五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5'侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究.找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A.针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G.     

五指山猪IGF-1基因部分序列的SNP分析

为了揭示小型猪的生长发育规律和矮小遗传机理,试验采用PCR产物直接测序法对五指山猪、滇南小耳猪、香猪、梅山猪和大白猪共60个样本的IGF-1基因5′侧翼区部分片段的单核苷酸多态性(SNP)进行研究。找到2个SNP,分别为1个碱基颠换G22C和1个碱基转换G89A。针对这2个SNP位点得到5种组合基因型,各SNP位点基因及基因型频率统计结果显示:IGF-1基因G22C位点在总群体、五指山猪、滇南小耳猪、香猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G,具有较高的一致性;G89A位点在总群体、五指山猪、大白猪、梅山猪内的优势等位基因型均为AA型,优势等位基因均为A,而滇南小耳猪、香猪该位点的优势等位基因型均为GG型,优势等位基因均为G。     

滇南小耳猪与巴马小型猪SLA-DQA基因多态分析

对滇南小耳猪和巴马小型猪的SLA-DQA基因的部分内含子1、完整的外显子2和部分内含子2共341bp片段进行了PCR-RFLP酶切分型,结果表明：2品种经EcoR Ⅰ酶切后BB基因型频率（0.468 8）高于AB型（0.375 0）,AA型最低（0.156 3）,B为优势基因（0.656 3）,A为劣势基因（0.343 7）.经AluⅠ酶切后,滇南小耳猪MM基因型频率（0.500 0）高于MN型（0.321 4）和NN型（0.178 6）;而巴马猪则以MN基因型频率（0.485 3）高于MM型（0.338 2）和NN型（0.176 5）;2个品种中M等位基因（0.604 2）频率高于N等位基因（0.395 8）.经分析表明,2猪种在两酶切位点上各分型已达Hardy-Weinberg平衡.巴马小型猪和滇南小耳猪中分别存在9种和7种PCR-RFLP组合基因型,其中BBMN为优势组合基因型,AAMN为劣势组合基因型;AAMM组合基因型在2品种间差异显著（P＜0.05）.遗传多态参数分析表明：SLA-DQA基因外显子2的两酶切位点在2猪种间均表现为中度多态,AluⅠ的基因多样性略高于EcoRⅠ,巴马小型猪杂合性略高于滇南小耳猪,2品种间遗传距离为0.000 4.     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性.结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型.在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因.     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

剑白香猪生长激素基因多态性与部分生产性能的关联分析

采用PCR-Apa Ⅰ-RFLP技术对2个剑白香猪群(各50头)生长激素基因-119～486 bp之间的多态性进行研究,并探讨不同基因型对其部分生产性能的影响.结果表明:剑白香猪生长激素基因经Apa Ⅰ酶切后产生3种基因型和2种等位基因,A和AA分别为优势等位基因和基因型,除6月龄腹围、背膘厚、肌间脂肪含量、熟肉率外,其他指标均以BB基因型剑白香猪为最高,AA基因型剑白香猪的6月龄体长、屠宰率、6月龄胸围、瘦肉率和熟肉率与BB基因型相比差异显著(P<0.05),AB基因型剑白香猪的6月龄体长、屠宰率与BB基因型相比差异显著(P<0.05),其他指标在各基因型间差异均不显著(P>0.05), 揭示AB和AA基因型可能是剑白香猪矮小性的有利基因型.     

宁夏肉牛杂交改良群体生长激素受体基因的多态性研究

试验通过对宁夏六盘山区肉牛杂交改良群体生长激素受体(growth hormone receptor,GHR)基因的多态性研究,为宁夏肉牛杂交改良选育提供理论基础。采用PCR-RFLP对该群体70个个体GHR基因多态性进行检测,结果扩增出338 bp的目的片段,PCR产物被限制性内切酶Alu Ⅰ消化后表现出多态性,共检测到2种基因型:AA、AB,其中A为优势等位基因,AA基因型为优势基因型。     

米猪与大白猪、长白猪FSHβ基因多态性分布差异分析

采用PCR方法对FSHβ基因在中国地方猪种米猪和外种猪大白、长白这2种群体共193头母猪中的多态性分布进行分析。结果显示:2群体均有2个等位基因A和B,3个基因型AA、AB和BB。米猪各种基因型数量AA型>AB型>BB型,AA型为其优势基因型,等位基因A、B的频率分别为0.841 5、0.158 5。外种猪BB型>AB型>AA型,BB型为其优势基因型,等位基因A、B的频率分别为0.108 1、0.891 9。由此可见,中国地方猪种米猪与外种猪长白猪和大白猪的FSHβ基因多态性分布上有显著差异。     

猪Pit-1基因的多态性研究

选取7个中国地方猪种和3个国外引入猪种共473头，应用PCR-SSCP技术在7个中国地方猪种中检测到1个Pit-1基因第4外显子上的突变；应用PCR-RFLP技术在3个国外引入猪种中，扩增长度为1747bp的片段中检测到1个RsaⅠ限制性内切酶的多态酶切位点。遗传多态性分析结果表明：外显子4上的突变，在7个中国地方猪种中是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中沂蒙黑猪和巴马小型猪处于Hardy-Weinberg平衡；北京黑猪、沂蒙黑猪、巴马小型猪、滇南小耳猪和香猪处于中度多态。RsaⅠ酶切多态位点的突变在3个国外引入猪种中也是A型等位基因和AA基因型频率占优势。其中大白猪和杜洛克猪处于Hardy-Weinberg平衡；3个国外引入猪种的多态信息含量均为中度多态。     

6个中国小型猪种SLA-DQB基因外显子2多态性分析

采用PCR-RFLP法对甘孜藏猪、合作猪、滇南小耳猪、荷包猪、五指山猪和巴马小型猪SLA-DQB基因外显子2多态性进行分析。结果表明:经RsaⅠ酶切检测到5种等位基因,14种RFLP带型,遗传杂合度(He)在0.538~0.729,多态信息含量(PIC)在0.488~0.728,该位点表现为高度多态;χ~2适合性检验显示,甘孜藏猪、巴马小型猪和五指山猪3个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。经HinfⅠ酶切检测到3种等位基因,6种RFLP带型,He在0.315~0.524,PIC在0.291~0.461,在该位点表现为中度多态。χ~2适合性检验显示,甘孜藏猪、滇南小耳猪、巴马小型猪、荷包猪4个群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。因此,6个小型猪种的SLA-DQB基因外显子2多态性丰富且存在明显差异。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素（adiponectin,ADIPOQ）基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89 bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸（Val）向异亮氨酸（Ile）的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型：AA、AB、BB,2个等位基因：A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率（0.52）略高于B等位基因（0.48）;在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异（P>0.05）,杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著（P>0.05）,而长白猪和大白猪间差异显著（P<0.05）,任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平（P<0.01）。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型（P<0.05）,AA和AB基因型间无显著差异（P>0.05）,但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

11个猪群体BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异分析

本研究旨在对猪杀菌性/通透性增加蛋白(BPI)基因的多态性进行系统分析,为今后探讨猪BPI基因与疾病抗性的关系提供理论依据。采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外10个猪品种BPI基因第10外显子HpaⅡ遗传变异进行检测及序列分析。结果表明:11个猪品种中共检测到AA、BB和AB 3种基因型,2个等位基因,其中野猪、藏猪、荣昌猪和淮猪群体中AA基因型为优势基因型,A等位基因为优势等位基因;外来商业化猪品种中,杜洛克群体AA基因型频率较高。序列分析表明AA基因型与GenBank中的序列一致,BB基因型存在A27G同义突变位点和T118G错义突变位点。基于BPI基因的等位基因频率构建11个猪群体的系统发生树,第1类群包括野猪、淮猪、藏猪、荣昌猪、杜洛克;第2类包括约克夏、长白猪、枫泾猪、梅山猪、二花脸、苏太猪。本研究结果显示,猪群体间基于BPI基因多态性上存在的差异与体型、生产类型及地理分布等因素没有显著的联系。     

猪催乳素受体基因第8内含子多态性及其对产仔性能的影响

采用PCR-SSCP技术检测了大白猪、长白猪、杜洛克猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪等6个品种364头个体催乳素受体基因(prolactin,PRLR)第8内含子的多态性,并分析了多态位点对猪头胎产仔性能的影响。结果表明,猪PRLR基因第8内含子存在多态性,共检测到A、B、C 3个等位基因和AA、AB、AC、BB、BC和CC 6种基因型。在杜洛克猪、长白猪、山西黑猪和山西白猪群体中,A等位基因的频率最高,分别为0.8276、0.5439、0.5345和0.7669;而在大白猪和马身猪群体中,B等位基因的频率最高,分别为0.6894和0.7000;仅在大白猪、山西黑猪和山西白猪中检测到C等位基因,且频率较低,在0.0379~0.1385之间。PRLR基因型对母猪头胎产仔数有显著影响(P<0.05),对产活仔数的影响未达显著水平。AC基因型母猪的头胎产仔数和产活仔数显著高于BC基因型个体,而与AA、AB和BB基因型个体差异不显著。含有A等位基因的母猪的产仔性能优于不带有A等位基因的个体,表明A等位基因是有利于母猪产仔性能提高的等位基因,可应用于标记辅助选择来提高母猪的繁殖性能。     

猪PRLR基因多态性及其与产仔性能的关联分析

旨在检测猪PRLR基因第10外显子的多态性及其对产仔性能的影响。采用PCR-RFLP技术检测大白猪、马身猪、山西黑猪和山西白猪4个品种（系）221个个体PRLR基因第10外显子的多态性,并采用单变量动物模型分析多态位点对母猪产仔性能的影响。结果表明,PRLR基因第10外显子存在NaeⅠ多态位点。在4个猪种中均检测到A、B 2个等位基因和AA、AB 2种基因型,等位基因A为优势等位基因,频率在0.86~0.93之间。该位点对母猪产仔性能有显著影响,AA型母猪的头胎产仔数和产活仔数分别比AB型高1.797和1.293头,达显著水平（P〈0.05）。因此,将该位点作为遗传标记应用于种猪选择中,可能会有利于猪繁殖性能的提高。     

不同猪种ADIPOQ基因外显子2多态性及其与山西白猪体重和体尺性状的关联分析

本研究旨在检测猪脂联素(adiponectin,ADIPOQ)基因外显子2的多态性,并分析其对山西白猪体重和体尺性状的影响。采用PCR-SSCP技术检测了长白猪、大白猪、杜洛克猪、山西白猪、山西黑猪和马身猪6个猪种392个个体ADIPOQ基因外显子2的多态性,并采用GLM程序分析了ADIPOQ基因外显子2多态性与山西白猪体重和体尺性状的关联性。结果显示,在ADIPOQ基因外显子2的89bp处检测到G→A错义突变,引起缬氨酸(Val)向异亮氨酸(Ile)的转变。ADIPOQ基因外显子2存在3种基因型:AA、AB、BB,2个等位基因:A和B。杜洛克猪中只有BB基因型,长白猪、大白猪、山西白猪和山西黑猪中BB基因型为优势基因型,马身猪中AA基因型频率最高。在引入品种长白猪、大白猪和杜洛克猪中B等位基因为优势等位基因,基因频率分别为0.96、0.96和1.00;在地方品种马身猪中A等位基因频率(0.52)略高于B等位基因(0.48);在培育品种山西白猪和山西黑猪中B等位基因频率分别为0.76和0.78,介于引入猪种和地方品种之间。基因型频率分布在马身猪、山西白猪和山西黑猪之间无显著差异(P0.05),杜洛克猪与长白猪、大白猪间差异均不显著(P0.05),而长白猪和大白猪间差异显著(P0.05),任意一个引入品种与马身猪、山西白猪和山西黑猪之间的差异均达到极显著水平(P0.01)。ADIPOQ基因外显子2多态性对断奶重有显著影响,其中BB基因型个体28日龄断奶重显著高于AA和AB基因型(P0.05),AA和AB基因型间无显著差异(P0.05),但对其他性状无显著影响,说明该位点只在个体发育早期阶段起作用。     

贵州地方猪品种HSL基因多态性与屠宰性状的关联性研究

本研究旨在分析HSL基因多态性与地方猪品种瘦肉率之间的相关性。采用RFLP方法,以二元杂交猪（长白猪&#215;大约克猪）为对照,对贵州地方猪品种糯谷猪和萝卜猪的HSL基因进行多态性分析。结果表明,贵州地方猪品种HSL基因外显子1中存在BsaH I酶切片段长度多态性,从3个猪群体中都检测到AA、AB和BB基因型,克隆测序后证实,A等位基因于第442 bp处发生了单碱基突变（G→A）,导致氨基酸Val→Ile替换。地方猪品种以A等位基因占优势,杂交猪以B等位基因占优势。将猪胴体性状与HSL基因型之间进行关联分析,结果显示大部分年龄段的猪品种中,BB、AB和AA 3种基因型的瘦肉率和眼肌面积均表现出从高到低的变化趋势,而背膘厚则完全相反。结果提示,HSL外显子1的B等位基因具有增加胴体瘦肉率和眼肌面积、降低背膘厚的遗传效应,可作为贵州地方猪品种瘦肉率的分子标记。     

绵羊催乳素受体基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了催乳素受体基因(PRLR)在小尾寒羊、萨福克羊、多赛特羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊F1代杂种羊4个绵羊群体中的多态性。结果表明:PRLR基因在3对引物扩增片段中均存在PCR-SS-CP多态性。对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在小尾寒羊、多赛特羊和萨福克羊中,仅在多赛特羊中检测到BB基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到AA和AB基因型,只有萨福克羊没有BB型。对于引物3,4个绵羊群体均检测到AA、AB和BB基因型。在4个绵羊群体中,A等位基因频率均明显高于B等位基因频率。     

猪ELOVL6基因多态性与表达差异分析

为探究ELOVL6基因在猪肌肉生长、脂肪沉积等性状的分子调控机制中所发挥的作用,本实验对藏猪、滇南小耳猪、大约克猪的背脂、背最长肌和肝脏组织的ELOVL6基因进行了RT-qPCR检测,并对ELOVL6基因Intron 3区域进行了多态性分析。结果表明:ELOVL6基因在3个猪种背脂和背最长肌中的趋势完全一致,即藏猪滇南小耳猪大约克猪,两两之间差异极显著;在肝脏组织中,藏猪、滇南小耳猪与大约克猪ELOVL6基因的表达量与在背脂和背最长肌中一致,但藏猪与滇南小耳猪差异不显著。在ELOVL6基因Intron3区域,'G~(99954)A、'T~(99793)C、'C~(99650)T3个位点存在连锁突变,且国内脂肪型藏猪、滇南小耳猪均与外来瘦肉型大约克猪呈极显著差异,而藏猪与滇南小耳猪差异不显著。综上可知,ELOVL6基因'G~(99954)A、'G~(99793)A、'G~(99650)A位点的多态性与mRNA表达差异性显著相关,推测这3个连锁突变位点可能是调控ELOVL6基因表达的关键功能位点,为下一步开发肉质性状的遗传标记及利用分子标记实现优质猪肉的选育提供参考。     

小尾寒羊KAP6.4基因PCR-SSCP分析

KAP6.4是角蛋白关联蛋白KAP基因家族中的一员。为探究小尾寒羊中KAP6.4基因是否存在多态性,试验通过提取小尾寒羊血液样品DNA,利用PCR-SSCP技术检测KAP6.4基因的SNP多态。试验检测到2种基因型,其中AA(基因型频率为0.778)为优势基因型,A(等位基因频率为0.889)为优势等位基因。测序结果显示,AA型基因和Gen Bank登陆序列相一致,AB型基因在编码区发生了7处碱基突变和增添36 bp片段。分析表明,AB型变异造成了3个氨基酸残基的变化。以上结果表明,KAP6.4基因在小尾寒羊群体中存在多态性,这为进一步在小尾寒羊群体中开展绒毛性状与KAP6.4基因多态性的关联分析提供依据。     

巴克夏猪、霍寿黑猪及其杂交后代ESR基因和FSHβ基因多态性的检测

本研究采用PCR和酶切方法检测了32头巴克夏猪、48头霍寿黑猪、105头巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因和FSHβ基因多态性,并分析多态位点在3个猪群中的分布特征。结果表明:巴克夏猪ESR基因PvuII酶切位点仅检测到AA型;霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB和BB型频率高于AA型,等位基因B频率高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪ESR基因呈中度多态,AB型频率依次高于AA和BB型,等位基因A频率高于B。巴克夏猪FSHβ基因呈中度多态,BB型频率依次高于AB和AA型,等位基因B频率高于A;霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率高于BB和AA型,等位基因B频率略高于A;巴克夏猪×霍寿黑猪FSHβ基因呈中度多态,AB型频率依次高于BB和AA型,等位基因B频率高于A。本研究结果为开展猪产仔数的标记辅助选择提供了基础。