康乐黄鸡TLR4基因的多态性分析及其与IL-2水平相关性的分析

为了研究康乐黄鸡Toll样受体4(TLR4)基因的多态性及其与白细胞介素-2(IL-2)水平的相关性,试验选取260只万载康乐黄鸡,翅下静脉采血,全血提取DNA并检测血清中IL-2浓度,对TLR4基因第三外显子区域进行扩增并测序,检测其单核苷酸多态性(SNP)位点,分析康乐黄鸡群体遗传变异情况以及SNP位点与血清中IL-2浓度的相关性。结果表明:所提取的基因组DNA完整,目的基因大小为517 bp,在线比对结果相似度达到了98%,可确定该目的基因为预计的基因片段,并且在TLR4基因的第三外显子处检测到SNP位点(C180T),CC和CT基因型频率显著高于TT基因型(P0.05),该突变位点对康乐黄鸡血清中IL-2浓度有显著影响。说明可将C180T位点作为影响康乐黄鸡免疫指标IL-2的候选SNP位点进行进一步研究。     

贵州地方山羊GnRHR基因多态性研究

为了分析山羊GnRHR基因外显子区序列的多态性,筛选出对山羊繁殖性状有显著影响的单核苷酸多态性(SNP)位点,试验以贵州白山羊、黔北麻羊和贵州黑山羊3个地方品种为研究对象,采用DNA池结合PCR直接测序法对GnRHR基因进行SNP检测,同时结合在线软件预测不同基因型mRNA的二级结构。结果表明:在3个山羊品种中共检测到2个SNP位点,即G121A、G15A,其中G121A位于外显子1中且为同义突变,G15A位于内含子中。对外显子1 G121A SNP位点进行生物信息学分析显示,其导致mRNA二级结构发生改变。     

儋州鸡FSHβ基因的单核苷酸多态性研究

为了研究儋州鸡FSHβ基因单核苷酸多态性(SNP),试验采用PCR产物直接测序法,对60份儋州鸡DNA样本的FSHβ基因进行PCR扩展和双向测序,对测序结果组装后使用DNAMAN软件进行比对,人工核对后筛查SNP位点。结果表明:PCR扩增均能得到与预期相符的清晰条带;测序结果与GenBank中登录的原鸡FSHβ序列比对显示,为儋州鸡FSHβ基因的片段;SNP位点筛查显示,儋州鸡FSHβ基因中含有25个SNP位点,即C-130T、A-332C、T-439C、G-591A、C-956A、G-1 233A、G-1 386C、G-1 466A、T-1 542C、T-1 543A、C-1 703T、C-1 714T、T-1 834C、A-1 867G、A-1 960C、C-2 021T、G-2 285T、G-2 399T、T-2 528C、A-2 536G、T-2 607C、G-2 770A、A-3 229G、-665处插入AA及-2 566处缺失C,这25个SNP位点包含了5个内含子突变和20个外显子突变,其中G-591A和G-1 233A为编码区错义突变。     

海南文昌鸡生长激素基因克隆测序及生物信息学分析

为了克隆文昌鸡的生长激素(growth hormone,GH)基因,获得该基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,采用PCR方法扩增GH基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,利用PCR产物直接测序检测GH基因的多态性。结果显示:在鸡GH基因组中共发现7处碱基突变位点,分别位于GH基因的5'端、第1内含子、第4外显子和第4内含子中;多态性分析发现,在GH基因-391 bp处的A/G突变位点、-360bp处的A/G突变位点、-121 bp处的C/T突变位点上,文昌鸡的优势基因型分别是AA、GG和CC;鸡GH基因启动子区域发现多种潜在的转录因子结合位点,如GATA序列结合因子1(GATA-binding factor 1,GATA-1)、环磷酸腺苷应答元件结合蛋白(c AMP response element-binding protein,CREB)、核因子1(nuclear factor 1,NF-1)、上游刺激因子(upstream stimulatory factor,USF)、增强子结合蛋白α(CCAAT/enhancer binding protein alpha,C/EBPalp)等。本试验为进一步研究文昌鸡GH基因的功能提供了参考。     

ESRα基因外显子7和外显子8的多态性分析

为了寻找繁殖主效基因雌激素受体(ESR)α基因新多态性(SNP)位点,试验采用PCR-单链构象多态性(RCR-SSCP)以及测序的方法检测了60头糯谷猪母猪ESRα基因外显子7和外显子8的多态性。结果表明:在外显子7中未发现多态性,外显子8中发现了2个新的多态性位点,在3’UTR区检测到1个多态性位点,分别是472位点的胸腺嘧啶(T)→胞嘌啶(C)突变,562位点的腺嘌呤(A)→鸟嘌呤(G)突变,623位点的T→C突变,A、B基因频率分别为0.816 7,0.183 3,初步推测这3个位点具有连锁效应。     

德国牧羊犬FSHR基因第1外显子SNP T89C与产仔数关系研究

为了研究FSHR基因与产仔数的关系,试验以警用德国牧羊犬种母犬基因组为模板,应用PCR技术克隆FSHR基因第1外显子,测序检测单核苷酸多态性(SNP)T89C位点,并进一步分析基因型对产仔数的影响。结果表明:FSHR基因第1外显子SNP T89C CC基因型个体产仔数显著少于TT基因型个体产仔数(P0.05),说明SNP T89C位点与德国牧羊犬产仔数存在相关性。     

京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析

试验旨在寻找影响京海黄鸡γ-干扰素(IFN-γ)水平的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中INF-γ的浓度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(GWAS),检测与INF-γ浓度相关的SNPs位点。结果共检测到1个在基因组水平上与其潜在显著相关的SNP位点,并达到染色体显著水平。该SNP位于2号染色体上MYOM1基因内部。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断MYOM1基因可能为影响京海黄鸡细胞因子INF-γ水平的重要候选基因。     

不同鸡种TLR1和TLR2基因SNP检测分析

本研究利用DNA直接测序技术对9个地方鸡种(北京油鸡、白耳鸡、溧阳鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡、大骨鸡、狼山鸡、仙居鸡、茶花鸡)和1个引进品种(白来航蛋鸡)鸡Toll样受体1(chTLR1-1、chTLR1-2)、Toll样受体2(chTLR2-1、chTLR2-2)基因的全部外显子、部分内含子及5′调控区的序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果共发现了27个SNP位点,96%的SNPs位于编码区,其中33%的SNPs为错义突变。chTLR2-1基因在所有品种中均未发现SNP位点,chTLR1-1、chTLR1-2和chTLR2-2基因在9个地方品种中突变位点较为丰富,且不同品种间SNP数量差别较大,但在白来航蛋鸡中均未发现SNPs位点。本试验为进一步开展地方鸡种chTLR1和chTLR2基因多态性与抗病研究提供了理论依据。     

乌苏里貉GHR基因第10外显子SNP分析

为了研究乌苏里貉资源群体中GHR基因的单核苷酸多态性(SNP),试验选取生长性状差异较大的两个乌苏里貉群体分别构建DNA池,对GHR基因的第10外显子进行PCR扩增并测序.结果 表明:发现5个SNP位点,分别为T911C、C1112T、G1454A、G1522A、C2279T.其中T911C为错义突变,可导致苯丙氨酸改...     

基于测序技术的海南地方猪TLR4基因多态性分析

为了了解海南地方猪TLR4基因的多态性,试验采用PCR技术对五指山猪、临高猪和屯昌猪的TLR4基因组序列进行了克隆、测序,应用DNAStar和BioEdit软件分析其序列,SMART、SOPMA、SWISS-MODEL在线软件分析TLR4蛋白的结构,并预测二级结构和三级结构。结果表明:获得的三个品种海南地方猪TLR4基因DNA序列全长均为10 435 bp,其中编码区长2 526 bp,编码841个氨基酸。三个品种猪TLR4基因序列种内比对时,五指山猪在种内有1个核苷酸位点存在多态性;屯昌猪在种内有6个核苷酸位点存在多态性,2处位于编码区;临高猪在种内有3个核苷酸位点存在多态性,1处位于编码区。三个品种猪TLR4基因序列种间比对时,有27个核苷酸位点存在多态性,其中2个为错义突变,导致氨基酸改变。三个品种猪的TLR4基因序列的同源性在99.8%～99.9%之间,高度保守。海南猪TLR4基因在7 209位点的G→T突变和7 781位点的G→A位点突变引起了TLR4蛋白二级结构和三级结构发生改变。说明海南地方猪TLR4基因存在多态性,并且其多态性引起的结构改变可能使TLR4基因功能发生变化。     

广西地方鸡种线粒体基因SNP筛选研究

为了从线粒体基因水平筛选广西地方鸡种质资源DNA条形码,研究利用混合池基因组DNA为模板,利用PCR和直接测序技术,对6个广西地方鸡品种和1个商业化肉鸡品种线粒体上6个基因的SNP进行了分析。结果显示:16 S rRNA在7个品种中都未发现SNP,其他5个基因在7个品种中存在SNP。其中广西三黄鸡、广西麻鸡和龙胜凤鸡SNP位点的百分比相似,南丹瑶鸡和东兰乌鸡SNP位点的百分比相似,而霞烟鸡与艾维茵肉鸡SNP位点的百分比相似。研究结果为进一步开发广西地方鸡品种的DNA条形码奠定了基础。     

太行鸡VIPR-1基因内含子1多态性及其与早期产蛋性状相关性研究

为了探索鸡血管活性肠肽受体-1(VIPR-1)基因内含子1多态性与太行鸡早期产蛋性能的相关性,及应用这些多态标记对保种群保种效果进行初步评价,试验参考鸡VIPR-1基因内含子1序列设计引物,以260只产蛋记录完整的太行鸡基因组DNA为模板进行PCR扩增,对符合测序要求的PCR扩增产物进行测序,通过分析测序结果寻找多态位点,对多态位点的遗传参数进行分析,进而评价保种效果,同时对不同基因型和单倍体型组合与开产日龄、各周龄产蛋量进行关联分析。结果表明:260份太行鸡血液样品经PCR扩增均获得了大小为651 bp的条带,该条带明亮、特异性良好,能够满足DNA测序需要;在VIPR-1基因内含子1中发现了8个单核苷酸多态(single nucleotide polymorphic,SNP)位点,分别为SNP1(T37748G)、SNP2(G37813A)、SNP3(G37823A)、SNP4(A37962/-)、SNP5(A37973G)、 SNP6(G38013A)、SNP7(C38035G)和SNP8(A38111G);这8个位点均属于中度多态,且均处于Hardy-Weinberg平衡状态,即试验鸡群体未经选择,保种效果良好;SNP4(A37962/-)的各基因型个体间早期产蛋性能存在差异,A0基因型与00基因型在37周产蛋数上显著或极显著高于AA基因型;单倍体型组合为H1H2(TGGAAGCA/GAA-GAGG)的个体早期产蛋数显著高于其他单倍体型组合。说明试验发现了一个与太行鸡早期产蛋显著相关的SNP位点(SNP4)和一个优势单倍体型组合(TGGAAGCA/GAA-GAGG),可作为太行鸡早期产蛋性状的分子标记,用于太行鸡早期产蛋性能的分子标记辅助选择以及保种群保种效果的评价。     

兴义鸭肌肉生长抑制素基因多态性与屠宰性状的相关性分析

为了解兴义鸭肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因SNPs与屠宰性状的相关性,本研究采用基因克隆及PCR产物直接测序的方法,将MSTN基因作为鸭屠宰性状的候选基因,对兴义鸭的MSTN基因外显子进行多态性检测.结果表明,在60个兴义鸭个体中筛选出8个SNPs,其中,第1外显子有5个突变位点:SNP1(G77A)、SNP2(A91G)、SNP3(G130A)、SNP4(C325T)和SNP5(C331T);在第2外显子中并未发现突变位点;第3外显子有3个突变位点:SNP6(C206T)、SNP7(A235G)和SNP8(C256A);对这8个SNPs与屠宰性状进行关联性分析,结果并未达到显著水平(P>0.05).本研究结果可丰富MSTN基因的研究数据,为鸭的育种提供参考.     

细毛羊LAMB1基因外显子多态性及其与羊毛纤维直径的关联性分析

试验旨在研究LAMB1基因外显子在细毛羊中的多态性及其与羊毛纤维直径的关联性。基于DNA池重测序技术获得的SNPs数据,共筛选LAMB1基因外显子区域20个SNPs,利用直接测序法、PCR-SSCP及生物信息学软件对10个错义突变SNPs的准确性进行验证,利用SAS 8.1的GLM程序分析其对新疆巩乃斯种羊场育种核心群300只细毛羊的遗传效应及与被毛纤维直径的关联性。结果表明,20个SNPs中10个是同义突变SNPs;10个错义突变SNPs验证后7个发生错义突变,导致蛋白性质改变,3个呈假阳性。突变后LAMB1蛋白疏水性更强,预测是不可溶性蛋白。SNP5中TT基因型个体纤维直径显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）,SNP9中GG和TT基因型个体纤维直径显著高于GT基因型个体（P<0.05）。虽然DNA混池全基因组重测序技术完整地检测到基因的SNPs,并将假阳性最小化,但还需要对结果进行验证。研究揭示LAMB1基因外显子多态性丰富,突变SNPs在外显子中分布不平衡,LAMB1基因SNP5（rs159769941）和SNP9（rs159769901）可以考虑作为影响细毛羊被毛纤维直径的有效遗传标记。     

天祝白牦牛Leptin和SCD1基因单核苷酸多态性与肌肉脂肪酸含量的关联性分析

试验旨在研究Leptin和SCD1基因多态性对天祝白牦牛肌肉脂肪酸含量的影响。通过对PCR产物直接测序,在Leptin基因外显子2和3共发现7个SNPs位点(其中4个是错义突变);在SCD1基因第5外显子区发现1个SNP位点(错义突变),对所有SNPs等位基因替代效应对25种单一脂肪酸、单一不饱和度指数、多不饱和度指数和去饱和效应指数的影响进行了检测。结果发现,SCD1基因SNP和Leptin基因3个SNPs位点在不同程度上影响到由饱和脂肪酸FA到单一不饱和脂肪酸MUFA的去饱和作用。说明除了SCD1基因对FA去饱和作用的影响外,Leptin基因错义突变也会对肌肉脂肪中FA的组成产生影响。     

FTO基因单核苷酸多态性对和盈黑鸡屠体及生长性状影响的研究

为了探究脂肪量和肥胖相关(fat mass and obesity associated,FTO)基因多态性及其对鸡屠体性状和生长性状的影响,试验采用DNA测序检测鸡FTO基因编码区的单核苷酸多态性(SNP),并采用一般线性模型中的LSD法分析FTO基因多态性对和盈黑鸡屠体性状和生长性状的影响。结果表明:在FTO基因第5外显子和第7外显子上各检测到一个SNP位点,分别为g.57337C>A和g.64757T>G突变。g.57337C>A突变形成AA、AB和BB 3种基因型,g.64757T>G突变形成TT、TG和GG 3种基因型。g.57337C>A位点对和盈黑鸡屠体重、宰前活重、头重、胸肌重、腿肌重上、肝脏重、心脏重7个屠体性状有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01),对8,10,16周龄体重影响显著(P<0.05)。g.64757T>G位点对和盈黑鸡宰前活重、全净膛重、半净膛重、屠体重和翅重5个屠体性状有显著影响(P<0.05),对16周龄体重影响显著(P<0.05)。说明FTO基因g.57337C>A...     

双羔型辽宁绒山羊FSHR基因SNP分析的研究

分别选择遗传性能稳定的同一年龄的产双羔、单羔辽宁绒山羊母羊,对FSHR基因第10个外显子的1 487 bp至1 717 bp共230个碱基区段进行SNP分析,并以相同年龄的产双羔和单羔的萨能奶山羊为对照.从试验羊血液中提取基因组DNA,利用PCR法扩增FSHR第10个外显子的目的片段,利用PCR-SSCP法对PCR扩增的目的片段进行单核苷酸多态性分析.结果表明辽宁绒山羊FSHR基因第10个外显子突变率较大,并且其突变发生在第1 506个碱基,由C→T.说明FSHR基因的第10个外显子可以作为双羔性状的标记基因.     

鲁禽3号麻鸡优良肉质性状分子遗传标记筛选

脂肪酸结合蛋白(FABP)参与细胞内脂肪代谢,在鲁禽3号麻鸡体内不同组织中特异性表达7种FABP基因。试验旨在从7种FABPs中寻找到能够应用于家禽优良肉质性状筛选及育种的分子遗传标记。提取鲁禽3号麻鸡血细胞基因组DNA,分别扩增出FABP1-7基因全部外显子,采用测序与酶切结合的方法检测SNP位点的位置,并进行基因型与生产性状的关联性分析。结果表明:7种FABP基因中存在9个SNP位点,其中在鲁禽3号麻鸡体内能够用作优良肉质筛选与育种的分子遗传标记是FABP1-E2-83(外显子2第83位)、FABP4-E1-51(外显子1第51位)两个SNP位点。     

早胜牛钙蛋白酶Ⅰ基因(CAPN1)多态性分析

试验旨在研究CAPN1基因在早胜牛群体中的遗传变异,为进一步寻找与早胜牛肉质性状相关的分子标记奠定基础。采用DNA混合池测序法对早胜牛320个样本CAPN1基因所有外显子的SNPs位点进行筛选,同时进行序列分析,并利用测序图中SNP位点等位基因峰高的比值估算各等位基因的频率。结果表明:在早胜牛CAPN1基因外显子区共筛选到7个多态性位点G3717A、A3854G、C5709G、C6004T、G11058A、G15299A和G15682A,其中G3717A和G15299A为同义突变,其余5个SNPs位点为错义突变。该研究结果将为进一步研究早胜牛肉质性状相关候选基因提供理论依据。     

武定鸡脂联素基因多态性分析

[目的]对武定鸡脂联素基因（NC_006096）第1外显子上的c.A99G突变位点进行多态性分析。[方法]翅静脉采集67只武定鸡全血,提取基因组DNA,采用PCR-RFLP法分析Hsp92Ⅱ限制性内切酶对PCR产物进行单酶切的结果。[结果]在c.A99G同义突变位点上存在AA、AB和BB 3种基因型,其中A基因频率为0.686 6,B基因频率为0.313 4;PIC=0.337 8,表明该位点为中度多态位点;χ²适合性检验表明,脂联素基因c.A99G位点处于平衡状态。[结论]采用PCR-RFLP法可有效检测武定鸡脂联素基因c.A99G突变,该位点有3种基因型,等位基因呈中度遗传多态水平且处于平衡状态。