广西柑橘黄龙病植株韧皮部内生细菌多样性分析

【目的】对柑橘健康植株和感染黄龙病植株的韧皮部内生细菌的多样性进行比较分析,为研究柑橘植株韧皮部内生细菌与黄龙病菌之间的相互关系奠定基础。【方法】采用常规分离培养与分子鉴定的方法和基于16S rDNA基因的限制性酶切长度多态性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)分析的方法。【结果】用常规分离与分子鉴定方法获得10个属细菌类群,其中芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、假单胞菌属(Pseudomonas sp.)、考克氏菌属(Kocuria sp.)为无症健株的优势菌群;微杆菌属(Microbacterium sp.)、芽孢杆菌属、假单胞菌属和考克氏菌属.为黄龙病罹病植株的优势菌群。PCR-RFLP方法得到29种酶切图谱,共鉴定出10属可培养细菌以及11种不可培养细菌。健株与病株中Dyella sp.、Pseudomonas sp.、Serratia sp.和未培养细菌所占比例均大于5%。柑橘健株与病株中细菌的种群密度和菌群种类存在明显差异。【结论】研究结果表明柑橘健株和病株韧皮部组织中的内生细菌优势菌群存在明显差异,而伴生细菌的优势菌群与黄龙病菌的相互关系正在深入分析研究。     

米氏硫胺素芽孢杆菌的分离及鉴定

[目的]分离、纯化土壤中的细菌,通过鉴定得到米氏硫胺素芽孢杆菌.[方法]通过生化鉴定、提取细菌基因组并进行细菌16 s rDNA测序等方法鉴定.[结果]此细菌生化鉴定结果符合《常见细菌鉴定手册》中的关于米氏硫胺素芽孢杆菌的生化鉴定,将细菌的16 s rDNA测序结果在NCBI上进行比对,表明该细菌为米氏硫胺素芽孢杆菌.[结论]分离、纯化得到的细菌经测序对比后确定是米氏硫胺素芽孢杆菌.     

核糖体RNA基因在酵母分类鉴定中的应用

核糖体DNA在酵母分类鉴定中发挥着重要作用。本文介绍了核糖体的构成,核糖体RNA基因26S rDNA D1/D2区域、18S rDNA、ITS-5.8S rDNA和IGS rDNA片段作为分子标记的原理方法、在酵母菌种鉴定和分子系统发育中的应用,同时对rDNA各个序列片段在国内外酵母分类鉴定应用中的问题和前景进行探讨。     

16S rDNA序列分析技术在微生物检测中的应用（英文）

16s rDNA既具有保守性区域,又具有高变性区域,是生物的种属鉴定和系统进化关系的重要分子基础,以16s rDNA为目的物的现代分子生物学技术能精确地揭示微生物种类和遗传的多样性,从而16s rDNA序列分析成了微生物分类鉴定主要依据。该方法克服了传统微生物培养方法的限制,操作方便、检测快速准确且灵敏度高,已被广泛应用到菌种鉴定、群落对比分析、群落中系统发育及种群多样性的评估等领域,是一种客观和可信度较高的分类方法。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

盐泽地分离的耐盐性芽孢杆菌菌株的分子鉴定

采用生理生化检测、Rep-PCR指纹图谱分析、16S rDNA及gyrB基因序列分析技术,对在青海尕海盐泽地植物根际土壤中分离得到的几株菌落形态较为特殊的芽孢杆菌菌株进行鉴定。生理生化分析结果表明:分离的芽孢杆菌菌株革兰氏染色为阳性。Rep-PCR指纹图谱表明,不同分离菌株间的指纹图谱完全相同,为同种芽孢杆菌。16S rDNA及gyrB基因序列鉴定结果显示,菌株与地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的亲缘关系最近。综合几种鉴定结果,最终将分离自盐泽地的芽孢杆菌菌株鉴定为B.licheniformis。     

TCBS培养基筛选的虾池细菌分析

通过TCBS培养基分离筛选对虾养殖水体中的细菌,采用16S rDNA分子生物学方法和Biolog微生物自动分析系统进行鉴定分析。结果显示:以TCBS培养基分离筛选的60株菌中,采用16S rDNA分子生物学方法鉴定,只有SWG-27、SWG-28、SWG-29为弧菌属,占总鉴定细菌的5%,其他细菌大部分为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)和大洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus sp.),分别占总鉴定细菌的36.7%和43.3%;自60株细菌中随机挑选15株作Biolog微生物自动分析系统鉴定,弧菌属细菌也只占很小比例;60株细菌接种于6种不同品牌的TCBS培养基上均可很好地生长。结果表明,TCBS培养基能够培养养殖水体中的弧菌,但其他细菌也能在其上良好生长,利用TCBS培养基检测养殖水体弧菌数量的结果值得商榷。     

不同植被根际土壤中可培养与未培养黏细菌的多样性研究

为探索不同植被根际可培养黏细菌与未培养黏细菌的多样性,采用传统的辅助菌诱导方法,对样品的黏细菌进行分离纯化,通过形态特征结合16S rDNA基因的序列分析,确定黏细菌菌株的系统分类地位;利用基于黏细菌特异性引物的变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)分析黏细菌的多样性。结果显示,从不同植被根际土壤中共分离得到19株,初步鉴定为黏球菌属(Myxococcus)11株,珊瑚球菌属(Corallococcus)13株,孢囊杆菌属(Cystobacter) 2株,多囊菌属(Polyangium)1株,其中,红树林分离得到的黏细菌种类最多,共7株;樟木最少,为2株。PCR-DGGE分子指纹图谱技术对其黏细菌多样性结果显示,花梨木、铁木、亚热带常绿阔叶林、针叶林、红树林、樟木根际土壤中黏细菌的物种丰度分别为16、24、34、26、30、24,多样性指数分别为2.10、2.53、3.49、2.62、2.77、2.73。DGGE指纹图谱显示,越南不同植被根际土壤存在大量的未培养黏细菌,其技术研究黏细菌多样性比传统分离纯化的方法方便、快速。本研究为黏细菌开发利用和多样性研究提供理论与技术参考依据。     

26S rDNA D1/D2区与5.8S-ITS rDNA序列分析法在酵母菌鉴定中的应用

酵母菌传统的分类鉴定方法操作繁琐,且费时、费力,随着分子生物学的发展,分子鉴定酵母菌技术越来越完善。该文针对26S rDNA D1/D2区与5.8S-ITS rDNA序列分析法在酵母菌鉴定中的应用进行了阐述。     

沼气池微生物生态群落PCR-DGGE分析方法研究

研究了适合于PCR-DGGE分析的沼气池污泥样品微生物基因组DNA快速提取方法,探讨了PCR反应条件、电泳时间与上样量对DGGE指纹图谱多样性的影响。试验结果表明,采用本研究所建立的SDS和Guanidine thio-cyanate-N-LS方法提取沼渣微生物总DNA,利用细菌特异性16S rDNA通用引物,经复原条件PCR(循环25次)扩增,所得PCR产物在85V电压下,上样量600ng,电泳时间为16 h时DGGE分离效果最佳,获得清晰的16S rDNA V3区片段的图谱。     

生防菌FM4B的鉴定及抗菌物质的性质研究

采用生理生化、16S rDNA等方法鉴定菌株FM4B并对该菌株抑菌物质粗提液的性质进行了初步研究.生理生化实验显示,菌株FM4B属于短短芽孢杆菌,16S rDNA基因的测定与分析表明,FM4B与B.brevis(短短芽孢杆菌)的同源性达到99.5%,故推定FM4B为短短芽孢杆菌.实验表明抑菌物质粗提物对多种细菌、真菌有...     

新疆库尔勒地区3种土壤镰孢菌的形态鉴定和ITS rDNA分析

[目的]镰孢菌是土壤真菌中一类能引起植物和昆虫病害的病原,同时又是可利用的资源.掌握库尔勒地区土壤镰孢菌种类情况,对进一步了解和利用镰孢菌具有深远意义.[方法]运用稀释平板法从土壤中分离到3株镰孢菌,采用形态学及其培养特征进行观察描述,同时利用ITS rDNA序列对其系统发育学进行分析,确定分类地位,并分析比较了基于形态学和ITS rDNA序列分析的两种鉴定手段.[结果]3株菌分别鉴定为芳香镰孢菌(Fusarium redolens)、增殖镰孢菌(Fusarium proliferatum)和木贼镰孢菌(Fusarium equisetic).[结论]与传统方法相比,ITS rDNA方法有着较高的灵敏度.在对镰孢菌的鉴定中,只有将形态学与分子生物学鉴定相结合,才能使镰孢菌的鉴定分类更加完善.     

苹果轮纹病菌DNA提取方法的比较

采用尿素提取法、氯化苄提取法以及SDS-CTAB提取法对苹果轮纹病菌的基因组DNA进行了提取和比较.结果表明,3种方法均能提取到苹果轮纹病菌的基因组DNA.其中,SDS-CTAB法效率最高,提取的DNA质量最好,但是耗时较长;尿素提取法操作简单快速,但是提取的DNA质量较低;氯化苄提取法提取的DNA纯度最低,蛋白质污染严重.将所提取的DNA经ITS试验检测与电泳检测,证明3种方法提取的DNA扩增效果良好,均可满足该真菌rDNAITS分析的要求.     

农业微生物制剂的活性菌分离与鉴定

微生物制剂是以自然界中分离的有益菌为主体开发的产品,在健康、环保及农业生产上应用广泛。某农业微生物制剂在海南的热带农业生产中能显著增产和增强作物抗性,为了了解该微生物制剂的作用机制,本研究采用平板划线法对活性菌进行分离和纯化,对分离菌株进行生长、形态及显微观察,对16S rDNA进行序列PCR扩增、测序及生物信息学分析,鉴定活性菌的种属。结果表明,分离得到2个形态不同的细菌菌株,通过形态观察及16S rDNA序列的分子鉴定,发现这2个菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)具有99.9%的同源性;2个菌株的16S rDNA序列的比较结果发现它们有7个碱基的差别,说明这2个菌株可能是不同的生理小种。     

Application of 16S rDNA Sequence Analysis Technique in Microbial Detection

16srDNA既具有保守性区域。又具有高变性区域,是生物的种属鉴定和系统进化关系的重要分子基础。以16srDNA为目的物的现代分子生物学技术能精确地揭示微生物种类和遗传的多样性,从而16srDNA序列分析成了微生物分类鉴定主要依据。该方法克服了传统微生物培养方法的限制,操作方便、检测快速准确且灵敏度高,已被广泛应用到菌种鉴定、群落对比分析、群落中系统发育及种群多样性的评估等领域,是一种客观和可信度较高的分类方法。     

玉米叶面微生物DNA提取方法及PCR引物的筛选

传统的微生物培养方法在反映叶面微生态信息上具有局限性,因此逐渐被分子生态学所代替,而获得高质量、大片段、无偏好的总DNA是研究叶面环境微生物的基础。本文采用改进的Sambrook法、CTAB法、改良的化学法以及试剂盒法对玉米生长初期、中期、末期的叶面微生物总DNA进行提取,并对4种方法提取的DNA片段的大小和产量进行综合评价。将得到的DNA用引物357/518以及984/1387对细菌16S rDNA进行扩增;用5种常见引物NS1/fung、ITS1-F/ITS2、NS1/AM1、EF4/fung5、SSU-0817/SSU-1196对真菌18SrDNA进行扩增。结果表明:4种方法提取的DNA片段均适用于PCR,但DNA的得率和纯度有一定差别,其中以试剂盒提取效果最好。PCR结果显示,除化学法外,其他3种方法提取的DNA均能够获得目的条带;并通过比较得出引物984/1387对16S rDNA以及ITS1-F/ITS2对18S rDNA扩增效果较好且扩增量最大。     

番茄灰霉病的拮抗菌筛选及分子鉴定

[目的]筛选番茄灰霉病的拮抗菌,并采用分子生物学手段进行鉴定。[方法]以番茄灰霉病病原菌为供试菌,从耕作土壤中筛选拮抗菌,利用平板对峙法对拮抗菌进行初筛和复筛,并通过16S r DNA序列分析对拮抗菌进行鉴定。[结果]从番茄灰霉病发病植株根系土壤中筛选出13个拮抗性能较为稳定的分离物,其中3个菌株对番茄灰霉病菌的拮抗作用较强,抑制率达60.00%以上。结合形态学观察及16S r DNA系统进化树分析,分别鉴定为固氮类芽孢杆菌、多黏类芽孢杆菌和枯草芽孢杆菌。[结论]该研究为番茄灰霉病的生物防治提供理论依据。     

两株生防芽孢杆菌的分子鉴定及拮抗活性测定

对两株分离自青海年宝玉泽及玛多高寒草甸根围土壤的拮抗菌株GL18和MD1进行鉴定分析。生理生化试验鉴定为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)菌群;16SrDNA分子鉴定表明,菌株GL18、MD1与Ba-cillus methylotrophicus及Bacillus amyloliquefaciens的序列相同(或一致)性均为99%;gyrB分子鉴定表明,菌株GL18、MD1与B.methylotrophicus具有最高序列相同(或一致)性;以两株菌株的16SrDNA及gyrB基因序列与模式菌株序列构建系统发育树,结果表明,两株菌株均与B.methylotrophicus具有更近亲缘关系;综合几种鉴定结果最终将菌株GL18、MD1鉴定为B.methylotrophicus。平板对峙试验表明,菌株GL18和MD1对油菜菌核菌具有显著拮抗活性;油菜离体叶片接种试验表明,菌株对油菜菌核病菌的侵染具有较好的防效。     

一种适用于PCR的土壤微生物DNA的提取方法

[目的]对土壤微生物的DNA进行提取,以建立一种适用于PCR技术分析的土壤微生物DNA的快速提取方法。[方法]采用了2种不同的直接裂解法提取土壤微生物DNA,并用细菌通用引物27F和1492R进行PCR扩增16SrDNA片段。[结果]2种方法提取的土壤微生物总DNA电泳结果显示没有差别,但是只有CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取的总DNA不需要纯化,在增加Mg^2＋用量的条件下,只需用第一轮非特异PCR产物作为模板即可扩增出16SrDNA片段。[结论]CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取土壤DNA,方法操作简单、快捷。同时适用于PCR分析。为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定了基础。