16个枸杞品种(系)S-RNase基因型鉴定及序列分析

【目的】以16个枸杞品种(系)为试材,进行S-RNase基因型鉴定。【方法】利用茄科S基因高度保守区序列设计兼并引物,进行PCR扩增,片段回收、克隆及同源性检索和序列分析,同时,通过田间授粉测定自交亲和指数进行验证。【结果】11个品种(系)为自交不亲和材料,5个为自交亲和材料。共克隆9个S-RNase等位基因,分别为S-BARB2、S-BARB3、S-BARB6、S-BARB8、SBARB9、S-CHIN3、S-CHIN6,并发现2个新的S等位基因,分别命名为S-BARB6n,S-PUMI5un。所克隆获得的9个枸杞S-RNase等位基因均包含了C2、C3、C4保守区,和2个高变异区(Hva和HVb)。【结论】枸杞属植物存在S-RNase等位基因,其基因序列与茄科植物具有一定相似性,枸杞S-RNase基因是控制枸杞自交不亲和性的关键基因。     

9个欧洲李品种自交不亲和S-RNase 基因的克隆及序列分析

【目的】鉴定9个欧洲李品种自交不亲和S-RNase基因型，为提高生产效率和高效育种提供理论依据。【方法】利用2对蔷薇科通用引物对9个欧洲李品种的叶片基因组DNA进行特异性PCR扩增，片段回收，将克隆测序的结果在GenBank数据库中进行同源性比对并分析序列。【结果】9个欧洲李品种均扩增出2条带，鉴定出9个样品中的8个欧洲李品种的S基因型，其中理查德早生和斯泰勒的S基因型相同为S1S9,法兰西和Silvia的S基因型相同为S1S5,乌孜干1号、总统、Decbrowice和女神的S基因型分别为S1S11、S6SSJ、S1SSJ、SSAS11,塔城酸梅仅鉴定出具有一条S1-RNase等位基因，未能确定出其S基因型。基因频率分析发现S1-RNase基因出现频率最高，S6-RNase和SSA-RNase基因频率最低。欧洲李SSA、S6、S9、SSJ和S5亲缘关系较近，参试李亚科树种的S-RNase基因不能单独聚成一个亚类，而是彼此交错分布在李亚科各个分支中。【结论】欧洲李的S基因型是由2种不同的S等位基因组成，鉴定的9个样品中，有8个欧洲李品种得到完整的S基因型，其中S1-RNase基因出现频率...     

'桐乡槜李'及4个授粉品种的S基因型分析

利用李属S基因特异性引物,对‘桐乡榜李'及目前桐乡生产中应用的4个授粉品种进行PCR扩增,在‘槜李'中获得500bp与300bp左右两个目的条带,授粉品种中只扩增出300bp左右的一个条带.目的条带的序列比对结果表明,500 bp与300bp左右条带的DNA序列分别与S-h和S-7达到100%的同源性.田间授粉试验表明,4个授粉品种分别与‘槜李'杂交及‘槜李'自交的坐果率无显著差异.     

中国樱桃S-RNase基因特异PCR扩增技术体系的研究

利用已报道的李属S-RNase基因特异PCR的2对引物,分别对中国樱桃的5个品种进行了S-RNase基因的PCR扩增。用2对引物先优化PCR体系,然后比较扩增效果。结果表明:2对引物对中国樱桃品种的扩增效果不同。其中,引物EM-PC2consFD+EM-PC3consRD扩增效果最好;其次为PaConsⅠ-F+PaConsⅡ-R引物。因此,EM-PC2consFD+EM-PC3consRD及相应的PCR体系适于中国樱桃S-RNase基因的PCR扩增。本结果建立了中国樱桃S-RNase基因扩增的技术体系,为探讨中国樱桃自交亲和分子基础奠定了技术基础。     

新疆桃花柱S-RNase和花粉SFB基因的克隆与分析

为探索新疆桃自交亲和的原因及其与普通桃的分类关系,以4个新疆桃(Prunus ferganensis Kost.et Riab)品种为试材,分别在花柱S-RNase和花粉SFB基因保守区设计引物,在DNA中鉴定其S基因型,并通过全长引物分别克隆4个品种中的S-RNase和SFB全长基因。测序后经分析确定S基因型分别是:‘和田黄肉’S2S2m,‘喀什1号’S1S2,‘喀什4号’S2S2,‘黄李光’S1S2。DNAMAN软件比对结果表明:S2m-RNase的第602个碱基鸟嘌呤G变成了腺嘌呤A,导致半胱氨酸变成了酪氨酸;SFB1m在第978个碱基后插入155bp的片段,导致蛋白质翻译提前终止;SFB2m基因由于在第492个碱基处有5bp的片段插入,使翻译在525bp处终止。RT-PCR组织特异性分析发现新疆桃4个品种的S-RNase均具有花柱组织特异性表达,SFB均具有花粉组织特异性表达;酵母双杂交试验显示突变的SFB1m和SFB2m能分别与S1-RNase、S2-RNase和S2m-RNase相互作用。以上结果表明新疆桃的S基因与桃其他栽培品种一致,自交亲和性可能与S基因的突变相关,且S基因的突变类型与目前鉴定出的普通桃(Prunus persica L.)突变类型一致,该研究进一步说明新疆桃与普通桃的进化关系较近。     

新疆杏品种自交不亲和S-RNase基因特异PCR扩增引物的筛选

[目的]筛选鉴定新疆杏自交不亲和相关S-RNase基因的有效引物.[方法]以新疆30个杏品种为试材,选用已报道的蔷薇科李属通用的5对引物组合进行S-RNase基因特异PCR扩增,并依据扩增系数和扩增成功率两个指标对扩增效果进行评价.[结果](1)5对引物组合对30个杏品种均扩出了条带,除了洛浦2号只扩出1条带之外,其余的29个品种都扩增出了两条带;(2)5对引物组合对新疆主栽杏的扩增效果差异较大,其中EM-PC2consFD+EM-PC3consRD的扩增成功率和扩增系数均为最高(86.67;, 95.00;),扩增出两条带的品种有25个;其次,引物组合PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R的扩增成功率达66.67;,扩增系数达83.33;,扩出两条带的品种有20个.[结论]5对引物中EM-PC2consFD+EM-PC3consRD对新疆杏品种S-RNase基因的鉴定效果最好.     

3种检测番茄抗根结线虫Mi基因分子标记法的比较

[目的]Mi基因是目前番茄遗传育种及生产实践中应用最为广泛的根结线虫抗源,通过对3种分子标记法检测番茄中Mi基因的结果进行比较与分析,以期为番茄抗根结线虫遗传育种提供准确、高效的分子鉴定方法。[方法]采用酶切扩增多态性序列(CAPS)、引物对组合以及序列特征扩增区(SCAR)3种分子标记法分别检测16个番茄品种的Mi基因及其基因型,同时采用人工接种法测定番茄品种对南方根结线虫的抗、感性。[结果]针对上述品种,3种分子标记法的检测结果存在着明显的差异,CAPS法检测全部供试番茄均含Mi基因,除‘线虫绝39号’外均为Mi/Mi纯合基因型;而PM3Fb/PM3Rb、PMi F3/PMiR3引物对组合检测和SCAR标记Mi23F/Mi23R检测的结果均显示有9个品种含Mi基因,前者检测表明‘VFN’‘双抗265’和‘双抗228’为Mi/Mi纯合基因型,但后者检测则显示仅‘VFN’和‘线虫绝39号’为Mi/Mi纯合基因型。接种测定结果显示:‘VFN’和‘线虫绝3号’为南方根结线虫免疫品种,‘双抗228’‘仙客1号’‘Sparta’和‘线虫绝39号’为高抗品种,‘双抗265’和‘牟番1号’为抗病品种,其余均为感病品种。[结论]CAPS法容易产生假阳性,不适用于番茄Mi基因的检测,而PM3Fb/PM3Rb、PMi F3/PMiR3的引物对组合和SCAR标记Mi23F/Mi23R这2种方法能够相对准确地检测番茄Mi基因,其中SCAR标记经单次PCR反应即可直接鉴定Mi基因的有无及其基因型,应用更为便捷。     

君子兰八氢番茄红素合成酶基因的克隆与序列分析

根据GenBank上登陆的黄水仙八氢番茄红素合成酶基因(登录号:X78814.1)设计特异引物,通过PCR扩增从君子兰cDNA中克隆出一个1.4 kb的片段。序列分析表明,这个序列全长1 395 bp,包含一个1 272 bp的开放阅读框,并且编码423个氨基酸。与水仙(DQ984674)、文心兰(FJ859988)和茶花(EF545005)相比,此cDNA序列显示出98%~76%的同源性,并且与水仙、猕猴桃、番茄和柿相比,其氨基酸序列显示出达到了99%~80%的同源性。由此可知,研究所克隆的序列为君子兰的PSY全长基因,该PSY基因已登陆GenBank(登录号:JF499694)。     

南疆扁桃品种自交不亲和S-Rnase基因型鉴定

[目的]鉴定南疆扁桃品种自交不亲和S-RNase基因型,可为科学合理地配置授粉品种提供依据,有效提高南疆扁桃的产量.[方法]以南疆10个扁桃品种的叶片为试材,利用蔷薇科通用引物PaConsⅡ-F+PaConsⅡ-R、EM - PC2consFD+ EM - PC3consRD对叶片基因组DNA进行S-RNase特异性扩增,将克隆测序结果在GenBank上进行同源性比对.[结果]显示10个扁桃品种均获得2条带,共20条带,包含16种不同的S基因核苷酸序列,其中4个为GenBank上登录的已知S -RNase基因序列,分别为S1(1 370 bp)、S12(2 479bp)、S14(740bp)、S52(1 626bp),12个为新的S-RNase基因序列,暂时分别命名为SA(780bp)、SB(530bp)、SC(1261 bp)、SD(432 bp)、SE(1266bp)、5F(270 bp)、SG(1263 bp)、SH(272 bp)、SI(690 bp)、SJ(1 523bp)、SK(755bp)、SL(1 486bp).[结论]鉴定出10个品种的S- RNase基因型.     

中国砂梨7个自交不亲和新基因的分离与测序

S-RNase是配子体自交不亲和植物雌蕊的基因产物，它降解具有相同基因型的花粉mRNA或rRNA．导致植物的自交不亲和．借鉴日本梨S—RNase基因的分析方法．对中国砂梨5个品种的基因组DNA进行PCR—RFLP系统检测和DNA序列分析，从中发现了7个新的S—RNase等位基因，分别命名为S11-RNase、S12-RNase、S13-RNase、S14-RNase、S-15RNase、S16-RNase和S25-RNase基因，其部分序列已登录到GenBank．     

杏RAPD两种凝胶电泳指纹特点及PCR扩增片段的序列分析

为更好地将RAPD技术应用于杏品种资源鉴定及遗传基础的研究,文章首次在选用11碱基长度引物的优化技术体系基础上,分别使用两种凝胶对16个杏品种RAPD的PCR扩增产物进行电泳检测与DNA指纹比较。结果表明,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测出的谱带总数量以及多态性谱带的数量均高于琼脂糖凝胶,前者不存在或很少存在共迁移性的现象。根据两种电泳系统获得的标记信息对16个杏品种的遗传关系的分析发现,两者聚类结果存在一定差异。以此,提出了科学利用两种电泳的RAPD标记技术的策略。对随机挑选的24个片段进行克隆与测序,结果发现24个片段都是对应引物的RAPD扩增产物。在不同的11条序列中有3条是编码蛋白的基因片段,说明了RAPD不仅扩增基因组上的非编码蛋白序列,同时可以扩增编码蛋白的基因片段,能够较全面客观地反映不同杏品种间遗传上的差异。     

基于序列分析的13个中国梨品种S基因型鉴定(英文)

    为鉴定中国梨S-RNase基因及其S基因型,根据日本梨S-RNase基因保守区设计引物,对13个中国梨品种进行基因组PCR特异扩增,并对PCR产物克隆、测序、序列分析.结果鉴定出13个S等位基因,其中11个S基因与GenBank中已知的S1, S7, S12, S15, S16, S18, S19, S22, S27, S29, S34-RNases相同,另外2个则为新的S-RNase基因,命名为S37-RNase和S38-RNase,GenBank接受号分别为DQ839238、DQ839239.13个S等位基因中,在推导氨基酸水平上,S18与S27相似性最低,为58%,S7与S27,S12与S19,S15与S37及S15与S38间相似性最高,为94%.经分析,S19为中国梨中出现频率最高的等位基因,对其DNA序列进行限制性酶切位点分析,建立了一种快速、经济鉴定S19的方法,该方法无需测序而仅使用特异的限制性内切酶AflⅡ对PCR产物进行酶切消化.根据分子鉴定结果,13个中国梨品种S基因型被确定为:'冰糖'(S16S19), '六棱' (S16S19), '锦香'(S34S37), '鹅酥' (S15S38), '蜜梨'(S19S29), '甜橙子'(S7S12), '大青皮'(S19S34), '秋白' (S19S34), '紫酥' (S19S34), '花长把'(S19S22), '灌阳雪梨'(S18S27), '早蜜'(S19S29),'青面'(S1S18).     

7种植物花瓣ACO基因的克隆与分析

为获得通用的适用于植物花瓣ACO基因克隆与检测的引物,根据Genbank中收录的双子叶木本植物的ACO基因序列,设计1对简并引物,并用其对随机选择的7种植物(紫罗兰、多头菊、冬樱、迎春、云南杜鹃、垂丝海棠、山茶)的花瓣的RNA进行PCR扩增。结果发现：从7种植物花瓣中都能扩增出约800 bp的特异片段,登录Genbank发现均未被注册,将序列提交Genbank数据库,获得7种植物花瓣ACO基因的登录号(JX503067、JX503068、JX503069、JX503070、KC112390、KC112392、KC112393);在NCBI上进行blast比对,发现所克隆的7个ACO基因均与其他植物的ACO基因有一定的序列相似性,其中冬樱ACO基因与千叶桃花ACO基因同源性最高,为98%,迎春ACO基因与中华猕猴桃ACO6基因的同源性最低,为88%,将7个ACO基因的片段进行多序列比较分析,发现两两之间序列平均相似性为77%。     

桃PGIP基因及cDNA的克隆及序列分析

通过PCR扩增了桃的PGIP基因及eDNA序列,并进行了序列之间的比对及分析。结果表明,桃的PGIP基因全长1092bp,而其cDNA序列只有1045bp,PGIP基因中含有一段长147bp的内含子,且内含子符合GT-AG规律。这与其他核果类植物的PGIP基因构成基本相同。其基因序列与GenBank中已登录的3个桃以及其他核果的序列比对,其同源性达92％～99％;与苹果、梨和大桉的同源性分别为85％、84％和8．4％。     

油菜脂肪酸延长酶基因fae1片段的克隆与SNP分析

 脂肪酸延长酶基因fae1是调控油菜芥酸合成的关键基因。本研究利用GenBank中的fae1基因序列AF490462为模板设计引物，通过多聚酶链式反应（PCR）从白菜、甘蓝和甘蓝型油菜（包括2个人工合成种）的12个不同品种中扩增出长1 007bp的fae1基因片段。PCR产物经与克隆载体pGEM-T vector连接和序列测定，获得12个品种的fae1基因片段的DNA 序列。对来自12个不同品种的fae1基因序列进行比较分析表明：fae1基因具有高度序列保守性，扩增长度均为1 007 bp，核苷酸序列相似度达98%以上，氨基酸序列的保守性更高。在1007 bp的区间内共发现23个SNP(single nucleotide polymorphism)位点，其中有11个单核苷酸变异导致了编码氨基酸的改变。人工甘蓝型油菜和天然甘蓝型油菜的fae1基因片段未发现明显差异。发现了高芥酸品种与低芥酸品种的fae1基因、以及A基因组与C基因组的fae1基因特有SNP位点。     

苹果‘国光’花柱中与S-RNase互作的钙调素结合蛋白研究

通过酵母双杂交的方法寻找苹果‘国光’花柱中与S-RNase互作的非S因子。以苹果‘国光’花柱为试材,构建了酵母cDNA文库,检测插入片段大小在300～2 000bp之间,符合库容要求。将S1-RNase成熟区cDNA序列S1-mat构建到pGBKT7载体上作为诱饵,筛选‘国光’花柱酵母cDNA文库。经文库筛选,获得一个大小为371bp的片段,与苹果全基因组序列比对后发现,该片段位于第9号染色体,其全长序列为552bp。NCBI BLAST比对及蛋白结构域分析显示其与拟南芥钙调素结合蛋白的同源性最高,且具有钙调素结合蛋白特有的磷酸二酯酶结构域。同时,酵母互作实验显示其与‘国光’花柱钙调素(CaM)有强烈互作,故认为此基因是苹果钙调素结合蛋白基因,命名为MdCaMBP。半定量RT-PCR结果显示其在‘国光’叶片及花的各组织中均有表达,与苹果花柱S1-、S2-、S9-RNase成熟多肽区均有互作且作用强烈。推测MdCaMBP可能作为一种S-RNase辅助因子参与了自交不亲和反应。     

甘蓝花叶病病毒种类鉴定及BrYV遗传变异分析

为了明确引起甘蓝花叶病的病毒种类，利用小干扰RNA（small interfering RNA，siRNA）高通量测序技术，并结合分子生物学方法查找甘蓝样品中的病毒序列，发现存在芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus，TuMV）、黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus，CMV）、蚕豆萎蔫病毒2（broad bean wilt virus2，BBWV2）、烟草花叶病毒（tobacco mosaic virus，TMV）和芸薹黄化病毒（brassica yellows virus，BrYV）等5种病毒。采用RT-PCR技术进行验证，结果显示样品检测到BrYV、TuMV和CMV共3种病毒。对获得的BrYV外壳蛋白基因（coat protein，cp）进行测序和系统进化分析，获得1条576 bp的BrYV cp基因全长序列，与GenBank中BrYV分离物cp基因核苷酸序列同源率为88.0%~96.4%，氨基酸序列同源率为90.1%~95.8%。基于cp基因序列构建系统发育树，BrYV-GL为BrYV-C基因型，与中国内蒙古油菜BrYV（GenBank登录号EF079907）分离物cp基因序列聚集在一起，亲缘关系较近。BrYV cp基因共检测到4个潜在重组事件，可为后续甘蓝花叶病的研究和防治提供参考。