西藏绒山羊WNT4和HOXC13基因对绒毛纤维直径性状的遗传效应分析

试验旨在探索WNT4和HOXC13基因多态性及其对西藏绒山羊绒毛纤维直径性状的影响,寻找与西藏绒山羊绒毛纤维直径性状相关的分子标记。以380只1岁西藏绒山羊群体为研究对象,利用混池DNA直接测序法检测WNT4和HOXC13基因的SNP,利用飞行时间质谱技术对SNP分型,利用SAS 9.1软件中最小二乘方差模型对SNP位点与绒毛平均纤维直径、纤维直径标准差、纤维直径变异系数进行关联分析。结果表明,WNT4基因第3外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP1和SNP2),HOXC13基因第2外显子区域检测到2个SNPs位点(SNP3和SNP4),均处于中度多态(0.25PIC0.50)。χ~2检验表明,群体中WNT4基因的SNP1和SNP2位点均处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P0.05)。关联分析结果表明,4个SNPs位点均与平均纤维直径呈极显著相关(P0.01),SNP2和SNP3与纤维直径标准差呈极显著相关(P0.01),SNP2与纤维直径变异系数呈极显著相关(P0.01)。综上,WNT4和HOXC13基因对西藏绒山羊绒毛纤维直径有显著影响,可以尝试将其SNPs位点作为影响西藏绒山羊绒毛纤维直径的分子标记之一,为超细型西藏绒山羊选育工作提供理论依据。     

黔东南小香鸡MEF2C基因外显子多态性及其与体重、体尺性状的关联分析

【目的】探究肌细胞增强因子2C（myocyte enhancer factor 2C,MEF2C）基因多态性对黔东南小香鸡体重和体尺性状的影响。【方法】试验以251羽300日龄黔东南小香鸡为研究对象,利用PCR扩增和直接测序技术对MEF2C基因全部（15个）外显子进行单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）位点筛选,并运用SPSS 18.0统计分析软件对不同SNPs位点所对应的基因型与黔东南小香鸡的体重、体尺性状进行相关性分析。【结果】黔东南小香鸡群体中仅在MEF2C基因外显子12上发现3个SNPs位点：g.1819 T＞C、g.2426 T＞C和g.2543 C＞T,在其他外显子中未发现多态位点。χ²检验结果表明,3个SNPs在黔东南小香鸡群体中均偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P＞0.05）。关联分析结果显示,g.1819 T＞C位点TC基因型个体体斜长、胸深和胫围均极显著高于TT和CC基因型,体重极显著高于TT基因型（P＜0.01）;TC基因型个体胫长显著高于TT和CC基因,龙骨长显著高于TT基因型（P＜0.05）。g.2426 T＞C和g.2543 C＞T位点互为连锁平衡位点,对胫围有极显著影响（P＜0.01）。【结论】黔东南小香鸡MEF2C基因外显子具有较强的保守性,g.1819 T>C位点可以作为黔东南小香鸡分子标记辅助选育参考位点。     

伊犁马MyoG基因外显子1多态性与肉质性状及肌纤维性状关联分析

为寻找伊犁马肉质性能的分子标记,试验以38匹伊犁马为材料,测定肉质性状（失水率、熟肉率、剪切力）和肌纤维性状（肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度）,利用PCR直接测序法检测肌细胞生成素（meyogenin,MyoG）基因外显子1在伊犁马群体中的多态性,并对MyoG基因SNPs不同基因型与肉质、肌纤维性状进行关联分析。结果表明,MyoG基因外显子1检测出5个突变位点,分别为SNP1（g.31187343 A>C）、SNP2（g.31187333 G>A）、SNP3（g.31187132 C>T）、SNP4（g.31187105 C>G）和SNP5（g.31187099 C>T）,其中SNP1为错义突变,碱基A突变为C使得氨基酸由苏氨酸突变为脯氨酸,其他位点均为无义突变。SNP3和SNP4为中度多态位点,SNP1和SNP2为低度多态位点,这4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。MyoG基因外显子1中SNP1和SNP4不同基因型个体失水率、熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维直径、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP3不同基因型个体熟肉率、肌纤维横截面积、肌纤维密度差异显著（P<0.05）;SNP2不同基因型个体各指标差异均不显著（P>0.05）。综上,伊犁马MyoG基因外显子1检测到5个多态位点,其中SNP1（g.31187343 A>C）、SNP3（g.31187132 C>T）和SNP4（g.31187105 C>G）位点不同基因型对肉质及肌纤维性状有显著影响,这些位点可作为伊犁马肉质性能潜在分子标记。     

中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析

【目的】 研究中国草原红牛丙酮酸脱氢酶激酶4（pyruvate dehydrogenase kinase 4，PDK4）基因多态性与肉质性状的关系。【方法】 挑选120头中国草原红牛为研究对象，采用Sanger测序法检测PDK4基因第1~11外显子的单核苷酸多态性（SNP）位点，分析SNP位点的基因型频率、基因频率及群体遗传参数等。利用SPSS 21.0软件对中国草原红牛PDK4基因SNP位点多态性与肉质性状（熟肉率、肉嫩度、失水率、pH、滴水损失、肌内脂肪含量、初水分含量、蛋白质含量）进行关联分析。【结果】 在中国草原红牛PDK4基因外显子8和外显子11上共检测到3个SNPs；PDK4基因第8外显子57 bp处存在1个SNP位点（G57C），且引起编码氨基酸的改变，存在GG、GC和CC 3种基因型；PDK4基因第11外显子在330和389 bp处存在2个SNPs位点（G330T和C389T），在G330T位点上存在GG、GT和TT 3种基因型；在C389T位点上存在CC、CT和TT 3种基因型。卡方适合性检验结果显示，中国草原红牛第8外显子G57C位点偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05），第11外显子的G330T和C398T符合Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）；群体遗传参数分析发现，第8外显子G57C突变位点属于低度多态性位点（PIC<0.25），等位基因数为1.1429，表明其在中国草原红牛中的变异较小；第11外显子G330T和C398T属于中度多态性位点（0.25<PIC<0.5），等位基因数分别为1.6431和1.6447，说明该遗传标记能够提供遗传信息。关联分析结果表明，PDK4基因第8外显子中G57C位点GG和CC基因型个体肌内脂肪含量显著高于GC基因型（P<0.05）；第11外显子G330T位点GG基因型滴水损失和初水分量显著高于GT基因型（P<0.05）；GG基因型肉嫩度显著高于TT基因型（P<0.05）；GT基因型肌内脂肪含量显著高于TT基因型（P<0.05），C389T处CT基因型失水率显著低于TT基因型（P<0.05）。【结论】 PDK4基因多态性与中国草原红牛肉质性状相关，可作为肉质性状的候选基因。     

拜城油鸡FSHR基因多态性及其与生产性能的关联分析

【目的】探究促卵泡激素受体(follicle stimulating hormone receptor,FSHR)基因多态性与拜城油鸡产蛋性状、蛋品质及孵化性能的关系,为选育高生产性能的种鸡提供新的分子标记。【方法】以129只拜城油鸡为研究对象,利用DNA混池重测序技术筛选SNPs位点,采取Sequenom飞行时间质谱技术进行相关位点分型,通过SPSS 26.0软件的一般线性模型进行FSHR基因多态性与拜城油鸡生产性能的关联分析。【结果】FSHR基因外显子1上存在2个SNPs位点:SNP1(g.7640519 C＞A)、SNP2(g.7640639 T＞C);外显子4和5上分别存在1个SNP位点:SNP3(g.7692270 C＞T)、SNP4(g.7698478 A＞G);外显子10上存在3个SNPs位点:SNP5(g.7716725 G＞C)、SNP6(g.7715900 A＞G)、SNP7(g.7716470 T＞C),除SNP6外,检出率均在90%以上。SNP1位点仅检测到2个基因型:CC和CA,CC为优势基因型;SNP2、SNP3和SNP7位点均存在3种基因型:TT、TC和CC;SNP4位点存在3种基因型:AA、AG和GG;SNP5位点存在3种基因型:CC、CG和GG。相关分析结果表明,SNP2位点CC基因型个体开产日龄极显著高于TT基因型(P＜0.01),显著高于CT基因型(P＜0.05);TT基因型个体蛋重显著高于CT基因型(P＜0.05),入孵蛋死胚率显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP3位点TT基因型个体蛋壳厚度显著高于CC基因型(P＜0.05)。SNP5位点CG基因型个体300日龄总产蛋量极显著高于CC和GG基因型(P＜0.01),300日龄平均蛋重和开产蛋重均显著高于GG基因型(P＜0.05),开产体重显著高于CC基因型(P＜0.05);GG基因型个体蛋壳厚度显著低于CC和CG基因型(P＜0.05)。SNP7位点TT基因型个体开产蛋重和个体蛋重均显著高于CC和CT基因型(P＜0.05),蛋白高度和蛋黄重均显著高于CT基因型(P＜0.05),哈氏单位值极显著高于CC和CT基因型(P＜0.01)。【结论】FSHR基因SNP5(g.7716725 G＞C)位点CG基因型可作为影响拜城油鸡产蛋性能的标记基因型,SNP7(g.7716470 T＞C)位点TT基因型可作为影响拜城油鸡蛋品质的优势基因型。     

北京黑猪MYH3和MYH13基因多态性与肉质性状的关联分析

【目的】 试验旨在研究肌球蛋白重链3（myosin heavy chain 3，MYH3）和肌球蛋白重链13（myosin heavy chain 13，MYH13）基因遗传变异对猪肉质性状的影响。【方法】 利用北京黑猪背最长肌样本进行肉质性状（肌内脂肪（intramuscular fat，IMF）、水分、滴水损失、酸碱度（pH）、肉色L^*值、肉色a^*值和肉色b^*值）表型数据的测定。利用PCR和Sanger测序技术对MYH3和MYH13基因启动子区和CDS区进行基因分型。将性别、场、日龄作为协变量，采用协方差分析，确定与猪肉质性状相关的SNPs，利用实时荧光定量PCR检测基因表达水平。【结果】 试验共筛选到9个SNPs，其中MYH3基因CDS区有1个错义突变（c.5782 G>C）与IMF显著相关（P<0.05），且MYH3基因表达水平与IMF呈正相关；MYH13基因CDS区有4个SNPs，其中2个（c.1923 G>A、c.1308 G>A）与肉色a^*值显著相关，1个（c.963 G>A）与滴水损失显著相关，1个（c.237 G>T）与肉色L^*值显著相关（P<0.05）；MYH13基因启动子区有4个SNPs，其中2个（rs699287502、rs318639161）与肉色L^*值显著相关，2个（rs321315318、rs330770991）与滴水损失显著相关（P<0.05），且MYH13基因表达水平与滴水损失呈负相关。【结论】 MYH3基因有1个SNP与IMF显著相关，且其基因表达水平与IMF呈正相关。MYH13基因中存在3个SNPs与滴水损失显著相关，且该基因启动子区2个SNPs基因表达水平与滴水损失呈负相关；3个SNPs与肉色L^*值显著相关；2个SNPs与肉色a^*值显著相关。以上SNPs均可作为影响北京黑猪肉质性状的候选基因功能位点。     

HOTAIR与山羊皮肤黑色素沉积的关系及体外表达规律的研究

旨在探讨山羊HOX转录反义RNA（HOTAIR）及其部分家族基因与山羊皮肤黑色素沉积的关系以及它们在黑色素细胞中的表达规律。本研究采用qRT-PCR检测HOTAIR和HOXD10、HOXC11、HOXC12基因在健康成年雌性酉州乌羊（（19.16±1.44）kg）、板角山羊（（23.27±3.24）kg）皮肤组织中的mRNA水平，及其在小鼠皮肤黑色素瘤细胞（B16-F10）增殖、分化过程中（培养1、3、5和7 d）的表达模式，并分析HOTAIR与其他3个基因表达的相关性。结果显示，在皮肤组织中，酉州乌羊HOTAIR和HOXC12的相对表达量极显著高于板角山羊（P<0.01），酉州乌羊HOXD10的相对表达量显著低于板角山羊（P<0.05）；HOTAIR与HOXC12表达显著正相关（P<0.05），与HOXD10表达显著负相关（P<0.05）。在B16-F10细胞增殖阶段，HOTAIR在各阶段表达差异不显著（P>0.05），HOXC11、HOXC12和HOXD10呈"高-低-高"的表达模式，且均在培养1 d的相对表达量极显著高于3和5 d（P<0.01）；HOTAIR与HOXC11表达呈极显著正相关（P<0.01）。在B16-F10细胞分化阶段，HOTAIR表达持续上升，HOXD10表达持续下降，HOXC11在各阶段的相对表达差异不显著（P>0.05），HOXC12在培养1和5 d的相对表达量极显著高于3和7 d（P<0.01）；HOTAIR与HOXD10表达极显著负相关（P<0.01）。HOTAIR在乌皮山羊皮肤中高表达，在B16-F10细胞分化阶段的表达随着培养时间的延长而增加，HOTAIR对HOXD10存在负向调控作用。HOTAIR与HOXD10互作可能调控山羊皮肤黑色素细胞的分化与黑色素生成。     

可变剪接体WNT4-β对山羊卵泡颗粒细胞增殖和激素分泌的影响

旨在研究WNT4的一个可变剪接体（WNT4-β）对山羊卵泡颗粒细胞增殖的影响。本研究选取4~6月龄健康母羊20只,采集双侧卵巢,体外分离卵泡颗粒细胞进行培养。通过免疫荧光染色技术确定WNT4-β的表达位置;在山羊颗粒细胞中过表达或干扰WNT4-β后,利用RT-qPCR、Western blot检测WNT4-β和WNT信号通路中关键标记因子ROA1、RHOA及颗粒细胞增殖标记基因cyclin-D2、CDK4的表达变化;CCK-8技术检测颗粒细胞增殖情况;并通过ELISA分析颗粒细胞中生殖激素水平的变化。免疫荧光染色结果显示,WNT4-β只在山羊卵泡颗粒细胞中表达,在卵母细胞不表达;过表达WNT4-β后,WNT4-β和颗粒细胞增殖因子cyclin-D2、CDK4的mRNA相对表达量极显著增加（P<0.01）,蛋白表达水平显著增加（P<0.05）;WNT信号通路标记因子ROA1、RHOA mRNA表达水平显著增加（P<0.05）,β-catenin蛋白表达水平显著增加（P<0.05）;干扰WNT4-β后,WNT4-β、cyclin-D2、CDK4、ROA1和RHOA 的mRNA表达显著降低（P<0.05）,WNT4-β、cyclin-D2、CDK4及β-catenin蛋白表达显著降低（P<0.05）。CCK-8结果显示,过表达WNT4-β促进颗粒细胞增殖（P<0.05）;ELISA结果显示,过表达WNT4-β后,颗粒细胞中雌二醇（estradiol,E₂）水平显著增加（P<0.05）,孕酮（progesterone,P₄）水平升高但不显著（P>0.05）;干扰WNT4-β后则结果相反,颗粒细胞增殖受到抑制（P<0.05）,E₂和P₄的水平显著降低（P<0.05）。综上所述,WNT4可变剪接体WNT4-β通过调控WNT信号通路促进山羊卵泡颗粒细胞增殖及类固醇激素分泌,本研究为解析WNT4调控山羊颗粒细胞增殖的潜在分子机制提供理论基础。     

关岭牛TBC1D7基因多态性及其与生长性状的关联分析

为探究TBC1蛋白家族第7成员（TBC1 domain family member 7，TBC1D7）基因单核苷酸多态性（SNP）对关岭牛生长性状的影响，试验选取116头贵州关岭牛，测定其8项生长性状指标，提取血液基因组DNA，并利用DNA混池扩增TBC1D7基因全部外显子，通过直接测序法筛查SNP。利用不同独立样本DNA扩增SNP位点对应外显子并测序，以验证位点并进行基因分型。利用SPSS 19.0软件单因素方差分析TBC1D7基因不同基因型和关岭牛生长性状之间的相关性。结果显示，在TBC1D7基因第5、6和8外显子上共发现5个SNPs位点：g.12972 T>C、g.12984 A>G、g.20538 C>T、g.20577 T>C和g.24807 G>A，均存在3种基因型；χ²检验结果显示，5个SNPs位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）；群体遗传参数分析发现，5个SNPs位点杂合度较高，多态信息含量均表现为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联性分析结果发现，关岭牛TBC1D7基因g.24807 G>A位点GA基因型个体体斜长、胸围和后臀围均显著高于AA基因型个体（P<0.05）。在本试验群体中，5个SNPs存在6种单倍型（H1~H6）和9种双倍型（H1H1、H2H2、H2H3、H2H6、H3H3、H3H4、H3H5、H3H6和H5H5），其中H3和H2为优势单倍型，H3H3、H2H2和H2H3为优势双倍型；双倍型关联分析结果显示，H3H6和H5H5个体体斜长和后臀围相比其他双倍型个体占有明显优势，可能是有利基因型。结果表明，TBC1D7基因g.24807 G>A位点为影响关岭牛生长发育的重要多态位点，本研究为筛选有助于关岭牛生长发育的分子标记提供了理论参考。     

滩羊二毛期羊毛性状分析及其相关性研究

本试验旨在探究滩羊二毛期羊毛性状及其相关性,采集出生当天(初生期)及30～40日龄(二毛期)的滩羊样本各511个,其中公羊260只,母羊251只,分别测定初生期和二毛期羊毛的侧部毛长和侧部弯曲数;并分析了二毛期两型毛和绒毛的平均纤维直径(MFD)、平均纤维曲率(MFC)、毛纤维直径变异系数(CVFD)和毛纤维直径标准差(FDSD),对羊毛性状进行描述性统计及相关性分析。结果显示:初生期滩羊羊毛侧部弯曲数和初生期侧部毛长呈极显著中等正相关(r=0.410,P<0.001);初生期侧部弯曲数和二毛期侧部弯曲数间存在极显著中等正相关(r=0.618,P<0.001);两型毛FDSD与CVFD间呈极显著强正相关(r=0.796,P<0.001),绒毛FDSD与CVFD间极显著强正相关(r=0.942,P<0.001);两型毛MFD与FDSD呈极显著中等正相关(r=0.511,P<0.001),绒毛MFD与FDSD呈极显著中等正相关(r=0.660,P<0.001);绒毛MFD与CVFD呈极显著中等正相关(r=0.410,P<0.001),两型毛MFD与CVFD呈显著弱负相关(r=―0.106,P<0.05);绒毛MFD和MFC间呈极显著中等负相关(r=―0.497,P<0.001),两型毛MFD和MFC间呈弱正相关,相关性不显著(r=0.011,P>0.05)。本试验首次大规模检测了滩羊二毛期羊毛的性状指标,确定了各指标间的相关关系,为滩羊裘皮性状的选育提供数据支撑。     

绒山羊皮肤毛囊兴盛前期组织形态、chi-miR-107-3p与RHBDF2基因表达分析

为了探究chi-miR-107-3p和菱形家族蛋白2（rhomboid family member 2,RHBDF2）基因在不同品种（系）和光控增绒绒山羊兴盛前期（5~7月份）皮肤毛囊重建时的表达差异,本试验在7月份采集内蒙古阿拉善型绒山羊、敏盖绒山羊和光控增绒技术处理的阿尔巴斯型绒山羊体侧皮肤毛囊组织,采用组织切片技术对组织形态比较分析,实时荧光定量PCR法检测chi-miR-107-3p和RHBDF2基因的表达量。结果显示,在皮肤毛囊兴盛前期,阿拉善型绒山羊次级毛囊正处于重建阶段,敏盖绒山羊和阿尔巴斯型绒山羊（光控增绒）次级毛囊重建已基本完成;在阿拉善型绒山羊皮肤组织中chi-miR-107-3p表达量极显著高于敏盖绒山羊和阿尔巴斯型绒山羊（光控增绒）（P<0.01）,而RHBDF2基因表达量极显著低于其他两品种（系）（P<0.01）,且RHBDF2基因表达量在敏盖绒山羊皮肤组织中显著低于阿尔巴斯型绒山羊（P<0.05）。不同品种（系）和光控增绒绒山羊皮肤毛囊兴盛前期组织显微结构与chi-miR-107-3p、RHBDF2基因在皮肤组织中的表达差异分析结果相一致,次级毛囊重建初期chi-miR-107-3p表达量较高,而RHBDF2基因表达量极低,随着次级毛囊重建完成,chi-miR-107-3p表达量明显降低,RHBDF2基因表达量逐渐增高,且在不同品种（系）内蒙古绒山羊绒毛生长发育过程中的表达机制基本相同。因此,chi-miR-107-3p和RHBDF2基因是绒山羊皮肤毛囊生长发育的重要调控因子。     

山羊ZBP1基因多态性及与产羔性能的关联分析

【目的】试验旨在分析山羊Z-DNA结合蛋白(Z-DNA binding protein 1,ZBP1)基因3′-端非翻译区(3′-UTR)、内含子1和外显子7区域中单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)位点与产羔性能之间的关联性,为高繁殖力山羊分子育种提供新的遗传标记。【方法】选取麻城黑山羊、黑头羊和波尔山羊作为研究样本,采集血样提取DNA,根据转录组数据所选SNP位点在山羊ZBP1基因序列中的位置信息设计引物,利用多重单碱基延伸SNP分型技术(SNaPshot)分析所选SNP位点的遗传多样性,采用一般线性模型(GLM)对ZBP1基因SNP位点与3个品种山羊的产羔性能进行关联分析。【结果】山羊ZBP1基因中存在12个潜在的SNPs位点,其中7个SNPs位点(g.9734 A>G、g.9772 T>C、g.352 C>T、g.955 C>T、g.1880 G>A、g.2566 T>C和g.7919 G>A)具有多态性,除g.9734 A>G在麻城黑山羊群体中仅有AA和GA 2种基因型外,其余...     

饲喂PRL抑制剂对燕山绒山羊毛囊发育的影响

旨在研究绒山羊毛囊生长期饲喂催乳素（PRL）抑制剂对毛囊发育的影响。本研究选择3月龄体重相近（（23.01±4.82） kg）、健康良好的燕山绒山羊公羊20只,随机分为两组,每组10只,分别为对照组和试验组,试验组饲喂PRL抑制剂（0.06 mg·kg^-1）,试验期90 d。试验结束时采集羊绒纤维、血液和皮肤样品,分析饲喂PRL抑制剂对山羊绒长度、细度、血液指标、毛囊性状及皮肤组织PRL、MTNR1a和RORα mRNA表达水平的影响。结果表明,饲喂PRL抑制剂显著提高了绒山羊初级毛囊数量、次级毛囊数量和S/P值（P<0.05）,并显著提高了活性初级毛囊占比和活性次级毛囊占比（P<0.05）,对山羊绒伸直长度和细度无显著影响（P>0.05）。饲喂PRL抑制剂3个月对绒山羊血清中PRL、MT、IGF-1、COR、GH、T₄和T₃均无显著影响（P>0.05）,但显著降低了皮肤中PRL和MTNR1a mRNA表达水平（P<0.05）,对RORα mRNA表达量无显著影响（P>0.05）。综上,在绒山羊毛囊生长期抑制PRL分泌可能是通过降低皮肤中PRL和MTNR1a基因的表达来促进毛囊发育。     

绵羊CLPG和MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在探究CLPG(Callipyge)与MSTN(Myostatin)基因作为绵羊生长性状候选基因的可能性,调查与绵羊生长性状相关的分子遗传标记。本试验以133只澳洲白羊×杜泊羊×湖羊杂交绵羊为研究对象,利用PCR产物直接测序及PCR-RFLP技术检测CLPG与MSTN基因的单核苷酸多态性,然后通过SPSS22.0软件GLM统计模型分析多态位点不同基因型及聚合基因型与绵羊生长性状的关联性。测序结果表明,CLPG基因STS序列232bp处检测到C→T突变位点C1,MSTN基因3'UTR区检测到G→A突变位点M1。PCR-RFLP分析显示,C1位点表现为2种基因型:CC和CT;M1位点表现为2种基因型:GG和GA。关联分析表明,C1位点与绵羊背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01),M1位点与绵羊体重、管围、背膘厚和眼肌面积显著或极显著相关(P<0.05;P<0.01)。聚合基因型对体重、背膘厚和眼肌面积影响极显著(P<0.01)。研究揭示CLPG与MSTN基因多态性及其聚合基因型对绵羊生长性状具有显著影响,C1和M1位点可以考虑作为绵羊生长性状的有效遗传标记。     

Genome-wide Selection Signals Reveal Candidate Genes Associated with the Cashmere Traits of Cashmere Goats

The purpose of this study was to screen the genome-wide selection signals of Liaoning cashmere goat and Inner Mongolia cashmere goat. Based on the Illumina Caprine 50K SNP chip, Liaoning cashmere goat, Inner Mongolia cashmere goat and Huanghuai goat were genotyped, and the common 50 010 SNPs were obtained after quality control. Using population differentiation coefficients Fst and XP-EHH, Huanghuai goats were used as reference populations to detect selection signals for Inner Mongolia cashmere goats and Liaoning cashmere goats. The top 5% of Fst and XP-EHH values was used as the threshold. The result showed that 501 candidate genes were selected by Fst and 145 candidate genes were selected by XP-EHH in cashmere goats. Based on these SNPs, we detected 12 SNPs under strong selection by Fst and XP-EHH. After gene annotation, 21 candidate genes were identified, such as EXOC4, ASIC2, PCDH9, RHBDD1, IRS1 and PDE10A. These genes were found to be mainly enriched in PI3K-Akt signaling pathway, protein digestion and absorption and relaxin signaling pathways. The study indicated that genes associated with cashmere traits were subjected to strong artificial selection pressure during domestication of the cashmere goats. These findings also help us better understand the selection progress of cashmere goats and provide a new theoretical basis for the protection and utilization of germplasm resources of Chinese cashmere goat breeds.     

全基因组选择信号揭示绒山羊绒毛性状相关的候选基因

旨在对辽宁绒山羊和内蒙古绒山羊的基因组选择信号进行筛选。本研究利用Illumina 50K的山羊芯片，对内蒙古绒山羊、辽宁绒山羊和黄淮山羊进行基因型检测，质控后获得50 010个共同SNPs位点。通过群体分化系数Fst和XP-EHH，以黄淮山羊为参考群体分别对内蒙古绒山羊和辽宁绒山羊进行选择信号检测，Fst和XP-EHH值的top 5%作为阈值。结果，利用Fst在绒山羊基因组中筛选到501个候选基因，利用XP-EHH在绒山羊基因组中筛选到145个候选基因。其中有12个SNPs在绒山羊基因组中受到较强选择。通过基因注释筛选到21个候选基因，包括EXOC4、ASIC2、PCDH9、RHBDD1、IRS1和PDE10A等。这些基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、蛋白质消化吸收和松弛素信号通路等。研究结果发现，绒山羊在驯化过程中其基因组很多与毛囊相关的基因受到了强烈的选择。这些发现也有助于更好地了解绒山羊的选择进展，为中国绒山羊品种的种质资源保护和利用提供重要参考。