广东淇澳岛3种红树 rDNA ITS 序列分析

为红树林植物引进优良种质资源,用改良 CTAB 法分别提取生长于广东珠海淇澳岛红树林湿地公园的3种红树基因组 DNA,以真核生物 rDNA ITS 序列的通用引物分别对其 ITS 区进行 PCR 扩增后测序,对测序结果进行比对、分析。结果表明,不同来源红树的 rDNA ITS 序列存在扩增碱基差异,无瓣海桑、尖叶卤蕨和猫尾木的 rDNA ITS 序列长度分别为731 bp、615 bp 和707 bp,将3种红树植物 ITS 序列测定结果提交到 GenBank,获得了登录号分别为 KJ161168,KJ161166,KJ161167。     

香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种rDNA-ITS的比较

对采自福建省香蕉枯萎病菌(Fusarium.oxysporumf.sp.cubense)3个1号生理小种(Foc1)菌株和17个4号生理小种(Foc4)菌株的ITS区进行PCR扩增,将Foc1代表菌株FOCABB361和Foc4代表菌株FOCAAA315的rDNA-ITS序列提交GenBank,获得的GenBank登录号分别为EU395428和EU332405.序列分析结果表明:Foc4号生理小种的ITS2区长度为151 bp;Foc1号生理小种的ITS2区长度为152 bp;Foc1号和4号生理小种的ITS1区完全一致,长度都为147 bp.Foc1号生理小种与4号生理小种的ITS序列差异不大.表明ITS区对于镰刀菌属内种间差异鉴别具有参考价值,但不能用于Foc生理小种的鉴别.     

基于ITS序列探讨新疆石竹属植物的系统发育

[目的]探讨新疆野生石竹的系统发育和种间亲缘关系.[方法]采用CTAB+硅珠法提取总DNA, 并对nrDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S rDNA和ITS-2)进行了序列测定.采用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析.[结果]新疆石竹属植物的ITS序列总长度为610～614 bp,ITS-1和ITS-2序列长度为235～238 bp和214～215 bp.5.8 S序列很保守,长度均为161 bp.在整个ITS序列中,共有119个变异位点,17个信息位点,分别占整个ITS序列长度的19.71; 和2.77;.[结论]齿瓣组和纟 遂瓣组分别聚成一支构成姊妹群,其支持率分别为90;和98;.并对种间亲缘关系进行了分析.     

基于nrDNA ITS对23种兜兰属植物的分子系统学分析

采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。     

胡枝子属植物ITS序列研究与系统发育分析

用PCR产物直接测序法对10种胡枝子属植物和1个外类群的ITS序列进行了测定.结果表明,10种胡枝子ITS序列全长在612～622 bp之间,其中ITS1长度在243～228 bp之间,变异较大,ITS2长度在215～220 bp,5.8S的长度均为165 bp,比较保守.序列比对结果发现有76个变异位点,占比对序列长度的11.93%.构建了胡枝子属植物ITS序列的系统发育树,并探讨了参试胡枝子种质的亲缘关系.     

石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。     

基于ITS序列的鸢尾属植物部分种的系统分类

通过引物设计、PCR、基因克隆、测序,获得了10种鸢尾属植物和1个外类群种的ITS序列。鸢尾属植物ITS1区长度219~243bp,5.8S序列长度均为165bp,ITS2区长度变异范围为196~239bp。5.8S序列过于保守,保守位点占81.9%。ITS序列对于区分鸢尾属植物组级的较大分类等级较好。用近缘属射干属的Belamcandachinensiss作为外类群,用邻位相接法(NJ)和最大简约法(MP)进行聚类分析,得到了较一致的系统树,且分析表明,ITS序列对于建立属间的分类等级更加有效。结合Genebank中的中国鸢尾属植物的序列,比较支持赵毓棠建立的中国鸢尾属植物组以上的分类系统。     

万代兰属植物rDNA ITS序列的克隆与分析

通过测定7种万代兰属植物的rDNA ITS序列,为该属植物的分子鉴定和遗传多样性研究奠定基础。以叶片基因组DNA为模板,利用PCR扩增7种万代兰属植物的ITS序列,在测序的基础上进行生物信息学分析。结果表明,ITS的全长为653~657 bp,其中5.8S和ITS2的长度十分保守,分别为163和260 bp,ITS1的长度为230~234 bp。7种万代兰属植物的5.8S序列完全一致,而ITS1和ITS2序列中存在转换、颠换、插入/缺失现象。系统发育分析结果表明,7种植物的平均遗传距离为0.021,它们在发育树上可分为3组。     

几种槭属植物亲缘关系的ITS序列分析

为了选择适宜挪威槭"皇家红"嫁接的砧木,笔者对槭属植物的8个种(含变种)核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增和序列分析,扩增出约750bp左右的的序列(包含完整的ITS1、5.8S和ITS2序列及部分18S和26S rRNA基因片段.各样品的ITS1长度为221～236bp,ITS2为231～237bp,含有多个特异性信息位点.并利用ITS序列为依据对8种槭属植物系统发育进行分析,从分子水平上阐明了8种槭属植物的亲缘关系,为挪威槭"皇家红"嫁接生产中适宜砧木的选择提供了理论依据.     

分子生物学方法在毒莴苣及其近似种上的应用

运用PCR直接测序法,对莴苣属植物毒莴苣及其近似种的rDNA ITS区进行序列测定。结果表明,莴苣属植物的ITS序列长度为300~400 bp,设计的引物通用性适用,序列分析可以将属内种间差异分开。     

天台山4种鹅耳枥属植物ITS序列的克隆与分析

通过克隆和分析雷公鹅耳枥(Carpinus viminea)、短尾鹅耳枥(C. londoniana)、多脉鹅耳枥(C. polyneura)和天台鹅耳枥(C. tientaiensis)的ITS序列,为鹅耳枥属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。利用PCR法从4种鹅耳枥叶片DNA中克隆到各自的ITS,以ClustalX,EXCEL和MEGA等软件分析和比较序列特征,并从NCBI数据库下载另外7种鹅耳枥的ITS序列用于进化分析。序列已上传至NCBI,登录号为JF796531JF796534。结果表明,4种鹅耳枥属植物ITS的全长为600～602 bp,具26个变异位点,部分位点有明显的物种特征,可用作DNA指纹特异性识别。进化分析的结果表明,11种植物的遗传距离为0.0048～0.0681,表现为种间关系。4种采自天台山的鹅耳枥分属3个不同进化枝,多脉鹅耳枥与阿里山鹅耳枥和云南鹅耳枥处于同一分枝,天台鹅耳枥与欧洲鹅耳枥和湖北鹅耳枥归为一类;而短尾鹅耳枥、雷公鹅耳枥则与美洲鹅耳枥聚为一组。     

中药秦艽基原植物的DNA分子鉴定

[目的]分析秦艽基原植物间不同DNA序列的差异,为秦艽药材DNA条形码的筛选和基原鉴定提供分子证据。[方法]采用PCR扩增纯化后直接测序的方法,测定大叶秦艽G.macrophylla pall.、麻花秦艽G.straminea Maxim.、粗茎秦艽G.crassicaulis Duth-ieex Burk.、小秦艽G.dahurica Fisch、黄管秦艽G.officinalis H.Smith5种植物的核糖体DNAITS、叶绿体DNA psbA-trnH核苷酸序列,并作序列同源性分析。[结果]cpDNA psbA-trnH序列长度变异范围为316-318bp,有7种不同的单倍型,单倍型间有7个变异位点,序列的GC含量为21.2%。最大简约树的聚类结果与单倍型反映的结果一致。nrDNA ITS序列长度变异范围为624～625bp。有5种不同的单倍型、单倍型间有12个变异位点,序列的GC含量为59.3%。最大简约树的聚类结果表明,小秦艽与麻花艽聚为一支,大叶秦艽与黄管秦艽聚为一支,粗茎秦艽位于聚类图的最基部。[结论]nrDNAITS序列较适合作秦艽基原植物的DNA分子鉴定。     

高良姜与混淆品大高良姜的rDNA ITS区序列分析

利用改良的CTAB法提取药材的基因组DNA,运用通用引物对高良姜及混淆品大高良姜rDNAITS区进行PCR扩增,对产物进行直接测序并对测序结果进行聚类分析。结果表明,经ClustalX软件序列比对后发现二者ITS的长度范围在568～576bp,有32处变异位点,主要集中在ITS1区和ITS2区,聚类分析表明高良姜与大高良姜各聚为一支,表明高良姜与大高良姜两种植物碱基序列有较大的差异。     

延边膜荚黄芪rDNA ITS区域克隆与序列分析

用PCR方法克隆延边地区膜荚黄芪的核糖体DNA ITS区域并进行序列分析。结果表明:延边地区膜荚黄芪ITS1的序列长度为228bp,5.8SrDNA长度为164bp,ITS2的序列长度为210bp;序列分析表明延边地区和甘肃的ITS1和5.8SrDNA完全一致,而ITS2第82位处有1个碱基的置换(T/C)。     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.     

ITS2序列作为青风藤DNA条形码的研究

采用DNA试剂盒法提取采自不同地区的青风藤及其类似植物的基因组DNA,设计通用ITS2引物进行PCR扩增和测序,运用生物信息学软件对序列进行分析,从而对青风藤及其类似植物进行分子鉴定。结果表明:产地为陕西、贵州、湖北的青风藤样品序列长度分别为380~437、429~436、434~438 bp,GC含量在54.2%~55.7%,平均GC含量约为55%。青风藤及其类似植物的ITS2序列存在较大差异,且平均K2P遗传距离明显大于青风藤的种内平均K2P遗传距离。这说明内转录间隔区2(ITS2)作为DNA条形码可准确地鉴别青风藤与其他类似植物,为中药材的鉴别提供了新途径。     

江浙地区披针叶八角植物遗传多样性及ITS序列的分析

[目的]从基因水平上探讨披针叶八角植物的遗传多样性。[方法]以江浙地区披针叶八角种内12个不同类型的植株为材料,克隆其核糖体DNA内转录间隔区序列,应用相关软件对其序列差异进行了分析。[结果]供试的披针叶八角植物在形态上可以分为12种类型,其ITS序列长度为634～637 bp,序列差异值为0%～2.4%,ITS1和ITS2的信息位点均达到了6个;聚类分析结果有2组5种供试植株的ITS序列完全一致,而其生物学特征存在一定的差别。[结论]ITS序列同源性与结实性之间具有一定的相关性,而基于ITS序列差异值的种内分类标准并不适用于披针叶八角植物。     

悬钩子皮下盘菌种内遗传多样性的ITS序列分析

通过组织分离法对采自安徽各地的悬钩子皮下盘菌(Hypoderma rubi)鲜材料进行分离培养,共获得12个纯菌株,对各菌株进行DNA提取、rDNA-ITS区PCR扩增和序列测定.序列比较分析表明,悬钩子皮下盘菌ITS序列长度为443-456bp,G+C含量为48.7%-51.5%;不同菌株间的ITS区序列变异较大,该...