基于rDNA-ITS的中国外来香蕉穿孔线虫种群的系统发育分析

为揭示传入中国的香蕉穿孔线虫群体间的遗传差异,分析其亲缘和进化关系,明确中国香蕉穿孔线虫的来源和传入途径,分别扩增了多雌繁殖群体和相应种群的单雌繁殖群体后代rDNA-ITS,对扩增产物进行测序,通过序列比对分析其遗传变异,并构建系统发育树研究其亲缘和进化关系。结果表明:供试香蕉穿孔线虫20个种群的rDNA-ITS序列大小为705~713bp,序列同源性比较高,相似性在95%以上,序列变异率为0~7.5%;各群体ITS1和ITS2序列大小分别为273~276bp和151~152bp,各种群间的序列相似性分别达到98.58%和98.35%以上;单雌繁殖群体与相应的多雌繁殖群体的序列相似性非常高,有8个种群的2个繁殖群体序列相似性达到100%,其他种群的2个繁殖群体序列相似性达97%以上;基于ITS序列构建穿孔属线虫的系统发育树说明,所有香蕉穿孔线虫聚在一个大枝,分成4小分枝,其中寄主为红掌的RsW种群单独聚为一枝,遗传距离较远,寄主为绿宝石的RsH遗传距离相对其他种群也较远,寄主分别为天鹅绒竹芋和孔雀竹芋的RsP和RsS种群的遗传距离则相对较近,这说明传入中国的香蕉穿孔线虫种群可能直接来源是欧洲的竹芋科和天南星科观赏植物,而前者的最初来源可能是苏丹的香蕉,后者的最初地理来源较复杂。     

柑橘半穿刺线虫防治试验

[目的]筛选低毒高效的杀线剂,为半穿刺线虫的防治提供科学依据.[方法]进行10%噻唑膦颗粒剂、2.5亿个孢子/g厚孢轮枝菌微粒剂、0.5%阿维菌素颗粒剂、24.5%阿维菌素乳油、10%丙线磷颗粒剂、2亿/g盐生菌及2亿/g盐生菌+0.5%阿维菌素颗粒剂对柑橘半穿刺线虫田间防治效果试验,药后30 d统计不同药剂对柑橘半穿刺线虫的防治效果.[结果]供试的6种药剂对半穿刺线虫均有较好的防效,对土壤中和根上线虫的防效均在50%以上,其中10%噻唑膦颗粒剂的防效最好,对土壤中和根上线虫的防效达80%以上;其次为24.5%阿维菌素乳油和2.5亿个孢子/g厚孢轮枝菌微粒剂,两种药剂对土壤中和根上线虫的防效为70%~75%.[结论]10%噻唑膦颗粒剂、2.5亿个孢子/g厚孢轮枝菌微粒剂和24.5%阿维菌素乳油对柑橘半穿刺线虫有较好的防治效果,且对柑橘生长无不良影响,可作为柑橘半穿刺线虫的防治药剂在柑橘生产上推广应用.     

小麦孢囊线虫江苏群体的形态学与分子特征鉴定

【目的】明确小麦禾谷类作物孢囊线虫（cereal cyst nematodes,CCN）江苏群体的种类组成及群体间遗传变异情况,为抗病品种的选育、利用以及病害综合防治提供依据。【方法】对江苏省的13个代表性CCN群体进行孢囊、阴门锥和2龄幼虫的形态观察和形态测计并与相似种进行比较;PCR扩增上述群体的rDNA-ITS区并克隆测序,构建基于ITS序列的系统发育进化树。【结果】通过形态观察和形态测计值的比较,所测定的江苏群体均与已报道的禾谷孢囊线虫（Heterodera avenae）中国群体的测计值相接近;系统进化关系分析显示CCN江苏群体、国内其它地区以及国外禾谷孢囊线虫群体均处于同一大的进化分子簇,且国内和国外群体分别处于不同的进化分支。【结论】所测定的13个江苏省CCN代表性群体均为禾谷孢囊线虫,各群体间形态及ITS序列变异较小,江苏省目前尚未发现菲利普孢囊线虫（H. filipjevi）。     

柑橘慢衰病诊断及其病原鉴定

柑橘慢衰病在福建为首次报道,病原经鉴定为半穿刺线虫(TylenchulussemipenetransCobb,1913).本文对病害症状和病原线虫形态进行了描述,提出了病害防治措施.     

腐烂茎线虫不同地理种群ITS区序列比对及系统发育

为弄清我国腐烂茎线虫(Ditylenchus destructor)不同地理种群ITS(Internal transcribed spacer)区之间的碱基差异及系统发育关系,本研究通过网络软件Clustalw1.83对腐烂茎线虫的核糖体ITS区核酸序列进行了比对,结果发现腐烂茎线虫的8个种群中,DEll、DEly、DEAY987007三个种群(I组)内部之间的碱基差异在1%以内,其它的5个种群(II组)之间的差异为0～1%,而I组与II组种群之间的差异达到了15%(根据ITS1+5.8s+ITS2序列)或20%(根据ITS1+ITS2序列)。这说明我国腐烂茎线虫很可能是1个复合种。根据ITS区核酸序列构建的系统发育图同样显示,我国腐烂茎线虫的7个地理种群明显分为2个分支A和B。     

基于psbA-trnH和rDNA ITS序列的不同地理居群巴戟天聚类分析

[目的]基于psbA-trnH和rDNA ITS序列进行不同地理居群巴戟天聚类分析,探讨不同地理居群巴戟天遗传变异与地理分布之间的相关性,为其道地性研究提供理论参考.[方法]以13个来自广东、广西和福建的不同地理居群巴戟天为研究对象,采用改良CTAB法提取其新鲜叶片DNA,以其为模板分别扩增psbA-trnH和rDNA ITS序列.采用ClustalX 1.81进行多重对位排列,应用MEGA 6.06中K2P(Kimura 2-parameter)模型计算遗传距离,并运用邻近法构建系统发育进化树.[结果]不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列长度为306 bp,GC含量为27.2%,保守率83.33%,变异率16.67%,简约信息率26.14%;不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列长度为571 bp,GC含量为64.1%,保守率91.42%,变异率8.58%,简约信息率14.19%.不同地理居群巴戟天的psbA-trnH序列遗传距离为0~0.128,其中广东省的5个样品间遗传距离整体较小;福建省的4个样品与广西和广东的样品间遗传距离整体较大.不同地理居群巴戟天的rDNA ITS序列遗传距离为0~0.102,其中福建省的永定2号与其他样品遗传距离均较大.基于psbA-trnH和rDNA ITS序列构建的系统发育进化树均将广东省的5个巴戟天样品聚为一支,但rDNA ITS序列构建的系统发育进化树还将广西区的4个巴戟天样品聚为一支,说明其可较好地区分广东省和广西区不同地理居群的巴戟天.[结论]巴戟天遗传结构与地理分布存在一定的相关性,深入研究巴戟天遗传变异与地理分布间的相关性时应以rDNA ITS序列为主、psbA-trnH序列为辅.     

绵羊夏柏特线虫线粒体cox1基因的克隆及进化分析

以从我国陕西省泾阳县山羊大肠中采集的5条绵羊夏柏特线虫为研究对象,用通用引物JB3及JB4.5扩增绵羊夏柏特线虫的线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基（cox1）基因部分序列（pcox1）,并用pcox1序列构建其与其它线虫的进化关系。 将测序获得序列应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用PAUP程序MP法构建系统发育树。所获得的5个绵羊夏柏特线虫样品pcox1序列长度均为393bp。种系发育分析表明,5个分离株绵羊夏柏特线虫位于同一分枝。由于绵羊夏柏特线虫的pcox1序列种内相对保守（0.5%-2.0%）,种间变异显著（9.4%-18.8%）,因此cox1序列可作为种间变异研究的可靠遗传标记。本研究系首次报道绵羊夏柏特线虫的pcox1序列,从而为进一步研究夏柏特线虫的种群遗传变异奠定了基础。     

大豆孢囊线虫侵染绿豆的国内首次报道

[目的]本研究对采自山西绿豆根际的孢囊线虫进行种类鉴定,并测定孢囊线虫对绿豆的致病性。[方法]将绿豆根际孢囊线虫进行分离、观察和测量,采用通用引物对其28S、ITS和COI基因进行PCR扩增和序列分析,利用Geneious软件构建系统发育树,并采用人工接种方法测定孢囊线虫的致病性。[结果]孢囊呈柠檬形,初期白色,后期褐色或黄褐色;阴门锥明显,两侧双半膜孔型,阴门裂35.9～48.7μm,膜孔长39.7～42.4μm,膜孔宽28.0～36.3μm,下桥89.2～97.8μm,有明显的泡状突。二龄幼虫呈蠕虫形,体长401～456μm,口针长21.5～25.0μm,尾部圆锥形,透明尾长19～31μm。该种群的形态特征和测量值与大豆孢囊线虫(Heterodera glycines)一致。基于ITS+28S序列构建系统发育树,本试验种群与大豆孢囊线虫和苜蓿孢囊线虫(H. medicaginis)位于同一分支上,置信度达100%。基于COI序列构建系统发育树,本试验种群与大豆孢囊线虫(MK093154,MK093153,KY775596和MN720172)位于同一分支上,置信度达100%。将孢囊线虫回接到健康绿豆上可引起植株发病,并在根部形成孢囊。[结论]将绿豆根际分离到的孢囊线虫鉴定为大豆孢囊线虫(H. glycines Ichinohe,1952),该孢囊线虫回接到健康绿豆可侵染致病并形成孢囊,这是首次在中国发现大豆孢囊线虫在田间侵染绿豆。     

肇庆地区柑橘内生细菌的分离及初步鉴定

[目的]寻找有效抑制柑橘黄龙病病原菌的拮抗内生菌.[方法]从肇庆地区所属的6个县（市）的柑橘果园中采集24份柑橘植株的枝叶样本,利用平板分离培养方法对其内生细菌进行了分离,并对其进行了鉴定.[结果]从柑橘枝叶样本中共分离得到柑橘内生细菌55株,经显微形态初步鉴定,分属于5个属.[结论]为柑橘黄龙病的防治提供了理论依据.     

肾形肾状线虫个体间rDNA内转录间隔区的变异

利用DNA序列分析技术对我国浙江、福建和重庆3个地区的肾形肾状线虫(Rotylenchulus reniformis,RN)种内群体及群体内个体间核糖体RNA基因(rDNA)内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行PCR扩增及序列变异分析。结果显示不同的群体间均获得2种PCR产物,标记为变异类型Ⅰ(RN_VAR1)和变异类型Ⅱ(RN_VAR2)。基于每个群体内2条雌虫分别挑取各变异类型的5个克隆测序,共得到60个克隆序列。经序列比对分析,发现肾形肾状线虫rDNA基因2种类型的ITS区变异很大,其中变异类型Ⅰ序列长度为705~712bp,鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine content,GC)含量为45.1%~46.7%;变异类型Ⅱ序列长度为854~860bp,GC含量为48.4%~50.0%。2种类型的ITS相似度(包括5.8SRNA基因)仅为62.1%~65.6%,而各rDNA变异类型内部各个克隆序列也存在差异,变异类型Ⅰ内个体间相似度为89.9%~100%;变异类型Ⅱ内个体间相似度为91.4%~99.8%。系统进化分析表明2种变异序列明显分成2支,同时通过ITS序列分析无法将3个地方群体区分开来。经实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)检测发现RN_VAR1含量稍大于RN_VAR2,分别占保守18S基因的rDNA重复单位含量的56%和40%。同时,还发现肾形肾状线虫的2种rDNA-ITS变异类型与已报道的2种18SRNA基因变异类型相对应,表明肾形肾状线虫存在2种rDNA变异类型。