云南辣木资源遗传多样性的AFLP分析

为了揭示云南栽培辣木的遗传多样性和亲缘关系,为国内辣木种质资源的进一步有效开发与利用提供依据,采用AFLP技术对27份云南栽培辣木材料进行了遗传多样性分析,筛选得到9对条带清晰、多态性高的引物,共扩增出946条条带;其中,多态性条带913条,平均每对引物扩增条带105条,多态性条带101条,多态性位点频率为96.19%,表明云南栽培辣木具有较为丰富的遗传多态性。27份材料间遗传相似系数变化范围为0.657 5~0.838 3。UPGMA聚类结果表明:27份材料可分为6类,来自同一栽培区域的材料并没有聚在一起,具有相同性状的材料也没有聚在一起,表明栽培辣木种群内遗传分化较大,遗传背景复杂,相关性状和遗传的关系仍需进一步研究。     

基于AFLP标记的贵州及其邻省薏苡种质资源 遗传多样性分析

[目的]分析贵州及其邻省薏苡种质的遗传多样性,为薏苡种质资源的保护、遗传改良及创新利用提供理论依据.[方法]利用AFLP标记对来源于贵州及其邻省的141份薏苡种质进行遗传多样性分析及聚类分析.[结果]6对AFLP引物组合从141份薏苡种质中共扩增出830条清晰的条带,其中多态性条带为742条,多态性比例为89.40%,平均每对引物组合扩增多态性条带123.67条,有效等位基因数(Ne)为1.35~1.50,平均1.44;Nei's遗传多样性指数(H)为0.21~0.30,平均为0.26;Shannon's信息指数(I)为0.33~0.45,平均为0.40.来自贵州及其邻省的141份薏苡种质分为两大类群,第Ⅰ大类群包含63份薏苡种质,其中来源于贵州27份、广西6份、湖南15份、云南7份、重庆5份和四川3份,该类群可细分为Ⅰ-A和Ⅰ-B 2个亚群;第Ⅱ大类群包含78份薏苡种质,其中来源于贵州44份、广西3份、湖南5份、云南18份和四川8份,该类群可细分为Ⅱ-A、Ⅱ-B、Ⅱ-C和Ⅱ-D4个亚群.在每个亚群中,同一地区或毗邻地区的薏苡种质亲缘关系较近,跨区跨省的薏苡种质资源亲缘关系远,仅有少量不同地区的薏苡种质被聚为一个类群.[结论]贵州及其邻省的薏苡种质交流相对较频繁,遗传基础较狭窄,遗传多样性较低.     

基于AFLP标记的河八王种质资源遗传多样性分析及分子身份证构建

以广西地区的15份河八王无性系为材料,采用AFLP标记结合毛细管电泳进行分析,计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。进行遗传相似系数和UPGMA聚类分析,并建立分子身份证。25对AFLP引物组合在15份河八王种质资源中共扩增出2 208个位点,其中多态性位点1 914个,多态性比率(PPB)为87.11%。UPGMA聚类分析表明,供试的15份河八王种质资源其遗传相似系数变化范围在0.656~0.878,在相似系数为0.706时,可划分为3个类群。结合特征带和不同引物组合方法可有效建立河八王种质资源特异分子身份证,置信概率达到99.99%。所供试河八王种质具有较丰富的遗传多样性水平,基于3对AFLP引物组合104条谱带构建的15份河八王种质分子身份证具有唯一性,AFLP标记是在分子水平上鉴定河八王种质的有效方法。     

肾茶种质资源遗传多样性的ISSR分析

为了探讨中国肾茶种质资源的遗传多样性,本研究采用100条ISSR引物对87份肾茶种质资源进行试验分析,发现20条引物能扩增出清晰条带。在87份供试材料中,20个ISSR引物共产生144条扩增条带,其中多态性条带120条,多态率83.3%,平均每个ISSR标记能产生6.0条多态性片段。87份材料间的遗传相似系数变化范围为0.48~0.98,但6份栽培品种间遗传相似系数为0.88~0.98,显示出栽培种的遗传基础相对狭窄。利用UPGMA聚类分析,供试材料可聚为2类,其中栽培品种单独聚成1类,野生材料聚为1类。结果显示,中国野生肾茶种质资源遗传多样性丰富,具有较高的开发利用价值。     

山东核桃主要分布区种质资源遗传多样性AFLP分析

利用AFLP技术对山东省核桃主要分布区收集的55份核桃材料进行遗传多样性分析。结果表明,9对AFLP引物共扩增出566条谱带,其中440条为多态性条带,占总条带数的77.82%。聚类分析表明,材料间的遗传相似系数变幅为0.67～0.86;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.705～0.904,平均值为0.786;在遗传相似系数0.738水平上,55份核桃种质资源可聚成3大类。AFLP标记揭示出该55份核桃各群体之间存在较大遗传变异,各地区群体内遗传相似系数较高。     

26份海州常山种质资源遗传多样性的AFLP分析

采用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,简称AFLP)标记技术对来自国内主要分布区的26份海州常山(Clerodendrum trichotomum Thunb.)进行遗传多样性分析。从64对AFLP引物组合中,筛选出8对扩增条带清晰、多态性高的引物组合,8对引物共扩增出1 04条条带,其中多态性条带1 030条,多态性条带比例为98.85%,平均每对引物扩增出128.75条条带。结合POPGENE软件分析遗传多样性指数:等位基因数(Na)为1.562 5个,有效等位基因数(Ne)为1.226 0个,Nei's基因多样性(H)、香农信息指数(I)分别为0.142 0、0.225 5;26份海州常山间遗传相似系数在0.285 1~0.690 9之间,平均为0.518;根据遗传相似性系数进行聚类分析,在遗传相似性系数0.534处切割时,可将26份海州常山划分为7大类,对其中第三大类在0.57处分为4个亚群,聚类结果与资源的地理分布大致相符。以上结果表明,海州常山具有丰富的遗传多样性,这为今后海州常山的开发利用和资源保护提供了科学依据。     

基于ISSR标记的12份桃种质资源遗传多样性分析

采用ISSR分子标记技术,对12份桃种质资源进行遗传多样性分析。从100条引物中筛选出12条多态性高、重复性好的引物,共扩增得到57条清晰可辨条带,其中多态性条带22条,总多态性条带百分率P为38.60%,平均为31.87%。每条引物扩增条带数介于3-8条,平均4.75条。12份桃种质资源总Shannon信息指数I为0.2006,平均为0.1669;总Nei基因多样性(h)为0.1349,平均为0.1125。P、I、h均表明12份桃种质资源总体水平的遗传多样性较高。12份桃种质资源的遗传距离介于0.0357-0.2589,平均为0.1455;遗传相似度介于0.7719-0.9649,平均为0.8658。根据遗传距离进行UPGMA聚类分析,可将12份桃种质资源分为4个类群。     

利用AFLP鉴定沙田柚新种质

[目的]鉴定沙田柚新种质的遗传分类,为其利用提供参考.[方法]选用64对AFLP引物组合,对12份柚类种质资源进行遗传多样性分析及分类研究.[结果]从64对引物中筛选出12对AFLP引物组合,在12份柚类材料中扩增出399条清晰条带,每对引物扩增条带数为25~49条,平均每对引物扩增条带33.25条;多态性条带91条,多态性比例为22.8%.供试材料相似系数在0.752~0.956,AFLP鉴定结果显示桂柚1号与沙田柚相似系数为0.956,早熟沙田柚与沙田柚相似系数为0.920;早熟酸柚和福建酸柚两个品种与其他柚类亲缘关系较远;以0.830为相似系数的阈值,可以将12份柚类材料分为5类.[结论]AFLP分子标记技术能将12份柚类材料区分开;早熟沙田柚与桂柚1号是不同于沙田柚的变异新种质,可以直接作为品种资源加以利用.     

基于SCoT分子标记的48份杨桃种质遗传多样性分析

[目的]分析48份杨桃种质的遗传多样性,为杨桃种质资源的鉴定保护及开发利用提供理论依据.[方法]从60条SCoT引物中筛选出扩增条带清晰稳定、多态性丰富的引物,对从国内外收集的48份杨桃种质材料进行PCR扩增,统计分析电泳图谱,利用Popgene 1.32计算其遗传多样性参数,采用NTSYSpc 2.1计算种质间的遗传相似系数和遗传距离,利用UPGMA法进行聚类分析,并根据遗传相似系数进行主成分分析.[结果]从60条SCoT引物中筛选出的11条引物共扩增出115条条带,其中多态性条带102条,占总条带数的88.7%,每条SCoT引物扩增的总条带数(TNB)和多态性条带数(NPB)分别为10.45和9.27条,多态性比率(PPB)为70.00%~100.00%,平均为88.84%;多态性信息量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.77、1.7758、0.4229和0.6061.48份杨桃种质间的遗传相似系数为0.4957~0.9217,平均为0.6841.聚类分析结果显示,在遗传相似系数0.6618处可将48份杨桃种质划分为三大类群,第Ⅰ类群均为甜杨桃种质,第Ⅱ类群以酸杨桃种质为主,第Ⅲ类群以甜杨桃种质为主.主成分分析结果与聚类分析结果基本一致,均与杨桃的果实风味和种质来源高度相关.[结论]杨桃种质资源具有较丰富的遗传多样性,且筛选获得的SCoT引物对杨桃种质资源有较高的多态性检测率,适用于杨桃种质资源鉴别及亲缘关系分析.     

洋葱种质资源遗传多样性的ISSR分析

应用ISSR标记对32份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从31个ISSR引物中筛选出4条扩增产物条带清晰、多态性高的引物,在32份资源样品中共扩增出39条带,其中31条带为多态性位点,平均每个引物扩增的多态带数为7.75条,多态性条带比率(PPB)为79.48%。资源间的遗传相似系数在0.552～0.960之间,具有较为丰富的遗传多样性。ISSR聚类分析表明,在L取值为D=0.68时,可将32份洋葱资源分成5类:第一类包括18份种质资源,主要以Yellow Sweet Spanish系统为主;第二类包括1份种质资源,为Bejo Daytona;第三类包括3份种质资源,为Yellow Globe系统;第四类包括9份种质资源,为Yellow globe danvers系统;第五类包括1份种质资源,为Yellow Danverssystem系统。较好地揭示了洋葱种质资源间的遗传多样性与亲缘关系,可为洋葱遗传育种和杂交亲本选择提供科学依据。     

基于AFLP标记的黄河三角洲中国柽柳种质资源遗传多样性分析

为了解黄河三角洲地区分布的中国柽柳单株间的遗传关系,利用AFLP分子标记技术对黄河三角洲滨海地区天然分布的60个中国柽柳优良单株的遗传多样性进行了分析。结果表明,筛选出的8对引物组合在60个中国柽柳单株中共扩增出1 197个条带,其中多态性条带1 177个,平均每对引物扩增出149.63个条带和147.13个多态性条带,平均多态性条带比率为98.27%。每个位点的平均多态信息量为0.1648,平均有效等位基因数为1.2562,平均多样性指数为0.2718。60份材料间的遗传相似性系数介于0.8148~0.9172之间,经聚类分析,以遗传相似性系数0.86为阈值,可将60份种质资源聚为6个类群;其中,第6组群内再以遗传相似性系数0.872为阈值时,又可分为7个亚组。本研究揭示出黄河三角洲滨海地区中国柽柳单株间虽存在一定的遗传多样性,但遗传基础差异较小,可为该区域柽柳种质资源保存、鉴定和利用提供理论依据。     

带叶兜兰遗传多样性的SRAP分析

【目的】从分子水平上了解带叶兜兰的遗传多样性,为带叶兜兰种质资源的保护和利用奠定基础。【方法】采用SRAP分子标记技术,对40份采自广西木论自然保护区天然居群的野生带叶兜兰种质资源进行分析,利用Popgene软件估算遗传多样性参数。【结果】从414对SRAP引物中筛选获得30对能扩增稳定、清晰可辨条带的引物组合;30对引物组合可从40份DNA样品中扩增获得256条带,每对引物扩增条带数为6～11条,平均每对引物组合扩增获得8．53条带;其中多态性条带62条,多态性比例为12．50％～33．33％,平均多态性比例为24．22％。遗传多样性分析结果显示,Nei’s基因多样性指数为0．1282,Shannon多样性指数为0．1582。【结论】带叶兜兰种质资源群体个体数少,个体间遗传多样性水平较低。     

青海蚕豆种质资源的AFLP多样性分析

[目的]为青海蚕豆品种改良、科学选配亲本提供理论依据。[方法]利用AFLP标记技术对青海蚕豆种质资源的多样性进行分析。[结果]对149份青海蚕豆资源进行AFLP标记分析,共扩增出大小为34~943 bp的片段173条,其中多态性条带81条,占总数的46.07%,平均每对引物可扩增8.1条多态性带;不同来源种质资源扩增出多态性带的数目和比例差异较大;将149份材料分为8个组群,品种并没有全部按来源地聚类,各来源地的品种之间存在广泛的交流。来源地相同的品种并不单独聚成一类。[结论]青海蚕豆种质资源较为丰富,地方品种具有高度的遗传多样性。将AFLP标记技术与蚕豆育种技术结合,可指导育种工作。     

基于分子标记的江西省芝麻地方种质遗传多样性分析

为进一步评价“第三次全国农作物种质资源普查与收集行动”中江西收集的132份芝麻地方种质资源的遗传多样性,明确其遗传基础和群体分类特点。利用筛选获得的28对简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)引物和26对相关序列扩增多态性(sequence-related amplified polymorphism,SRAP)引物组合对132份江西芝麻地方种质进行遗传多样性研究。结果显示,28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中,多态性条带221条,比例为83.40%,平均每对引物扩增的DNA条带和多态性条带分别为9.46条和7.89条。26对SRAP引物组合扩增得到DNA条带和多态性条带分别为601条和268条,多态性比例为44.59%,每对引物可扩增9~36条DNA条带和2~23条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带为10.31条。132份种质的遗传相似系数为0.598 2~0.960 7,平均为0.813 5,可见总体的遗传多样性不丰富。6个不同地理区域的芝麻遗传相似系数从北至南呈逐渐下降趋势,赣南区域的地方种质遗传多样性较赣北区域丰富;不同粒色类型比较结果显示,其他粒色芝麻类型(黄色、褐色、黄褐色、红褐色等)的遗传多样性最丰富,其次是白芝麻类型和黑芝麻类型。聚类分析结果表明,来源不同的芝麻种质呈区域性聚集特点,种质间的遗传相似性与地理分布距离有一定的关联,来自赣北和赣东的芝麻种质资源因在亲缘关系上更近而被聚为一类,其余区域聚为一类,这与总体聚类结果基本一致。不同粒色类型中,区域来源不同的种质均相互交错,其聚类结果与地理来源无直接关联。在今后芝麻种质收集工作中,应注重赣南与其他粒色种质的利用,扩展江西乃至我国芝麻品种遗传基础。     

红豆杉种质资源遗传多样性的目标起始密码子多态性(SCoT)分析

采用目标起始密码子多态性(SCo T)分子标记技术,研究红豆杉18份种质的遗传多样性及种质间的遗传关系,为红豆杉资源的保护、利用以及遗传育种提供依据。以18份红豆杉种质资源为材料,从80条引物中筛选出19条重复性好、条带清晰的引物进行PCR扩增,利用NTSYS-pc2.10e软件对其扩增位点多态性进行分析。结果表明:19条引物共扩增出134条带,其中97条具有多态性,多态性带比率为72.39%。18个红豆杉种质间遗传相似系数在0.31~0.89之间,说明SCo T标记能够揭示材料间较高的遗传多样性。利用UPGMA进行系统的聚类分析显示,在相似系数0.53处可将18份红豆杉资源分成两大类;主坐标分析结果与聚类分析结果相一致。红豆杉资源具有较丰富的遗传多样性,SCo T分子标记技术可有效地从分子水平揭示红豆杉种质资源的遗传背景和亲缘关系。     

应用ISSR分子标记评价我国丝瓜种质资源遗传多样性

应用简单重复序列间扩增(ISSR)对73份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,从60条ISSR引物中筛选获得多态性引物15条,共扩增出99条DNA条带,平均每条引物扩增6.6条,多态性条带92条,非多态性条带7条,多态性比例在66.67%~100%,平均多态性比例为92.90%,种质间具有较高的遗传多样性,种质间遗传相似系数在0.454 5~0.959 6。通过UPGMA聚类分析可知,0.59为阈值时,分为2类,有棱丝瓜和普通丝瓜;0.66为阈值时,分为4类,分别是常山花斑普通丝瓜、绿色或淡绿色普通丝瓜、来源于浙西地区的短棍棒有棱丝瓜和来自两广地区的长棍棒有棱丝瓜。     

小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析

利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。     

枸杞种质资源遗传多样性的iPBS分析

采用引物结合位点扩增(iPBS)分子标记技术对34份枸杞种质资源进行遗传多样性分析.从83条iPBS引物中筛选出11条引物分别对34份枸杞种质基因组DNA进行扩增,共检测到91条清晰谱带,其中,多态性条带89条,多态性比率为97.8%,平均多态信息含量为0.46.采用POPGENE软件计算34份种质的平均有效等位基因数为1.570,平均Nei's基因多样性指数为0.327,平均Shannon信息指数为0.489,表明34份种质具有丰富的遗传多样性.采用NTSYS-pc软件计算得到34份种质间的遗传相似系数为0.56~0.93,非加权组平均法(UPGMA)聚类分析结果表明,遗传相似系数为0.65时,可将34份种质分成5大类群,反映出栽培品种与野生种质遗传差异大,亲缘关系较远.iPBS分子标记可有效用于枸杞种质资源遗传多样性分析.     

青藏高原7种嵩草遗传多样性AFLP研究

 【目的】从分子水平研究嵩草品种资源之间的遗传多样性,为综合评价青藏高原嵩草种质资源提供依据。【方法】用筛选出的4对E+3/M+3引物对11份嵩草基因组 DNA进行 AFLP扩增。【结果】共得到164条清晰可辨条带,多态性条带154条,多态性位点百分率为93.96 %,嵩草平均Nei’s 基因多样性指数为0.2430,Shannon’s多样性指数为 0.4012,表明嵩草种质间存在丰富的遗传多样性。通过UPGMA聚类分析,将11个嵩草居群划分为5类。【结论】嵩草的11个自然居群存在丰富遗传多样性,嵩草居群的遗传相似系数与海拔之间没有相关性,嵩草居群的生境的异质性影响遗传分化。     

利用TRAP标记分析83份烟草种质资源遗传多样性及遗传演化关系

本研究以国内外83份主栽烟草品种为研究材料,利用TRAP分子标记技术扫描,对其遗传多样性及品种间的遗传关系进行分析。结果表明,42对TRAP引物组合在83份烟草种质中共扩增出271条清晰、稳定条带,其中155条条带具有明显多态性,平均多态性为57.2%。每对引物可扩增产生2~12条清晰条带,其中多态性条带数为1~7条,平均每对引物可产生多态性条带3.69条。遗传相似性分析显示,83个烟草种质间的遗传相似系数处于0.412到0.904之间;聚类分析结果显示,当遗传相似度(GS)为0.68时,可将83份烟草品种分为4大类。本研究结果表明,TRAP标记技术能有效地发现供试烟草材料的DNA遗传多态性,可以利用该技术进行烟草遗传多样性及亲缘关系的分析。