西藏牦牛、绵羊棘球蚴病病原的分子鉴定

本研究旨在对西藏自治区那曲地区和拉萨市牦牛、绵羊体内棘球蚴病原进行分子生物学鉴定并分析其遗传变异规律。对2016年11月底采自西藏拉萨市当雄县和那曲地区嘉黎县的5只绵羊体内的5个棘球蚴包囊、15头牦牛体内的18个棘球蚴包囊分别分离棘球蚴原头蚴或生发层组织，提取基因组DNA，应用PCR方法扩增nad1基因，通过测序获得nad1全基因序列。运用DNAStar MegAlign软件对序列进行同源性分析。以GenBank中已公布的棘球属的nad1全基因序列为比对对象，采用最大似然法（ML）构建系统发育树。结果显示，所测定的牦牛和绵羊的23个棘球蚴病原nad1基因序列与GenBank登录的细粒棘球蚴狭义种（G1基因型）nad1基因序列高度同源，同源性为99.6%~99.8%，23条nad1基因的遗传距离为0~0.0022447。同源基因的碱基变异率为0.2%~0.4%；与棘球属其他棘球绦虫同源基因的碱基变异率为14.9%~19.8%。有5个样本的nad1基因在不同位点发生碱基突变，变异位点发生序列转换。以上结果表明，本研究所采集牦牛和绵羊的棘球蚴为细粒棘球绦虫G1基因型，其nad1基因变异小，序列一致性高。     

山羊源3种不同形态阴门盖捻转血矛线虫雌虫的多位点序列分析

旨在解析3种不同形态阴门盖捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）的遗传进化差异，本研究从养殖场山羊皱胃中分离到捻转血矛线虫虫体，采用普通光学显微镜观察71条雌虫虫体阴门盖的形态结构特征，并基于捻转血矛线虫ITS-1、ITS-2和nad4基因位点，采用PCR法对不同阴门盖的虫体进行扩增，通过比对多位点序列进行遗传进化分析。经显微镜观察发现，本研究分离到的捻转血矛线虫雌虫阴门盖存在舌瓣形、亚球形和舌-球混合形3种形态，所占比例分别为45.07%（32/71）、50.70%（36/71）和4.23%（3/71）。对43条雌虫全长和阴门至虫体末端长度进行测量和统计分析，结果显示，3种不同形态阴门盖的捻转血矛线虫全长统计学差异不显著（P>0.05），而3种不同形态阴门盖的捻转血矛线虫阴门至虫体末端的长度存在显著性差异（P<0.05）。基于捻转血矛线虫ITS-1、ITS-2和nad4基因进行的序列分析结果显示，不同形态阴门盖虫体的9个样品在3个基因位点上存在不同程度的碱基差异，多态性位点分别为10、13和43个，核苷酸多态性分别为0.85%、1.34%和1.97%。基于ITS-1和ITS-2构建的遗传进化树显示，研究中所用样品与GenBank上H.contortus的参考序列处于同一进化支，表明本研究所分离到的虫体均属捻转血矛线虫。捻转血矛线虫雌虫的阴门盖存在形态学差异，不同形态阴门盖虫体在ITS-1、ITS-2和nad4基因位点上均存在不同程度的碱基差异，此研究结果为捻转血矛线虫的种类鉴定和遗传进化提供了参考数据。     

蛋鸡OCX-32、OVA基因多态性及其与蛋品质性状的关联分析

试验旨在研究卵钙蛋白-32（ovocalyxin-32,OCX-32）、卵清蛋白（ovalbumin,OVA）基因多态性与蛋品质性状的关联性,寻找与蛋鸡蛋品质性状相关的分子遗传标记。采用PCR-SSCP技术对海兰褐蛋鸡父母代中OCX-32、OVA基因的多态位点进行检测,使用SPSS 22.0软件将不同基因型与海兰褐蛋鸡蛋品质性状进行关联分析,并进一步在子代中验证,寻找优势基因型。结果显示,OCX-32基因第6外显子中检测到AA、BB和CC 3种基因型,2个突变位点,分别位于7 018和7 116 bp;OVA基因第5外显子中检测到AA、BC、BB 3种基因型,2个突变位点位于4 296和4 323 bp。关联分析结果表明,海兰褐蛋鸡父母代OCX-32基因AA基因型的蛋黄重极显著高于BB和CC基因型（P < 0.01）;海兰褐蛋鸡父母代OVA基因AA基因型的哈氏单位及蛋白高度极显著高于BC基因型（P < 0.01）,显著高于BB基因型（P < 0.05）,AA基因型蛋白重显著高于BC基因型（P < 0.05）。在子代中验证进一步确定了OCX-32基因的AA基因型为调控蛋黄重的优势基因型,OVA基因的AA基因型为调控哈氏单位、蛋白高度和蛋白重的优势基因型。综上所述,OCX-32及OVA基因对蛋品质性状有一定影响,可作为蛋鸡的分子育种标记。     

怀化地区犬瘟热病毒H、F基因遗传多样性及其遗传进化分析

【目的】探究怀化地区犬瘟热病毒的基因变异与遗传多样性情况,阐明其遗传进化关系。【方法】从怀化地区收集30株犬源犬瘟热病毒样本,用PCR法扩增其H、F基因序列。利用DNAStar软件分析H、F基因序列碱基组成;利用Clustal X、MegAlign软件进行变异位点和遗传多样性分析;运用Clustal X、PhyML 3.0软件,采用最大似然法(ML)对怀化地区犬瘟热病毒进行遗传进化分析,并用FigTree v 1.3.1软件构建遗传进化树。【结果】30株怀化地区犬瘟热病毒均为Asia-Ⅰ型,其H、F基因序列长度分别为1 778和1 850 bp,其AT含量分别为56.8%～57.9%和54.9%～56.1%,GC含量分别为42.2%～43.0%和44.1%～44.9%。H基因的种内差异为0～3.1%,种间差异为51.36%～60.15%;F基因的种内差异为0～2.4%,种间差异为39.60%～53.09%。基于H、F基因序列所构建的遗传进化树发现,来源于怀化地区的30株犬源犬瘟热病毒全部位于遗传进化树的同一分支上。【结论】来源于怀化地区犬瘟热病毒之间虽存在一定程度的基因变异和遗传多样性...     

嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COI和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系.采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COI)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育.结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647 bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661 bp.长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%.以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类.因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位.     

牛源IL-6基因克隆与生物信息学分析

试验旨在克隆牛白细胞介素-6（IL-6）基因，并对其编码蛋白进行生物信息学分析，对荷斯坦奶牛进行尾根采血提取RNA后逆转录为cDNA，根据NCBI数据库中已知的牛IL-6基因mRNA序列设计特异性引物，应用RT-PCR技术克隆得到CDS区全长序列，利用生物信息学软件分析牛IL-6基因序列特征、同源性及编码产物的理化性质等。结果表明，试验成功克隆了牛IL-6基因CDS区，全长627 bp，分子质量为23.759 ku，共编码208个氨基酸，理论等电点为7.58，脂溶系数为93.37，属于亲水性蛋白；牛IL-6基因与猪、绵羊、大鼠、人、猫、犬、鸡、小鼠、马和兔的同源性分别为84.4%、96.2%、66.7%、77.5%、75.9%、79.3%、48.5%、67.0%、79.5%和67.5%；系统进化树分析发现，牛与绵羊亲缘关系最近，猪次之，鸡最远；在二级结构预测中，该蛋白无规则卷曲与α-螺旋分别为34.6%和60.1%；亚细胞定位于细胞质；该蛋白含有信号肽和跨膜螺旋结构。本研究为进一步分析牛IL-6基因的功能奠定了一定的理论基础。     

肉鸡养殖场中耐药相关基因散播情况的调查研究

为研究耐药相关基因在肉鸡养殖场中的分布流行情况，本研究以河北省肉鸡养殖场待出栏肉鸡为研究对象，采用随机抽样方式采集肉鸡泄殖腔拭子样品264份，粪便污染地面样品9份，进行bla_NDM、bla_OXA、bla_CTX-M、armA、fexA、cfr、mcr-1、qnrS 8种耐药基因和int1、ISCR1 2种与耐药基因散布密切相关基因的实时荧光定量PCR检测。结果显示，10种基因在273份样品中均有不同程度检出，检出率在4.03%~97.07%之间，检出率最低的为armA基因，最高的为int1基因；样品中有基因共存情况，并以3种耐药基因共存的情况最多，有4份样品存在1种耐药基因，6份样品未检出任何耐药基因，没有样品共存8种耐药基因；通过数据分析，共得到41种不同的耐药基因谱型，其中常见的耐药基因谱型为bla_CTX-M-fexA-mcr-1和bla_OXA-bla_CTX-M-fexA-cfr-mcr-1-qnrS；分析发现样品携带两种及以上耐药基因时，与耐药基因散布相关的int1和ISCR1元件检出率越高，耐药基因在样品中检出的种类越多；耐药基因bla_OXA、bla_CTX-M、fexA、cfr、mcr-1、qnrS与int1基因的共存有统计学意义（P<0.05）；耐药基因bla_NDM、bla_OXA、bla_CTX-M、fexA、cfr、qnrS与ISCR1元件的共存有统计学意义（P<0.05）。本研究为畜牧兽医养殖行业耐药性监测工作提供了基于样品的新型实时荧光定量PCR检测方法，为有效预防耐药菌、耐药基因产生、控制耐药性的快速传播提供了可靠的数据支持。     

嗜群血蜱和长角血蜱ITS-2、COⅠ和COⅡ基因序列变异与亲缘关系分析

本研究旨在阐明长角血蜱与嗜群血蜱间的亲缘关系。采用聚合酶链式反应(PCR)技术从长角血蜱和嗜群血蜱基因组DNA中扩增得到核糖体第二内部转录间隔区基因(ITS-2)片段、线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)片段和线粒体细胞色素氧化酶亚基II基因(COⅡ)片段,并进行测序,进而分析其基因变异与系统发育。结果表明,长角血蜱和嗜群血蜱的ITS-2、COⅠ和COⅡ基因片段的大小存在差异,长角血蜱3种基因分别为361、479和647bp,嗜群血蜱基因分别为354、474和661bp。长角血蜱与嗜群血蜱间ITS-2、COⅠ和COⅡ基因的相似性分别为84.2%、89.0%和88.4%。以3种基因构建的NJ进化树中,长角血蜱和嗜群血蜱均聚类。因此,认为长角血蜱和嗜群血蜱间ITS-2、COI和COII基因间变异较小,它们是血蜱属中亲缘关系较近的2个有效种,支持传统形态学的分类地位。     

四川省松潘县牦牛体表蜱、高原鼠兔携带巴尔通体和无形体的PCR检测与进化分析

旨在了解四川省松潘县牦牛体表蜱、高原鼠兔巴尔通体和无形体感染情况。采集牦牛体表的蜱和捕获高原鼠兔，对蜱进行形态学初步鉴定后，提取蜱和高原鼠兔脾总DNA，PCR扩增蜱16S rRNA、巴尔通体rpoB和无形体16S rRNA基因，对PCR产物阳性产物测序、比对及构建系统进化树，从而确定蜱种类及蜱和高原鼠兔感染巴尔通体和无形体的种类及感染率。结果显示：在松潘县进安乡、山巴乡、下八寨乡各采集到蜱102、97和131只，共计330只，经鉴定均为青海血蜱。蜱巴尔通体仅检出1种巴尔通体，与B.melophagi亲缘关系最近，进安乡、山巴乡和下八寨乡检出率分别为16.7%、8.2%和18.3%，其中下八寨乡检出率显著高于进安乡（P<0.05）；蜱源无形体进安乡、山巴乡和下八寨乡检出率分别为9.8%、12.4%和26.7%，下八寨乡检出率显著高于进安乡（P<0.01），检出的无形体均为1种，与牛无形体（A.bovis）亲缘关系最近；下八寨乡检出的鼠兔源巴尔通体与B.queenslandens亲缘关系最近，感染率为6.7%；进安乡、山巴乡和下八寨乡检出的鼠兔源巴尔通体与B.grahamii亲缘关系最近，感染率分别为8.7%、17.9%和13.3%，3个点检出率无显著差异；未定种Bartonella sp.（MN296294）和Bartonella sp.（MN296293）仅分别在进安乡和下巴乡检出；与蜱均检出无形体不同，高原鼠兔均未检出无形体。此外，蜱和高原鼠兔均未发现2种及2种以上病原混合感染。松潘县青海血蜱携带巴尔通体和无形体，高原鼠兔感染巴尔通体，且首次在高原鼠兔体内检测到疑似B.queenslandens的病原体，提示当地居民有感染这两类病原风险。     

2013~2018年江西省猪伪狂犬病病毒流行株gE和gB基因遗传变异分析

为掌握江西省猪伪狂犬病病毒（PRV）的分子流行病学及遗传变异情况,本研究运用实验室已建立的PCR方法对2013~2018年采集自江西南昌、宜春、赣州、吉安、九江、上饶、抚州、新余8个地区的PRV阳性猪病料进行gE和gB基因扩增,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果显示,共获得64株PRV的gE基因序列和12株PRV的gB基因序列;gE基因遗传进化树表明,64株PRV同属一个大分支,与亚洲毒株及近年来国内分离株亲缘关系较近,全部为GⅠ型,而与GⅡ型的欧美经典毒株亲缘关系较远;江西毒株gE基因与19株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.2%~100%和94.6%~100%;gB基因与11株参考毒株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.2%~100%和96.5%~100%;相较于Bartha-K61疫苗株,江西流行毒株的gB基因存在碱基缺失、插入和位点突变现象。本研究从分子流行病学角度证实了江西省PRV的流行与变异情况,为江西省科学防控PRV提供理论依据。     

钩棘单睾吸虫和扇棘单睾吸虫ITS2序列测定及其种系发育分析

本试验将从犬猫肠道中分离的钩棘单睾吸虫和扇棘单睾吸虫用盐酸卡红染色后观察其形态学特征;PCR扩增其ITS2基因序列并测序,并将测序结果与GenBank同属异形科的多棘单睾吸虫和横川后殖吸虫序列进行比对;应用Mega 6.05软件采用邻位相连法构建种系发育树进行分析。盐酸卡红染色后显示,钩棘单睾吸虫和扇棘单睾吸虫各形态学特征符合经典的分类学描述。PCR测序后获得钩棘单睾吸虫和扇棘单睾吸虫ITS2序列长度分别为295和297 bp,G+C含量分别为49.5%(146/295)和54.2%(161/297)。提交至GenBank后获得登录号分别为钩棘单睾吸虫KJ137221~KJ137223,KP165437~KP165439;扇棘单睾吸虫KP165440。序列比对结果显示,钩棘单睾吸虫和扇棘单睾吸虫种内差异性为0,4种异形吸虫种间差异为15.2%~28.9%。基于ITS2序列建立的种系发育树显示钩棘单睾吸虫和扇棘单睾吸虫构成自展值为78%的拓扑分支。     

2006—2012年鲁豫冀地区15株猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及ORF5/Nsp2基因的遗传变异分析

为研究鲁豫冀地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的遗传变异情况,对2006—2012年来自3省区发病猪场的42份样品进行PRRSV分离鉴定,并进行了生物学特性研究和PCR鉴定,结果显示先后分离到15株PRRSV。分别采用RT-PCR扩增其ORF5基因和部分Nsp2基因并测序,与GenBank中68个ORF5序列和40个Nsp2序列的推导氨基酸序列进行比对,遗传变异分析结果表明,15株分离株均属于美洲型毒株,其中13个毒株Nsp2基因推导的氨基酸序列均存在氨基酸的不连续缺失,其ORF5基因推导的氨基酸序列与JXA1株有较高的同源性(95.5%~97.5%);SDDY2007株与疫苗株RespPRRS MLV和VR2332株亲缘关系相近,处于同一个亚群中;而HN25-2009分离株Nsp2基因推导的氨基酸序列有30个氨基酸的特征性缺失,其ORF5基因推导的氨基酸序列的遗传进化分析结果显示该分离株处于VR2332所在亚群(氨基酸同源性97.5%),具有一定特殊性。本试验结果表明,2006—2012年高致病性PRRSV是鲁豫冀地区的优势流行毒株,且存在疫苗毒株,3省区流行毒株间有一定遗传差异,但无明显地域特征。     

牛凸隆病毒HE基因分子特征分析

本研究旨在分析我国牛凸隆病毒（bovine torovirus,BToV）的HE基因分子特征。采用RT-PCR方法检测辽宁、河南、四川的牛腹泻样本中BToV,阳性样本扩增完整HE基因。结果显示：从94份腹泻粪便中检出10份BToV阳性,平均阳性率约为10.64%。从10份阳性样本中扩增得到15条HE基因,其中,9条为基因Ⅱ型,6条为基因Ⅲ型;10份阳性样本中有5份存在Ⅲ型和Ⅱ型毒株的混合感染,1份单独感染Ⅲ型毒株,4份单独感染Ⅱ型毒株。与GenBank中其他Ⅲ型HE基因相比,本研究获得的6条Ⅲ型HE基因具有4个相同的氨基酸突变,其中2个位于凝集素结构域,可能会影响受体结合功能。重组分析表明,BToV Ⅲ型毒株可能是Ⅱ型毒株与Ⅰ型毒株重组而来。本研究首次证实了基因Ⅲ型BToV在我国牛群中存在,报道了Ⅲ型与Ⅱ型毒株混合感染的情况,为国内牛腹泻病的防控和BToV的遗传进化研究提供了参考。     

豫南地区猪伪狂犬病病毒流行株的主要毒力基因遗传变异分析

为掌握豫南地区猪群中流行的伪狂犬病病毒（Pseudorabies virus,PRV）分子遗传特征,本研究利用PCR方法从PRV感染猪的组织中扩增其主要毒力基因gB、gE、gC、gD和TK,并进行核苷酸序列测定。利用MegAlign软件进行流行毒株的主要毒力基因与已发表的参考序列的相似性、进化树和关键位点氨基酸变异分析。测序结果表明,本研究成功从5份PRV感染猪组织中扩增出PRV的gB、gE、gC、gD和TK基因。氨基酸相似性和进化树分析结果表明,豫南地区的5株PRV流行株与国内流行毒株在G1群,与G1群国内流行毒株的gB、gE、gC和gD氨基酸相似性分别为98.5%~100%、97.2%~100%、97.5%~100%和98.3%~100%;与G2群亲缘关系较远（以Bartha、Becker、NiA3株为代表的欧美地区流行毒株）,与G2群内毒株的gB、gE、gC和gD氨基酸相似性分别为96.4%~97.4%、94.6%~95.7%、92.7%~94.0%和96.3%~99.0%。关键氨基酸变异分析结果表明,与Bartha株（或Becker和NiA3株等）相比,5株流行毒株的gB氨基酸存在75-77位"PGL"的缺失,94位"G"的插入;gE氨基酸存在48和496位有"D"的插入,gC氨基酸存在57-63位"VSGTTGA"的插入和65-69位"SPEAG"突变为"ASTPA",gD氨基酸存在278-281位"RP"或"RPRP"的插入。此外,流行株的gB、gE、gC、gD和TK氨基酸序列存在多个单位点的氨基酸突变。因此,豫南地区PRV流行株具有PRV变异毒株的分子遗传特征。上述结果证实,5株PRV流行毒株均为变异毒株,与疫苗毒株Bartha-K61株亲缘关系较远。     

Cloning and Sequence Analysis of HA and NA Genes of One Strain of H6N6 Subtype Avian Influenza Virus Isolated from Guizhou Province

To investigate the epidemic situation of H6N6 subtype avian influenza virus (AIV) in Guizhou province,A/duck/Guizhou/013/2014 was isolated from Sansui duck in live poultry market of Guizhou in 2014,the hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) genes of DK/GZ/14 were subjected to clone and sequence analysis.The results showed that HA gene had the highest nucleotide homologies (97.5%) with the duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Eastern China in 2009,and the strains of HA gene proteolytic cleavage sites was P-Q-I-E-T-R-G,which accordeol with the molecular characteristic of low pathogenic AIV (LPAIV).However,NA gene of A/duck/Guizhou/013/2014 had the highest nucleotide homologies (98.2%) with the duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Fujian in 2007.The phylogenetic tree showed that A/duck/Guizhou/013/2014 and Hunan strains located in the same branch,while three duck-origin H6N6 subtype AIV isolated from Guizhou in 2007 and A/duck/Guizhou/013/2014 located in the different branch for HA and NA genes in genetic evolution,which suggested that A/duck/Guizhou/013/2014 was far with the local H6N6 subtype.The results also clearly indicated that duck-origin H6N6 subtype AIV had genetic diversity in duck population in Guizhou.     

1株H6N6亚型禽流感病毒贵州分离株HA和NA基因克隆与序列分析

为了解 H6亚型禽流感病毒(AIV)在贵州地区的流行情况,本研究对2014年从贵州省三穗鸭体内分离鉴定出的1株H6N6亚型AIV (A/duck/Guizhou/013/2014) HA和NA基因进行了克隆和序列分析。结果显示,A/duck/Guizhou/013/2014的HA基因与华东地区2009年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达97.5%,HA蛋白裂解位点的氨基酸序列为P-Q-I-E-T-R-G,符合低致病性AIV的分子特征;而NA基因则与福建2007年鸭源H6N6亚型AIV同源性最高,达98.2%;由遗传进化树分析结果可知,HA和NA基因在遗传进化关系上,与湖南毒株位于同一分支,而与2007年贵州分离的3株H6N6亚型AIV不处于同一分支,说明A/duck/Guizhou/013/2014与本地区的H6N6亚型AIV亲缘关系较远。本研究结果表明当前贵州地区H6N6亚型AIV存在明显的遗传多样性。     

新疆野兔DNA条形码筛选

旨在筛选一种用于快速鉴定新疆兔属物种的DNA条形码。本研究以新疆4种野兔共计40例样本为研究对象，以CO1、ND4、16S rRNA和ITS2为候选基因，经PCR扩增和测序后，综合分析比较候选序列在种水平上的鉴定能力。结果表明，ITS2候选片段因未获得达到测序要求的PCR扩增产物最先被排除。相较于16S rRNA，CO1和ND4在序列特征、变异特征参数和秩和检验结果上均表现出更强的变异水平，遗传频率分布图有着更宽的gap，系统聚类树的鉴定结果有着更高的鉴定准确率。而从种间变异特征、种间秩和检验结果及遗传频率分布图来看，ND4均略优于CO1。本试验综合分析得到的最优DNA条形码为ND4，候补DNA条形码为CO1。该结论可为新疆兔属物种的分类分布研究和珍稀野兔资源的保护利用等提供一定的参考依据。