RAPD标记技术及其在畜禽遗传育种中的应用

RAPD标记技术是1990年由Williams和welsh领导的两个实验室独立发展起来的一项DNA多态性检测技术[1,2].它是利用一系列碱基顺序随机排列的寡聚核苷酸作为引物,对目的基因组DNA进行扩增.这种特定的随机引物与作为模板的基因组DNA上特定的位点结合,当这些结合位点在模板DNA上的分布符合RAPD扩增反应条件,即在一定范围内模板DNA上有与引物互补的反向重复序列时,就可以扩增出该范围内的DNA片段.不同物种基因组DNA中这种反向重复序列的数目和间隔距离的长短不同,通过扩增产物的比较,可以识别出这些物种中基因组DNA的多态性片段.     

肝包虫囊周肝组织蛋白质提取方法的研究

为了获得高质量的包虫囊周肝组织蛋白质样品,通过改变组织裂解液成分浓度及提取方法,对包虫囊周肝组织进行蛋白质提取.结果表明,在裂解液中尿素浓度为8 mol/L时,采用改进一步法提取的蛋白质样品,浓度较高,蛋白质点清晰、蛋白质种类缺失相对较少,符合蛋白质双向电泳的要求.     

枇杷核基因组DNA提取方法的改良及其SSR分析

[目的]获得高质量基因组DNA,探讨并改进快速提取枇杷基因组DNA的方法。[方法]比较了3种传统的基因组DNA提取方法并对CTAB法进行改良,同时以27对适用苹果属扩增的SSR特异引物,对15种枇杷品种和2个组合的杂交后代进行PCR扩增,分析品种扩增片断多态性构建聚类关系树,统计了杂种后代等位性位点。[结果]改良CTAB法所提取的DNA具有良好的质量;27对引物15个品种中扩增出33个多态性片段,用NTYST软件进行分析聚为6类;一个杂种杂交后代扩增出32条片段,确定22个等位位点。[结论]改良CTAB适合于快速提取枇杷基因组DNA,SSR在枇杷基因组中具有多态性。     

苜蓿基因组DNA的RAPD指纹图谱

在建立可靠的苜蓿基因组DNA提取分离和RAPD-PCR扩增技术体系的基础上,筛选具有稳定的多态性位点的RAPD引物。利用RAPD标记检测苜蓿品种(系)的DNA分子标记多态性,构建苜蓿品种的DNA指纹图谱。筛选的引物扩增条带清晰,具有5～10个多态性位点。利用琼脂糖凝胶电泳可以便捷地检测扩增的DNA多态性。从大量RAPD随机引物中筛选出36个RAPD引物,确定了180多个多态性位点。对几个抗寒苜蓿进行了RAPD分析,构建了55个苜蓿品种(系)的DNA指纹图谱,用于苜蓿品种鉴定。     

水稻Osrdr1突变体全基因组CCGG位点甲基化的研究

DNA胞嘧啶甲基化变异调控植物基因组内功能基因表达和转座子转座活性,影响植物生长和发育的稳定性。RNA-dependent RNA polymerase 2(RDR2)基因参与RNA-directed DNA methylation(RdDM)途径指导合成CHH(H=G、T、A)甲基化,CHH甲基化在基因和转座子上表现不同,是目前DNA胞嘧啶甲基化的研究热点之一。拟南芥中RDR1基因与RDR2属于同一家族,最新研究结果证实,RDR1基因不仅可以指导CHH甲基化形成,并且其功能缺失会不同程度影响CG和CHG甲基化。前期研究工作表明,水稻中其同源基因OsRDR1功能缺失可在特异位点影响DNA胞嘧啶甲基化,但是否大规模影响全基因组DNA甲基化尚不明确。在此基础上,采用甲基化敏感多态性扩增(Methylation sensitive amplification polymorphism,MSAP)技术研究OsRDR1基因功能缺失突变体全基因组CCGG位点的甲基化情况。结果同野生型比较分析发现,OsRDR1基因功能缺失没有引起全基因组CCGG位点甲基化水平的显著变化,但一定程度产生CHG去甲基化变异。由于MSAP试验方法的局限性,关于Osrdr1突变体全基因组DNA胞嘧啶甲基化变异还需更深入研究论证。     

干旱胁迫下油用牡丹‘凤丹’基因组DNA甲基化分析

利用甲基化敏感扩增多态性技术探究不同干旱处理下油用牡丹‘凤丹’基因组DNA甲基化的水平及其变异模式。结果表明:‘凤丹’4年生植株的基因组DNA甲基化率为93.24%;随着干旱程度的加强,‘凤丹’基因组DNA发生甲基化变化位点的比率呈先上升后下降的趋势;对不同程度干旱处理后的‘凤丹’进行复水,与对照植株相比,复水后的‘凤丹’植株基因组DNA总甲基化率均表现为上升。干旱胁迫下‘凤丹’基因组DNA甲基化出现4种变异模式,表现为15种条带类型。轻度干旱诱导‘凤丹’基因组39.78%的位点发生了甲基化,40.00%的位点发生了去甲基化;重度干旱诱导‘凤丹’基因组46.00%的位点发生了甲基化,38.60%的位点发生了去甲基化,表明干旱胁迫会诱导‘凤丹’基因组DNA甲基化状态发生改变。     

4个番茄品种及其亲本指纹图谱的构建

采用改良的CTAB法提取番茄4个品种及7份品种亲本的基因组DNA,通过AFLP-PCR分子标记方法进行DNA指纹分析,构建亲本及品种的指纹图谱.从20对引物中筛选出9对重复性好,多态性丰富的AFLP引物来构建番茄指纹图谱,7份亲本材料扩增的多态性位点从10～27条不等,平均每份材料17.56条,多态性位点比例为41.2...     

莆田黑猪不同组织DNA甲基化的MSAP分析

为研究莆田黑猪不同组织间基因组DNA甲基化水平差异及各组织甲基化水平在不同生长发育阶段之间的变化规律,采用甲基化敏感扩增片段多态性(MSAP)方法检测了1、25和210日龄莆田黑猪的心脏、肝脏、肌肉、脂肪、耳和尾6个组织基因组DNA的甲基化水平.结果表明:心脏和肝脏组织的甲基化水平随日龄增长呈下降趋势,且日龄间的甲基化水平差异显著(P0.05);25日龄肌肉组织的甲基化水平与1日龄的差异不显著(P0.05),但显著高于210日龄(P0.05);25日龄脂肪和耳组织的甲基化水平显著高于1和210日龄(P0.05);3个日龄间尾组织的甲基化水平差异不显著(P0.05);3个日龄的肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间的甲基化水平均存在显著差异(P0.05),表明DNA甲基化在肝脏与脂肪组织之间、肝脏与耳组织之间存在组织特异性.     

猪肝脏基因组DNA提取与纯化的研究

对血液中提取基因组DNA的方法加以改进,获得了一种提取猪肝脏组织中DNA的有效方法。试验表明,利用SDS裂解,氯仿、异戊醇抽提母猪肝脏中基因组DNA,得到了纯度较高的DNA。     

不同光照周期下黄鳝不同组织DNA甲基化的MSAP分析

为研究光照周期对黄鳝不同组织的基因组DNA甲基化的影响,设置3个不同的光照时间(8、10和12h)处理,对黄鳝心、肝、脾、肾、肠、肌肉和脑等组织基因组DNA甲基化用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术进行分析。结果显示,不同组织基因组DNA对光照时间有不同的反应。其中,肌肉基因组DNA甲基化对光照周期的变化较为敏感,不同光照周期下肌肉基因组DNA总甲基化差异显著,光照周期为12h半甲基化和其他处理相比差异也很显著;肾脏和脑的基因组DNA甲基化对光照周期变化最不敏感,各处理组之间全甲基化、半甲基化和总甲基化差异都不显著;肝脏、肠、脾和心脏表现比较复杂,其中肝脏不同处理下基因组DNA半甲基化和总甲基化差异都不显著,光照周期为8h时,全甲基化差异显著;肠不同处理下基因组DNA全甲基化、半甲基化差异不显著,在光照周期为10h的处理组的总甲基化和其他处理组差异显著;脾脏在光照周期为10h和8h时全甲基化和总甲基化各处理组差异显著,在光照周期为12h时半甲基化和其他处理组差异显著;心脏在光照周期为10h时半甲基化和其他处理组差异显著。