利用DNA扩增片段序列对樱桃种质资源的遗传分析

 从130个任意寡核苷酸引物中筛选出48个引物, 对8个樱桃种及2个种间杂交种的总DNA进行PCR扩增, 产生的多态性用于遗传分析。利用两种距离法进行系统发育分析, 并构建出种间及品种间亲缘关系的聚类图。结果表明, 扩增位点总数为840个; 23个甜樱桃品种及4个酸樱桃品种各自聚为一类, 多态位点数分别为569和247个, 多态位点百分率分别为67.74%和29.40%。毛樱桃、草原樱桃(变种) 与欧李聚为单一组群; 中国樱桃与寇尔特亲缘关系较近, 聚为另一单一组; 甜樱桃、酸樱桃等其他种在亲缘关系上分歧较大; 樱桃种群间的遗传距离在0.0623 ～ 0.2719之间, 并且从分子水平上可以鉴别。聚类图聚类分析结果总体上与李属分类标准相一致。除甜樱桃‘红灯’品种外, 均扩增出了1个以上的特有RAPD标记, 据此可以进行品种鉴定或杂种优良性状预选。     

甜樱桃品种SSR指纹检索系统的开发及遗传多样性分析

用SSR技术开发了甜樱桃( Prunus avium ) 指纹检索系统并进行遗传多样性分析。18对樱桃、桃和杏的引物在19份甜樱桃及2份草原樱桃( P. fruticosa) 品种中共扩增出83个等位位点, 每个 SSR位点的等位位点数2 ～8 个, 平均416 个, 多态性信息量( PIC) 变化范围为0.38 ～0.80, 平均为 0.64。7个甜樱桃品种具有特殊位点或特殊带型。利用UDP98-414、UDP98-406、UDP96-001及PMS40等4 对引物开发的指纹检索系统, 可以区分18个甜樱桃品种。根据遗传距离进行聚类分析, 19个甜樱桃品种 分成2组, 甜樱桃品种间的聚类结果基本反映了供试材料之间的亲缘关系。     

基于ITS序列的中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃种内遗传多样性及种间关系分析

对中国樱桃[Cerasus pseudocerasus(Lindl.)G.Don](地方种质35份,野生资源35份),欧洲甜樱桃[C.avium(L.)Moench](18份)和毛樱桃[C.tomentosa(Thunb.)Wall.](7份)共95份材料的核糖体内转录间隔区(ITS,internal transcribed spacer)序列进行了测定和分析,以期从ITS的DNA序列变异角度揭示种内遗传多样性及种间遗传关系。结果表明:(1)96条ITS序列比对后长度为712 bp,G+C含量为58.1%,检测到71个变异位点(9.97%),共定义了37个单倍型;中国樱桃、欧洲甜樱桃和毛樱桃的单倍型多样性和核酸多样性分别为0.840和0.00466、0.928和0.00396、0.905和0.00564,中国樱桃中栽培种质遗传多样性明显低于其野生资源;(2)种间遗传关系显示,中国樱桃与欧洲甜樱桃之间的遗传距离较近(0.019),而与毛樱桃遗传距离较远(0.048);(3)邻接聚类和单倍型网络分析显示3个种分别聚为3个分支,种间具有较大的遗传分化。同时,选择3个种的代表单倍型进行其ITS序列的二级结构预测分析,3个种之间ITS1区、ITS2区的二级结构差异较大,最小自由能差异显著,进一步揭示了3个种间的遗传关系较远。综合分析认为,3个樱桃种内均具有较高的遗传多样性,种间具有较大的遗传分化,遗传关系较远,其中毛樱桃与中国樱桃和欧洲甜樱桃的遗传关系均较远。     

樱桃SRAP-PCR体系优化及其遗传多样性分析

选取亲缘关系较远的3个不同基因型樱桃资源为试材,对影响SRAP标记PCR反应的模板、Mg2+、dNTPs、Taq酶及引物浓度进行了优化,建立了适合于樱桃SRAP标记的扩增体系。反应体系具体为:模板DNA75ng,dNTPs0.2mmol·L-1,Mg2+2.5mmol·L-1,引物0.3μmol·L-1,Taq酶1.0U,反应总体积20μL。采用优化的扩增体系,对45个樱桃种质材料进行了遗传多样性分析,筛选8对扩增清晰且多态性高的引物组合,检测位点共227个,其中多态性位点192个,占84.6%。应用NTSYS-pc软件进行聚类分析(UPGMA),结果表明45个樱桃品种可分为欧洲甜樱桃和中国樱桃2大类,品种间遗传相似系数在0.52～0.98;其中中国樱桃与甜樱桃种间的相似系数最小,表明2类种质具有不同的遗传背景;而组群内的不同品种资源表现了较高的遗传相似性。SRAP分子标记的聚类分析揭示了樱桃品种间亲缘关系与地理分布以及来源相关。     

樱桃荧光AFLP反应体系优化及应用

以12个甜樱桃品种和4个中国樱桃品种为试材,对荧光AFLP分析过程中模板DNA的制备、酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中易出现的问题及其解决方法进行了研究。结果表明:改良CTAB法提取甜樱桃嫩叶和老叶DNA效果均很好;200ng DNA双酶切反应4h,连接产物稀释10倍作为预扩增模板,预扩增产物稀释20倍作为选择性扩增的模板;筛选了64对引物,其中8对扩增效果理想,能够得到清晰、稳定的条带,平均每对引物扩增条带为40.6条,建立了樱桃AFLP分子标记技术体系;该体系的建立为研究甜樱桃遗传多样性和标记重要农艺性状奠定了基础。     

樱桃主栽品种的遗传多样性分析

利用24对SSR引物对30个樱桃主栽品种进行遗传多样性分析, 以了解樱桃产区的资源多样性状况, 为种质资源的开发和利用提供帮助。结果表明: 樱桃产区具有丰富的遗传变异。SSR的遗传多样性指数的分布范围为1.3647～2.9964, Simp son指数分布范围为0.6111～0.9326。30个品种的分子数据聚类结果均呈现一定的地理分布规律。根据系统聚类分析将30个樱桃品种分为两大类: 欧洲甜樱桃和中国樱桃, 与传统分类学的结果相符。同时在两大类内又将品种进行细分, 第Ⅰ类分为3组, 第Ⅱ类分为2组,其结果与地理分布有一定的相关性, 能够反映樱桃的遗传特点及区域特性。     

福建省主要杨桃品种遗传多样性分析

采用RAPD技术对17份杨桃品种资源进行遗传多样性分析.结果表明,13条随机引物共扩增出80条RAPD带,其中77条为多态性带,平均多态位点5.92条,多态率达97.19%,表明杨桃遗传多样性的复杂性.利用UPGMA构建了杨桃的亲缘关系树状图,遗传距离为0～2.16093,当入=2.08时,17份杨桃品种可以划分为3个...     

24个大果沙棘品种的RAPD分析

为了解沙棘种质资源的遗传多样性和品种间的亲缘关系,以24个大果沙棘品种为材料,利用随机扩增多态性DNA(RAPD)方法进行沙棘的遗传多样性分析。从120个随机引物中筛选出多态性丰富的18个引物用于扩增反应,在24个大果沙棘品种中检测到171个RAPD位点,其中多态性DNA带112条,多态位点百分比为65.5%,表明大果沙棘品种具有丰富的遗传多样性;在RAPD分析的基础上,对大果沙棘品种进行了聚类分析,结果表明,以相似系数0.58处作为分界,可将供试的24份大果沙棘种质分为4类。     

ISSR和RAPD分子标记技术在不同君子兰品种遗传多样性上的应用

采用ISSR标记和RAPD标记技术研究了15个君子兰品种的遗传多样性。结果表明:从55条寡聚核苷酸引物中筛选出10条简单重复序列引物,共扩增出65条带,平均每条引物扩增出6.5条带,其中5.4条多态性带,多态性比率为81.95%;从55条寡聚核苷酸引物中筛选出11条多态性引物,共扩增出47条带,平均每条引物扩增出4.27条带,其中32条多态性带,多态性比率为67.88%。POPGEN软件计算出君子兰品种间遗传距离为0.1123~0.6330,平均值为0.3263。基于遗传相似系数的UPGMA聚类分析将15个品种明显聚为二组,国兰系列品种为一组,日本兰系列品种组成另一组。     

应用RAPD 标记和细胞质基因组PCR-RFLP技术研究大花蕙兰的遗传多样性

 利用RAPD、叶绿体和线粒体基因组PCR-RFLP标记系统评价了大花蕙兰20个品种的遗传多样性。在50个RAPD引物分析中, 有36个引物(72.0% ) 能揭示材料间的多态性, 材料间遗传相似系数为0.503～0.765, 平均0.598, 根据遗传相似系数进行聚类分析表明, RAPD标记能将所有材料区分开。在7个叶绿体基因组( cpDNA) 的PCR-RFLP分析中, 6个标记(87.5% ) 可扩增出1至多条清晰的谱带; 扩增产物经7种限制性内切酶消化后, 6个标记的19种引物/酶组合共检测到53条DNA片段, 其中多态性片段有37条, 占69.8%; 材料间遗传相似系数变化范围为0.571～0.949, 平均值为0.766。在8个线粒体基因组(mtDNA) 的PCR-RFLP标记分析中, 只有3个(37.5%) 标记能得到1条清晰的谱带; 利用7种限制性内切酶对3个标记的扩增产物消化后, 在10种标记/酶组合中, 共检测到33条酶切片段, 其中21条(63.6%) 具有多态性; 遗传相似系数为0.634～1.000, 平均0.829。这些结果表明, RAPD标记揭示的大花蕙兰遗传多样性最高, 其次为cpDNA PCR-RFLP标记, 而mtDNA PCR-RFLP标记揭示的遗传多样性最低。     

甜樱桃遗传图谱的构建及果皮红色性状QTL分析

 以甜樱桃（Prunus avium L.）黄红皮品种‘雷尼’为母本,红皮品种‘8-100’为父本杂交获得的90株F1代群体为试材,利用RAPD、ISSR和SSR分子标记进行遗传分析,构建了含8个连锁群共50个分子标记（30条RAPD、15条ISSR、5对SSR标记）的遗传图谱,全长634.67 cM,标记间的平均距离12.69 cM。用基于混合线性模型的QTL Network 2.0软件分析其果皮红色性状的QTL以及基因与环境的互作,发现了两个加性效应QTL和1对上位性互作QTL分布在Chr1和Chr7染色体上,两个加性效应的遗传贡献率（H2）分别为32.28%和47.52%,1对上位效应的遗传贡献率（H2AA）为37.87%,加性和上位性的效应位点与环境互作均为0。研究结果表明樱桃果皮红色性状的遗传受两个加性效应QTL和1对上位性互作QTL的影响。     

Studies on genetic variation in cherry germplasm using RAPD analysis

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) variation among eight cherry species and two interspecific progenies were analyzed. Out of 130, 48 arbitrary oligonucleotide primers were screened for PCR amplification to generate polymorphisms. The phylogenetic analysis was carried out using two distance-matrix methods and a dendrogram was generated to show the relationships among species and cultivars. The results showed that there were 840 amplified loci in total; 23 sweet cherry and four sour cherry cultivars were clustered together with 569 and 247 polymorphic loci respectively which accounted for 67.74% and 29.40% of the total variation. Prunus tomentosa T., Prunus fruticosa var. aucta P. and Prunus humilis B. formed a monophyletic group. A relationship between Prunus pseudocerasus L. and Colt, which formed another closely related group, was observed while Prunus avium L., Prunus cerasus L. and other cherry species were more divergent. The range of genetic distance was from 0.0623 to 0.2719 among the Prunus species, which were genetically distinct. The topology of the tree was generally in agreement with taxonomic classification. The results indicated that with the exception of the sweet cherry variety “Hongdeng”, there were one or more cultivar-specific RAPD markers in cherry species and cultivars. Using these specific markers, cherry species and varieties could be identified and there is therefore the potential to select for good characteristics of hybrids at an early stage.     

甜樱桃品种微繁体系的建立及优化

对影响甜樱桃微繁殖的多种因素进行了研究,建立起甜樱桃品种高效、稳定的微繁殖技术体系。从1年生成熟枝条上剥取1mm茎尖在培养基上可以分化成苗。去顶芽嫩梢的增殖系数显著高于未去顶芽嫩梢的增殖系数。培养基中无机氮含量和NH4+/NO3-比例对于甜樱桃试管苗增殖继代具有重要影响,降低NH4+/NO3-比例有利于产生叶片形态正常的试管苗植株。两步生根法,即先在附加4.0mg/LIBA的1/2MS培养基上暗培养6d,然后转移到不附加激素的1/2MS培养基上继续培养,可以使顽童和早红宝石的生根率达到100%。试管苗移栽成活率达到86.5%。     

茄子耐盐种质亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD标记对14份耐盐茄子种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：从100个引物中筛选出10个多态性较好的引物,共扩增出102条带,多态性条带所占的比例为77.45%。聚类分析结果显示：14份耐盐茄子材料的遗传相似系数在0.316～0.975之间|在遗传相似系数0.47处可将14份耐盐茄子材料分为3大类,大部分种质资源（85.71%）都聚在第3类（栽培种）,表明收集到的茄子耐盐种质亲缘关系较近。     

河南17 个桂花品种的RAPD 分析

 采用改良CTAB 法提取河南17 个桂花品种的基因组DNA , 利用RAPD 技术对其进行鉴定和分类研究。从100 个10 bp 的随机引物种筛选出15 个扩增效果较好的引物进行扩增, 共产生121 条带, 其中87 条为多态性带。根据扩增结果进行聚类分析, 得出反映各品种间亲缘关系的树状图。各个品种群内的不同品种间的亲缘关系接近, 而不同品种群间亲缘关系较远。RAPD 对基因组的分析结果与传统分类学的结果基本相符。     

甜樱桃S基因型PCR鉴定技术研究

绝大部分甜樱桃品种自交不亲和,因此自交不亲和基因型的鉴定对于生产具有重要的意义。以甜樱桃主栽品种为试材,建立基于PCR技术的甜樱桃品种S基因型鉴定技术。试验根据已发表的樱桃S基因序列设计了2对引物组合BFP73/74,BFP93/94,结合S1、S5基因的特异扩增引物,利用扩增片段长度的不同,就可以对樱桃品种的S基因型进行鉴定。通过对已知S基因型品种基因组的扩增,最终建立了基于PCR技术的甜樱桃品种S基因型鉴定技术。     

甜樱桃茎尖培养及PNRSV的RT-PCR检测

 研究了茎尖大小、接种方式、培养基成分、试材基因型对甜樱桃品种茎尖培养的影响。1 年生成熟枝条上茎尖成苗率为8. 3 %～23. 7 % , 嫩梢上的茎尖成苗率为27. 3 %～37. 5 %。利用RT-PCR 技术对部分甜樱桃试管苗进行了早期病毒鉴定, 筛选出一些不带李坏死环斑病毒(PNRSV) 的甜樱桃试管苗,并证明甜樱桃试管苗微茎尖培养不能有效脱除PNRSV。