普城沙雷氏菌pigX基因的生物信息学分析

通过生物信息学方法对普城沙雷氏菌(Serratia plymuthica)G3菌株中GGDEF/EAL结构域蛋白编码基因pigX启动子区域的调控信息以及编码蛋白质的理化特性和结构特点进行了解析。利用启动子分析软件Softberry和Neural Network Promoter Prediction对pigX基因编码区上游序列进行启动子预测,利用生物信息学方法对PigX蛋白的氨基酸组成和理化特性、磷酸化和糖基化位点、跨膜结构、信号肽二级结构和保守结构域等进行预测分析。结果显示:pigX启动子区有Fur和SoxS结合位点;PigX是微亲水性的脂结合蛋白,具有信号肽和跨膜结构域、糖基化和高水平磷酸化位点,α-螺旋和无规则卷曲是其主要二级结构。生物信息学分析预测结果表明G3菌株PigX具有较高水平磷酸化位点及由α-螺旋和无规则卷曲组成的二级结构,这与预测的PigX参与铁代谢和氧化应激反应及作为Csr D同源物与CSRB家族sRNAs分子结合的功能相吻合。     

一种新的镰刀菌Q7-31木聚糖酶Xyn9的分离纯化鉴定及酶学特性

为对植物病原菌镰刀菌(Fusarium sp.)Q7-31所产木聚糖酶进行鉴定及酶学特性分析,在发酵产酶培养基上对Q7-31进行发酵培养,获得能够高效降解植物细胞壁的粗酶液。然后,采用Sephacry S-100凝胶柱层析和DEAE弱阴离子交换柱层析对粗酶液进行分离纯化后得到木聚糖酶Xyn9,并对其开展蛋白质组学研究和酶学特性分析。结果表明:粗酶液中木聚糖酶比活为16.58 U/mg,纤维素酶比活为0.428 U/mg,细胞壁降解酶比活为0.019 8 U/mg,蛋白含量为2.17 mg/m L。Xyn9的蛋白质组学研究结果显示,其分子量为21 ku、等电点为6.86,接近GH10家族。纯化后Xyn9的酶学特性表明,最适反应温度为47℃,最适p H值为5.6,该酶在33℃以下和在p H值5~6的范围内较稳定;金属离子K+对该酶有激活作用,Na+、Ca2+、Mg2+、Zn2+抑制该酶活性,Cu2+、Hg+使该酶完全失活。综合Xyn9的分子量、蛋白质组学结果以及酶学特性,最终将其鉴定为一种新的介于GH10家族与GH11家族之间的内切木聚糖酶。     

柴达木盆地梭梭耐盐相关基因PrxQ的克隆及其蛋白结构预测

对柴达木盆地梭梭的Prx Q基因进行扩增,并利用生物软件对Prx Q基因序列进行分析,对蛋白结构进行预测。结果表明:柴达木盆地梭梭Prx Q基因长度为657 bp,编码218个氨基酸;Prx Q蛋白亲水性、二级结构、亚细胞定位、信号肽、跨膜螺旋区、三级结构预测结果显示,柴达木盆地梭梭Prx Q蛋白亚细胞定位于叶绿体,蛋白二级结构主要为无规则卷曲;Prx Q具有2个N-糖基化位点、7个蛋白激酶C磷酸化位点、2个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,此外Prx Q蛋白的亲水性较强,无跨膜螺旋区。柴达木盆地梭梭Prx Q蛋白三维结构预测结果显示,Pr XQ蛋白三维结构由α螺旋、β折叠、无规则卷曲互相盘绕而成。     

沼泽红假单胞菌LuxR家族调控蛋白的生物信息学分析

LuxR家族调控蛋白调控革兰氏阴性细菌群体感应系统,从而影响细菌生物被膜的形成.利用在线生物信息学预测软件,分析LuxR家族调控蛋白序列,对其理化性质、亲水性/疏水性、亚细胞定位、信号肽、二级结构、三级结构、磷酸化位点、跨膜结构域和功能结构域进行分析和预测,为后续研究生物被膜形成机制奠定基础,也为生物被膜增强剂的开发提供新的思路.结果表明:LuxR家族调控蛋白为不稳定的亲水性蛋白;定位在细菌的细胞质中;无信号肽结构,推断其为非分泌性蛋白;二级结构中含有α-螺旋、β-转角、延伸链和无规则卷曲等结构元件;α-螺旋和无规则卷曲对三级结构的稳定和功能发挥具有重要意义;含有5个磷酸化位点,其中丝氨酸磷酸化位点包括第79位、第165位和第171位氨基酸,其中苏氨酸磷酸化位点包括第90位和第211位氨基酸;无跨膜结构域,推测LuxR家族调控蛋白不属于跨膜蛋白;LuxR家族调控蛋白参与细菌群体感应系统,含有2个保守结构域,分别为Autoind_bind和HTH_LUXR,该蛋白通过这2个保守结构域起到转录调控的作用.     

高温纤维素降解菌的筛选及内切酶基因的克隆表达

以滤纸条作为唯一碳源从以牛粪和砻糠为原料的堆肥样品中分离到了8株具有纤维素降解特性的微生物,其中菌株T1和T2在刚果红培养基上培养48 h后的水解圈明显大于其他菌株。对菌株T1和T2进行了生理生化和16S rRNA序列分析,克隆了菌株T2的内切酶基因并对该基因进行了结构域分析,同时构建了表达载体p28-egB并将其转化至E.coli BL21(DE3)感受态细胞中进行表达。研究结果表明:(1)菌株T1和T2可分别鉴定为Bacillus cereus和Bacillus subtilis;(2)菌株T2的内切酶基因片段大小为1500 bp,编码499个氨基酸,结构域分析显示该酶由两个不连续的结构域组成,其一为N端催化结构域,由糖基水解酶家族5组成,其二为C端底物结合结构域,由碳水化合物绑定结构域家族3组成;(3)在E.coli BL21中成功表达了菌株T2的内切酶基因,SDS-PAGE电泳图谱显示该蛋白大小约为50 KD,浓度约为93.14 mg·L-1。     

棉花病原菌碳水化合物酶类注释和比较分析

【目的】预测并分析可侵染棉花的病原菌基因组编码的碳水化合物酶类CAZymes,以内生菌绿色木霉和枯草芽孢杆菌为对照,通过碳水化合物酶类家族比较分析确定与病原菌侵染相关的植物细胞壁降解酶类,为细胞壁降解酶参与病原菌侵染机理的研究提供理论依据。【方法】利用已公布的可侵染棉花的7个病原菌全基因组编码蛋白序列,以内生菌绿色木霉为参照,应用BLASTP方法确定共有的核心基因集并构建系统发育树;通过BLASTP方法对基因组编码蛋白的CAZymes进行注释,统计并比较分析病原菌与内生菌CAZymes各个家族基因的差异,获得病原菌相对于内生菌发生扩增的植物细胞壁降解酶类家族;应用MEGA 4.0构建CAZymes亚家族的系统发育树,确定与致病性或者侵染特性相关的CAZymes。【结果】根据共有核心基因集构建了棉花病原菌的系统发育树,初步明确了侵染棉花根部和地上组织病原菌在进化上的差异。CAZymes注释和比较分析表明,病原菌编码的果胶、纤维素、淀粉和木聚糖降解酶类的数量相对于内生菌均有扩增。进一步分析发现,6个果胶降解酶类亚家族（GH35、GH78、GH105、PL1、PL3和PL4）、2个纤维素降解酶类亚家族（GH61和CBM1）、淀粉降解酶类CBM20亚家族和木聚糖降解酶类GH43亚家族相对于内生菌发生了显著扩增;同时,系统发育树分析还发现病原菌PL1和PL3亚家族衍生出了与致病性或者侵染方式相关的基因。【结论】本研究通过7个棉花病原菌与2个内生菌CAZymes的比较分析,发现了棉花病原菌基因组中10个与植物细胞壁降解相关的CAZymes亚家族（GH35、GH43、GH61、GH78、GH105、PL1、PL3、PL4、CBM1和CBM20）显著扩增,它们参与了植物细胞壁组分果胶、纤维素、淀粉和木聚糖的降解作用,初步明确了与棉花病原菌侵染相关的植物细胞壁降解酶类家族及其与病原菌侵染特性的关系。     

五加科植物鲨烯合酶核苷酸及其编码氨基酸序列的生物信息学分析

鲨烯合酶(squalene synthase,EC2.5.1.21,简称SQS)是三萜类化合物生物合成通路的关键酶之一。采用生物信息学方法对13种五加科植物的SQS核苷酸及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、磷酸化位点、亲/疏水性、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、二级结构、功能域、三级结构及进化关系进行初步预测和分析,并构建SQS蛋白家族的系统进化树。结果表明,13种五加科植物的SQS氨基酸序列结构与理化性质基本一致,均表现出亲水性,没有信号肽,具有跨膜结构域;亚细胞定位分析显示,除Panax sokpayensis定位于内质网膜上,其余均定位于质膜上。α螺旋和无规则卷曲为SQS二级结构中最主要的结构元件,保守区包括底物结合区、镁离子结合位点、活性位点残基盖、催化残基和2个天冬氨酸富集区,具有典型的多聚异戊二烯基合成酶活性结构域和鲨烯/八氢番茄红素合成酶活性结构域。分析结果可为SQS的酶学特性及三萜类化合物生物合成的分子机制研究提供理论基础。     

高通量质谱检测番茄秸秆好氧堆肥中关键微生物的功能

为深入研究堆肥过程中主要微生物的功能,以番茄秸秆为原料,对其反应器堆肥过程进行研究。通过反应器自动温度传感器记录堆肥温度,利用分光光度法测定堆肥过程中植物生物质降解相关酶活力,并对酶活力最高时期的典型代表性样品进行高通量Orbitrap质谱鉴定。结果表明,反应器堆肥共持续35天,其中50℃以上的高温期10天以上,发酵至第7天时,内切纤维素酶和木聚糖酶活力最高。对该时期样品进行质谱鉴定发现,Thermobifida是主要的功能细菌,且是唯一的纤维素降解者,产生糖苷水解酶(GH) 5家族和GH9家族的5种内切纤维素酶和3种GH48家族的外切纤维素酶。Planifilum产生GH3家族的β-葡萄糖苷酶,与Thermobifida一起将纤维素降解成葡萄糖。Thermobifida、Planifilum、Saccharomonospora、Aspergillus和Thermomyces共同参与木聚糖的降解,前三者为功能细菌,主要分泌GH10家族的木聚糖酶,后二者为功能真菌,主要分泌GH11家族的木聚糖酶。     

β-1,3-葡聚糖酶及其在蔬菜抗真菌病害基因工程中的应用

β-1,3-葡聚糖酶是重要的细胞壁水解酶,可以降解真菌的细胞壁,对植物真菌病害的防治起重要作用。对β-1,3-葡聚糖酶基因进行分离和克隆,并将其转入植物,可成为植物抗真菌病害防治的有效途径之一。文章对β-1,3-葡聚糖酶的分布、分类、结构特点、作用机理及其在蔬菜真菌病害的防治中的应用进行了阐述。     

玉米大斑病菌Velvet基因家族生物信息学分析

采用生物信息学方法对玉米大斑病菌Velvet基因家族成员进行序列鉴定,并从理化性质、保守结构域、二级及三级结构以及功能域等方面进行预测和分析。结果表明,该家族各成员无信号肽结构。玉米大斑病菌Velvet家族基因与其他植物病原真菌Velvet家族基因具有较高同源性。该家族成员具有典型的Velvet超家族保守结构域。二级结构分析结果显示,该家族各成员蛋白质的结构元件均主要由无规则卷曲构成。家族成员可能通过可逆磷酸化在植物病原真菌的次生代谢中发挥作用。上述结果为进一步研究Velvet基因家族在植物病原真菌次生代谢中的作用打下了基础。     

苏秀9号

审定编号:国审豆2009001 品种来源:蒙豆13×垦鉴豆27 特征特性:该品种生育期111天,长叶、紫花、无限结荚习性.株高79.5cm,主茎14.1节,有效分枝0.7个,底荚高度15.1cm,单株有效荚数22.2个,单株粒数52.5粒,单株粒重9.7g,百粒重18.7g.     

白及叶绿素荧光特性的春季动态变化

为了对珍稀药用植物白及的人工栽培提供理论依据,利用PAM-2500对其叶绿素荧光特性在春季的动态变化进行了研究。结果表明:白及的荧光参数在春季的3个月中变化趋势基本一致,不同月份间存在显著性差异(P0.05),且均以5月份的各值最大,4月份次之,3月份最小;其中,最大荧光(Fm)与光化学效率(Fv/Fm)在春季的日变化趋势一致,均呈先下降后上升的趋势;表观光合电子传递速率(ETR)呈先上升后下降趋势。     

红壤生物结皮对土壤侵蚀及养分的影响

为了解生物结皮在红壤坡面养分流失过程中的作用,为建立坡面土壤养分流失模型和防治水土流失、保护生态环境提供科学依据,采用人工降雨方法,模拟在无结皮和有结皮不同发育程度下,研究川西红壤生物结皮对土壤侵蚀及养分的影响。结果表明：结皮促使土壤坡面产流提前发生,降低了土壤剖面径流和抑制产沙;生物结皮显著增加了土壤含水量、电导率、全盐和总孔隙度,但并没有影响 pH 和容重;与无结皮相比,生物结皮显著影响土壤有机碳、无机碳、全钾和有效钾含量,未影响土壤磷素和氮素含量,土壤有机碳、全氮、铵态氮、全磷、有效磷、全钾和有效钾含量分别增加12．51％、6．67％、4．04％、2．49％、2．60％、16．10％和16．08％,无机碳和硝态氮分别减少8．32％和8．26％。土壤垂直方向生物结皮处理土壤养分0～5 cm和5～10 cm 土层相近,且明显高于底层土壤,相同土层土壤养分基本表现为生物结皮＞无结皮,局部有波动;15～20 cm 土层无结皮处理土壤养分与有结皮处理土壤养分相近,表明生物结皮具有较好的养分积累效应,但这种富集对0～10 cm 土层的作用较明显,而对深层土壤影响并不大。Pearson 相关分析表明,土壤有机碳与其他养分之间基本呈正相关,而无机碳则相反,表明生物结皮对有机碳和无机碳的影响存在相互补偿作用机制,即生物结皮导致有机碳的增加可能意味着无机碳的减少。     

施用枯草芽孢杆菌与覆盖对香蕉生长 与枯萎病防治的作用

通过随机区组试验,研究了施用枯草芽胞杆菌( Baci l l ussubt i l i s) BLG01 与覆盖对香蕉长势、枯萎病病情 指数、枯萎病病原菌（Fusar i um oxyspor um f .sp.cubense,FOC）与可培养细菌数量的影响。结果表明,与对照比较,在香 蕉移栽 100 d 时,不同覆盖模式下,施用 BLG01 能促进香蕉生长和提高枯萎病防治作用,其中以玉米覆盖与共同施 用 BLG01防治作用最显著,香蕉株高、茎围、地上部、地下部鲜重和防效显著提高,病情指数下降了 43. 07% ~60. 56% , 根际 FOC 的 l ogCFU 降低了 72. 15% ~131. 18% ,可培养细菌数量的 l ogCFU 增加了 31. 21% ~35. 02% ;相关性分析表明, FOC 与细菌数量呈显著负相关关系, 与病情指数呈极显著正相关关系。 施用枯草芽胞杆菌结合覆盖可促进香蕉生 长,降低枯萎病病原菌数量,提高根际可培养细菌数量,增加对香蕉枯萎病的防治效果     

不同密度马尾松人工林土壤肥力的差异

为了探明不同密度马尾松人工林的土壤肥力,在桂西北乐里林场的同一坡面上,选择6年生不同密度(处理1为1 050株/hm2、处理2为1 125株/hm2、处理3为1 200株/hm2、处理4为1500株/hm2)样地,研究其土壤(0~40cm土层)的肥力状况。结果表明:1)各密度土壤pH为4.91~5.35,但差异不明显。2)各密度土壤有机质含量为10.28~34.70g/kg,平均值依次为处理1处理2处理4处理3。3)各密度土壤N/P/K全量依次为0.67~1.60g/kg、0.49~0.99g/kg和11.02~21.56g/kg,平均值依次为处理1处理2处理3处理4。4)各密度土壤速效N/P/K含量依次为79.4~143.0mg/kg、0.6~2.0mg/kg和194.5~959.2mg/kg,平均值依次处理1处理2处理3处理4。5)各密度土壤有效Ca/Mg/Cu/Zn/B的含量依次为397.8~959.2mg/kg、90.1~164.9mg/kg、0.45~1.25mg/kg、0.54~2.25mg/kg和0.11~0.21mg/kg,除Ca含量为处理1处理2处理3处理4外,有效Mg/Cu/Zn/B含量与密度的关系不明显,差异微小。     

30份贵州紫苏的含油率与脂肪酸成分含量

为紫苏高油和高亚麻酸材料的筛选提供参考,采用田间试验和室内品质检测相结合方法对30份贵州紫苏资源的含油率和脂肪酸成分进行分析。结果表明：1）30份贵州紫苏的含油率为34．136％～49．151％,平均42．496％,变异系数为8．377。含油率高于46％的材料有6份,其中,正安紫苏-1的含油率最高,达49．15％;其次是织金紫苏,为48．76％。2）在组成脂肪酸的饱和脂肪酸（棕榈酸、硬脂酸）和不饱和脂肪酸（油酸、亚油酸和α-亚麻酸）成分中,不饱和脂肪酸的含量为86．636％～91．459％,平均89．055％;饱和脂肪酸的含量为8．391％～10．479％,平均9．149％。在所有脂肪酸成分中,以α-亚麻酸的含量最高,平均为64．153％;油酸其次,平均为14．023％;硬脂酸最低,平均为2．247％。3）在30份贵州紫苏材料中,以贵定紫苏-1的α-亚麻酸含量最高,达68．54％,正安紫苏-1最低,为60．337％;亚油酸含量以正安紫苏-1最高,达14．076％;六盘水紫苏-1最低,仅8．848％;油酸含量以绥阳紫苏-2最高,达17．580％;贵定紫苏-1最低,仅10．665％。     

基于模糊综合评价法的贵州土地可持续利用评价

为给科学评价贵州土地资源利用情况提供参考,从土地生产性、土地稳定性、经济可行性、资源保护性、社会可接受性5个方面构建贵州土地可持续利用的评价体系,并利用模糊综合评价法对其进行定量研究。结果表明：贵州省土地可持续利用水平从2008年的低度可持续转为2010年的中度可持续,到2012年转为可持续状态,5年间贵州土地利用水平有明显提高,不断朝着可持续利用的水平发展,但仍然存在不可持续的威胁。在此基础上针对存在的问题提出了贵州省土地可持续利用的建议。     

当前农村文化建设刍议

探讨了当前我国在向社会主义市场经济转轨过程中 ,农村文化建设的薄弱和存在的问题 ,分析了产生这些问题的原因 ,提出了解决问题的举措     

威宁县沙河小流域坡耕地土壤的养分特征

为掌握威宁县沙河小流域坡耕地本底资料,为草海湿地保护提供数据支持,采用野外调查与室内分析相结合,研究沙河小流域坡耕地土壤养分含量及分布特征。结果表明：沙河小流域坡耕地全氮（0．06 g/kg）、水解氮（17．90 mg/kg）、全磷（0．02 g/kg）均处于国家六级水平;全钾（20．53 g/kg）、有效钾（512．96 mg/kg）分别处于国家二级和一级水平;有机质含量表现下部（23．32 g/kg）＞中部（17．93 g/kg）＞上部（14．41 g/kg）,差异显著;氮、磷、钾及有机质之间存在着明显的相关性。结论：沙河小流域坡耕地养分含量低,水土流失严重。     

连片特困地区农户对不同类型农业新技术需求的影响因素

为促进农业新技术在贫困地区的推广应用,以四川省连片特困地区290户农户的调研数据为基础,运用 Logistic 回归模型分析了贫困地区农户对良种技术、土肥技术和病虫害防治技术需求的影响因素。结果表明：户主年龄、文化程度、技术培训、参加合作组织和担任公职是影响农户对良种技术、土肥技术和病虫害防治技术需求的决定性因素,劳动力人数、外出务工人数比例、家庭收入因素对不同类型农业新技术的农户需求均没有明显影响,性别、贫困状况、生产经营面积和农业经营类别对不同类型农业新技术的农户需求具有不同影响。