ASB12基因SNPs位点多态性与延边黄牛生长性状关联分析

为研究延边黄牛细胞因子信号转导相关(ASB12)基因多态性与延边黄牛体尺性状的相关性,以203头同等饲养条件下延边黄牛阉牛为研究对象,采用PCR-RFLP技术检测ASB12基因的SNPs位点,并将其与延边黄牛体尺性状进行关联分析。结果:ASB12基因存在2个突变位点,分别为T709C突变,导致氨基酸Leu→Pro的错义突变;C1039T突变,导致氨基酸Pro→Leu的错义突变。χ~2检验显示,2个突变位点在所检测延边黄牛群体中处于Hard-Weinberg平衡状态(P0.05)。关联分析显示,延边黄牛ASB12基因2个突变位点的不同基因型与体高、体斜长差异显著(P0.05)。将2个突变位点合并基因型分析结果表明,组合AACG基因型个体在体高和体斜长显著高于组合BBGG型个体(P0.05)。初步认为ASB12基因对延边黄牛生长性状的有显著影响,其中组合AACG可能是影响延边黄牛生长性状的最佳基因型组合。     

肌联蛋白基因SNPs位点多态性与延边黄牛生长性状间的关联分析

为了研究延边黄牛肌联蛋白(Titin,TTN)基因的多态性对延边黄牛生长性状的影响,选取208头健康的32月龄延边黄牛,利用PCRRFLP和PCR-SSCP方法进行TTN基因遗传变异检测。结果表明:延边黄牛TTN基因存在2个突变位点,分别为A47751G突变,导致氨基酸Ile→Val的错义突变,C73301A同义突变;χ2检验显示,2个突变位点在所检测延边黄牛群体中处于Hard-Weinberg平衡状态(P005);关联分析显示,延边黄牛TTN基因2个突变位点的不同基因型与体高、体斜长、胸围和尻长上差异显著(P005)。将2个突变位点合并基因型分析结果表明,组合AACC基因型个体在体高和体斜长显著高于AATT型个体(P005),初步认为TTN基因对延边黄牛生长性状的有显著影响,其中组合AACC可能是影响延边黄牛生长性状的最佳基因型组合。     

延边黄牛SCD1基因多态性及其与经济性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1（stearoy-CoA desaturase 1,SCD1）基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD1基因序列（登录号：AC_000181.1）,利用Oligo 6.0软件设计特异性引物,应用PCR扩增SCD1全长基因后直接测序,分析其多态位点,并应用生物信息学软件分析其蛋白结构;屠宰前测定活体重、胴体重、屠宰率、背膘厚等胴体性状,屠宰后采集背最长肌,测定眼肌面积、蒸煮损失、滴水损失、嫩度、系水力、pH、脂肪酸含量等肉质性状,并通过一般线性模型分析方法对延边黄牛SCD1基因SNPs与肉质性状的相关性进行了分析。结果发现,延边黄牛SCD1基因846 bp处存在A→G突变（g846 A→G）、1 022 bp处存在C→T突变（g1022 C→T）,其中g1022 C→T突变导致丙氨酸（A）突变为缬氨酸（V）,但未引起三级结构改变。关联分析结果表明,g846 A→G多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重、滴水损失及硬脂酸、亚油酸含量存在显著相关（P<0.05）;g1022 C→T多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及硬脂酸含量存在显著相关（P<0.05）,说明上述2个位点与延边黄牛相关肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

延边黄牛SCD1基因多态性及其与经济性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1(stearoy-CoA desaturase 1,SCD1)基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD1基因序列(登录号:AC_000181.1),利用Oligo 6.0软件设计特异性引物,应用PCR扩增SCD1全长基因后直接测序,分析其多态位点,并应用生物信息学软件分析其蛋白结构;屠宰前测定活体重、胴体重、屠宰率、背膘厚等胴体性状,屠宰后采集背最长肌,测定眼肌面积、蒸煮损失、滴水损失、嫩度、系水力、pH、脂肪酸含量等肉质性状,并通过一般线性模型分析方法对延边黄牛SCD1基因SNPs与肉质性状的相关性进行了分析。结果发现,延边黄牛SCD1基因846 bp处存在A→G突变(g846 A→G)、1 022 bp处存在C→T突变(g1022 C→T),其中g1022 C→T突变导致丙氨酸(A)突变为缬氨酸(V),但未引起三级结构改变。关联分析结果表明,g846 A→G多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重、滴水损失及硬脂酸、亚油酸含量存在显著相关(P0.05);g1022 C→T多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及硬脂酸含量存在显著相关(P0.05),说明上述2个位点与延边黄牛相关肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

延边黄牛TG基因多态性与胴体和肉质性状相关性分析

选取105头延边黄牛为研究对象,利用克隆测序的方法寻找延边黄牛甲状腺球蛋白(thyroglobulin,TG)基因多态性,采用PCR-RLFP方法进行多态性检测,并与胴体和肉质性状进行了关联分析。结果表明,在TG基因第48外显子上发现C218T和A430G2个突变位点,其中C218T位点的不同基因型与大理石花纹存在显著相关,CC基因型个体大理石花纹等级显著高于CT型个体(P<0.05)。A430G位点的不同基因型与宰前活重和眼肌面积存在显著相关,GG基因型个体的宰前活重和眼肌面积显著高于AA型和AG型个体(P<0.05)。其他性状在2个位点的不同基因型间差异不显著。因此,C218T和A430G位点可能是影响延边黄牛胴体和肉质性状的分子标记。     

延黄牛ALDH1A1基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性研究

为揭示乙醛脱氢酶1A1(ALDH1A1)基因多态性对延黄牛体尺和肉质性状的影响,实验以ALDH1A1基因作为体尺和肉质性状的候选基因,以16月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,采用PCR扩增产物Sanger直接测序的方法对延黄牛ALDH1A1基因13个外显子的单核苷酸多态性(SNP)进行研究,利用SSPS19.0软件分析ALDH1A1基因SNP位点与体尺和肉质性状的关联性。结果表明:在延黄牛ALDH1A1基因第4外显子处检测到T/G突变,且引起编码氨基酸的改变;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,但T/G突变位点的杂合度(He)相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于低度多态(PIC0.25),仅能提供少量遗传信息;关联分析结果表明,ALDH1A1基因第4外显子不同基因型与延黄牛体尺性状中的十字部高、胸围、腹围和管围存在显著相关(P0.05),与肉质性状中的背膘厚存在显著相关(P0.05),与肌内脂肪具有一定的相关性(P0.05)。综上所述,ALDH1A1基因外显子在延黄牛中存在多态性,且与延黄牛体尺和部分肉质性状存在显著性差异,能否作为延黄牛肉质和体尺性状的遗传标记有待于扩大样本数量进一步验证。     

延边黄牛α-肌动蛋白1基因的多态性及其与生长性状的相关分析

试验旨在寻找肌内脂肪含量差异极显著的两组个体延边黄牛背最长肌组织差异表达基因,并分析其遗传多态性对生长性状的影响。应用引物退火技术获得了在肌内脂肪含量差异极显著的两组个体背最长肌组织差异表达α-肌动蛋白1(actin alpha 1,ACTA1)基因及其全长cDNA序列,该基因主要在心脏和背最长肌中表达。序列比对结果发现,在5'端非编码区193 bp处存在1个突变。采用PCR-RFLP方法对100头延边黄牛群体进行检测,发现AA、AG、GG 3种基因型,基因型频率分别为0.24、0.50、0.26;A、G等位基因频率分别为0.37、0.63。对该突变位点的多态性与生长性状的关联性进行分析,结果发现,在体长、体重和平均日增重上,GG基因型个体显著高于AA和AG基因型个体(P＜0.05);在胸围上,GG基因型个体显著高于AG基因型个体,但与AA基因型个体差异不显著(P＞0.05);在体高上,不同基因型之间差异不显著(P＞0.05)。初步认为GG基因型是提高延边黄牛体质量和体尺指标性状的有利基因型,提示ACTA1基因有可能作为延边黄牛生长性状的候选基因。     

延边黄牛PLIN基因多态性及其与胴体和肉质性状的相关性分析

为探究延边黄牛脂滴包被蛋白（perilipin，PLIN）基因遗传多态性及其对胴体和肉质性状的影响，试验选取70头30月龄健康延边黄牛公牛，采集颈静脉血液及其12~13肋间背最长肌以提取延边黄牛DNA样本，并测定胴体与肉质性状，采用直接测序方法检测PLIN基因SNP位点，结合延边黄牛胴体、肉质数据与PLIN基因遗传多态性进行关联分析。结果显示，在延边黄牛PLIN基因外显子3 103与156 bp处存在2个突变位点：g.103 C→T和g.156 T→C，均为错义突变。g.103 C→T位点存在CC、CT两种基因型，CC基因型为优势基因型（0.81），C基因为优势等位基因（0.90），表现为CT基因型个体脂肪含量、宰前重、胴体重、背膘厚均显著高于CC基因型个体（P<0.05）；g.156 T→C位点存在TC、TT两种基因型，TT基因型为优势基因型（0.83），T基因为优势等位基因（0.92），表现为TC基因型个体的宰前重、胴体重及背膘厚均显著高于TT基因型个体（P<0.05）。卡方检验结果表明，延边黄牛在PLIN基因外显子3的2个SNPs位点均达到Hardy-Weinberg平衡（P>0.05），杂合度较低，属于低度多态（PIC<0.25）。综上，PLIN基因g.103 C→T和g.156 T→C位点对延边黄牛部分胴体与肉质性状存在一定影响，该位点可作为延边黄牛胴体、肉质性状的潜在标记，PLIN基因可以作为延边黄牛品种选育的候选基因和潜在分子标记。     

延边黄牛黑皮质素受体-4基因多态性及其与肉质性状的相关性分析

试验旨在探索调控肉牛脂肪沉积的关键基因对肉质性状的影响,筛选影响肉牛育肥性状的候选基因。本研究以157头24月龄、体重相近的延边黄牛为研究对象,利用PCR扩增直接测序的方法,分析了延边黄牛黑皮质素受体-4（melanocortin-4 receptor,MC4R）基因的SNPs及其与肉质性状的相关性。结果发现,延边黄牛MC4R基因在1 069 bp处存在C→G突变,导致L （亮氨酸）转变为V （缬氨酸）,引起蛋白质二级结构在166、243、280位氨基酸处出现α螺旋、β折叠丢失,导致三级结构中β转角的空间位置改变。经关联分析表明,该位点与延边黄牛背膘厚、亮度、黄度都存在不同程度的相关,其中GG基因型背膘厚与屠宰后黄度（3 d）显著高于CC和CG基因型（P＜0.05）;GG、CG基因型屠宰后亮度显著高于CC基因型（P＜0.05）。说明该位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

延边黄牛MYH3和MYH8基因多态性及其与生长性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛肌球蛋白重链3（MYH3）和肌球蛋白重链8（MYH8）基因多态性及其与生长性状的关联性,应用DNA直接测序法和高分辨率熔解曲线分型技术对120头24月龄延边黄牛MYH3、MYH8基因的遗传变异进行分析,并结合延边黄牛生长性状数据进行了关联分析。结果显示,在MYH3基因的29602748位点检测到一处T>G突变,包含2个等位基因：T和G,存在3种基因型：TG、TT和GG;在MYH8基因的29406042位点检测到一处C>T突变,包含2个等位基因：C和T,存在3种基因型：CT、CC和TT。关联分析显示,MYH3基因29602748位点T>G突变显著影响24月龄延边黄牛十字部高和腰角宽,表现为GG基因型十字部高显著高于TT基因型（P<0.05）,腰角宽显著高于TT和TG基因型（P<0.05）。MYH8基因29406042位点C>T突变显著影响24月龄延边黄牛体重和胸围,表现为CT和TT基因型体重显著高于CC基因型（P<0.05）;TT基因型胸围显著高于CC基因型（P<0.05）。本研究结果表明,MYH3、MYH8基因多态性与延边黄牛的部分生长性状相关,可作为现代肉牛育种中分子标记辅助选择的候选基因。     

Polymorphism of ACTA1 Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Yanbian Yellow Cattle

This study was aimed to research the gentic variations of ACTA1 gene in Yanbian Yellow cattle, and analyze the influence of genetic polymorphisms on meat quality traits. PCR-RFLP and PCR-SSCP technique were used to analyze the association between the polymorphisms of ACTA1 gene and meat quality traits. The results showed that there were two SNPs, A193G which with replacement of Arg by Gly amino acid, A298G which with replacement of Lys by Arg amino acid. χ² test showed A193G and A298G were in Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05). The association analysis indicated that the genotypes of different mutations in ACTA1 gene were found to be significantly related to myristic acid, oleic acid, loin muscle area, marbling score (P<0.05). ACTA1 gene had potential effects on meat quality traits of Yanbian Yellow cattle, and could be used for candidate gene in early selection of new varieties of Yanbian Yellow cattle.     

The Correlation Analysis Between the SNPs of MC4R Gene and Meat Quality Traits in Yanbian Yellow Cattle

In order to explore the effects of the key gene of regulating cattle fat deposition on meat quality traits, screening candidate gene which affect beef fattening traits. This study employed 157 cattles (24 months old) with similar weight as research object, analyzed the correlation between SNPs of MC4R gene and meat quality traits in Yanbian Yellow cattle by PCR direct sequencing method. The results indicated that the mutation site of C→G had been found in MC4R gene 1 069 bp, which resulted in L (leucine) translated into V (valine). Protein secondary structure lost α-spiral and β-fold at the 166, 243 and 280 amino acid position, which resulted in the changes of spatial position of β-turns in tertiary structure. This site showed different degrees correlation with backfat thickness, lrightness, yellowness of Yanbian Yellow cattle. The backfat thickness and yellowness (3 d) of GG genotype were significantly higher than CC and CG genotypes (P <0.05). The lrightness of CC and CG genotypes were significantly higher than CC genotype (P <0.05). These results declared that the site had remarkably correlatived with Yanbian Yellow cattle relevant economic traits, and the mutation site could be used as a potential molecular marker.     

牛ACTA1基因的生物信息学分析

应用RT-PCR方法克隆牛ACTA1基因,利用生物信息软件对该基因进行生物信息学分析。结果表明:牛ACTA1基因CDS为1134bp,编码377个氨基酸;拓扑预测表明,ACTA1编码的蛋白质可能存在4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,8个豆蔻酰化位点,含有1个ACTIN保守的结构域。研究结果为进一步了解牛ACTA1基因调控肉质性状的分子机理提供了有益参考。     

延边黄牛脂蛋白脂肪酶基因多态性及其与肉质性状的关联分析

为探究延边黄牛脂蛋白脂肪酶（lipoprteinlipase,LPL）基因遗传多态性及其对肉质性状的影响,本试验以80头健康的30月龄延边黄牛背最长肌作为试验材料,运用PCR直接测序法和高分辨率熔解曲线技术（HRM）对LPL基因的SNP位点进行检测,分析了试验群体的遗传效应,并与延边黄牛的肉质性状数据进行关联分析。PCR直接测序结果表明,延边黄牛LPL基因存在2个多态性位点（g.6215 A>G和g.18341 C>T）,其中g.6215 A>G位点表现为2种基因型：AA与AG,优势等位基因为A;g.18341 C>T位点表现为2种基因型：CC和CT,C为优势等位基因;对文献中2个位点的检测结果表明,g.355427 T>A位点表现为2种基因型：AA与AT,A为优势等位基因;c.322 G>A位点的HRM分型结果显示并未分型。这些多态性位点全部呈中度多态（0.25<PIC<0.5）,并处于Hardy-Weinberg平衡状态。HRM分型结果显示,这3个SNPs位点与延边黄牛肉质性状存在显著相关：g.6215 A>G位点与延边黄牛胴体重及脂肪、蛋白、水分含量有显著关联,表现为AG基因型个体胴体重、脂肪含量显著高于AA基因型个体（P<0.05）,AA基因型个体蛋白及水分含量显著高于AG基因型个体（P<0.05）;g.18341 C>T位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及背膘厚有显著关联,表现为CT基因型个体这些性状均显著高于CC基因型个体（P<0.05）;g.355427 T>A位点AT基因型个体宰前活重、背膘厚和脂肪含量均高于AA基因型个体（P<0.05）。综上,LPL基因g.6215 A>G、g.18341 C>T和g.355427 T>A位点对延边黄牛的肉质有显著影响,LPL基因可以作为延边黄牛品种选育改良工作的优势候选基因和有效分子标记。     

Polymorphism of PLIN Gene and Its Associaton with Carcass and Meat Quality Traits in Yanbian Yellow Cattle

This experiment was conducted to explore the association between perilipin (PLIN) gene and carcass and meat quality traits in Yanbian Yellow cattle.In this study,70 30-month-old healthy Yanbian Yellow cattle were used as experimental materials,the blood of jugular vein and its 12-13 intercostal longissimus muscle dorsi were collected to extract DNA samples of Yanbian Yellow cattle,and determine the carcass and meat quality characteristics.The SNP of PLIN gene was detected by direct sequencing,and the correlation analysis was conducted based on the carcass and meat quality data of Yanbian Yellow cattle and the genetic polymorphism of PLIN gene.The results showed that there were 2 SNPs of PLIN gene exon 3 in Yanbian Yellow cattle:g.103 C→T and g.156 T→C,both of them were missense mutations.g.103 C→T contained two genotypes:CC and CT,CC genotype was the dominant genotype,the genotype frequency was 0.81,C was the dominant allele,the gene frequency was 0.90.The intramuscular fat,pre slaughter weight,carcass weight and back fat thickness of CT genotype was significantly higher than those of CC genotype(P<0.05).g.156 T→C contained two genotypes:TT and TC,TT genotype was the dominant genotype,the genotype frequency was 0.83,T was the dominant allele,the gene frequency was 0.92.The pre slaughter weight,carcass weight and back fat thickness of TC genotype were significantly higher than those of TT genotype (P<0.05).Chi square test showed that the two SNPs of PLIN gene in Yanbian Yellow cattle reached Hardy-Weinberg equilibrium (P>0.05),and belonged to low polymorphism (PIC<0.25).In conclusion,g.103 C→T and g.156 T→C of PLIN gene had potential effect on carcass and meat quality traits in Yanbian Yellow cattle,and could be used as a candidate gene and potential molecular marker of Yanbian Yellow cattle.     

延边黄牛骨骼肌特异性钙蛋白酶基因多态性及其与肉质性状关系的研究

Calpain3(CAPN3)在肌肉组织中特异表达,其多态位点与畜禽诸多生产性状相关。本研究采用PCR-SSCP方法,设计2对基因特异性引物CAPN3-1、CAPN3-3,对96头延边黄牛CAPN3基因进行了SNPs检测,并将其与部分肉质性状进行了方差分析。试验结果显示,分别在CAPN3基因54982bp处发现A→G突变,56094bp处发现G→A突变。方差分析结果表明,2个位点中各个基因型与肉质嫩度、蒸煮损失均无显著相关性,CAPN3-3片段BB基因型仅在第3天时的pH显著高于AA纯合型个体(P0.05)。2个位点与肉质色度方差分析结果显示,2个位点中各个基因型黄色度呈显著相关(P0.05),与肉色中其他色度无相关性。CAPN3-1位点处,BB基因型较AA、AB基因型具有更高的黄色度值,此规律并不随时间的延续而改变,而在CAPN3-3位点处则无此规律。