口蹄疫病毒持续感染的黄牛分离毒株VP1和3ABC基因变异特征分析

为明确口蹄疫病毒(Foot-and-mouthdisease virus,FMDV)持续感染与病毒基因变异潜在关系,研究FMDV持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化.实验用O/Akesu/58毒株以104ID50/mL剂量舌面穿刺接种5头黄牛,出现临床或亚临床症状后痊愈动物会成为可能的FMDV带毒牛.用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体(O/P液),接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株.RT-PCR扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序发现,所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,且没有碱基缺失或插入现象;但与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%.持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E);在所有FMDV持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换.非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,与宿主嗜性相关的3A基因也没有缺失.推测FMDV持续感染的形成与主要结构抗原基因VP1和宿主嗜性相关基因3ABC变异的关系不显著.     

大口黑鲈载脂蛋白基因序列单核苷酸多态性及与生长性状相关分析

载脂蛋白(apoprotein,Apo)是血浆脂蛋白的重要组分,参与调节酶活性、脂肪运输与吸收和能量储存。为了探讨Apo基因多态性与大口黑鲈(Micropterus salmoides)生长性状的相关性,本研究根据大口黑鲈EST库中ApoA1、ApoA4和Apo C1基因设计引物扩增这3个基因的DNA片段,采用直接测序法和序列比对在ApoA1基因上筛选到1个颠换单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点(A+489C),在Apo C1上筛选到2个颠换SNP位点(A+24G和A+75C),在ApoA4上筛选到1个转换SNP位点(A+633T)。利用Sna Pshot分型技术对从同批次繁殖和同塘养殖的大口黑鲈群体中随机选取的159尾鱼中的4个SNPs位点进行基因型检测,统计分析显示,4个位点在所检测大口黑鲈群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态,且ApoA4基因上的A+633T和Apo C1基因上的A+24G和A+75C位点在群体中的基因型和等位基因频率一致,3个位点完全连锁。运用软件Spss15.0中的一般线性模型对4个SNPs位点与大口黑鲈全长、体高和体质量进行关联分析,结果表明,ApoA1基因上的A+489C位点的3种不同基因型大口黑鲈在体质量和体高性状方面的差异显著(P0.05);ApoA4基因上的A+633T位点和Apo C1基因上的A+24G和A+75C位点与生长性状的关联分析结果一致,不同基因型个体在全长、体高和体质量性状上的差异显著(P0.05)。A+489C、A+633T、A+24G和A+75C均与大口黑鲈生长性状显著相关,可作为大口黑鲈分子标记辅助选育研究的重要候选标记,应用于后续的分子辅助育种实践中。     

不同生境对蚂蚁功能群的影响* ——以云南省绿春县为例

为探究土地利用变化主导的生境变化对蚂蚁功能群的影响,采用陷阱法和Winkler袋法调查了云南省绿春县天然次生林(N)、桉树林(E)、紫胶林(L)、橡胶林(R)、紫胶-玉米混农林(M)、旱地(D)和农田(F)7种生境类型的蚂蚁群落。共采集蚂蚁37 891头,隶属于8亚科52属137种;依据竞争关系、生境要求、行为优势以及对环境压力和干扰的响应等4个生态学特性,将52属划分为7个功能群:优势臭蚁亚科(DD)、从属弓背蚁族(SC)、广义切叶蚁亚科(GM)、机会主义者(O)、隐蔽物种(C)、气候特化种(CS)和专业捕食者(SP)。不同功能群的物种丰富度排序为机会主义者(10属32种)气候特化种(15属29种)广义切叶蚁亚科(3属24种)隐蔽物种(14属21种)从属弓背蚁族(2属16种)专业捕食者(6属14种)优势臭蚁亚科(2属2种)。从属弓背蚁族、气候特化种、隐蔽物种3个功能群的蚂蚁多度在天然次生林、桉树林和紫胶林中所占比例较高,而优势臭蚁亚科功能群则在干扰多的农田中比例较高;除优势臭蚁亚科仅2属2种外,在天然次生林、桉树林、紫胶林和紫胶-玉米混农林中大多数功能群的蚂蚁物种丰富度明显高于农田,而专业捕食者功能群蚂蚁物种丰富度在不同生境中差异不大。桉树林和紫胶林蚂蚁功能群的群落结构与天然次生林较为接近,橡胶林、紫胶-玉米混农林和旱地蚂蚁功能群的群落结构相似。气候特化种、广义切叶蚁亚科、机会主义者和从属弓背蚁族在不同类型样地中的物种组成变化程度大于同一类型生境重复样地间的变化程度。广义切叶蚁亚科、机会主义者和从属弓背蚁族3个功能群的蚂蚁群落在不同生境中变化明显,整体上表现为桉树林、紫胶林和天然次生林的蚂蚁群落与旱地和农田不相似;隐蔽物种和气候特化种仅在桉树林和紫胶林蚂蚁群落较为相似;专业捕食者功能群蚂蚁群落在不同生境中的变化不明显。蚂蚁功能群能够指示生境变化,广义切叶蚁亚科、从属弓背蚁族和机会主义者的指示效果较好,实质上是不同功能群中不同物种的多度及功能群内的群落组成变化对生境变化导致的干扰及资源可利用程度的响应有差异。     

紫胶玉米混农林模式对地表蚂蚁多样性及功能群的影响

为了揭示紫胶玉米混农林对地表蚂蚁群落多样性及功能群的影响,采用陷阱法调查了云南省绿春县紫胶林、紫胶玉米混农林和玉米旱地3种类型样地的地表蚂蚁物种组成、物种多样性、群落结构相似性、指示物种和功能群等。结果显示,紫胶玉米混农林模式具有较高的地表蚂蚁物种数和稀有物种数,与玉米旱地相比,紫胶玉米混农林的蚂蚁物种数增加41%,稀有物种数增加85%。紫胶玉米混农林与紫胶林具有更高的蚂蚁多样性,其物种丰富度和ACE估值均显著高于玉米旱地,而紫胶玉米混农林的多度显著高于紫胶林和玉米旱地。地表蚂蚁物种组合在3种类型样地中有差异,与紫胶林和紫胶玉米混农林相关联的物种与玉米旱地不同。3种样地的指示物种不同,玉米旱地的指示种为扁平虹臭蚁和伊大头蚁,紫胶玉米混农林为凹头臭蚁、西昌刺结蚁和中华小家蚁,紫胶林为费氏盘腹蚁、立毛举腹蚁、阿普特铺道蚁、贝卡盘腹蚁和西氏拟毛蚁。紫胶玉米混农林蚂蚁功能群组成比例介于玉米旱地和紫胶林之间,其中机会主义者(OPP)、从属弓背蚁族(SC)、隐蔽物种(C)及气候特化种(CS)的蚂蚁物种数、多度及比例明显高于玉米旱地。紫胶玉米混农林生境较为复杂,对地表蚂蚁多样性保护具有积极作用,是平衡环境保护和经济可持续发展的较好模式。     

换锦花EST-SSR标记开发及遗传多样性分析

为开发换锦花EST-SSR标记和分析其遗传多样性,本研究利用MISA软件对换锦花转录组信息进行SSR位点检测,再利用Primer3.0设计引物,经PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测引物的有效性和多态性,并绘制换锦花种质资源的聚类图。结果表明,共检测到9 918个SSR位点,发生频率为18.59%,分布距离为3.729 kb;SSR位点重复单元为1~3个碱基,其中,单碱基重复三碱基重复二碱基重复,分别占SSR总数的61.08%、23.22%和14.23%,四碱基及以上重复单元相对较少。共设计出9 302对SSR引物,随机选取并合成278对引物进行PCR扩增,能够清晰扩增出的引物有185对(66.55%),在石蒜属的七个种中具有多态性的有59对(31.89%),其中11对(18.64%)能够在浙江和江苏种群的30份换锦花种质资源表现出丰富的多态性。综上,本研究开发的EST-SSR标记具有丰富的多态性,在换锦花以及石蒜属植物的遗传多样性分析、杂交种鉴定及遗传图谱的构建应用中具有重要意义。     

草鱼羧肽酶A1基因(CPA1)部分片段的单核苷酸多态性(SNP)多态性及其与生长性状的关联分析

羧肽酶A (EC 3.4.16)是一类水解蛋白和多肽底物C端芳香族氨基酸或脂肪族氨基酸残基的消化酶.在草鱼生长相关的功能基因上研究单核苷酸多态性(SNP)与生长的相关性可为草鱼的分子辅助育种提供依据.本研究根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库的羧肽酶A1基因(CPA1)重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到2个颠换SNP位点:C+412A和A36C,分别位于CPA 1基因外显子5的34bp和内含子3的36 bp处,前者为错义突变.然后用一个群体的296尾草鱼对这2个位点用SnaPshot的方法进行检测和分型,统计基因型频率:A36C位点的AA基因型占26.7％,AC基因型占52.0％,CC基因型占21.3％.C+412A位点的AA基因型占15.5％,AC基因型占40.5％,CC基因型占43.9％.利用一般线性模型分析2个SNP位点与草鱼体质量、体长等重要生长性状的关系.关联分析结果显示,C+36A位点不同基因型在体质量、眼间距均值上存在显著差异(P＜0.05).并且AA基因型和CC基因型在体质量、体长、体宽和眼间距上存在显著差异(P＜0.05).AA基因型各项指标均值显著高于CC基因型.C+412A位点在体质量等生长性状上差异不显著(P＞0.05),该位点和生长不相关,但是CC基因型和AC基因型在体重和肛前距上差异显著(P＜0.05),该位点CC基因型的6个生长性状均值都高于AA基因型.由两个位点组成的5种双倍型在体质量上存在显著差异(P＜0.05).双倍型D3和D5在体质量上存在差异显著(P＜0.05).双倍型D3和D8在体质量、体宽、体长、体长/头长等生长性状上都存在显著差异(P＜0.05).D3的各项指标均值最高,D8的各项指标均值最低.本研究结果显示,可以考虑将草鱼CPA1基因作为候选基因,用于草鱼的分子辅助育种.     

蛋鸽雌激素受体基因多态性与产蛋量关联分析

雌激素受体(estrogen receptor,ESR)是核受体超家族中的一种配体依赖的转录因子,大量研究显示,ESR基因与动物的繁殖活动密切相关.为了分析ESR基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNPs)及其与蛋鸽(Columba livia)产蛋量的关系,本研究以泰平王鸽(C.livia)215个样本为研究对象,采用第一代测序法对ESR基因部分片段进行SNPs筛选.在所测的3个片段中共发现了10个突变位点,分别为ESRα基因的T129416C,ESRβ基因的T365C、A388G、C389A、A429G、G451A、G577A、T672C、A923C和T17167C,其中有3个突变位于外显子上,但只有位点G577A导致了氨基酸的改变,由氨基酸异亮氨酸(isoleucine,Ile)转变为缬氨酸(valine,Val).对10个位点进行了Hardy-Weinberg平衡状态检验,结果显示,所有位点均处于平衡状态.10个位点的连锁不平衡分析显示,位点S2与位点S4、S9为强连锁不平衡(D'≈1,r2＞0.8),位点S4、S9可以完全代表S2.多态位点与产蛋量关联分析显示,位点S8与产蛋量呈极显著相关,其中杂合子AB型的平均产蛋量极显著的高于纯合子AA型(P＜0.01);而纯合子BB型的平均产蛋量低于AB型,高于AA型,但差异不显著(P＞0.05).本研究表明,ESRβ基因中位点S8可作为蛋鸽产蛋量性状选育的候选分子标记位点,为蛋鸽的分子标记辅助育种提供资料.     

基于线粒体COⅠ及Cyt b基因的7种龙虾类分子系统关系

运用PCR法扩增湛江沿海海域7种龙虾的线粒体COⅠ和Cytb基因并对其序列进行分析,以分析7种龙虾的分子系统关系。从7种龙虾中扩增到的COⅠ基因片段长度均为650bp,共存在224个核苷酸位点变异,变异率为35.22%,简约信息位点161个;扩增到的Cytb基因片段长度均为536bp,共存在148个核苷酸位点变异,变异率为29.48%,简约信息位点66个。所有的扩增序列中,没有发现碱基的缺失以及插入,序列中的转换大于颠换,且碱基替换多发生于密码子的第3位。以帝加洛真龙虾（Palinurus delagoae）、普通真龙虾（Palinurus elephas）、吉氏真龙虾（Palinurus gilchristi）为外群,对COⅠ和Cytb两个基因序列采用最大简约法（maximum parsimony,MP）和贝叶斯推论法（bayesian inference,BI）构建龙虾类分子系统树。结果显示：日本龙虾和密毛龙虾亲缘关系比较近,而其它5种龙虾与真龙虾属的3种关系较近,与传统的分类存在一定分歧。     

不同肉牛品种中乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)遗传多态性及对胴体性状的影响

本研究采用PCR-SSCP方法研究了3个黄牛(Bos taurus)品种(鲁西牛、晋南牛和秦川牛)及4个杂交肉牛(夏洛莱×鲁西牛、安格斯×鲁西牛、利木赞×鲁西牛和西门塔尔×鲁西牛)群体乙酰辅酶A:二酰甘油酰基转移酶基因(DGAT1)第17 exon和3'UTR的多态性.在3'UTR有5个碱基突变位点,分别位于8 402 bp(C→T)、8 414 bp(A→C)、8 445 bp(T→C)、8 465 bp(A→G)和8 545 bp(G→A),并且8 402 bp处碱基突变属首次发现.x2检验的结果表明,在该基因座位7个群体均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05或P<0.01).经DUNCAN'S检验表明在该基因座位上BB基因型个体的宰前体重、胴体重、眼肌面积、膘度和日增重均显著高于CC基因型的个体,而CC基因型个体的大理石花纹、背膘厚度和肌内脂肪含量均显著高于BB型个体.研究表明,DGAT1基因的等位基因B与肉牛的眼肌面积等胴体性状相关,等位基因C与大理石花纹、背膘厚度、肌内脂肪含量等肉质性状相关.     

甘肃主要马群体遗传多样性及系统发育研究

为了解甘肃主要马(Equus caballus)群体遗传资源及其系统发生关系,本研究测定了普氏野马(E.przewalskii)、蒙古马、祁连马、河曲马(玛曲、合作和碌曲群体)线粒体DNA D-loop高变区核苷酸序列,并进行了遗传多态性检测及系统发育分析。结果表明,甘肃主要马群体线粒体DNA D-loop高变区A+T含量(59.4%)高于G+C含量(40.6%),存在碱基偏倚性,根据检测到的50个多态位点界定了56种单倍型,其总单倍型多样度(Hd)和核苷酸多样度(π)分别为0.967±0.004和0.02100±0.00100。甘肃地方马群体存在6个系统进化枝:A、C、D、E、F和G,A1～A4、A6、C2、D3～D6、G和F1～F3 15个亚进化枝,E枝和F3是河曲马的特有进化枝;C枝是河曲马的优势进化枝;G支系是祁连马的优势进化枝;而F支系是祁连马、蒙古马和河曲马共有的进化枝,其中河曲马占优势;A支系是本研究中6个马群体的共享支系,并发现祁连马与甘肃其它马群体存在共享单倍型,说明祁连马和其它群体有共同的母系祖先。甘肃主要马群体与国内外其它地方马的系统发生关系研究表明,普氏野马有共同的母系祖先,且在共同的母系起源基础上发生了分化。蒙古马、祁连马和河曲马不但与国内地方品种(关中马、西藏马、晋江马、大通马、德保矮马、利川马和百色马)有共同的母系起源,而且与东亚、西亚、中欧、西欧、北美洲、中东等地方马有共同的母系起源,此外,祁连马和河曲马与普氏野马也可能具有共同的母系起源。本研究为甘肃地方马品种的遗传资源保护和开发利用提供参考。     

黄土高原北部日本弓背蚁巢穴结构特征及其影响因素

黄土高原大量的植被恢复为地栖性土壤动物提供了合适的栖息地和充足的食物,土壤动物的筑巢活动可提高土壤大孔隙的数量。以黄土高原北部神木县六道沟小流域的日本弓背蚁为研究对象,通过石膏浇筑法研究了日本弓背蚁巢穴结构特征,对比了日本弓背蚁(Camponotus japonicus)和针毛收获蚁(Messor aciculatus)成熟巢穴结构的异同,分析了土壤质地、土壤含水量和土壤容重对日本弓背蚁巢穴结构的影响。结果表明:日本弓背蚁的巢穴结构由通道和巢室组合而成,通道为圆柱形,其直径大小为4.1~6.6 mm,巢室的形状为倒置漏斗形或立体椭圆形,巢室横截面面积为606~2 117 mm~2;日本弓背蚁和针毛收获蚁巢穴在通道直径、巢室形状和横截面积、巢穴深度等方面有较大的差异;巢穴体积随着蚂蚁群落规模的增加而增加;日本弓背蚁群落在壤土和壤砂土中均有广泛分布,适宜其生存和繁殖的土壤含水量在60~200 g kg~(-1)之间,在土壤颗粒较大的干燥砂土中并不常见;土壤容重越大,蚂蚁巢穴的结构越简单,其通道的长度、分支、节点和巢穴总体积较小。但是,通道直径主要与蚂蚁的体型相关,不受土壤质地、含水量和容重的影响。本研究从小尺度分析了黄土高原植被恢复通过土栖性蚂蚁对土壤结构产生的间接影响,拓宽了黄土高原北部土壤大孔隙的研究范围。     

广东养殖尼罗罗非鱼3个不同群体MHC ⅡB基因序列多态性和遗传分化

利用一对特异性引物MHC 2b-snp-sf和MHC 2b-snp-sr,从广东省3个不同罗非鱼养殖地区（以下分别称高要群体,茂名群体,惠州群体）采集的137尾尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus,GIFT strain）的个体基因组中扩增出长度为775-796 bp的片段。克隆后测序,序列分析结果显示：775-796 bp的核苷酸序列中共检测出62个简约信息位点,49个单碱基突变位点。112个多态位点中,增添/缺失位点34个,转换位点44个,颠换位点33个,另外一个位点既出现转换（C/T）又出现颠换（A/T）。137尾个体的751个阳性克隆的测序结果分析表明,751条序列分属于4个等位基因。其中,等位基因Orni-DAB＊0101在3个群体中所占比例最高（85.2%）。等位基因的分布及群体内遗传多样性参数分析表明：高要、茂名群体遗传多样性较丰富,惠州群体遗传多样性较低。群体间的分化指数（FST值）、平均基因流（Nm）、分子方差分析（AMOVA）和平均K2-P遗传距离均表明3个养殖群体间存在广泛的基因交流,未发生群体间的遗传分化。该研究结果提供了广东地区养殖尼罗罗非鱼MHCⅡB基因的部分遗传信息,为尼罗罗非鱼抗病品系的选育提供理论依据。     

磷脂酶C-zeta基因(PLCz)多态性与中国荷斯坦公牛精液性状相关性研究

睾丸特异性磷脂酶C-zeta(PLCz)在哺乳动物的精卵融合过程及胚胎发育过程中发挥重要作用,主要是激发精卵融合过程中钙波的震荡.本实验选取3个种公牛站的424头中国荷斯坦公牛个体作为实验材料,通过提取种公牛精液中的全基因组DNA,运用DNA测序、PCR-RFLP技术对PLCz基因的全序列进行了单核苷酸多态性分析.实验发现8个新的SNPs位点,其中g.27529 T＞A和g.27597 T＞C位于内含子7,g.47969 G＞A、g.48020 T＞C、g.48079 G＞A、g.48127 G＞T和g.48384 G＞T位于内含子12,而位于外显子8的多态位点g.27768 G＞C发生突变后可以导致第337位的氨基酸丙氨酸改变为脯氨酸,故而此突变为非同义突变.此外,连锁不平衡分析表明g.27529 T＞A、g.27597 T＞C和g.27768 G＞C 3个位点完全连锁,以SNP1 g.27597T＞C代表;g.47969 G＞A、g.48020 T＞C、g.48079 G＞A、g.48127 G＞T和g.48384 G＞T 5个位点完全连锁,以SNP2 g.47969 A＞B代表.通过与公牛精液品质相关性分析表明,SNP2位点与精子畸形率显著相关(P＜0.05),SNP1则与公牛精液品质无显著关联性.然而,突变体SNP1和SNP2所构建的9种单倍型组合与公牛精液品质性状显著相关,单倍型组合TTAB的射精量(P＜0.05)、鲜精密度(P＜0.01)和冻后活力(P＜0.05)显著高于其他单倍型组合,鲜精活力显著高于单倍型组合TTBB(P＜0.05),畸形率则显著低于单倍型组合CTAB(P＜0.05).结果表明,单倍型组合TTAB可以作为中国荷斯坦公牛高精液品质的有效分子标记.     

斑点叉尾(鱼回)趋化因子基因SCYA113内含子1的多态性分析

运用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(DPAGE)和PCR产物测序技术检测斑点叉尾(鱼回)(Ictalums punctatus)CC趋化因子基因SCYAll3内含子l的序列长度和多态性.在3个群体的60个个体中,斑点叉尾(鱼回)CC趋化SCYA113内含子1存在15种单元型和8种长度类型,长度类型分别为A、B、C、D、E、F、G和H型.对这8种序列进行比对分析发现,斑点又尾(鱼回)SCYA113内含子1长度为395～443 bp.8种长度类型中A、G、T、c的平均百分比分别为30.01%、15.43%、38.37%和16.19%,而且G+C(31.62%)含量明显小于A+T(68.38%)含量.内含子1与外显子1和2的连接处存在真核基因中mRNA剪接的识别信号GT/AG;引起长度变化的主要原因是短串联重复序列(微卫星序列)TTc和TTA引起的;除了微卫星序列以外,共检测到6个突变位点,其中3个转换位点为118(C→T)、209(G→A)和250(T→c),3个颠换位点为266(T→A)、289(G→T)和387(G→C),核苷酸多样性指数(π)为0.004,平均核苷酸差异(K)为1.576;在变异水平上,3个群体表现出一定的遗传差异,84群体中检测到8种长度类型和14种基因型.97群体中检测到8种长度类型和1O种基因型,04群体中6种长度类型和1O种基因型(缺少A、B等位基因).从3个群体60个个体拥有22种频率较低(O.017～0.150)的基因型可以看出,斑点叉尾(鱼回)的遗传基因资源较为丰富.     

口蹄疫病毒持续感染黄牛分离毒株VP1和3ABC基因变异特征分析

摘要：为明确口蹄疫病毒持续感染黄牛期间病毒基因变异情况,本试验主要研究口蹄疫病毒持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化规律。用O/Akesu/58毒株以104ID50/ml剂量舌面穿刺接种5头中国黄牛,出现临床或亚临床症状之后痊愈动物会成为可能的口蹄疫病毒带毒牛。用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体（O/P液）,接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株。RT-PCR方法扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序后分析发现所有持续感染分离毒株的VP1基因有16个核苷酸位点发生一致的突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E),而持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换。非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,没有缺失或突变。推测口蹄疫病毒持续感染的形成与主要的抗原基因VP1变异没有显著关系,宿主嗜性相关的3ABC基因也没有明显变化。     

牛CXC趋化因子受体1基因(CXCR1)编码区单核苷酸多态性

采用巢式PCR、DNA测序和CRS-PCR方法,研究了牛(Bos taurus)3个品种中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛的chemokine(C-X-Cmotif)receptor1(CXCR1)基因编码区的单核苷酸多态性(SNPs).发现了819(G/A)、995(G/A)和1008(C/T)3个SNPs,其中995(G/A)和1008(C/T)为首次报道的2个位点,995(G/A)导致氨基酸的改变Arg422His.CXCR1基因819(A/G)、995(A/G)和1008(C/T)3个位点在中国荷斯坦牛、鲁西黄牛和渤海黑牛群体的优势等位基因相同,分别为G、G和C,其等位基因频率分别为0.63/0.73/0.71、0.60/0.85/0.71和0.74/0.76/0.71.经适合性检验,鲁西黄牛在995(A/G)和1008(C/T)位点达到Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);渤海黑牛的所有位点均达到Hardy-Weinberg平衡状态,荷斯坦牛在3个位点均未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P<0.05).3个品种牛在819(A/G)和1008(C/T)位点均表现为中度多态(0.25相似文献   

荷斯坦母牛DNA依赖性蛋白激酶基因(PRKDC)多态性及其与体细胞评分的关系

设计5对引物P1～P5,采用PCR-SSCP技术检测210头荷斯坦母牛DNA依赖性蛋白激酶(DNA-dependent protein kinase,PRKDC)基因部分序列的多态性.结果发现P2扩增的外显子区域存在G34126A 1个突变位点,导致丝氨酸变为天冬酰胺;P3的扩增产物存在C77353T、T77384G、C77406T和77 408bp处C缺失4个突变位点.P2扩增产物经SSCP分析有AA、AB和BB 3种基因型,其频率分别为0.186、0.433和0.381;P3扩增片段经SSCP分析有CC、CD、DD、CE和DE 5种基因型,其频率分别为0.786、0.129、0.009、0.067和O.009.用最小二乘法分析PRKDC基因多态性与荷斯坦母牛体细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系,结果表明:对于P2扩增产物多态位点,AA基因型SCS最小二乘均值显著低于AB和BB基因型所对应的值(均为P＜0.05),AB和BB基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P＞0.05);对乳房炎抗性,AA是最有利基因型,BB是最不利基因型;对于P3扩增产物多态位点,CC、CD、DD、CE和DE基因型SCS最小二乘均值差异均不显著(P＞0.05).研究结果初步表明PRKDC基因G34126A多态位点的A等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的一个潜在的DNA标记.     

水貂细胞色素b基因(Cytb)克隆、序列分析及与鼬属动物的进化关系

参照水貂(Mustela vison)近缘物种线粒体基因组序列设计引物,通过克隆、测序、再拼接的方法获得6个水貂品种和左家型水貂线粒体Cytb基因全序列.用DNAstar v6.13和DnaSP4.0分析显示,水貂Cytb基因全长为1140 bp,平均碱基含量为29.8%A、13.0%G、30.3%T及26.9%C,检测到12个多态位点,全为转换.用Clusta1X1.8进行多序列比较分析表明,水貂个体间Cytb基因相似性非常高.结合GenBank检索到的14种鼬属动物同源序列,用MEGA4.0基于邻接法分别构建鼬属动物核苷酸序列和氨基酸序列系统进化树,两种进化树得出相似的拓扑结构.结果表明:我国水貂与美洲水貂亲缘较近,与欧洲水貂(M.lutreola)亲缘较远,推算美洲水貂与欧洲水貂分歧时间在中新世.     

济宁青山羊高繁殖力候选基因类固醇21-羟化酶基因(CYP21)的研究

采用PCR-SSCP和聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)技术检测类固醇21-羟化酶基因(steroid 21-hydroxylase,CYP21)10个外显子在山羊(Capra hircus)低繁殖力品种(安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)、中等繁殖力品种(波尔山羊)和高繁殖力品种(济宁青山羊)中的碱基变异,同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响.结果表明,10对引物中仅引物P10扩增片段存在多态性.对于P10扩增产物,在内蒙古绒山羊、波尔山羊和济宁青山羊中检测到AA、AB和BB基因型,在安哥拉山羊中检测到AA和AB基因型;测序分析发现,BB与AA基因型相比发生了A2789C、C2791A、G2818A、G2851C、G2852T和G2854A的突变,在第2821与2 822位发生了两个碱基CG的缺失突变,导致426～448位共有19个氨基酸发生改变;济宁青山羊BB和AB基因型产羔数最小二乘均值分别比AA基因型的多0.81只(P＜0.05)和0.47只(P＜0.05),BB和AB基因型之间差异不显著(P＜0.05).研究结果初步表明CYP21基因的B等位基因是提高山羊产羔数的一个潜在有效的DNA标记.     

B细胞异位基因2（Btg2）多态性与河北小尾寒羊多脊椎性状的关联分析

利用直接测序、PCR-RFLP及dCAPS技术研究了河北小尾寒羊(Ouis aries)B细胞异位基因2的外显子3及3'-uTR上的多态性与河北小尾寒羊多脊椎性状的相关性.经测序结果分析,发现了A150G、C243T和A607G 3个单核苷酸多态性,3个位点的PCR-RFLP分析表明,150位点产生AA、AG和GG基因型;243位点产生CC、CT和TT基因型;607位点产生AA、AG和GG基因型.独立性卡方检测结果表明,150位点的不同表型个体基因型频率差异不显著(P>0.05),243位点的差异极显著(P＜0.01),607位点的差异呈显著水平(P<0.05);进一步对这3个位点进行单倍型分析,其独立性卡方检测表明单倍型在不同表型中差异显著(P＜0.05).其结果表明243位点、607位点以及单倍型GTA可能与小尾寒羊多脊椎性状有关.