山羊GJB2和GJB6基因多态性与产羔性能的关联分析

本研究旨在分析间隙连接蛋白2(GJB2)和间隙连接蛋白6(GJB6)的多态性与云上黑山羊产羔性能的关联性。利用MassARRAY~?技术对GJB2和GJB6的4个候选位点进行分型,探索其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(n=91)3个群体中的遗传学特征,并分析其与云上黑山羊产羔性能(包括产羔数、初生窝重和断奶窝重)的关联性。结果表明,4个候选位点在不同繁殖力品种中的基因型分布存在极显著差异。在云上黑山羊中,GJB2的2个位点对产羔数无显著影响;所有候选位点对初生窝重和断奶窝重无显著影响;GJB6基因的g.50694816AG位点AA型产羔数显著高于GG型;GJB6基因的g.50694819GA位点GG型产羔数显著高于AG型。GJB6的组合基因型分析发现,AAGG型的产羔数显著高于AGGG型。以上提示,GJB6的2个位点可作为云上黑山羊产羔数选择的潜在分子标记,但不适合窝重选择。     

山羊MED27和SCTR基因多态性与产羔性能的关联分析

旨在分析中介因子复合体27(Mediator complex 27,MED27)和分泌素受体基因(SCTR)的多态性与云上黑山羊产羔性能的关联性.利用Sequenom MassARRAY?SNP技术对MED27和SCTR基因的4个候选位点进行分型,探索其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(...     

山羊AMH和AMHR2基因多态性及其与产羔数关联分析

本研究旨在分析抗苗勒氏激素(AMH)和抗苗勒氏激素II型受体(AMHR2)基因单核苷酸多态性(SNPs)与山羊产羔性状的关联性。通过MassARRAY~?SNP分型技术对AMH基因和AMHR2基因SNPs位点进行分型,检测其在云上黑山羊(n=544)、济宁青山羊(n=133)和辽宁绒山羊(n=91)3个群体中的遗传学特征,并将其多态性与产羔性能(产羔数、初生窝重、断奶窝重)进行关联分析。群体遗传学结果表明,AMH基因g.89172108TG和AMHR2基因g.26334739AG在3个群体中为中度多态(0.25PIC0.5);AMHR2基因g.26335365CT在3种山羊中为低度多态(PIC0.25)。卡方检验显示,AMH基因g.89172108TG在济宁青山羊中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),在云上黑山羊和辽宁绒山羊中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);AMHR2基因g.26334739AG在辽宁绒山羊、g.26335365CT在济宁青山羊中处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05),其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,云上黑山羊中,AMH基因和AMHR2基因候选位点均对产羔数无显著影响,候选位点对初生窝重和断奶窝重均无显著影响。综上所述,AMH基因和AMHR2基因的候选位点不适合作为山羊产羔数选择的潜在分子标记,也不适合窝重选择。     

山羊STEAP1基因和EIF2B4基因多态性与繁殖性能的关联分析

为探究候选基因STEAP1和EIF2B4与山羊繁殖性能的关联性，本实验利用MassARRAY?技术对STEAP1和EIF2B4基因的4个候选多态性位点（SNPs）进行分型，探究其在云上黑山羊（n=544）、济宁青山羊（n=133）和辽宁绒山羊（n=91）3个群体中的遗传学特征，并分析其与山羊繁殖性能（包括产羔数、初生窝重和断奶窝重）的关联性。结果表明，STEAP1 g.45853158 C>T和EIF2B4 g.72016288 T>G在不同品种山羊（济宁青山羊和辽宁绒山羊）中的基因型分布存在极显著差异；而STEAP1 g.45857345 C>T和g.45857371T>A基因型分布在山羊不同群体中差异不显著；在云上黑山羊高产群体和低产群体中，所有候选位点的基因型频率和基因频率均无显著差异；所有基因候选位点均与产羔数、初生窝重和断奶窝重无显著关联；STEAP1基因的位点g.45853158 C>T在不同繁殖性能群体中差异显著，生物信息学分析表明，突变造成STEAP1编码蛋白二级空间结构发生变化，可作为云上黑山羊繁殖性能的分子标记，但不适合进行窝选；STE...     

山羊TAOK1和RAPGEF1基因多态性与产羔性能的关联分析

旨在分析TAOK1基因和RAPGEF1基因的多态性与云上黑山羊产羔性能之间的关系,以期为山羊分子育种提供参考.利用Sequenom MassARRAY?SNP分型技术对3个山羊品种(云上黑山羊544只,济宁青山羊133只,辽宁绒山羊91只)的TAOK1基因g.20584062G>A和RAPGEF1基因g.1011699...     

山羊ANKRD17和CLEC16A基因多态性及其与繁殖性能关联分析

为探究ANKRD17基因g.88739493 TG位点和CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点多态性及其与山羊繁殖性能之间的关联,利用Sequenom MassARRAYd誖SNP分型技术对云上黑山羊、济宁青山羊和辽宁绒山羊3个群体ANKRD17和CLEC16A基因的3个位点进行了多态性检测,并与云上黑山羊繁殖性能(包括产羔数、初生窝重和断奶窝重)进行关联分析。结果表明,ANKRD17基因g.88739493 TG在3个群体中均为低度多态(PIC0.25),CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点在3个群体中为中度多态(0.25PIC0.5);卡方检验结果显示,ANKRD17基因g.88739493 TG位点以及CLEC16A基因g.9587011 GA、g.9730880 GA位点在3个山羊品种中均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05);与繁殖性能相关的表型关联分析表明,CLEC16A基因g.9587011 GA位点中GA基因型的个体产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),3个SNPs位点对初生窝重和断奶窝重均无显著影响(P0.05)。综上,CLEC16A基因g.9587011 GA位点可作为山羊产羔数选择的潜在分子标记。     

云上黑山羊产羔性状分子变异KASP验证分析

为挖掘云上黑山羊产羔性状相关基因或变异位点,研究选取前期全基因组关联分析(GWAS)研究中与云上黑山羊产羔性状存在潜在或显著关联的5个SNP位点,采用竞争性等位基因特异性PCR(KASP)检测方法进行SNP分型,应用SAS软件的GLM过程进行位点多态性与云上黑山羊产羔性状的关联分析。结果显示位点rs268244272与初产产羔数极显著相关(P<0.01),与平均胎产羔数显著相关(P<0.05)。这一结果与质谱验证结果相一致,再次验证位点rs268244272与云上黑山羊产羔性状关联的有效性,表明该位点可作为云上黑山羊产羔性状分子标记。     

云上黑山羊28号染色体上3个SNPs位点多态性与产羔数性状的关联分析

为验证和挖掘山羊产羔性状的分子标记和主效基因,选取前期研究获得的位于云上黑山羊28号染色体上3个与产羔数性状存在潜在关联的SNPs位点（rs268286450、rs268286391和rs268244272）,采用MassARRAY飞行质谱列阵技术对541个云上黑山羊DNA样本进行SNP分型,并结合其产羔数进行关联分析。结果显示,3个SNPs位点均存在多态性,rs268286450位点在28号染色体第28 498 787 bp处发生C→T碱基突变,rs268286391位点在28号染色体第30 971 277 bp处发生A→C碱基突变,rs268244272位点在28号染色体第2 707 491 bp处发生T→C碱基突变,3个位点多态信息含量（PIC）分别为0.36、0.32和0.21;rs268286450和rs268286391位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态（P<0.01）,而rs268244272位点处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）;rs268244272位点存在3种基因型CC、TT和TC,TT基因型频率为0.75,为野生基因型,TC基因型频率为0.22,为突变基因型,3种基因型最小二乘均值比较显示,TC基因型产羔数最小二乘均值与TT基因型差异极显著（P<0.01）,与CC基因型差异不显著（P>0.05）,TT与CC基因型产羔数最小二乘均值差异也不显著（P>0.05）,TC基因型云上黑山羊产羔数上调。关联分析结果显示,rs268286450和rs268286391位点多态性与云上黑山羊产羔数关联不显著（P>0.05）,rs268244272位点多态性与产羔数性状存在显著相关（P<0.05）。综上,云上黑山羊28号染色体上rs268244272位点多态性与产羔数性状显著相关,可作为云上黑山羊产羔数性状的分子标记在其高繁品系选育中加以应用。     

山羊ZBP1基因多态性及与产羔性能的关联分析

【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...     

山羊ESR基因多态性及其与产羔数的相关性研究

为了研究雌激素受体(ESR)基因是否与崂山奶山羊和莱芜黑山羊的产羔数相关,试验采用PCR-SSCP方法对120只崂山奶山羊和80只莱芜黑山羊的ESR外显子1和4的多态性进行检测,并探索其与产羔数的相关性。结果表明:崂山奶山羊和莱芜黑山羊ESR外显子1和4的SSCP均呈现一种带型,命名为AA基因型(野生型),不存在多态性。说明ESR基因与崂山奶山羊和莱芜黑山羊的产羔数无关,不能作为其多胎性状的候选基因。     

催乳素受体基因对大白、长白猪产仔数的影响

采用PCR—RFLP法对大白、长白猪进行催乳素受体（PRLR）基因多态性检测，结果表明，两个品种的PRLR等位基因B频率略高于等位基因A频率，大白母猪PRLR基因型为AA的各胎平均产仔数比AB型高1．62头（P〈0．05），比BB型高2．41头（P〈0．05）；长白母猪AA型比AB型和BB型相应高1.32和3．33头（P〈0．05）。     

猪ESR基因与产仔数的遗传联系研究进展

在猪的高繁殖力特性研究中证实，雌激素受体(ESR)基因是可影响产仔数1—1．5头的主效基因。本文对ESR基因的结构、多态性与产仔数相关的研究进展以及在生产上的应用前景作一综述。     

杜洛克FUT1基因多态性及其与产仔性能的关联分析

采用PCR-RFLP方法对杜洛克FUT1基因多态性进行分析。结果发现:杜洛克FUT1基因开放阅读框307位点经Hin6Ⅰ酶切后,检测到AA、AG和GG3种基因型,AA基因型的频率为0.157,A基因的频率为0.353。分析这3种基因型与杜洛克产仔性能间的关联性。结果表明:抗性纯合子AA基因型的个体1～5胎每个胎次的产仔数均值均高于AG和GG基因型,且第1胎和第4胎的产仔数均值显著高于AG和GG基因型(P<0.05),AA基因型对产仔性能而言是有益基因型。     

绵羊PRLR和CARTPT基因多态性与产羔数的关联分析

试验旨在研究绵羊催乳素受体(Prolactin receptor,PRLR)基因g.38976954C>A位点多态性和可卡因-苯丙胺调控转录肽(CART prepropeptide,CARTPT)基因g.9856267C>A、g.9854141G>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,为绵羊多羔新品系的选育和高繁殖力机理研究提供参考。采用重测序和Sequenom MassARRAY?誖SNP技术对常年发情(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和季节性发情(草原型藏羊、苏尼特羊、滩羊、萨福克羊)的不同绵羊品种PRLR、CARTPT基因进行检测分型,然后与小尾寒羊产羔数关联分析。结果表明:g.38976954C>A位点有CC、CA和AA三种基因型,该位点基因型频率和等位基因频率在常年发情、季节性发情绵羊品种间差异不显著(P>0.05);g.9856267C>A位点存在CC、CA和AA三种基因型,g.9854141G>C位点存在GG、GC和CC三种基因型,这2个位点的基因型频率和等位基因频率在常年发情、季节性发情绵羊品种间差异均极显著(P<0.01)。群体遗传学分析结果表明,g.38976954C>A位点在小尾寒羊、草原型藏羊、滩羊和策勒黑羊中均表现为低度多态(PIC<0.25),在苏尼特羊、湖羊和萨福克羊中均表现为中度多态(0.25A位点在7个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25);g.9854141G>C位点在小尾寒羊、苏尼特羊、草原型藏羊、滩羊、湖羊和策勒黑羊中均表现为低度多态(PIC<0.25),在萨福克羊中表现为中度多态(0.25A位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);g.9856267C>A位点在草原型藏羊和湖羊中处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);g.9854141G>C位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。关联分析表明,PRLR基因g.38976954C>A位点不同基因型与小尾寒羊各胎产羔数之间无显著关联(P>0.05),该位点不适用于小尾寒羊多羔性状选育;CARTPT基因g.9856267C>A和g.9854141G>C位点不同基因型与小尾寒羊各胎产羔数之间无显著关联(P>0.05),但这2个位点不同基因型各胎产羔数相差较大,推测该位点可能对产羔有影响。     

两种绵羊杂种 GDF9 基因和 FecB 基因的多态性及其与产羔数和体重关系的研究

以绵羊GDF9和FecB基因为候选基因,分别应用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法研究了德滩寒杂种羊和陶滩寒杂种羊共63只个体的基因多态性以及基因多态性对产羔数和体重的影响。结果表明,两种基因在两种杂交绵羊群体中各有2种基因型(AA和AB,CC和CD)。在德滩寒杂种羊群体中基因型频率分别为0.09(AA)、0.91(AB)、0.53(CC)、0.47(CD);陶滩寒杂种羊群体中基因型频率分别为0.19(AA)、0.81(AB)、0.58(CC)、0.42(CD)。对德滩寒杂种羊群体研究发现:AA基因型群体平均产羔数为2.50,显著高于AB基因型群体(1.63,P<0.05);CD基因型群体平均产羔数为2.33,显著高于CC基因型群体(1.50,P<0.05)。对陶滩寒杂种羊群体研究发现:AA基因型群体平均产羔数为2.67,显著高于AB基因型群体(1.96,P<0.05);CD基因型群体与CC基因型群体平均产羔数相差不大。这些结果表明:GDF9基因的杂合子与两种杂种绵羊的产羔数之间呈显著负相关;FecB基因杂合子与陶滩寒杂种羊产羔数之间呈显著正相关。FecB基因和GDF9基因对两种绵羊杂种的初生重和断奶重无显著影响。     

绵羊催乳素受体基因外显子10多态性及其与产羔数相关分析

采用PCR-SSCP技术检测催乳素受体(PRLR)基因外显子10在湖羊、小尾寒羊、洼地羊和阿勒泰羊中的单核苷酸多态性,研究该基因与湖羊高繁殖力的关联性。结果表明:4个绵羊品种在P2引物扩增区域均符合Hardy-Wenberg平衡,但P3引物只有阿勒泰羊符合Hardy-Wenberg平衡。P2扩增片段的不同基因型分布频率在4个品种间差异不显著(P0.05);而除阿勒泰羊P3扩增片段的基因型分布与其余3个品种间存在极显著差异(P0.01)外,其余各品种间基因型分布差异不显著(P0.05)。4个绵羊品种间产羔数存在极显著差异(P0.01),但不同基因型间产羔数差异不显著(P0.05);湖羊不同引物不同基因型产羔数的差异亦均不显著(P0.05)。本研究表明,PRLR基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。     

鲁中肉羊SMAD1和ESR2基因多态性与产羔数关联分析

为探究SMAD1、ESR2基因多态性与鲁中肉羊产羔数之间的关系,采用Sequenom MassARRAY誖SNP技术检测鲁中肉羊SMAD1、ESR2基因单核苷酸多态性,并与产羔数进行关联分析。结果表明:SMAD1基因g.12485895A>G存在AA、AG和GG基因型,基因型频率分别为0.05、0.45和0.50;ESR2基因g.73324006C>T存在CC和CT基因型,基因型频率分别为0.98和0.02。g.12485895A>G位点在鲁中肉羊表现为中度多态(0.25T位点为低度多态(PIC<0.25);卡方适合性检验表明,g.12485895A>G位点在鲁中肉羊处于哈代温伯格不平衡状态(P<0.05),g. 73324006C>T位点处于哈代温伯格平衡状态(P>0.05)。g.12485895A>G位点多态性与鲁中肉羊产羔数没有显著关联(P>0.05), g.73324006C>T位点多态性与鲁中肉羊产羔数显著关联(P<0.05)。综上可知,SMAD1基因g.12485895A>G位点和鲁中肉羊产羔数性状没有显著关联(P>0.05),ESR2基因g.73324006C>T位点对鲁中肉羊产羔数性状选育具有一定的指导意义。     

绵羊SPP1和PLCB3基因多态性与产羔数的关联分析

试验旨在探究SPP1基因g.36651870T>C位点多态性、PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与绵羊产羔数之间的关系,以期寻找绵羊产羔数性状相关的分子标记。利用全基因组重测序结合Sequenom MassARRAY誖SNP技术对多羔羊(小尾寒羊、湖羊、策勒黑羊)和单羔羊(滩羊、苏尼特羊、萨福克羊和草原型藏羊)7个绵羊品种SPP1、PLCB3基因的2个位点进行多态性检测,并与小尾寒羊产羔数进行关联分析。结果表明:2个位点均存在TT、TC和CC三种基因型。SPP1基因g.36651870T>C位点的基因型频率和等位基因频率在两类绵羊品种间差异极显著(P<0.01);PLCB3基因g.41871219T>C位点基因型频率在两类绵羊品种间差异不显著(P>0.05),等位基因频率差异显著(P<0.05)。群体遗传学分析表明,SPP1基因g.36651870T>C位点在小尾寒羊、苏尼特羊、萨福克羊和湖羊中均表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),在滩羊、策勒黑羊和草原型藏羊中表现为低度多态(PIC<0.25);PLCB3基因g.41871219T>C位点在滩羊中表现为中度多态(0.25≤PIC<0.5),在其余6个绵羊品种中均表现为低度多态(PIC<0.25)。卡方适合性检验表明,SPP1基因g.36651870T>C位点在7个绵羊品种中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05);PLCB3基因g.41871219T>C位点在小尾寒羊、滩羊、苏尼特羊、策勒黑羊、草原型藏羊5个品种中处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。关联分析表明,PLCB3基因g.41871219T>C位点多态性与小尾寒羊第1胎产羔数有显著关联(P<0.05),TT基因型个体产羔数显著高于CC基因型个体;SPP1基因g.36651870T>C位点多态性与小尾寒羊不同胎次产羔数之间无显著关联(P>0.05)。综上,PLCB3基因g.41871219T>C位点对小尾寒羊产羔数性状选育具有一定的参考意义,SPP1基因g.36651870T>C位点不适用于小尾寒羊产羔数性状选育。