亚急性瘤胃酸中毒对绵羊瘤胃异常代谢产物、瘤胃菌群和血液相关指标的影响

本试验通过逐步递增饲粮精粗比诱导绵羊发生亚急性瘤胃酸中毒(SARA),探究其对瘤胃异常代谢产物、瘤胃菌群、血气和血清生化指标的影响,为防治绵羊SARA提供理论依据。选取50只2月龄同期断奶健康的杜泊羊(?)×湖羊(♀) F1代,随机分为2组。对照组(CK组,n=15)饲喂精粗比为50∶50的基础饲粮;SARA诱导组通过饲粮精粗比递增诱导绵羊发生SARA,饲粮精粗比依次为50∶50、70∶30、80∶20、90∶10和100∶0,各精粗比饲粮均饲喂7 d,瘤胃液pH在5.2～5.6持续3 h以上的绵羊构成SARA模型组。分别于各精粗比饲粮第7天晨饲后1、2、3、4、5、6和8 h采集瘤胃液,测定瘤胃异常代谢产物含量和瘤胃菌群结构。SARA诱导成功后,采集CK组和SARA模型组颈静脉血液,测定血气和血清生化指标。结果显示:1)在饲粮精粗比为100:0时,SARA诱导组中有27只绵羊瘤胃液pH在5.2～5.6持续3 h以上,部分羊腹泻,瘤胃液偏黄恶臭黏稠,符合SARA标准,构成SARA模型组。2)SARA模型组Chao1指数显著低于CK组(P0.05),瘤胃菌群结构发生变化,乳酸产生菌相对丰度增加,瘤胃菌群碳水化合物代谢相关基因富集程度增加。3)SARA模型组瘤胃液和血液中乳酸、组胺和内毒素含量均显著高于CK组(P0.05)。4)SARA模型组血液二氧化碳总量、实际碳酸氢盐和全血碱剩余含量显著低于CK组(P0.05)。5)SARA模型组血清谷丙转氨酶活性显著低于CK组(P0.05),血清生化指标处于正常范围。综上所述,绵羊SARA发生过程中,瘤胃菌群丰富度降低,菌群结构改变,乳酸产生菌相对丰度增加,血液和瘤胃液乳酸、内毒素和组胺含量升高,机体发生代谢性酸中毒。     

酵母对亚急性瘤胃酸中毒绵羊缓解效果及作用机制研究

旨在探究一株酿酒酵母和两株瘤胃源褶皱假丝酵母对亚急性瘤胃酸中毒(subacute ruminal acidosis,SARA)绵羊的缓解作用及其机制,为研制防治SARA微生态制剂提供优良菌株和理论依据。选取60只2月龄同期断奶的杜泊羊(♂)×湖羊(♀)F₁代作为试验动物。通过逐步递增饲粮精粗比成功诱导40只绵羊发生SARA,将SARA绵羊随机分为4组,每组10只,分别为：SARA组、酿酒酵母组(Saccharomyces cerevisiae,SC)、褶皱假丝酵母一组(Diutina rugosa 1,DR1)、褶皱假丝酵母二组(Diutina rugosa 2,DR2),各组均饲喂精粗比为90∶10的日粮,酵母组于每天晨饲后分别灌服100 mL酿酒酵母ACCC 21162、褶皱假丝酵母N09、褶皱假丝酵母N07。对照组(Control,CON)饲喂50∶50饲粮。分别于第1、3、7、10天测定各组瘤胃液pH,第10天测定瘤胃与血液异常代谢产物、血气指标、瘤胃菌群。结果显示：1)灌服酵母组第3天后瘤胃液pH显著高于SARA组(P<0.05),灌服酵母可使SARA得有效缓解。2)瘤胃菌群相对丰度发生变化,SC组最优菌属为乳杆菌属,CON组最优菌属为普雷沃氏菌科未确定菌属,SARA、DR1、DR2组最优菌属为瘤胃菌科未确定属;灌服酵母组中,SC组丰富度指数最高,DR2组多样性指数最高。3)灌服酵母组瘤胃液和血液乳酸、瘤胃液组胺显著低于SARA组(P<0.05)。4)SC、DR2组血液pH、全血碱剩余极显著高于SARA组(P<0.01),灌服酵母组血液二氧化碳分压、二氧化碳总量、实际碳酸氢盐显著高于SARA组(P<0.05)。5)瘤胃液pH与血液实际碳酸氢盐呈现显著正相关(P<0.05),瘤胃液乳酸与瘤胃菌群Chao 1指标呈现显著负相关(P<0.05)。结果提示,3株酵母均可提升瘤胃菌群丰富度、降低瘤胃液和血液乳酸、减轻瘤胃炎症、缓解机体酸中毒。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1) HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P0.01)。2) HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P0.01)。3) LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P0.01)。4) LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P0.01)。5) LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P0.05); HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P>0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P<0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P<0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P<0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P>0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P<0.05),但与混合组差异不显著(P>0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P<0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。     

单宁与饲用纤维素酶对湖羊瘤胃微生物菌群的影响

试验旨在利用高通量测序技术研究添加单宁与饲用纤维素酶对湖羊生长育肥期瘤胃微生物菌群结构的影响,为单宁和饲用纤维素酶在反刍动物生产中更好地利用提供理论依据。选用3月龄生长发育良好、平均体重(19.85±1.45)kg的肉用湖羊36只,随机分成对照组和3个处理组,对照组饲喂基础日粮,处理组分别在基础日粮中加入0.1%单宁(单宁组)、0.1%饲用纤维素酶(纤维素酶组)和0.1%单宁+0.1%饲用纤维素酶(混合组),每组3个重复,每个重复3只湖羊。试验期70d,其中过渡期7d,预试期7d,正饲期56d。试验结束后,采集湖羊瘤胃液,提取细菌总DNA,进行PCR扩增后用Illumina Hi Seq 2500测序平台进行高通量测序。结果表明:(1)12个湖羊瘤胃微生物样品测序共获得957 440对序列,平均每个样品产生55 997条clean tags,过滤嵌合体后共产生502 965条effective tags;各组湖羊瘤胃微生物样品的AvgLen均在419～420之间;(2)各组间湖羊瘤胃微生物的Ace指数和Chao1指数差异均不显著(P0.05);与对照组相比,单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃微生物的香农指数显著提高(P0.05);纤维素酶组湖羊瘤胃微生物的辛普森指数较对照组显著降低(P0.05);(3)在门水平上,单宁组湖羊瘤胃内拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度比对照组显著降低(P0.05);单宁组、纤维素酶组和混合组湖羊瘤胃内厚壁菌门(Firmicutes)丰度较对照组均呈下降趋势,但差异不显著(P0.05);(4)在属水平上,单宁组湖羊瘤胃内普雷沃菌属-1(Prevotella_1)丰度降低,与对照组、纤维素酶组差异均显著(P0.05),但与混合组差异不显著(P0.05);单宁组和纤维素酶组湖羊瘤胃内瘤胃菌属(Rumen_bacterium)丰度较对照组和混合组提高,且与混合组的差异显著(P0.05)。综合试验结果,在湖羊日粮中同时加入单宁和饲用纤维素酶可以提高湖羊瘤胃内菌群的多样性和丰度,影响瘤胃菌群结构,缓解单宁对拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)菌落的抑制;同时混合添加可以缓解单独添加单宁对纤维素分解的抑制作用;在门水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为拟杆菌门和厚壁菌门;在属水平上各组湖羊瘤胃内优势菌群均为理研菌科-RC9(Rikenellaceae_RC9_gut_group)、细菌(Bacterium)、普雷沃菌属-1和瘤胃菌属。     

不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构变化的研究北大核心CSCD

本研究旨在揭示不同精粗比饲粮条件下奶牛瘤胃细菌菌群结构的变化。选择24头健康、体重相近、胎次相同、产后3周左右的中国荷斯坦奶牛,随机分为2组(每组12头),分别饲喂高精粗比饲粮(60∶40,HC组)和低精粗比饲粮(40∶60,LC组),试验期为45 d。运用16S rDNA高通量测序技术对奶牛瘤胃细菌菌群结构变化进行分析。结果表明:1)HC组奶牛瘤胃液丙酸比例极显著高于LC组(P<0.01),乙酸/丙酸极显著低于LC组(P<0.01)。2)HC组奶牛瘤胃细菌操作分类单元数量极显著低于LC组(P<0.01)。3)LC组的Ace指数、Chao1指数显著高于HC组(P<0.05),Shannon指数、Simpson指数极显著高于HC组(P<0.01)。4)LC组奶牛瘤胃中拟杆菌门、厚壁菌门、纤维杆菌门、疣微菌门、SR1、软壁菌门、TM7、黏胶球形菌门、迷踪菌门丰度极显著高于HC组(P<0.01),HC组奶牛瘤胃中变形菌门、螺旋菌门丰度极显著高于LC组(P<0.01)。5)LC组奶牛瘤胃中纤维杆菌属、瘤胃球菌属、琥珀酸菌属、甲烷短杆菌属、BF311丰度极显著高于HC组(P<0.01),丁酸弧菌属丰度显著高于HC组(P<0.05);HC组奶牛瘤胃中密螺旋菌属、粪球菌属、Shuttleworthia丰度极显著高于LC组(P<0.01),vadinCA11丰度显著高于LC组(P<0.05)。由此可见,饲粮精粗比显著影响了奶牛瘤胃中细菌总数和多样性。高精粗比饲粮条件下,瘤胃中纤维降解菌的生长受到抑制,促进了瘤胃中产酸菌的增殖,从而改变了瘤胃发酵模式。     

青贮饲用油菜对育肥期山羊瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响

本试验旨在研究青贮饲用油菜对山羊瘤胃发酵参数及微生物多样性的影响。将24只3月龄左右宜昌白山羊[平均体重(14.83±0.32) kg,公母各半]随机分为2组。试验组饲喂含有青贮饲用油菜的全混合饲粮,对照组饲喂含有青贮全株玉米的全混合饲粮,预试期7 d,正饲期90 d。试验结束时,每组屠宰6只羊,取瘤胃液测定pH、氨态氮、瘤胃液菌体蛋白质、挥发性脂肪酸等指标,并采用16S高通量测序方法分析瘤胃中菌群结构。结果表明,试验组与对照组山羊的平均日增重、干物质采食量和料重比无显著差异(P>0.05)。试验组与对照组间山羊瘤胃液pH值、氨态氮无显著差异(P>0.05);试验组山羊瘤胃液菌体蛋白含量和异丁酸含量显著高于对照组(P<0.05),其他挥发性脂肪酸含量差异不显著(P>0.05);瘤胃菌群结构分析结果表明,试验组和对照组相对丰度大于0.1%的菌门,分别有15和14个,两组中共有的菌门按照丰度排序依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、螺旋体门和Saccharibacteria,但各菌门丰度组间差异不显著(P>0.05)。属水平上,两个组山羊瘤胃液中普雷沃氏菌属的微生物含量均最多。试验组与对照组有显著差异的菌群Prevotella_1丰度从21.10%减少到16.66%,模糊分类群丰度从1.95%增加到3.19%(P<0.05)。综上所述,饲喂青贮饲用油菜能保持山羊瘤胃内环境及微生物菌群结构稳定,维持瘤胃正常发酵。     

γ-聚谷氨酸对小尾寒羊瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究通过16S rDNA高通量测序分析技术测定饲粮中添加γ-聚谷氨酸(γ-PGA)对小尾寒羊瘤胃发酵参数及菌群结构的影响。采用单因素完全随机试验设计,选取检疫合格、体重(37.1±0.5)kg的3月龄小尾寒羊公羊24只,随机分为对照组和试验组。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加20 g/(只·d)的γ-PGA,预试期14 d,正试期7 d,正试期第7天晨饲2 h后通过瘤胃液采样器采集瘤胃液测定瘤胃发酵参数,并利用16S rDNA高通量测序分析技术测定瘤胃液中菌群结构。结果表明:试验组小尾寒羊瘤胃液氨态氮(P<0.01)、乙酸浓度(P<0.05)高于对照组,但两组试验羊的瘤胃液pH、丙酸、丁酸、乙酸/丙酸及微生物蛋白间无显著差异;饲粮中添加γ-PGA可提高小尾寒羊瘤胃菌群多样性(P<0.01);在门水平上,试验组小尾寒羊瘤胃液中软壁菌门、螺旋菌门、未注释细菌门及蓝藻门的相对丰度低于对照组(P<0.01),放线菌门的相对丰度高于对照组(P<0.01);试验组拟杆菌门和互养菌门的相对丰度均高于对照组(P>0.05);在属水平上,饲粮添加γ-PGA后小尾寒羊瘤胃液中普雷沃式菌属的相对丰度提高了8.2%,并且可提高小尾寒羊瘤胃内解琥珀酸菌属的相对丰度(P<0.01)。由此可见,饲粮中添加γ-PGA能够极显著提高小尾寒羊瘤胃乙酸、氨态氮及菌群多样性,对其纤维素降解菌的生长影响显著,可提高拟杆菌门和互养菌门的相对丰度,还能够提高普雷沃式菌属的相对丰度。     

牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响

本试验旨在研究牛至精油和莫能菌素对荷斯坦犊牛瘤胃发酵参数和菌群结构的影响。试验选用了80头新生荷斯坦犊牛,体重(41.31±2.23)kg,随机分为4组,每组20头。牛至精油组开食料中添加4.0 g/kg牛至精油,莫能菌素组开食料中添加3.6 g/kg莫能菌素,混合组开食料中添加4.0 g/kg牛至精油+3.6 g/kg莫能菌素,对照组开食料中不添加任何饲料添加剂。饲喂70 d后,从每组中选取体重相近的试验牛3头,采集12头犊牛的瘤胃液,检测瘤胃发酵参数,并运用高通量测序方法测定瘤胃菌群结构及多样性。结果表明:1)莫能菌素组和混合组的瘤胃液氨态氮含量显著低于对照组(P<0.05);莫能菌素组的瘤胃液丙酸比例显著高于对照组(P<0.05)。2)门水平上,牛至精油组、莫能菌素组、混合组的瘤胃液中变形菌门的相对丰度极显著低于对照组(P<0.01);莫能菌素组的瘤胃液中拟杆菌门的相对丰度有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。3)属水平上,牛至精油组、莫能菌素组和混合组的瘤胃液中普雷沃氏菌属的相对丰度有高于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);牛至精油组的瘤胃液中丁酸弧菌属的相对丰度有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);莫能菌素组的瘤胃液中奥尔森菌属的相对丰度显著低于对照组(P<0.05),瘤胃球菌属和丁酸弧菌属的相对丰度均有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10);混合组的瘤胃液中梭菌属的相对丰度有低于对照组的趋势(0.05≤P<0.10)。综上所述,饲粮中添加牛至精油可以调节瘤胃微生物的菌群结构,提高犊牛瘤胃中蛋白质降解菌的相对丰度,降低产丁酸菌属的相对丰度,同时可能避免或者缓冲莫能菌素对有益菌群的破坏。     

高精料诱导的SARA对泌乳期山羊血液和瘤胃液中皮质醇的影响

选择7只装有永久性瘤胃瘘管的泌乳中期山羊,2×2拉丁方设计,分别饲喂精粗比为6∶4和4∶6的饲料,通过饲喂精粗比6∶4饲料建立泌乳期山羊瘤胃亚急性酸中毒(subacute ruminal acidosis, SARA)模型,研究SARA时山羊血液和瘤胃液中皮质醇浓度、肝脏皮质醇受体(glucocorticoid receptor, GR)mRNA表达及其他相关指标的变化。结果表明,精粗比6∶4日粮饲喂2周后成功诱导SARA状态(SARA组),采食后瘤胃液pH值低于5.8持续时间约6 h,而精粗比为4∶6组山羊瘤胃液pH均高于6.0 (对照组)。高精料日粮处理对瘤胃pH和乳酸以及瘤胃液和血浆内的脂多糖、皮质醇浓度有显著性影响(P<0.05),采食前SARA组山羊瘤胃液中乳酸浓度显著高于对照组(P<0.05),采食后0~4 h乳酸含量下降,6~10 h时逐渐增加并极显著高于对照组(P<0.01);2组间瘤胃液中脂多糖浓度无显著性差异(P>0.05),SARA组血浆脂多糖浓度在采食前和采食后6 h均显著高于对照组(P<0.05);采食前SARA组山羊血液中皮质醇浓度高于对照组(P=0.05),但采食后6 h两组间无显著差异(P>0.05); 2组山羊瘤胃液中皮质醇浓度在采食后2,4和6 h分别显著高于对照组(P<0.05),但在采食前和采食后10 h无显著差异(P>0.05)。Real-time PCR结果显示,SARA组山羊肝脏中GR mRNA表达显著下调(P<0.05)。本研究结果显示,泌乳期山羊发生SARA时糖皮质激素水平升高,负反馈下调肝脏GR的表达水平,提示SARA时机体处于应激状态,可能引起肝脏的物质代谢和营养物质重分配的改变。     

饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响

本试验旨在研究饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响。选取体重相近的杜寒杂交羊30只,随机分为3组,每组10只,各组饲喂饲粮如下:对照组,基础饲粮;沙葱组,基础饲粮+沙葱粉(沙葱粉添加量为饲粮干物质的0.46%);复合益生菌组,基础饲粮+复合益生菌制剂(复合益生菌制剂添加量为饲粮干物质的4.35%)。饲喂90 d后,随机从每组羊群中选取体重相近的试验羊4只,屠宰后采集瘤胃液,检测瘤胃发酵参数,并运用高通量测序方法检测瘤胃菌群多样性。结果表明:1)与对照组相比,复合益生菌组瘤胃液乙酸浓度显著提高(P0.05),沙葱组瘤胃液乙丙比下降(P0.05),复合益生菌组瘤胃液乙丙比则升高(P0.05)。2)复合益生菌组瘤胃液香农指数显著高于对照组(P0.05),而沙葱组瘤胃液香农指数虽高于对照组,但差异不显著(P 0.05)。3)在前10种菌门中,沙葱组各菌门相对丰度与对照组存在差异,但差异均不显著(P0.05);复合益生菌组拟杆菌门、疣微菌门和互养菌门的相对丰度显著高于对照组(P0.05),而变形菌门的相对丰度显著低于对照组(P0.05);在科水平上,沙葱组和复合益生菌组氨基酸球菌科的相对丰度均显著低于对照组(P0.05)。由此得出,饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂均可以改变瘤胃发酵类型,并可不同程度地丰富瘤胃液菌群多样性。     

基于内转录间隔区测序分析不同饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌组成及多样性的影响

为了研究放牧和舍饲2种不同的饲养方式对滩羊羔羊瘤胃真菌菌群的影响,本试验采用随机区组设计,选择体重接近、健康的刚出生放牧滩羊与舍饲滩羊羔羊各12只,放牧组羔羊随放牧哺乳母羊饲养,舍饲组随舍饲哺乳母羊饲养,2月龄时屠宰取瘤胃液,通过内转录间隔区(ITS)rDNA测序技术分析其真菌多样性及结构变化。结果表明:放牧组滩羊瘤胃中真菌多样性极显著高于舍饲组(P<0.01)。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出6个门,其中舍饲组6个门,放牧组5个门。放牧组滩羊瘤胃中的新丽鞭毛菌门(Neocallimastigomycota)的相对丰度极显著高于舍饲组(P<0.01);舍饲组的子囊菌门(Ascomycota)的相对丰度极显著高于放牧组(P<0.01)。放牧组滩羊瘤胃液中优势菌门为子囊菌门和新丽鞭毛菌门,舍饲组优势菌门为子囊菌门。舍饲组与放牧组滩羊瘤胃真菌菌群共鉴定出69个属,其中放牧组55个属,舍饲组56个属。舍饲组的Kazachstania、赤霉菌属(Gibberella)、酵母属(Saccharomyces)的相对丰度均极显著高于放牧组(P<0.01),香蘑属(Lepista)的相对丰度显著高于放牧组(P<0.05)。而放牧组梨囊鞭菌属(Piromyces)、盲肠鞭菌属(Caecomyces)、新丽鞭菌属(Neocallimastix)、未分类新丽鞭菌科(Neocallimastigaceae_NA)、Chalastospora等的相对丰度均极显著高于舍饲组(P<0.01);放牧组未分类毕赤酵母科(Pichiaceae_NA)的相对丰度显著高于舍饲组(P<0.05)。放牧组优势菌属为Kazachstania和梨囊鞭菌属,舍饲组优势菌属为Kazachstania。综上所述,饲养方式对2月龄滩羊瘤胃真菌菌群结构的构建有显著影响。     

日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响

为了研究日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响,试验选择40只体重相近、体况良好且健康的湖羊羔羊,随机分为4组,每组10只(公母各半),各试验组羊分别饲喂精粗比70∶30(A)、60∶40(B)、50∶50(C)和40∶60(D)的全混合日粮,试验期为70 d。结果表明:1)试验B组的氨态氮、丙酸、丁酸和戊酸含量均显著高于试验D组(P0.05)。2)4组共产生875个OTU,其中共有OTU为725个,占总OTU数量的82.86%,试验A和D组分别含特有OTU为6和1个。试验A组的细菌门数量和香浓指数显著高于试验C和D组(P0.05),而辛普森指数则显著低于试验B和C组(P0.05)。试验C组细菌多样性与试验A和B组差异显著(P0.05)。3)在门水平上,试验A组的放线菌门(Actinobacteria)和螺旋菌门(Spirochaetae)相对丰度显著高于试验C和D组(P0.05)。在属水平上,试验A组毛螺菌科_ND3007(Lachnospiraceae_ND3007)、密螺旋体属_2(Treponema_2)、魏斯氏菌属(Weissella)、厌氧支原体属(Anaeroplasma)、短杆菌属(Brevibacterium)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、未培养瘤胃杆菌属(Uncultured_rumen_bacterium)和罗斯氏菌属(Roseburia)的相对丰度显著高于试验D组(P0.05),而毛螺菌科_XPB1014(Lachnospiraceae_XPB1014)和未培养拟杆菌目_BS11(Uncultured_Bacteroidales_BS11)的相对丰度则分别显著低于试验C和D组(P0.05)。综上所述,高精粗比日粮能够提高湖羊瘤胃细菌丰富度和多样性,促进瘤胃的发酵。     

围产期奶牛瘤胃发酵参数及细菌菌群的变化研究

本实验旨在研究围产期奶牛瘤胃微生物区系的反应。选择年龄、胎次、体况和预产期相近的干奶牛30头,产前21 d设为围产前期组,产后21 d设为围产后期组。选择14头奶牛分别在产前7 d和产后14 d采集瘤胃液,测定瘤胃发酵参数和微生物细菌菌群。结果表明：1)与围产前期相比,围产后期奶牛瘤胃液的pH和乙酸/丙酸降低(P<0.01),乙酸、丙酸、丁酸及总挥发性脂肪酸(TVFA)浓度均提高(P<0.01);2)门水平上,围产后期奶牛瘤胃液拟杆菌门、变形菌门、蓝藻门和放线菌门相对丰度高于围产前期(P<0.01或P<0.05),厚壁菌门、纤维杆菌门、Kiritimatiellaeota和软壁菌门相对丰度低于围产前期(P<0.01或P<0.05);属水平上,围产后期奶牛瘤胃液普雷沃氏菌属＿7、毛螺旋菌科NK3A20群、琥珀酸弧菌科UCG-001和Shuttleworthia相对丰度高于围产前期(P<0.01),瘤胃球菌科＿NK4A214群属、克里斯滕森菌R-7群属、理研菌科RC9肠道群属、产乙酸糖发酵菌、普雷沃氏菌科UCG-003属和丁酸弧菌属＿2相对丰度均低...     

应用高通量测序技术分析青海牦牛引进山东后瘤胃菌群的变化

试验旨在探讨不同的饲养环境及日粮结构对牦牛瘤胃菌群结构的影响,应用高通量测序技术分析了青海牦牛引进山东后的瘤胃菌群变化情况。结果表明,青海牦牛瘤胃液可见物种(Observed species)及Chao1指数(Chao1 index)与引进牦牛瘤胃液相比差异极显著(P0.01),ACE指数差异显著(P0.05);青海牦牛菌群丰度显著高于引进牦牛,说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群丰度发生了显著变化,而引进前后牦牛瘤胃液香浓指数(Shannon index)以及辛普森指数(Simpson index)差异不显著(P0.05),说明青海牦牛引进山东后瘤胃菌群多样性未显著改变。测序数据表明,牦牛瘤胃液中丰度较高的菌群依次是拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、疣微菌门、互养菌门、软壁菌门、纤维杆菌门;青海牦牛引进山东后菌群结构比例变化显著的门是浮霉菌门和装甲菌门(P0.05),变化显著的属是颤杆菌克属和帕匹杆菌属(P0.05)。数据分析得出,拟杆菌和理研菌科在青海牦牛瘤胃液中起重要作用,而普雷沃氏菌科、琥珀酸弧菌科和产气单胞菌在引进山东牦牛瘤胃液中起主要的作用,推测饲养环境及日粮结构的改变导致了瘤胃菌群及其相关功能的改变。本研究为地域和日粮结构的变化对牦牛瘤胃菌群结构的影响提供了理论依据。     

复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响

试验旨在研究复方中草药添加剂对生茸期梅花鹿瘤胃发酵及菌群结构的影响。选取12头梅花鹿，随机分为2组，对照组饲喂基础饲粮，试验组饲喂基础饲粮+10 g/（头·d）复方中草药添加剂，预试期7 d，正式饲喂49 d。结果表明：(1)试验组瘤胃pH显著高于对照组（P<0.05），而丙酸浓度显著低于对照组（P<0.05）。(2)试验组Chao1和Ace指数显著低于对照组（P<0.05）。(3)在门水平上，试验组厚壁菌门和广古菌门的相对丰度显著高于对照组（P<0.05），而未分类细菌和放线菌门的相对丰度显著低于对照组（P<0.05）；在属水平上，试验组克里斯滕森菌科＿R-7菌属、醋酸菌属、瘤胃球菌属和瘤胃球菌科＿NK4A214菌属的相对丰度显著高于对照组（P<0.05）。综上所述，添加10 g/（头·d）的复方中草药添加剂能够提高生茸期梅花鹿瘤胃p H，降低瘤胃菌群丰富度并改变菌群结构。     

日粮精粗比对育肥藏羊瘤胃组织形态及微生物菌群的影响

本试验旨在研究日粮精粗比对育肥藏羊瘤胃组织形态及微生物菌群的影响。选择210只早期断奶藏羔羊,随机分成7组,每组30只,分别对其饲喂精粗比为20∶80(A)、30∶70(B)、40∶60(C)、50∶50(D)、60∶40(E)、70∶30(F)和80∶20(G)的基础日粮,预饲期10 d,试验期90 d。试验结束后,每组随机选择3只试验羊屠宰,采集瘤胃组织及瘤胃液样品。试验采用冷冻切片观察瘤胃组织发育情况,测定瘤胃肌肉层、角化层厚度,乳头长度、宽度和密度;采用16S rDNA基因测序测定瘤胃微生物,分析瘤胃细菌丰度和多样性指数。结果表明:1)日粮精粗比可对瘤胃组织形态造成显著影响(P<0.05)。当精粗比例为50∶50时,藏羊瘤胃角化层厚度、瘤胃乳头密度和高度显著高于其余各组(P<0.05);精粗比例为30∶70时,瘤胃肌层厚度显著高于其余各组(P<0.05)。2)本试验7组共产生299个OTUs(operational taxonomic units),其中共有OTUs 259个,占比86.7%,独有OTUs 40个,其中F和G组分别含独有OTUs 14和8个;试验F组香浓指数、Ace指数和Chao1指数均显著高于其余各组,而辛普森指数显著低于其余各组(P<0.05);各组间细菌多样性差异显著(P<0.05)。3)门水平下,随着精粗比例上升厚壁菌门相对丰度有降低趋势,且A组显著高于其余各组(P<0.05);科水平下,毛螺菌科相对丰度与精粗比例呈负相关,E组普雷沃氏菌科相对丰度较高(P<0.05)。综合瘤胃组织表型和细菌菌群多样性可知:随着日粮中精料水平的提高,瘤胃组织形态发生改变,且在一定程度上抑制瘤胃乳头及角化层的发育;但日粮中精料比例的增加(70∶30)可丰富瘤胃中细菌多样性。     

日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响

为了研究日粮精粗比对湖羊瘤胃发酵和菌群结构的影响,试验选择40只体重相近、体况良好且健康的湖羊羔羊,随机分为4组,每组10只(公母各半),各试验组羊分别饲喂精粗比70:30(A)、60:40(B)、50:50(C)和40:60(D)的全混合日粮,试验期为70 d。结果表明:1)试验B组的氨态氮、丙酸、丁酸和戊酸含量均显著高于试验D组(P<0.05)。2)4组共产生875个OTU,其中共有OTU为725个,占总OTU数量的82.86%,试验A和D组分别含特有OTU为6和1个。试验A组的细菌门数量和香浓指数显著高于试验C和D组(P<0.05),而辛普森指数则显著低于试验B和C组(P<0.05)。试验C组细菌多样性与试验A和B组差异显著(P<0.05)。3)在门水平上,试验A组的放线菌门(Actinobacteria)和螺旋菌门(Spirochaetae)相对丰度显著高于试验C和D组(P<0.05)。在属水平上,试验A组毛螺菌科_ND3007(Lachnospiraceae_ND3007)、密螺旋体属_2(Treponema_2)、魏斯氏菌属(Weissella)、厌氧支原体属(Anaeroplasma)、短杆菌属(Brevibacterium)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、未培养瘤胃杆菌属(Uncultured_rumen_ bacterium)和罗斯氏菌属(Roseburia)的相对丰度显著高于试验D组(P<0.05),而毛螺菌科_XPB1014(Lachnospiraceae_XPB1014)和未培养拟杆菌目_BS11(Uncultured _Bacteroidales_BS11)的相对丰度则分别显著低于试验C和D组(P<0.05)。综上所述,高精粗比日粮能够提高湖羊瘤胃细菌丰富度和多样性,促进瘤胃的发酵。     

不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性研究北大核心CSCD

本研究旨在利用16S rRNA高通量测序技术分析不同年龄奶水牛瘤胃菌群多样性,探究其随年龄增长变化的规律。选择4个年龄组,即Y组(12月龄,胎次=0)、M组(3~5岁,胎次=1)、E组(6~8岁,胎次=2)和O组(9岁及以上,胎次≥3),各组奶水牛分别为9、7、4和5头,采集瘤胃液并提取总DNA,经PCR扩增后对16S rDNA的V3~V4区进行高通量测序。结果表明:alpha多样性分析结果发现,随着年龄增长,奶水牛瘤胃菌群数量呈现显著下降的趋势(P=0.07),菌属相对丰度显著减少(P<0.05);beta多样性分析发现,不同年龄奶水牛的瘤胃菌群结构存在明显的不同,并随年龄增加个体间的瘤胃菌群结构差异逐渐增大。门水平下,本试验所有年龄奶水牛瘤胃的优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria);属水平下,普雷沃氏菌属_1(Prevotella_1)相对丰度在4个年龄组均最高,优势菌属和次级优势菌属的相对丰度随奶水牛年龄的增长呈现相互聚拢的趋势。不同年龄奶水牛瘤胃中存在着差异显著的特征性菌属,12月龄奶水牛瘤胃中以乳酸菌属(Lactobacillus)和糖酵菌属(Saccharofermentans)为主,其相对丰度随着年龄增长而显著减少(P<0.05);3~5岁奶水牛瘤胃中则以未分类梭菌目菌属(unclassified_o_Clostridiales)和未排位双歧杆菌科菌属(norank_f_Bifidobacteriaceae)为主,相对丰度显著高于12月龄和9岁及以上年龄(P<0.05);9岁及以上年龄奶水牛瘤胃中的未分类普雷沃氏菌科菌属(unclassified_f_Prevotellaceae)和候选单胞生糖菌属(Candidatus_Saccharimonas)相对丰度高于12月龄和3~5岁。共性网络物种关联分析结果显示,奶水牛瘤胃菌群间的相关性和紧密性随着年龄增加而逐渐下降。综上所述,随着奶水牛年龄增长,其瘤胃菌群数量和相对丰度显著减少,优势菌群和亚优势菌群呈现一定的年龄特征变化;奶水牛瘤胃存在着一些年龄特征菌属,其菌群结构紧密性随年龄增加而减弱,表明宿主年龄增长可影响瘤胃菌群结构和功能的稳定。     

复合菌剂发酵玉米秸秆对绵羊瘤胃液细菌多样性的影响

旨在通过16SrDNA高通量测序技术研究发酵玉米秸秆对绵羊瘤胃液细菌多样性的影响。本研究选用装有瘤胃瘘管的南非肉用美利奴♂×东北细毛羊♀的F1代成年公羊12只,随机平均分为两组,分别饲喂青贮玉米秸秆和发酵玉米秸秆。分别在饲喂前1天、饲喂第7、21天晨饲后6h取瘤胃液。同一时间所采取的同一处理的样品混合均匀,分别命名为青贮组(CS:YD0、YD7、YD21)和发酵组(FCS:YS0、YS7、YS21),之后通过高通量测序进行分析。结果显示:1)绵羊瘤胃内细菌群落包括29个门,74个纲,135个目,215个科和428个属。2)青贮组以拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌群,其次为黏胶球形菌门(Lentisphaerae)、厚壁菌门(Firmicutes)和纤维杆菌门(Fibrobacteres),发酵组优势菌亦为拟杆菌门,其次为厚壁菌门、黏胶球形菌门和纤维杆菌门。通过21d的饲喂试验可知,青贮组拟杆菌门和厚壁菌门所占比例较发酵组降低,两组黏胶球形菌门和纤维杆菌门菌群数量都有所增加,但青贮组增加幅度更大。3)拟杆菌门的普雷沃氏菌属(Prevotella)在发酵组饲喂7d后成为最优势菌属(丰度达15.56%),而在青贮组明显降低(丰度从10.48%降至3.17%);纤维杆菌属(Fibrobacter)相对丰度在饲喂21d后青贮组增加量大于发酵组。4)在97%相似性水平下,饲喂21d后发酵组的Shannon和Simpson指数更高,表明它拥有更高的瘤胃细菌多样性。复合菌剂发酵玉米秸秆提高了绵羊瘤胃细菌多样性。饲喂发酵玉米秸秆的绵羊瘤胃内拟杆菌门和厚壁菌门菌群的比例降低,而黏胶球形菌门和纤维杆菌门菌群的数量增加。