基于ITS序列的南岭黄檀分子鉴定

以南岭黄檀(Dalbergia balansae)为研究对象,采用改良CTAB法对南岭黄檀边材进行总DNA提取,利用引物对r DNA-ITS序列进行PCR扩增和序列测定,用MEGA软件进行系统发育分析,构建南岭黄檀及其近缘树种的分子系统发育树。结果表明:用改良CTAB法可以成功提取南岭黄檀边材总DNA,并在模板稀释倍数为1×10-2~1×10-3倍时可成功PCR扩增出r DNA-ITS序列,并基于r DNA-ITS序列测定和系统发育树构建的分子生物学方法,利用ITS序列对南岭黄檀进行分子鉴定,为南岭黄檀的种类鉴定和种间的分类地位提供分子生物学根据。     

巨桉林下马勃分子系统发育的关系

采集巨桉林下马勃子实体,培养其菌丝体,提取子实体及菌丝体基因组DNA,进行rDNA-ITS区序列的扩增、克隆和序列测定,并对rDNA-ITS不同区域作序列分析,首次构建马勃的系统发育树.结果表明:野外采集获得马勃子实体l0种,其中成功培养6种,测序结果表明马勃rDNA-ITS区长度在607～766 bp之间,系统发育分析表明硬皮马勃属(Scleroderma)与豆包菌(Pisolithus)亲缘关系较近,秃马勃属(Calvatia)、马勃属(Lycoperdon)及横膜马勃属(Vascellum)之间亲缘关系较近,ITSl-5.8S rDNA-ITS2区可建立马勃类真菌属间系统发育树,ITS2区可用于建立马勃类真菌属内系统发育树,3个待定种硬皮马勃Scleroderma sp.11-1,Scleroderma sp.2-2和Scleroderma sp.5-2为金黄硬皮马勃(S.aurantium)的可能性较大.此研究可为探讨巨桉人工林下外生菌根种类与作用机制、马勃分类系统学及菌丝体的开发研究奠定基础.     

降香黄檀木材DNA提取及rDNA-ITS序列条形码分子鉴定

以不同产地人工林中采取的降香黄檀(Dalbergia odorifera T.Chen)木材为研究对象,提取并扩增不同温度处理后的降香黄檀心、边材DNA和ITS片段,分析不同温度处理对降香黄檀木材DNA提取和PCR扩增的影响;对不同产地的降香黄檀木材及其近缘种多裂黄檀(Dalbergia rimosa Roxb)木材的rDNA-ITS序列进行测定和差异分析。结果表明,25℃和65℃热处理后的木材DNA呈不同程度的弥散分布,105℃热处理后的木材DNA降解成250bp以下的小片段;不同温度处理后的降香黄檀木材,仅有25℃处理后的木材ITS片段能够被成功地扩增。降香黄檀和多裂黄檀ITS序列共存在6个变异位点且ITS2区变异大于ITS1区,聚类分析结果可以将降香黄檀及其近缘种多裂黄檀木材区分开来,为利用ITS条形码序列鉴定降香黄檀木材及其常见混伪品提供理论依据。     

雷公山国家级自然保护区棉革菌属大型真菌形态描述及分子鉴定

为研究雷公山国家级自然保护区棉革菌属大型真菌的分类情况,探索棉革菌属(Tomentella)真菌对森林生态系统的重要意义。采用表型分析和rDNA-ITS序列分析等方法,对雷公山国家级自然保护区的棉革菌子实体样本进行形态观察并结合rDNA-ITS序列构建系统发育树。依据所采集的样品形态学特征将其分为7种类型,并对其特征进行详细描述。对7种类型的rDNA-ITS序列采用贝叶斯法构建系统发育树,分析得出:该7种类型的子实体均属于棉革菌属,首次对雷公山自然保护区棉革菌属大型真菌进行报道,可为棉革菌对雷公山自然保护区森林生态系统的功能研究等提供参考。     

泰国清迈蘑菇属真菌分子系统学初步研究

文章对泰国清迈蘑菇属真菌进行rDNA ITS区段序列测定和序列特征比较分析,并基于ITS序列进行核酸数据库GenBank同源性检索比对,最终构建系统发育树,旨在为从分子水平上探讨蘑菇属真菌的系统发育、亲缘关系和遗传多样性提供参考。     

湖南省2类乳菇属贸易种的分子鉴别

测定了2类乳菇属贸易种的rDNA ITS序列,根据序列构建系统发育树,对湖南2类销售量最大的"寒菌"进行了分子鉴定,确定了它们的属种名,确定它们就是乳菇属中的松乳菇和半血红乳菇.为我省乳菇属食用贸易种的鉴别、开发利用和分级出售提供资料.     

梅奇酵母属ITS序列分析

本文分析了梅奇酵母属Metschnikowia chrysoperlae JA30与其同属已知菌种的属内种间系统发育关系。提取M.chrysoperlae JA30的基因DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,运用邻接距离距阵法,建立梅奇酵母属共33种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,梅奇酵母属的M.chrysoperlae、M.pulcherrima、M.fructicola在ITS基因序列上的差异表现为种内变异水平,这与传统分类的结论存在分歧。     

基于ITS序列对两株野生大型真菌的鉴定及系统发育分析

采用传统形态学分类法与 ITS（Internal transcribed spacer）序列分析法对采自湖北省恩施地区的2株野生真菌（样本编号: HBES1003、HBES1096)）进行分类鉴定与系统发育分析。依据其形态特征初步鉴定该2株菌株为绒盖牛肝菌属 (Xerocomus)菌种。为进一步确定鉴定的准确性和科学性学,对2株菌株样本的ITS全区序列进行PCR扩增测序,并在NCBI数据库中进行Blast比对,采用 NJ(Neighbor-Joining)邻接法构建出系统发育树,通过探究其与已知菌种的相关性进行分析鉴定。结果表明:样本HBES1003为绒盖条孢牛肝菌Xerocomus subtomentosus,样本HBES1096为黑斑绒盖牛肝菌Xerocomus nigromaculatus。     

切梢小蠹属昆虫分类鉴定方法

采用形态学和分子生物学相结合的方法,建立一套快速、准确鉴定切梢小蠹的特征系统。利用鞘翅斜面第2沟间部的瘤状颗粒和刻点分布、鞘翅斜面刚毛长短和前胸背板刻点及刚毛分布3种特征,在体视显微镜放大30倍条件下可实现切梢小蠹虫的准确鉴定。通过形态鉴定为同种的小蠹虫在利用28Sr DNA序列片段构建的系统发育树上能首先聚在一起,并且切梢小蠹属昆虫种下、种间和种上的遗传距离分布在3个不重叠的范围内,利用28Sr DNA基因构建切梢小蠹属分子鉴定体系是理想的方法之一。通过系统发育树的聚类分析或遗传距离比较均可实现种类鉴定。     

基于DNA序列分析的刚竹属系统树构建

提取刚竹属中毛金竹、毛竹、龟甲竹、人面竹、紫竹、白哺鸡竹、黄槽竹、芽竹、蓉城竹、红壳雷竹、假毛竹、金竹、黄纹竹等13个竹种的DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列以及maturase K(mat K)序列进行PCR扩增和序列测定。构建了与其亲缘关系接近的刚竹属6个种、牡竹属3个种共22个竹种基于ITS序列的系统发育树和刚竹属7个种、牡竹属3个种共23个竹种基于mat K的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果显示,实验所用的大部分竹种分类结果与传统分类类似,但黄纹竹、毛竹与其他刚竹属竹种的遗传距离较远,却与牡竹属的竹种聚类,与传统分类相左。通过测序分析认为其为杂种的可能性较高,并由此推测杂种的存在是造成竹子分子分类困难的一大原因。     

苏铁叶枯病病原菌鉴定研究

指出了在苏铁树上发现了一种叶枯病害,导致大量苏铁叶干枯,为明确其致病菌,采集了苏铁叶枯病叶片数份,对病原菌进行了致病性测定、形态学和分子生物学鉴定。结果显示:病原菌接种后能够产生与采集样本相同的病害症状,确定其为致病菌;对病原菌进行形态学鉴定发现病原菌的分生孢子器、分生孢子的形态与拟茎点霉相同;通过分子生物学鉴定可知待测菌株rDNA-ITS的序列与GenBank中吸虫疫苗的rDNA-ITS的序列同源性可达97%。根据该病原菌的形态学特点以及rDNA-ITS测序结果可知:苏铁叶枯病病原菌为嗜血杆菌。     

早竹丛枝病的调查及病原菌的分子鉴定

[目的]对早竹丛枝病进行调查及病原菌分子鉴定,为早竹丛枝病的病害诊断和防治提供科学依据。[方法]采用单株水平和单枝盘水平的2种病害分级标准对早竹丛枝病进行调查。使用植原体16S rDNA和真菌rDNA-ITS序列的特异性PCR引物,对早竹丛枝病的病原菌进行分子鉴定。[结果]调查的6块样地早竹丛枝病的平均发病率为18.59%,平均病情指数为6.67。感病的早竹DNA样品能够扩增出真菌的rDNA-ITS序列,而不能够扩增出植原体的16S rDNA序列;扩增出的序列与报道的竹针孢座囊菌的序列同源性达到99.00%,与其它真菌的序列同源性最高仅为94.00%。[结论]浙江省德清县早竹丛枝病的病原菌为竹针孢座囊菌。     

贺兰山地区青海云杉外生菌根的形态类型及分子鉴定

从形态学、解剖学角度并利用对外生菌根真菌rDNA的ITS区段的PCR扩增产物分析,对内蒙古段贺兰山地区青海云杉外生菌根形态多样性进行初步研究,并对其外生菌根真菌物种多样性进行分子鉴定。结果表明:1)与青海云杉共生的外生菌根有11种不同的类型;2)经对11种不同类型的菌根真菌rDNA的ITS区段碱基序列测定并运用GenBank的序列局部相似性查询系统(BLAST)软件比对,共鉴定到种水平7株,属水平2株,科水平2株,其中子囊菌为2株,其余都为担子菌;3)在形态、解剖学分类的基础上对外生菌根根尖进行分子鉴定,二者鉴定结果一致。     

湖南牡丹黑斑病的病原菌鉴定

牡丹黑斑病在湖南地区危害严重,且其病原菌种类尚不明确,本研究通过形态学鉴定结合分子鉴定对湖南牡丹黑斑病的致病菌进行鉴定,并通过Blast进行序列同源性比对,明确病原菌的种类。结果表明:形态学鉴定可推断病原菌为链格孢属(Alternaria)真菌,分子鉴定表明该病原菌的ITS序列与Alternaria alternate和Alternaria tenuissima的ITS序列的同源性达100%,因此,可以确定该病病原菌为Alternaria alternate和Alternaria tenuissima。致病性鉴定表明有伤口和无伤口都可导致黑斑病的发生。     

西昌地区紫胶虫寄主树的繁育与造林

一、我区的主要寄主树我国紫胶虫寄主植物已达284种,分属43科,128属。而西昌地区据现知的寄主植物有74种,分属31科,53属,资源丰富,但栽植普遍、利用广泛的寄主树不多,主要有秧青(思茅黄檀)、牛肋巴(钝叶黄檀)、木豆、黄杞(胖婆娘)和滇黔黄檀等。(一)秧青。别名思茅黄檀。为小至中型乔木。属蝶形花科黄檀属。原分布在云南澜沧江和怒江河谷山坡中,在海拔1400米以下最多,分布高可达海拔1700米。自引入西昌     

巴山榧树及近缘种的psbA-trnH序列分析

采用PCR产物直接测序法对巴山榧树12个地理种群的叶绿体psb A-trn H序列进行了测定,并从Gen Bank搜索并下载巴山榧树近缘种的psb A-trn H序列,运用Clustal X和MEGA 4.1软件分析和构建系统发育树。结果表明,巴山榧树12个地理种群间的遗传分化程度较低;巴山榧树与云南榧、日本榧树的亲缘关系较近,而与长叶榧、榧树、加州榧和佛罗里达榧的亲缘关系较远。研究结果为进一步探讨巴山榧树分子谱系地理学及榧树属的分子系统发育提供了理论依据。     

柳属植物ITS序列分析

本文分析了垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳以及其他柳属植物属内种间系统发育关系。提取垂柳、曲枝垂柳和龙爪柳基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用BLAST方法将植物内转录间隔区(ITS)序列在GenBank中进行同源搜索,应用邻接距离距阵法,建立柳属共19种的ITS序列的系统发育树,并探讨了其亲缘关系。结果表明,垂柳、曲枝垂柳、旱柳和龙爪柳应属于同一种,其关系为种内变异水平,与经典分类方法中垂柳与旱柳为两个不同种存在分歧。     

基于线粒体COI基因鉴定大小蠹属昆虫

以口岸经常截获的红脂大小蠹、黄杉大小蠹、山松大小蠹、间大小蠹、红翅大小蠹和落叶松大小蠹等6种大小蠹属昆虫为样本,根据其昆虫检索表制作了近缘关系树;利用分子手段对其线粒体COI基因进行扩增,分析同源序列的多样性、遗传距离和系统进化关系,并将近缘关系树和分子进化树进行比较,研究利用分子手段对大小蠹属昆虫进行快速鉴定的可行性和准确性。结果表明:同种的大小蠹碱基差异较小,而不同种间的碱基差异较大,能明显区分出不同种;大小蠹属的遗传距离和邻接法系统进化树也证实,分子鉴定结果和检索表分类的结果一致。可利用分子鉴定的方法对不同种的大小蠹属昆虫进行快速准确的鉴定。     

竹子DNA提取方法改良及ITS-RFLP分析的初步研究

通过对传统方法的比较、改进,形成一种快速、简易的适用于竹子DNA提取的方法。另外,通过PCR扩增和7种限制性内切酶(AluⅠ、BbeⅠ、BbvⅠ、DpnⅠ、EagⅠ、hindⅢ和RsaⅠ)酶切,对云南世博园内的灰香竹、秀叶箭竹、云南箭竹和滑竹等4个竹种rDNA-ITS进行分析,发现竹子种间甚至是属间的rDNA-ITS序列的RFLP图谱差异很小,不适宜用来作竹子种属鉴定的标准。     

灰叶丛枝病病原的分子鉴定及系统发育分析

实验应用PCR扩增、iPhyClassifer分析、序列同源性及系统发育分析等方法对海南省灰叶丛枝病病害进行了分子检测及其病原的鉴定、系统进化研究.iPhyClassifer结果显示:灰叶丛枝病植原体为花生丛枝组(16SrⅡ组)16SrⅡ-A成员.序列同源性分析结果表明:灰叶丛枝病植原体与16SrⅡ、16SrⅡ-A成员...