淮阴苜蓿SSR指纹图谱的构建

采用不同的取样策略,利用SSR分子标记研究淮阴苜蓿（Medicago sativa Huaiyin）遗传多样性,确定最佳取样数,在此基础上利用筛选的SSR引物构建淮阴苜蓿的指纹图谱,并对淮阴苜蓿进行品种鉴定。本研究对320株淮阴苜蓿的单株基因组DNA设置6个处理（10、20、30、40、50、60单株DNA随机等量混合）,每处理8个重复,利用筛选的4对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明,40株单株随机DNA的混合样品的遗传多样性指数开始趋于稳定,由此取40株即可代表淮阴苜蓿群体。采用取样数为40株单株DNA混合样,利用筛选的3对SSR引物构建淮阴苜蓿指纹图谱,并对15份供试苜蓿材料进行检测,结果表明,该方法所构建淮阴苜蓿SSR指纹图谱可以用于对淮阴苜蓿品种的鉴定。     

种子老化对扁蓿豆种质遗传完整性变化的影响

采用SSR分子标记对经老化处理的不同发芽率水平扁蓿豆种质进行遗传完整性分析,结果表明:(1)用10个有效引物对4个不同发芽率种质进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,每个位点的等位基因数在1～4之间,平均为2.5个;(2)老化处理群体的多态性位点百分率、等位基因数、有效等位基因数、基因多样性指数、Shannon指数等遗传参数与对照相比都有所下降,表明老化处理后群体内的遗传多样性低于对照;发芽率为20%时,等位基因数呈显著性差异,说明扁蓿豆种质更新发芽率临界值在20%～40%之间;(3)SSR分子标记可以作为老化扁蓿豆种子遗传完整性变化的检测方法,对于异质种质资源材料,低的发芽率更新标准不利于种质资源遗传完整性的保持。     

新疆狗牙根种质遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记技术,对采自中国新疆的51份野生狗牙根（Cynodon dactylon）及19份新疆农业大学选育的材料进行遗传多样性研究。结果表明,11对引物共得到多态性条带数55条,平均每对引物扩增出5条带,每对引物检测到36个等位基因,平均每对引物检测到5个等位基因。每个SSR位点的多态性信息量(PIC)在0.650.83,平均0.78;SSR标记揭示的新疆70份材料间的遗传相似系数变化范围为0.500.84,表明新疆狗牙根具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析表明,SSR标记能够将新疆70份材料区分开;供试材料可聚为4类,其中Cd071单独聚成1类,野生材料聚为2类。表明这些材料遗传差异较大,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。     

五节芒表型性状和SSR标记遗传多样性分析

本研究利用25个表型性状和33对SSR标记,对53份五节芒种质资源的遗传多样性进行了评价。表型性状分析结果表明,25个表型性状在不同五节芒种质间表现出较大差异,变异系数的变化范围为6.53%～69.82%,其中整株干重、三级花序数、二级花序数等性状变异较大,是造成表型差异的主要因素。表型聚类将53份供试材料划分为3个类群,大部分材料聚在第Ⅲ类群内,但仍有部分材料独立成群。SSR标记分析结果表明, 26对SSR引物在53份五节芒中表现出多态性,这些多态性引物共产生81条DNA带,其中多态性条带为74条,占91.36%。多态性信息含量(PIC)为0.086～0.374,平均为0.245。53份五节芒遗传相似性系数在0.693 2～0.965 9,平均遗传多样性指数(H)为0.258 7,Shannon信息指数(I)为0.400 4。基于SSR分子标记的聚类分析表明,种质资源与其地理分布并不存在明显的相关性。表型性状和SSR分子标记结果均表明五节芒种质具有丰富的遗传多样性。     

基于RNA-seq结果开发猪SSR标记

旨在开发猪SSR标记,为猪遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、标记辅助选择等奠定基础。本研究基于前期对6月龄大白猪和马身猪背最长肌RNA-seq结果,根据SSR在染色体上的分布、碱基类型、重复次数等的差异随机筛选154个位点,设计合成SSR引物,进行PCR扩增、PAGE检测及克隆测序验证,开发多态性SSR标记。利用开发的SSR标记对马身猪、大白猪、晋汾白猪及山西黑猪等4个猪种各30头6月龄个体进行遗传多样性分析,以评价所开发SSR标记的应用效果。结果,从36 693条转录组Unigene序列中搜索到10 488个SSRs位点,纯合型SSR为9 424个,复合型SSR为1 064个,分布于6 953条Unigene序列,其中4 727条Unigene含有单个SSR,2 226条Unigene含有2个及以上SSRs,SSR发生频率为18.95%,出现频率为28.58%。优势SSR重复类型为单、三、二核苷酸重复,其重复次数主要集中于5~22次;优势重复基序序列类型为A/T、AC/GT、GCC/GGC,长度类型为10~20 bp。随机筛选154个位点进行验证,共有124对引物扩增出清晰、特异的条带,扩增效率为80.52%,其中25对SSR引物具有多态性,占比为16.23%。利用25对SSR引物对4个猪种共120个个体进行遗传多样性分析,共识别到131个等位基因,等位基因数为2~7个,平均等位基因数为5.24,平均有效等位基因数为3.487 1,平均PIC为0.646 7,呈高度多态,总体表现出较高的多样性。本研究结果表明,基于猪转录组测序结果开发SSR标记是可行的,结果丰富了猪可用SSR标记数据库,且开发的SSR标记准确可靠,多态性高,可用于猪的遗传多样性分析。     

基于全长转录组测序的盐生草SSR标记开发及其遗传多样性分析

以盐生草全长转录组数据为基础,用MISA在线软件对盐生草转录组水平SSR位点进行搜索,共鉴定到29640个SSR位点,每SSR的发生频率为4.93 kb。SSR种类包含1~6核苷酸重复类型,重复次数主要为4~20次,其中,三核苷酸重复单位最多,占38.25%;四核苷酸重复单位类型最少,仅占3.26%。鉴定到的327种SSR重复类型中,A/T、AG/CT、ATC/GAT、AAG/CTT重复类型出现次数较多。进一步地,对甘肃18个不同生态点盐生草材料进行SSR标记位点的开发及遗传多样性分析。从检测到的29640个SSR标记中选择218对标记进行多态性筛选,共筛选到多态性较高的33对标记,这些标记共检测得到199个等位基因位点,等位基因数（AN）为3~13个,平均为6.03个;基因多样性指数（GD）为0.583~0.869,平均为0.698;基因型数量（GN）为2~13,平均值为5.88;多态性信息含量（PIC）值为0.527~0.856,平均值为0.623。聚类分析结果表明,18个不同生态点盐生草的遗传相似系数（GS）为0.528~0.859,平均值为0.683。在GS为0.68处,可将供试材料划分为四大类。本研究为盐生草种质资源开发及利用提供了参考依据。     

基于SSR标记的柱花草种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676～1.690和0.363～0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。     

苏系长毛兔的遗传多样性分析

为了从DNA分子水平揭示苏系长毛兔遗传多态性和遗传结构,选用6个多态性较好的微卫星标记,对96只宜兴拉必得种兔场发育良好的苏系长毛兔群体进行了检测分析。利用等位基因频率计算苏系长毛兔群体的期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因数、有效等位基因数。6个微卫星座位全部呈现出高度多态性(PIC0.5),共检测到36个等位基因,每个座位的等位基因数在5~7个之间,平均等位基因数6.00±0.8944个,平均有效等位基因数为3.74±0.8159,该长毛兔群体期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.7257±0.0589和0.6758±0.0721。研究结果表明:苏系长毛兔的微卫星座位有丰富的遗传多样性。通过选育可以使该苏系长毛兔群体进一步纯化,从而使其生产性能稳定。     

苜蓿DUS测试标准品种SSR分子标记指纹图谱的构建

苜蓿在育种过程中,由于其异花授粉特性和骨干亲本的集中使用,导致品种间的遗传差异日益缩小,品种之间通过形态学鉴定愈加困难。通过构建苜蓿DUS测试标准品种DNA指纹图谱数据库,可以实现苜蓿品种的快速、准确鉴定。本研究利用筛选得到的10个SSR标记对33个苜蓿DUS测试标准品种进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。结果表明,10对SSR引物共扩增出69个等位基因,平均每个标记可产生6.9个等位基因;多态性比率(PPB)从25%到90%不等,平均值为56.7%;各SSR标记的多态信息含量(PIC)范围为0.56~0.87,平均值为0.75。利用不同引物间的组合能有效区分33个苜蓿 DUS标准品种,并为每份标准品种建立了唯一标识的指纹代码,为苜蓿品种的审定和保护以及遗传背景分析提供了技术依据。     

基于SSR标记的72份猕猴桃种质资源聚类分析

利用SSR分子标记对72份猕猴桃种质进行聚类分析并构建其指纹图谱,以期为猕猴桃分子标记育种奠定理论基础。研究结果表明,从60条引物中筛选出的6对引物可以完全区分供试材料,均为多态性条带;共检测出70个等位基因,每对引物可检测到等位基因数9-17个,平均每个SSR条带能检测到11.7个等位位点,多态性信息含量（PIC）变化范围在0.792-0.904之间,平均为0.828;遗传多样性结果表明,供试材料的遗传距离的范围为0.029-0.329,平均遗传距离为0.176;聚类分析结果表明,供试材料在相似系数0.087的水平上可分为六大类,其结果与传统的形态学分类大体一致。     

多年生黑麦草种质SSR分子标记遗传多样性分析

多年生黑麦草(Lolium perenne)是广泛栽培利用的优质牧草、草坪草.为研究多年生黑麦草种质资源的遗传多样性,选用简单重复序列(SSR)分子标记技术对10份多年生黑麦草自主选育品系和75份来自于23个不同国家的种质资源进行了分析.结果表明,26对引物扩增出的多态性条带有91条,占总条带数的69.5％.每个SSR...     

基于SSR标记的木豆种质资源遗传多样性与群体结构分析

种质资源遗传多样性和群体结构分析是作物种质资源保护和作物遗传育种的前提条件。本研究从96对简单序列重复（Simple sequence repeat,SSR）标记中筛选出42对多态性标记,对不同地理来源的72份木豆（Cajanus cajan）种质资源遗传多样性和群体结构进行了分析。结果表明：42对SSR标记在72份不同木豆种质间共检测到等位基因118个,每个标记可检测到2~5个等位基因,平均2.8个;每个SSR标记的Shannon信息指数和多态性信息含量在0.101~1.469和0.040~0.704,平均为0.844和0.442;根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将72份木豆种质资源分为3类,聚类结果和地理来源并不完全一致;群体结构分析发现79.17%的木豆种质资源遗传背景比较单一,20.83%的资源拥有复杂的遗传背景。本研究将为木豆种质资源收集和杂交亲本的选择提供重要参考。     

不同放牧强度下垂穗披碱草遗传多样性分析

放牧对草地植物种群遗传与进化产生重要影响,本研究利用SSR分子标记对4个不同放牧强度下垂穗披碱草种群遗传多样性进行研究,试验地选择在甘肃省甘南自治州玛曲县的阿孜试验站,利用8对多态性强的SSR引物对不同放牧压力下4个居群的800个个体基因组进行检测,每个位点的有效等位基因数在1.2267~1.9976之间。利用popgene分析发现不放牧垂穗披碱草种群遗传多样性最高,在3种不同放牧地,中等放牧强度的遗传多样性指数较高,其次为重牧,最后为轻度放牧。在不同放牧干扰下的4个垂穗披碱草种群的遗传分化系数为0.5168,基因流N_m=0.2337,说明4个种群的遗传变异主要发生在种群之间。从种质资源保护角度来讲,不放牧对于垂穗披碱草种质资源的保护是有利的;从草地利用角度,中等放牧强度比较合理。     

野生天山马鹿哈密种群微卫星遗传多样性

为了解野生天山马鹿哈密种群的微卫星多态性,本文选用5对微卫星标记引物,利用粪便DNA分析法、PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率（JP）、有效等位基因数（M）、群体杂合度（1te）、多态信息含量（PIC）和遗传距离,对冬季采集的201份天山马鹿粪便进行了研究,评价了其遗传多样性和系统进化分析。结果表明：成功提取I）NA的194份粪便分属140个体;种群平均等位基因4．200±0．837;平均有效等位基因数3．2167±0．0236;平均多态信息含量0．6332±0．0017;平均期望杂合度0．694±0．035;平均观察杂合度0．792±O．063。整个种群没显著偏离Hardy—Weinberg平衡,种群剧定系数Fis为一0．238。从此可见,野生天山马鹿哈密种群具有比较丰富的遗传多样性.     

玉米自交系SSR多样性与穗部性状的关联分析

玉米穗部性状直接影响其单株产量。为深入剖析玉米自交系穗部性状的遗传多样性,寻找与目标性状关联的分子标记,采用145对SSR引物对186份玉米自交系进行遗传多样性分析,共检测到652个等位基因,平均等位基因数为4.5个,平均多态信息量为0.478;利用Structure软件,将186份自交系分为5个亚群(旅大红股、塘四平头、兰卡斯特、P群、瑞德);并通过GLM关联分析模型分析,共找到14个与穗行数、穗粗、轴粗、穗长、秃顶长、行粒数、单穗重、百粒重、穗轴重9个穗部性状相关的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0211~0.2159;通过MLM关联分析模型,共检测到8个与穗部性状相关的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0174~0.1243;这些标记分布在1、2、3、4、5、7、8、9、10号染色体上。通过研究玉米遗传多样性与穗部性状的关联分析,可以为发掘优异的等位变异基因,复杂性状的遗传学研究和分子标记辅助育种奠定基础。     

青藏高原东南缘老芒麦自然居群遗传多样性的SRAP和SSR分析

基于SRAP和SSR分子标记分析了青藏高原东南缘8个老芒麦自然居群遗传变异及群体遗传结构,获得下述结果:1)16对SRAP引物在90个单株中共扩增出384条可统计条带,其中多态性条带334条,占86.98%;16个SSR位点共检测出等位变异221个,平均每个位点13.8个,其中具有多态性的位点数192个,占86.88%。2)2种分子标记检测到老芒麦居群水平的基因多样性(H_e)分别为0.1092和0.1296,而物种水平的基因多样性达0.2434和0.3732。3)基于2种标记的Nei氏遗传分化指数G_st(0.5525和0.5158)表明老芒麦居群出现了较大程度的遗传分化,居群间的基因流非常有限,分别为0.4050和0.4694,老芒麦的遗传变异主要分布在居群间,居群内变异相对较小,Shannon多样性指数和分子方差变异(AMOVA)分析显示了相似的结果。4)基于聚类分析结果表明各居群间存在较为明显的地理分化,8个居群分化为采集地范围内的南、北和中部3个分支。通过对老芒麦遗传多样性和遗传结构的分析提出了对该物种遗传多样性的保护策略。     

西北地区和尚头小麦遗传多样性及农艺性状的关联分析

为了解西北地区和尚头小麦种质资源的遗传特性及主要农艺性状特征,采用43份不同来源的和尚头小麦种质材料,在均匀分布于小麦21条染色体上的150个SSR(simple sequence repeats)位点上检测遗传多样性,同时对19个农艺性状在两个试验点进行表型鉴定,并采用GLM(general linear model)模型进行分子标记与表型性状的关联分析。结果表明,19个农艺性状中数量性状遗传多样性明显高于质量性状,除壳色外,其他性状之间均存在不同程度的相关性。利用45对具有多态性的SSR标记共检测出151个等位变异,各标记等位位点变化范围为2～6,平均为3.36个,PIC(polymorphism information content)值变异范围为0.044～0.771。群体遗传结构分析将43份材料划分为8个亚群。关联分析发现11个SSR标记与农艺性状显著关联,单个标记对表型变异的解释率为8.89%～24.74%,这些标记可为特色小麦分子标记辅助选择育种提供理论参考。     

Study on Simplified Monitoring Method of Genetic Diversity for Shenxian Pig Conservation Population

In order to establish a simple detecting index system for the genetic diversity of Shen-xian pig population, 179 samples in 4 generations of Shenxian pigs were collected,and the population genetic diversity were detected using 27 microsatellite markers which were jointly recommended by the Food and Agriculture Organization of the United Nations (FAO) and the International Society for Animal Genetics (ISAG). 2-stage and multi-gradient sampling were conducted to the 27 microsatellite markers. The suitable number of microsatellite loci was determined according to the comparation of the polymorphic information content (PIC) of the sampled groups and total population,then validated with 4 generations of samples. The results showed that the relative deviation value PIC of eight microsatellite markers was no more than 5% comparing with all markers, and the relative deviation was about 10% in the different generations. 8 microsatellite markers including S0155, S0228, SW632, S0090, CGA, S0101, S0227 and SW122 constituted the final simplified index system, which could represent the changes of genetic diversity in Shenxian pig conservation population. Therefore, the genetic diversity monitoring of the population of Shenxian pig could be simplified to detect the eight microsatellite markers. At the same time, the method used in this study could also provide a reference for the simplified treatment of genetic diversity monitoring methods.     

深县猪保种群遗传多样性简化监测方法研究

为建立深县猪种群多样性监测的简化指标体系,试验采集河北省深县猪4个世代179头猪样本,采用联合国粮农组织和国际动物遗传协会联合推荐的27个微卫星标记进行群体遗传多样性分析,对27个微卫星标记进行两阶段、多梯度抽样,并根据抽样群体和总群体的多态信息含量（PIC）值的变化确定适宜抽样微卫星位点数,再以4个世代样本进行验证。结果表明,选取8个微卫星位点时与全部位点的比较相对偏差可控制在5%以内,且以各分世代的验证比较相对偏差在10%左右,通过比较确定以S0155、S0228、SW632、S0090、CGA、S0101、S0227、SW122这8个微卫星位点构成的简化指标体系可较好地反映深县猪种群遗传多样性的变化。因此,深县猪的保种群群体遗传多样性监测可以简化为检测这8个微卫星位点,同时本研究采用的方法也可为其他保种群的遗传多样性监测方法的简化处理提供参考。