半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)真、伪雄鱼群体表型和遗传性状分析

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)养殖群体中存在真雄鱼(ZZ)和伪雄鱼(ZW)现象,进行表型和遗传特征研究对其育种及优良苗种培育具有重要的意义。本研究以半滑舌鳎真、伪雄鱼群体及母系半同胞家系为研究对象,首先测定了性成熟半滑舌鳎的真、伪雄鱼群体的表型性状,对其性状进行了比较分析。结果显示,性成熟半滑舌鳎真、伪雄鱼的体重、全长、体长、体宽、头长、眼间距和眼径7个表型性状都存在极显著差异(P<0.01),伪雄鱼的生长速度比真雄鱼快。利用半滑舌鳎22对多态性微卫星标记,对2组半滑舌鳎真、伪雄鱼半同胞家系群体进行了遗传多样性分析。筛选出的22对引物扩增产物均具有多态性,4个半同胞家系群体中共检测到232个等位基因,群体平均等位基因数(Na)均大于平均有效等位基因数(Ne);平均观测杂合度(Ho)均小于平均期望杂合度(He);平均多态信息含量(PIC)分别为0.4566、0.4254、0.5069、0.4795。22个多态性位点在4个半同胞家系群体中分别有3、3、4和5个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。4个半同胞家系群体间的Nei¢s遗传距离为0.2101–0.5840,遗传相似性系数为0.5577–0.8105。本研究表明,半滑舌鳎真、伪雄鱼在生长性状上存在明显差异,同母系的真、伪雄鱼半同胞家系群体间的遗传相似系数较高,遗传距离较小,遗传多样性指标相近。     

半滑舌鳎快速生长及高雌性家系的筛选

为查明半滑舌鳎不同家系雌、雄鱼遗传和生理性别比例及其与生长速率的关系,并试图筛选出生理雌鱼比例高且生长快的家系,实验首先建立了22个半滑舌鳎家系,并进行同池养殖以比较生长性能,再选取5个正常雄鱼家系和5个伪雄鱼家系进行遗传性别和生理性别测定.结果发现,不同家系鱼苗不仅生长速度差异显著,而且雌雄比例差异也很显著.筛选出生长快速的家系2个(家系16号和61号),其相对增重率分别为0.81和0.56 g/d;筛选出生长较快的家系4个(家系21、28、57和63号),其相对增重率为0.48 ～0.53 g/d;筛选出生长速度一般的家系12个,生长慢速家系4个.所检测的5个正常雄鱼(ZZ类型)家系的遗传雌鱼比例平均为51.87％,生理雌鱼比例平均为42.94％,遗传雌鱼转化为生理雄鱼的比例平均为14.08％.相反,检测的5个伪雄鱼(ZW类型)家系的遗传雌鱼比例平均为49.34％,生理雌鱼比例平均为4.45％,遗传雌鱼转化为生理雄鱼的比例平均为91.41％.实验发现半滑舌鳎不同家系在雌、雄生理性别比例上存在明显差异;伪雄鱼后代中的遗传雌鱼更容易转化为伪雄鱼,增加养殖群体中生理雄鱼的数量.研究表明,通过家系选育可以筛选出雌性比例高、生长速度快的半滑舌鳎家系.     

半滑舌鳎繁育群体的遗传组成及家系配组策略

用只读式电子芯片标识了291尾性腺发育较好的3龄半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis繁育群体,其中雌性98尾,体质量(2 060±350)g;雄性193尾,体质量(500±140)g。利用20个微卫星标记分析繁育群体的遗传组成。结果表明,雌性群体(Ho=0.606)的观测杂合度显著高于雄性群体(H_o=0.548)(P0.05),有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)差异不显著(P0.05),群体平均多态信息含量分别为0.654和0.616,雌、雄群体均处于高度多态水平(PIC0.5),表明半滑舌鳎群体遗传多样性较好,具备进一步繁殖、筛选优良品系的遗传潜力。用"基于亲本遗传背景的分子育种软件1.0"计算半滑舌鳎雌、雄个体间遗传距离在0.254~1.959之间,不同遗传距离范围的频率呈正态分布,其中个体间遗传距离在0.7~1.0之间的占51.82%,考虑到生产操作的便捷,设定亲本间最佳遗传距离阈值为0.7~1.0之内。根据统计结果,建立半滑舌鳎家系配组的策略为选择位于不同聚类分支、遗传距离在0.7~1.0之间、表型性状在均值以上的一对或多对亲本生产单家系或混合家系。根据此策略获得混合家系选育组,并以常规生产的苗种作为对照,经10个月养殖,选育组的平均体质量、体长与对照组差异显著,其中平均体质量高于对照组24.56%,平均体长高于对照组6.98%。     

半滑舌鰨养殖群体雌雄比例与自然性逆转率

利用半滑舌鳎（Cynoglossus semilaevis Günther）性别连锁微卫星标记scaffold1128₃43和性腺组织切片的方法,研究半滑舌鳎8个普通家系和养殖场雄性亲鱼遗传性别与性逆转情况。首先,8个普通家系（28、30、38、39、40、44、57、69）遗传性别检测结果显示,遗传雌性比例最低为39家系（37.93%）,最高为38家系和40家系（55.00%）。对其中4个家系（28、39、44、57）的两次遗传性别比例检测结果对比发现,家系间遗传雌性比例存在差异。其次,对4个家系（28、39、44、57）和养殖场雄性亲鱼的遗传与表型性别鉴定结果表明,不同家系表型雌鱼比例为18.75%⁴6.88%,低于各家系的遗传雌性比例,不同家系间自然性逆转率存在显著性差异（P<0.05）。研究还发现,繁育场所用的普通雄性亲鱼中平均有28.42%的伪雄鱼。本研究结果表明,自然性逆转现象在半滑舌鳎养殖群体中普遍存在,半滑舌鳎不同家系的表型雌鱼比例存在显著差异,这为培育半滑舌鳎高雌性苗种提供了理论依据。     

半滑舌鳎养殖群体的性比与雌雄形态差异比较

为研究半滑舌鳎养殖群体幼鱼阶段的性比变化,实验用分子标记法鉴定半滑舌鳎遗传性别,用组织切片方法鉴定表型性别,并比较了表型雌雄的生长差异。结果发现,在半滑舌鳎幼鱼阶段,在遗传性别上,雌雄所占比例约为1∶1,差异不显著(P>0.05)。在表型性别上,雌雄比例约为1∶3,差异极显著(P<0.01)。表型雄性中,由遗传性雄性和遗传上为雌性而表型上为雄性的"伪雄鱼"两部分组成。在养殖群体中,表型雌性、伪雄鱼和雄性三者的比例大致为1∶1∶2。养殖现场反映的雌性约占1/4的情况与本研究结果基本一致。本研究没有发现遗传上为雄性,而表型上为雌性的个体。在6～8月龄间,伪雄鱼的全长、体质量处于表型雌性与正常雄性之间,与两者均无显著差异。在相似全长范围内,雄鱼体高小于雌鱼,雄鱼的全长/体高的平均值为4.05,雌鱼的平均值为3.89,雄鱼的全长/体高比值显著大于雌鱼(P<0.05),此比值可以作为区分雌雄鱼苗种的参考。     

半滑舌鳎养殖群体中自然性逆转伪雄鱼的发现

利用雌性特异标记遗传性别鉴定技术,对71尾4龄半滑舌鳎的生理和遗传性别进行鉴定,结果显示32尾生理型雌鱼均能扩增出205bp的雌性特异条带;39尾生理型雄鱼,仅一尾鱼体重显著高于其他雄鱼并扩增出了雌性特异条带,因此这尾鱼遗传上为雌性,是一尾伪雄鱼。对养殖的600尾半滑舌鳎生理雄鱼大规模检测发现,养殖群体自然性逆转伪雄鱼比例为1.66%。对正常雌、雄鱼和1龄自然性逆转伪雄鱼的性腺组织学观察显示,与正常雄鱼相比,伪雄鱼性腺中也有大量的精母细胞,但数量比正常雄鱼的要略少;且未在伪雄鱼的性腺组织中观察到卵母细胞,说明半滑舌鳎性逆转发生在性腺分化期。半滑舌鳎自然性逆转现象的发现有助于解释当前半滑舌鳎养殖群体中雄性率偏高的现象,为半滑舌鳎全雌苗种生产提供了一条新的技术途径,并丰富了鱼类性别分化理论。     

红鳍东方鲀亲本群体遗传多样性的微卫星分析

从日本进口的红鳍东方鲀Takifugu rubripes受精卵发育至性成熟的120尾亲鱼群体中,选择22个分布于每个连锁群的微卫星标记进行了遗传分析,以分析红鳍东方鲀亲本群体的遗传多样性,并筛选出有效鉴定群体遗传特征的特异性微卫星标记。结果显示:等位基因数(Na)和有效等位基因数(Ae)的范围分别介于4.000~13.000和1.834~7.706之间。观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的范围分别为0.173~0.977、0.456~0.872和0.427~0.857。Hardy-Weinberg遗传偏离指数(d)介于-0.746~0.344。群体内个体间的遗传距离在0.51~0.86之间,依据遗传距离的远近将全部个体分成4个群体,每个群体23~38个体。各项遗传参数表明:该实验群体具有较为丰富的遗传多样性,不同个体之间拥有相对较远的亲缘关系,可以根据个体间的遗传距离制定育种计划,建立家系进行选育研究。实验所选的22个微卫星标记具有高度多态性,可作为分析红鳍东方鲀群体遗传多样性的候选标记。     

黄海所在鱼类性反转的表观遗传调控机制研究上取得重要进展

<正>中国水产科学研究院黄海水产研究所与深圳华大基因研究院合作在鱼类性反转的表观遗传调控机制研究上取得重要进展,研究成果最近在国际著名期刊Genome Research(IF=14.4,2014.24:604-615)上发表(http://genome.cshlp.org/content/24/4/604.short)。这是黄海所继在Nature Genetics发表半滑舌鳎全基因组文章之后取得的又一重大研究成果。黄海所陈松林带领其团队先后完成了半滑舌鳎全基因组精细图谱的绘制以及高密度遗传连锁图谱的构建。在此基础上,他们瞄准半滑舌鳎雌雄生长差异巨大以及雌雄比例严重失调的生产实际,开展了半滑舌鳎正常雄鱼(ZZ♂)、伪雄鱼(p-ZW♂)、正常雌鱼(p-ZW♀),以及伪雄鱼和正常雌鱼交配产生的F1伪雄鱼(f-ZW♂)和雌鱼(f-ZW♀)性腺的全基因组DNA甲基化测序,绘制了半滑舌鳎     

半滑舌鳎微卫星标记遗传连锁图谱的构建

利用全基因组测序方法筛选出微卫星标记,以渤海近海野生个体和人工养殖的半滑舌鳎(Cynoglossus semi-laevis)为亲本交配产生的F1全同胞家系为作图群体,构建了半滑舌鳎雌、雄微卫星标记遗传连锁图谱。用320对引物对父母本和92个F1个体进行遗传分析,共得到288个分离标记,其中包含112个偏分离标记(P<0.05)。其中雌性框架图包含242个标记,分布在21个连锁群上,总长度1 311.9 cM,标记间平均距离为4.9 cM,图谱覆盖率为83.3%;雄性框架图定位标记218个,21个连锁群,总长度1 316.2 cM,标记间平均距离为5.5 cM,覆盖率为82%。半滑舌鳎遗传连锁图谱的构建为半滑舌鳎重要经济性状QTL定位、分子标记辅助育种和性别控制奠定了重要基础。     

红螯螯虾养殖群体遗传多样性的SSR分析

本研究利用10个微卫星标记对广东和台湾红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)养殖群体进行遗传多样性分析,并对2个红螯螯虾群体的平均等位基因数(Na)、平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)等进行计算。结果显示:在2个红螯螯虾群体中共检测到83个等位基因,广东群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.619、0.438、0.505,台湾群体的平均有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别为2.829、0.492、0.592。广东群体和台湾群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.465和0.538。红螯螯虾2群体的Shannon指数(H)均大于1,群体间的遗传分化指数(F_(st))为0.0969。研究结果表明:红螯螯虾广东和台湾养殖群体的遗传多样性较丰富,且2个群体的遗传分化较大,通过群体间的杂交可有效避免近亲繁殖。     

大菱鲆生长性状在不同生长发育阶段的相关分析

为培育优良大菱鲆养殖品种,收集来源于不同国家、不同地区和不同批次的大菱鲆亲鱼8批,从各群体中挑选性腺发育良好的个体,利用不平衡巢式设计方法和人工授精技术,每条雄鱼个体配两条雌鱼个体,共构建38个父系半同胞和76个母系全同胞,分别测定了每个家系生长到25和80日龄的体重、全长和体长,利用父系半同胞组内相关法估计各性状之间的相关性。对大菱鲆遗传相关分析表明,体重和全长的遗传相关系数为0.95,体重和体长的遗传相关系数为0.88和1.00,全长和体长的遗传相关系数为0.99。对大菱鲆表型相关分析表明,体重和全长的表型相关系数为0.881,体重和体长的表型相关系数为0.622和0.871,全长和体长的表型相关系数为0.947。并且经相关系数显著性检验,各性状间的表型相关都呈极显著水平(P<0.01)。另外,多元回归分析建立了全长(X1)和体长(X2)对体重(Y)的回归方程,生长性状与体重的复相关指数为R2=0.789,说明它们都是直接影响体重的重要指标。     

基于SSR-seq技术评估中间球海胆多代选育群体和普通养殖群体的遗传多样性

为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(N_a)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(N_e)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(H_o)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(H_e)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) H_e与H_o的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(F_st)介...     

凉山半细毛羊微卫星标记多态性的研究

利用微卫星技术对凉山半细毛羊核心育种群206个个体第1、2、3、9号染色体上的18个微卫星位点进行研究,检测微卫星在凉山半细毛羊中的等位基因数,计算等位基因频率(Pi)、遗传杂合度(H)和多态信息含量(PIC),分析了凉山半细毛羊微卫星DNA的多态性。实验采用的18个微卫星标记位点在凉山半细毛羊群体中,平均等位基因数为8.2778个(3～19个),平均多态信息含量为0.591(0.253～0.833),遗传杂合度均值为0.500(0.026～0.888)。表明该品种绵羊遗传多态性丰富,群体遗传变异较大,并且所选18个微卫星基因座适用于绵羊的遗传连锁分析研究。     

半滑舌鳎养殖群体和减数分裂雌核发育群体的微卫星标记遗传多样性分析

利用24对微卫星分子标记对半滑舌鳎Cynoglossus semilaevis的养殖群体和减数分裂雌核发育群体进行遗传多样性分析。结果表明,两个半滑舌鳎群体平均等位基因数分别为7.0和4.8,平均有效等位基因数分别为3.935和2.411,平均观测杂合度(HO)分别为0.713 5和0.586 5,养殖群体的遗传多样性明显高于减数分裂雌核发育群体。有1个位点在养殖群体中偏离哈代-温伯格平衡,13个位点在减数分裂雌核发育群体中偏离哈代-温伯格平衡。群体间基因分化系数(GST)为0.093 6,遗传距离为0.420 0,表明两群体间遗传分化显著。     

凡纳滨对虾SNP标记开发与家系亲缘关系验证分析

本研究基于转录组序列开发了37个SNP标记,并对22个凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)家系进行了遗传多样性、家系聚类和亲子鉴定分析,探讨SNP标记在对虾家系选择育种中的应用途径。结果显示,37个SNP位点在凡纳滨对虾22个家系中的平均期望杂合度(He)和平均观测杂合度(Ho)分别为0.38和0.34;平均多态信息含量(PIC)为0.30,属于中度多态性(0.25相似文献   

半滑舌鳎雌、雄鱼myostatin基因差异表达的初步研究

半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)生长具有明显的性别二态性,性成熟雌鱼体重显著高于雄鱼。鱼体肌肉占体重的40%~60%,肌肉生长是生长性状的核心,而myostatin (mstn)基因是肌肉生长发育的负调控因子,对成肌细胞的增殖具有抑制作用。本研究旨在探究肌肉生长发育过程中,mstn基因在半滑舌鳎雌、雄鱼的时空表达模式及其与雌、雄鱼生长差异的关系。结果显示,在所检测的1龄鱼的9个组织中,mstn在肌肉中的表达量最高。不同发育时期的肌肉组织定量结果显示,1龄和2龄雄鱼中的表达量显著高于雌鱼(P<0.05),而在选取的其他时期,雌、雄鱼之间的表达量不存在显著差异。原位杂交结果显示,mstn基因的表达位置在肌纤维边缘,即成肌细胞增殖分化的位置。本文系统研究了肌肉生长发育的负调控因子mstn在半滑舌鳎雌、雄鱼中的时空表达模式,为深入研究半滑舌鳎雌、雄鱼生长差异的原因及其机制提供了基础。     

半滑舌鳎抗缪勒氏管激素(AMH)基因的克隆及组织表达分析

本研究克隆了半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)AMH基因并对其进行表达分析。该基因cDNA序列开放阅读框长为1 563 bp,编码蛋白含520个氨基酸。该蛋白含有TGF-β超家族的特征序列,包含1个AMH-N区域和TGF-β结构域,并在C端生物活性区含有9个保守的半胱氨酸残基。系统进化分析表明,半滑舌鳎AMH和所有鱼类AMH聚为一簇,与鲽形目相似性最高。实时定量结果表明,AMH基因在半滑舌鳎不同组织中有差异表达,在正常雄鱼和伪雄鱼性腺中表达量最高。胚后不同时期性腺的实时定量结果表明,性腺分化之前AMH在精巢中相对表达量较低,70 dph(days post hatching)达到最高峰,而在卵巢中呈现先升高后下降的趋势,预示AMH基因可能在半滑舌鳎性腺发育中起重要作用。较正常雄鱼后代而言,AMH基因在伪雄鱼后代的雄鱼和伪雄鱼性腺中的表达都有升高的趋势,而在雌鱼中无明显差异,也预示其可能参与半滑舌鳎的性反转过程。     

半滑舌鳎生长相关基因的微卫星及其在种群遗传结构分析中的应用

利用在生长激素(GH)、生长激素释放激素(GHRH)和垂体腺苷酸环化酶激活多肽(PACAP)基因中发现的7个微卫星位点,分析了半滑舌鳎两个野生群体(渤海群体和黄海群体)和1个养殖群体间以及各群体内雌雄个体间的遗传多态性差异。结果表明,7个位点中有4个位点表现出多态性,在3个群体中的等位基因数的分布范围为2～37,平均为9.5;有效等位基因数分布范围为2～28.9,平均为8.4。各位点的平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均多态信息含量分布范围分别为0.5145～0.7738、0.5690～0.8671和0.4829～0.8314。群体间的成对FST值及个体分配分析的结果表明,半滑舌鳎野生群体和养殖群体之间存在显著性遗传差异,而在两个野生群体之间差异不显著。此外,等位基因分布和双倍体基因型分布的差异性检测结果表明,这4个多态性位点在3个群体的雌、雄性别间均不存在显著性差异。     

凡纳滨对虾6个国内群体的遗传背景分析

本研究选取了来自国内6个不同育苗场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)群体,对8个SSR位点的基因型信息进行分析。结果显示,观察等位基因数(Na)平均值为3.67~9.33,有效等位基因数(Ne)平均值为2.20~5.67,观察杂合度(Ho)平均值为0.12~0.71,期望杂合度(He)平均值为0.41~0.81,多态性信息含量(PIC)平均值为0.36~0.76。聚类分析结果显示,来自于同一个育苗场的对虾聚在一个分支。不同品牌来源的对虾分别聚在几个不同分支。6个群体间的遗传一致度为0.4229~0.8265,遗传距离为0.1905~0.8607。遗传分化系数(FST)是0.1837,群体内近交系数(FIS)是0.2514,Ho相似文献   

2个锦鲤人工养殖群体遗传多样性的微卫星标记分析

采用13对微卫星引物,对2个锦鲤(Ornamental carp)人工养殖群体的遗传多样性进行了研究.结果表明,锦鲤群体的遗传多样性水平较高;其平均等位基因数(A)为7.86和8.37;2个群体的平均观测杂合度(Ho)为0.7911和0.7928,平均期望杂合度(He)为0.6735和0.6792,平均多态信息含量为0.7145和0.7192.群体间的遗传距离为0.1057,遗传相似度为0.9011.13个微卫星位点可用于锦鲤群体的遗传学研究.