基于SCoT分子标记的48份杨桃种质遗传多样性分析

[目的]分析48份杨桃种质的遗传多样性,为杨桃种质资源的鉴定保护及开发利用提供理论依据.[方法]从60条SCoT引物中筛选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富的引物,对从国内外收集的48份杨桃种质材料进行PCR扩增,统计分析电泳图谱,利用Popgene 1.32计算其遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数和遗传距离,利用UPGMA法进行聚类分析,并根据遗传相似系数进行主成分分析.[结果]从60条SCoT引物中筛选出的11条引物共扩增出115条条带,其中多态性条带102条,占总条带数的88.7%,每条SCoT引物扩增的总条带数(TNB)和多态性条带数(NPB)分别为10.45和9.27条,多态性比率(PPB)为70.00%~100.00%,平均为88.84%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.77、1.7758、0.4229和0.6061.48份杨桃种质间的遗传相似系数为0.4957~0.9217,平均为0.6841.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.6618处可将48份杨桃种质划分为三大类群,第Ⅰ类群均为甜杨桃种质,第Ⅱ类群以酸杨桃种质为主,第Ⅲ类群以甜杨桃种质为主.主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,均与杨桃的果实风味和种质来源高度相关.[结论]杨桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,且筛选获得的SCoT引物对杨桃种质资源有较高的多态性检测率,适用于杨桃种质资源鉴别及亲缘关系分析.     

17份鱼腥草种质亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对17份鱼腥草种质进行了基因组DNA多态性分析.从50条引物中筛选出12条多态性引物用于PCR扩增,共扩增出112条DNA条带,其中多态性条带95条,所占比例为84.8%,平均每条引物扩增的DNA条带数目为9.3条.根据ISSR扩增结果,利用POPGENE 1.32软件计算了Nei's基因距离,Nei's基因多样性指数(H)为0.318 5,Shannon信息指数(I)为0.469 9,并用MEGA3.1软件通过UPMGA法进行了聚类分析.结果表明:鱼腥草种质资源具有较丰富的遗传多样性;ISSR技术可将17份供试的鱼腥草材料全部分开,在遗传距离系数0.2处可将17份材料划分成三大类,其中多数材料根据ISSR遗传距离系数划分的类群与地理位置分布有一定关系.同时对鱼腥草道地性与环境因素和遗传因素的关系进行了探讨.     

基于SRAP分子标记技术研究浙产栀子遗传多样性

为探究浙产栀子种质遗传多样性,进一步开展该物种保护及品种选育,利用SRAP分子标记技术,从多态性检测、遗传多样性水平及聚类分析揭示栀子种质遗传多样性。结果表明:从88对SRAP引物中筛选6对引物用于浙江居群、华中居群、西南居群的21份栀子的SRAP-PCR,共获得98条扩增条带,其中多态性条带87条,在物种水平上,多态性比率(PPB)为88.78%,平均有效等位基因数(Ne)为1.515 2,Nei's基因多样性指数(H)为0.308 9,Shannon's指数(I)为0.465 1;在居群水平上,PPB为53.06%~77.55%,H为0.212 0~0.258 1,I为0.309 4~0.390 4;3个居群的基因分化系数(Gst)为0.235 6,即76.44%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为1.621 8,证明居群间存在一定的基因流动(Nm>1);UPGMA聚类结果表明,21份样品分成4组,华中和西南居群各聚成一支,浙江居群被分成二支。本研究表明,栀子具有较高的遗传多样性水平,居群间存在一定的基因交流,可为栀子新品种选育工作提供参考。     

39个木槿品种亲缘关系SRAP分析

【目的】从分子水平确定39个品种木槿亲缘关系,为木槿品种鉴定、品种保护及杂交育种提供理论依据。【方法】使用SRAP法扩增39个木槿(Hibiscus syriacus)品种DNA条带,根据人工读带结果,利用UPGMA法进行聚类分析,得出了39份木槿样本的亲缘关系。【结果】从256对SRAP引物中筛选了10对引物组合,共扩增88条条带,平均每对引物组合扩增8.8条条带,其中多态性条带共72条,多态位点百分率(PPB)为81.81%。39个木槿品种等位基因数(N_a)为1.181 0,有效等位基因数(N_e)值为1.597 0,Nei's基因多样性指数(H)为0.332 8,Shannon's信息指数(I)为0.428 7。在遗传距离为0.759处,39份木槿样本被分为5类。【结论】不同木槿变型及变种之间的遗传距离较远,不同木槿品种之间遗传距离相对较近,木槿亲缘关系远近与木槿表型性状之间存在一定联系。     

26份海州常山种质资源遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,简称AFLP)标记技术对来自国内主要分布区的26份海州常山(Clerodendrum trichotomum Thunb.)进行遗传多样性分析。从64对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出1 04条条带,其中多态性条带1 030条,多态性条带比例为98.85%,平均每对引物扩增出128.75条条带。结合POPGENE软件分析遗传多样性指数:等位基因数(Na)为1.562 5个,有效等位基因数(Ne)为1.226 0个,Nei's基因多样性(H)、香农信息指数(I)分别为0.142 0、0.225 5;26份海州常山间遗传相似系数在0.285 1~0.690 9之间,平均为0.518;根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.534处切割时,可将26份海州常山划分为7大类,对其中第三大类在0.57处分为4个亚群,聚类结果与资源的地理分布大致相符。以上结果表明,海州常山具有丰富的遗传多样性,这为今后海州常山的开发利用和资源保护提供了科学依据。     

基于ISSR分子标记的广西香蕉种质资源遗传多样性分析

[目的]采用ISSR分子标记对13份广西收集引进和选育的香蕉种质资源进行遗传多样性分析,为广西香蕉品种改良及枯萎病抗性育种提供参考依据.[方法]从100条ISSR引物中筛选出多态性引物进行PCR扩增,利用PoPgen 1.32计算遗传多样性指数,DICE法计算遗传相似系数.利用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.[结果]共筛选出8条扩增产物条带清晰、多态性好的ISSR引物,利用其从13份香蕉种质材料中扩增出234条条带,平均每条引物扩增出29.25条条带,其中多态性条带229条,多态性比率97.86%,平均观察等位基因数(Na)1.9786、有效等位基因数(Ne)1.4023、Shannon多样性信息指数(I)0.2603、Nei's基因多样性指数(H′)0.4135.13份香蕉种质材料的遗传相似系数为0.50~0.90,其中,巴贝多与GK1的遗传相似系数最小,为0.50,抗枯1号与抗枯5号的遗传相似系数最大,为0.90.在遗传相似系数0.59处可将13份香蕉种质资源聚成四大组,其中第Ⅱ组在相似系数0.74处被分为a和b亚组.在遗传相似系数0.90处可将13份香蕉种质材料完全区分开.[结论]广西香蕉种质资源的遗传多样性非常丰富.利用ISSR分子标记可将遗传背景及形态特征不同的香蕉种质资源进行有效分类,可用于香蕉种质资源分类、亲缘关系鉴定及辅助育种等研究.     

狼尾草属优质牧草SRAP 遗传多样性分析与指纹图谱构建

为探讨狼尾草属优质牧草的遗传多样性,利用SRAP分子标记方法,对13份狼尾草属优质牧草种质进行遗传多样性分析,并构建了DNA指纹图谱,结果表明:(1)从72对SRAP引物中筛选出16对引物进行PCR扩增,共扩增出278条带,其中有218条具有多态性,平均多态率为78.42%。(2)Shannon信息指数(I)和Nei's基因多样性指数(H)平均值分别为0.5017、0.3306,说明13份供试品种(系)具有较为丰富的遗传多样性。(3)利用UPGMA构建13份狼尾草种质资源的聚类图,在遗传相似系数为0.86处可将13份狼尾草品种(系)分为5类。(4)13个狼尾草品种(系)间存在较大的遗传差异,遗传距离在0.0206～0.9740之间。(5)利用1对引物扩增的17个多态性位点构建了狼尾草13个品种(系)的DNA指纹图谱,能有效区分13个品种(系)。     

车前种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]研究江西、湖南、湖北等7个省份的车前种质资源的遗传多样性。[方法]采用ISSR技术,对28份车前样品进行遗传多样性和亲缘关系分析。[结果]从40条引物中共筛选出16条可用于车前遗传多样性分析的ISSR引物,共扩增出131条带,其中多态性条带(PPB)有107条,占81.7%。ISSR数据分析显示,多态性位点百分率(P)为75.3%;平均等位基因观测数为0.071 3;有效等位基因数为0.299 0;Nei,s基因多样性指数(H)为0.360 1;Shannon多态性信息指数(I)为0.535 4。[结论]车前种质资源遗传多样性的地理差异较为明显;野生种与栽培种基因型差异较大。     

基于AFLP的茶花种质资源遗传多样性研究

采用限制性扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)分子标记方法,对来自国内外35份茶花种质资源间的遗传关系进行分析。结果表明,7对引物组合扩增出508条条带,其中多态性条带456条,多态性条带比例为89.67%,揭示了茶花种质丰富的遗传多样性;Nei's基因多样性指数范围为0.255 9~0.320 3,香农指数范围为0.396 5~0.476 7,品种间的遗传相似系数范围为0.17~0.52;UPGMA聚类分析可将35份茶花种质分为3个大类群。说明AFLP是研究茶花种质资源遗传多态性及亲缘关系的有效手段之一。     

23个德国鸢尾品种(系)的ISSR分析

以23个德国鸢尾品种(系)为材料,利用ISSR标记研究23份材料间的遗传多样性。结果表明,10条引物共获得68条清晰可辨的条带,多态性条带为61条,平均每条引物扩增出6.8条带,多态性位点百分率为89.7%;23个德国鸢尾品种(系)的平均有效等位基因数为1.897 1,平均Nei's基因多样性指数为0.331 3,平均Shannon信息指数为0.491 1,品种间的遗传相似系数(GS)范围在0.375~0.850,变幅为0.475,说明供试材料具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,GS值0.706时,23个德国鸢尾品种(系)可聚为5类。利用2个ISSR引物UBC814、UBC900扩增谱带构建的指纹图谱可以把23个德国鸢尾品种(系)完全区分开。     

观赏石榴种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了解观赏石榴种质资源遗传多样性及其亲缘关系,对35个观赏石榴品种利用ISSR标记技术进行遗传关系分析。筛选出多态性高的8条ISSR引物,共扩增出168个DNA位点,其中多态性DNA位点有158个,多态性位点比率(PPB)为94.05%。平均观察等位基因数(Na)为1.940 5,平均有效等位基因数(Ne)为1.678 5,平均Nei's基因多样性指数(He)为0.379 9,平均Shannon信息指数(I)为0.553 0。品种间遗传相似系数(GS)介于0.416 7~0.922 6,表明观赏石榴品种间存在比较丰富的遗传多样性。利用UPGMA法构建分子树状图,以遗传相似性系数(GS)0.668为阈值,将35个观赏石榴品种分为6个类群。     

金花茶组植物种质资源遗传多样性的iPBS分析

【目的】分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据。【方法】以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定、清晰的引物对所有供试材料进行PCR扩增,利用非加权平均距离法(UPGMA)构建系统发育进化树,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性。【结果】从50条iPBS引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在24份金花茶组植物种质资源中共扩增出280条条带,平均每条引物扩增条带数为28条,多态性条带268条,多态性比率为92.68%,平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon多样性信息指数(I)分别为1.9571、1.3544、0.2332和0.3767,表明金花茶组植物种质资源具有丰富的遗传多样性;24份金花茶组植物种质资源的遗传相似系数为0.543～0.836,在遗传相似系数0.680处,可将24份金花茶组植物种质资源聚为3组。【结论】iPBS分子标记多态性高,重复性好,便于操作,能有效进行金花茶组植物种质资源的遗传多样性分析,可供金花茶种质资源的品种鉴定、亲缘关系分析和分子辅助育种参考应用。     

基于ISSR分子标记分析新疆野杏遗传多样性

[目的]通过ISSR分析标记技术,分析新疆野杏种质资源的遗传多样性,为该资源的利用和保护提供理论依据和技术支持.[方法]利用ISSR分子标记对新疆伊犁霍城县大西沟的61份野杏单株进行遗传多样性分析.[结果]用21条引物对样品进行PCR扩增,共扩增出437条条带,其中多态性条带408条,多态性条带比率为92.46;.通过软件计算出有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息多样性指数(Ⅰ)分别为1.577 5、0.334 1、0.499 0.引物平均多样性信息指数(PIC)为0.91.说明野杏的遗传多样性较为丰富.利用NTSYS-PC2.1软件进行UPGMA聚类,各个样品间的遗传相似系数在0.62～0.95.[结论]新疆霍城大西沟的野杏具有丰富的遗传多样性,遗传多态性比率达到90;以上,引物平均多样性信息指数(PIC)较高,接近1.61份野杏单株间的遗传相似度较高,亲缘关系较近.     

基于SRAP标记的不同产区黄精的遗传多样性

【目的】研究不同产区黄精Polygonatum spp.的遗传多样性,为其资源保护及品种选育提供更多理论依据。【方法】使用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记技术,分析来自华东(浙江、福建、安徽、江西)、西北(河北、陕西)、华中(湖南)、西南(四川、贵州、云南)等4个居群的47份黄精种质资源的遗传多样性。【结果】对88对SRAP引物进行筛选,有7对可用于黄精种质资源的SRAP-PCR分析,共得到159条扩增条带,其中多态性条带140条。物种水平上,多态性比率为88.05%,有效等位基因数(Ne)为1.600 6,Nei’s基因多样性指数(H)为0.204 1,Shannon信息指数(I)为0.308 0;居群水平上,多态性比率为42.14%～86.16%,H和I分别为0.188 1～0.259 1和0.238 2～0.399 4;4个居群的基因分化系数(Gst)为0.194 1,表明有80.59%的遗传变异在种群内进行,基因流(Nm)为2.075 4,表明居群间存在一定的基因流动;从非加权组平均法(UPGMA)聚类结果可知：当相似系数为0.66时,47份样品分成4组,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ类的均...     

枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析

采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析.     

35份甘蔗种质的遗传多样性分析及 DNA指纹图谱构建

[目的]利用SRAP分子标记分析35份甘蔗种质的遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为甘蔗种质资源的分子鉴定提供技术支持.[方法]以凉蔗系列(26份)为主的35个甘蔗品种(系)为供试材料,利用SRAP分子标记的8条正向引物和14条反向引物随机组成112对引物组合,从中筛选出核心引物对35份甘蔗材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE 1.32计算各材料间的Nei's遗传相似系数,使用Ntsyspc 2.1 UPGMA方法进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱.[结果]从112对引物组合中筛选出4对核心引物组合(Me3/Em8、Me4/Em8、Me5/Em8和Me6/Em2),利用其从35份甘蔗材料中共扩增出102条条带,平均每对引物的扩增条带数、多态性条带数和多态性比率分别为25.5条、21条和81.20%,各引物组合扩增的条带数为21~30条,多态性比率为61.90%~96.55%.根据Nei's遗传相似系数,在遗传相似系数为0.751时,可将35份甘蔗材料分为五大类,26个凉蔗系列品种(系)(除凉蔗07-54外)均归在I类和II类,说明凉蔗系列的亲缘关系较近;桂糖73-167和农垦2号分别被单独归为一类,说明这两个品种(系)间及与其他品种(系)间的亲缘关系较远;I类中除凉蔗系列之外,还包括粤糖91-976和ROC16,说明这两个品种(系)有可能是I类中凉蔗系列的杂交亲本或存在血缘关系;II类中除凉蔗系列外,还包括B8、ROC22、ROC24和ROC10,说明这4个品种(系)的亲缘关系较近,ROC系列可能存在II类中凉蔗系列的亲本.利用这4对核心引物组合构建的DNA指纹图谱均可将35份甘蔗材料鉴别开.[结论]35份甘蔗材料的遗传多样性丰富,构建的DNA指纹图谱可用于甘蔗品种(系)鉴定.     

山西省桑树地方品种遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR分子标记技术对来自山西省的73个桑树地方品种的遗传多样性进行分析,基于遗传相似系数,采用UPGMA法,对这些品种的遗传关系进行研究.结果表明:用15个ISSR引物从73个地方品种的总DNA中共扩增出条带129条,其中多态性条带115条,多态性条带的比率为89.15％.说明参试的桑树地方品种间存在丰富的遗传多样性,遗传相似系数变异范围为0.589 1 ～ 0.945 7,平均Nei's遗传相似系数为0.767 4;平均每个位点等位基因数为1.891 5,有效等位基因数为1.477 1,Nei's遗传多样性指数为0.278 0,Shannon's信息指数为0.419 7,总基因多样度为0.278 0.聚类结果说明山西桑树地方品种可被分为差异明显的3大类.     

基于ISSR标记的藤本月季品种遗传多样性及其分子身份证的构建

38个藤本月季品种ISSR分子标记结果表明,23条引物共扩增出212个多态性位点,多态性比率高达72.35%。基因分化系数GS值变化范围在0.755～0.971,变化幅度较小,品种亲缘关系较近。38个藤本月季品种的群体遗传参数中平均观测等位基因数为1.973 5,平均有效等位基因数1.578 1,平均Nei's基因多样性指数为0.372 6,平均Shannon's信息指数为0.572 3。38个品种间的遗传分化系数(G_(st))为0.785 6,基因流(N_m)为0.058 4,表明38个品种遗传多样性丰富。由聚类分析图可知,38个品种可聚为3个大类7个分支。以23条引物中多态性较好且能区分这38个供试品种的17条引物对不同品种扩增条带进行统计,建立了38个藤本月季品种的分子身份证。     

珍稀濒危植物黄檗种群遗传多样性ISSR分析

利用ISSR分子标记对黄檗17个自然种群作遗传多样性分析,8条引物共扩增出81条带,其中61条具有多态性。结果表明,在物种水平上多态位点百分率(PPL)为75.31%,Shannon多样性指数(I)为0.3045,Nei's基因多样性指数(H)为0.2788。在种群水平上PPL为43.87%,I为0.2243,H为0.2628,种群间遗传分化系数Gst为0.2065,基因流Nm为1.9213。AMOVA分析表明,种群间遗传分化水平Fst为0.2235,黄檗遗传变异主要存在于种群内(77.65%)。Mantel检验表明,黄檗种群间地理距离与遗传距离间存在极显著正相关关系(R=0.789,P0.01)。UPGMA聚类分析将17个黄檗种群分为两大类:华北种群组和东北种群组,地理较近种群有聚集趋势。推测长白山地区为黄檗现代遗传多样性分布中心。     

皂荚种质资源SRAP遗传多样性分析及指纹图谱的构建

利用SRAP标记技术对18份皂荚种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,从64对SRAP引物中筛选了17对引物进行PCR扩增,共扩增出222个条带,其中多态性条带213个,多态性比率为95.95%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.861 1、1.962 3、1.415 3、0.257 2和0.406 6,18份皂荚种质资源间遗传相似系数(GS)为0.522 5~0.955 0。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数为0.66处可将18份皂荚种质资源分为3组,其中,野皂荚单独为1组,山皂荚和皂荚-T聚为1组,其他皂荚材料聚为1组。利用4对引物扩增的9个多态性位点构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。该研究结果将为皂荚种质的鉴定、保存和新品种选育提供一定的理论依据。