猪MHCⅠ类区域基因及其分型研究进展

猪MHCⅠ类区域的基因可分为Ia,Ib及Ic三类基因,其中Ia共发现7个基因,Ib为3个,Ic为2个,不同类型的基因有着相似的结构,具有不同程度的同源性.对Ⅰ类基因分型,血清学分型共得到74个单倍型,分子学分型结果变化较大,其中有一个已分为7个血清学型的Ⅰ类等位基因,经特定酶切后确认得到了7个等位基因的图谱.     

牛源、兔源及人源无乳链球菌分子分型特征分析

为了解人源、牛源及兔源无乳链球菌(S.agalactiae)的基因型差异及分子分型的总体结构特征,本实验对30株2012年~2015年分离于人、牛及兔的S.agalactiae在cfb基因鉴定的基础上,通过荚膜多糖分子血清分型(CPS)、多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行基因型的确定和分子特征差异性比较。CPS结果显示,牛源和兔源S.agalactiae均为Ia血清型,而人源无乳链球菌包括Ia和III型两种血清型,以Ia血清型为主要血清类型;MLST分型获得8个STs序列型(ST7、ST10、ST19、ST61、ST103、ST199、ST486、ST651)和6个克隆群(CC7、CC10、CC19、CC23、CC61、CC103),其中人源S.agalactiae拥有最多的STs和克隆群分型;PFGE聚类分析可以将其分为18个PFGE带型,且不同动物源性S.agalactiae之间基因分型差异性较大。血清分型、STs序列型、PFGE带型与宿主的来源之间无明显的相关性。不同来源菌株可以同属于血清型Ia,且所有Ia血清型菌株可以分布于不同的STs序列型和PFGE带型中。但分型为Ia/ST651的人源S.agalactiae在MLST的克隆分群中是分型为Ia/ST103牛源S.agalactiae的克隆衍生物,同属克隆群CC103,Ia/ST651只是Ia/ST103单一位点变化的产物,从分子水平的相似性推测二者存在交叉感染的可能性。本研究为奶牛乳房炎的有效预防和治疗提供依据。     

中国罗非鱼主养区无乳链球菌流行菌株的菌毛岛屿及其血清型分型

为了解近年来中国罗非鱼主养区无乳链球菌流行特征,本研究通过PCR扩增和测序等方法对2007年~2016年分离纯化得到的263株罗非鱼无乳链球菌进行菌毛岛屿和血清型分型分析。菌毛岛屿分型结果显示:263株罗非鱼无乳链球菌可分为两种菌毛岛屿类型:PI-2b型(40株)和PI-1+PI-2b型(218株),其中PI-1+PI-2b型无乳链球菌是主要的流行菌株,占总数的82.9%。其余5株无乳链球菌的菌毛岛屿基因缺失,不含菌毛岛屿。分子血清型分析结果显示,所有的无乳链球菌分为两种血清型:Ia型258株(98.1%)和Ib型5株(1.9%)。所有Ib型无乳链球菌的菌毛岛屿均有缺失,仅含有2b-AP1基因。进一步分析表明,Ia-(PI-2b)型无乳链球菌是2011年之前主要的流行株型,而Ia-(PI-1+PI-2b)型无乳链球菌为近6年来广泛流行的株型。Ia型是我国罗非鱼无乳链球菌最流行的分子血清型,同时PI-2b是最重要的菌毛岛屿(98.1%)。本研究为罗非鱼无乳链球菌的流行病学和疾病防控提供调查依据。     

猪胸膜肺炎放线杆菌血清型研究进展

猪传染性胸膜肺炎是当前养猪业的主要呼吸系统传染病之一 ,其病原菌是胸膜肺炎放线杆菌 ,血清型多。准确区分此病原菌的不同血清型是研制预防有效疫苗的前提。根据 NAD依赖性 ,本菌可以分为生物 I型和生物 II型 ;采用传统的血清学方法 ,本菌又分为 1 5个血清型。各种血清学方法仍是现阶段对胸膜肺炎放线杆菌开展血清型鉴定的主要手段 ,但不足之处是存在一定程度的交叉反应以及不能对新分离的病原菌进行分型。采用聚合酶链式反应对不同基因进行扩增 ,根据扩增结果进行血清型鉴定的基因分型方法 ,具有准确和特异的优点 ,并可以克服传统血清学方法的不足 ,已经逐渐成为胸膜肺炎放线杆菌研究中的新的分型方法     

猪场大肠杆菌I型整合子及其基因盒的分子流行病学研究

对某猪场大肠杆菌I型整合子及其基因盒的分子流行病学进行了研究。结果表明：猪场大肠杆菌I型整合子流行普遍，192株分离菌中105株携带I型整合子，检出率达54．7％。共检出6种I型整合子，它们以8种组合形式在猪场大肠杆菌中流行。猪群、饲养员及饲养环境分离菌株I型整合子检出种类、检出率相近，但同耐药谱菌株I型整合子携带无一致性。各种I型整合子整合不同种类、不同数目的耐药基因盒，其中100％整合有氨基糖腺苷转移酶基因（aadA），77％整合有二氢叶酸还原酶基因（dhfr），仅少数整合有链丝菌素乙酰转移酶基因（sat）、p内酰胺酶基因（bla）及红霉素酯酶基因（ereA）。I型整合子携带菌株均表现多重耐药，其中100％耐受复方新诺明，90％耐受链霉素，75％耐受大观霉素。该猪场长期使用磺胺类、氨基糖苷类抗菌药物，尤其是将它们用作抗菌促长剂，造成了携带dhfr及aadA两种基因盒的I型整合子在猪场大肠杆菌中广泛流行。     

猪胸膜肺炎放线杆菌PCR快速分型系统的建立及应用

根据外膜蛋白基因中间部分的差异,毒素基因和荚膜基因的型特异性,建立3个多重PCR的分型体系,可将App1～12型分成11个模式,除9型和11型外完全区分。此分型体系用于3株野毒株的分型,得出的结果和血清学分型一致。对人工发病猪扁桃体、肺脏、鼻拭子各12份分型结果与已知血清型一致。将该分型系统直接用于临床病料的鉴定并分型,实验从35份临床可疑病料中检测出2份阳性,均为7型,从健康猪扁桃体350份中检测出5份阳性,一份为4型,一份为12型,一份为3型,2份为7型。     

RT—PCR及RFLP分析技术对鸡传染性支气管炎病毒的诊断和S1基因分型的研究

本研究使用分别扩增整个S1整个S1糖蛋白基因（引物A）和S1糖蛋白基因N-端高变区I（引物B）的2对引物对3个IBV标准株M41、Connecticut、Arkansas及5个地方分离株（C60，D41A，D41B，A1121，A1171）进行RT-PCR扩增，用引物A时，有5个IBV毒株扩增到目的片段（1720bp)；用引物B时，所有8个IBV毒株均得到与预丈夫大小相符的目的产物（228bp)，对1720bp的PCR产物用限制性内切酶HaeⅢ进行酶切，结果得出3个不同的RFLP图谱，其中M41、Connecticut、D41B具有相同的HacⅢ酶切图谱，Arkansas和D41A则分别具有互不相同的图谱；对228bp的PCR产物进行DdeI、RsaI限制性内切酶消化，根据它们的RFLP图谱，8个IBV毒株可分为5个基因型，综合2对引物的PCR产物的PCR产物的RFLP分析结果，8个IBV毒株可分为7个基因型，分型的结果与传统的血清学方法吻合，本研究建立的方法和技术具有快速、简单、特异灵敏等优点，为现场流行毒株的定型（基因型/血清型）及其S1基因变异的跟踪研究以及更有效防制传染性支气管炎奠定了基础。     

5个不同猪种PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR—RFLP方法，检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪．二花脸猪．姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头，结果表明PGC1基因序列经Aul I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型，其中大约克猪中AA基因型占优势，A等位基因频率为0．7，而江苏省地方品种猪中，TT占绝对优势，T等位基因频率平均为0．99，其中梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR—RFLP基因型分布x2检验结果表明，大约克猪与苏钟猪．梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著；苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著；梅山猪、二花脸猪，姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

河南省猪产业链中耐头孢菌素沙门菌对β-内酰胺类和喹诺酮类药物的耐药机制分析

对河南省猪产业链中分离的28株耐头孢菌素沙门菌进行血清学分型、药敏试验和超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)筛查，并进一步采用PCR扩增和DNA测序检测β-内酰胺基因、喹诺酮类耐药基因以及喹诺酮类耐药决定区(QRDR)氨基酸突变。结果显示，河南省猪产业链中耐头孢菌素沙门菌的流行率为0.89%(28/3 137),其中肝脏样品流行率最高(4.98%,16/321);28株检测菌，共分为7种血清型，主要血清型为印第安纳(46.43%,n=13)和单相鼠伤寒变种(25%,n=7)。所有菌株除了黏杆菌素，对其他11种药物耐药率均高于60%,多重耐药率为100%;至少携带1种β-内酰胺酶基因，携带率最高的基因是blaCTX-M(89.29%,n=25),共携带有6种组合的β-内酰胺酶基因谱；共检测到4种喹诺酮类耐药基因(aac(6)-Ib-cr、oqxAB、qnrS和qnrC),gyrB和parE均无氨基酸突变，其中15株菌同时发生gyrA(Ser83Phe与Asp87Asn/Gly)突变和parC(Thr57Ser与Ser80Ile/Arg)突变，无论是否存在喹诺酮耐药基因，对环丙沙星均呈高水平的...     

Mx基因抗性位点在11个不同鸡种中的分布及遗传结构分析

通过错配PCR技术检测Mx基因S631N位点的抗性等位基因A和敏感性等位基因G在11个不同鸡种中的分布差异。结果显示,错配PCR-RFLP能准确检测出抗性等位基因A与敏感性等位基因G在不同鸡种内的突变,抗性等位基因A在所有群体内的基因频率平均为0.502,敏感性等位基因G的频率平均为0.498;11个不同鸡种群体Mx基因S631N位点的观察杂合度平均为0.506 7,Shannon信息指数平均为0.562 9。在该位点上,11个鸡种,漳州斗鸡、吐鲁番斗鸡、皖南鸡、文昌鸡、如皋鸡、安卡鸡偏离了Hardy-Weinberg平衡(P<0.05)外,其余5个群体均处Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);经Ewens-Watterson中立性检验,该位点在各群体内(除如皋鸡群体外)均属于中立性选择。基于该位点等位基因频率构建的UPGMA聚类图将11个不同鸡种分为3大类,聚类结果反映了11个不同鸡种在Mx基因抗性方面存在的差异和优势。     

成都麻羊乳上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性研究

采用SDS-PAGE研究成都麻羊乳上皮黏蛋白MUC1的遗传多态性,并以金堂黑山羊、乐至黑山羊、自贡黑山羊、藏山羊作对照进行比较分析。结果表明:成都麻羊与对照山羊乳MUC1的多态性丰富,成都麻羊有7种基因型、5个等位基因优势基因为C、D、E,金堂黑山羊7种基因型、6个等位基因优势基因为B、C、D,乐至黑山羊6种基因型、6个等位基因优势基因为B、C、D,自贡黑山羊5种基因型、5个等位基因优势基因为A、C、D,藏山羊3种基因型、3个等位基因优势基因为C、D。乳MUC1的基因型、等位基因的分布品种间有差异;根据乳MUC1等位基因频率对供试山羊品种进行聚类分析,成都麻羊与金堂黑山羊的遗传距离最小(D=0.2507)先聚为一类,再依次与乐至黑山羊(D=0.2831)、自贡黑山羊(D=0.3721)、藏山羊(D=0.4752)聚为一大类,结果较好的反映了成都麻羊与对照山羊品种间的亲缘关系。     

乳房链球菌多位点序列分型和遗传进化特征分析

为探究中国不同地区来源的乳房链球菌（Streptococcus uberis，S.uberis）之间的多样性和遗传进化关系，本研究以部分地区分离到的38株乳房链球菌为研究对象，通过对其最小抑菌浓度（minimun inhibitory concentration，MIC）测定和全基因组框架测序，获取38株菌耐药性、耐药基因及毒力基因等相关信息；通过多位点序列分型技术（multilocus sequence typing，MLST）分析了7个管家基因的等位基因谱、序列型（sequence type，ST）和克隆复合体（clonal complexes，CCs），并构建系统进化树。MIC试验共采用15种抗生素，除头孢噻呋和氟苯尼考外，38株乳房链球菌对其中13种抗生素具有不同程度耐药，且江苏地区的耐药性明显强于新疆地区；耐药和毒力基因比对后发现，仅24株菌携带耐药基因，剩余14株则不携带耐药基因且属新疆地区分离株，与MIC试验结果相符；15种毒力基因中，除cfu、hasA/B和lbp外，余下12种毒力基因的携带率均高达100%。MLST结果表明，38株乳房链球菌共属于17个ST型，其中有15个ST型从未报道，仅supan01 1株菌属于ST-5 CCs。进化树结果揭示，38株分离株之间的亲缘性较远，分布呈地区依赖性，且中国部分地区当前流行的乳房链球菌与西方国家流行的菌株差异较大。本研究丰富了乳房链球菌的MLST分型数据库，为了解中国乳房链球菌遗传特性和分布特点提供了参考依据。     

胶东地区耐药猪源大肠杆菌I型整合子-基因盒流行状况分析

在胶东地区119株多重耐药大肠杆菌中,共92株菌有I型整合子整合酶基因,检出率达77．31％。92株I型整合子携带大肠杆菌共扩增出7类不同大小的基因盒插入区片段,大小分别为1008bp、1318bp、1586bp、1663bp、1913bp、1945bp、3149bp,其中以大小为1008bp的插入区片段的检出率最高,为31．67％。而检出率最低的为长度为1318bp的基因盒插入区。将基因盒插入区扩增片段的测序结果与Genebank中的相关序列进行比对,得出I型整合子携带的耐药基因盒种类分别为aadA1、aadA2、aadA5、aadA22、aadB、dfrA1、dfrA12、dfrA17、dfrA27、1nuF、cmLA6、aar-3、orff分别编码对相应药物的耐药性。     

八眉猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

本研究以八眉猪为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法研究了SLA-DQA基因外显子2功能区的分子遗传特征。结果显示,八眉猪SLA-DQA基因外显子2共有7种等位基因(A、B、C、D、E、F、G)和7种基因型(分别是AA、AB、AC、AE、AF、BB、DG),其中A等位基因和AA基因型占优势,DG基因型为劣势基因型。对不同等位基因进行克隆测序,结果共发现15个氨基酸发生了改变,19个抗原结合位点上共有5个氨基酸发生改变。x2检验结果表明,该基因偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。遗传多态性分析结果表明,八眉猪SLA-DQA基因外显子2,属于中度多态(0.25PIC0.5)。研究结果表明,八眉猪SLA-DQA基因第2外显子属于多态基因。     

滩寒杂交F1代BMP15和GDF9基因多态性及不同基因型对繁殖性状影响的研究

为了研究绵羊高繁殖力候选基因骨形态发生蛋白15(bone morphogenetic protein 15, BMP15)基因和生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)基因的多态性及不同基因型对滩寒杂交F1代群体繁殖性状的影响，试验以采集的915份滩寒杂交F1代群体血液样本为研究对象，采用飞行时间质谱基因分型技术进行SNP位点分型和遗传多态性分析，并利用Sanger测序技术进行验证，然后对不同基因型与滩寒杂交F1代群体繁殖性状和泌乳性状分别进行关联分析。结果表明：BMP15和GDF9基因SNP位点在915份DNA样本中均呈集中聚类分布。滩寒杂交F1代群体BMP15和GDF9基因均存在AA、AB、BB 3种基因型，其中BMP15基因在滩寒杂交F1代群体中的优势等位基因为A基因，基因型频率为0.69;GDF9基因在滩寒杂交F1代群体中的优势等位基因为A基因，基因型频率为0.58。BMP15和GDF9基因SNP位点在滩寒杂交F1代群体中均处于中度多态，GDF9基因处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。BMP15和GD...     

铜绿假单胞菌的血清分型、鞭毛分型和脉冲场凝胶电泳分型

铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa,PA)是一种重要的人畜共患病原菌,给人畜健康带来威胁。细菌分型是揭示病原菌流行规律、传播机制以及制定相应防控措施的基础。选取水貂、人和羊源PA共78株分别进行O-抗原血清分型、H-抗原鞭毛分型以及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。结果显示,60株水貂源PA主要流行血清型为G型(73.3%),其次为I,M,B,E型;鞭毛A型和B型分别占91.7%和8.3%。16株人源PA以血清型E型(25%)为主,其他型别G,M,I,B,D,F,H零散分布,鞭毛A,B型分别占68.8%和31.2%。2株羊源PA血清型为I型(100%),且均为鞭毛B型。PFGE分子分型共分为14个谱型,24个亚型,其中B1、F3、G1、H1这4个亚型的菌株同源性达到100%。结果表明,水貂源PA感染与血清G型和鞭毛A型高度相关(P0.01);人源PA感染优势血清型为E型且与鞭毛A型显著相关(P0.01);2株羊源PA感染均为血清I型和鞭毛B型;不同来源的PA菌株其PFGE分型呈现多样化和复杂性,相同来源的菌株其PFGE谱型有的完全相同,显示同一个克隆传播的可能,有的差异很大,显示不同分子克隆传播。本试验有助于阐明山东省3种来源PA的分子流行特征,为开展PA相关风险评估、控制及疾病诊治提供依据。     

不同居群红砂的遗传多样性分析

为了探究不同居群红砂（Reaumuria soogorica）的遗传多样性水平及居群遗传结构。本研究运用SSR分子标记技术对来源于内蒙古、宁夏、甘肃16个不同居群的299份红砂材料进行遗传多样性分析。结果表明11对引物共扩增出67个等位基因，扩增等位基因多态率为83.58%，多态信息含量（Polymorphism information content，PIC）为0.396；居群的等位基因数（Allele number，Na）和有效等位基因数（Effective number of alleles，Ne）为3.735，2.221；香农信息指数（Shannon information index，I）为0.763；居群间遗传分化系数（Fixation index，Fst）为0.041~0.210，平均值为0.088。AMOVA结果表明，居群间的遗传差异仅占变异总来源的5.8%。本研究得出结论红砂的基因多态性为中度，等位基因不均匀的分布在染色体上。观测杂合度和固定指数说明居群内杂合度缺失，纯合体过量。Fst指数表明居群间分化程度较低，且红砂的遗传变异主要来自源于个体内DNA序列的不同。Mantel检测得出遗传距离和地理距离显著相关。聚类分析表明居群间的基因交流是影响居群聚类的重要因素。STRUCTURE结构分析将材料分为5个亚群，第Ⅴ亚群内红砂个体血统较为纯正，第Ⅱ亚群内个体血统混杂。     

胶东地区耐药猪源大肠杆菌Ⅰ型整合子-基因盒流行状况分析

在胶东地区119株多重耐药大肠杆菌中,共92株菌有I型整合子整合酶基因,检出率达77.31%。92株I型整合子携带大肠杆菌共扩增出7类不同大小的基因盒插入区片段,大小分别为1008bp、1318bp、1586bp、1663bp、1913bp、1945bp、3149bp,其中以大小为1008bp的插入区片段的检出率最高,为31.67%。而检出率最低的为长度为1318bp的基因盒插入区。将基因盒插入区扩增片段的测序结果与Genebank中的相关序列进行比对,得出Ⅰ型整合子携带的耐药基因盒种类分别为aadA1、aadA2、aadA5、aadA22、aadB、dfrA1、dfrA12、dfrA17、dfrA27、lnuF、cmLA6、aar-3、orfF分别编码对相应药物的耐药性。     

新疆焉耆县不同动物源葡萄球菌耐药性及其亲缘关系分析

为了解新疆焉耆县不同动物源葡萄球菌耐药情况和耐药菌株之间的亲缘关系及其潜在的传播机制,对采自焉耆县不同动物粪源中分离的26株葡萄球菌通过PCR方法进行属的鉴定;并对其进行临床常用11种抗菌药物的药敏试验;应用PCR方法检测耐药菌株中可能携带的相关耐药基因;对表皮葡萄球菌采用脉冲场凝胶电泳进行分离株的亲缘性分析,对金黄色葡萄球菌进行多位点序列分型。26株葡萄球菌中有16株表皮葡萄球菌,10株金黄色葡萄球菌;药敏试验结果显示,所有菌株仅对氨基糖苷类抗菌药物庆大霉素和阿米卡星较为敏感,对其他被检药物高度耐药;26株葡萄球菌均携带4种及4种以上耐药基因;16株表皮葡萄球菌通过PFGE分型法,得到7类基因指纹图谱,PFGE图谱呈现多样性;10株金黄色葡萄球菌通过MLST分型共获得7种ST型,其中ST1、ST22、ST239均发现2株相对优势型。新疆焉耆县不同动物源葡萄球菌耐药率高且携带多种耐药基因,耐药葡萄球菌遗传背景较为复杂,不同养殖场、不同动物源细菌之间存在克隆传播。     

无乳链球菌及其血清型的PCR方法鉴定

无乳链球菌(S.agalactiae)是引起奶牛乳房炎和新生儿期侵袭性感染(包括败血症、肺炎和脑膜炎)的重要病原菌.为快速准确地鉴定S.agalactiae及其血清型,本研究对22株从国内不同地区分离的牛源链球菌进行生化鉴定以及针对S.agalactiae保守基因sip进行PCR鉴定,并采用多重PCR技术扩增sip基因阳性菌株的cps基因进行血清分型.结果显示,PCR扩增sip基因阳性17株,其中15株生化试验与PCR结果一致;多重PCR扩增cps基因显示,其中Ia型4株、Ⅱ型11株、Ⅲ型2株.本研究为鉴定S.agalactiae及其血清型提供了参考.