下丘脑-垂体-性腺轴上基因多态性与鸡冠高和体重的相关性分析

鸡冠高及体重是优质鸡早熟性选育过程中重要的参考指标,通过研究鸡多个侯选基因上突变位点与冠高和体重的相关性,寻找可作为该性状标记辅助选择的重要标记。在GnRH-I、GnRHR、NPY、DRD2、VIP、VIPR-1和PRL这7个侯选基因上共选取了10个多态位点,采用PCR-RFLP方法对1 310只宁都三黄鸡进行了基因型检测,并对各位点与77、84、91日龄冠高和体重性状的相关性进行了分析。结果表明:NPY基因上的2个位点I31391359D及C31394761T可作为91日龄体重标记辅助选择的有效分子标记;VIPR-1基因上的位点A1661691G可作为77、84日龄冠高的有效分子标记。     

优质肉鸡VIP和DRD基因多态性与性成熟的关联分析

为探究鸡血管活性肠肽受体基因(VIP1和VIP2)和多巴胺受体基因(DRD1)多态性与性成熟的关系,采用PCR-SSCP和SNPs测序验证等方法对优质肉鸡F系287个个体进行了性成熟相关性状的关联分析。结果表明,VIP1基因处发现2个突变位点,分别为73352处C→T的突变,68818处T→C的突变;VIP2基因发现1个突变为36 127处A→G的突变。DRD1基因发现3个突变位点,分别为201处C→T的突变,208处A→G的突变及255处A→G的突变。与性成熟的关联性分析表明,VIP1基因73 352处的基因突变与冠高、冠长、冠重和睾丸重显著相关(P0.05),而与生长激素GH、睾酮激素TEST差异不相关(P0.05);VIP2和DRD1各处基因突变与性成熟相关指标均存在不同程度的差异显著(P0.05),但都与生长激素GH和睾酮激素TEST差异不相关(P0.05)。结果提示说明,VIP1、VIP2和DRD1基因可作为性成熟性状标记辅助选择的有效分子标记。     

多巴胺受体基因多态性及其与鸡繁殖性状的相关性

为探明多巴胺(Dopamine,DA)受体基因与鸡繁殖性状的关联性,找出可作为鸡繁殖性状的重要标记,选用贵州省地方鸡种荔波瑶山鸡,采用PCR测序法对5种DA受体基因(DRD1~DRD5)的多态位点进行检测,并进行与繁殖性状的关联分析。结果表明:DRD1基因有1073(G→A)1个多态位点,分别与300日龄产蛋量、首次就巢日龄呈极显著相关(P0.01);DRD2基因上有15个多态位点,分别与繁殖性状存在显著或极显著相关,其中14个位点分布于各内含子上,仅有4260(G→C)1个位点位于第6外显子,该位点与开产日龄、300日龄产蛋量和首次就巢日龄呈显著相关(P0.05);DRD3基因11720(C→G)与300日龄产蛋量存在显著相关(P0.05),该位点CC型个体在试验期间无就巢现象;DRD4基因5365(C→T)与开产日龄存在显著相关(P0.05),5546(G→A)与首次就巢日龄和首次就巢持续时间存在显著相关(P0.05)。以上多态位点可作为与相关繁殖性状有显著或极显著影响指标的辅助选择标记。     

鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的关联性分析

使用SSCP技术检测FSHβ、ESRα的SNPs位点,分析鸡FSHβ、ESRα基因多态性及其合并基因型与产蛋性能的相关性,为寻找玫瑰冠鸡产蛋性能相关分子标记提供依据。结果表明:在玫瑰冠鸡和海兰褐蛋鸡群体中分别检测到FSHβ(A-173G)和ESRα(G-78416T、A-119854T、C-158689G)4个多态位点,其中A-173G位点、A-119854T位点、C-158689G位点AB型对玫瑰冠鸡300日龄产蛋数有显著影响(P0.05);ESRα基因单倍型GTC个体的开产体质量和300日龄产蛋数高于单倍型GAG,是2种鸡的优势基因型;FSHβ、ESRα合并基因型中玫瑰冠鸡H6型的初生质量显著高于H1基因型(P0.05),海兰褐蛋鸡H1型的开产蛋质量显著高于H9、H10及H12合并基因型(P0.05),开产日龄显著早于H11基因型(P0.05),300日龄产蛋数显著高于其他合并基因型(P0.05)。因此FSHβ(A-173G)、ESRα(A-119854T)、ESRα(C-158689G)AB型与FSHβ、ESRα合并基因H6型有望作为与玫瑰冠鸡产蛋性能相关的分子标记。     

GHRL基因5'侧翼区多态性对鸡生长和屠体性状的影响

【目的】分析GHRL基因5′侧翼区变异与鸡生长和屠体性状的相关性。【方法】以杏花鸡×隐性白洛克鸡F2代资源群体和2个随机群体为材料,利用PCR产物直接测序方法鉴别GHRL基因5′侧翼区包括A-2220C位点在内的6个SNPs在群体中的多态性,构建单倍型,分析各SNP基因型和单倍型与鸡生长、屠体性状,以及与腺胃GHRL基因mRNA表达量和血浆GHRL活性蛋白含量的相关性,对鸡GHRL基因5′侧翼区的A-2220C位点进行凝胶阻滞电泳,以探讨该区段对基因转录的作用。【结果】标记-性状关联分析表明A-2220C仅与初生重显著相关(P<0.05),AA基因型个体初生重大于CC和AC基因型个体,差异显著(P<0.05);C-2399Del与56日龄体重、0—4周日增重、胸肌重、翅重显著相关(P<0.05),C Del基因型杂合子优势明显,与其它基因型差异显著(P<0.05)。构建单倍型分析表明单倍型分别与42日龄体重、70日龄体重、0—4周日增重、4—8周日增重、屠体重、半净膛重、全净膛重和胸肉重显著相关(P<0.05);与初生重、21日体重、28日体重、35日体重、49日龄体重、56日龄体重、宰前活重等极显著相关(P...     

GARNL1基因多态位点与鸡冠高度的相关性分析

鸡冠高度是早熟性性状选育的重要间接指标,鉴定与鸡冠高度相关的候选基因对优质鸡生产具有重要的意义.采用PCR-RFLP方法对宁都三黄鸡母系1 301个个体进行基因型检测,分析家鸡繁殖性状侯选基因GARNL1多态位点与母鸡鸡冠高度的相关性,结果表明GARNL1基因上多个位点与鸡的冠高性状显著相关,是影响母鸡鸡冠高度选育的候选基因;位点rs14532831和rs15701119与鸡77日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关;位点rs14532831, rs14532824和rs15701119与鸡84日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.基因上的4个位点rs14532831,rs14532779,rs14532824及rs15701119与鸡91日龄冠高显著(P0.05)或极显著(P0.01)相关.GARNL1基因的变异对鸡冠高度性状具有遗传效应.     

樱桃谷鸭DRD1基因CDS 区域多态与生长性状的关联性分析

采用PCR-SSCP法与DNA直接测序技术相结合,对90只樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域的多态性进行检测,并分析其多态与生长性状的关联性.结果表明,在樱桃谷鸭DRD1基因编码区572～980 bp区域内检测到6种基因型AA、BB、CC、AB、AC和BC,3个等位基因A、B和C,基因型CC和等位基因C分别为优势基因型和优势等位基因,频率分别为0.5222和0.6667,多态信息含量为0.4489,属中度多态位点,基因型分布偏离了Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01),序列比对发现2个沉默突变A765T和A912G.最小二乘法分析显示,AB基因型的胫长显著高于BB和BC基因型,AB基因型的胫围显著高于BC基因型,其余各性状各基因型间差异未达到显著水平.研究结果揭示,该多态座位可能是鸭的胫长和胫围的一个标记辅助选择位点.     

皖东牛CAPN1、CAST基因多态性与肉质性状相关性

选用135头体重(493±33)kg,年龄相近皖东育肥牛,颈静脉采血,利用DNA直接测序法测定CAPN1、CAST基因多态性;试验结束屠宰试验育肥牛,取肉样分析皖东牛肉质性状,分析肉质性状与基因多态性相关性。结果表明,皖东牛CAPN1基因存在AA型和BB型2种基因型,4个单核苷酸多态性位点(SNPs),其中内含子8的C429G和G437A位置各1个突变位点,内含子9的C572T位置1个突变位点,外显子9的G458C位置1个突变位点;CAPN1基因中度多态且极显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。皖东牛CAST基因有CT基因型和CC基因型,5个SNPs位点,其中内含子8的A220G、A223G和G239A位置各1个突变位点,外显子9的C369T和G375A位置各1个突变位点;CAST基因中度多态并处于Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。BB基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于AA基因型(P<0.05),CT基因型皖东牛肌肉剪切力肉质性状显著高于CC基因型(P<0.05),基因型对其他肉质性状影响差异不显著(P>0.05)。CAPN1和CAST基因多态位点与肌肉嫩度密切相关,可作为皖东牛肉质性状提升候选基因。     

黔东南小香鸡ESR1基因多态性及其与产蛋性状的相关性

为黔东南小香鸡的品种选育提供理论依据,采用PCR-SSCP分析和DNA测序方法,检测了雌激素受体1(ESR1)基因的多态性,并分析其与黔东南小香鸡产蛋性状的相关性。结果表明:黔东南小香鸡ESR1基因In1位点处于高度多态,In4位点处于中度多态,在In1、In4形成单链构型多态性,偏离HardyWeinberg平衡。在In1位点,开产日龄T1T2与T1T3、T3T3基因型个体间差异显著,平均连产天数T1T2与T1T1基因型个体间差异显著,200日龄产蛋数T1T2与T1T3、T1T1基因型个体间差异显著;开产体重T1T1与T1T3基因型个体间差异极显著,与T3T3基因型个体间差异显著。在In4位点,开产日龄、200日龄产蛋数DD与CC基因型个体间差异显著     

肌苷酸合成酶系2个基因对苏禽乌骨鸡胸肌肌苷酸含量的遗传效应

采用PCR-SSCP方法检测苏禽乌骨鸡ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区多态性,分析多态位点不同基因型及聚合基因型与90日龄胸肌肌苷酸(IMP)含量的关联.结果表明,ADSL基因外显子2和GARS-AIRS-GART基因5′侧翼区的多态位点C3484T、C-179T与IMP含量显著相关(P0.05),TT为2种有利单基因型,其对IMP含量的加性效应分别为0.108和0.067 mg.g-1,显性效应分别为-0.065和-0.136 mg.g-1.2种有利单基因型聚合个体TTTT的IMP含量显著高于其他基因型聚合个体(除TTCC型),且在聚合基因型中2种有利单基因型TT对IMP含量的影响均达到显著水平(P0.05),但两者间的互作效应并不显著(P0.05).     

Haplotypes at the 5"-Flanking Region of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor y Gene and Their Association with the Growth and Body Composition Traits in Chickens

Peroxisome proliferator-activated receptor y (PPARy) is an important regulator of chicken preadipocyte proliferation and differentiation. In this study, polymorphisms were detected by DNA sequencing, PCR-RFLP and some other methods and three polymorphisms (g.-1784_-1768de117, c.-1241G>A and c.-75G>A) were found in the 5' flanking region of PPARy gene.Growth and body composition traits were measured in the 8th-10th generation populations of the Northeast Agricultural University broiler lines were divergently selected for abdominal fat content. Polymorphisms among individuals were screened in the above populations. The haplotype-based association analysis on growth and body composition traits was carried out. The association analysis showed that haplotypes based on three polymorphisms at 5' flanking region of PPARy gene were significantly associated with abdominal fat weight (AFW), abdominal fat percentage (AFP, AFW/BW,),liver weight (LW), liver weight percentage (LFP, LW/BW,), shank length (ShL), femur weight (FeW), keel length (KeL), and metatarsus circle (MeC) (P<0.05) and suggestive significantly associated with pectoralis major weight (PMaW), pectoralis minor weight (PMiW), pectoralis minor weight percentage (PMiWP, PMiW/BW,), and metatarsus length (MeL) (P<0.2).The least square analysis showed that the birds with BGA haplotype had significantly higher AFW and AFP than the birds with other haplotypes (P<0.05). The birds with AAG haplotype had significantly higher LW and LW/BW than the birds with other haplotypes (P<0.05). The birds with AAG haplotype had significantly higher PMiW and PMiW/BW than the birds with other haplotypes (P<0.05). The birds with AAG haplotype had significantly higher ShL, FeW, MeL, MeC and KeL than the birds with AGG haplotypes (P<0.05). The results in this study revealed that QTL affecting fatness traits may exist in 5' flanking region of PPARy gene in chickens and PPARy gene might be one of the genes having important influences on the growth and bone traits in chickens.     

PPARγ基因5'侧翼区单倍型与鸡生长和体组成性状的相关研究

 【目的】研究PPARγ基因5'侧翼区多态性及其单倍型效应对鸡生长和体组成性状的影响,寻找影响肉鸡生长和体组成性状的QTL,为分子标记辅助选择提供相应依据。【方法】以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第8、9和10世代肉仔鸡为试验材料,采用测序、PCR-RFLP等方法进行多态性位点检测及基因型分析。利用基因型信息重构单倍型并分析不同单倍型与生长和体组成性状的关系。【结果】PPARγ基因5'侧翼区存在3个多态性位点（g.-1784_-1768del17,c.-1241G＞A及c.-75G＞A）,利用其构建的单倍型对腹脂重、腹脂率、肝脏重、肝脏比例、胫骨长、股骨重、龙骨长、跖骨围等性状有显著影响（P＜0.05）;对胸大肌重、胸小肌重、胸小肌率、跖骨长等性状具有一定的影响（P＜0.2）。最小二乘分析结果表明,对于腹脂重、腹脂率等性状,BGA单倍型个体显著高于其它单倍型个体（P＜0.05）;相对于其它单倍型个体,AAG单倍型个体有较高的肝脏重、肝脏比例、胸小肌重和胸小肌率（P＜0.05）;在股骨重、胫骨长、跖骨长、跖骨围、龙骨长等骨骼生长发育性状方面,AAG单倍型个体显著优于AGG单倍型个体（P＜0.05）。【结论】PPARγ基因5'侧翼区可能存在影响鸡脂肪性状的QTL,PPARγ基因可能是影响鸡骨骼性状的重要基因之一。     

合浦珠母贝Pf-Cnot2基因的克隆与表达分布

采用RACE技术从合浦珠母贝外套膜组织中克隆得到了CCR4-NOT复合体第二亚基(Cnot2)基因,命名为PfCnot2。该基因全长2 616 bp,开放阅读框为1 725 bp,编码574个氨基酸,理论分子量为61 ku,理论等电点为6.25。蛋白序列分析表明它富含丝氨酸、甘氨酸和苏氨酸,具有保守的NOT2_3_5结构域。系统进化分析显示Pf-Cnot2蛋白与脊椎动物的Cnot2蛋白进化关系较远。Pf-Cnot2在合浦珠母贝的外套膜边缘、外套膜缘膜、足、生殖腺、内脏团、闭壳肌和鳃等组织中均有表达,在生殖腺中表达量最高。该基因从担轮幼虫期至幼贝期均有表达,担轮幼虫期表达量最少,D型期比担轮幼虫期有显著增高。上述研究结果为进一步了解Pf-Cnot2在合浦珠母贝中发挥的作用提供了基础数据。     

甘薯贮藏蛋白A基因5''端序列的克隆与分析

甘薯贮藏蛋白A（Sporamin A，spo A）是甘薯块根的主要贮藏蛋白质，占块根可溶性蛋白质总量的60％～80％，位于块根液泡的泡囊中。而在其地上部分的茎中只是微量存在，在叶和叶柄中几乎没有。Ohta等将Spo A基因5’上游的1kb区域与GUS融合，通过农杆菌介导转到烟草中，成功实现了GUS的高活性表达，同时通过SpoA启动子序列截短试验还证明获得GUS基因表达活性的最小长度为305bp。     

Cloning and Analysis of 5' Flanking Region of Sporamin A Gene from Sweet Potato

[Objective] The aim of the study is to done the 5' flanking region of Sporamin A gene from sweet potato. [Method] The sweet potato "Xushu 18" was used to amplify the 5' flanking region of Sporamin A gene using specifically designed primers and then target fragment was analyzed by PLACE and PlantCare online. [Result] Besides the conserved elements including TATA-box and CAAT-box, the cis-acting elements including sucrose re- sponsive element CMSREI, SP8 acting site and some other regulatory sequence such as MTB binding site were also found in Spo A promoter sequence. The results suggest that the promoter has sucrose responsive function. [Conclusion] The study provided reference to reveal the regulation law of Spo A, and to develop high-level expression vectors promoted by Spo A promoter.     

安义瓦灰鸡快羽、慢羽纯系选育及自别雌雄技术研究

对安义瓦灰鸡进行了快羽和慢羽纯系的选育研究,其快羽、慢羽纯系配套后代的自别雌雄准确率达94.96%以上。探讨了羽速基因对安义瓦灰鸡产蛋性能、蛋品质、早期生长速度、体尺性状和屠宰性能的影响,结果显示:5～6周龄慢羽鸡的平均体重显著大于快羽鸡;快羽公鸡的头重极显著地大于慢羽公鸡,慢羽母鸡的半净膛重和脚重均显著地大于快羽母鸡;快羽纯系的62周龄产蛋量极显著地低于慢羽纯系;其他性能在快羽、慢羽纯系之间的差异均不显著。     

猪LPAR3基因克隆及其在子宫内膜细胞的表达

【目的】获得猪LPAR3基因完整mRNA及基因结构,研究其启动子活性;探究LPAR3基因在子宫内膜的转录调控及可能影响母猪产仔的机制。【方法】应用5'RACE和3'RACE技术获取LPAR3基因完整mRNA序列;预测5'调控区潜在的启动子转录因子结合位点及CpG岛,构建不同长度的启动子双荧光素酶报告基因重组载体,与pRL-TK质粒共同转染至猪子宫内膜细胞,检测启动子活性;应用RT-qPCR比较LPAR3基因在妊娠第12天的二花脸猪和长大二元猪子宫内膜的相对表达量;应用亚硫酸氢钠修饰后测序比较LPAR3基因在妊娠第12天的二花脸猪和长大二元猪子宫内膜的甲基化状态。【结果】猪LPAR3 mRNA全长为2 127 bp,其中5'UTR和3'UTR的长度分别为202和860 bp,CDS区为1 065 bp。克隆获得包括LPAR3转录起始位点上游3 080 bp (–2 430/+650bp)的5'调控序列,分析预测显示该调控区不存在TATA box,存在GC元件、CPBP及糖皮质激素受体IR3等调控因子结合位点,且在–190/–84和–44/+651 bp处存在2个潜在CpG岛。成功构建9个不同长度的5'缺失报告重组载体并转染猪子宫内膜细胞。双荧光素酶活性检测结果显示,启动子P4(+454/+80 bp)的转录活性最高,其次是P6(–123/+80 bp)。RT-qPCR结果显示,妊娠第12天二花脸猪LPAR3基因在子宫内膜的表达量高于在其他组织的表达量,且极显著高于在妊娠第12天长大二元猪子宫内膜的表达量,LPAR3在2个猪种子宫内膜均处于低甲基化状态且差异不显著。【结论】猪LPAR3 mRNA全长为2 127 bp,妊娠第12天LAPR3基因在二花脸猪子宫内膜表达高于其在长大二元猪子宫内膜的表达,显示LPAR3可能参与了猪早期妊娠并影响产仔数。     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。     

甘蔗转化酶抑制子(SoInvInh1)基因克隆和表达分析

采用cDNA末端快速克隆(Rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术,以甘蔗未成熟茎cDNA为模板克隆转化酶抑制子,命名为SoInvInh1,GenBank登录号KF575175。SoInvInh1基因的cDNA序列全长为678bp,3′-UTR长146bp。开放阅读框长531bp,编码176个氨基酸,预测分子质量和等电点分别为18.09ku和8.52。SoInvInh1不含内含子序列。预测该蛋白N端具有1个信号肽和跨膜结构,19—172位氨基酸是PMEI蛋白的保守结构域。不同物种间InvInh蛋白氨基酸序列同源性较低,但都具有4个保守的Cys位点。荧光定量PCR分析表明在甘蔗茎、叶、花序和花序轴中都能检测到SoInvInh1基因表达。在甘蔗生长的不同时期,SoInvInh1在叶中表达无明显规律。而在工艺成熟期和生理成熟前期SoInvInh1整体上表现为幼茎中基因表达量高,而老茎中基因表达量低,表明茎中该基因可能与酸性转化酶活性相关。