25个猕猴桃材料遗传多样性分析及DNA指纹图谱的建立

利用ISSR分子标记对25个猕猴桃品种和种质资源材料进行遗传多样性分析,并构建其ISSR指纹图谱,旨在阐明其亲缘关系,为遗传、育种和利用提供理论依据。结果显示,从100条引物中筛选出10条引物,在25个供试材料中共扩增出172条带,每条引物平均扩增条带数为17.2条,多态性条带169条,每条引物平均扩增多态性条带数为16.9条,多态性比例为98.26%;遗传相似系数值在0.51~0.87之间;在相似系数水平为0.604时,可将所有供试材料聚为三类。本研究构建的指纹图谱可用于猕猴桃种质的分类与鉴定,为种质资源的鉴定、分类、利用和杂交育种亲本的选配等方面提供理论依据。     

洋葱种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对32份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从31个ISSR引物中筛选出4条扩增产物条带清晰、多态性高的引物,在32份资源样品中共扩增出39条带,其中31条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为7.75条,多态性条带比率（PPB）为79.48%。资源间的遗传相似系数在0.552~0.960之间,具有较为丰富的遗传多样性。ISSR聚类分析表明,在L取值为D=0.68时,可将32份洋葱资源分成5类：第一类包括18份种质资源,主要以Yellow Sweet Spanish系统为主;第二类包括1份种质资源,为Bejo Daytona;第三类包括3份种质资源,为Yellow Globe系统;第四类包括9份种质资源,为Yellow globe danvers系统;第五类包括1份种质资源,为Yellow Danvers system系统。较好地揭示了洋葱种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,可为洋葱遗传育种和杂交亲本选择提供科学依据。     

柳州汪洞乡古茶树种质资源遗传多样性的ISSR分析

本研究利用ISSR分子标记技术对柳州融水县汪洞乡古茶树种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析,选取10个ISSR引物对87株柳州汪洞乡古茶树单株及4个对照茶树品种的基因组DNA进行扩增。10条引物共扩增出67条谱带,其中多态性条带共64条,多态性比率达95.5%,每条引物扩增条带为5~9条,平均多态性条带6.4条。每条引物扩增条带的多态性为80%~100%,扩增条带大小在100~2 000 bp。供试样品的Jaccard相似系数在0.35~0.85之间,平均值为0.60。在相似系数0.6处可将全部91份样品划分为10大类群。本研究从分子水平上揭示了该古茶树群体资源单株间的亲缘关系,可为该资源的进一步开发利用提供研究基础。     

28份茉莉花种质基于TRAP技术的遗传多样性分析

本研究利用TRAP分子标记对茉莉花的遗传多样性进行分析,从36对TRAP候选引物中筛选出25对多态性丰富的引物,以28份茉莉花基因组DNA为模板进行PCR分析,共获得148条带,其中136条具有明显的多态性,多态率为91.9%;每对引物扩增出3~8个多态性带,平均5.44个条带。28份茉莉花种质材料间遗传相似系数为0.37~0.92,平均值为0.65;UPGMA聚类分析表明在遗传相似系数0.64时,可将28份材料划分为五个聚类组。研究结果表明,TRAP标记在茉莉花材料中具有丰富的多态性,可以进一步应用该技术进行茉莉花遗传多样性及亲缘关系的研究。     

基于ISSR标记的印度南瓜种质资源遗传多样性分析

利用ISSR标记分析了36份印度南瓜种质资源,旨在阐明其遗传多样性和亲缘关系,为遗传和育种的利用提供理论依据。结果表明,筛选出的8条ISSR引物共扩增出63条带,平均每条引物扩增出7.88条,其中共有60条多态性条带,多态性比例为93.38%;36份印度南瓜材料的遗传相似系数在0.22~0.60,在相似系数0.36处,可将36份印度南瓜种质资源分为四大类,印度南瓜遗传变异与地理分布没有明显的相关性。     

应用ISSR分子标记绘制红麻种质资源DNA指纹图谱

以6份红麻种质资源为材料, 对UBC807~UBC80等80个ISSR引物进行筛选, 筛选出多态性好的ISSR引物20个。利用这20个ISSR引物扩增来自国内外84份红麻种质资源, 共获得230条谱带, 平均每个引物扩增出11.5条谱带, 其中多态性谱带185条, 多态性条带比率为80.43%, 表明供试的红麻种质资源遗传多样性较丰富。以供试84份红麻种质资源的ISSR扩增谱带为基础, 建立了供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件。根据指纹图谱唯一性原则, 采用自行开发的DNA指纹数据分析软件, 再从20个多态性好的ISSR引物中遴选出UBC 813、UBC 825、UBC 836、UBC 888和UBC 889引物, 绘制出82个红麻种质资源的DNA指纹图谱, 为红麻种质资源分子身份证的构建奠定了基础。     

不同来源棉花种质资源遗传多样性的ISSR分析

 采取ISSR分子标记对48份棉花种质资源的遗传多样性进行分析,从60条ISSR引物中筛选出11条引物,这11条引物共扩增出92个条带,平均每条引物扩增出8.36个条带;其中多态性带77个条带,多态率达83.70％。UPGMA聚类分析显示,48份材料的相似性系数（GS）变化范围在0.27～0.93之间。聚类将48个种质资源划分为 4个大类(GS=0.55),湛江野生棉、廉江野生棉与其它品种在遗传上有很大差别,属于较原始类型,归为一类;长绒棉与陆地棉品种存在明显的遗传差异也单独归为一类;其它不同省份的陆地棉品种在遗传上有较高的相似性,归为其它类型。分析结果表明,ISSR具有丰富遗传多样性和稳定性, 是一种较好的遗传分子标记,适宜于棉花品种遗传多样性分析     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41 份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65 对SRAP引物和10 对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31 对SRAP引物和5 对SSR引物,对41 份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2 种PCR扩增共获230 条扩增条带,其中SRAP检测到196 条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3 条,多态性 片段为161 条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34 条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8 条,多肽性片段为25 条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP 和SSR 标记的结果,利用UPGMA 构建了41 份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674 以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41 份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

8份剑麻种质亲缘关系的ISSR和RAPD分析

为了揭示剑麻栽培品种的遗传多样性,利用ISSR和RAPD分子标记技术对8份剑麻种质的亲缘关系进行分析。结果表明,筛选后选用的8条ISSR引物和8条RAPD引物,分别产生了53条和66条扩增条带,其中多态性条带分别为44条和61条,多态性条带百分率分别为83.02%和92.42%。根据2种标记的扩增结果,用UPGMA法对8份剑麻种质进行聚类分析,供试材料之间具有较高的遗传多样性,其品种间遗传相似系数分别为0.59~0.80和0.52~0.76。2个标记的聚类结果基本一致,但有点差异,可将供试的8份剑麻种质划分为2类群,而且2个标记聚类结果呈显著相关性,相关系数为0.70。可见,剑麻种质资源的遗传多样性丰富。     

豇豆种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP和SSR分析

为从分子水平上揭示豇豆种质资源间的亲缘关系,为其种质资源搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础,利用SRAP和SSR分子标记对41份来自中国和马来西亚的豇豆种质资源进行遗传多样性研究。从65对SRAP引物和10对SSR引物中分别筛选获得稳定清晰且多态性强的31对SRAP引物和5对SSR引物,对41份栽培豇豆资源的DNA进行SRAP-PCR和SSR-PCR扩增。2种PCR扩增共获230条扩增条带,其中SRAP检测到196条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数为6.3条,多态性片段为161条,多态性比例为82.14%;SSR检测到34条带,平均每对引物扩增等位基因数6.8条,多肽性片段为25条,多态性比例为73.53%,表明本研究搜集的豇豆种质间的遗传多样性比较丰富。基于SRAP和SSR标记的结果,利用UPGMA构建了41份豇豆资源的聚类树状图,其遗传相似系数为0.1667~0.9516,大多在0.674以上。结果表明,SRAP和SSR分子标记能有效地将41份豇豆资源分开,且部分种质间的遗传距离较远,这为豇豆资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。

     

Identification of polymorphic DNA markers in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.)

The detection of DNA polymorphism in cultivated peanut (Arachis hypogaea L.) is reported here for the first time. The DNA amplification fingerprinting (DAF) and amplified fragment length polymorphism (AFLP) approaches were tested for their potential to detect genetic variation in peanut. The AFLP approach was more efficient as 43% of the primer combinations detected polymorphic DNA markers in contrast to 3% with the DAF approach. However, the number of polymorphic bands identified using primers selected in both approaches was comparable. In the DAF study, when 559 primers of varying types were screened, 17 (mostly 10-mer types) detected polymorphism producing an average of 3.7 polymorphic bands per primer with a total of 63 polymorphic markers. In the AFLP study, when 64 primer combinations (three selective nucleotides) corresponding to restriction enzymes Eco RI and Mse I were screened, 28 detected polymorphism. On an average, 6.7% of bands obtained from these 28 primer pairs were polymorphic resulting in a total of 111 AFLP markers. Our results demonstrate that both AFLP and DAF approaches can be employed to generate DNA markers in peanut and thus have potential in the marker-assisted genetic improvement and germplasm evaluation of this economically important crop. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.     

梨种质资源遗传多样性研究中的AFLP技术引物筛选

本研究对带有3个选择性核苷酸的EcoRI和MseI引物各8个所组成的64个引物组合进行筛选,选出了多态性高的引物10对用于正式扩增。所选出的引物组合共扩增出371个位点,其中多态性位点306个,占总位点数的82.5%,每个引物组合扩增的位点数变化在23-55个之间,平均37.1个。所筛选出的10个引物组合为梨属植物AFLP扩增多态性引物,可广泛用于梨属植物的AFLP扩增技术。中国梨属植物资源丰富,通过对AFLP多态性引物的筛选,为该技术在梨属种质资源中的应用提供参考。     

适合甜菜品种鉴定的SRAP核心引物的筛选

为筛选适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物,以12个进口国外甜菜品种为材料,对546对SRAP引物组合进行扩增,利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行分离,选择适合甜菜品种纯度鉴定的SRAP核心引物组合。结果从546对SRAP引物组合中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富、重复性好的引物组合23对,这23对引物组合共扩增出177条多态性条带,引物的PIC值均大于0.6。平均每对引物扩增7.7条多态性条带,从理论上讲,这些核心引物完全可以实现对现有甜菜品种的鉴定。     

菠萝17份种质的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对17份菠萝种质进行了基因组DNA多态性分析。从62个ISSR引物中筛选出6个多态性引物用于PCR扩增，共扩增出70条DNA条带，其中多态性条带44条，所占比例为62.86%，平均每个引物扩增的DNA条带的数目为11.67条。6个品种具有特异性的扩增带，可作为种质鉴定的依据。根据ISSR扩增结果建立的UPGMA聚类图，在距离系数约0.1处可把供试的17份菠萝种质分为3大类。同时对供试品种的遗传关系进行了探讨     

基于RAPD标记的芥蓝种质资源遗传多样性分析

调查了44份芥蓝种质的植物学性状,并利用RAPD分子标记分析了其遗传多样性。结果从150条随机引物中筛选出20个引物,20个引物共扩增出177条谱带,其中多态谱带105条,平均每个引物扩增出8.9条谱带和5.3条多态性谱,多态性比率为59.32%。基于RAPD标记,利用NTSYS-pc2.11构建了聚类树状图谱,遗传距离为0.70时,44份芥蓝资源可聚成六大类群。芥蓝种质存在着一定的遗传多样性,但原产华南而且主要产区也在华南,遗传多样性要小于芸薹属其他蔬菜。     

甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价

旨在筛选出适合于甜菜分子生物学实验的SSR核心引物,为后续构建甜菜指纹图谱及遗传多样性分析奠定重要基础。本文利用4种不同的甜菜种质资源和4个不同的甜菜品种,对基于甜菜全基因组编码区序列设计的247对SSR引物进行了初步筛选。结果表明,247对引物中绝大多数引物没有多态性或者多态性不好,只有27对引物具有较高的多态性,这27对引物总共扩增出103条带,其中多态性条带95条,多态性比率为90.43%。这些引物多态性信息量(PIC)范围为0.549~0.983,平均每一对引物的PIC值为0.841。试验结果表明虽然经过了电子PCR的筛选,想要找到合适的甜菜SSR引物依然比较困难,说明甜菜的遗传基础比较狭窄。这27对SSR引物适用于甜菜分子标记,为甜菜品种标准化鉴定体系的大规模构建和应用奠定了重要基础。     

SRAP构建玉米杂交种指纹图谱的研究

摘 要：【研究目的】SRAP（相关序列扩增多态性）是近年来发展起来的一种新型的DNA标记技术,本文旨在探讨SRAP技术用于玉米品种鉴定的可行性,并建立相应技术体系。【方法】采用25个引物组合对19个玉米杂交种进行了SRAP扩增。【结果】19个引物组合扩增出了多态性条带,共扩增出152条多态性条带,平均每个引物组合产生8条多态性带,多态性频率从44.4%（me4/em3）～91.7%(me4/em1)。19个引物组合检测到的平均PIC为0.879,而引物组合me4/em1可区分供试的所有19个玉米品种。进一步筛选了5对引物,构建了供试材料的指纹图谱,为SRAP用于玉米鉴定奠定了基础。【结论】SRAP具有很高的分辨率,而且操作简便、稳定可靠,具备了用于作物品种鉴定的条件,用于玉米品种鉴定是可行的,可作为SSR技术的重要补充。     

基于SSR标记的肇庆地区柑橘品种分类地位研究

评价广东省肇庆地区地方柑橘品种与其它部分柑橘属和近缘属植物的亲缘关系,为其分类和育种提供理论依据。从34对柑橘SSR引物中筛选到13对多态性较好的SSR引物,对8份肇庆地方柑橘品种和22份柑橘属、枳属、酒饼簕属植物材料进行PCR扩增,并采用1.5%琼脂糖凝胶电泳检测,用遗传相似性和聚类分析等方法分析检测结果。13对引物共扩增出83条谱带,多态检出率为100%,通过聚类分析能够有效的区分柑橘属、枳属和酒饼簕属,以及柑橘属内的种、品种甚至品系。结果表明SSR分子标记技术能够用于肇庆柑橘种质资源分类地位研究,并且供试的肇庆地方柑橘品种亲缘关系较近。     

Genetic analysis of a CSR10 (indica) × Taraori Basmati F3 population segregating for salt tolerance using ISSR markers

Segregation for salinity tolerance and ISSR markers based molecular polymorphism were investigated in a F₃ plant population raised via single-seed descent method from a cross between salt-tolerant indica rice variety CSR10 and salt-susceptible premium traditional Basmati rice variety Taraori Basmati HBC19. A total of 130 F₃plants were evaluated individually for salinity tolerance on 1–9 scale on the basis of seedling growth parameters; the average score ranged between 1.7 to 8.3. Frequency distribution curve obtained using the salinity tolerance data of F₃ population and a chi-square analysis, showed a good fit to a normal distribution. Eleven plants each in the category of salt-tolerant and salt-susceptible were selected from the segregating F₃ population for ISSR marker analysis. A total of 149 bands (4–11 bands per primer) ranging from 200 to 3530 bp were scored for the two rice varieties and the selected CSR10 × HBC19 segregating F₃ plants using 26 ISSR primers. Of these, 89 were monomorphic and 60 were polymorphic. Of the 60 polymorphic bands,36 and 20 bands were specific to CSR10 andHBC19 respectively. The remaining four bands were amplified using UBC primers 810,848, 853 and 886 and present in only some of the CSR10 × HBC19 F₃ plants. Notably, ISSR primers with dinucleotide repeat motif and 5'-anchored end amplified more number of bands (7.0 bands/primer) compared to3'-anchored dinucleotide primers (5.4bands/primer), but 3'-anchored dinucleotide primers revealed higher level of polymorphism (2.6 polymorphic bands/primer) compared to 5'-anchoreddinucleotide primers (1.43 polymorphic bands/ primer). While distribution of majority of the polymorphic bands were more or less in the expected ratios in salt-tolerant and/or salt-sensitive F₃segregating plants, but some of the bands amplified using UBC ISSR primers 823, 825,826, 849, 853, 864, 866 and 884 showed highly skewed distribution. Such polymorphic bands stand greater chances of having a linkage with the genes/ QTLs for salinity tolerance and shall be the target for further studies. This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date.     

利用SSCP技术分析甘蓝型油菜10个功能基因序列差异

以甘蓝型油菜SI-1300和Eagle为材料,利用DNA单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)技术,对10对功能基因特异性引物进行多态性分析,每对引物均检测到1个多态性位点。随后随机挑选10个多态性片段进行测序,并利用bl2seq软件比较测序序列与基因原始序列。结果显示测序序列与所对应的基因原始序列之间相似程度平均高达98%,差异碱基数平均仅为2.3个。进一步选取5对引物比较分析两个材料间的差异扩增片段序列,发现差异扩增片段在2个材料中高度保守,平均相似度达97%;在所测序的5对引物扩增序列中,共存在39个单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms, SNPs)和5个插入/缺失突变(insertion-deletions, INDELs),SNP和INDEL的发生频率分别为1 SNP/30 bp和1 INDEL /233 bp。结果表明,SSCP标记能够真实代表原始功能基因,甘蓝型油菜功能基因序列在不同材料间高度保守,其遗传变异类型主要来源于SNP。