辣椒种间（Capsicum annuum × C. frutescens）遗传图谱的构建与分析

 以一年生辣椒（Capsicum annuum）B9431 为母本（P1）,中国野生灌木辣椒（C. frutescens） H108 为父本（P2）进行种间杂交,得到包含180 个单株的F2 作图群体,利用SRAP、SSR、ISSR 标记和 形态标记构建辣椒遗传图谱。该图谱共包含14 个连锁群,涉及264 个SRAP 标记、32 个SSR 标记和2 个ISSR 标记,控制软肉落果性状的S 基因定位于LG8。图谱总长1 023.45 cM,标记间平均图距3.42 cM。 每个连锁群的标记数在2 ~ 44 个之间,连锁群的长度在13.84 ~ 129.93 cM 范围内,平均图距在2.38 ~ 12.90 cM 之间。以SSR 标记为锚定标记,将该图谱与Minamiyama 等构建的图谱进行了初步对应。     

利用中国香瓜与哈密瓜的F2 群体构建SRAP连锁遗传图谱

 以中国甜瓜地方品种自交系4G21 (香瓜) 和3A832 (哈密瓜) 杂交产生的114个F2单株为材料, 利用29对SRAP引物构建甜瓜分子遗传图谱, 共产生187个多态性位点, 其中152个位点组成12个连锁群, 该图谱覆盖基因组长度2 077.1 cM, 平均图距13.67 cM。每个连锁群的标记数6～32个, 平均图距9.72～19.19 cM, 连锁群长度85.3～469.1 cM。     

利用大白菜DH群体构建AFLP遗传连锁图谱

 以大白菜‘汴早- 26’和‘光90E16’的F₁ 代进行游离小孢子培养所获得的含有59个株系的DH群体为试材, 利用AFLP技术通过63对引物筛选共获得346个AFLP多态性标记, 运用JoinMap 3.0软件构建大白菜遗传连锁图谱。该图谱主要包括10个连锁群, 总图距为708 cM, 平均图距为2.0 cM。     

辣椒分子连锁遗传图谱的构建及抗疫病QTL定位

以抗疫病材料perennial和感疫病材料83-60杂交得到的F2群体144个单株为试材,利用AFLP、RAPD、SSR等分子标记,采用JoinMap3.0构建辣椒分子连锁遗传图谱,该图谱包括12个连锁群,70个标记位点,其中AFLP标记54个,RAPD标记15个,SSR标记1个,覆盖长度为429.02cM,平均图距为6.13cM,连锁群长度在4.30～85.85cM之间。对F2群体进行辣椒疫病的室内人工接种,利用Windows QTL Cartographer2.0软件进行QTL分析,在第4连锁群上检测到两个QTL,解释表型差异的贡献率分别为9.5%和16.4%。     

利用SSR标记技术构建黄瓜遗传连锁图谱

利用抗黄瓜花叶病毒病(CMV)的黄瓜材料F-3和感CMV的黄瓜材料HZL04-1为亲本,构建包含190个F2后代的遗传作图群体。结果表明:采用SSR、EST-SSR和SCAR 3种分子标记技术对该群体进行遗传连锁分析,获得1个包含170个SSR标记,6个EST-SSR标记,3个SCAR标记的黄瓜遗传连锁图谱,该图谱涉及7个连锁群,总长度为862.886 cM,平均图距为4.79 cM。该图谱的构建为黄瓜抗CMV的QTL定位奠定了基础,并确定了连锁群与染色体之间的对应关系。     

二倍体马铃薯分子连锁图谱的构建

利用二倍体马铃薯亲本08675-21与09901-01及其125份杂交一代无性系进行AFLP分析, 按亲本来源构建与24条染色体对应的AFLP分子连锁图谱, 母本图谱含有75个标记, 覆盖基因组全长512cM, 平均图距为6.83 cM; 父本图谱含有95个标记, 覆盖基因组全长578 cM, 平均图距为6.08 cM。     

梨遗传连锁图谱的构建及部分果实性状QTL的定位

利用八月红梨和砀山酥梨杂交得到的F1代实生苗为作图群体,应用Joinmap3.0作图软件,构建了一张包含61个苹果EST-SSR标记、68个苹果SSR标记、49个梨SSR标记、1个RAPD标记和3个质量性状标记,共182个标记并分属于19个连锁群的梨遗传连锁图谱,图谱总长度为982cM,标记间平均图距5.4cM。控制果皮红色的基因RFS位于LG3连锁群上,与最近的分子标记MES93-264p的遗传距离分别为9cM。控制果锈存在的基因FR、控制萼片脱落性状的基因AS分别位于LG16连锁群和LG12连锁群上。采用区间作图法,检测到与果实可溶性固形物含量、单果质量、横径和纵径等性状连锁的QTL位点21个(LOD≥2.5),其中主效QTL位点6个(LOD≥3.5),与果实性状相关QTL位点多集中在LG7和LG11连锁群上。     

桃分子连锁图的构建与分析

 以‘大久保’与‘兴津油桃’杂交的F2代109 株群体为试材, 采用AFLP、RAPD、SSR 分子标记进行遗传分析。筛选扩增稳定、多态性丰富的36 对AFL P 引物、3 对SSR 引物、2 对RAPD 引物进行群体分离分析, 获得分离标记136 个, 卡方检验27 个标记偏离孟德尔分离比例。应用Mapmaker 分析软件将符合孟德尔遗传分离比例的标记构建了包含11 个连锁群的连锁图谱, 每个连锁群包含3～21 个标记, 平均为8.73 个标记。该图谱覆盖基因组1061.8 cM , 11 个连锁群的平均长度为96.5 cM , 标记间平均图距为11.0 cM , 与果实毛/ 油桃( G/ g) 、白/ 黄肉( Y/ y) 连锁的RAPD 标记、非酸/ 酸(D/ d) 性状连锁的AFLP标记分别定位在第3 、7 、9 连锁群上。     

大白菜SSR锚定标记分子遗传图谱的构建

为了将已有的大白菜分子遗传图谱和国际上A基因组参考图谱对应起来,利用国际上发表的大白菜和甘蓝型油菜A基因组特异SSR标记作为锚定标记,以100个DH株系组成的群体为作图群体进行了分子遗传图谱的构建研究。利用双亲和F1对230个SSR标记和8个STS标记进行了筛选,共获得67个多态性分子标记。在此基础上整合了已有的263个AFLP标记、150个RAPD标记、17个SSR标记、3个SCAR标记、14个同工酶标记和1个形态标记,最终构建了一张由10个连锁群组成,包含了497个标记的大白菜高密度分子遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 086.7 cM,标记间平均图距2.19 cM。此图谱上包含了已在A基因组参考图谱上定位的34个SSR标记和2个STS标记,分布于10个连锁群上,由此可将该图谱按A基因组参考图谱的连锁群进行命名,即A1~A10,并与10条染色体对应起来,A1~A10分别对应3、6、2、8、5、4、7、9、1、10号染色体。     

甘肃桃抗南方根结线虫性状的SRAP标记

以桃野生近缘种红根甘肃桃（Prunus kansuensis）与贝蕾[P. persica（L.）Batsch.]杂交的BC1代190株后代为试材,采用SRAP分子标记进行遗传分析。通过筛选在亲本中扩增稳定且多态性丰富的53对SRAP引物进行后代分析,获得来自红根甘肃桃且符合1︰1分离比例的标记115个。应用Mapmaker/Exp 3.0分析软件构建了红根甘肃桃的SRAP分子连锁图谱。该图谱共8个连锁群,包含103个标记,其中102个SRAP标记、1个抗南方根结线虫（Meloidogyne incognita）标记,总图距994.2 cM,每个连锁群的平均长度为124.3 cM,标记间平均图距为9.6 cM。抗南方根结线虫标记Mi-redkansu位于第5连锁群,并获得与其紧密连锁的SRAP标记,其遗传距离为2.1 cM。以36株F2代群体作为验证,检验标记的准确性为91.7%。     

应用RAPD、SRAP及AFLP标记构建荔枝高密度复合遗传图谱

以荔枝（Litchi chinensis Sonn.）特迟熟品种‘马贵荔’为母本,特早熟品种‘焦核三月红’为父本,杂交获得F1群体,利用该群体的76个单株为作图群体,连同两个亲本,进行了RAPD、SRAP和AFLP分子标记分析,并运用Joinmap3.0进行连锁分析,分别构建了‘马贵荔’和‘焦核三月红’的分子遗传图谱,其中‘马贵荔’的遗传图谱为20个连锁群,包含238个标记位点,覆盖总图距1 096.59 cM,位点间平均遗传距离为4.61 cM;焦核三月红的遗传图谱为19个连锁群,包含239个标记位点,覆盖总图距881.36 cM,位点间平均遗传距离为3.69 cM。     

西瓜遗传图谱构建及其强雌性状定位研究

以雌花率稳定在80%以上的强雌性品系BG1(Citrullus lanatus var.lanatus)和普通花性型非洲野生西瓜900134(C.lanatus var.citroides)为亲本杂交自交获得F2群体,通过AFLP、RAPD及SSR技术对该群体进行扩增,建立了一个包括4个RAPD标记、140个AFLP标记、6个SSR标记和1个强雌性位点(subgy)的遗传图谱。该图谱包含17个连锁群,覆盖基因组1073.1cM,标记间平均图距为7.2cM。subgy定位在第5连锁群中,与s1454-1100、GT-CTA270两个标记连锁,距离分别为5.8cM和14.3cM。将特异条带s1454-1100回收、克隆、测序,设计特异SCAR引物,再对F2单株基因组DNA扩增,只在大部分的纯合强雌性单株和杂合普通花性型单株中扩增出一条375bp的特异带,以JoinMap3.0软件分析,该标记与与强雌性状位点的连锁距离为6.1cM,连锁较为紧密,表明已成功地将与西瓜强雌性连锁的标记转化为操作简便、表现稳定的SCAR标记,命名为SR375。     

SSR与AFLP标记在甜瓜连锁图谱上的分布

利用3-2-2×TopMark杂交组合,得到152株重组自交系群体,构建甜瓜分子遗传图谱。该图谱包括71个SSR标记和94个AFLP标记,由17个连锁群构成,覆盖基因组总长度1 222.9 cM,标记之间平均距离为7.41 cM。筛选了428对SSR分子标记（其中360对为EST-SSR引物,68对为g-SSR引物）,得到94对具有多态性的SSR标记,其片段大小在150～300 bp之间,多态性比例占21.29 %;筛选了256对EcorI/MseI AFLP引物组合,得到22对AFLP多态性引物,共含有146个AFLP多态性位点,其片段大小在100～600 bp之间。SSR标记较平均的分布在染色体上,AFLP标记在LG1、LG12及LG14上出现聚集现象。     

利用芥蓝×青花菜DH群体构建AFLP连锁图谱

 利用青花菜(Brassica oleracea var. italica) 与芥蓝(Brassica oleracea var. alboglabra) 杂交后代双单倍体(DH) 群体为材料, 通过AFLP技术构建了一个甘蓝类作物较高密度的遗传连锁图谱。该图谱包括9个主要连锁群及2个小连锁群, 总图距801.5 cM, 含337个AFLP标记, 标记间平均距离为3.6 cM,为甘蓝类作物基因定位、比较基因组学及重要经济性状QTL分析提供了一个框架图谱。     

利用多种分子标记构建龙眼高密度分子遗传图谱

 以龙眼特优质品种‘凤梨朵’为母本, 大果型主栽品种‘大乌圆’为父本, 杂交创建了‘凤梨朵’ ב大乌圆’F₁群体。从该杂种群体中随机选用94个单株作为作图群体, 连同两个亲本品种, 进行了RAPD、ISSR、SRAP和AFLP分子标记分析, 并运用JoinMap3.0进行连锁分析, 分别构建了‘凤梨朵’和‘大乌圆’的分子遗传图谱, 其中, ‘凤梨朵’的遗传图谱为21个连锁群, 包含183个标记位点,覆盖总图距965.1 cM, 位点间平均遗传距离为5.84 cM; ‘大乌圆’的遗传图谱为22个连锁群, 包含251个标记位点, 覆盖总图距1 064.8 cM, 位点间平均遗传距离为4.65 cM。这是龙眼上首次报道的高密度分子遗传图谱, 为后续的基因定位及辅助选择奠定了良好的基础。     

茄子果形的QTL 定位

 以圆茄高代自交系106和长茄高代自交系113为亲本,利用其F₂群体构建了一张包括23个SSR标记和85个AFLP标记,共15个连锁群的复合遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 007.9 cM,平均图距9.3 cM,长度和密度符合定位标准。采用MapQTL4.0软件并结合MQM作图法对果形QTL进行定位分析,定位到与果形指数相关的两个QTL,位于第1和第12连锁群上,表型贡献率分别为20.8%和41.5%;与果长相关的5个QTL,位于第1、8、11、12、14连锁群上,表型贡献率分别为16.5%、36.8%、9.8%、45.0%和41.9%;与果径相关的两个QTL,位于第1和第5连锁群上,表型贡献率分别为16.2%和15.8%。果形指数、果长和果径QTL同时定位在第1连锁群上,且与AFLP标记M23E21B距离3.5 cM,表明果形性状与该标记紧密连锁。