利用 SRAP 分子标记分析杧果种质遗传多样性

利用 SRAP 分子标记技术对来自 12 个国家或地区的 54 份杧果种质进行了遗传多样性分析,并对 SRAP 标记 在杧果研究中的效率做了探讨。结果表明,SRAP 标记在杧果种质中具有丰富的多态性,引物多态性条带百分比在 79.31%~100%,平均为 93.10%;引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s 基因多样性指数（H）、Shannon’s 信息指数（I） 和多态性信息含量（PIC）平均值分别为 1.73、0.41、0.60 和 0.87,表明 SRAP 标记具有较高的多态性检测效率。基于 SRAP 标记计算获得的遗传相似系数对杧果种质做聚类分析,54 份杧果种质可被划分为 3 个类群。主成分分析与聚类 分析反映的种质亲缘关系基本一致。     

47份菠萝种质遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记对来自9个不同国家或区域47份菠萝种质的遗传多样性进行分析，结果表明，RAPD标记在菠萝种质中具有较好的多态性，引物多态性条带百分比平均达到82.26％，引物的有效等位基因数（Ne）、Nei’s基因多样性指数（H）、Shannon’s信息指数（I）和多态性信息含量（PIC）表现都较好，其平均值分别为1.46、0.26、0.39和0.24。基于RAPD分子检测数据对菠萝种质进行聚类分析，在GS=0.66水平上，47份菠萝种质被划分为4大类群。菠萝种质的主成分分析获得了与聚类分析基本一致的结论。     

78份杧果种质亲缘关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术，分析78份杧果种质的遗传多样性。从100条引物中筛选出12条优选引物，共扩增出148条DNA条带，其中多态性带142条，多态性百分率为95.95%。聚类分析结果将78份杧果种质分为5大类。在5大类资源中，大部分种质(87.34%)都聚在第Ⅰ类，表明大部分杧果种质之间亲缘关系较近，供试种质之间能互相区分开来并表现出丰富的遗传多样性。     

基于SRAP的辣木种质资源遗传多样性和亲缘关系分析

为探讨辣木（Moringa spp.）种质资源间的遗传关系,采用相关序列扩增多态性（sequence-related amplified polymorphism, SRAP）分子标记方法对18份辣木种质资源的遗传多样性和亲缘关系进行分析。结果表明,从170对引物中筛选出13对多态性较高的引物组合,共扩增出104条清晰稳定的条带,平均多态性条带百分率达62.50%。遗传多样性参数分别为等位基因数（Na）为1.6250,有效等位基因数（Ne）为1.4777,基因多样性指数（H）为0.2632,香农信息指数（I）为0.3797,说明18份辣木种质资源间有较高的遗传多样性。UPGMA聚类分析结果表明,18份辣木种质资在遗传相似系数0.732水平上,可分了3个群,来自非洲卢旺达的狭瓣辣木[M. stenopetala (Baker f.) Cufod.]具有较远的亲缘关系,单独聚类为一个类群Ⅲ;其余样品则分别聚类为类群Ⅰ和类群Ⅱ,类群Ⅰ共11份材料,主要为来源于印度的多油辣木（M. oleifera Lam.）及其改良种‘PKM1’和‘PKM2’,类群Ⅱ共6份材料,主要为来源于我国云南和海南的多油辣木及其改良种‘PKM1’和’PKM2’。SRAP标记反映了辣木种质资源间的遗传关系,本研究结果为辣木杂交育种的亲本选择提供了科学基础。     

柱花草种质遗传多样性的SSR和SRAP分析

应用SSR和SRAP标记,对20份柱花草种质的遗传多样性进行研究。从113对SSR引物中筛选出41对多态性较好的引物,共扩增出229个位点,多态性比率达76.86%,平均每个引物扩增多态性位点4.29个。从224对SRAP引物中筛选出25对多态性较好的引物,共扩增出359个位点,平均每个引物扩增多态性10.72个,多态性比率达74.65%。综合SSR和SRAP两种标记对20份材料计算出的遗传相似系数(GS)为0.65~0.90,表明柱花草种质遗传多样性比较丰富;通过UPGMA聚类分析,把这20份材料聚为3个类群,其中类群Ⅰ又分为4个亚类。     

燕麦种质资源遗传多样性的AFLP分析

为给燕麦种质资源的收集保护和育种研究提供依据,利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对74份燕麦种质资源的遗传多样性进行了分析。结果表明,10对AFLP引物共产生784个扩增位点,多态性位点比率达96.91%;供试燕麦种质的平均Nei′s指数为0.382,平均Shannon′s信息指数为0.573,各供试材料的AFLP多态性丰富,表现出较高的遗传多样性,利用AFLP标记评价燕麦种质的遗传多样性具有较高的检测效率。对AFLP数据进行聚类分析,构建了供试燕麦种质的UPGMA系统进化树,74份燕麦种质可以聚为五大种质群,聚类结果与地理来源及皮裸性有一定的相关性。     

22份余甘子核心种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记检测资源圃中保存的代表南方湿润分布区(福建、广东、广西)的22份余甘子种质材料遗传多样性。结果表明:8对SRAP引物组合共产生167条扩增带,其中135条为多态性条带。多态性条带比率为68.8%~90.0%,平均为80.8%。分析计算余甘子种质间的遗传相似度(GS),22份材料GS的范围为0.641~0.964。UPGMA法聚类分析结果表明,22份种质可分为两大类,其中福建地区15份余甘子间的遗传相似系数为0.641~0.964,广东地区5份余甘子的遗传相似系数为0.707~0.952。此研究结果表明,余甘子基因型具有丰富的遗传多样性,SRAP技术可有效运用于余甘子资源的遗传多样性分析。     

木薯种质资源的遗传多样性分析与评价

采用SRAP分子标记对134份木薯种质资源进行的遗传多样性分析,36对多态性引物对全部材料进行扩增,共获得348个稳定的谱带,其中多态性谱带306条(占87.9%),平均每对引物扩增条带数和多态性带数分别为9.7个和8.5个。应用Nei’s相似系数法估算了134份材料间的相似系数为0.536～0.971,说明木薯种质资源间的遗传基础一般。聚类分析将全部材料划分为8个组群,结合PCA分析说明,分组群体构成与其品系的地理来源具有一般相关性。平均遗传多样性指数为0.4630,各个组内存在差异,以第1、5组较高,分别由我国的自育品种和来自南美洲的品系构成。研究结果较全面反映了中国现有木薯种质资源遗传多样性特点,为我国进一步引进木薯优良资源,以及优异木薯基因资源挖掘和育种利用提供了理论借鉴。     

高牛鞭草（Hemarthria altissima）及其近缘种种质资源SCoT多样性分析

利用SCoT标记对来源于四大洲的46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源[包括36份高牛鞭草（Hemarthria altissima）、8份扁穗牛鞭草（Hemarthria compressa）及2份Hemarthria uncinata]的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。从48条SCoT引物中筛选出条带清晰、多态性好和重复性好的22条,对46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源进行扩增。结果表明：共获得597条带,多态性比率（PPB）为89.1％,平均每条引物扩增多态性条带24.3条,多态信息含量（PIC）范围为0.443~0.877,平均0.623。46份牛鞭草种质资源平均Nei's基因多样性指数为0.273,平均Shannon信息指数为0.486,表明46份牛鞭草种质资源具有丰富的遗传多样性。供试材料间的遗传相似系数介于0.611~0.943之间,聚类分析和主成分分析结果高度相似,基本将供试材料按牛鞭草种类及地理来源分为4大类,表明46份牛鞭草种质资源的遗传多样性与牛鞭草种类及其地理来源具有一定的相关性。可见,SCoT能用于牛鞭草种质资源遗传多样性研究,是一种有效的分子标记。本研究将有利于牛鞭草种质资源的收集及评价利用。     

基于SRAP分子标记的特早熟荔枝种质资源遗传多样性分析

以22份特早熟、6份早熟及2份中熟荔枝种质资源为材料,利用SRAP分子标记进行遗传多样性分析,探索特早熟荔枝种质资源的亲缘关系。结果表明：对182对SRAP引物组合进行筛选,获得16对多态性高、条带清晰的SRAP引物组合,共计产生扩增条带182条,其中多态性条带140条,占76.9%。材料间遗传相似系数为0.47~0.99,根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.73处可将30份荔枝样本分成4类,其中第Ⅰ类20份,占66.7%,包括绝大多数特早熟荔枝资源;第Ⅱ类4份,占13.3%,包括‘妃子笑’与部分杂交早熟资源;第Ⅲ类和第Ⅳ类各3份,分别占10%。以上研究结果为特早熟荔枝种质资源发掘、评价及新品种培育提供理论参考。     

武夷岩茶种质资源遗传多样性与亲缘关系的SRAP分析

本研究利用SRAP-PCR反应体系,从88对SRAP引物组合中筛选出43对引物组合,对武夷岩茶主要的30份种质资源进行SRAP分析,共扩增出385条带,其中具有多态性的有236条带,占总数的61.30%,表明30份武夷岩茶种质呈现一定的遗传多样性。武夷岩茶种质资源间遗传距离变幅在0.31~0.98之间,平均为0.63,基于SRAP标记利用系统聚类法把武夷岩茶分为三大类,为武夷岩茶遗传研究、品种选育与资源保护提供参考。     

基于DNA条形码和SRAP的太子参种质遗传多样性分析

应用DNA条形码和SRAP分子标记技术,开展15份太子参种质资源遗传差异分析。太子参DNA条形码显示：ITS1序列的突变位点占比最多为2.16%,rbcL6序列的突变位点占比最少为1.23%;psbA-trnH序列缺失位点占比最多为4.88%;ITS1序列的GC含量最高,达55.52%;psbA-trnH序列的GC含量最低,仅为24.71%。太子参SRAP标记筛选出9对引物,扩增出215个位点,其中42个为多态性位点,多态性位点百分率（PPL）为19.53%;从扩增位点总数看,多态性条带丰富、清晰,既有共同位点又有特异性位点;7个居群Nei’s遗传多样性指数（H）范围为0.3466~0.4985,Shannon信息指数（I）范围为0.5301~0.6917,显示出较高的遗传多样性水平,太子参种群基因多样性（H_t）为0.4004,其中种群内基因多样性（H_s）和遗传分化系数（G_st）分别为0.0901、0.3103,分别占H_t的77.50%、22.50%。种源间G_st为0.7506,即有75.06%的遗传变异存在于种源间,24.94%的遗传变异存在于种源内,表明太子参种源间遗传变异大于种源内遗传变异,存在较低程度的遗传分化。太子参种源的平均基因流（N_m）为0.1929,表明太子参各种源之间的基因交流顺利。15份太子参种质间的K2P遗传距离范围为0.0005~0.0056,而遗传相似系数在0.3913~0.8695之间,遗传相似系数在0.5900时,可将15份种质分为3个类群,其中杂交种质为独立类型。15份不同种质太子参DNA条形码和SRAP分子标记的遗传距离、遗传相似系数及聚类分析结果相近,以这2种方法相结合,能更准确有效鉴定太子参种质,这对太子参种质资源的利用及杂交新品种的选育具有重要意义。     

基于TP-M13-SSR标记的石斛兰种质分子身份证构建

利用TP-M13-SSR分子标记,以收集保存的29份石斛兰种质为试材,对其遗传多样性进行分析并构建分子身份证。14对SSR引物在29份种质间共检测出191个等位基因,引物检出率为79.31%~100%;引物多态性信息含量为0.3877~0.9484,平均0.7956;Shannon指数为0.8702~3.1553,平均2.1606。29份种质间的遗传相似性系数为0.3037~ 0.9005,在0.7000处可将全部种质分为6个类群。根据引物通用性和Shannon指数高低,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将29份种质全部区分的引物组合,最终确定核心引物组合为DoeSSR5+DoeSSR87+DoeSSR97。基于这3对核心引物的扩增结果,将等位基因编码成字符串获得29份石斛兰种质独有、可辨的分子身份证。     

基于SRAP分子标记的13份贵州芒果种质资源遗传多样性分析

探索贵州芒果种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为芒果种质资源的鉴定、创新与利用提供理论依据。利用SRAP标记对13份芒果种质资源进行遗传多样性分析。对108对引物组合进行筛选,其中有17对引物扩增的条带多且多态性好。17对引物共产生扩增带161条,多态性条带为133条,多态性比率为82.61%,显示较高的遗传多态性。遗传相似系数在0.602～0.820,其中桂热芒10号与攀西红芒的相似系数最大,而桂热芒82号和红象牙芒两者之间的相似系数最小。UPGMA聚类分析结果显示,Mi-8与桂热芒82号的亲缘关系较近,Mi-9与红芒6号的亲缘关系较近,野生种质资源Mi-5与串芒、桂热芒10号和攀西红芒的亲缘关系较近,野生种质资源Mi-6与凯特芒和金煌芒的亲缘关系较近。以上研究结果说明SRAP技术能用于贵州芒果种质资源遗传多样性分析,也表明了贵州地区芒果种质资源遗传背景的复杂性。     

基于SRAP标记的国兰种质资源遗传多样性分析

采用SRAP（sequence related amplified polymorphism）技术对154份国兰（杂交兰）种质资源的亲缘关系进行分析。从168对SRAP引物中筛选出16对条带多、带型清晰、多态性强的引物组合对所有样品进行扩增,共获得874条带,其中多态性条带857条,多态性比率为98.1%,平均每对引物每个样品产生5.74条带。UPGMA聚类分析表明:Me6-Em3引物能较好地揭示154份国兰种质间的遗传多样性与亲缘关系,在遗传相似系数0.818处将它们分为8个类群,遗传相似系数变化范围为0.772~1.000。此外,发现引物Me8-Em4、Me11-Em2和Me12-Em11可以较可靠地联合鉴定建兰。该研究结果可为国兰种质资源利用及杂种后代鉴定提供参考。     

Genetic Diversity Analysis of Rice Germplasm in Tripura State of Northeast India Using Drought and Blast Linked Markers

We genotyped 74 rice germplasms including Tripura's local landraces, improved varieties, cultivars and breeding lines and other rice varieties using molecular markers for genetic diversity, drought QTLs, and blast resistance genes. The number of alleles per locus ranged from 2 to 5 with an average of 2.9. The polymorphic information content value per locus ranged from 0.059 (RM537) to 0.755 (RM252) with an average of 0.475. Cluster analysis based on 30 simple sequence repeat markers revealed 5 clusters and also indicated the presence of variability within the rice accessions. The drought QTL qDTY2.1 was found in 56.0% of germplasms and qDTY1.1 was detected in only 6.8% of the germplasms. Out of seven rice blast resistance genes screened, only two rice varieties, RCPL-1-82 and Buh Vubuk (Lubuk), were positive for four blast resistance genes while only Releng possessed two blast resistance genes. Among 74 rice germplasms, only three accessions, Releng, RCPL1-82 and Buh Vubuk (Lubuk), possessed both drought-related QTLs and blast resistance genes. Overall, the 74 indigenous rice genotypes showed low level of genetic diversity, which is in contrast to high level of genetic diversity among rice varieties in northeast India, where highlights the good farming practice, conservation of germplasms and the limitation of molecular markers employed in this study. The presence of both drought related QTLs and blast resistance genes in some of the germplasms can be useful in future breeding programmes.     

海南石斛属植物亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对海南9种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。从30对SRAP引物中筛选获得18对多态性引物,对石斛属9个种的基因组DNA进行扩增。共获得285条多态性条带,平均每个引物产生15．8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0．179～0．636,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。根据SRAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析。将石斛属的9个种分为4类。结果表明：密花石斛和华石斛之间的亲缘关系最近,美花石斛和海南石斛之间亲缘关系最远;同时也说明海南省内分布的石斛具有丰富的遗传多样性,SRAP标记技术很好地从分子水平上揭示了石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。