云上黑山羊在该酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),多态信息含量0.302,为中度多态,杂合度0.371,有效等位基因数1.591。研究结果为今后云上黑山羊肉用性状分子标记辅助选择提供了理论依据。     

山羊繁殖季节性相关基因KiSS-1与RFRP的表达研究

本研究为初步阐明KiSS-1和RFRP基因对山羊繁殖季节性的作用,选择常年发情济宁青山羊和季节性发情辽宁绒山羊为对比品种,应用RT-PCR和qRT-PCR技术分别研究KiSS-1和RFRP基因组织表达谱以及在下丘脑-垂体-卵巢(子宫)繁殖轴表达差异。结果发现:(1)KiSS-1基因主要表达于山羊下丘脑、垂体、松果体、肾、卵巢、脂肪和甲状腺等组织,RFRP基因主要表达于山羊下丘脑、大脑皮层、小脑、卵巢和垂体等组织,两基因组织表达谱均存在一定的品种特异性;(2)KiSS-1基因在济宁青山羊下丘脑表达量显著高于辽宁绒山羊(P0.05),而在垂体和卵巢中的表达量两品种间差异不明显(P0.05);(3)济宁青山羊下丘脑RFRP基因表达显著高于辽宁绒山羊(P0.05),而济宁青山羊卵巢和垂体中RFRP基因表达明显低于辽宁绒山羊(P0.05)。研究结果提示,KiSS-1基因可能参与调控山羊季节性繁殖,而RFRP基因是否调控季节性繁殖或以何种方式作用还需要进一步研究。本研究可为山羊KiSS-1和RFRP基因功能研究打下基础,并为揭示山羊繁殖季节性的遗传基础提供参考。     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

骨形态发生蛋白15基因（BMP15）多态性与山羊繁殖性能的研究

以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚山羊3个品种为实验群体,采用PCR产物直接测序技术检测BMP15基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用在线软件预测BMP15蛋白质二级结构和三级结构;利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量,并对HardyWeinberg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体BMP15基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果显示:BMP15基因外显子中检测到1个SNP位点,BMP15基因在外显子2处存在突变位点C6260G,3个山羊群体在此突变位点处均存在3种基因型CC、GC、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚山羊χ2检验均未达到显著水平(P0.05),处于Hardy-Weinberg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚山羊表现为中度多态,酉州乌羊表现为低度多态;GG基因型个体在贵州黑山羊群体中产羔数显著高于CC基因型个体和GC基因型个体(P0.05),GC基因型个体在努比亚山羊中的产羔数显著高于CC基因型个体和GG基因型个体(P0.05),3种基因型在酉州乌羊中差异均不显著(P0.05)。该研究结果初步表明山羊BMP15基因的突变与其繁殖性能有关,可能是影响山羊繁殖率的一个因素。     

山羊产羔数全基因组关联分析

本研究旨在通过对山羊产羔性状的全基因组关联分析(GWAS),寻找和定位与山羊产羔性状密切关联的新基因。以云南黑山羊6个公羊家系的302只山羊为试验材料,用Illumina公司Iselect Goat60k芯片技术进行SNP分型,分型结果利用plink V1.07的线性回归模型对山羊产羔数性状进行全基因组关联分析。研究结果表明:在2号染色体上有2个SNPs位点与山羊产羔数达到5%基因组水平显著相关(P1.48E-6),分别位于SLC4A10基因的下游和TBR1基因的上游;5个SNPs位点与山羊产羔数达潜在关联(P2.97E-5),分别位于1号染色体SENP7基因上游,21号染色体Hypothetical Protein基因的上游,以及28号染色体WDFY4基因和TMEM26基因的上游、BICC1基因的下游。这些基因可作为山羊产羔数性状的相关候选基因,也可为山羊产羔性状的分子机制研究和今后标记辅助选择的开展提供理论基础及新的研究线索。     

崇明岛山羊群体H-FABP基因多态性的研究

以崇明岛53只崇明白山羊、30只徐淮山羊、37只杂山羊为实验材料,利用直接测序寻找心脏型脂肪酸结合蛋白基因(H-FABP)部分exon2及intron2序列上的SNPs,PCR-RFLP分析其多态性。结果表明:存在3个SNP位点(A1017G、C1115T、G999-)。A1017G通过HaeⅡ-RFLP得到BB、Bb、bb 3种基因型,除徐淮山羊外,崇明白山羊和杂山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态,3个群体均为低度多态(PIC<0.25)。C1115T未引起酶切位点改变。G999-通过SauⅠ-RFLP得到DD、Dd、dd 3种基因型,崇明白山羊处于Hardy-Weinberg非平衡状态,为低度多态(PIC<0.25);徐淮山羊和杂山羊只有DD基因型,呈严重的偏态,没有多态性。本研究表明H-FABP在不同山羊品种中具有单核苷酸多态性,可进一步作为候选基因分析其与肌内脂肪含量性状的关联性。     

ESR和PGR基因在5个山羊品种中的多态性分析

为了检测贵州白山羊、河北绒山羊、河南槐山羊、美姑黑山羊、承德黑山羊5个品种的单核苷酸多态性(SNPs),试验采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术分析雌激素受体(ESR)、孕酮受体(PGR)基因外显子的多态性,并分析其山羊产羔率的关系。结果表明:ESR基因在这5个山羊品种中不存在多态位点,保守性高。PGR基因在146 bp处有C→G的突变,产生3种基因型,即AA基因型、AB基因型、BB基因型。贵州白山羊AA基因型比BB基因型多0.03只,AB基因型比AA基因型多0.49只;河北绒山羊AA基因型比AB基因型多0.07只,BB基因型只有1只产羔数为2.00只;河南槐山羊AB基因型比AA基因型多0.27只,但不同基因型对3个品种的产羔数影响没有达到显著水平。