基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析

【目的】MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程。目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析。基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。【方法】基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信息学分析。基于转录组数据分析MYB基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式,并采用荧光定量PCR方法进行验证。【结果】基于转录组测序数据,注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,根据结构特性将其分为4大类:R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB和4R-MYB。结构域分析表明:R2R3-MYB类转录因子的R2 MYB基序中包含3个极度保守的色氨酸残基,R3 MYB基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代。比较分析黑果枸杞MYB家族和拟南芥MYB家族共同构建的进化树发现,黑果枸杞的MYB家族在进化上包括3个大类,6个亚类。亚细胞定位预测结果显示,44个MYB转录因子定位于细胞质中,37个定位于细胞核中。基于转录组数据的MYB差异表达模式分析表明,黑果枸杞MYB基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控;基于荧光定量PCR的差异表达数据进一步验证了部分MYB转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起到调控作用。【结论】黑果枸杞MYB基因家族注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,为进一步研究MYB家族的基因结构和生物学功能奠定了基础。     

玉米R2R3型MYB转录因子家族生物学功能综述

MYB转录因子是最大的植物转录因子家族成员之一,在调控植物次生代谢,控制细胞形态建成,以及在赤霉素(GA)信号转导中都有重要的作用.文章对玉米R2R3型MYB转录因子的结构特征和生物学功能的研究进展进行综述,为进一步开展玉米中R2R3型MYB基因的克隆、功能研究和利用提供参考.     

植物转录因子MYB基因家族研究进展

转录因子是响应环境胁迫,即干旱、盐分和寒冷等植物信号传导途径的主要调节剂,MYB是植物最大转录因子家族之一,MYB转录因子亚家族特定于植物界。综述提供了MYB基因家族在植物中的最新功能调控研究进展,以了解植物中MYB转录因子的调控机制,为植物分子育种研究提供新思路。     

梅R2R3型MYB转录因子的鉴定及低温胁迫下的表达分析

从梅花基因组中鉴定出R2R3型MYB转录因子,与拟南芥R2R3型MYB转录因子进行系统进化分析,利用qRT-PCR方法检测了27个响应低温驯化R2R3型MYB转录因子在低温胁迫下表达量的变化。结果表明:1)从梅基因组中鉴定出106个R2R3型MYB转录因子,基于氨基酸序列的进化分析显示44个梅R2R3-MYB转录因子和拟南芥中的22个亚类具有同源性;2)表达分析的结果表明多个梅花PmR2R3-MYB基因的表达受低温调控,其中17个基因响应低温迅速,5个基因只在后期应答低温胁迫,而5个基因的表达量变化没有明显规律。     

MYB转录因子调控植物花青素生物合成的研究进展

MYB转录因子是植物重要的调控因子,可与bHLH和WD40类转录因子形成二元MYB-bHLH或三元MBW复合体,对植物花青素合成与积累起着至关重要的作用.本文综述了花青素合成途径、MYB转录因子类型、MYB转录因子正向及负向调控、MYB转录因子调控机制等方面的研究进展,并对相关后续研究进行了探讨与展望.本综述可为花青素...     

银杏MYB转录因子的鉴定及特征分析

[目的]MYB蛋白是真核生物中一类重要的转录因子,在植物形态建成、生长发育、初生和次级代谢产物合成等生命过程中起重要调控作用。银杏作为植物中的"活化石",其提取物中含有的活性成分次生代谢物类黄酮等对人体有益。在类黄酮的生物合成中,MYB转录因子扮演着重要角色。本研究从转录组水平详细鉴定和分析了银杏GbMYB转录因子,为今后GbMYB的功能研究奠定基础,也为其他物种MYB转录因子的分析提供方法。[方法]本文首先利用BlASTp和PlantTFbcat等生物信息学工具对银杏的MYB蛋白序列进行筛选和鉴定;其次运用MEME和MEGA 7.0软件分别对GbMYB蛋白进行基序和系统进化分析;最后使用MeV对GbMYB在银杏各组织中的表达水平进行聚类分析。[结果]从41151个银杏蛋白中共鉴定出60个MYB转录因子,根据MYB保守域的特点将其分为R1-MYB、R2R3-MYB和R1R2R3-MYB三大类。系统进化树分析发现60个GbMYB可分为16个亚家族且具有相似功能的蛋白序列通常聚在一个家族。在银杏GbMYB蛋白中共检测到21种不同的保守基序。表达谱数据分析表明,一些GbMYB基因的表达具有组织特异性。[结论]本研究利用生物信息学方法,在银杏转录组水平上共鉴定出参与调控银杏各个组织发育的60个GbMYB转录因子;结合拟南芥AtMYB家族分类法将GbMYB分为16个亚家族;保守基序分析显示GbMYB在功能上具有多样性。研究结果为全面解析银杏MYB基因结构与生物学功能提供了新信息,也为进一步研究银杏GbMYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能奠定了基础。     

植物次生生长相关MYB转录因子研究进展

林木的次生木质部是重要的再生生物能源,在人类的生产生活中具有重要意义。作为植物中最大的转录因子家族之一,MYB转录因子在次生壁合成转录调控过程中发挥重要的作用。目前许多主要的次生壁合成相关MYB转录因子已被分离鉴定。AC顺式作用元件是MYB转录因子与木质素合成基因结合的重要元件。该研究综述了MYB转录因子结构及进化,介绍了转录激活因子与抑制因子如何调控次生壁的合成,并对MYB转录因子的转录后修饰、进化的保守性及其转录调控网络进行了阐述。     

MYB基因家族研究进展

MYB转录因子家族是植物中组大的转录因子家族之一,在调控植物的蜡质合成、生长发育、非生物和生物胁迫方面都起着重要的作用。综述了在植物MYB转录因子家族方面的研究进展,主要为其分布特征、结构特征、对生物和非生物的胁迫应答,尤其是在蜡质方面的作用、与植物花青素合成、在茄子中的作用等,以期为植物抗逆性、花色及果色变化与植物MYB转录因子家族关系方面的研究提供一定的参考。     

MYB基因家族研究进展

MYB转录因子家族是植物中组大的转录因子家族之一,在调控植物的蜡质合成、生长发育、非生物和生物胁迫方面都起着重要的作用。综述了在植物MYB转录因子家族方面的研究进展,主要为其分布特征、结构特征、对生物和非生物的胁迫应答,尤其是在蜡质方面的作用、与植物花青素合成、在茄子中的作用等,以期为植物抗逆性、花色及果色变化与植物MYB转录因子家族关系方面的研究提供一定的参考。     

MYB转录因子在水稻抗逆基因工程中的研究进展

干旱、寒冷、高盐以及病虫害胁迫是造成水稻减产的重要因素.近年来,植物特异性转录因子在水稻抗旱、抗寒、抗盐以及抗病虫害胁迫机制上扮演着重要角色.MYB转录因子是植物最大的转录因子家族之一,其结构高度保守,常见1R-MYB/MYB-related、R2R3-MYB、3R-MYB以及4R-MYB 4种结构类型.MYB转录因子主要参与植物生长发育、生物以及非生物胁迫的应答过程.本文就MYB转录因子的结构特征、分类以及在水稻(Oryza sa-tiva)生物及非生物胁迫中的应答进行综述,为MYB转录因子的研究及植物抗逆新品种培育提供参考.     

转录因子在植物抗逆性上的应用研究

转录因子在植物胁迫应答途径中起着十分重要的作用,就转录因子的概念与结构,转录因子的分类与ERF等4类主要转录因子家族的生物学功能进行了详细介绍,对近年来应用转录因子提高植物的抗寒性,抗旱性,抗盐性与抗病性的研究进行了综述。     

白桦五个MYB转录因子的生物信息学分析

在白桦(Betula platyphylla Suk.)转录组数据库中获得5个MYB转录因子,将其进行蛋白质分子量与等电点、核定位信号、跨膜结构域和蛋白保守结构域预测,并与拟南芥的MYB蛋白质进行氨基酸序列比对分析和系统树构建。结果表明,白桦的5个MYB转录因子都属于R2R3-MYB类蛋白;系统进化树表明白桦的5个MYB转录因子与拟南芥抗逆相关的MYB转录因子亲缘关系较近,而与非抗逆相关的转录因子亲缘关系较远,说明白桦的5个MYB转录因子可能具有植物抗逆相关功能。     

MYB转录因子在植物耐盐基因工程中的应用进展

盐胁迫是影响植物生长、发育及作物产量的重要环境因子。耐盐育种是保障农业生产的重要措施,利用基因工程技术提高植物耐盐性是优于传统育种的有效途径。MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族之一,在包括盐胁迫在内的植物非生物胁迫调控中有重要作用。本文系统阐述了MYB转录因子的基本结构及其在拟南芥、烟草及水稻、大豆、番茄等植物耐盐基因工程中应用的研究进展,为MYB转录因子的利用及植物耐盐遗传改良及育种提供参考。     

盐及ABA对水稻MYB转录因子基因表达的影响

转录因子在植物生长发育和响应外界环境胁迫过程中起重要作用。MYB类转录因子是植物中数量较多、功能多样化的一类转录因子。以耐盐聚合系177,以及该聚合系的轮回亲本IR64为材料,在苗期进行盐和盐+ABA处理,采用荧光定量PCR方法,比较分析了43个MYB家族基因在盐胁迫和盐+ABA处理下的表达谱。结果表明,在盐胁迫条件下,IR64和177中分别有42%和58%的MYB基因在叶片组织中下调表达,而外施ABA后,61%（IR64）和68%（177）的下调基因表达量显著增强。该结果说明盐处理条件下通过外施ABA能够引起MYB基因的表达变化,进而影响水稻的耐盐性。同时鉴定了12个在IR64和177间显著差异表达的MYB基因,该类基因的表达模式可能同两个品种具有不同的耐盐性紧密相关。该结果为进一步分析水稻MYB基因在响应盐胁迫过程中的作用机制以及ABA在增强水稻耐盐性方面提供了理论参考。     

基于转录组的漆树MYB转录因子的筛选及分析

MYB转录因子家族是植物最大的转录因子家族之一,在植物生长发育、形态建成、次生代谢等的调控中起着重要作用。本研究在漆树转录组测序的基础上,应用生物信息学方法,筛选到48个漆树MYB转录因子,依据MYB保守域的特点将其分为3类:1条R₃-MYB 序列,21条R₂R₃-MYB序列和26条R₁-MYB序列。结果表明,蛋白序列分析显示,48条漆树MYB转录因子大部分属疏水性蛋白,且无规则卷曲和α螺旋在二级结构中占有较大比例。GO分析发现漆树R₂R₃-MYB蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的27个亚类。系统进化分析将48个漆树MYB转录因子分为了8个亚组。表达谱数据分析表明,漆树MYB基因的表达具有组织特异性,11个在叶片中高水平表达,21个在茎中的表达量较高。研究结果为今后进一步解析漆树MYB转录因子的结构和生物学功能奠定基础,有助于进一步研究漆树MYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能。     

陆地棉开花时间相关基因GhMYB44的克隆与功能验证

开花是有花植物重要的发育阶段,决定繁殖的成功与否。从陆地棉基因组中克隆了一个与开花时间相关的MYB基因,得到两条同源序列,氨基酸序列相似度高达95%,位于D03和A02染色体上,分别命名为GhMYB44a和GhMYB44b。GhMYB44a全长1 322 bp,包含987 bp开放阅读框,GhMYB44b全长1 313 bp,包含984 bp开放阅读框,编码的蛋白理论等电点分别为8.93和9.15,C端序列的差异导致两个蛋白的结构明显不同。GhMYB44a和GhMYB44b均包含两个MYB repeat结构域,属于R2R3型MYB转录因子,两个蛋白均定位于细胞核内。转录组数据显示,GhMYB44a在棉花根、茎、叶、雌蕊中表达,而GhMYB44b在茎、叶、雌蕊、花托中表达,且两个基因均在叶片中的表达量最高;GhMYB44a响应PEG胁迫,GhMYB44b响应PEG和盐胁迫。两个基因的表达差异预示着其功能可能也存在不同。超表达GhMYB44a和GhMYB44b都促进拟南芥早开花,但GhMYB44a转基因植株的早花现象更加明显。     

陆地棉开花时间相关基因GhMYB44的克隆与功能验证

开花是有花植物重要的发育阶段，决定繁殖的成功与否。从陆地棉基因组中克隆了一个与开花时间相关的MYB基因，得到两条同源序列，氨基酸序列相似度高达95%，位于D03和A02染色体上，分别命名为GhMYB44a和GhMYB44b。GhMYB44a全长1 322 bp，包含987 bp开放阅读框，GhMYB44b全长1 313 bp，包含984 bp开放阅读框，编码的蛋白理论等电点分别为8.93和9.15，C端序列的差异导致两个蛋白的结构明显不同。GhMYB44a和GhMYB44b均包含两个MYB repeat结构域，属于R2R3型MYB转录因子，两个蛋白均定位于细胞核内。转录组数据显示，GhMYB44a在棉花根、茎、叶、雌蕊中表达，而GhMYB44b在茎、叶、雌蕊、花托中表达，且两个基因均在叶片中的表达量最高；GhMYB44a响应PEG胁迫，GhMYB44b响应PEG和盐胁迫。两个基因的表达差异预示着其功能可能也存在不同。超表达GhMYB44a和GhMYB44b都促进拟南芥早开花，但GhMYB44a转基因植株的早花现象更加明显。     

杨树MYB基因应答非生物胁迫的表达特性

MYB转录因子以其含有的保守MYB结构域为特征,是植物转录因子中数量最多的家族之一,广泛参与植物生长发育和代谢的调节。利用生物信息学分析获得222条杨树MYB基因,用实时定量PCR筛选出8条对盐胁迫有强烈应答的基因,研究其在盐、干旱、ABA等非生物胁迫下的表达模式;结果表明:这8条MYB基因虽然在杨树根、茎、叶组织中均有表达,但是在不同胁迫条件和不同组织中的表达水平明显不同。在盐和干旱胁迫条件下,8个基因在根、茎、叶中均被诱导表达,表现为相似的表达模式。在ABA处理条件下,而多数基因无明显应答。说明杨树MYB基因在应答环境变化与激素调节中具有不同的作用,并且在不同组织中的作用有所差异。