共查询到20条相似文献,搜索用时 15 毫秒
1.
SSR标记是进行植物遗传多样性研究的理想技术。研究应用2007年Bindler等[14]公布的的烟草SSR标记分析了13个云南省烟草主栽品种的遗传多样性。通过对92对分布于烟草24个连锁群的SSR标记引物筛选,发现20对在这些品种之间存在多态性。20个SSR位点上共检测到52个等位基因,平均每对引物等位基因数为2.6个。根据SSR标记多态性计算了不同品种之间的遗传距离(GD),13个品种之间遗传距离介于0.0090~0.4286之间,平均距离为0.2237,说明品种间遗传差异较小。SSR标记技术将在烟草的基因标记定位及分子辅助育种中发挥重要的作用。 相似文献
2.
25个油棕SSR标记的开发及应用这些标记评估油棕资源的遗传多样性 总被引:2,自引:2,他引:0
应用NCBI网站上公布的EST序列,挖掘SSR位点,并根据SSR位点的侧翼序列设计引物,对18份油棕资源的DNA进行了PCR扩增,扩增结果显示,在72对引物的PCR扩增中,25对引物具有多态性特征,并且其杂合度在0.1049和0.6605之间,平均杂合度为0.4702,这暗示了这些标记具有中度的多样性。同时,应用这些有多态性的标记评估了这些油棕资源的遗传多样性和群体结构,分析结构显示:椰子研究所油棕资源圃的遗传多样性最为丰富,此外,聚类分析表明不同位置来源的油棕资源展现了显著的遗传差异。本研究开发的SSR标记将能被应用到油棕的遗传育种研究中。 相似文献
3.
4.
SSR(simple sequence repeat)标记,又称微卫星标记,是建立在PCR基础上的1种新型DNA分子标记,其具有多态性高、重复性好、共显性、检测简单等优点,在果树树种的品种和亲缘关系鉴定等方面得到了广泛应用。目前,多利用已开发的苹果SSR标记引物来进行梨属植物研究。SSR简单易行,是1种高效的鉴定方法。就近年来SSR分子标记在梨的遗传图谱构建、遗传多样性、品种鉴定以及分子辅助育种中的应用进行了概述,旨为相关研究工作提供参考。 相似文献
5.
6.
《河南农业大学学报》2016,(2)
采用多序列比对的方法,从甜瓜EST序列中发现约1 100个SSR差异位点,并随机挑选50个位点设计成SSR引物,对47份遗传背景不同的甜瓜种质进行PCR扩增。结果表明,41对引物可产生清晰的带谱,有效扩增率达82.00%,且均具有多态性。共检测到130个等位基因,平均3.17个。Na、Ne、Ho、He、PIC等参数表明,这些标记具有一定程度的多态性。本研究开发的SSR标记可用于甜瓜的遗传多样性和群体结构分析,基于多序列比对的标记开发方法亦可在基因组信息丰富的物种中应用。 相似文献
7.
IT-ISJ标记及其在陆地棉遗传图谱构建中的应用 总被引:8,自引:0,他引:8
【目的】开发可用于植物遗传多样性分析和遗传图谱构建的新型标记。【方法】根据植物结构基因内含子拼接位点的保守序列,设计扩增内含子的内含子-外显子拼接位点(intron targeted intron-exon splice junction,IT-ISJ)标记引物,并用于陆地棉遗传图谱构建。【结果】利用704个IT-ISJ引物组合,对陆地棉高品质品种渝棉1号和多显性基因标记系T586进行多态性筛选,获得49个多态性引物组合,占筛选引物的7.0%。49个多态性引物组合在(渝棉1号×T586)F2:7重组近交系群体270个系中检测到58个位点。以58个IT-ISJ、150个SSR和8个形态标记进行连锁分析,构建的遗传连锁图包括22个连锁群、113个位点(49个IT-ISJ、62个SSR和2个形态标记)。连锁图覆盖714.5 cM,占棉花基因组的16.1%,标记间平均长度为6.3 cM。【结论】IT-ISJ标记多态性高,可有效地用于陆地棉遗传连锁图谱的构建。 相似文献
8.
9.
披碱草属12个物种遗传多样性的ISSR和SSR比较分析 总被引:46,自引:2,他引:46
为了比较ISSR和SSR标记在披碱草属(Elymus L.)植物研究中的可应用性,用33个ISSR引物和137对小麦SSR引物对该属12个物种进行了分析。筛选出18个ISSR引物和14对小麦SSR引物可用于遗传多样性分析。12个物种的PCR分析表明,18个ISSR引物和14对SSR引物的多态性位点百分率分别为84%和91%,均表现出较高多态性,基于两种标记的种间聚类状况与物种的倍性水平和形态学相似程度存在较高一致性。在12个种间,ISSR的标记指数MI值(10.2)为SSR(4.3)的2.4倍,表明ISSR具有更大的标记效率;但在亲缘关系较近的肥披碱草、圆柱披碱草、麦宾草和披碱草等4个种间,SSR具有更大的标记效率。Mantel检测显示,在12个种间两种标记的遗传相似性显著相关(r= 0.856,t= 6.446),但在4个近亲缘关系种间相关不显著(r= 0.679,t= 1.595)。两种标记的标记效率和相关性在不同亲缘关系水平上的改变,说明不同的标记具有不同的多态性检测范围。 相似文献
10.
11.
RAPD和SSR标记在玉米遗传多样性分析中的应用 总被引:1,自引:0,他引:1
利用RAPD和SSR两种标记方法研究了16个玉米自交系的遗传多样性,并对这两种分子标记系统进行了比较。结果表明,利用15条RAPD引物,检测到了126条有多态性的带。用筛选出的20对SSR引物,检测到69个等位基因。RAPD和SSR分子标记均有很高的多态性,RAPD多态性带比例数86%,SSR位点检测出的平均等位基因数3.4个。RAPD分子标记结果将16个玉米自交系划分为4组,SSR分子标记将其划分为5组。与系谱分析基本一致,两种分子标记划分的结果也相似。研究认为,RAPD、SSR两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。 相似文献
12.
利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性 总被引:5,自引:0,他引:5
[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554~0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。 相似文献
13.
微卫星标记对籼稻品种遗传多样性分析 总被引:1,自引:1,他引:0
从水稻全基因组12条染色体上的439对SSR引物中选取30对,对国内外的12个籼稻品种进行遗传多样性研究。结果显示,试验选取的30对SSR引物中有29对具有多态性,多态性位点百分率为96.7%。这些多态性引物在12个材料中共扩增出137条多态性条带,平均每对SSR引物可检测到2~8个等位基因,平均4.7/位点。等位基因有效数(Ae)变幅为1~5.539,平均为3.47。多样性指数中,香浓多样性指数(I)为0~0.819,平均0.651;而Nei基因多样性指数变幅为0~1.907,平均1.3。Nei遗传距离及系统聚类和带型分析结果表明,利用SSR标记可将12份材料分为2个类群,国内和国外两个群体。说明SSR标记在区分水稻品种的生态型及遗传多样性研究方面具有重要作用,进一步证实了SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型的有效手段 相似文献
14.
[目的]开发雪胆属表达序列标签简单重复序列(SSR)分子标记。[方法]对雪胆属肉花雪胆和母猪雪胆2个种进行转录组测序,检测SSR位点并设计引物,通过PCR扩增和毛细管电泳检验引物的有效性和多态性,并分析种间和种内遗传多样性。[结果]从200对引物中筛选出6对具有高多态性的引物,每对引物检测到的等位基因数5~8个,平均值6.333 3个。有效等位基因(Ne)为2.480 7~4.982 8个,平均值3.760 8个。多态信息含量(PIC)为0.549 5~0.758 3,平均值0.672 9。遗传多样性分析显示,种间和种内居群均存在明显的遗传分化。[结论]该研究开发的EST-SSR引物具有丰富的多态性,为雪胆属植物的遗传多样性研究提供参考依据。 相似文献
15.
16.
17.
小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。 相似文献
18.
【目的】探究蔷薇科植物的SSR引物在云南栘[木衣]中的通用性,以便快速获得在云南栘[木衣]可以通用的SSR标记。【方法】以云南省瑞丽市、梁河县、陇川县和芒市4个天然居群的云南栘[木衣]为试验材料,利用100对李、梨、苹果、枇杷和Malacomeles denticulata等蔷薇科植物的SSR引物对云南栘[木衣]进行PCR扩增,从中筛选出具有多态性的SSR引物,并对云南栘[木衣]进行遗传多样性分析和聚类分析。【结果】在100对蔷薇科植物的SSR引物中有52对SSR引物在云南栘[木衣]中扩增出了目标产物条带,其中有42对SSR引物扩增出多态性条带,多态性引物所占比例为80.77%。4个云南栘[木衣]天然居群的多态位点比例、Shannon’s指数、Nei’s遗传多样性、观测等位基因数和有效等位基因数的均值分别为32.65%,0.191 7,0.131 1,1.326 5和1.232 4,其中瑞丽居群的以上多样性指数依次为40%,0.224 3,0.150 9,1.400 0和1.257 7,明显高于其他居群,表明其具有较高的遗传多样性,可能具有较为丰富的遗传变异。聚类分析结果表明,4个居群的云南栘[木衣]可分为2大类群,其中瑞丽、陇川和芒市居群聚为一类,梁河居群单独聚为一类,分类结果与地理区域分布情况一致。【结论】蔷薇科植物的SSR引物在云南栘[木衣]中具有较好的通用性,这些SSR为后续云南栘[木衣]及其近缘种进行种质资源鉴定和遗传多样性分析等研究提供了可用的标记。 相似文献
19.