探讨微卫星作为地方山羊品种生长性状的遗传标记

采用微卫星技术及最小二乘拟合线性模型，利用崂山奶山羊、济宁青山羊、鲁北白山羊和莱芜黑山羊4个地方山羊品种中的10个多态性微卫星基因座，分析了微卫星基因座及其等位基因对山羊生长性状的关联效应。结果表明：与品种、性别和年龄等因子比较，标记因子对山羊体重和体尺性状的影响较小，但发现BM6404、BM1818、BM812和BM6444基因座对体重有显著影响（P〈0．05或P〈0．01），BM6404、BM1818、BMS12484、MAF70基因座对主要体尺性状有显著影响（P〈0．05或P〈O．01）。BM6404基因座的等位基因130可能对山羊的胸围、体高、尻宽均有正效应；120对胸围有较强的负效应，而对体高、尻长则有较强的正效应；168对尻长、尻宽均表现为负效应。MAF70基因座的等位基因142对体长有正效应，178对体长有负效应。BMS1248基因座的等位基因128对管围有正效应。     

绵羊微卫星标记与生长性状的相关研究

以相邻地理区域的4个地方绵羊品种133只个体为研究对象,选用位于绵羊第1～8号常染色体上的11个微卫星基因座,采用微卫星DNA技术和最小二乘线性模型,分析了与绵羊生长性状相关的标记效应.结果表明正常发育情况下,不同生长性状之间相关极显著(P＜0.01),除尻长外的生长性状与年龄相关不显著(P＞0.05).品种因子对所有生长性状的效应(P＜0.000 1)大于年龄和标记因子.在8个基因座上发现与某些生长性状相关密切的标记效应(P＜0.05或P＜0.01).影响相应性状的最有利基因型分别是BMS1248座位的136/136和BM3033座位的136/143与体高,BM6444座位的117/121与管围, BM3501座位的178/198与胸围,BMS710座位的118/130和BMS1724座位的178/168与体长,MAF70座位的142/144与体重,BM1227座位的108/116与尻宽.本研究还推测出上述基因座上对相应性状具有正效应或负效应的若干等位基因.     

9个微卫星基因座在太行黑山羊中的遗传多样性研究

通过9个微卫星标记研究太行黑山羊的遗传多样性,为地方山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础。本研究选取位于绵羊第6号染色体上与高繁殖力主效基因FecX和FecB紧密连锁的7个微卫星基因座(TGLA68、OarAE101、BM1329、LSCV043、BM143、OarHH55、GC101)和第4号染色体上的微卫星基因座OarHH35及第8号染色体上的微卫星基因座BM1227,对其进行遗传多样性研究。结果表明:在太行黑山羊中的9个微卫星座位共检测到69个等位基因,平均为7.67个;9个微卫星基因座的平均多态信息含量为0.781,每个微卫星基因座的PIC>0.5,9个微卫星基因座的平均有效等位基因数、平均杂合度分别为5.24、0.81。由此表明,9个微卫星标记均具有高度多态性,可用于太行黑山羊的遗传多样性的分析。     

湘东黑山羊BM1329微卫星标记的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测.结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp～215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001).说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性.     

湘东黑山羊BM1329微卫星标记的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测。结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp~215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001)。说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性。     

高原超细型细毛羊经济性状的微卫星标记研究

利用3对微卫星引物对70只中国美利奴高原型超细类群个体进行DNA多态性分析,结果表明：3个微卫星座位具有高度多态性,多态信息含量平均为0.739 1,有效等位基因数4.441 9.3个微卫星标记与经济性状间的相关分析表明,微卫星MCM218的160 bp等位基因和BMC1009的288 bp等位基因与中国美利奴高原型超细群体绵羊羊毛细度有极显著的相关性,相关系数分别为-0.956 1和-0.849 1.微卫星BMS1248的145 bp的等位基因与中国美利奴高原型超细型绵羊周岁体重有显著的相关性.相关系数为0.952 3.这一结论初步说明,微卫星MCM218的160 bp等位基因和BMC1009的288 bp的等位基因与中国美利奴高原型超细群体周岁绵羊羊毛细度存在一定程度的连锁,微卫星BMS1248的145 bp的等位基因与中国美利奴高山型超细型绵羊周岁体重也存在一定的连锁关系,为进一步分析细毛羊主要经济性状的连锁标记以及克隆相关基因打下基础.     

微卫星标记BM1329在湘东黑山羊中的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测。结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp-215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001)。说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性,可用于山羊遗传多态性的评估,也为山羊的选育、保存和利用提供了一定的科学理论依据。     

微卫星标记BM1329在湘东黑山羊中的遗传多态性研究

利用经筛选的绵羊微卫星引物BM1329,采用聚丙烯酰胺凝胶垂直板电泳,对湘东黑山羊的BM1329微卫星基因座进行了多态性检测.结果表明:该基因座有8个等位基因,其片段大小在175bp-215bp之间,计算了该基因座各等位基因频率、基因型频率及其平均基因杂合度(0.8305)、多态信息含量(0.8090)和有效等位基因数(5.9001).说明在湘东黑山羊中微卫星标记BM1329基因座具有丰富的遗传多态性,可用于山羊遗传多态性的评估,也为山羊的选育、保存和利用提供了一定的科学理论依据.     

2个山羊品种多胎性状的微卫星标记研究

根据比较基因组学原理,选择与绵羊高繁殖力紧密关联的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329、BMS2508,分析其在波尔山羊和西农莎能奶山羊中的多态性分布情况。结果表明,4个微卫星标记在波尔山羊中的多态信息含量（PIC）分别为0.834 0、0.722 2、0.802 1、0.685 5,有效等位基因数（Ne）分别为6.719、4.098、5.610、3.542;在莎能奶山羊中的PIC分别为0.765 5、0.738 7、0.670 1、0.682 0,Ne分别为4.849、4.360、3.520、3.609。4个微卫星基因座对波尔山羊和莎能奶山羊的产羔数效应分析表明,在波尔山羊群体中,OarAE101基因座126 bp等位基因对产羔数具有正效应,而134 bp则呈负效应;OarHH55基因座120和124 bp等位基因对产羔数具有正效应,而130 bp/140 bp基因型则呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数具有正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数具有正效应,而122 bp/141 bp基因型和148 bp等位基因均呈负效应。在西农莎能奶山羊群体中,OarAE101基因座108 bp等位基因和114 bp/126 bp基因型对产羔数均呈正效应,而124 bp等位基因则呈负效应;OarHH55基因座120 bp等位基因对产羔数呈正效应,而150 bp/165 bp基因型呈负效应;BM1329基因座185 bp等位基因对产羔数呈正效应,而176 bp等位基因和215 bp/240 bp基因型则均呈负效应;BMS2508基因座118 bp等位基因对产羔数呈正效应,而141 bp等位基因和153 bp/160 bp基因型均呈负效应。     

微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊中的遗传多样性研究

为了研究太行黑山羊品种的遗传多样性,试验采用PCR扩增、12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色等方法对其进行研究。结果表明:微卫星标记BM6404和TGLA53在太行黑山羊上呈现多态性。BM6404基因座有6个等位基因,其片段大小在125～147 bp之间;BM6404基因座多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.725,4.169,0.760。TGLA53基因座有7个等位基因,其片段大小在121～147 bp之间;TGLA53基因座的PIC、Ne、He分别为0.795,5.5280,.819。说明微卫星位点BM6404和TGLA53在太行黑山羊上均为高度多态位点。     

盘羊及其杂交后代微卫星遗传多样性分析

为了更好地了解盘羊及其杂交后代（盘羊♂×欧拉羊♀）的遗传信息,为盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良提供理论依据。本试验选取24对微卫星引物,应用PCR扩增和毛细管电泳的方法对24只盘羊和24只杂交羊个体进行遗传多样性分析。结果显示,在24只盘羊中,24个微卫星位点上共检测到167个等位基因,平均等位基因数目为6.9583,平均有效等位基因数为3.3665,平均观测杂合度为0.4497,平均期望杂合度为0.6779,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目最多的是位点MAF70,有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点OarFCB193,观测杂合度最高的是位点ILSTS11;在24只杂交羊中,24个微卫星位点上共检测到154个等位基因,平均等位基因数目为6.4166,平均有效等位基因数为3.4061,平均观测杂合度为0.4566,平均期望杂合度为0.6751,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目、有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点MAF70,观测杂合度最高的是位点OarJMP58。从遗传学角度得出,盘羊和杂交羊遗传指标结果相近,试验所得数据可用于盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析

试验探讨了2个与HSP70基因连锁的微卫星座位与牛运输应激性状的关联分析。选择120头12月龄、体重250 kg左右的健康西门塔尔杂种肉牛进行运输应激试验，并根据牛基因组遗传图谱，选择23号染色体上与HSP70基因连锁的微卫星座位BMS468和BM1258检测其在西门塔尔杂种肉牛样本群体中的多态性，采用最小二乘拟合一般线性模型分析微卫星座位与运输应激性状部分指标之间的关联效应。结果显示：微卫星座位BMS468共检测到5个等位基因（128、134、140、146、154 bp），优势等位基因为128和134 bp，有效等位基因数（Ne）、多态信息含量（PIC）和遗传杂合度（He）分别为3.66、0.68和0.73，遗传多态性较高，关联分析显示与运输后7 d平均日增重和发病率显著相关，其中128/128 bp基因型个体的运输后7 d平均日增重最大（P < 0.05），134/128 bp基因型个体的发病率最低（P < 0.05）；微卫星座位BM1258座位共检测到6个等位基因（99、101、103、113、117、119 bp），优势基因为101 bp，Ne、PIC和He分别为4.30、0.73和0.77，遗传多态性较丰富，关联分析显示，其与发病率显著相关，其中99/99 bp基因型个体的发病率最低（P < 0.05）。综上所述，2个微卫星座位可作为牛运输应激性状的潜在遗传标记，为开展牛抗运输应激性状的标记辅助选择提供科学依据。     

Analysis of microsatellites and paternity testing in Rasa Aragonesa sheep

Four microsatellite loci (MAF50, MAF18, OarFCB20 and MCM527) were studied in Rasa Aragonesa sheep in order to evaluate their use in paternity testing. Several population characteristics were estimated [allele frequencies. effective allele number (Ne), polymorphism informative content (PIC) and probability of excluding wrong paternities (Pe)]. In 32 randomly chosen individuals, four alleles were detected for MAF50, with 2.55 effective alleles, 0.58 PIC and 0.35 Pe. For MAF18, five alleles were identified, with 2.99 effective alleles, 0.51 PIC and 0.32 Pe. For oarFCB20, 10 alleles were observed, with 6.06 effective alleles, 0.82 PIC and 0.68 Pe. Finally, for MCM527, six alleles were found, with 3.75 effective alleles, 0.69 PIC and 0.50 Pe. When these loci were used together with serum transferrin locus, Pe rose to 97.20 per cent. Field trials confirmed the real usefulness of these techniques.     

Association Analysis of Polymorphism in the CYP2C45 Gene with Fatty Liver Production in Geese

In order to study the influence of genetic variation in CYP2C45 gene on fatty liver production performance, PCR and sequencing methods were used to identify polymorphism of CYP2C45 gene exons in 113 Landes goose, and the association of polymorphism with production performance of goose fatty liver were investigated. The results indicated that there were 4 SNPs in exon 5 at 111 bp of C>T transition and at 147 bp of C>T transition, and in exon 7 at 71 bp of A>G transition and at 135 bp of G>A transition, respectively. These SNPs were in the stage of complete linkage by linkage disequilibrium analysis. Combining 4 SNPs as one genotype, there were AA (CCAG/CCAG) and AB (CCAG/TTGA) genotypes, but BB genotype (TTGA/TTGA) was not found， the genotype frequencies were 0.9027 and 0.0973, respectively, and the gene frequencies of alleles A and B were 0.9513 and 0.0487, respectively. Analysis of variance showed that the body weight of AB genotype was higher significantly than AA genotype (P<0.05), although the liver weight and ratio of liver weight versus body weight of AA genotype were higher than AB genotype, there were no significant difference （P>0.05）. It suggested that, in the case of the same yield of liver production, less body weight less feeding, AA genotype maybe contribute to the improvement of production efficiency.     

飞行时间质谱法检测水牛黑素皮质素受体4基因多态性

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)检测水牛黑素皮质素受体4(MC4R)基因的多态性(SNPs),为今后建立水牛辅助标记选择策略奠定基础。以水牛MC4R基因序列为模板,利用PCR扩增测序法筛查了水牛MC4R基因13个SNPs。为进一步验证筛选的可靠性,应用MALDI-TOF-MS针对380头水牛检测了8个标记的基因型。结果显示,平均检出率为98.0%,能够准确的检测出3种常见的基因型。所检SNP位点的平均最小等位基因频率(MAF)为0.24,平均杂合度为0.28,平均多态信息含量(PIC)为0.23。本研究建立的基于PCR测序法联合MALDI-TOF-MS检测水牛MC4R基因多态性的方法,具有快速、可靠和准确的特点,为今后开展水牛生产性状基因的SNP分型和检测等研究奠定了基础。     

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4多态性及与部分生产性能的关系

以IGF-Ⅰ基因作为松辽黑猪生长和胴体性状的候选基因，采用PCR-SSCP方法检测30头松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4(179 bp)的多态性，对该基因的不同基因型与生长和胴体性状的关系进行分析。结果表明，IGF-Ⅰ基因的2个等位基因和3种基因型在松辽黑猪中均有不同频率的分布，遗传多态性较高; IGF-Ⅰ不同基因型对断奶后日增重有显著影响，AA型显著高于AB型和BB型(P<0.01)。AA型猪的瘦肉率显著低于AB型和BB型(P<0.01)，而AA型猪的平均背膘厚显著高于AB型和BB型(P<0.01)，对其它性状的影响差异不显著。因此，IGF-Ⅰ基因的遗传分析结果说明该基因对松辽黑猪的平均日增重、瘦肉率和平均背膘厚等3个性状有显著的遗传影响，可以初步推断IGF-Ⅰ基因可能是影响猪生长和胴体性状的一个主效基因或是一个与影响猪生长和胴体性状的QTL连锁的基因。