中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

早胜牛CAPN1基因多态性及与肉质性状的关联性分析

本研究旨在寻找与早胜牛肉质性状相关的分子标记位点,为下一步采用分子育种方法进行肉用型早胜牛选育提供理论依据。实验共采集早胜牛血液样本320份,采用直接测序法对早胜牛CAPN1基因外显子21至外显子22区域内的多态位点进行检测,使用Haploview 4.2软件分析其连锁不平衡性并构建单倍型,分析单倍型与肉质性状之间的相关性。结果表明,共检测到4个SNPs位点,其中C14899T和C15176A位于内含子21上,G15299A和G15682C位于外显子22上,且4个位点间存在较强的连锁不平衡性,存在6种单倍型组合。经关联性分析,单倍型与早胜牛肉品质性状剪切力、失水率、眼肌面积等显著相关。因此,位于CAPN1基因内含子21和外显子22上的4个SNPs位点与早胜牛肉质性状具有显著相关性,可作为肉用型早胜牛早期选留的候选分子标记。     

早胜牛CD36基因第4外显子多态性与生长性状相关性分析

为研究早胜牛CD36基因第4外显子多态性与生长性状及肉用性状的关系,采用PCR-SSCP技术和DNA混合池测序的方法对300头早胜牛CD36基因第4外显子的遗传多态性进行检测,并分析多态位点不同基因型与生长性状及肉用性状的关联性。结果显示:早胜牛CD36基因第4外显子存在1个多态位点,70 037 bp处发生了G/A突变,为同义突变,多态性检测存在2种基因型,分别为EE和EF;对2种基因型的生长性状及肉用性状进行关联分析,发现EF基因型个体体重显著高于EE基因型个体(P0.05),EF基因型个体肌内脂肪含量显著高于EE基因型个体(P0.05)。说明早胜牛CD36基因第4外显子存在多态性,EF基因型个体生长性状及肉用性状优于EE基因型个体,可将其作为早胜牛生长性状和肉质性状相关指标的辅助选择分子标记。     

7个猪种MyoD基因家族中3个基因外显子的SNPs检测分析

本研究利用PCR SSCP技术,以7个猪种为研究对象,根据GenBank上猪的MyoG、MyoD和Myf5基因序列设计了17对引物,对此三基因的外显子进行了SNPs检测。检测结果:MyoG和MyoD两个基因均未检测到多态;在Myf5基因的3个外显子上都检测到了多态:第1外显子上有1个点突变G→C;第2外显子上有3个点突变C→A、A→G、G→A;第3外显子上,3387bp处有1个碱基A缺失,3417bp处有3个碱基T缺失,3443bp处有1个点突变T→C。Myf5基因的高度多态性,说明7个猪种含有丰富的遗传变异信息,具有很高的选择潜力。     

文昌鸡促卵泡素受体(FSHR)基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据.本研究以促卵泡素受体(FSHR)基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析.结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点.exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5'端-49 bp处的C→T突变;exon6编码区3'端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3'端+38 bp处的G→T突变.促卵泡素受体(FSHR)是促卵泡素(FSH)的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础.     

文昌鸡促卵泡素受体基因外显子区域SNPs分析

寻找与鸡繁殖性能相关的遗传标记,为高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。本研究以促卵泡素受体（FSHR）基因作为影响鸡繁殖性状的候选基因,采用PCR-SSCP技术结合测序对FSHR基因部分包括所有外显子区域进行单核苷酸多态性检测和分析。结果发现,在区域2、区域4、区域6、区域9共4个区域存在SNPs位点。exon4编码区43 bp处T→C突变,但没有导致翻译后氨基酸序列的改变,在exon2中编码区5′端—49 bp处的C→T突变;exon6 编码区3′端+12 bp处的A→G突变;exon8编码区3′端+38 bp处的 G→T突变。促卵泡素受体（FSHR）是促卵泡素（FSH）的特异性受体,这些位点的单核苷酸多态性为下一步研究探讨FSHR基因对文昌鸡繁殖性能的遗传效应奠定了基础。     

早胜牛钙蛋白酶Ⅰ基因(CAPN1)多态性分析

试验旨在研究CAPN1基因在早胜牛群体中的遗传变异,为进一步寻找与早胜牛肉质性状相关的分子标记奠定基础。采用DNA混合池测序法对早胜牛320个样本CAPN1基因所有外显子的SNPs位点进行筛选,同时进行序列分析,并利用测序图中SNP位点等位基因峰高的比值估算各等位基因的频率。结果表明:在早胜牛CAPN1基因外显子区共筛选到7个多态性位点G3717A、A3854G、C5709G、C6004T、G11058A、G15299A和G15682A,其中G3717A和G15299A为同义突变,其余5个SNPs位点为错义突变。该研究结果将为进一步研究早胜牛肉质性状相关候选基因提供理论依据。     

草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记，研究以草原红牛为试验群体，采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性，并对GH基因多态片段进行了克隆、测序，确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点，其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变，在1435处发生了T→C的突变，第4内含子1918处发生了C→A的突变；外显子5的2291处发生了碱基A→C突变；3’末端2639处发生了碱基C→G突变，并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加；同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较，草原红牛在1692处有C→T的突变，在2735处有碱基T→C突变，这些突变位点为草原红牛所特有。     

优质肉鸡腺苷琥珀酸裂解酶基因第2和第9外显子单核苷酸多态性分析

以四川大恒家禽育种有限公司培育的8个优质肉鸡群体(5个品系和3个杂交组合)为材料,采用PCR-SSCP技术结合测序检测鸡ADSL基因外显子2与外显子9的单核苷酸多态性.结果表明:在所研究的群体中,腺苷琥珀酸裂解酶(ADSL)基因外显子2的3797位点发生C→T突变,外显子9的10225位点发生A→T突变;适合性检验显示,ADSL基因外显子2、外显子9各基因型频率除1个群体外均处于哈代-温伯格平衡;对群体各位点基因型频率分布进行计算,发现ADSL-3797和ADSL-10225 SNPs位点属于中度多态位点,多态信息含量分别为0.283和0.320.本研究为ADSL基因SNPs位点与优质肉鸡重要肉质性状的关联性研究奠定了基础.     

甘南牦牛GH基因的SNPs分析

[目的]甘南牦牛是分布在甘南境内的牦牛类群,是当地优势畜种之一.为了揭示甘南牦牛GH基因的结构特征,[方法]采用PCR-SSCP技术,对202头甘南牦牛生长激素基因(GH)5个外显子及部分内含子序列进行SNPs分析.[结果]表明:甘南牦牛GH基因第1、第2和第4外显子无多态性,第3内含子及第5外显子表现遗传多态性,其中第3内含子有AA、AB、BB 3种基因型,第5外显子有CC和CD 2种基因型,未发现DD基因型.序列分析发现,第3内含子1 694 bp处发生T→C单碱基转化;第5外显子2 154 bp处发现G→A单碱基突变,导致由甘氨酸(Gly)变为丝氨酸(Ser).甘南牦牛在2个基因位点上均表现为低度多态(PIC<0.25),χ2检验表明其处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.05).结论 初步推测甘南牦牛GH基因的多态性相对贫乏.     

牛类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1(IGF-Ⅰ)基因5′侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态.结果表明在IGF-Ⅰ基因的5′侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态;在第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有3种基因型AA型、AB型、BB型.对第2外显子的多态片段测序分析表明在35 bp处有碱基A→G的突变,248 bp处有碱基C→T的突变,256 bp处有碱基A→G的突变;35 bp、248 bp的碱基突变都是无义突变,而256 bp处碱基A→G的突变为有义突变,使谷氨酸变为甘氨酸.     

牛类胰岛素生长因子IGF-I基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1（IGF-I）基因5’侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态。结果表明在IGF-I基因的5’侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态；在第2外显子中发现PCR-SSCP多态，有3种基因型AA型、AB型、BB型。对第2外显子的多态片段测序分析表明；在35bp处有碱基A→G的突变，248bp处有碱基C→T的突变，256bp处有碱基A→G的突变；35bp、248bp的碱基突变都是无义突变，而256bp处碱基A→G的突变为有义突变，使谷氨酸变为甘氨酸。     

MyoG和A—FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性（SNP）与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR—SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A—FABP基因内含子2SNPs,并进行相关分析。研究结果表明：（1）MyoG基因外显子1扩增序列大小为420bp,共有1个突变,突变位点在64bp处,为C—T突变,不同基因型之间肌纤维密度、直径差异显著（P〈0．05）;（2）A—FABP基因扩增序列大小为482bp,共发现3个突变位点,在第187bp处发生C—T突变,在第235bp处发生C—A突变,在第372bp处发生A—C突变;（3）A—FABP基因内含子2扩增产物经SSCP分析后发现两种基因型,不同基因型之间脂肪含量有一定差异。比对发现其与家鸭同源性达91％,与家鸡的同源性为85％。本研究结果为进一步分析MyoG和A—FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

蛋鸭极低密度脂蛋白受体基因多态性与蛋品质相关性分析

极低密度脂蛋白受体基因(VLDLR)在卵生动物蛋黄物质形成过程起关键作用。研究以国绍Ⅰ号母鸭为研究对象,采用一代测序法对VLDLR基因外显子12至外显子13区域进行SNPs筛选,并分析各多态位点间的连锁不平衡状态及不同基因型与蛋品质的相关性。结果显示:共发现4个多态位点,其中S1(A7120G)位于12号外显子,未引起氨基酸序列改变;S2(A7261G)位于12号内含子;S3(C7325T)和S4(A7337G)位于13号外显子中,分别导致Thr突变为Met,Asn突变为Asp。位点S1、S2和S4为强连锁不平衡位点,存在3种单倍型和3种双倍型,单一位点基因型和双倍型与蛋黄比例、蛋重、蛋黄重、蛋壳重和蛋黄颜色的相关性分析结果均为不显著相关,在国绍Ⅰ号VLDLR基因外显子12-外显子13区域内未发现与蛋黄比例等蛋品质相关的分子标记SNPs位点。     

北京油鸡喙畸形性状候选基因GLA多态性的研究

本实验旨在研究α-半乳糖苷酶(GLA)基因的多态性及其与北京油鸡喙畸形性状之间的关系。用直接测序的方法检测GLA基因的单核苷酸多态性。结果表明:该基因启动子的-524、-389、-242、-212 bp处,内含子6的4 494、4 505、4 552、4 691 bp处以及外显子7的4 815 bp处共发现9个突变位点。卡方检验显示,所有位点均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。群体遗传多态性结果显示,正常鸡所有位点为中度多态(0.25PIC0.5);喙畸形鸡中,C4494T、G4505A、C4691T 3个位点为低度多态(PIC0.25),其余位点为中度多态(0.25PIC0.5)。基因型差异比较发现,在外显子7的C4815T位点处,喙畸形鸡未发生突变,与正常鸡基因型差异显著(P0.05);在内含子6的A4552C位点处,正常鸡AA型频率较高,喙畸形鸡CC型频率较高,两者基因型差异极显著(P0.01),其余位点差异不显著(P0.05)。结果提示,GLA基因的多态性与喙畸形存在一定关联,C4815T和A4552C 2个位点的SNPs有望成为剔除喙畸形性状的潜在遗传标记。     

我国地方鸡种CYP21A2基因外显子1序列比较分析

为了探究CYP21A2基因在鸡中的遗传多样性,对25个地方鸡品种的CYP21A2基因外显子1序列进行目标捕获测序,以红色原鸡(Gallusgallus)为标准基因库,并用MEGA6软件对25个鸡种CYP21A2基因外显子1序列进行对比分析,筛选CYP21A2基因外显子1的SNPs位点和Indels位点,以及氨基酸对应的变化,最后运用邻接法构建进化树进行聚类分析。结果显示:在25个品种中有2个SNPs位点和1个Indels位点;在36bp处的SNP1,由G→C,为同义突变;在119bp处的SNP2,由G→A,为错义突变,编码的氨基酸由谷氨酰胺突变为精氨酸;聚类分析显示25个鸡种大致分为3类,其中AA鸡单独为一类,安卡鸡、SPF来航鸡和广西黄鸡等12个鸡种聚为一类,其余12个鸡种聚为一类,表明AA鸡CYP21A2基因外显子1为单独起源。综上分析,我国地方鸡品种中CYP21A2基因外显子1具有丰富的遗传多样性,在抗病性和免疫能力不同的鸡品种间存在差异,提示其与我国地方鸡种的先天免疫功能和抗病有关。     

蒙古马生长激素基因的克隆及部分序列的PCR-SSCP分析

通过PCR-SSCP方法对7个品种285匹马的生长激素基因做了多态性分析,在所检测的5′端侧翼区、第一内含子、第二外显子和第五外显子4个位点中,仅第五外显子检测到多态,该多态位点由A和B两种等位基因控制.GH基因第1 719处1个T→C的突变和1 743处G→A的突变,导致等位基因B变为等位基因A.除纯血马外,A基因在各品种中均为优势等位基因,B基因为纯血马的优势基因.在此多态位点,乌珠穆沁马、乌审马和巴尔虎马处于Hardy-Weinberg平衡状态,纯血马、三河马和锡尼河马则未达到Hardy-Weinberg平衡状态.     

中国6个地方猪种与3个外种猪氟烷基因PCR产物序列比较研究

本文应用PCR方法 ,体外扩增了中国地方猪和外种猪共 16个个体的氟烷基因 1814 9～ 1876 0位之间 6 12bp的片段 (包含完整的外显子 17和cDNAC1843 →T1843 突变位点 ) ,并进行了序列测定。结合网上下载的 5个中外猪种相同区段的序列进行了比较研究。结果表明 ,本文所测序列比网上公布的序列少 2bp ,在 1815 3,1815 4处有两胞嘧啶(C)缺失 ;皮特兰猪在cDNA的C1843 位点存在C1843 →T1843 突变 ;6 12bp的片段中共有 14个变异位点 ,皆为转换型突变 ,内含子 16中有 3个位点存在转换型杂合子 ;所有突变中 ,有 4处发生在外显子 17内 ,除香猪和皮特兰猪外均为同义突变 ;这些变异位点共形成 12种单倍型 ,其中扩增片段 5 14位 (全序列中为 186 6 2位 )的C→T突变为内江猪独有 ,构成了内江猪独特的单倍型 ,C18662 →T18662 突变具有品种特异性     

延边黄牛SCD1基因多态性及其与经济性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1(stearoy-CoA desaturase 1,SCD1)基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD1基因序列(登录号:AC_000181.1),利用Oligo 6.0软件设计特异性引物,应用PCR扩增SCD1全长基因后直接测序,分析其多态位点,并应用生物信息学软件分析其蛋白结构;屠宰前测定活体重、胴体重、屠宰率、背膘厚等胴体性状,屠宰后采集背最长肌,测定眼肌面积、蒸煮损失、滴水损失、嫩度、系水力、pH、脂肪酸含量等肉质性状,并通过一般线性模型分析方法对延边黄牛SCD1基因SNPs与肉质性状的相关性进行了分析。结果发现,延边黄牛SCD1基因846 bp处存在A→G突变(g846 A→G)、1 022 bp处存在C→T突变(g1022 C→T),其中g1022 C→T突变导致丙氨酸(A)突变为缬氨酸(V),但未引起三级结构改变。关联分析结果表明,g846 A→G多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重、滴水损失及硬脂酸、亚油酸含量存在显著相关(P0.05);g1022 C→T多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及硬脂酸含量存在显著相关(P0.05),说明上述2个位点与延边黄牛相关肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。     

延边黄牛SCD1基因多态性及其与经济性状的关联分析

本研究旨在探索延边黄牛硬脂酰辅酶A去饱和酶1（stearoy-CoA desaturase 1,SCD1）基因多态性及其与经济性状的相关性。以157头36月龄健康无病、体重相近的延边黄牛为研究对象,颈静脉采血提取基因组DNA,根据GenBank中牛SCD1基因序列（登录号：AC_000181.1）,利用Oligo 6.0软件设计特异性引物,应用PCR扩增SCD1全长基因后直接测序,分析其多态位点,并应用生物信息学软件分析其蛋白结构;屠宰前测定活体重、胴体重、屠宰率、背膘厚等胴体性状,屠宰后采集背最长肌,测定眼肌面积、蒸煮损失、滴水损失、嫩度、系水力、pH、脂肪酸含量等肉质性状,并通过一般线性模型分析方法对延边黄牛SCD1基因SNPs与肉质性状的相关性进行了分析。结果发现,延边黄牛SCD1基因846 bp处存在A→G突变（g846 A→G）、1 022 bp处存在C→T突变（g1022 C→T）,其中g1022 C→T突变导致丙氨酸（A）突变为缬氨酸（V）,但未引起三级结构改变。关联分析结果表明,g846 A→G多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重、滴水损失及硬脂酸、亚油酸含量存在显著相关（P<0.05）;g1022 C→T多态位点与延边黄牛宰前活重、胴体重及硬脂酸含量存在显著相关（P<0.05）,说明上述2个位点与延边黄牛相关肉质性状存在显著相关,该突变位点可作为潜在的分子标记。