西瓜遗传图谱的构建及果形指数QTL 分析

以圆球形西瓜品系花园母本为母本,椭圆形西瓜品系LSW-177 为父本,配制杂交组合,构
建由180 个单株组成的F2 群体,测量成熟西瓜的果实纵径、果实横径,并且通过果实的纵径与横径的比
值得到果形指数,进行遗传图谱的构建及相关性状QTL 分析。构建的连锁遗传图谱共含有45 个SSR 标
记,分属13 个连锁群。覆盖基因组长度为547.3 cM,标记间平均距离为12.44 cM,检测到与果形指数
密切相关的QTL 1 个,并在遗传连锁图谱中将之命名为Fsi3.1,位于第三连锁群,位于标记MCPI-12 和
CMN05_69 之间,贡献率为2.8%,加性效应负值,对减小果形指数表现为增效加性效应。     

甜瓜结实花初花节位QTL分析

 以WI998为母本（纯雌株、厚皮网纹甜瓜品系）,TopMark为父本（雄全同株纯合品系）,配置杂交组合,利用单粒传得到171个株系的重组自交系（F₂S₄）群体构建甜瓜SSR分子标记遗传连锁图谱。该连锁图谱包含19个连锁群,覆盖基因组长度为1 414.2 cM,标记间平均距离为10.2 cM。对结实花初花节位开展QTL分析,共检测到9个QTL,分别分布在第1、9、10、11连锁群上,各QTL的LOD值在2.89 ~ 9.42之间,4个QTL贡献率超过10%。位于第9连锁群的QTL Fp9.4贡献率最大,为18.57%（2010秋季LOD = 9.17）;位于第9连锁群的Fp9.3（2010春季8.64%,LOD = 6.44;2010秋季17.99%,LOD = 9.42）,位于第10连锁群的Fp10.1（2010春季3.59%,LOD = 2.89;2010秋季6.20%,LOD = 3.43）在两季的位置都很稳定。获得与结实花初花节位紧密连锁（< 10 cM）的8个特异标记（SSR01737、MU141991、TJ105、GCM206、SSR04910、MU173563、NR52、MU146331）,为进一步开展QTL精细定位提供参考。     

黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位

 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状, 以矮生黄瓜D8 ×蔓生黄瓜J IN5的188株F^₂单株作为 作图群体, 应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选, 构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群, 全长831.6 cM。标记平均间距为12.7 cM, 标记间最小遗传距离为4.8 cM, 最大遗传距离为22.3 cM。采用复合区间定位分析, 检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个, 均位于第4连锁群上, 贡献率分别为13.2%和13.0%; 控制节间距的QTL位点1个, 也位于第4连锁群上; 控制第一雌花开花期的QTL位点7个, 分别位于第1、2、3、5、7连锁群上, 各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。     

甜瓜重组自交系群体SSR遗传图谱构建及纯雌性基因定位

 以甜瓜（Cucumis melo L.）纯雌株厚皮甜瓜品系WI998为母本,雌雄异花同株薄皮甜瓜品系3-2-2为父本杂交,通过单粒传得到了含有185个F6︰7家系的重组自交系分离群体,构建SSR分子遗传图谱。1 219对SSR引物在亲本间有多态性的为215对,多态率17.6%,构建的图谱共包含210个SSR标记,分属18个连锁群,覆盖基因组长度为937.1 cM,标记间平均距离为4.4 cM。将与性别表达密切相关的纯雌性基因（g）定位到了第1连锁群上,其两侧标记为NR3和MU8294_1,与g基因的遗传间距分别为1.2 cM和2.6 cM。     

甜瓜侧枝相关性状的QTL定位

以甜瓜长侧枝自交系‘TopMark’和短侧枝自交系‘PI353814’为亲本,构建了F_2群体和F_(2:3)家系。利用92个F_2单株构建了一张包含12个连锁群,353个SSR标记的遗传连锁图谱,覆盖基因组长度为1 565.88 cM,连锁群长度在86.98～186.68 cM,标记间的平均距离为4.44 cM。利用该连锁图谱结合F_(2:3)家系表型鉴定数据,对甜瓜侧枝相关性状进行定位,共检测到6个QTL,分布在连锁群LGⅠ、LGⅢ和LGⅦ上,LOD值介于2.5067～12.5524之间,可解释9.9242%～48.2348%的表型变异率。其中侧枝总长主效QTLlbtl7.1和侧枝均长主效QTLlbal7.1均位于连锁群LGVⅡ的SSR标记CmSSR17145和CmSSR17293之间,贡献率分别为38.5923%和48.2348%。进一步利用186个F_(2:3)家系和新开发标记对主效QTL进行了验证,发现侧枝总长主效QTL lbtl7.1定位在SSR标记CmSSR17251和CmSSR17253之间,与两标记的遗传距离分别为2.5和0.5 cM,可解释41.2742%的表型变异,侧枝均长主效QTL lbal7.1被定位在SSR标记CmSSR17238和CmSSR17251之间,距离两标记分别为1.5和0.5cM,可解释55.1739%的表型变异。     

茄子果形的QTL 定位

 以圆茄高代自交系106和长茄高代自交系113为亲本,利用其F₂群体构建了一张包括23个SSR标记和85个AFLP标记,共15个连锁群的复合遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 007.9 cM,平均图距9.3 cM,长度和密度符合定位标准。采用MapQTL4.0软件并结合MQM作图法对果形QTL进行定位分析,定位到与果形指数相关的两个QTL,位于第1和第12连锁群上,表型贡献率分别为20.8%和41.5%;与果长相关的5个QTL,位于第1、8、11、12、14连锁群上,表型贡献率分别为16.5%、36.8%、9.8%、45.0%和41.9%;与果径相关的两个QTL,位于第1和第5连锁群上,表型贡献率分别为16.2%和15.8%。果形指数、果长和果径QTL同时定位在第1连锁群上,且与AFLP标记M23E21B距离3.5 cM,表明果形性状与该标记紧密连锁。     

菜瓜×马泡瓜遗传连锁图谱构建及果实相关性状QTL分析

试验用果实相关性状差异显著的两个亲本,菜瓜(Cucumis melo ssp.melo var.flexuosus)品系M4-75 (长型、肉厚)为母本和马泡瓜(C.melo ssp.agrestis)品系X207 (小果、圆形、肉薄)为父本,进行基因组重测序,并以此双亲配制F_2群体,进行CAPS标记的开发、遗传连锁图谱的构建和甜瓜果实相关性状的QTL分析。共筛选出180对具有多态性的引物,并得到一张遗传连锁图谱,该图谱包含165个CAPS标记、12个连锁群,覆盖基因组长度1 019.81 cM,标记间平均距离为6.18 cM。试验结果表明甜瓜果实相关性状均为数量性状,并检测到与之相关的QTL共14个,分布在第1、2、3、4、5、6、7、10和11连锁群上,LOD值介于2.67～9.63,可解释7.60%～35.18%的表型变异率,其中果实形状相关位点有9个,果肉厚度相关位点有3个,pH相关位点有2个。     

梨果实相关性状QTL定位分析

以‘红茄梨’（Pyrus communis L.‘Red Clapp Favorite’）和‘晚秀梨’（P. pyrifolia Nakai‘Mansoo’）杂交F₁代中已结果的81株单株为试材,利用81株单株的SSR分型数据进行连锁分析,构建了包含187个SSR标记,分布在18个连锁群上的遗传连锁图谱。图谱总长964.82 cM,标记平均间距5.16 cM,与之前利用该群体165株单株为材料构建的双亲整合图谱比较,86.59%的标记在连锁群中的排列顺序一致。利用MapQTL5.0软件,对果实表型性状进行QTL定位和分析,最终检测到与果实单果质量、纵径和横径连锁的4个QTL位点,都位于LG11,离最近分子标记的遗传距离为1.00 ~ 2.00 cM。进一步对检测出的果实大小QTL位点距离最近的标记基因型与表型比对分析,发现其符合度在72.5% ~ 82.5%。     

新疆哈密瓜永久遗传图谱构建及比较分析

 新疆哈密瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. ameri ( Pang. ) Greb. 〕是我国特有的栽培甜瓜种质资源, 具有不同于网纹甜瓜〔Cucumis melo L. ssp. melo convar. cantalupa ( Pang. ) Greb. 〕的独立遗传背景。以新疆哈密瓜和网纹甜瓜为亲本构建F₂ S₆作图群体, 采用SSR标记技术获得同时具有哈密瓜和网纹甜瓜遗传背景的永久遗传图谱。图谱由22个连锁群组成, 包括201个SSR标记, 1个白粉病抗性基因标记, 覆盖基因组长度977.153 cM, 标记间的平均距离4.837 cM。本图谱中的17个连锁群与Fernandez- Silva 等构建的网纹甜瓜遗传背景图谱具有线性关系, 两张图谱共有46个相同SSR标记。     

基于SRAP 分子标记的安祖花遗传连锁图谱的构建

 以安祖花（Anthurium andraeanum）抗逆性较强的品种‘Pink Champion’为母本,主栽品种‘Dakota’为父本,杂交得到F₁代,从该杂种F₁代中随机选出94个单株为作图群体,利用SRAP分子标记技术并运用JoinMap4.0^®软件的CP作图模型构建了遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组长1 689.5 cM,共254个标记,定位于19个连锁群上,标记间平均距离为6.65 cM。各连锁群长度在7.6 ~ 187.2 cM范围内,每个连锁群包含3 ~ 43个标记。     

西瓜种子大小形状相关QTL分析

以黏籽西瓜（Citrullus lanatus ssp. mucosospermus）‘PI186490’和普通栽培种西瓜（Citrullus lanatus ssp. vulgaris）‘LSW-177’为亲本,利用F2群体对种子大小和形状的QTL进行分析,构建了1张包含195个CAPS标记,并与染色体一一对应的11个连锁群的西瓜种子相关性状遗传连锁图谱。该图谱覆盖基因组长度2 029.8 cM,标记间平均距离10.46 cM。共检测到与种子相关性状QTL 23个,分布在连锁群LG1、LG2、LG3、LG5、LG6、LG8和LG11上,LOD值介于2.5208 ~ 36.0847之间,可解释2.2014% ~ 28.8950%的表型变异率。贡献率 > 17%的QTL位点4个,其中种子长度、种子宽度、种子厚度及种子百粒质量各1个。连锁群LG6定位到10个QTL,包含3个种子长度QTL、4个种子宽度QTL、1个种子厚度QTL及2个种子百粒质量QTL,4个贡献率 > 17%的QTL位点全部定位在连锁群LG6上,其中种子宽度和种子百粒质量主效QTL共同定位在标记WⅢ6-503和WⅢ6-502之间。     

桃分子连锁图谱的构建

为建立桃的高质量遗传图谱,进一步研究桃的遗传标记,获得与桃农艺性状紧密连锁的分子标记以及更多更可靠的数量性状标记(QTLs)打下基础并提供保障,以油桃品种秦光2号和曙光的91株正交F1代为试材,用Join-Map3.0软件的CP作图模型构建了桃的AFLP分子标记遗传连锁图谱。该图谱覆盖桃基因组1034cM,共计122个AFLP标记和2个质量性状标记(核黏离性状Ff和果肉颜色性状Yy)定位于11个连锁群上,连锁群的平均长度为94cM,每个连锁群包含2～23个标记,标记间平均距离为8.34cM。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱构建及3个重要农艺性状QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体,应用SSR标记构建了一张总长度为645cM的遗传连锁图谱,该图谱包含86个SSR标记,标记间平均距离为7.5cM。应用该图谱,利用复合区间作图法,对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析,结果在第5条染色体上检测到控制3个性状的QTL各1个,其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3%,控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1%,控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2%。     

马铃薯SSR遗传连锁图谱的构建及3个重要农艺性状的QTLs定位

利用二倍体马铃薯杂交群体P1的167个基因型为作图群体，应用SSR标记构建了一张总长度为645 cM的遗传连锁图谱，该图谱包含86个SSR标记，标记间平均距离为7.5 cM。应用该图谱，利用复合区间作图法，对与马铃薯块茎相关的3个重要农艺性状进行QTL定位和遗传效应分析，结果在第5条染色体上检测到控制以上3个性状的QTL各1个，其中控制单株产量的QTL遗传贡献率为12.3 %，控制单薯质量的QTL遗传贡献率为16.1 %，控制块茎比重的QTL遗传贡献率为11.2 %。     

辣椒遗传连锁图谱的构建及果实硬度的QTL分析

以辣椒软果材料10C12和硬果材料10C08杂交获得的123株F2分离群体为作图群体,利用SRAP与SSR分子标记构建一张包含26个SSR标记,78个SRAP标记位点的辣椒分子遗传连锁图谱。该图谱覆盖长度为762.2 cM,共包含了13个连锁群,平均图距为7.3 cM。通过MapQTL4.0分析,检测到3个控制果实硬度的QTL位点：fi1.1、fi1.2和fi5.1,其中fi1.1与fi1.2位于连锁群LG1上,fi5.1位于LG5上。这些QTL位点对果实硬度性状表型变异的贡献率分别为12.3 %、15.6 %、9.7 %。     

黄瓜叶面积遗传及QTL定位分析

选用2个叶面积大的黄瓜品种（D9320、D2005）和2个叶面积小的黄瓜品种（D0455、D0401）配制杂交组合，筛选叶面积差异较大的亲本组合D0401×D9320构建F2分离群体，采用加性－显性（AD）模型进行遗传分析。结果表明：黄瓜叶面积是由多基因控制的数量性状，以显性效应为主，存在一定的加性效应，狭义遗传力和广义遗传力较高。采用SSR分子标记构建遗传连锁图谱，利用复合区间法对黄瓜叶面积进行QTL定位。结果表明：CSWACC03、CSWCT05BZ和CSCTTT15a位于同一个连锁群上，连锁群总长度为68.3 cM；检测出1个与黄瓜叶面积有关的QTL，与最近标记的距离为3.6 cM，且变异贡献率为8.65 %。     

梨遗传连锁图谱的构建及部分果实性状QTL的定位

利用八月红梨和砀山酥梨杂交得到的F1代实生苗为作图群体,应用Joinmap3.0作图软件,构建了一张包含61个苹果EST-SSR标记、68个苹果SSR标记、49个梨SSR标记、1个RAPD标记和3个质量性状标记,共182个标记并分属于19个连锁群的梨遗传连锁图谱,图谱总长度为982cM,标记间平均图距5.4cM。控制果皮红色的基因RFS位于LG3连锁群上,与最近的分子标记MES93-264p的遗传距离分别为9cM。控制果锈存在的基因FR、控制萼片脱落性状的基因AS分别位于LG16连锁群和LG12连锁群上。采用区间作图法,检测到与果实可溶性固形物含量、单果质量、横径和纵径等性状连锁的QTL位点21个(LOD≥2.5),其中主效QTL位点6个(LOD≥3.5),与果实性状相关QTL位点多集中在LG7和LG11连锁群上。     

甘肃桃抗南方根结线虫性状的SRAP标记

以桃野生近缘种红根甘肃桃（Prunus kansuensis）与贝蕾[P. persica（L.）Batsch.]杂交的BC1代190株后代为试材,采用SRAP分子标记进行遗传分析。通过筛选在亲本中扩增稳定且多态性丰富的53对SRAP引物进行后代分析,获得来自红根甘肃桃且符合1︰1分离比例的标记115个。应用Mapmaker/Exp 3.0分析软件构建了红根甘肃桃的SRAP分子连锁图谱。该图谱共8个连锁群,包含103个标记,其中102个SRAP标记、1个抗南方根结线虫（Meloidogyne incognita）标记,总图距994.2 cM,每个连锁群的平均长度为124.3 cM,标记间平均图距为9.6 cM。抗南方根结线虫标记Mi-redkansu位于第5连锁群,并获得与其紧密连锁的SRAP标记,其遗传距离为2.1 cM。以36株F2代群体作为验证,检验标记的准确性为91.7%。     

辣椒种内遗传图谱的构建及主要农艺性状的QTL分析

以一年生辣椒（Capsicum annuum L.）‘Perennial’、‘83-58’为亲本构建的包含128个株系的F6代重组自交系为作图群体,构建了一个包含有18个连锁群的遗传图谱。该遗传图谱共有131个标记,其中SSR标记105个,CAPS标记23个,SCAR标记1个,果实辣味（pun）和果柄着生方向（up）2个形态标记。该图谱全长633.71 cM,标记间的平均距离为4.8 cM,连锁群的长度为7.07 ~ 75.16 cM,平均长度为35.21 cM,每个连锁群上的标记数为3 ~ 17个。对群体进行10个主要农艺性状调查,利用基于完备区间作图方法（Inclusive Composite Interval Mapping）的QTL IciMapping V3.2软件（http：//www. isbreeding. net/）选择加性效应模型ICIM-ADD进行QTL定位,在重组自交系（RIL）群体中共检测到株高、伸展度、始花节位、叶长、叶宽、侧枝长度、果形、果形指数、心室数和果实横径等10个性状的20个QTL位点。     

基于CAPS标记的甜瓜种子相关性状QTL分析

以种子相关性状差异显著的甜瓜品系MR-1和M1-15为试材,构建BC1P1回交群体,利用2个亲本材料全基因组重测序数据发掘SNP位点并将其转化为CAPS标记,构建遗传连锁图谱并对种子相关性状进行QTL分析。结果表明:获得了一张包含197个CAPS标记、12个连锁群的甜瓜遗传连锁图谱。检测到与种子相关性状紧密连锁的QTL位点6个,分布在1、2、5、8号染色体上,可解释9.86%~13.52%的表型变异率,贡献率10%的QTL位点5个。