黄、渤海春季刺参肠道及养殖池塘细菌菌群的多样性

以黄海和渤海春季刺参养殖池塘的沉积物、海水和刺参Apostichopus japonicus肠道内容物中的细菌基因组DNA为模板,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,构建16S rDNA文库并进行测序分析。结果表明：黄海和渤海养殖刺参肠道内容物、池塘沉积物和海水中共存在变形菌Proteobacteria、蓝细菌门Cy：anobacteria、放线菌门Actinobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes 5个门类的细菌类群,其优势类群均为变形菌(变形菌比例>41%),且在文库所含变形菌的4个亚门( Alphaproteobacteria、 Betap：roteobacteria、 Gammaproteobacteria、 Deltaproteobacteria)中,除黄海春季刺参养殖池塘海水文库(YSp3)中α-变形菌占优势外,其余5个文库均以γ-变形菌为优势亚门。     

3种水质调控方式下春季参池环境及刺参肠道的细菌群落结构

为研究养水机在调控刺参Apostichopus japonicus池塘水质中的作用,通过16S rDNA高通量测序方法研究了养水机(功率750 W)、自然纳潮、微孔曝气3种水质调控方式下春季刺参池塘环境及刺参肠道菌群结构。结果表明:参池水样、沉积物和刺参肠道中共含有变形菌门Proteobacteria、拟杆菌门Bacteroidetes、疣微菌门Verrucomicrobia、厚壁菌门Firmicutes、浮霉菌门Planctomycetes、放线菌门Actinocteria、蓝细菌门Cyanobacteria、绿弯菌门Chloroflexi、酸杆菌门Acidobacteria、芽单胞菌门Gemmatimonadetes;仅微孔曝气参池水样中第一优势菌为拟杆菌门(61.9%),微孔曝气参池沉积物、刺参肠道及其他参池水样、沉积物、刺参肠道中第一优势菌均为变形菌门(≥55.9%);养水机参池水样和沉积物中Simpson优势度指数最低,Chao1、ACE、Shannon指数均最高,该池刺参肠道中ACE、Shannon指数均最高。研究表明,养水机有利于池塘环境中的细菌多样性和刺参肠道细菌多样性。     

不同时期刺参养殖池塘海水菌群结构分析

对辽宁省大连市瓦房店刺参养殖池塘海水菌群结构组成和变化情况进行分析,采集不同时期刺参养殖池塘海水,扩增细菌16S rDNA基因V3可变区序列,进行变性梯度凝胶电泳（DGGE）,分析指纹图谱,并对主要条带进行切胶、回收和测序。结果表明,不同时期海水各样品的多样性指数在1.994 5~2.230 5之间,均匀度差异不大,样品的丰富度在42~48之间。不同时期海水中3月和9月的菌群结构最为相近（80%）,6月与其他各时期聚类距离最大。对39个主要条带的测序结果表明,12个条带与未培养细菌相近,1个条带与放线菌纲（Actinobacteridae）的菌株相似,另外26个条带相似菌株分别归类为黄杆菌纲（Flavobacteria）、α-变形菌纲（Alpha proteobacteria）、γ-变形菌纲（Gamma proteobacteria）。黄杆菌纲、α-变形菌纲和γ-变形菌纲在各时期海水中均有出现,其中黄杆菌纲优势度最高,占23.8%~50.0%。不同时期养殖池塘海水菌群的结构相对稳定,但具体菌种存在差异。     

不同稻田共作模式对土壤细菌群落结构的影响

为探讨不同共作模式对稻田土壤细菌群落多样性和结构的影响,利用Miseq平台Illumina第二代高通量测序技术对河蟹共作稻田(SDHXZ)、龙虾共作稻田(SDLXZ)和稻田单作(SDKBZ)的稻田土壤细菌16S rRNA基因V3-V4区域进行丰富度和多样性指数以及群落结构分析。结果表明,稻田土壤的主要优势菌门是变形菌门、拟杆菌门、绿弯菌门、放线菌门和酸杆菌门。SDHXZ和SDLXZ中变形菌门和拟杆菌门的相对丰度均高于SDKBZ。优势属中硫化菌属的相对丰度在SDHXZ和SDLXZ中均高于SDKBZ。土壤中氨氮含量是主要菌属的第一影响因子。SDHXZ的Ace指数和Shannon指数均高于SDKBZ。主成分分析结果显示,SDHXZ和SDLXZ与SDKBZ土壤细菌群落构成有一定差异。初步揭示了河蟹和龙虾的引入改变稻田土壤细菌群落的结构,尤其是河蟹的引入增加了稻田土壤细菌群落多样性,丰富了细菌群落组成,进一步扩大了优势菌门和优势菌属的相对丰度。     

稻菜轮作下不同施氮处理对土壤微生物多样性的影响

【目的】分析稻菜轮作模式下不同施氮处理对土壤微生物多样性的影响,为氮肥减量施用提供理论支撑。【方法】设置氮肥全量施用(T1)、氮肥减施(T2)、氮肥配施有机肥(T3)、不施氮肥(CK)4个处理,利用高通量测序技术和生物信息学手段,研究其对土壤真菌和细菌群落结构和多样性的影响。【结果】土壤细菌和真菌群落Alpha多样性分析表明,T1处理的细菌群落Chao1指数和Observed指数低于CK处理,T2、T3处理高于CK,但处理间差异不显著;T1、T2、T3处理的细菌Shannon指数和Simpson指数均高于CK处理,差异不显著。T1、T2、T3处理的真菌Chao1指数和Observed指数均高于CK处理,而Shannon指数和Simpson指数均低于CK处理,差异不显著。微生物群落Beta多样性分析表明4个处理的土壤细菌群落组成基本相似,处理间差异不显著;T3处理的真菌群落组成与CK、T1、T2处理有一定的差异。土壤细菌群落组成基本相似,4个处理的细菌优势菌群均为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloronexi)和酸杆菌门...     

成都平原主养草鱼·搭配鲫鱼池塘底泥中的细菌群落结构分析

[目的]分析成都平原主养草鱼、搭配鲫鱼池塘底泥中的细菌群落结构。[方法]通过构建细菌16SrRNA基因克隆文库,对阳性克隆子进行多样性分析和构建系统发育树。[结果]依据97％序列相似性划分OUT,所构建的文库共获得171个克隆子,并划分为14个OTUs（操作分类单元）,其多样性指数Shannon（日）和优势度指数Simpson（D）分别为2．12和7．15,丰富度指数Schaol和Schaol均为16。池塘底泥中主要的细菌类群为：梭杆菌门（24％）、变形菌门（55％）、浮霉菌门（10．5％）、绿弯菌门（5．9％）、拟杆菌门（2．3％）、放线菌门（1．8％）和厚壁菌门（0．6％）o[结论]Cetobacterium、Prolixibacter、Rhodocyclus、Candidate、Planctomycetacia、Thiocapsa、Desulfomicrobium和Sterolibacterium等属菌在脱氮除磷、降低硫化物、降解有机质等发挥重要作用。池塘底泥既是水生态系统修复功能菌的资源库,但也存在着Xanthomonas等致病性和功能未知的细菌库。     

盐穗木叶片及根际土壤微生物群落高通量分析

【目的】 研究新疆盐碱环境中,极端耐盐植物盐穗木的根际土壤及叶片内生微生物群落组成和结构,为利用根际促生细菌制作生物菌肥提供科学依据。【方法】 应用16S rDNA和ITS高通量测序技术,测定分析盐穗木根际土壤与叶片内生微生物群落结构及多样性。【结果】 在门水平上根际土壤细菌群落中的优势菌门为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)等。根际盐穗木真菌群落中的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)。在门水平下,盐穗木叶片内生细菌群落中的优势菌门为蓝细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria);内生真菌群落中的优势菌门为子囊菌门(Ascomycota)。Alpha 多样性指数分析得出,在3 个土壤样品中,YS1的Shannon,Simpson指数最高,即微生物群落多样性较其余2个样品高。【结论】 在3个叶片样品中,YP3的Shannon,Simpson等指数最高,即微生物群落多样性较其余2个样品高。盐穗木根际土壤微生物群落多样性高于叶片内生微生物群多样性。     

南美白对虾养殖底泥细菌多样性研究

【目的】研究南美白对虾养殖池一个养殖周期的底泥细菌多样性,为指导水产养殖提供参考。【方法】于2011年7-9月,采集上海市金山区水产养殖基地南美白对虾养殖池塘的底泥,提取底泥中细菌的总DNA,扩增细菌16SrDNA的V3可变区,采用DGGE指纹图谱技术以及基因测序技术,对该养殖周期的底泥细菌多样性进行研究。【结果】不同月份虾池底泥中存在一定数量的共有优势菌群,7月和8月的共有优势菌群分别为黄杆菌属和绿弯菌门细菌,8月和9月共有优势菌群为梭菌属细菌,7月份和9月份共有优势菌群为拟杆菌门细菌和硫酸盐还原菌;同时,7-9月底泥中还各自分布有除硫单胞菌属、蛭弧菌属、δ-变形菌门、酸杆菌门、厚壁菌门、聚球藻属等细菌。【结论】南美白对虾养殖底泥中细菌多样性丰富。     

投饵与不投饵池塘刺参肠道异养菌区系比较

从2007年6月到2008年5月,对威海市荣成不投饵刺参养殖池塘和青岛市胶南投饵刺参养殖池塘内的刺参肠道内的异养细菌总活菌数的周年变化进行了调查,并分析了刺参肠道内异养细菌的区系组成。结果表明,投饵与不投饵池塘中刺参肠道内活菌的数量随季节总体变化趋势相似,均为春夏季较低,秋冬季较高,但不投饵池塘刺参肠道内活菌数量在0．01水平显著高于投饵池塘。通过对分离得到的菌株鉴定,发现308株细菌分别属于20个属。在投饵和不投饵池塘中,刺参肠道内的优势菌均为弧菌、假单胞菌和芽孢杆菌,但在投饵池塘中,刺参肠道内的弧菌和芽孢杆菌的比例明显高于不投饵池塘,假单胞菌和其他细菌的比例则明显低于不投饵池塘。不投饵池塘刺参肠道细菌Shannon-Wiener多样性指数在夏季明显高于投饵池塘,其他季节差异不明显。从异养细菌的种类组成看,色杆菌属、Endozoicimonas、瑰杆菌属、副球菌属、短杆菌属、Jeotgalicoccus、Glaciecola仅出现在不投饵池塘刺参肠道内,而屈扰杆菌属、希瓦氏菌、八叠球菌属则仅出现在投饵池塘刺参肠道内。     

炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌多样性的影响

【目的】根区土壤微生物是影响根系环境的重要因素,炭化苹果枝是废弃果树枝条低氧高温热解产物,研究施用炭化苹果枝对苹果根区土壤细菌和真菌的群落结构及其多样性的影响,为炭化苹果枝的合理应用以及改善果园土壤生物学性状提供理论依据。【方法】在春季,将长势一致的2年生‘富士’苹果幼树(砧木为平邑甜茶)移栽到含有不同质量比(0—4%)炭化苹果枝的盆栽土壤中,于移栽120 d后采集土样,提取基因组DNA,通过PCR扩增建立文库,利用Miseq平台Illumina第二代高通量测序技术并结合相关生物信息学分析土壤细菌16S r RNA基因V3+V4区域和真菌ITS1区域的丰富度和多样性指数以及群落结构。【结果】从15个苹果根区土壤样本中获得16 656个细菌分类操作单元(OTU)和435个真菌OTU,其中,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和酸杆菌门(Acidobacteria)是优势细菌,其相对丰度共占70.68%—72.80%;担子菌门(Basidiomycota)、子囊菌门(Ascomycota)和接合菌门(Zygomycota)是优势真菌,其相对丰度共占68.00%—75.14%。群落物种丰富度指数(Chao指数和Ace指数)分析显示,1%炭化苹果枝增加了细菌的群落丰富度,其Chao指数提高了15.42%,Ace指数提高3.89%;0.5%炭化苹果枝增加了真菌的群落丰富度,其Chao指数提高了2.80%,Ace指数提高了3.61%。群落多样性指数(Shannon指数和Simpson指数)分析表明,0.5%—4%炭化苹果枝降低了土壤细菌的多样性,增加了土壤真菌的多样性;其中,细菌群落多样性Shannon指数在炭化苹果枝用量为1%时最低,真菌Shannon指数在炭化苹果枝用量为0.5%时最高。1%、2%和4%的炭化苹果枝均不同程度地降低了根区土壤变形菌门、酸杆菌门和担子菌门的相对丰度,提高了拟杆菌门和接合菌门的相对丰度;真菌担子菌门中的锈革孔菌科(Hymenochaetaceae)的相对丰度最大(数值在31.99%—46.74%),施用1%、2%和4%的炭化苹果枝可使其降低。0.5%—4%的炭化苹果枝能增加不同处理所独有的细菌OTU数目,改变细菌类群组成,其中独有的细菌OTU数目是共有OTU数目的 1—3倍,但对真菌类群组成没有明显影响。【结论】施用0.5%—4%(w/w)炭化苹果枝明显改变苹果根区土壤细菌和真菌的丰富度和多样性,增加各用量下所特有的细菌物种,其中1%的炭化苹果枝明显提高根区土壤细菌的丰富度。     

低温环境下南海深海沉积物中可培养细菌的多样性及其抑菌活性分析

模拟低温(10℃)环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌,基于16S rRNA基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析,并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明,从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌32株,分属于3个菌门(变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门)的19个种,其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有17株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌4种指示菌均表现出抑制作用,占分离菌株种类的89.5%。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。     

固氮、解磷复合菌剂对小麦根际土壤细菌群落的影响

为研究固氮芽孢杆菌、固氮巨大芽孢杆菌、解磷假单胞菌、巴西固氮螺菌组成的复合菌剂对小麦根际土壤细菌群落多样性的影响,通过构建16SrRNA克隆文库及采用核糖体DNA扩增片段酶切分析(ARDRA)的方法,以文库库容值(C)、Rarefaction曲线(R)对克隆文库进行评价。系统发育分析表明,对照及菌剂处理样品均检测到酸杆菌门、变形菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、放线菌门和芽单胞菌门8个细菌类群,并且优势菌群均为变形菌门和酸杆菌门。接种菌剂后小麦根际土壤检出了绿弯菌门、蓝藻门、产水菌门和硝化螺旋菌门,而梭杆菌门未被检出。假单胞菌属由1.59%增加至21.28%。芽孢杆菌属由未检出增至3.05%。两样品中均未检出固氮螺菌属。多样性分析表明,接种菌剂后,小麦根际土壤细菌多样性指数和丰富度指数均提高。因此,接种菌剂对小麦根际土壤细菌类群的组成及所占比例有较大影响。     

油菜栽培方式对土壤细菌多样性的影响

采用Illumina HiSeq高通量测序技术,研究油菜垄作和厢作下不同深度处的土壤细菌多样性,分析土壤10、20、30 cm深处菌群的组成、丰度、α多样性及菌群差异,采用典型相关性分析(CCA)及Spearman相关分析研究优势菌群与土壤温度和相对湿度的相关性,探讨土壤细菌与作物耕作方式的关系。结果表明：苗期垄作的土壤温度高于厢作0.1~0.7 ℃,成熟期垄作的土壤温度低于厢作0.2~1.2 ℃;厢作的土壤相对湿度均高于垄作;油菜不同栽培方式的各深度土壤样本共有的OTU数为2814条,其中变形菌门、酸杆菌门、绿弯菌门、硝化螺旋菌门为优势菌群(相对丰度均大于5%);垄作土壤细菌的丰度指数(Shannon指数和Simpson指数)显著大于厢作(P<0.05),优势菌群在土壤样本的丰度存在显著差异;土壤温度和相对湿度对10 cm的土壤细菌无显著性影响,对20~30 cm的土壤细菌有影响;酸杆菌的相对含量与土壤温度呈显著正相关。油菜垄作栽培有利于调节土壤温度和相对湿度,改善土壤微环境,促进土壤微生物多样性发展。     

不同施肥模式对茶园土壤细菌多样性的影响

以菜子饼+茶叶配方肥(YSJF1)、脲甲醛缓释肥(YSJF2)、茶叶配方肥(YSJF3)、畜禽粪商品有机肥+茶叶配方肥(YSJF4)、菜子饼+脲甲醛缓释肥(YSJF5)、包膜控释肥(YSJF6)、茶叶复混肥(YSJF7)、不施肥(YSJF8)和习惯施肥(YSJF9)处理后的茶园土壤为研究对象,利用Ion S5TMXL高通量测序技术,以16S rRNA基因为靶标,研究不同施肥模式对茶园土壤细菌数量、多样性和群落结构的影响,分析细菌数量、多样性与土壤理化性质的关联性。在门分类水平上,27个样品共鉴定获得46个类群,其中变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、奇古菌门(Thaumarchaeota)、拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势类群,相对丰度占87.08%～96.76%。不同施肥处理间变形菌门、酸杆菌门、放线菌门、绿弯菌门的相对丰度差异显著。不同施肥处理的ACE指数、Chao1指数、Shannon指数和Simpson指数分别为656.34～962.36、655.79～1 040.41、5.22～6.54和0.925 0～0.969 3。相关性分析和冗余分析结果表明,土壤pH、有机质含量和碱解氮与细菌丰度、α多样性指数和细菌群落结构有一定的相关性,土壤pH是影响细菌群落重要的环境因子。     

不同苎麻品种根际土壤细菌多样性

【目的】本文研究了不同苎麻品种根际土壤细菌群落组成和多样性的变化。【方法】利用Illumina平台Miseq高通量测序技术结合相关生物信息学对深根型、中根型、浅根型苎麻根际土壤细菌进行高通量测序及分析。【结果】测序共获得230 664个OTUs,257 100条读数,平均读长420 bp。Venn图表明不同处理之间共有的细菌OTU数目为459个,深根型苎麻与中根型苎麻共有的细菌类群最多。深根型苎麻Chao指数显著高于浅根型苎麻13.86%,与中根型苎麻差异不显著。深根型苎麻Shannon指数显著高于中根型苎麻,与浅根型苎麻差异不显著。3个处理间的Simpson指数差异不明显。Observed species指数、Chao指数、Shannon指数、Simpson指数总体上呈现深根型苎麻高于其他2个处理,说明深根型处理土壤细菌种群丰富度、土壤细菌优势度高于其他2种处理。苎麻根际土壤细菌多样指数与土壤有机碳、p H值相关性较高,与速效钾呈正相关关系。3个处理的土壤根际细菌优势门(相对丰度10%)、优势纲(相对丰度10%)、优势属(相对丰度1%)都基本相同。3个处理的土壤细菌优势门有拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)。3个处理的优势纲有拟杆菌纲(Bacteroidia),梭菌纲(Clostridia),芽孢杆菌纲(Bacilli)。3个处理的优势属有18个。【结论】(1)与中根型、浅根型苎麻相比深根型苎麻根际土壤细菌最为丰富;(2)苎麻根际土壤细菌多样性与土壤有机碳、p H值相关性较高,与速效钾呈正相关关系;(3)深根型、中根型、浅根型苎麻土壤根际细菌优势类群基本相同。     

不同盐碱胁迫对土壤细菌群落结构的影响

【目的】 研究盐碱胁迫对土壤细菌群落多样性及群落组成的影响。【方法】试验设置(NaCl、Na₂SO₄和Na₂CO₃+NaHCO₃)三种盐碱胁迫类型和盐(碱)度。【结果】不同盐碱胁迫对土壤细菌群落α-多样性Shannon和Simpson指数影响不大,Na₂SO₄和Na₂CO₃+NaHCO₃胁迫土壤Chao1和Ace丰富度指数显著降低。NaCl轻度盐化土壤细菌群落β-多样性与对照无明显差异,其它盐碱胁迫土壤细菌群落结构变化显著。各处理土壤细菌优势门类均为变形菌门、芽单胞菌门、放线菌门、酸杆菌门和拟杆菌门。盐碱胁迫土壤细菌的拟杆菌门、浮霉菌门增加;而放线菌门、硝化螺旋菌门减少。NaCl胁迫土壤绿弯菌门、厚壁菌门相对丰度增加,Na₂SO₄胁迫土壤芽单胞菌门、热微菌门增加,Na₂CO₃+NaHCO₃碱胁迫土壤酸杆菌门、疣微菌门增加。【结论】土壤细菌群落通过调节物种组成来适应盐碱胁迫,不同盐碱类型和盐碱度胁迫下,土壤细菌群落会形成显著差异的物种。     

喀斯特山地生态养鸡对土壤理化性质及菌群结构的影响

为研究喀斯特山地生态养鸡对土壤理化性质及菌群结构的影响,本试验分别采集养殖区(CA组)、轮休区(RA组)和未养殖区(NCA组)土壤,对其pH值、含水率、容重、全氮、全磷、全钾及微生物组成进行分析。结果表明,相较于NCA组,CA组的土壤pH值极显著降低,含水率显著降低,全钾和全磷含量显著或极显著增加。CA组的细菌Alpha多样性指数(Ace、Chao1、Shannon、Simpson指数)最低;相对于CA组,RA组的Alpha多样性指数显著或极显著增加。CA组真菌Shannon指数最低,RA组最高;与CA和NCA组相比,RA组的Ace指数和Chao1指数显著或极显著增加。三组的优势细菌门类为变形菌门(36.452%～42.378%)、酸杆菌门(23.362%～31.836%)和拟杆菌门(4.710%～11.488%);优势真菌门类为子囊菌门(17.453%～31.368%)、担子菌门(13.295%～19.737%)和毛霉门(7.253%～21.492%)。土壤pH值、全氮含量分别极显著、显著影响细菌群落结构;全钾含量和容重显著影响真菌群落结构。综上,喀斯特山地连续养鸡可导致土壤酸化、持...     

杉木连栽地土壤的细菌群落结构与其特性的关系研究

探究不同连栽代数杉木人工林土壤细菌群落结构的多样性变化与土壤物理化学性质的相关性。在测定不同连栽代数杉木人工林土壤理化性质的基础上,利用高通量测序技术,测定土壤细菌数量与群落结构的多样性,并分析土壤细菌数量、群落结构的多样性与土壤理化性质间的相关性。结果表明:随着连栽代数的增加,杉木人工林土壤容重呈上升趋势,而土壤p H、全碳、全氮、总孔隙度体积等理化性质均呈下降趋势。不同连栽代数杉木人工林土壤细菌的优势门类为酸杆菌门、变形菌门、浮霉菌门、绿弯菌门;主要纲类有DA052、酸杆菌纲、α-变形菌纲、浮霉菌纲;优势目类为DA052 uncultured bacterium、酸杆菌目、红螺旋菌目、根瘤菌目、浮霉菌目。随着连栽代数增加,酸杆菌门、DA052纲相对丰度逐渐降低,而变形菌门、酸杆菌目、红螺旋菌目、根瘤菌目相对丰度则随连栽代数增加呈上升趋势。土壤细菌群落的群落指数Ace和群落指数Chao1均以1代杉木人工林为最高;土壤TK、TC、TN、TP、pH、毛管孔隙体积、含水量、土壤容重对主要细菌门、纲、目类相对丰度作用较大。群落指数Ace、群落指数Chao1、群落指数Simpson、群落指数Shannon分别与土壤容重、TP、TN、TC、含水量、非毛管孔隙体积、总孔隙度体积呈显著的相关性。     

基于高通量测序分析海南粗榧树皮和叶片中微生物多样性

为了探究粗榧树皮和叶片中内生菌的群落组成与结构,本研究采用高通量测序方法对粗榧树皮和叶片中内生菌的群落结构与多样性进行分析。结果表明,粗榧树皮中细菌的ACE指数、Chao1指数和Shannon指数分别为169、170、3.58,均低于叶片,而真菌的ACE指数、Chao1指数和Shannon指数分别为281、283、4.19,均高于叶片,说明粗榧树皮的内生细菌群落丰富度及多样性比叶片低,内生真菌群落丰富度及多样性高于叶片。粗榧树皮和叶片中内生细菌在门水平上主要为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其中变形菌门(Proteobacteria)为树皮和叶片中优势菌门;真菌门水平上主要为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota),子囊菌门(Ascomycota)为树皮和叶片中优势菌门。在属水平上,内生细菌主要为假单胞菌属(Pseudomonas)、乳球菌属(Lactococcus)、芽孢杆菌属(Bacillus)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、肠球菌属(Enterococcus)、不动杆菌属(Acinetobacter)等,假单胞菌属(Pseudomonas)均为树皮和叶片中的优势菌属;内生真菌主要有杯梗孢属(Cyphellophora)、帚枝霉属(Sarocladium)、德福里斯孢属(Devriesia)、Musicillium、Chaetothyriales_unclassified、Mycosphaerellaceae_unclassified、Sordariomycetes_unclassified、赤霉菌属(Gibberella)、Incertae_sedis_unclassified、链格孢属(Alternaria)、毛孢子菌属(Trichosporon)、Hannaella等,其中杯梗孢属(Cyphellophora)为粗榧树皮中的优势菌属,Mycosphaerellaceae_unclassified为粗榧叶片中的优势菌属。本研究结果可为进一步对海南粗榧内生菌的开发与利用提供理论依据。     

玉米根际土壤微生物群落结构及多样性季节变化特征

【目的】研究玉米根际与非根际土壤微生物群落结构及多样性季节变化特征。【方法】利用Illumina-MiSeq高通量测序技术对不同季节玉米根际与非根际土壤中细菌的16S rDNA基因V3～V4区片段和真菌18S rDNA基因V4区片段进行了测序。【结果】①不同季节玉米根际与非根际土壤理化性质随季节变化趋势一致,玉米根际、非根际土壤电导率随季节呈先增加后降低趋势,大致表现为夏季秋季春季冬季,不同季节玉米根际土壤电导率均显著高于非根际(P0.05);由春季到冬季,玉米根际、非根际pH值呈先降低后增加趋势,大致表现为春季冬季秋季夏季,不同季节玉米根际土壤电导率均显著低于非根际(P0.05)。②不同季节玉米根际与非根际土壤养分含量(有机碳、全氮和全钾)随季节变化趋势相一致,由春季到冬季,玉米根际、非根际养分含量均呈先增加后降低趋势,以夏季玉米根际、非根际土壤养分含量最高,冬季玉米根际、非根际土壤养分含量最低,并有所波动。③不同季节玉米根际与非根际土壤细菌和真菌覆盖度、丰富度指数、Shannon-Wiener指数、均匀度Evenness、ACE、Chao 1指数、Simpson指数随季节变化趋势相一致,由春季到冬季,根际、非根际土壤细菌和真菌多样性指数均呈先增加后降低趋势,并且不同季节根际土壤细菌和真菌多样性指数均显著高于非根际。④玉米根际和非根际土壤细菌群落中,优势类群主要是变形菌门、酸杆菌门和芽单胞菌门,还包括浮霉菌门、放线菌门、拟杆菌门、后壁菌门、绿弯菌门、疣微菌门,其中根际土壤细菌酸杆菌门相对丰度高于非根际,变形菌门相对丰度低于非根际。根际和非根际土壤真菌群落中,优势类群主要是子囊菌门和担子菌门,还包括结合菌门、壶菌门、新丽鞭毛菌门、球囊菌门、芽枝菌门。⑤相关性分析表明:玉米土壤细菌和真菌Coverage、ACE与土壤养分均没有显著的相关性(P0.05);土壤pH与土壤细菌和真菌多样性呈负相关,土壤电导率和全磷与土壤细菌和真菌多样性均没有显著的相关性(P0.05)。【结论】玉米土壤根际和非根际细菌和真菌群落具有很好的相似性,并且根际和非根际细菌群落产生明显的分离效应。