暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

4个暗纹东方鲀群体的遗传多样性分析

采用10对暗纹东方鲀(Takifugu obscurus)和16对红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)微卫星引物对4个暗纹东方鲀群体(1个长江常熟江段捕捞群体,1个江苏扬中放流群体和2个养殖群体)的遗传多样性进行分析。结果显示,20个微卫星位点能成功扩增出片段并且具有一定的多态性,在4个群体中共检测到113个等位基因。每个群体的平均等位基因数为4.95～5.50,平均观测杂合度为0.686 7～0.761 7,平均期望杂合度为0.653 0～0.700 0,平均多态信息含量为0.601 3～0.638 4。各个群体都有一些微卫星位点偏离Hardy-Wein-berg平衡(P<0.05),主要表现为杂合子不足。群体间遗传分化系数为0.040 6,基因流值为5.905 6,群体间遗传分化程度较小,群体间基因流水平较高。4个群体间的遗传相似系数为0.859 0～0.915 8,遗传距离为0.088 0～0.151 9,采用UPGMA法对4个群体进行聚类,可分2类:上海养殖群体单独为一类,扬中放流群体、常熟江段捕捞群体和南通养殖群体为另一类。     

暗纹东方鲀SRAP-PCR体系的建立与优化

以暗纹东方鲀基因组DNA为材料,利用正交设计L16(45)对影响暗纹东方纯SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2、Taq酶、dNTPs、模板DNA、引物)在4个水平上进行正交组合,确立了暗纹东方鲀SRAP反应最佳体系为:20 μL的PCR体系中含有Mg2+ 1.5 mmol·L-1、Taq酶0.5U、模板DNA 75 ng、dNTPs 0.15 mmol·L-1、引物0.2 μmol·L-1.利用30个暗纹东方纯样本对该体系进行验证,结果表明该体系稳定可靠.     

3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析

由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。     

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。     

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。     

暗纹东方魨中BAFF基因相关序列的性质探讨

[目的]为探索暗纹东方魨基因组中是否存在BAFF基因。[方法]通过比对人、小家鼠、野猪、原鸡的BAFF基因cDNA序列,获取高度保守的同源片断。根据红鳍东方魨基因组文库序列设计引物,从野生暗纹东方纯肌肉样品中提取总DNA进行PCR扩增。并进行PCR产物的克隆与测序。[结果]通过PCR扩增获得3条特异性条带,大小分别为542、349、221bp。在红鳍东方魨基因组文库中未找到与542bp序列匹配的片段。349和221bp序列在暗纹东方能和红鳍东方纯中是保守的。暗纹东方魨与红鳍东方魨序列比对结果表明,碱基突变的主要方式为插入或缺失。[结论]3个扩增条带为BAFF基因相关序列的可能性较小。在鱼类生物体中很可能不存在与哺乳类、鸟类BAFF同源基因。     

暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养技术

根据暗纹东方鲀、似刺鳊鮈的生物学特性,开展了暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养试验。养殖实践表明,在暗纹东方鲀养殖池塘中混养似刺鳊鮈,在不另外增加投饲的情况下,可增加池塘综合产出,提升养殖效益。本文总结了暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养技术,具体包括池塘条件、放养前准备、苗种放养、投饲管理、水质管理、病害防治、日常管理、捕捞销售与越冬等方面内容,以期为暗纹东方鲀与似刺鳊鮈池塘混养技术推广提供参考。     

两种养殖模式下的暗纹东方鲀肌肉营养成分比较

采用生化分析方法对暗纹东方鲀单养（单养组）和暗纹东方鲀-凡纳滨对虾-空心菜生态立体种养（种养组）两种养殖模式下的暗纹东方鲀肌肉进行营养成分分析和比较。结果显示：两种养殖模式下暗纹东方鲀肌肉中常规营养成分、氨基酸组成和含量及脂肪酸组成差异不显著；单养组C16∶1、C18∶1n9c含量和单不饱和脂肪酸总量（∑MUFA）显著高于种养组；种养组多不饱和脂肪酸总量（∑PUFA）显著高于单养组。说明不同养殖模式对暗纹东方鲀肌肉中MUFA、∑MUFA及∑PUFA产生显著影响。     

三种东方鲀核型的研究

采用PHA、秋水仙碱腹腔注射,活体肾细胞直接制片法,分别分析了菊黄东方鲀、条纹东方鲀和暗纹东方鲀的核型,并进行了比较,结果表明:菊黄东方鲀核型为2n=4414m+6sm+24t,臂数:NF=64;条纹东方鲀核型为2n=4414m+4sm+26t,臂数:NF=62;暗纹东方鲀核型为2n=4414m+4sm+26t,臂数:NF=62。菊黄东方鲀的核型与后两者存在微小差异。     

响应面法优化暗纹东方鲀鱼皮冻的制备工艺

为充分利用暗纹东方鲀资源,增加暗纹东方鲀附加值,以暗纹东方鲀鱼皮为原料,采用热水提取制备暗纹东方鲀鱼皮冻,研究确定此种鱼冻的加工工艺参数,在提取温度、提取时间和料液比3个单因素的实验基础上,以胶原蛋白提取率和冻力为指标,进行响应面优化参数,并对其进行氨基酸组成及含量分析。结果显示,时间、温度和料液比对胶原蛋白提取率和冻力影响显著。以胶原蛋白提取率和冻力为响应值,得到两个回归方程,决定系数R~2分别为0.959 7、0.886 3,失拟项的P大于0.05,显示两个模型均建立有效,最优的工艺条件为提取温度81℃、料液比1∶3.5、提取时间为2 h,在此条件下,暗纹东方鲀鱼皮冻的胶原蛋白提取率为47.62%,冻力为175.25 g,与拟合效果一致。研究表明,鱼冻富含甘氨酸和特征氨基酸,能有效利用鱼皮和保留鱼皮营养成分,初步得到一种富含胶原蛋白和凝胶性能好的暗纹东方鲀鱼皮冻,为下一步开发暗纹东方鲀鱼皮产品提供理论参考。     

暗纹东方鲀对几种蛋白质原料表观消化率及酶制剂对其消化能力的影响

以鱼粉、豆粕和玉米蛋白粉为待测原料,分别与暗纹东方鲀基础饲料配制成3种试验饲料,其中含有70%的基础饲料和30%待测原料,研究暗纹东方鲀对3种蛋白质原料的消化率;用豆粕、玉米蛋白粉替代部分鱼粉配制基础饲料,分别在基础饲料中添加0.050%和0.075%的酶制剂,研究酶制剂对暗纹东方鲀配合饲料表观消化率的影响。实验结果表明:暗纹东方鲀对鱼粉、豆粕和玉米蛋白粉蛋白质和干物质的消化率都较高,蛋白质的消化率分别为93.40%、91.83%和94.97%;干物质的消化率分别为88.13%、85.73%和89.25%。饲料中添加酶制剂能显著提高暗纹东方鲀蛋白质和干物质的消化率,但0.050%和0.075%的实验组之间没有显著性差异,可通过添加0.050%的复合酶制剂来提高暗纹东方鲀对饲料的利用率。研究亮点:研究暗纹东方鲀对鱼粉、豆粕及玉米蛋白粉3种蛋白原料的消化率,并结合肉食性鱼类的消化生理研究酶制剂对消化率的影响,为开发暗纹东方鲀低鱼粉饲料提供重要的基础数据,是开展渔业生态、低碳研究的一个关键步骤,有前瞻性和创新性。     

人工养殖条件下暗纹东方鲀的生长发育特性

对连续3年人工养殖的暗纹东方鲀的体重、体长、肝重、肝体系数、性腺系数和肥满度等指标进行分析,并用体长、体重相关式W=aLb进行拟合,研究其生长、发育情况.结果表明:池养暗纹东方鲀体长与体重的相关式为W=0.0557L2.9029,性成熟前肝脏与体长的相关式为W=0.0033L3.1875,肥满度为0.05±0.01,明显高于野生暗纹东方鲀.通过对性腺系数和肝体系数的分析得出,池养暗纹东方鲀如果培育良好,性腺能较好地发育.     

红鳍东方鲀BAC数据库和ESTs数据库中微卫星的筛选与应用

利用Tandem Repeats Finder软件在红鳍东方鲀Takifugu rubriper BAC数据库和ESTs数据库中查找微卫星标记.选取其中22个序列(11个BAC-SSRs序列、11个EST-SSRs序列)设计引物,并将22对引物用于庄河、河北Ⅰ和河北Ⅱ3个群体,均能扩增出产物,其中EST-SSRs有2对引物扩增产物比预期扩增产物偏大,可能是相应基因组中有内含子导致.研究结果表明,EST-SSRs标记要比BAC-SSRs标记的多态性低,其中11个BAC-SSRs和9个EST-SSRs标记有很好的多态性,可以用于红鳍东方鲀的遗传多样性分析和重要经济性状筛选等方面的研究.     

温度对暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼瞬时耗氧速率的影响

采用密闭 呼吸室法,研究了不同温度(11、15、19、23、27和31 ℃)下暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼（约20 g）单位体重瞬时耗氧速率的变化规律,及其与溶氧水平的关系。结果表明：暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼瞬时耗氧速率(V)均随实验时间(t)增加而降低,且呈现良好的幂函数负增长相关(V=a t^b,r²>0.98,P<0.01);在适宜溶氧范围内,暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼属于顺应呼吸型,V随溶氧水平降低而降低,但在临近临界点时,暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼耗氧率均表现为“调节管理”模式,即幼鱼用增加呼吸频率来保持一定的耗氧率,以维持基本的生命活动,而V与溶氧水平(DO)呈现良好的二次函数关系(r²>0.95,p<0.01);暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼耗氧率均随水温升高而升高,呈现良好的直线增长相关(r²>0.95,P<0.01);在常规池塘养殖水温范围内,暗纹东方鲀幼鱼的耗氧率比菊黄东方鲀高;暗纹东方鲀和菊黄东方鲀幼鱼Q₁₀值分别是2.84和2.65。建议在暗纹东方鲀和菊黄东方鲀的实际养殖和运输过程中,当溶氧水平低于3 mg/L时,应及时启动急救措施。     

东海海区东方鲀属鱼类的杂交现象

从东海海区采集的15尾东方鲀属鱼类中的11尾个体,兼具点状和条状花纹,很可能是东方鲀属鱼类的杂交后代。线粒体基因COⅠ显示这些个体与菊黄东方鲀(Takifugu flavidus)和双斑东方鲀(T.bimaculatus)关系最为接近,然后是横纹东方鲀(T.oblongus),最后是暗纹东方鲀(T.obscurus)。利用EPIC标记(Exon-primed intron-crossing markers)技术调查了此15尾个体及本实验室收集的菊黄东方鲀、双斑东方鲀和暗纹东方鲀的内含子序列,显示此15尾个体与菊黄东方鲀、双斑东方鲀和暗纹东方鲀关系均非常接近,难以区分。进一步通过比较此15尾东方鲀属鱼类的体色以及背鳍、臀鳍和胸鳍的鳍条数,可以明确这些个体中至少部分是菊黄东方鲀与双斑东方鲀、或与暗纹东方鲀、或与横纹东方鲀的杂交体,但也不排除部分个体是横纹东方鲀与菊黄东方鲀、或与双斑东方鲀、或与暗纹东方鲀的杂交体,表明东海海区存在东方鲀属的杂交体或天然杂交现象。     

暗纹东方鲀的亲鱼培育及人工繁殖技术

暗纹东方鲀属有毒的洄游性鱼类,但其肉质鲜美,脂肪和蛋白质含量高,富含人体必需的多种氨基酸、维生素和微量元素,因此,颇受消费者的欢迎.暗纹东方鲀自1991年人工繁殖成功以来,今年全国已有生产近百万尾仔鱼的能力,为推动暗纹东方鲀的养殖生产起到了非常重要的作用.但由于滥捕亲鱼和水质污染等多种因素的影响,长江中暗纹东方鲀资源趋向枯竭.今年长江口捕捞的亲鱼价格猛增至2000～3000元/公斤,所以人工培育暗纹东方鲀亲鱼进行人工繁殖是当务之急.近几年作者在暗纹东方鲀养殖和人工繁殖探索过程中有几点体会小结如下:     

暗纹东方鲀HTR4基因的分子特征及其生长相关SNP位点筛查

【目的】明确暗纹东方鲀（Takifugu fasciatus）5-羟色胺受体4（5-hydroxytryptamine receptor 4，HTR4）的分子结构、表达特征和功能，并探究HTR4基因SNP位点与暗纹东方鲀生长的相关性。【方法】采用分段克隆方法,分别扩增HTR4基因的3′RACE、5′RACE以及中间保守区域，将其拼接后获得暗纹东方鲀HTR4基因cDNA全长序列，对其进行生物信息学分析；利用实时荧光定量PCR技术，分析HTR4基因在暗纹东方鲀脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、卵巢、中肠、鳃、皮肤和肌肉等10种组织中的分布，以及其在卵巢5个不同发育时期（Ⅰ~Ⅴ期）的脑、肾脏、肝脏、脾脏、心脏、中肠、鳃和肌肉等8种组织中的表达模式；利用Sanger测序法，筛查HTR4编码区生长性状相关的SNP位点。【结果】暗纹东方鲀HTR4 cDNA全长2 302 bp，开放阅读框长度为1 170 bp，共编码389个氨基酸，包含5个外显子；氨基酸序列比对及系统进化树分析结果显示，暗纹东方鲀与红鳍东方鲀HTR4的一致性最高（99.53%），亲缘关系最近；三维结构预测显示，HTR4蛋白在鱼类中较为保守。荧光定量PCR结果表明，HTR4基因在暗纹东方鲀10个不同组织中均有表达，其中在脑组织表达量最高，其次是中肠，肌肉组织表达量最低；HTR4基因在卵巢5个不同发育时期的8个不同组织中均有表达，其中在卵巢发育的Ⅳ时期表达量最高。SNP位点筛查结果表明，暗纹东方鲀HTR4基因第4外显子1 202 bp处存在1个同义突变SNP位点（c.1202 C>G），关联分析表明该位点与暗纹东方鲀肥满度性状显著相关（P<0.05），其中CC基因型个体肥满度较高。【结论】HTR4基因在暗纹东方鲀生长发育中发挥了重要作用，可作为优良候选基因，在一定程度上可为暗纹东方鲀生长性状新品种的选育提供分子标记。     

中药治疗暗纹东方鲀多种鳃寄生纤毛虫的案例分析

寄生性纤毛虫是暗纹东方鲀工厂化养殖中最常见病原。近年来对传统化学药物耐药的纤毛虫越来越多。本文介绍了用中药治疗暗纹东方鲀鳃部多种寄生虫(车轮虫、斜管虫和小瓜虫)感染的过程,以期为类似病例治疗提供参考。     

暗纹东方中BAFF基因相关序列的性质探讨

[目的]为探索暗纹东方基因组中是否存在BAFF基因。[方法]通过比对人、小家鼠、野猪、原鸡的BAFF基因cDNA序列,获取高度保守的同源片断。根据红鳍东方基因组文库序列设计引物,从野生暗纹东方肌肉样品中提取总DNA进行PCR扩增,并进行PCR产物的克隆与测序。[结果]通过PCR扩增获得3条特异性条带,大小分别为542、349、221 bp。在红鳍东方基因组文库中未找到与542 bp序列匹配的片段。349和221 bp序列在暗纹东方和红鳍东方中是保守的。暗纹东方与红鳍东方序列比对结果表明,碱基突变的主要方式为插入或缺失。[结论]3个扩增条带为BAFF基因相关序列的可能性较小。在鱼类生物体中很可能不存在与哺乳类、鸟类BAFF同源基因。