阿特拉津降解菌FM326（Arthrobacter sp.）的分离筛选、鉴定和生物学特性

采集除草剂阿特拉津污染的土壤,通过直接涂布法和富集驯化培养分离法,分别获得6株和5株能够降解阿特拉津的细菌。通过降解效率和降解动态试验,筛选到1株高效降解阿特拉津的菌株FM326,该菌株能以阿特拉津为唯一的碳源和氮源生长,培养96h后对1000mg·L-1阿特拉津降解效率达到97%。通过生理生化鉴定和16SrDNA序列分析,菌株FM326鉴定为节杆菌属(Arthrobacter sp.)细菌。该菌株表现出最适生长温度30～35℃,最适生长pH值5～9,好氧生长的生长特性。     

分离自扎龙湿地的一株降解纤维素细菌的鉴定

从扎龙湿地底泥中分离到一株能够降解纤维素的细菌。该菌株光学显微镜下呈短杆菌,大小约(0.3~1.0)μm×(1.0~3.5)μm,无芽孢,革兰氏染色反应为阴性,无运动性。最适生长温度为30℃,最适生长pH为7.0。对该菌株进行形态特征观察、生理生化反应与16S rDNA序列分析鉴定,菌株ZL-5为Aeromonassalmonicida sp.Salmonicida。     

耐盐Bacillus sp.9BS的筛选及其对染料的脱色效果

利用含铜的富集培养基,从东北林业大学实验林场白桦林下的土壤中筛选出1株菌株,研究其生理生化特性,结合经典形态学及16S rDNA序列同源性分析,鉴定该菌株为芽孢杆菌属细菌,并将其命名为Bacillus sp.9BS。菌株9BS最适生长温度为37℃,最适生长p H值为7.0,并具有很好的耐盐性,在7%Na Cl溶液中生长良好。以丁香醛连氮为底物,以芽孢干重计量,其芽孢漆酶的活性高达47.1 U/g。菌株9BS的芽孢漆酶在不含介体的情况下,对靛红(IC)和结晶紫(CV)的脱色效果较为显著,6 h脱色率分别为73.3%和82.2%。     

柑桔园一株产纤维素酶细菌SB3的筛选鉴定及酶学性质研究

从柑桔园采集柑桔叶片,土壤和果实样品,通过CMC-Na平板初筛及酶活性复筛,得到1株产纤维素酶能力较强的细菌SB3。该菌株来自土壤,为革兰氏阴性杆状细菌;菌落白色,不产生色素。SB3菌株的最适生长温度为37℃,最适生长pH为7.5。根据菌株形态特征、生理生化特性和16SrDNA序列测定结果鉴定为短短芽孢杆菌(Brevibacillus brevis)。菌株SB3纤维素酶最适作用温度和pH分别为50℃和8.0,具有潜在的工业应用价值。     

锦鲤嗜水气单胞菌的分离与鉴定

从中山某养殖场发病锦鲤溃烂部位分离到2株细菌GDzs0824和GDzs0826.将2株细菌人工感染锦鲤后5 d,锦鲤全部发病死亡,且表现出与自然发病相似的临床症状.该2菌株为革兰氏染色阴性菌;对葡萄糖、蔗糖、甘露醇、麦芽糖、MR、O/F、氯化钠、赖氨酸等生化反应与其他水生动物气单胞菌相同;最适生长pH值范围为5～9, 最适生长温度为33℃;16S rDNA序列分析结果显示:分离菌株GDzs0824(Genbank登录号:GQ403071)和GDzs0826(Genbank登录号:GQ403072)在系统发育树上与Aeromonas hydrophila聚为一族,相似性在99.6%以上.综合2菌株形态学特性、人工感染、生理生化、16S rRNA基因分析结果,鉴定为嗜水气单胞菌(A. hydrophila).药敏试验结果表明:2菌株对盐酸环丙沙星、氯霉素、妥布霉素、呋喃唑酮、诺氟沙星等高度敏感.     

极端嗜热功能菌筛选及其促进堆肥腐熟效果研究

本研究采用富集培养方法从不同高温堆肥环境中分离筛选到9株极端嗜热菌,通过16S rDNA序列比对分析确定其分类地位,通过生长特性研究和酶活测定,优选出6株菌株复配成极端嗜热菌剂,采用模拟堆肥方法研究极端嗜热菌剂促进堆肥腐熟效果。结果表明:本研究分离得到的9株菌分别属于土芽孢杆菌属(Geobacillus sp.)、栖热菌属(Thermus sp.)、副土芽孢杆菌属(Parageobacillus sp.)和红嗜热菌属(Rhodothermus sp.)。所分离菌株最适生长温度均在65～70℃;菌株NY-44、D和E的最适生长pH为9.5,属于嗜碱菌;菌株NY-44最适生长盐浓度为20 g·L~(-1),属于嗜盐菌。土芽孢杆菌和副土芽孢杆菌所产蛋白酶活性相对其他菌株较高,且最适反应温度均不低于80℃。在堆肥30 d时,接种极端嗜热菌剂的处理与未接种相比,种子发芽指数(GI)和胡富比(HA/FA)分别提高了35.9%和21.3%。研究结果表明,接种极端嗜热菌剂能加快堆肥腐熟进程,提高堆肥品质。     

具有抗菌活性红树林土壤放线菌BH0951的分离和鉴定

以广西北海红树林高盐泥样为材料,采用高氏1号培养基对其中的菌株进行分离纯化,通过抗菌试验筛选出1株放线菌BH0951,该菌株的发酵产物具有较强的抗菌活性,其最适生长温度为28℃,最适生长pH值为7.0。提取其总DNA,采用通用引物对其16S rDNA进行PCR扩增,并对扩增产物进行序列测定。结果表明,BH0951为链霉菌属（Streptomyces aurantiogriseus）AY999773的变种。     

一株耐盐好氧反硝化细菌的分离鉴定及生长特性研究

[目的]从乌鲁木齐10号温泉的沉积物中筛选出反硝化作用较强的菌株,并对该菌株的生物学特性进行系统的研究.[方法]用稀释法,从沉积物中分离纯化了28株反硝化细菌,通过Giltay液体培养筛选出反硝化作用较强的一株菌NSA4.对该细菌进行形态观察、生理生化及最适生长条件测定,在此基础上,进一步分析16S rDNA基因序列,确定了分离菌株的分类学和系统发育地位.[结果]在接种NSA4菌株的试管内5 d后培养基开始变蓝,并有小量气体产生,滞留在小试管中;7 d后培养基由绿色变为蓝色,小试管内的气体明显增多;该菌为革兰氏阴性杆菌.其最适生长温度为30℃,最适生长pH为7,经PCR扩增后测定该菌株的16S rDNA基因序列表明,由16S rDNA序列比较可知该菌与Pseudomona brassicacearum同源性达99;.[结论]这一耐盐反硝化细菌可以用于新疆硝酸盐污染农田土壤与地下水的修复.     

降解桑树枝条中纤维素优良菌株的筛选

通过羧甲基纤维素钠琼脂平板培养基结合刚果红染色法,从14个样品中筛选出11株具有较好降解纤维素能力的菌株,它们都能利用羧甲基纤维素作为生长碳源.将菌株分别接种在以桑树枝条粉末为主要碳源的固体复筛培养基上,11株菌株均能够生长,但0-18、9-9、13 -2、13 -3和12 -1生长缓慢,其余6株生长良好.将生长良好的6株菌株接种在液态复筛培养基上,30℃恒温培养发酵,7d后测定发酵液中纤维素酶活,结果显示7-7、0 -8和0 - 10具有较高的产纤维素酶能力,其中7-7和0-8菌株具有较高的产滤纸酶和羧甲基纤维素酶活力,0-8和0 - 10表现出较高的产β-葡萄糖苷酶活力.这3株菌株均为酸性菌,最适生长pH值为5～7,0-8和0- 10号菌株最适生长温度在32℃,而7-7号菌株最适生长温度在30 ～32℃.     

作物秸秆发酵转化高效菌株筛选及其初步鉴定

通过对筛选出的9个不同菌株与常用菌株或自然菌群在秸杆基料上进行分型发酵对比试验检测,进一步验证了筛选菌株对秸秆复合料的发酵转化效能,供试的5类型9株菌发酵效能水平分别比同转化型对照菌皆提高13％以上。对9个菌株进行了初步鉴定,并基本明确了它们的最适生长条件。     

5株海洋微藻伴生细菌的分离鉴定与功能分析

[目的]研究水产养殖中常用的4种海洋微藻在粗放培养过程中所伴生的主要细菌。[方法]采用平板涂布的方法成功分离到5株可培养的海洋细菌,利用16S rRNA基因序列的通用引物对单克隆菌落进行PCR扩增,所得PCR产物经测序和Genbank比对后,采用邻位相接法构建了系统进化树,并对其种属关系进行了分析。[结果]研究表明,5株海洋细菌分属于α-proteobacteria和γ-proteobacteria两大类别。根据16S rRNA基因序列的种属关系分析,5株海洋细菌分属于Porphyrobacter、Devosia、Ponticoccus、Marinobacter和Roseobacter5个属。根据其相近种的生理生化特征推断,这些伴生细菌在分解微藻胞外产物为微藻提供无机营养盐和分泌促生长因子促进微藻的生长等方面可能发挥着重要作用。[结论]在实际的微藻饵料培养过程中,应注意保留这些有益的伴生细菌。     

山药内生菌的分离及菌种鉴定研究

[目的和方法]分别采用5种培养基对山药根根中的内生菌进行分离,得到了10株内生菌,通过形态学分析其为4种微生物,16S rRNA比对分析确定其分属为欧文氏菌属(Erwinia)和芽孢杆菌属(Bacillus),未发现放线菌和真菌.[结果]表明山药内生菌极为单调.其中,能在山药浸出液培养基中大量产生多糖的菌株SS2的16S rRNA与模式菌株Erwinia pyrifoliae Ep1/96~T 最大同源性为97.1;.[结论]极有可能为新种.     

回头岸礁区4 种造礁珊瑚中可培养细菌的多样性

采用稀释涂布平板法,分离三亚鹿回头岸礁区4种造礁珊瑚及其周围海水中的细菌,并基于16S r RNA基因序列进行了系统发育分析,从而探讨造礁珊瑚中可培养细菌的物种多样性。从澄黄滨珊瑚(Porites lutea)、鹿角珊瑚(Acropora sp.)、盔形珊瑚(Galaxea sp.)、扁脑珊瑚(Platygyra sp.)样品中分别分离获得细菌60、61、54、20株,从珊瑚周边海水中分离获得细菌31株。16S r RNA基因序列分析表明,珊瑚来源的细菌分布于放线菌门(Actinobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。在属级水平上对4种珊瑚及海水来源细菌群落组成分析,发现在4种珊瑚中均有分布的属有3个,为Brachybacterium、Microbacterium和Ruegeria,珊瑚来源细菌类群有一定差异。同时发现4种珊瑚来源细菌与海水来源细菌类群差异较大。在分离的菌株中,有7株菌与已有效描述的细菌物种典型菌株的全长16S r RNA基因相似性低于97%,代表着潜在新属或新种。试验结果表明,三亚鹿回头岸礁区珊瑚中存在较为丰富的细菌多样性,并潜藏较多的新物种资源。     

柠条锦鸡儿根瘤菌及其共生固氮基因多样性

为研究西北干旱地区豆科植物柠条锦鸡儿(Caragana korshinskii)根瘤菌的系统发育地位及共生基因多样性,对从甘肃省分离得到的菌株进行16SrRNA PCR-RFLP和序列分析,构建系统发育树,确定其分类地位,并通过分析共生基因nodA和nifH,确定种群共生类型。结果表明:从柠条根瘤内分离到64株菌,共有7个PCR-RFLP 16SrRNA基因型,主要归属于Ensifer(占分离总数43.8%)、Mesorhizobium(31.2%)、Rhizobium(25%),其中,Ensifer为主要类群,约占34.4%。共生基因nodA和nifH与Ensifer和Mesorhizobium模式菌株同源性较高,与16SrRNA基因确定的根瘤菌分类地位相比,发现部分共生基因与16S rRNA基因确定的分类地位不同,揭示了共生基因横向转移现象的发生。     

油污土壤降解细菌的分离鉴定及其生物强化研究

从大庆油田长期石油污染的土壤中分离出高效降解石油烃的菌株5种,通过生理生化分析和16Sr D-NA全序列分析,初步确定为Pseudomonas sp.(假单胞菌属)、Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌属)、Aci-netobacter junii(琼氏不动杆菌属)、Microbacterium oxydans(微杆菌属)、Pseudomonas aeruginosa(铜绿假单胞菌属)。在摇瓶培养和土壤固体培养条件下的石油烃降解率都远远高出了对照组。同时通过改变初始盐浓度、N源和P源,初步探测了各菌株的最适生长和降解条件,为本土微生物强化的生物修复方法提供了新的菌种资源和信息,对进一步有效实现本土微生物强化具有重要意义。     

复合菌群的构建及其对石油污染土壤修复的研究

从石油污染土壤中富集分离、筛选出3株高效降解石油的微生物菌株,通过生理生化特性研究及16SrRNA基因序列分析,确定3株菌均属于红球菌属(Rhodococcus sp),研究和比较了它们与实验室保存的4株菌(分别属于Gordonia sp,Comamonas sp,Pesudomonas sp)降解石油的能力。这7株菌株对石油的不同组分具有不同的降解能力,对7株菌进行不同的组合用以研究复合菌群对石油的降解。结果表明,由两株Rhodococcus sp,一株Gordonia sp和一株Pesudomonas sp组成的复合菌群D,降解石油的能力超过任何单一菌株和其他组合菌群。混合菌群D在5d的培养中能降解70.3%的石油总量和71.4%的芳香化合物。混合菌群D能降解99.8%的C13-19烷烃,92.6%的C20-26烷烃,82.2%的C27-32烷烃以及90.2%的植烷。在实验室模拟条件下,对土壤中石油的降解率达到50%以上。降解土壤中石油的最适温度为10～30℃、pH值为6.5～9.5,接种量需要在106CFU·g-1以上。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段的克隆与序列分析

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16S rRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791 bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631 bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16S rRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16S rRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析

 【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】 非洲种获得了3 057 bp 序列包括23S rRNA 基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA 基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA 基因、glpK基因和5S rRNA 基因。3个种核糖体基因顺序分别是：亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA 和 tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和 5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK 基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。     

广西北仑河口红树林底泥放线菌多样性及其抑制甘蔗鞭黑粉菌活性分析

[目的]分析广西北仑河口红树林底泥放线菌多样性及其次级代谢产物抑制甘蔗鞭黑粉菌活性,为挖掘放线菌新物种及其新型农用杀菌剂打下基础.[方法]选取6种分离培养基,采用稀释涂布法对广西北仑河口红树林底泥样品进行分离培养,ISP2培养基纯化菌株,基于16S rRNA序列分析样品中放线菌多样性,并以牛津杯法对分离得到的菌株进行抑制甘蔗鞭黑粉菌活性测定.[结果]经排重合并和16S rRNA序列比对分析,从广西北仑河口红树林底泥中共分离得到36株放线菌,隶属于6目9科12属,链霉菌属(Streptomyces)为优势菌属,共有5株菌株的16S rRNA序列与标准菌株的相似性低于98.00%,可能为潜在新物种.抑菌活性测定结果表明,36株放线菌中有22株菌对甘蔗鞭黑粉菌有抑制作用,占所分离放线菌总数的61.11%.[结论]广西北仑河口红树林底泥中蕴藏着丰富的海洋放线菌资源,具有开发成新型农用生防杀菌剂的潜力.