猪圆环病毒2型和3型双重PCR鉴别检测方法的建立及应用

为建立一种鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV-3)和3型(PCV-3)的方法,本研究根据GenBank中PCV-2、PCV-3基因序列分别设计合成特异性检测引物,经过双重PCR反应条件的优化,建立了鉴别检测PCV-2和PCV-3的双重PCR方法。该方法对PCV-2、PCV-3、PCV-2/PCV-3混合物可分别扩增出300 bp、518 bp、300 bp和518 bp的特异性条带,检测PRV、PPV、PRRSV、CSFV、TGEV、PEDV均为阴性,对PCV-2/PCV-3混合物的检测灵敏度达2.1 ng DNA,与PCV-2和PCV-3单项PCR方法的符合率均为100%。该方法在检测136份临床病料样品的应用中,PCV-2阳性率达23.53%(32/136),PCV-3阳性率达18.38%(25/136),PCV-2/PCV-3混合感染率达7.35%(10/136),说明青海省部分地区猪群中存在PCV-2、PCV-3的流行,且存在PCV-2和PCV-3的混合感染。表明该双重PCR具有良好的特异性、敏感性、重复性、准确性和临床适用性,可以用于临床病料中PCV-2和PCV-3的快速低含量鉴别检测,将为PCV-2和PCV-3感染的临床鉴别诊断和流行病学监测提供了一种简便适用的方法,为我国猪圆环病毒病的综合防控提供技术支持。     

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及应用

为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)的分子生物学检测方法,试验根据GenBank中PCV-2的序列设计1对特异性引物,用PCR方法扩增猪PCV-2基因保守区序列,并对PCR扩增程序进行优化,对PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性进行研究;并用该方法对来自红河州规模化猪场的178份临床发病猪的肺脏和淋巴结样品进行检测。结果表明:该法具有快速、敏感、特异等优点,可用于PCV-2的检测和流行病学调查等;178份临床病料中有83份阳性样品,阳性率为46.6%。     

羊传染性脓疱病毒PCR检测方法的建立与应用

根据羊传染性脓疱病毒GeneBank基因序列,设计合成一对引物。通过对PCR反应条件的优化,敏感性及特异性试验,成功建立了用于检测羊传染性脓疱病毒DNA的PCR检测方法。该方法成功扩增出390 bp的目的基因片段,敏感性试验证明可以检测出320×10~(-2)ng/L的DNA。特异性试验羊痘病毒、山羊关节炎脑炎病毒均未扩增出相应片段。重复性试验对3份羊传染性脓疱病毒阳性病料进行检测,结果均为阳性。临床应用对临床送检的16份疑似羊传染性脓疱病毒感染病料用上述建立优化的PCR方法进行检测,结果显示,9份为阳性,阳性样品的PCR扩增产物克隆后进行序列分析显示均为羊传染性脓疱病毒。证明该方法具有良好的敏感性和特异性,可以用于临床诊断。     

鸭疫里默氏杆菌套式PCR检测方法的建立和应用

根据GenBank中登录的鸭疫里默氏杆菌ompA基因序列,设计合成了2对引物,外引物的扩增基因片段大小为470bp,内引物的扩增基因片段大小为249bp,建立了适合RA快速检测的套式PCR方法。采用该方法对鸭疫里默氏杆菌进行了检测,能扩增到249bp的条带,而鸭源大肠杆菌、鸭源沙门菌、鸭源巴氏杆菌、鸭源金黄色葡萄球菌的扩增结果均为阴性。该方法第1次扩增的敏感性是10pg,第2次扩增的敏感性是100fg,第2次比第1次扩增的敏感性高100倍。该检测方法表明,所建立的套式PCR方法比常规PCR方法敏感性高,具有重复性好、特异性强和敏感性高等优点,可用于鸭疫里默氏杆菌的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查等。     

鸡传染性贫血病毒套式PCR检测方法的建立

本试验根据GenBank中登录的禽传染性贫血病毒(CAV)基因序列,设计合成2对引物,外引物的扩增片段大小为485 bp,内引物的扩增片段大小为297 bp,建立了适合CAV快速检测的套式PCR方法(nested PCR),并采用该方法对CAV阳性毒株及临床病料进行了检测。结果显示,该方法能扩增到297 bp的条带,禽流感病毒(H9亚型)、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、禽网状内皮增生病病毒、减蛋综合征病毒、禽呼肠孤病毒、马立克氏病病毒的扩增结果均为阴性。该方法第1步扩增的敏感性是100 pg,第2步PCR扩增的敏感性是1 fg,敏感性提高了10⁵倍。本研究建立的CAV套式PCR方法具有敏感性高、重复性好、特异性强等优点,可用于CAV的临床诊断和分子流行病学调查等。     

套式PCR检测马巴贝斯虫

根据GenBank中马巴贝斯虫(Babesia equi)ema-1基因序列,设计合成内外2对引物,其中外引物扩增ema-1基因60～627nt间567 bp片段,内引物扩增ema-1基因259～488nt间229bp片段。从实验室感染马巴贝斯虫阳性马匹全血样本中提取DNA,采取2次扩增的方法,扩增到229bp特异性条带,建立了适合马巴贝斯虫快速检测的套式PCR方法。经重复性试验和特异性试验,结果显示,马巴贝斯虫阳性样本在229bp均出现条带,而驽巴贝斯虫、牛巴贝斯虫扩增结果为阴性。采用该方法对已知阴、阳性的16份马匹全血样品进行检测,有8份为阳性,与实际结果的符合率为100%。表明,所建立的方法具有较高的重复性和特异性,可用于马巴贝斯虫病的临床诊断、病料检测和分子流行病学调查。     

Ⅰ群禽腺病毒套式PCR检测方法的建立及应用

为了建立一种特异、敏感的Ⅰ群禽腺病毒(FAdV-Ⅰ)检测方法,根据GenBank中FAdV-Ⅰ不同血清型Hexon基因序列,选择保守区域设计内、外2对特异性检测引物,通过反应条件的优化,建立了FAdV-Ⅰ套式PCR检测方法。结果:该方法能够特异性扩增FADV-Ⅰ,而检测减蛋综合征病毒(EDSV)、鸡痘病毒(APV)、马立克病病毒(MDV)、鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)、鸭瘟病毒(DEV)、H9亚型禽流感病毒(AIV-H9)、新城疫病毒(NDV)、鸡传染性支气管炎病毒(IBV)均为阴性;检测下限为10~(2.0) TCID_(50),灵敏度是普通PCR方法的100倍;对3个不同浓度FAdV-Ⅰ的批内重复性检测和批间重复性检测的结果完全一致;相对于病毒分离鉴定方法的符合率为90.91%;用该方法检测91份临床病料样品,共检测出阳性样品58份,其中血清4型、8a型、8b型、11型阳性样品分别为38份、8份、7份、5份。结果说明本试验建立的FAdV-Ⅰ套式PCR检测方法具有良好的特异性、敏感性、重复性、准确性,能够用于FAdV-Ⅰ的临床检测。     

猪弓形虫特异性PCR诊断方法的建立及应用

以猪弓形虫核糖体DNA第一内转录间隔区(ITS1)序列为模板自行设计引物,建立了猪弓形虫病特异PCR诊断方法,并从弓形虫国际标准强毒株RH速殖子和疑似T.gondii感染猪全血及肺脏组织样品基因组DNA中扩增出了预期长度273bp的目的DNA片段。敏感性和特异性试验结果显示,该PCR方法能检测到的最低DNA量为0.001ng,且与相关的9种对照寄生虫、细菌和病毒无交叉反应。用建立的PCR诊断方法对临床30份猪弓形虫疑似病料和60份健康猪抗凝全血样品进行检测,结果30份病料中有24份呈现阳性;60份健康猪血中有5份为阳性;随机取两个临床样品的阳性PCR扩增片段进行克隆测序表明,二者序列与Gen-Bank中已登录的猪弓形虫ITS1基因相应部分序列完全相同。以上表明所建立的PCR方法具有高度的敏感性和特异性;本研究为猪弓形虫病的快速诊断提供了一种新方法。     

鸡传染性喉气管炎病毒PCR检测方式的建立和应用

根据GenBank传染性喉气管炎病毒(ILTV)基因序列,设计合成了1对特异性引物。以ILTV DNA为模板,建立了检测ILTV的PCR检测方法。通过优化PCR反应条件,成功扩增出一条约690 bp的目的基因片段。而鸡传染性法氏囊病病毒、新城疫病毒、传染性支气管炎病毒、禽流感病毒基因组均未扩增为出相应的片段。敏感性试验检测出其DNA最小检出量为10-2μg。重复性试验中对3份检测为传染性喉气管炎病毒阳性病料进行检测,发现3次重复检测的结果完全一致。临床应用中运用上述优化的PCR反应条件进行PCR检测临床送检的16份疑似鸡传染性喉气管炎病毒感染病料,结果显示检出阳性样品6份,将阳性样品的PCR扩增产物克隆后序列分析显示均为鸡传染性喉气管炎病毒。结果表明,建立的PCR方法具有良好的特异性,敏感性和稳定性,可应用于传染性喉气管炎病毒鉴定和临床诊断。     

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及其在临床检测中的应用

选择猪圆环病毒2型(PCV-2)基因保守区设计1对引物P1和P2,扩增536 bp的片段,该方法可以特异地检测出PCV-2的DNA,而对猪细小病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒及未接PCV-2的PK-15细胞均呈阴性;该法能检测出29 ng/L的病毒DNA。对扩增片段进行测序,结果表明扩增片段属于PCV-2。应用该方法对2008年度上海及周边地区送检的91份临床样本进行了PCV-2的检测,结果表明,阳性样本为52份,阳性率为57.14%。研究结果表明,建立的PCR方法检测PCV-2具有较好的敏感性和特异性,可用于PCV-2感染疑似病例的诊断及其分子流行病学调查。     

鉴别猪圆环病毒1型和2型的二重PCR方法的建立

根据GenBank上发表的PCV-1和PCV-2序列,设计2对引物分别扩增PCV-1和PCV-2的独特区域,长度为382 bp和222 bp.将PCR产物分别克隆至pMD-18T vector,经转化、PCR鉴定和序列测定,构建了PCV-1和PCV-2的阳性质粒,并等量混合作为二重PCR阳性模板.将2对PCR引物混合后,进行退火温度优化,敏感性和特异性试验,并用于临床检测.结果表明,该二重PCR方法可以特异性地鉴别PCV-1和PCV-2,最低检出量分别为0.1 ng和0.01 ng,敏感性较高.应用该方法可对临床样品进行准确、快速地诊断,为猪圆环病毒的临床诊断与流行病学调查等研究奠定了基础.     

猪口蹄疫病毒MFIA xTAG检测方法的建立

为了提高猪口蹄疫病毒诊断准确性,针对口蹄疫病毒的3D基因建立了FMDV的xTAG检测方法。根据3D基因序列设计特异引物,上游引物5’端加TAG序列,下游引物5’端加生物素,进行PCR扩增,扩增产物与荧光编码微球和SA-PE杂交,在Luminex 200检测仪上读数。用所建立的MFIA xTAG检测方法进行特异性、灵敏度、重复性及病料样品的检测。结果表明,该方法的特异性强;检测的敏感性可达1×10~2 copies/μL;批内、批间的变异系数都在3%以下;检测结果与SYBR Green I荧光PCR方法100%相符。表明建立的液相基因芯片方法特异性好、灵敏度高、重复性好,可用于猪口蹄疫病毒的检测。     

猪圆环病毒2型纳米PCR检测方法的建立及初步应用

建立一种高效、快捷、灵敏的猪圆环病毒2型(PCV-2)的检测方法,本研究根据PCV-2 ORF2基因的保守核苷酸区域设计一对特异性引物,建立了一种用于检测PCV-2的纳米PCR方法,对其反应条件进行优化,并用重组质粒PET28a-ORF2,以及PCV-2(DNA)、猪流行性腹泻病毒(cDNA)、猪瘟病毒(cDNA)和猪细小病毒(cDNA)分别作为模板,检测了该方法的灵敏性及特异性,同时对采集的临床样品进行检测。结果表明,该纳米PCR方法可以扩增出大小为636 bp的特异性片段;最佳的退火温度为54℃,胶体金浓度为0.5 nmol/L,最低可以检出1.0×10~2拷贝/μL,其灵敏度比普通PCR检测方法高10倍以上;对采集的新疆某大型种猪场的78临床份病料进行检测,其阳性检出数量比常规PCR的检出数量高4份样品,表明PCV-2纳米PCR方法具有较高的特异性和灵敏性。本研究建立的纳米PCR方法可用于PCV-2病原学的早期检测和分子流行病学调查;同时对于低病毒的临床样品的检测也提供了一种有效的技术手段。     

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及其应用

参照国内外已发表的猪圆环病毒2型（PCV-2）的ORF1的基因序列及其相关的PCR检测方法设计一对引物,扩增目的片段为493bp。通过对PCR检测方法的特异性、敏感性、重复性试验,建立了一种PCV-2的PCR检测方法。应用此方法对临床样品进行了检测,阳性检出率达51.18%。该方法具有快速、敏感、特异等优点,可用于PCV-2的检测和流行病学调查等。     

检测PRV野毒株、PCV-2及PPV多重PCR方法的建立及初步应用

根据GenBank中的猪伪狂犬病病毒(PRV)gE、猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2、猪细小病毒(PPV)VP2基因序列,设计了3对引物,成功建立了检测PRV野毒株、PCV-2和PPV的多重PCR诊断方法,扩增产物分别为288 bp、419 bp、681 bp。敏感性、特异性试验结果显示,该PCR对3种病毒的最低核酸检测量分别为PRV 48.2 pg/L、PCV-2 36.7 pg/L、PPV 0.25 ng/L,而PRV(gE基因缺失株)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、大肠杆菌的扩增结果均为阴性。对87份自然感染病猪样品的检测结果表明,该多重PCR检测结果与单一PCR检测结果完全符合。结果表明,该多重PCR方法具有很好的特异性和敏感性,可用于临床PRV野毒株和gE基因缺失疫苗株、PCV-2和PPV的检测。     

鸭黄病毒感染逆转录半套式PCR检测方法的建立

根据GenBank发布的黄病毒Bagaza毒株的NS3基因的保守序列设计了3条引物,建立了一种适用于鸭黄病毒的半套式PCR快速检测方法。采用该方法对鸭黄病毒山东分离株进行检测,结果半套式PCR对2株分离株均能扩增出277bp的特异性条带,而对鸭瘟病毒、禽流感病毒（H9亚型）、新城疫病毒、传染性法氏囊病病毒、减蛋综合征病毒的扩增结果均为阴性;经检测该方法第1次扩增的敏感性为1×105拷贝/μL,第2次扩增的敏感性为1×102拷贝/μL,第2次扩增的敏感性比第1次高103倍;该方法对山东省各地采集的24份疑似病料可检出22份阳性。表明本试验所建立的套式PCR方法可用于鸭黄病毒感染的临床诊断和流行病学调查。     

PCR技术在猪圆环病毒2型检测中的应用

参照Gen Bank中已发表的猪圆环病毒2型(PCV-2)ORF2基因序列,设计合成1对引物,建立了检测猪场疑似病例临床样本中PCV-2的PCR方法。结果显示,PCV-2的ORF2扩增产物经琼脂糖凝胶电泳,呈现1条630 bp的特异性条带,与预期目的片段大小一致。应用该方法对安徽省3个猪场的30份病料进行了PCV-2检测,结果有9份检测出PCV-2,阳性率为30%。结果表明,该试验建立的PCR方法,是一种快速、灵敏、高效的PCV-2检测技术。     

SYBR Green Ⅰ实时定量PCR方法检测猪细小病毒

为建立特异敏感的猪细小病毒(PPV)的SYBR Green I实时定量PCR检测方法,本研究根据GenBank上PPV NS1保守序列设计合成了1对引物,利用本实验室构建的重组质粒(pMD18-T-PPV NS1)为标准模板,对反应条件进行优化,绘制标准曲线,并进行熔解曲线分析,建立了PPV的SYBR Green Ⅰ实时定量PCR检测方法.分别进行了特异性、敏感性及重复性检验,结果表明,本方法具有良好的特异性,与PRRSV、CSFV、PRV、PCV-2、SIV及阴性对照均为阴性;其最低检出量为7copies/μL,比PCR敏感100倍,且批内和批间重复性良好.用该方法对15份临床病料进行检测,并与常规PCR、环介导等温扩增(LAMP)方法进行对比,显示该方法灵敏度高、成本低,能够对样品组织中病毒进行定量检测,为快速检测PPV提供了有效的技术手段.     

基于猪伪狂犬病毒gE基因的PCR法快速诊断猪伪狂犬病的研究

为了建立一种快速检测猪伪狂犬病毒(PRV)的方法,试验采用PCR法,并以NCBI公布的PRV Min-A株(登录号为AY170318.1)的gE基因序列为参考序列设计1对特异性引物,进行PRV基因的扩增,并对该检测方法的特异性、敏感性、重复性进行验证。结果表明:该PCR检测方法扩增的目的基因长348 bp;应用此方法对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪圆环病毒Ⅱ型(PCV2)、猪瘟病毒(CSFV)、猪细小病毒(PPV)进行PCR扩增均未有条带出现;该方法能够检测到的最低DNA模板量为10 pg;重复性良好;应用此法对43份临床样品进行检测,检出率为65.12%(28/43)。说明该PCR检测方法可用于PRV的分离鉴定、临床病料检测和分子流行病学调查等。     

四川猪圆环病毒Ⅱ型的检测

据文献资料设计一对引物,初步建立了检测猪圆环病毒II型(PCV-2)核酸片段的PCR方法。从可疑病料中扩增出了预期长度为473bp的DNA片段,用另一套引物证实了PCR产物的特异性。首次证实了四川地区猪群中存在PCV-2感染,为进一步研究打下了基础。