基于EST-SSR标记的云南无性系茶树良种遗传多样性分析及指纹图谱构建

分析茶树品种遗传多样性和构建茶树品种分子指纹图谱对茶树育种、品种鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。利用SSR标记对28份无性系茶树品种遗传多样性和指纹图谱进行了研究。22对引物共检测到等位位点56个,平均每对引物产生2.55个;共检测到97个基因型,平均每对引物所扩增的基因型有4.41个,遗传多态性信息含量为0.279~0.709,平均0.527,表明SSR标记具有较高的多态性。品种间的遗传相似系数为0.642~0.973之间,平均为0.797,表明品种间的遗传差异较小,遗传多样性较低,遗传基础较窄。根据SSR标记特点,将SSR引物扩增统计的“0”、“1”转换成基因型,通过不同基因型组合,构建了云南无性系茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了1个22位数的指纹图谱号码,进而可将不同品种完全区分鉴别。     

104个甘薯品种的cpSSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

基于甘薯叶绿体基因组,利用cpSSR分子标记,对104份甘薯栽培品种和地方品种进行遗传多样性分析并构建指纹图谱,为甘薯资源的保护鉴定和遗传改良提供参考。使用了11对cpSSR引物,在104个甘薯材料中总共扩增得到58条条带,多态性条带为47条,单条引物平均扩增的条带数为5.27,平均多态性百分率为81.03%。根据引物在甘薯材料中的扩增结果,构建104个甘薯品种的指纹图谱。对104个甘薯品种的扩增结果进行聚类分析,每个品种间的遗传距离为0.0386~5.2723,平均遗传距离为0.2201,在遗传系数为0.74时将104个甘薯品种分为5组。     

利用SSR荧光标记构建37个中国橡胶树栽培品种指纹图谱

以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。     

基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建

本研究利用筛选出的10对多态性高、条带清晰的SSR引物,以海南岛68份红毛丹种质为材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:10对引物在供试材料中共检测出20个等位位点,多态性条带比例为100%,平均多态性信息含量(PIC)为0.393;对68份红毛丹种质做聚类分析,遗传相似系数为0.290～0.664;采用引物?带型组合法构建了68份红毛丹种质的指纹图谱。该结果为今后红毛丹种质鉴定和分子育种提供重要依据。     

基于SSR标记的向日葵DNA指纹图谱构建

本研究利用SSR分子标记技术对124份向日葵参试材料和育成品种进行遗传多样性、亲缘关系分析及指纹图谱构建，旨在为向日葵育种、品种纯度鉴定提供参考。利用19对条带清晰、多态性稳定的SSR引物对群体材料进行扩增分析，发现这些引物的多态信息含量变化范围为0.30~0.62，平均值为0.41。聚类分析结果表明，参试材料间遗传多样性相对较低，其最小遗传相似系数为0.62，亲缘关系与地理来源关系不明显。构建了124份材料的指纹图谱，结果表明除SPQ3和SY7外，19对引物能很好地将其余122份材料鉴别出来，但部分位点具有高度的一致性，基因来源范围较小。以上研究结果表明，参试向日葵材料遗传背景较为狭窄，在育种中应拓宽亲本来源，提高遗传多样性。     

利用SRAP标记绘制中国芥菜基因源分子指纹图谱

以中国9个省份和地区的86份芥菜种质资源为供试材料,利用SRAP分子标记和DNA指纹图谱分析软件,绘制芥菜遗传资源基因组DNA指纹图谱。从270对SRAP引物中筛选出40对多态性明显、条带清晰的引物组合,对86份供试材料基因组DNA分子进行扩增,共扩增出632条谱带,其中多态性条带427条,多态性比率为67.56%,表明芥菜种质资源遗传多样性较丰富。以供试的86份芥菜种质资源的SRAP扩增条带为基础,建立供试材料扩增条带指纹数据库的Excel文件,然后利用自主开发的DNA指纹图谱软件,构建86份芥菜种质资源的DNA指纹图谱,获得了所有芥菜种质资源的分子"身份证"。结果表明,SRAP分子标记非常适合芥菜DNA指纹图谱的构建。     

巴西橡胶树主栽品种指纹图谱构建

以24个橡胶树主栽品种为试材,从75对SSR引物中筛选到14对多态性引物,构建了24个品种的指纹图谱。结果每对引物可以检测到2～5个数目不等多态性等位基因,平均为4.00个等位基因,PIC 平均值为0.48。聚类分析可将24份主栽品种分为三大类,具有相同来源的多数品种聚为一类。24个橡胶品种的SSR指纹图谱互不相同,可以作为各品种的特定图谱。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明：从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx 6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（N_a）为2.000,平均有效等位基因数（N_e）为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数（H_e）为0.153,平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc 2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667~0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。     

89份油菜区试品种的AFLP指纹图谱分析

以2004-2005年度全国冬油菜区试的89份参试品种为材料，运用筛选确定的4对AFLP核心引物对这些品种进行分子标记分析，共获得67个多态性片段，其中多态性位点占总扩增位点的27.80％，利用67个多态性片段初步构建了这些品种的AFLP指纹图谱。聚类结果显示，在相似系数为1.00时，89份区试品种完全区分开；同一单位育成的品种的遗传距离较近。对不同类型品种（品系）遗传多样性指数分析, 结果显示，三系杂种的遗传多样性程度最高，常规种居中，两系杂交种最低。     

花生SSR核心引物筛选及育成品种DNA指纹图谱构建

根据SSR引物在遗传连锁图上的位置,首先选择200对均匀分布在染色体上,且通过聚丙烯酰胺凝胶电泳银染技术筛选表现为条带清晰、可重复的单位点引物,再利用毛细管电泳技术筛选等位变异数≥4个、引物的PIC值≥0.4、杂合度≤0.1的引物,并参考其所在染色体位置,获得60对具有丰富的多态性、广泛的代表性、均匀分布的SSR引物,同时普通引物和荧光引物都具有较好的扩增效果,作为花生品种构建指纹图谱的核心引物。60对SSR引物在100份材料中共扩增出352个多态性等位位点,引物扩增的等位位点均值为5.87;每对引物可区分的基因型数目均值是6.35;引物的多态性信息指数(PIC值)均值是0.54。高多态性的SSR引物占66.67%,SSR引物杂合度都在0.06以下。品种间的遗传相似系数变幅为0.530~0.683。构建了100份花生的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可标识一个品种,为全国花生品种及资源的DNA指纹数据库的构建奠定基础。     

利用EST-SSR标记研究适制绿茶与乌龙茶品种的遗传多样性与遗传结构

基于26个EST-SSR标记研究了31份适制绿茶和37份适制乌龙茶品种的遗传多样性差异,结果表明两类品种在23个EST-SSR位点上的等位变异数目相等,另3个位点各存在一个等位位点的差异。乌龙茶品种遗传多样性指数（H）、多态性信息含量（PIC）和平均遗传距离(GD)均略高于绿茶品种。基于数学模型的聚类分析将供试品种分为两个亚类群,亚群A中67.9%的品种为乌龙茶适制品种;亚群B中71.0%的供试绿茶品种聚类其中。基于Nei’s遗传距离的聚类分析将供试品种分为3个类群,其中类群Ⅰ和Ⅱ中以乌龙茶品种为主,分别占聚类品种数的69.6%和66.7%;而类群Ⅲ中61.3%的供试绿茶品种聚类其中。多数品种按适制类型聚类,说明绿茶和乌龙茶品种间的遗传结构存在差异。但也有部分品种在不同的群体结构中呈穿插分布,推测与其适制类型划分的恰当性、地理来源和遗传背景有关。     

江苏淮北地区小麦品种资源遗传多样性的SSR分析

为明确江苏淮北地区小麦品种资源的遗传基础,选用31对SSR标记对107份近年来淮北地区所育小麦材料进行了遗传多样性分析,共检测出170个等位变异,单个引物的等位变异数为3~8个,平均为5.48个;位点多态性信息含量变幅为0.176~0.791,平均为0.543;3个基因组的平均等位变异丰富度及遗传多样性指数均为DBA;江苏淮北5个地区中以徐州小麦材料的平均遗传多样性指数最高(0.613),以淮安小麦材料与江苏淮北另外4个地区的平均遗传距离最小(0.282)。聚类结果表明,品种间遗传距离变幅为0~0.935,平均为0.586,除淮麦20与华瑞0049外,SSR标记能将其他供试材料相互区分开;所有供试材料被聚为3大类,聚类结果与品种(系)的系谱来源比较吻合。     

基于EST-SSR标记的黄淮海和南方大豆育成品种遗传多样性研究

以我国黄淮海和南方大豆产区的153份大豆育成品种为材料,选用26对EST-SSR分子标记通过Power Marker V 3.25等软件对其进行遗传多样性、相似性与特异性分析。结果表明:153份大豆共检测到238个等位变异,变幅3~25个,平均8.1个;多态信息量变幅0.15~0.87,平均0.61;遗传变异丰富。基于EST-SSR分子标记的聚类分析将153个材料聚为3大类13小类。特异性分析表明,黄淮海产区的育成品种的特有等位变异较南方产区的多,特缺等位变异要少于南方,1991-2000年的特有等位变异最多;随着时间的推移,大量的外来育种材料应用于大豆育种,大豆育成品种的遗传基础有所拓宽。EST-SSR标记适用于大豆育成品种遗传多样性研究,研究结果可以为以后大豆种质资源保存与新品种的选育提供分子水平上的理论支持。     

EST SSR标记在冬小麦品种DUS测试中的应用

为研究ESTSSR 标记在应用于冬小麦品种DUS测试中的可行性,本研究利用21对小麦ESTSSR引物对45份黄淮海地区新育成冬小麦品种的遗传多样性进行了分析。在23份新育成品种中,共检测到61个位点,每个位点的等位基因数量为2~8个,平均2.90个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.38。23份新育成品种的遗传距离为0.12~0.69, 平均为0.40。在23份亲本品种中,共检测到63个位点,每个位点的等位基因数量为2~7个,平均3.00个;基因遗传多样性指数为0.08~0.79,平均为0.43;23份亲本品种的的遗传距离为0.09~0.81, 平均为0.46。新育成品种遗传变异水平低于其亲本品种。聚类分析表明,45份品种可分为6个类群,部分申请品种和近似品种聚在一起,但其他申请品种和近似品种并未聚在一起,其中有些甚至距离较远。据此认为,ESTSSR标记用于DUS测试中近似品种的选择是可行的。     

茶树PVP申请品种的SSR分子标记鉴定和系谱关系分析

利用30对SSR引物,对26个植物新品种保护(PVP)申请茶树品种及其13个近似品种与亲本进行了分子鉴定和系谱关系分析,探讨SSR分子标记在茶树新品种保护工作和DUS测试中的应用。研究结果显示,30对SSR引物共检测到131个等位基因,每对引物检测的等位基因数为3~7个,平均4.4个。平均Shannon信息指数(I)和多态信息含量(PIC)分别为1.04和0.51。39个参试品种的遗传距离在0.03~0.70之间。在遗传距离为0.15时,可将39个品种划分为7类,其中地理来源一致或遗传背景相似的材料基本上聚为一类。30对引物的品种鉴定能力差异较大,每对引物能鉴定的品种数为3~16个。通过4对核心引物的组合可以鉴定全部39个参试品种,并依此构建了SSR指纹图谱。     

中国栽培稻等位酶的遗传结构及地理分布

对我国6330份栽培稻品种进行了5种等位酶12个位点的遗传结构分析,共检测到53个等位基因,平均等位基因数为4.41,多样性指数值为0.269,表明中国栽培稻具有丰富的等位酶遗传多样性。地方农家品种和现代育成品种遗传多样性指数差异不大,但现代育成品种等位基因较少,共有13个稀有等位基因仅存在于地方农家品种中。比较我国六大生态稻区的等位酶分布,发现西南稻区的等位酶基因最为丰富,为我国稻种资源的多样性中心,但华北和华中稻区在某些等位酶基因上的多样性以及某些稀有等位基因的存在暗示着淮河流域和长江流域可能与栽培稻的起源有关。利用等位基因聚类分析基本可以把地方农家品种分成两大类,分别是籼稻和粳稻,籼稻的遗传多样性大于粳稻。籼粳稻在等位酶位点上的差异不仅表现为单个等位基因形式和频率的不同,还表现为多位点非随机组合的遗传差异。     

小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确目前中国小麦育种亲本材料间的遗传关系,为育种工作提供有益信息,利用74对SSR引物对103份小麦主要亲本材料进行了遗传多样性分析,共检测出298个等位位点,每对引物等位位点数在2～14之间,平均为4.03个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.020～0.899,平均为0.429.品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.369～0.948,平均值为0.636.74对SSR标记能将103份小麦品种(系)分为五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

引进春小麦种质资源与黑龙江省育成品种农艺性状的遗传多样性分析

为了有效利用外引的春小麦种质资源,明确黑龙江省小麦育成品种的遗传多样性,以所收集该省育成的小麦品种(48份)以及从外省引进的部分种质资源(90份)为材料,通过比较变异系数和多样性指数,并运用聚类分析法对其16个农艺性状的遗传多样性进行了分析。结果表明,引进种质资源农艺性状变异系数的平均值(20.61%)和多样性指数的平均值(2.44)均高于黑龙江省小麦育成品种的平均值(17.91%和1.95)。用离差平方和法将138份材料聚为3个大类群,其中第一类群材料的农艺性状综合表现较优,其株高在70 cm左右,不孕小穗数少,小穗密度大,多粒性好,穗粒数多,千粒重、穗粒重和单株粒重适中,是春小麦育种较为理想的亲本材料。     

黄淮麦区小麦新品种(系)的遗传多样性分析

为了解黄淮麦区新育成小麦品种的遗传多样性,选用33对SSR引物对2011/2012年度国家黄淮冬麦区(南片)区试42个小麦品种(系)的遗传差异情况进行了分析。结果显示,(1)33对引物共检测到128个等位变异,每对引物检测到等位变异数2～6个,平均3.88个;每个SSR位点多态性信息指数(PIC)为0.09～0.77,平均为0.53。(2)小麦新品种3个基因组的平均遗传丰富度不同,由高到低排序为A>B>D,平均遗传多样性指数为B>A>D。(3)品种间遗传相似系数(GS)为0.15～0.88,平均为0.52。聚类分析结果表明,42个品种被聚为2大类,4个亚类,其中大部分品种聚集于前两个亚类。本研究表明,黄淮麦区小麦区试品种(系)中少数品种具有较大遗传差异,可为亲本利用提供参考,但参试品种总体遗传多样性水平较低。     

19个亚洲国家大麦种质材料的遗传多样性分析

为了解大麦种质材料的遗传多样性,并为合理选择育种亲本及保护与利用大麦种质资源材料提供依据,采用21对SSR荧光标记引物对来自19个亚洲国家的175份大麦种质材料进行遗传多样性分析,筛选出的19对SSR引物共检测到134个等位变异,平均每对引物检测到7.05个等位变异,其中SSR17位点对亚洲大麦基因组DNA变异检测最有效,其多态性信息含量指数(PIC)和标记指数MI均最高,分别为0.9和10.77;基于SSR数据,对19个亚洲国家175份大麦材料进行UPGMA聚类分析,结果聚为三组:组群Ⅰ共包含19个国家的161个品种;组群Ⅱ共包含4个国家的12个品种;组群Ⅲ只包括来自土库曼斯坦的2个品种。根据按国家划分的19个群体的遗传一致度数据,聚类分析可以分为3组群(其中组群1可分为4个亚组),主坐标分析可分为3个组群和7个亚组。本研究表明,聚类法和主坐标分析法结果基本吻合,均表明亚洲大麦种质资源存在丰富的变异,但主坐标分析法更精细。