利用EST-SSR座位对鲤鱼几种生长性状的单标记回归分析

利用Windows Map Manager 2.0 的标记回归法对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体进行QTL单标记定位分析.从70个微卫星座位对鲤鱼体重、体长、体厚、体高性状的标记回归研究中,共得到3个标记与性状相关.其中HLJE1、HLJE633与体长、体高、体厚相关,HLJE633、C88433与体重相关.将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵 (ATPase) 的基因相关.     

利用164个微卫星标记分析镜鲤家系的遗传多样性和经济性状

利用来源于细菌人工染色体文库(Bacterial artificial chromosome,BAC)的164个微卫星标记分析了镜鲤Cyprinus carpio L.家系遗传多样性及标记与体质量、体长、体高、体厚4个性状间的相关性.结果表明:镜鲤家系68个个体在164个微卫星位点上共扩增出402条条带,观察杂合度(Ho)为0.220 6 ～1.0000,平均为0.62,多态性信息含量(PIC)为0.243 9～0.702 8,平均为0.42,总体表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),遗传多样性水平较高;利用SPSS 17.0的GLM模块分析标记与性状间的相关性,有25个标记与相应性状相关(P＜0.05),其中6个标记与性状的相关性达到极显著水平(P＜0.01),使用独立样本T检验和Duncan’s多重比较找到了每个位点的优势基因型;利用NCBI的Blast模块将各位点序列与斑马鱼的序列进行比对,有11个位点与斑马鱼基因相关,一致度均在80％以上,其中6个基因功能已知.     

鸡F2群体13号染色体微卫星标记与生长性状的关系及QTL定位

【目的】鉴定鸡13号染色体上影响鸡生长性状的数量性状位点(QTL)。【方法】以固始鸡、安卡鸡资源群为基础,在鸡13号染色体已报道的QTL范围内选取4个微卫星标记,采用方差分析方法,对测量的F2代共849个个体的32种生长性状(0,2,4,6,8,10,12周龄体质量,0,4,8,12周龄胫长,4,8,12周龄胫围、胸深、胸宽、胸骨长、胸角、体斜长、骨盆宽等)与4个标记进行相关性分析,对显著影响生长性状的微卫星标记进行不同基因型间各性状最小二乘均值的多重比较;并基于最小二乘区间定位法进行基因组扫描,对生长性状进行QTL初步定位。【结果】在F2群体中检测到的4个微卫星标记平均基因杂合度为0.707,平均多态信息含量为0.653;方差分析显示,各个标记与不同生长性状存在不同程度的相关;定位结果显示,在13号染色体上共检测到6个影响生长性状的QTL,其中3个QTL的影响达极显著水平(P0.01)。【结论】将影响4周龄体斜长、胸骨长,8周龄体斜长,6周龄体质量的QTL均定位在13号染色体的52cM处;而影响0周龄胫长、12周龄胸宽的QTL则分别定位于26和9cM处。     

基于微卫星标记的刺参群体遗传结构分析及与经济性状的相关性研究

采用微卫星分子标记技术对7个刺参Apostichopus japonicus(Selenka)群体:辽宁葫芦岛养殖群体、山东烟台野生群体、山东莱州养殖群体、大连旅顺底播群体、丹东东港养殖群体、大连广鹿岛底播群体、大连黑石礁野生群体的遗传多样性进行分析,并随机抽取7个群体中的180头刺参进行体长、体宽、体积、体质量和总棘数与17个微卫星标记之间的相关性研究。结果表明:用12个微卫星标记共扩增获得83个等位基因,每个位点的等位基因数为3～12个,长度为102～368 bp。刺参群体位点多样性分析显示,各刺参群体等位基因数为5.083 3～5.416 7,平均值为5.261 9;有效等位基因数为3.205 0～3.701 1,平均值为3.446 8;观测杂合度为0.547 5～0.686 9,平均值为0.614 9;期望杂合度为0.649 1～0.697 1,平均值为0.674 1;多态性信息含量为0.598 9～0.638 6,平均值为0.620 0。对各群体的Hardy-Weinber平衡检测显示,7个刺参群体均存在不同程度的平衡偏离。刺参群体遗传分化与基因流分析显示,刺参群体间遗传分化系数平均值为0.078 2,变异主要来源于群体内;基因流平均值为5.301 9,刺参群体间存在一定程度的基因交流。刺参群体间遗传相似性系数为0.731 8～0.886 0,UPGMA聚类显示,7个群体中山东烟台野生群体单独为一类,其他6个群体聚为一类。刺参微卫星标记与经济性状相关性分析显示,HC312、EAJ07位点与刺参体长、体积、体质量显著相关(P<0.05);IS45、EAJ03、EAJ04位点与刺参体长、体积、体宽、体质显著相关(P<0.05);SJ04位点仅与刺参总棘数显著相关(P<0.05);SJ09位点与刺参体积、体宽、体质量显著相关(P<0.05);SJ18位点仅与刺参体宽显著相关(P<0.05);SJ19位点与刺参体积、体宽、体质量、总棘数显著相关(P<0.05);SP072位点与刺参体积、体质量显著相关(P<0.05)。本研究结果可为刺参群体结构优化、经济性状的QTL定位、养殖和选育提供参考。     

牙鲆微卫星分子标记与生长性状的相关性分析

研究利用30对牙鲆微卫星标记,对牙鲆雌核发育家系91个个体基因组DNA进行检测,在30对微卫星标记中,共检测到124个等位基因。其中,各座位的等位基因数3～8个,等位基因片段大小为80～170bp,平均有效等位基因数3.257。其中poli11座位的等位基因数目最多为8。平均多态信息含量为0.6197,平均杂合度为0.6672。利用SAS8.2中的一般线性模型(GLM)对30个微卫星标记与牙鲆的生长性状进行连锁显著性检验。发现在30个微卫星座位中,有8个座位分别与体重、体长、体高显著相关。其中,poli6TUF位点与体重相关;poli30TUF、poli107TUF、poli108TUF、poli116TUF、poli123TUF、poli130TUF6个座位与体长显著相关;poli145TUF与体重、体长显著相关,而与体高相关性不显著。poli9-8TUF与体重、体长、体高3个性状均显著相关(P<0.05)。将基因型与生长性状进行Duncan多重比较,找到4种与生长性状相关的基因型。     

鲤正、反交F2群体的AFLP遗传图谱构建及其QTL定位

以高代选育的荷包红鲤和兴国红鲤的正、反交F2群体为材料,利用AFLP标记构建了鲤正、反交群体的遗传图谱,并进行了生长相关性状的QTL定位。在正交群体中,14对AFLP引物共产生542个多态性标记,其中325个标记符合3∶1的孟德尔分离比例,利用其构建的遗传图谱涵盖50个连锁群,图谱总长度3 676.1 cM,并获得了与全长、体长、体高、尾柄长和尾柄高5个生长性状相关的17个QTL,可解释表型变异的1.66%~70.49%;在反交群体中,14对AFLP引物共产生605个多态性标记,其中333个标记符合3∶1孟德尔分离比例,构建的遗传图谱也涵盖50个连锁群,图谱总长度3 943.1 cM,获得了与体重、全长、体长、体高和尾柄长5个生长性状相关的15个QTL,可解释表型变异的1.58%~63.89%。还对正、反交群体构建的遗传图谱及QTL定位差异及结果进行了初步分析和探讨。     

微卫星标记多态性与番鸭屠宰性能的关联分析

研究微卫星标记与番鸭屠宰性能的相关关系,为采用分子标记辅助选择的方法提高选种效果,并进一步加快育种进展提供相关参考依据.根据番鸭遗传图谱及相关文献报道,选择了与番鸭屠宰性能QTL连锁的8个微卫星基因座,对160只白羽番鸭的屠宰性状进行群体遗传学检测:计算其多态信息含量、等位基因数、杂合度.每个微卫星基因座的等位基因数3-6个不等,8个微卫星的平均等位基因数为4.25个,平均杂合度与平均多态信息含量分别为0.723和0.672.并进行微卫星标记与屠宰性能的关联分析.结果表明,不同基因型各屠宰指标的最小二乘均数以位点CAUD035和位点CAUD076差异性最显著CP<0.05),可作为番鸭屠宰性状选择参数.     

青格里绒山羊微卫星标记遗传多态性及其与部分经济性状相关关系的研究

[目的]研究青格里绒山羊群体的遗传多态性,检测并分析多态标记与生产性状的关联性,找到与生产性状相关的遗传标记,为标记辅助选择育种提供理论依据.[方法]采用微卫星标记技术研究9个微卫星标记在青格里绒山羊群体中的遗传多态性,利用Popgene(Version1.32)软件计算等位基因频率(P)、基因杂合度(H)、有效等位基因数(Ne);用PIC-CALC软件计算多态信息含量(PIC),并用SAS软件的一般线性模型(GLM)分析多态位点与部分生产性状的相关性关系.[结果]9个微卫星标记中,微卫星标记BM6438没有多态性,其它8个微卫星标记均存在多态性.在青格里绒山羊群体中,8个有多态性的微卫星标记的平均有效等位基因数(Ne)、杂合度(H)、纯合度(P)和多态信息含量(PIC)分别为4.821 9、0.784 9、0.215 1、0.754 0.关联分析表明:绒细度性状上,标记OarHH35的BF基因型个体的绒细度显著低于其它基因型个体(P＜0.05),标记BM3033的DF基因型个体极显著低于CE基因型个体(P＜0.01),标记BM1824的BE基因型个体极显著低于AB基因型个体(P＜0.01);产绒量性状上,标记BMS1788的CG基因型个体显著高于BC和EG基因型个体(P＜0.05);标记BM1824的AD和BE基因型个体显著高于CF基因型个体(P＜0.05).[结论]与生产性状相关联的4个微卫星标记OarHH35、BM3033、BM1824、BMS1788可望作为青格里绒山羊绒细度或产绒量的分子遗传标记.其中,标记BM 1824的BE基因型可望作为同时影响青格里绒山羊绒细度和产绒量的分子标记,这对于绒山羊分子育种研究工作的开展具有重要意义.     

巴什拜羊微卫星标记多态性及其与生长指标关联性分析

【目的】以巴什拜羊为研究材料,通过分析微卫星DNA座位的基因型,并与生长性状进行相关分析,以寻找影响巴什拜羊生长性状的微卫星标记,为分子标记辅助选择提供依据。【方法】从GenBank数据库查询绵羊、山羊的微卫星座位,根据微卫星选择标准选择符合要求的10个微卫星标记,对巴什拜羊189个个体基因组DNA进行检测,采用最小二乘方法分析微卫星座位与生长指标的关联效应。【结果】10个微卫星标记共检测到110个等位基因,平均每个座位等位基因数为11个,平均多态信息含量为0.7914,平均杂合度为0.8149;10个微卫星座位中有8个微卫星座位与巴什拜羊体重、体尺等5项生长指标有显著和极显著的关联性,特别是基因座BM415与体重、体尺指标均呈极显著相关(P0.01),多重比较结果显示8个微卫星座位都存在优势基因型。【结论】发现了巴什拜羊群体生长指标具有显著效应,多态性较高的微卫星基因座,为开展巴什拜羊生长指标的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

家猪1号染色体微卫星标记与背膘厚的相关性

为了定位家猪背膘厚在1号染色体上的数量性状位点（QTL），检测和分析了一个复杂家猪系1号染色体上8个微卫星位点的基因型及其与背膘厚的相关性，结果表明，S0113与背膘厚的相关极显著，SW974与背膘厚的相关程度也达到极显著水准，说明两上相邻的标记区域可能存在显著影响背膘厚的大效基因，其余6个微卫星标记位点与背膘厚的相关均不显著。     

福建黄兔微卫星标记与生长性状的相关分析

根据兔的遗传图谱及相关报道选择了8个微卫星基因座对195只福建黄兔群体进行群体遗传学检测;计算其有效等位基因数杂合度、多态信息含量,并通过最小二乘分析微卫星遗传标记与体重、体尺性状的相关性.结果表明选用的8个微卫星座位的杂合度在0.5904～0.7267之间,平均为0.6857.多态信息含量在0.5723～0.7222之间,平均为0.6622.许多微卫星基因型与体尺体重有较强相关.微卫星座位Sol133 209bp等位基因对1月龄体重有较强的相关效应;Sat12 125bp和座位So133 201bp等2个等位基因对3月龄体重有较强的相关效应;座位So133 213bp等位基因对8月龄体重有负面影响;座位So144 217bp、座位So133 209bp、以及座位So103 236bp等4个等位基因对体长性状有相关效应;座位So144 227bp、座位So133 209bp、座位So130 170bp以及座位Sp103 244bp等4个位基因对胸围性状有相关效应;座位So144 203bp等位基因对胸围性状有负面影响.5个微卫星基因座的基因型So133(209/213)、Sat12(125)、So130 170、So103(236/244)、So144(203/227)对福建黄兔体尺体重存在相关性.这为进一步OTL定位提供理论依据.     

Genetic potential analysis of German mirror carp (Cyprinus carpio L.) using microsatellite markers

Using 30 microsatellite markers and combining quantifiable characteristics such as body weight, body length and body width, we evaluated the genetic potential of 3 German mirror carp (Cyprinus carpio L.) populations. Number of effective alleles (Ae), observed (Ho) and expected (He) heterozygosity values and polymorphic information contents (PIC) were all calculated. Two hundred and eighty-seven alleles and 559 genotypes were detected. The DNA fragment length was 109–400 bp. The Hardy-Weinberg Equilibrium was checked and the phenomenon of some disequilibrium was studied according to the χ² test. The results showed that the level of genetic variability was moderate, but genetic potential of Shuanglai population was much lower than that of Huanxin and Songpu breeding populations. PIC of the three populations of German mirror carp were between 0.08787 and 0.5377, both highly and moderately polymorphic markers were 13. The number of the Ae was between 1.1014 and 6.4665. The Ho and He heterozygosity values were 0.0968–0.9892 and 0.0926–0.8554, respectively. The linkage correlation was analyzed using the data of body weight, body length and body width, and 30 loci. The result showed that there existed 2 loci, HLJ319 and HLJ693, associated with body length. The HLJ693 locus was significantly correlated with body weight trait. The HLJ677 locus was linked with body width. And then the result was verified in Recombinant Inbred Lines (RIL) of common carp. It showed that the HLJ319 locus was significantly linked with body length, the same as the result of quantitative trait loci (QTL) location for common carp. __________ Translated from Hereditas (Beijing), 2007, 29(12): 1509–1518 [译自: 遗传 (北京)]     

翘嘴鲌生长激素基因侧翼2个微卫星位点与生长性状的关联分析

通过120尾同塘养殖翘嘴鲌体长和体质量的测定,以及生长激素基因(GH)侧翼的2个微卫星位点Cal-GH01和Cal-GH02基因型检测,分析了翘嘴鲌GH基因侧翼的2个微卫星多态性与生长性能的相关性。结果表明:Cal-GH01共检测到3个等位基因(404、407和410 bp)和6种基因型,等位基因407 bp是优势等位基因,407/407 bp是优势基因型;该微卫星位点多态信息含量为0.420,观测杂合度为0.207 2,属中度多态性位点。Cal-GH02共检测到6个等位基因(366、375、378、381、384和387 bp)和11种基因型,等位基因381 bp是优势等位基因,381/381 bp是优势基因型;该微卫星座位多态信息含量为0.450,观测杂合度为0.466 1,属中度多态座位。微卫星位点Cal-GH01的分析结果表明,404/407型个体占样本数的13.3%,其体长最长。407/410型个体占样本数的5%,其体质量最大。Cal-GH01不同基因型个体体长和体质量均有差异,但差异均不显著(P>0.05)。在微卫星位点Cal-GH02中,366/381型个体占样本数的3.3%,其体长和体质量均最大,其体质量显著大于其他基因型个体(P<0.05)。384/387型个体占样本数的2.5%,其体长和体质量均最小,其体长显著小于其他基因型个体(P<0.05)。翘嘴鲌GH基因多态性与生长性状存在关联,推测相关变异位点可作为翘嘴鲌生长的候选辅助标记。     

德国镜鲤微卫星标记与形态性状的相关分析及亲本的选育

利用微卫星标记技术对形态差异较大的2个德国镜鲤(Cyprinus carpio L. mirror)群体的189尾个体进行研究.利用一般线性模型(general linear model,GLM)对15个微卫星位点与德国镜鲤的体重、体长、体高、尾柄长、尾柄高、头长和头高的关系进行方差分析和多重比较,结果表明微卫星引物MFW1与体重和体长显著相关,与体高极显著相关;引物MFW9与头长显著相关;引物MFW11与尾柄长和头高显著相关;引物MFW29与体长、体高和头高极显著相关,与尾柄高显著相关.利用引物MFW1检出10尾含有座位208/208的个体;利用引物MFW9检出25尾含有座位90/90的个体;利用引物MFW11检出3尾含有座位202/188的个体;利用引物MFW29检出10尾含有座位172/162的个体.将上述个体利用SPSS13.0对其进行差异性分析,选育出33尾优良个体,利用PopGene3.2对其遗传距离进行分析,最终选出13尾性状优良且遗传距离较大的亲鱼,其中5尾为保种群体,8尾为北林群体,对其培育并建立选育系.     

绵羊微卫星标记与体重的相关分析

根据绵羊的遗传图谱及相关报道选择了位于4号和6号染色体上连锁的10个微卫星基因座，并在中国美利奴肉用品系群体中对这些基因座进行群体遗传学特性分析和体重的相关性分析。微卫星不同基因型在体重上的多重比较和微卫星标记对体重相关效应的F检验结果表明：紧密连锁的OARHH35 和BMS648 与体重间存在显著的相关性（P<0.05），有一个影响体重的QTL；染色体进行同源比较发现表明：在这两个位点之间可能有一个ob基因；6个微卫星基因座的基因型（BM9058（131/149 ）、BM4621（149/181）、BM4311（119/119）、OARJMP8（131/145）、OARHH35（123/155）和BMS648（176/208））在体重上存在显著的差异。     

甘肃高山细毛羊优质毛品系微卫星标记与经济性状的相关性分析

利用15个微卫星位点对甘肃高山细毛羊优质毛品系153只母羊的个体基因型进行检测,并用SPSS13.0程序下的GLM对具有多态性的14个微卫星位点与羊毛及体重的关系进行方差分析和多重比较。结果发现7个微卫星位点与甘肃高山细毛羊优质毛品系羊毛及体重存在显著或极显著相关,同时在这些位点上找到了对经济性状有利的基因型,为集成甘肃高山细毛羊优质毛品系的早期分子标记辅助选择育种技术提供了依据。     

獭兔KAP和FGF5基因的多态性与经济性状的关系

分析獭兔KAP基因和FGF5基因的多态性与经济性状的关系,为獭兔下一步的性状改良提供理论基础.利用PCR-SSCP技术对KAP基因的4个位点进行遗传变异检测,通过SPSS软件下的GLM程序分析150只獭兔KAP基因2个多态位点及FGF5基因2个多态位点不同基因型的最小二乘均值(LSM)、最小二乘效应值(LSE)及其遗传方差;通过标记位点与胴体性状和毛皮性状的遗传相关预测了选择反应.结果表明:獭兔KAP3.2位点可作为胴体深和被毛密度的标记位点,KAP6-1位点可作为獭兔体质量,胴体质量和被毛长度性状的标记基因型的标记位点,FGF5-1位点可作为体质量、胴体质量、皮质量和被毛密度的标记位点.     

瘦素及受体基因多态性与北极狐生产性能相关性分析

利用PCR-SSCP技术检测北极狐群体大兴安岭图强林业局狐貉养殖基地的瘦素和瘦素受体基因编码区域序列的单核苷酸多态性,分析了瘦素及其受体基因的突变与北极狐体重和皮张性状的关系,结果表明,瘦素基因突变位点导致的基因型对体重、腹围、皮张长都有极显著的影响(P<0.01),瘦素受体基因突变位点导致的基因型对胴体重和针毛长有极显著的影响(P<0.01)。利用这两个突变位点所产生的合并基因型对北极狐生产性状的影响用SPSS13.0分析,多重比较结果表明:两位点合并后的基因型对体重和腹围影响显著(P<0.05),对针毛长的影响极显著影响(P<0.01),AB(OB3)AA(OBR4)对体重是有利的基因型,BB(OB3)BB(OBR4)对针毛是有利的基因型,AA(OB3)AA(OBR4)对腹围是有利的基因型。     

小尾寒羊血浆转铁蛋白多态性与生长性状关系的研究

采用垂直聚丙烯酰胺电泳技术对85只小尾寒羊在转铁蛋白(Tf)位点上的6个生长性状进行了研究。结果表明:Tf位点检出6种表现型TfAA、TfBB、TfCC、TfAB、TfAC、TfBC, 受4个等位基因(TfA、TfB、TfC、TfD)控制, 其中TfC为优势基因;血清转铁蛋白位点的不同表现型之间,羊只的6个表型性状间均有一定的差异,除在体重和体长位点上TfCC型显著大于TfBB型外(P<0.05), 其余4个性状均表现为弱相关(P>0.05);TfCC型可作为小尾寒羊体重和体长两生长性状上早期选种的辅助标记。     

油菜开花期QTL定位及与粒重的遗传关联性

【目的】明确中国和欧洲油菜开花期主控位点及其对粒重的影响,为早熟油菜品种选育提供科学依据。【方法】以欧洲冬油菜Sollux和中国品种高油605的选系(Gaoyou)杂交F1经小孢子培养产生的DH群体为材料,采用7年9种环境下的开花期表型数据和新版SG图谱定位开花期QTL,并采用条件遗传学和QTL分析相结合的条件QTL定位方法,解析开花期对千粒重QTL的影响,最后对各20个极端开花期株系的基因型和表现型进行性状-标记的符合度测定,为标记筛选用于辅助选育提供依据。【结果】应用WinQTLCart 2.5复合区间作图法,共检测到7个在3种以上环境中稳定表达的控制开花QTL,加性效应值在0.58—3.85 d,解释了表型总变异的84%。8对上位性QTL效应总和为加性总效应的41.8%。QTL与环境互作效应只在少数位点和个别环境中显著。在3个主效QTL峰值或相近位置上定位了4个在拟南芥中调控开花的关键基因FT、API、FLC和FY的6个同源拷贝,为发掘控制这些QTL的候选基因提供了有价值的参考信息。条件QTL分析表明,在4个增重效应均来自Gaoyou的千粒重QTL位点(qSWA2、qSWA3、qSWA4和qSWC2),大粒等位基因效应可能与开花早、籽粒灌浆期长有关。通过选择这些位点的早开花标记基因型有望同时提高种子千粒重,这也部分给出了开花期与千粒重之间极显著负相关的遗传解释,但2个粒重主效位点(qSWA7和qSWC8)的遗传效应不受开花期影响。根据SG群体极端开花期株系在3个效应值最大的QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)区域标记基因型和开花期表现型的关联分析,筛选获得6个高质量、高吻合度的共显性标记推荐育种应用。qFTA2位点,标记辅助准确率为70%-80%;qFTC2和qFTC6位点的选择效率达到80%-100%。基因型组配分析显示,聚合qFTA2、qFTC2和qFTC6的早开花等位基因,可显著提早开花期,同步增加千粒重但不影响含油量和角果粒数。【结论】7个QTL均显示早开花等位基因来自中国亲本。拟南芥中调控开花关键基因FT、API、FLC和FY的6个同源拷贝定位到3个主效QTL峰值位置。开花迟、早显著影响4个千粒重QTL位点,但2个最重要的粒重位点(qSWA7和qSWC8)不受影响;3个主效QTL(qFTA2、qFTC2和qFTC6)的6个共显性标记可用于早熟基因的转育和早熟材料的筛选。