目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术在花生属中的应用

花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生属4个区组的16份种质资源和8份花生栽培种资源采用与功能基因相关的SCoT分子标记技术研究了花生属种间和栽培种内遗传多样性和亲缘关系。23条SCoT引物在花生属试材基因组中的扩增位点共194个,其中多态性位点130个,多态性达67.01%,通过聚类分析研究了它们之间的亲缘关系;在栽培种内筛选出19条多态性引物,在8份试材基因组中扩增位点198个,其中多态性位点67个,多态性为33.84%,表明SCoT分子标记技术能在花生栽培种内检测出一定程度的DNA多态性。     

基于ISSR分子标记的白术遗传多样性分析

基于ISSR分子标记技术研究17份不同产地白术种质的遗传多样性和亲缘关系。结果表明,筛选出9条多态性引物,平均多态性条带百分率为72%,各种质间遗传相似系数(GS)值在0.589～0.904之间,遗传距离(GD)值在0.084～0.425之间,聚类分析将17份种质划分为7组,其中B 3(湖南省平江县-2)和B 17(浙术1号)材料间亲缘关系最近,B 5(湖北省咸丰县小村乡)和B 14(浙江省新昌县回山乡)材料间亲缘关系最远。17份白术种质资源具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富。     

应用RAPD标记进行茶树优异种质遗传多态性、亲缘关系分析与分子鉴别

采用RAPD分子标记技术,对茶树优异种质资源的遗传多态性、亲缘关系和分子鉴别进行了研究。结果表明,20个引物在15份优异资源中得到1050个RAPD位点,平均52．5个位点／引物,70个位点／资源。在所获得的137条可重现谱带中,8条是单态的,129条是多态的,多态性程度达94．2％;引物的多态性相对频度为0．24～0．83,总平均为0．47;遗传距离在0．16～0．62之间,平均为0．37,这可能与我国是茶树的原产地和起源中心有密切关系。RAPD数据的类平均法聚类结果显示,15份资源可划分为3个类群,从相似性系数讨论了资源间的亲缘关系。应用12个引物产生的20个特异标记的存在和11个特异的缺失,可以鉴别所有15份优异茶树种质资源。RAPD可以作为茶树优异种质资源遗传多态性、系统演化和分子鉴别研究的有效手段之一。     

花椰菜种质资源遗传多样性SRAP标记分析

为了从分子水平上揭示花椰菜种质资源间的亲缘关系,为其种质搜集、鉴定、利用和遗传改良提供一定的理论基础。本研究采用SRAP分子标记技术对24份花椰菜种质资源进行遗传多样性研究。从30个引物组合中筛选得到23对多态性引物组合,共检测到257条扩增条带,平均每对引物扩增等位基因数从5到20不等。其中多态性片段为185条,多态性比例为71.98%,表明花椰菜种质间具有相对丰富的遗传多样性。相似系数分析表明种质间遗传相似系数为0.5491~0.9626,平均为0.7490。SRAP分子标记聚类分析结果显示来源和地域可作为花椰菜种质聚类的农性状之一。     

部分烟草种质亲缘关系的AFLP分析

利用AFLP技术,对48份不同类型和地域来源的烟草种质的亲缘关系进行了分析。选用4对AFLP引物共检测到323条扩增带,其中174条具有多态性,平均多态检出率为55.72%。对AFLP扩增结果采用UPGMA法进行聚类分析,可以将48份烟草种质分为2大类群,即黄花烟草群和普通烟草群,后者又可进一步分为4组;48份材料的欧氏距离为1.41~10.78。初步研究表明,AFLP标记技术能较好地从分子水平揭示烟草种质资源的遗传背景和亲缘关系。     

闽南乌龙茶茶树种质资源RAPD指纹图谱构建及遗传多样性分析

利用RAPD分子标记技术构建了30份闽南乌龙茶茶树种质的DNA指纹图谱,结果表明使用同一扩增引物的特异谱带类型和不同扩增引物的谱带类型组合可以有效鉴别闽南乌龙茶茶树种质资源;10条RAPD引物共扩增出103条谱带,其中80条具有多态性,占77.67％.通过UPGMA法聚类分析,30份茶树种质被聚为2个类群,供试种质间的平均遗传相似系数为0.603,遗传关系树状图在分子水平上清楚的显示了闽南乌龙茶茶树种质资源间的亲缘关系,为评估供试样品的遗传演化地位并从中选择适宜种质作为亲本进行茶树育种研究提供依据.     

贵州大樱桃种质资源亲缘关系ISSR分析

探讨贵州大樱桃种质资源的遗传背景和亲缘关系,为大樱桃种质鉴定、品种登记和遗传育种提供参考。利用ISSR分子标记技术,研究贵州栽培的23份大樱桃种质的亲缘关系,并构建DNA指纹图谱。结果表明,筛选出的20条ISSR引物在供试种质中共扩增出132个标记,其中多态性标记106个,多态性比率达80.3%。遗传相似系数为0.26~0.92,平均达0.61。通过UPGMA聚类,ISSR标记能将供试种质完全区分。     

利用DAMD分子标记构建甜菜品种的分子身份证

为了根据遗传背景快速区分和鉴定甜菜品种的真实性和特异性,补充和打破形态学鉴定法的短板和局限,以96份甜菜登记品种为试材,采用DAMD分子标记技术构建了甜菜品种的分子身份证。结果显示,有7条扩增条带清晰、多态性较好的DAMD引物可用于鉴别甜菜品种,这7条引物共检测出103条带,其中多态性条带101条,多态性98.1%;96个品种间的最小遗传距离为0.039,最大为0.485,平均遗传距离0.237。通过聚类分析,96个甜菜品种被分为两类群,类群I仅有54号品种,类群II包含其余95个品种,类群II进一步又分两个亚群。仅利用URP1F、URP17R和URP2R这3条引物组合将96个供试甜菜品种完全区分。利用DAMD引物构建甜菜品种的分子身份证,为快速、高效地鉴定甜菜品种提供了一种新的途径,也为保护育种家和农民的利益提供了保障。     

SSR标记对甜菜抗褐斑病品种的聚类分析

为了选育、鉴定抗褐斑病较好的国内甜菜品种,分析抗褐斑病品种的亲缘关系,本试验利用筛选出的多态性较好的14对SSR引物组合对17份甜菜品种进行亲缘关系分析,采用MEGA 3.1软件和EXCEL2007获得遗传距离并绘制聚类图,结合分子标记和田间调查结果进行抗褐斑病性调查和聚类分析。[结果]共产生99条扩增带,多态性条带81条,平均多态性百分比为81.8%。平均遗传距离为0.4601,平均遗传相似系数为0.6312。聚类分析结果显示,在遗传距离0.20处,可将17份供试材料分为五个类群,其中第一类群又分为两个亚类。[结论] 分子标记结果显示,17份供试材料遗传多样性较丰富。田间调查结果表明,有五个品种抗褐斑病性较好。聚类结果表明SSR分子标记用于划分甜菜抗褐斑病性的品种有一定辅助作用。     

基于ISSR分子标记技术的蓝花楹遗传多样性和亲缘关系分析

利用ISSR分子标记技术对来自不同省份的19个种源共21份蓝花楹种质资源进行遗传多样性分析,探讨其亲缘关系.从33条ISSR引物中筛选出10条引物组合得到53个清晰的电泳条带,其中多态性条带44条,多态性百分率为83.02％,平均每条引物扩增出5.3个条带.21份蓝花楹种质观察等位基因数(Na)平均为1.83,有效等位基因总数(Ne)平均为1.45,Nei's基因多样性指数(H)平均为0.27,Shannon's信息指数(I)平均为0.40.ISSR分子标记聚类分析研究表明,21份蓝花楹种质资源可聚为两大类群,且具有丰富的遗传多样性,其亲缘关系与栽培区地理来源相关性不强.本研究较准确地进行了各蓝花楹种质资源的分子鉴别,可为蓝花楹的良种选育提供理论依据.     

甜菜CDDP核心引物的筛选及利用CDDP引物鉴别甜菜品种

为了研究CDDP引物在甜菜育种上的应用,选用12个甜菜品种对35条CDDP引物进行筛选。随后,利用筛选的引物对43个甜菜登记品种进行鉴别。结果显示35条CDDP引物中有10条引物可以作为甜菜品种真实性鉴定的核心引物。这些引物扩增的条带具有清晰、易于识别、多态性高的特点,普遍分布在50~400 bp之间。其中,引物KNOX-3就可以鉴别全部43个甜菜品种。引物MADS-1和F3’H4的组合也可以鉴别全部的43个品种。甜菜CDDP核心引物的筛选,对于将来利用CDDP引物鉴别甜菜品种、对甜菜种质资源进行分类,为有效维护农民、育种家以及糖厂的利益提供了理论和技术上的支持。     

甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价

旨在筛选出适合于甜菜分子生物学实验的SSR核心引物,为后续构建甜菜指纹图谱及遗传多样性分析奠定重要基础。本文利用4种不同的甜菜种质资源和4个不同的甜菜品种,对基于甜菜全基因组编码区序列设计的247对SSR引物进行了初步筛选。结果表明,247对引物中绝大多数引物没有多态性或者多态性不好,只有27对引物具有较高的多态性,这27对引物总共扩增出103条带,其中多态性条带95条,多态性比率为90.43%。这些引物多态性信息量(PIC)范围为0.549~0.983,平均每一对引物的PIC值为0.841。试验结果表明虽然经过了电子PCR的筛选,想要找到合适的甜菜SSR引物依然比较困难,说明甜菜的遗传基础比较狭窄。这27对SSR引物适用于甜菜分子标记,为甜菜品种标准化鉴定体系的大规模构建和应用奠定了重要基础。     

不同来源棉花种质资源遗传多样性的ISSR分析

 采取ISSR分子标记对48份棉花种质资源的遗传多样性进行分析,从60条ISSR引物中筛选出11条引物,这11条引物共扩增出92个条带,平均每条引物扩增出8.36个条带;其中多态性带77个条带,多态率达83.70％。UPGMA聚类分析显示,48份材料的相似性系数（GS）变化范围在0.27～0.93之间。聚类将48个种质资源划分为 4个大类(GS=0.55),湛江野生棉、廉江野生棉与其它品种在遗传上有很大差别,属于较原始类型,归为一类;长绒棉与陆地棉品种存在明显的遗传差异也单独归为一类;其它不同省份的陆地棉品种在遗传上有较高的相似性,归为其它类型。分析结果表明,ISSR具有丰富遗传多样性和稳定性, 是一种较好的遗传分子标记,适宜于棉花品种遗传多样性分析     

甜菜种质资源叶部性状多样性及聚类分析

为进一步挖掘甜菜种质资源潜力促进甜菜品种改良及种质资源的高效利用,利用软件SPSS 22.0采用聚类分析方法对从中国甜菜种质资源中期库中筛选出的121份国内外甜菜种质资源进行了遗传多样性研究和分类。结果表明：对9个叶部形态性状进行了调查分析,其中多样性指数最高的是叶片薄厚,然后依次为叶色、叶柄长、叶面形、叶柄色、叶缘形、叶柄宽、和叶柄厚,多样性指数最低的为叶形;基于各种质间叶部性状的遗传差异,在遗传距离为12.5时将来自不同国家的121份种质资源分为4大类。第Ⅰ类群甜菜种质资源主要来自中国、美国、意大利和比利时,第Ⅱ类群甜菜种质资源主要来自俄罗斯、美国和中国,第Ⅲ类群甜菜种质资源主要来中国、美国、俄罗斯和比利时,第Ⅳ类群甜菜种质资源主要来自中国、意大利、美国、比利时和俄罗斯。聚类结果表明,不同国家的种质资源多样性较丰富,充分了解了甜菜种质资源叶部性状遗传多样性地理分布特点和种质资源群间的遗传关系,对于鉴别特异种质,挖掘优异种质材料具有现实意义。     

甜菜SCoT核心引物的筛选

【研究目的】为了筛选出适合甜菜品种遗传多样性分析的SCoT引物,为SCoT引物得以在甜菜中进行深入应用奠定基础,本研究甜菜以8个来自不同国家的甜菜品种为材料对80条SCoT引物进行扩增【方法】扩增方法采用SCoT-PCR最优反应体系包含2.0 μL的10×PCR buffer（含Mg2+）、10 ng的DNA、0.5 U的Taq DNA聚合酶、10 μmol/L的引物2 μL以及0.1 μL的dNTPs (2.5 mmol/L each)。【结果】结果从80条SCoT引物中筛选出20条多态性高的引物,这20条引物最多扩增出16条多态性条带,最少扩增出2条多态性条带,扩增总条带155条,其中多态性条带为134条,多态性条带的百分比为86.5%。【结论】通过对核心引物的有效性验证,表明筛选出的20个核心引物非常适合用于甜菜指纹图谱的构建。     

黄瓜种质资源形态学标记和SRAP标记的遗传多样性分析

旨在探索黄瓜种质资源的遗传多样性,为今后黄瓜选育优良品种提供可靠依据。以48份黄瓜种质资源为材料,用DPS软件对各品种的13个表型性状进行聚类分析,同时利用SRAP分子标记对其进行遗传多样性研究。结果表明:根据果实性状等形态学标记聚类分析得出,在阈值75.0处,可以将48份黄瓜种质资源分成5大类群。利用UPGMA法对SRAP分子标记结果聚类分析发现,黄瓜种质间的遗传相似系数在0.52~0.93之间,在遗传相似系数为0.64处,可以将其分成5大类群,形态学标记和SRAP分子标记的聚类结果存在较大差异。由此可见,SRAP分子标记较形态学标记能更好地分析品种间亲缘关系的远近,对黄瓜遗传多样性研究更具指导意义。     

甜菜EST-SSR引物的快速筛选

为了快速从甜菜EST-SSR引物中筛选出适合甜菜分子生物学的引物,利用12个不同的甜菜品种对80对甜菜EST-SSR引物进行扩增,同时设置12个不同的退火温度,利用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶对PCR产物进行分离。结果表明：80对EST-SSR引物虽然均能够扩增出产物,但绝大部分引物扩增的条带由于没有多态性或者条带难以辨别而不能够使用,只有13对引物扩增出了清晰、易于识别的条带,有4对引物多态性较高,其余9对引物多态性均较低,而梯度退火温度则表明,退火温度对EST-SSR引物影响不大,只有个别引物会在较低退火温度条件下产生非特异性的条带,因此将所有引物的退火温度均设定为60℃。利用不同品种以及梯度退火温度可以实现EST-SSR引物的快速筛选,但要想筛选出多态性高的引物还需要对更多的EST-SSR引物进行筛选。