利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

菜豆种质资源的ISSR分析及特异性标记的筛选

采用ISSR分子标记技术对吉林省各科研院所近年审定和主栽的36份菜豆种质的遗传多样性进行研究。从100个引物中筛选出可扩增出清晰稳定条带、重复性好的20个引物对36个菜豆品种的基因组DNA进行PCR扩增。采用NTSYSpc2.10软件计算遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析。结果表明:20个引物共扩增出87条带,其中多态性谱带76条,多态性比率为87.36%,多态性较高。36个品种间遗传相似系数在0.65~0.89之间。利用UPGMA法可将供试菜豆分为4大类,聚类结果显示,菜豆种质资源间的亲缘关系与来源地的相关性较为紧密,20号菜豆与其他品种的遗传距离相对较远。引物840为20号品种的特异性标记,在1 100 bp处多出一条谱带;引物861为27号品种的特异性标记,在1 000 bp处有一条谱带缺失;引物846为31号品种的特异性标记,在1 050 bp处有一条谱带缺失。3个引物针对20、27、31号品种的特异性标记可将3个品种快速从所有供试的36个菜豆品种中鉴别出来。     

大酸枣与酸枣、枣亲缘关系的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对大酸枣、酸枣及枣等11份种质材料进行了亲缘关系和遗传多样性检测,并采用离差平方和法进行聚类分析。结果表明,16条引物共获得115条谱带,其中多态性带84条,占总扩增谱带的73.04%。表明RAPD技术能较好地用于大酸枣、酸枣及枣亲缘关系的研究。从聚类分析图得,在等值线λ=15处,可将供试材料分为3类群:第1类包括无核小枣、金丝小枣、圆铃枣、冬枣4个枣品种;第2类包括大酸枣、s4、s5;第3类是由s1、s2s、3组成的酸枣群;表明大酸枣的分类地位处于供试酸枣和枣品种之间,推测大酸枣可能为供试酸枣与枣品种的中间类型。从欧氏距离上看出,大酸枣与供试酸枣的平均欧氏距离大于与枣品种间的平均欧氏距离,表明大酸枣与供试枣品种间亲缘关系较近。     

滩地13个杨树无性系遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记手段,研究杨树无性系的遗传多样性。在探讨杨树叶片基因组DNA提纯方法和优化PCR扩增反应体系的基础上,采用18个引物对13个杨树无性系的基因组DNA进行扩增;每个引物扩增的DNA片段数为1～14个,共产生126条带,其中多态带53条,占42%,平均每个引物扩增出3条多态带。结果表明:通过对126条谱带的聚类,分析了供试杨树无性系的系统发育,并通过比较各品种间的特异带或特征带的差异进行无性系鉴别和测定,运用特殊谱带,建立了杨树无性系的分子检索表。     

部分小麦新品种(系)的醇溶蛋白遗传多样性分析

为了揭示小麦(Triticum aestivumL.)品种间的遗传多样性,采用A-PAGE方法对58份来自不同育种单位的小麦新品种(系)进行了醇溶蛋白遗传多样性分析.全部供试品种(系)共检测到886条带,每份材料可电泳出8~20条带,平均15.3条.试验共获得迁移率不同的谱带86条,其中第2和第4条谱带出现的频率最高,分别为53.45%和50.00%,其余的谱带多态性很高,说明被检测的小麦新品种(系)间存在丰富的醇溶蛋白遗传异质性.供试材料间的遗传距离(genetic distance,GD)变异范围在0.26~0.83,平均为0.55.聚类分析在GD值为0.81水平上可将供试材料分为3大类群.研究数据为被检测材料在育种中的利用提供了有用信息.     

中国芸芥栽培品种亲缘关系的RAPD分析

 用100个随机引物对18个芸芥品种的基因组DNA进行扩增,结果有10个随机引物得到了稳定一致的RAPD谱带,扩增出的谱带数在2～17条之间,共扩增出91条谱带;采用UPGMA法对扩增出的谱带进行遗传聚类分析,在遗传距离(D)=0.1333处,将供试芸芥品种分为2类8组,揭示了供试芸芥品种的亲缘关系。     

咸宁部分桂花品种亲缘关系的SRAP分析

利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记,对咸宁地区的32个桂花(Osmanthus fragrans)品种进行了亲缘关系研究.15对引物共扩增出210个谱带,其中182个为多态性谱带,多态性比率达86.67％;其中银桂品种群的Shannon's信息指数(0.339 3)和遗传多样性指数(0.2164)最高.遗传多样性分析表明供试桂花品种群间的遗传分化系数为57.89％,说明品种群间遗传分化高.根据扩增结果进行聚类分析,在遗传相似系数0.644水平上可将32个桂花品种分为5个类群.供试品种的地理分布与其分类学地位具一定的相关性.     

新疆大麦种质资源农艺性状和醇溶蛋白遗传多样性分析

为给新疆大麦种质资源的开发利用和今后新疆大麦高产优质新品种的选育提供依据,根据大麦的8个农艺性状表现,采用酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(A-PAGE) 对国内外50份大麦种质资源的农艺性状和醇溶蛋白的遗传多样性进行了分析评价.结果表明,供试大麦品种农艺性状的变异系数(CV;)取值范围在9.15;～41.68;,平均23.96;.多样性指数(H)介于1.400～2.039,平均1.810.各农艺性状的遗传多样性指数都较大,具有丰富的遗传多样性;对供试材料的农艺性状进行聚类分析,50份大麦材料在遗传距离(GD)3.28时可被聚为5大类.利用A-PAGE对50个供试大麦品种进行检测,共分离出21种相对迁移率不同的醇溶蛋白谱带,即参试品种具有21个醇溶蛋白等位变异位点.平均每个品种分离出0.42条多态性谱带,表明这些品种具有丰富的遗传变异;对供试材料的醇溶蛋白电泳结果进行聚类分析,50份大麦材料在遗传距离(GD)0.44处聚为6个大类.     

辽宁省杨树主栽品种(无性系)AFLP分析

利用8对引物对辽宁省主栽的28个杨树品种材料进行AFLP分析。结果表明:8对引物共扩增谱带数983条,其中多态性带972条,平均多态性比例98.75%,表明各品种间在DNA水平上存在广泛差异。参试品种间遗传差异较大,遗传距离为0.468 7~0.996 0,辽宁杨与辽育3号(0.468 7)、014杨与108杨(0.475 5)、177杨与中辽1号(0.493 3)间的遗传距离较小,亲缘关系较近。利用UPGMA法对数据进行聚类分析,相似系数在0.369 0~0.625 8之间;当相似系数为0.533,可将28个杨树品种分为8类;当相似系数为0.559,第3类的15个品种又可以分为5个组,分类结果与生产中生长表现基本一致。辽宁杨与辽育3号相似系数最高(0.625 8),从分子水平上验证了其亲缘关系很近。     

ISSR标记研究黄金茶群体与湖南省主栽绿茶品种的亲缘关系

利用ISSR分子标记技术对湖南省黄金茶珍稀地方群体资源与4个绿茶主栽品种之间的亲缘关系进行了分析.结果表明,12条引物共扩增出137条ISSR谱带,其中多态性带126条,多念性条带比率(PPB)为91.97%.24个供试材料分析得出的遗传距离变异范围在0.03～0.96之间,平均为0.41.其中福鼎大白与碧香早之间的遗传距离最小,为0.03;黄金茶群体株系HJ08-10与槠叶齐之间的遗传距离最大,为0.96.构建的聚图表明,20个黄金茶群体株系与4个绿茶主栽品种之间的亲缘关系较远,为今后的品种改良和杂交亲本的选配提供了一定的分子理论依据.     

基于SSR标记的杨树新品种鉴定及核心引物筛选

目的利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种（系）进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。方法使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。结果11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530 ~ 0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种（系）的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。结论本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。      

枸杞品种SRAP分析

应用相关序列扩增多态性(SRAP)标记,对15个枸杞品种进行了遗传多样性分析。从36对引物组合中筛选8对引物组合用于PCR扩增,共获得39条谱带,多态性条带为37条,平均多态性百分率为94.8%,每对引物组合扩增出条带数3~9条不等,平均每对引物组合得到4.8条。15份材料之间遗传相似系数范围介于0.13~1.00之间,说明供试枸杞品种间存在丰富的遗传多样性。     

美洲黑杨及其杂交种的遗传多样性AFLP分析

[目的]利用AFLP技术对美洲黑杨及其杂交种的遗传多样性进行分析。[方法]采用AFLP分子标记技术对63份杨树无性系进行遗传多样性和亲缘关系的分析,并构建其聚类图谱。[结果]利用筛选出的8对引物对63份杨树无性系扩增后检测出1 153条谱带,其中有1 152条多态带,多态带比例为99.92%,表明所试杨树材料在DNA水平上酶切位点的分布具有丰富的遗传多样性;特异性条带有165条,包括14条缺失带;各品种间遗传相似性系数为0.077 9～0.794 6,平均值为0.548 7,说明各无性系之间有一定的遗传分化;聚类分析将杨树种质分成7组,同种的无性系并未严格聚在一起。[结论]为美洲黑杨种质资源的评价、保护和利用提供了分子水平上的有用参考。     

Analysis of Genetic Difference Between Species in Lupins by AFLP

The genetic difference between species in 18 lupins (Lupinus L. ) varieties including L. angustifolius L., L. albus L., L. pilosus Murr. was analyzed using AFLP. A total of 462 bands were observed, among of which, 442 (95.7%) were polymorphic, with an average of 110.5 polymorphic bands for each AFLP primer combination. The average genetic diversity index was 0. 781 in this study. The genetic difference between species was higher than that of between varieties, the average identification percentage of four AFLP primer combinations was 100% and 84.7% between species and between varieties, respectively. The cluster analysis indicated that 3 species were distinctly distinguished on the dendrogram using UPGMA method.     

葡萄品种资源的SSR鉴定及遗传多样性分析

用筛选出的12对SSR引物分析了39个葡萄品种的遗传多样性。结果表明:12对引物在上述品种中共扩增出155条谱带,其中多态性带149条,占扩增总带数的96.13%,特异性条带8条,占5%,所扩增的片段大小在50~1 000 bp之间,不同引物扩增的带数在5~24之间,平均12.9条。扩增条带最多的是引物VrZAG67,扩增出24条带;最少的是VrZAG47,仅扩增了5条带。品种间遗传相似系数变异在0.374~0.974之间,在相似系数为0.660的阈值下,可将39份材料分为3大类群。第1类包括"格拉卡"和"美人指"2个品种;第2类包括"玫瑰香"、"红旗特早"、"达米娜"、"红玫瑰"等30个品种;第3类包括"京云"、"奥古斯特"、"无核早红"、"巨峰"等7个品种。     

番茄种质遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP技术对44份番茄材料进行遗传多样性和亲缘关系分析。从64对引物组合中筛选出15对用于扩增,共获得601条带,其中多态性带364条,多态性为60.5%,这表明供试材料在DNA水平上酶切位点的分布存在广泛的变异。利用UPGMA法将44份番茄材料分成5个复合组和1个独立组,从相似性系数分析了各材料之间的亲缘关系。     

利用InDel标记构建番茄新品种指纹图谱

利用优化的InDel技术体系对19份上海地区主栽番茄新品种进行遗传多样性分析和指纹图谱构建。结果表明,19份番茄品种在遗传相似性系数为0.38时被分为2个主簇,供试品种遗传相似性系数在0.38到0.86之间,说明这些品种具有丰富的遗传多样性,聚类分析结果为番茄亲本选择选配提供了理论依据。利用5对InDel引物组合构建的指纹图谱将19份供试品种区分开,其中引物sli555可直接鉴定出品种‘浦珍’,引物sli608可直接鉴定出品种‘宇宙3号’和‘浦粉1号’,引物Indel F331可直接鉴定出品种‘凯旋’和‘改良粉妃’,表明InDel标记是一种构建番茄品种指纹图谱的理想标记,研究结果为番茄新品种的审认定、新品种保护权申请等工作提供了参考。     

应用AFLP技术分析甘蔗引进品种的遗传多样性

采用15对多态性较好的AFLP引物对36个甘蔗引进品种的遗传多样性进行分析,结果表明,每对引物的多态性条带数为45.9条、多态率为61.50%,遗传相似系数在0.6578～0.8762之间、平均为0.7459。聚类分析结果表明,36个引进品种为同一大类,而当地亲本材料粤农73-204独立成另一大类,说明粤农73-204与引进品种之间的亲缘关系较远;36个引进品种可进一步分为3类,相同系列的品种大多数能归为同一类,可见相同区域、相同机构选育的品种亲缘关系相对较近。而在系谱中亲缘关系密切的品种、大部分能归为同一类。遗传多样性指数分析结果显示,36个引进品种的遗传多样性指数为0.2470。指出加强引进品种的研究利用是促进我国甘蔗育种发展、有效提高甘蔗品种遗传多样性的重要措施。     

甘肃地方桃种质资源的遗传多样性

为了解甘肃地方桃种质资源的遗传多样性，采用SSR引物对60个甘肃省地方桃品种或类型进行鉴定分析。结果表明：12对引物共扩增出55个条带，其中多态性条带42个，多态性位点百分率为76.53%；平均每对引物产生有效等位基因多态位点数3.25个；位点杂和度(H)为0.537 2～0.757 8，平均为0.647 4；香农指数（I）为0.636 5～1.321 5，平均为0.897 9。UPGMA聚类分析显示,60份材料的相似系数为0.025～0.950，平均为0.630，在相似系数0.675处聚为7个类群。表明甘肃地方桃品种遗传多样性丰富。聚类结果与形态学分类及地理起源基本一致。     

新疆杏品种（系）遗传多样性分析及DNA指纹图谱库构建

【目的】从ISSR分子标记水平分析新疆主栽杏品种（系）的遗传多样性和亲缘关系,构建新疆杏品种（系）的DNA指纹图谱数据库,为杂交育种、品种鉴定和品种分类提供理论依据。【方法】从供试样品中选取表型差异较大的6份材料对100个ISSR引物进行筛选,最终筛选出条带清晰、主带明显、多态性丰富、能够稳定重复且对品种具有较高鉴别力的ISSR特征引物,对48个新疆杏品种（系）进行扩增,采用POPGENE version 1.32软件计算多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Nei’s多样性指数（H）和Shannon信息指数（I）,及各材料间的Nei’s遗传相似系数（GS）和遗传距离（GD）,并利用NTSYS pc version 2.10e 软件根据Nei’s遗传相似系数采用UPGMA方法进行聚类,以此分析遗传多样性和亲缘关系;利用4个引物特异位点的不同组合及Gel2.0指纹图谱自动识别系统鉴别48个新疆主栽杏品种（系）,并利用Gel2.0构建主栽杏品种（系）的DNA指纹图谱库。【结果】从100个ISSR引物中筛选到重复性好、多态性丰富的4个引物作为特征引物,分别为UBC809、UBC836、UBC844和UBC850,共扩增出78个位点,其中73个为多态性位点,平均多态性位点百分率为93.13%,其中引物UBC844多态性位点百分率最高,为100.00%;48个新疆主栽杏品种（系）的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数的平均值分别为1.9313、1.4368、0.2622和0.4028,说明各品种（系）的遗传多样性相对较丰富。‘黄肉油杏’和‘大五月杏’的遗传相似系数为0.8846,遗传距离为0.1226;‘库曼提’和‘索格佳娜丽’的遗传相似系数为0.5641,遗传距离为0.5725。将4个引物两两组合起来,可快速、准确地鉴别46个杏品种（系）,只有‘辣椒杏’和‘伊犁阿克玉吕克’需要3个引物组合才能鉴别出来,利用这4个ISSR特征引物通过Gel2.0指纹图谱自动识别系统构建了48个杏品种（系）的DNA标准指纹图谱数据库。【结论】新疆主栽杏品种（系）的遗传多样性较丰富,亲缘关系相对较近,‘黄肉油杏’和‘大五月杏’的亲缘关系最近,‘库曼提’和‘索格佳娜丽’的亲缘关系最远;且ISSR标记适于新疆主栽杏品种的遗传多样性、亲缘关系分析及构建DNA指纹图谱库;指纹图谱库的建立为杏品种（系）的鉴定及品种真实性和纯度奠定了基础,为新品种登记、注册和品种知识产权保护等提供科学依据。