TOLLIP基因3′侧翼区的群体遗传多态分析

为了寻找TOLLIP基因的突变位点,揭示中国荷斯坦牛的群体遗传特征。以中国荷斯坦牛群体66头个体为研究对象,用PCR方法扩增了牛TOLLIP基因3′侧翼区的部分片段,通过直接电泳与测序相结合的方法检测该片段的多态性,计算基因型频率,基因频率和多态信息含量,分析该多态位点在中国荷斯坦牛群体中的遗传特征。结果表明,该扩增片段的第43 bp处存在5个碱基(TCGGG)的缺失,致使多态性产生。其AA,AB和BB的基因型频率分别为0.3485,0.5152和0.1364;A等位基因(243 bp)和B等位基因(238 bp)的频率分别为0.6061和0.3939;多态信息含量和杂合度分别为0.3635和0.4775,表明该缺失突变在中国荷斯坦奶牛群体中处于中度多态;χ2适合性检验结果表明,中国荷斯坦牛群体在该位点的缺失突变未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。     

中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区的遗传多态性

【目的】研究中国荷斯坦牛趋化因子受体1基因(Chemokine(C-X-C motif)receptor1,CXCR1)编码区的遗传多态性。【方法】采用巢式PCR、DNA测序和创造酶切位点法,对中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区下游区域的单核苷酸多态位点(Single nucleotide polymorphisms,SNPs)进行筛查,并对筛查到的SNPs进行群体遗传多态性分析。【结果】发现了819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个SNPs,其中995(A/G)和1008(C/T)为首次报道的多态位点,995(A/G)位点导致第332位的Arg突变为His。CXCR1基因819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个位点在中国荷斯坦牛群体的优势等位基因分别为G、G和C,其等位基因频率分别为0.634 0,0.733 0和0.706 4。经χ2适合性检验,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05);3个位点均表现为中度多态。【结论】中国荷斯坦牛CXCR1基因编码区的遗传多态性比较丰富。     

中国荷斯坦牛FASN基因部分序列PCR-SSCP多态性与泌乳性状的相关性

【目的】研究奶牛脂肪酸合成酶(Fatty acid synthase,FASN)基因多态性对产奶量和乳成分的影响,为中国荷斯坦牛的优化育种提供相应的分子遗传学依据。【方法】以464头中国荷斯坦牛为研究材料,参照奶牛生产性能测定(Dairy herd improvement,DHI)方法采集产奶量和乳成分数据;采集试验牛血样,提取DNA,PCR扩增FASN基因,用单链构象多态性(Single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术并结合测序确定基因型;用最小二乘法进行基因多态性与泌乳性状的关联性分析。【结果】FASN基因外显子34存在2个等位基因、2种基因型,A、B等位基因频率分别为0.813 9和0.186 1,试验群体在这一位点上极显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.01),遗传杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.372 3和0.257 0。测序结果显示,与普通黄牛FASN基因序列(GenBank登录号:AF285607)相比,B等位基因在第16 024和16 039位核苷酸处分别发生了A→G和C→T碱基突变,其中A→G突变导致苏氨酸变成丙氨酸,C→T突变导致精氨酸变为色氨酸;A等位基因与AF285607序列相同。最小二乘法分析表明,AA型个体305d乳脂量显著高于AB型个体(P<0.05),等位基因A为高乳脂量优势基因。【结论】FASN基因外显子34突变位点可作为高乳脂的分子遗传标记应用于中国荷斯坦牛的标记辅助选择育种中。     

中国荷斯坦牛LYZ基因多态性及其与乳房炎的关联分析

【目的】通过研究中国荷斯坦牛溶菌酶基因(lysozyme,LYZ)编码区多态性与乳房炎的关联性,寻找与乳房炎相关的分子标记,加快中国荷斯坦牛的抗病育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术对30个公牛家系的610头中国荷斯坦牛LYZ基因进行多态性检测,利用最小二乘均数法对LYZ基因的多态位点与SCS和305d产奶量进行相关分析【结果】LYZ基因的外显子1上存在115(TG)突变位点,突变使精氨酸变为亮氨酸;突变位点经PCR-SSCP法检测发现了3种基因型TT、TG和GG,频率分别为0.270、0.508和0.222,χ2检验表明中国荷斯坦牛在该位点偏离Hardy-Weinberg平衡;GG基因型个体的SCS最小二乘均值极显著低于TT基因型个体(P0.01),显著低于TG基因型个体(P0.05);GG基因型个体的305d产奶量最小二乘均值极显著高于TT基因个体(P0.01),显著高于TG基因型个体(P0.05)。【结论】115(TG)位点GG基因型,对中国荷斯坦牛的SCS和305d产奶量有较大的遗传效应,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性的筛选。     

牛DGAT1基因K232A取代对3个品种奶牛群体部分经济性状的影响

利用单链构向多态性方法检测了牛DGAT1基因第8外元AA→GC碱基突变,分析了该突变在三河牛、中国荷斯坦奶牛和中国西门塔尔奶牛中等位基因的分布频率,以及该突变对这3个品种奶牛群体产奶量、乳脂和乳蛋白含量的影响,并分析了该突变在鲁西牛、晋南牛、秦川牛和南阳牛中等位基因分布频率。结果表明,编码赖氨酸的等位基因K在三河牛、中国荷斯坦牛和中国西门塔尔牛中的分布频率分别为0.17,0.33和0.04,在鲁西牛、晋南牛、秦川牛和南阳牛4个中国地方品种中的分布频率分别为0.72,0.39,0.46和0.83;K232A取代与三河牛的平均乳脂率相关(P=0.017),KK和KA基因型个体的平均乳脂率分别较AA基因型个体高0.80%和0.41%。     

吉林梅花鹿IGF-I基因启动子区单核苷酸多态性分析

[目的]对吉林梅花鹿IGF-I基因进行单核苷酸多态性分析,为梅花鹿产茸性状的分子育种提供新的分子生物学依据。[方法]采用PCR-SSCP技术分析IGF-I基因在吉林左家梅花鹿群体中的多态性,并对IGF-I基因多态片段进行克隆、测序,确定多态位点的突变位置。[结果]P1引物扩增的群体出现了AA、BB、AB和CC4种基因型,基因型频率分别为0.100、0.300、0.433和0.167,等位基因频率为0.317、0.517和0.166;P2引物扩增的群体出现3种基因型,分别用GG、TT和GT,基因型频率分别为0.500、0.333、0.167,等位基因频率为0.667和0.333。测序结果表明,在引物P1扩增片段中,在105～107处发生了AGT碱基的插入,在125和126处发生了T→A的突变,落在IGF-I基因的启动子区;引物P2扩增片段中,在236处有1个C→T的突变,落在IGF-I基因的启动子区。2个SNPs形成AG、AT、BG、BT、CG和CT6种单倍型,频率分别为0.239、0.077、0.311、0.206、0.117和0.050。[结论]IGF-I基因在吉林左家地区梅花鹿群体中具有遗传多态性,发现了多个突变位点,然而这些碱基的突变是否影响到IGF-I基因的生物活性,还有待进一步研究。     

利用PCR-RFLP方法检测中国荷斯坦牛STAT4基因内含子20多态性

以浙江省金华市伊康乳业奶牛场核心群357头中国荷斯坦牛为试验材料,旨在建立一种中国荷斯坦牛STAT4基因内含子20的单核苷酸多态性的简便检测方法。首先采用PCR-SSCP检测,结合DNA测序方法对STAT4基因内含子20的遗传多态性进行分析,并根据突变形式将PCR-SSCP检测方法转化为PCR-RFLP检测方法。结果发现STAT4基因内含子20内存在由g.95879 G>A和g.96013 G>C组成的完全连锁的单倍型模块。根据96013 G→C的突变可形成一个SduⅠ酶切多态位点的特性,建立了该单倍型的SduⅠ酶切检测体系。利用该体系检测到中国荷斯坦牛群体STAT4内含子20内存在GGGG,GAGC和AACC 3种不同的基因型,基因型频率分别为0.0784,0.4538和0.4678,而GG和AC基因频率分别为0.3053和0.6947。     

中国荷斯坦牛AGPAT6基因第2内含子PCR-SSCP分析

[目的]寻找影响奶牛产奶性能的候选基因。[方法]以中国荷斯坦牛为研究对象,采用PCR．SSCP方法对AGPAT6基因第2内含子进行单核苷酸多态性检测并分析多态位点对奶牛产奶量、乳脂率、乳蛋白率和乳中体细胞评分的影响。[结果]扩增出462bp的中国荷斯坦牛AGPAT6基因第2内含子;PCR—SSCP分析该基因第2内含子有AA、AB和BB3种基因型,其频率分别为0．1511、0．6578和0．1911;不同基因型与中国荷斯坦牛产奶量、乳脂率和乳蛋白率之间显著相关（P〈0．05）,与体细胞评分相关不显著（P〉0．05）。[结论]初步认为AGPAT6是影响奶牛产奶性能的一个候选基因或分子标记,该研究为奶牛选育提供了理论依据。     

牛AGPAT6基因遗传特征与奶牛产奶性能相关性研究

 【目的】研究牛AGPAT6基因的遗传多态及其对奶牛产奶性能的影响，以期找到可用的分子标记，为奶牛的分子育种提供依据。【方法】利用PCR-RFLPs方法分析了3个不同品系荷斯坦牛AGPAT6基因第3内含子PstI等7种酶切多态性，分析了2个多态位点对3个品系奶牛产奶量、乳脂率、乳蛋白率及乳中体细胞评分的影响。【结果】牛AGPAT6基因第3内含子的PstI-RFLPs和BanI-RFLPs普遍存在于中国荷斯坦、澳洲荷斯坦和加拿大荷斯坦3个试验群体。PstI-RFLPs和BanI-RFLPs与荷斯坦牛的乳脂率呈显著的相关(P <0.05)；PstI-RFLPs与荷斯坦牛的体细胞评分呈显著的相关(P <0.05)；BanI-RFLPs与荷斯坦牛的305 d产奶成年当量呈显著的相关（P < 0.05)。【结论】牛AGPAT6基因第3内含子的PstI酶切位点突变，等位基因B为乳脂率和体细胞评分的优势等位基因。BanI酶切位点突变，等位基因D为乳脂率的优势等位基因；等位基因C为产奶量的优势等位基因。     

秦川牛和中国荷斯坦奶牛FSH 基因SSCP多态性分析

利用SSCP分子标记对秦川牛和中国荷斯坦奶牛的FSHβ基因5’侧翼区进行了多态性分析。结果表明:在秦川牛中检测的FSHβ基因5’侧翼区有AA型、BB型和AB型三种基因型,在中国荷斯坦奶牛中只有AA型。秦川牛中AA基因型的频率为0.395,BB基因型的频率为0.026,AB基因型的频率为0.579,中国荷斯坦奶牛的AA型的频率为1。秦川牛中A的基因频率为0.6842,B的基因频率为0.3158,中国荷斯坦奶牛A的基因频率为1.0。秦川牛群体中多态信息含量为0.3389,多态性高,遗传变异大。