红鳍东方鲀IL-2基因克隆及序列分析

鱼白细胞介素-2是近年来新发现的一类细胞因子.根据Bird等发表的河豚IL-2基因序列设计一对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了红鳍东方鲀(Fugu rubripes)白介素-2的核苷酸序列.该cDNA序列由490nt组成,编码由149个氨基酸组成的前体蛋白.序列分析表明,红鳍东方鲀IL-2核苷酸序列和氨基酸序列与目前已知的其它物种IL-2的核苷酸及氨基酸的同源性分别位于34% ～44%和24% ～43%之间,N端存在长22个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸.遗传进化分析表明,红鳍东方鲀IL-2在遗传进化上具有其独立性.     

红鳍东方鲀IL-2基因克隆及序列分析

鱼白细胞介素-2是近年来新发现的一类细胞因子.根据Bird等发表的河豚IL-2基因序列设计一对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了红鳍东方鲀(Fugu rubripes)白介素-2的核苷酸序列.该cDNA序列由490nt组成,编码由149个氨基酸组成的前体蛋白.序列分析表明,红鳍东方鲀IL-2核苷酸序列和氨基酸序列与目前已知的其它物种IL-2的核苷酸及氨基酸的同源性分别位于34% ～44%和24% ～43%之间,N端存在长22个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸.遗传进化分析表明,红鳍东方鲀IL-2在遗传进化上具有其独立性.     

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。     

红鳍东方鲀微卫星DNA多态性初步分析

用红鳍东方(Takifugu rubripes)微卫星标记对两个不同群体红鳍东方的DNA多态性进行分析。经20对引物的扩增,得到每个个体的微卫星片段,其中16对引物能扩增出较好的谱带。用2%的琼脂糖凝胶电泳检测微卫星标记的PCR扩增产物,并对扩增结果进行了统计分析。计算得到两个群体的平均等位基因数分别为1.875 0和2.437 5;多态信息含量(PIC)平均值分别为0.275 1和0.379 4;平均杂合度观测值分别为0.025和0.200。统计结果初步表明两个不同群体平均杂合度较低,遗传多态性不高。     

3个线粒体基因在红鳍东方鲀和暗纹东方鲀中的比较分析

由于形态学无法更精准地鉴别部分红鳍东方鲀和暗纹东方鲀,因此需要通过分子手段鉴别此类无法直观辨认的东方鲀。该研究以15尾红鳍东方鲀和30尾暗纹东方鲀为材料,使用NCBI上红鳍东方鲀和暗纹东方鲀的线粒体全基因组中3个基因COⅠ、COⅡ、COⅢ保守区域通过Primer 5.0进行引物设计。将45个样品在摸索得到的最适条件下进行扩增并测序,对测序结果进行检验,分析种间差异并进行碱基组成性分析,得出COⅠ上有9个SNPs,COⅡ上有4个SNPs,COⅢ有10个SNPs,使用MEGA-X进行进化树分析得出,该研究所设计的引物可以有效地鉴别2种东方鲀。     

用EST-SSRs研究小麦遗传多样性

 小麦EST-SSRs是从小麦ESTs序列（表达序列标签）中开发的一种新型SSR标记。研究采用35对小麦EST-SSRs标记检测了 96份小麦材料的遗传多样性。结果表明，这些小麦EST-SSRs引物均可获得清晰的预期产物，共检测到129个等位变异，其中87.6%有多态性，大多数引物有2～4个等位变异；其中部分引物可用于普通小麦及其近缘种属的亲缘关系研究，并可根据特征带谱鉴定部分小麦品种；在相似系数为0.745的水平可将人工合成双二倍体小麦材料和一般小麦品种区分开来。与基因组SSR标记相比，EST-SSRs这种新型分子标记来源于表达基因，将其用于小麦遗传研究可直接反映相关基因在不同小麦品种间的表达差异。     

暗纹东方纯微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方纯群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5％)能扩增出特异性条带.利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方纯群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为...     

从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究

为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,且条带清晰,其中有2对引物在小尾寒羊品种内呈现多态。     

暗纹东方鲀CD8α全长cDNA的克隆及序列分析

根据红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的CD8α序列设计引物,用RACE技术克隆并测定了暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)CD8α全长cDNA序列,经序列比对两者同源性为97%.序列分析显示657 nt的开放读码框编码218个氨基酸残基的跨膜糖蛋白的前体蛋白,蛋白结构预测包括信号肽区、免疫球蛋白样结构域区、茎区、跨膜区和胞浆区.对其中胞外的免疫球蛋白样结构域区和茎区进行了原核表达,表达产物为22 ku左右的重组蛋白.     

红鳍东方鲀SREBP-1基因的电子克隆及生物信息学分析

利用斑马鱼的SREBP-1的氨基酸序列NP_001098599.1为探针,对红鳍东方鲀基因组数据库进行BLAST分析,获得红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)的固醇调节元件结合蛋白-1 (Sterol regulatory element binding protein-1,SREBP-1)的cDNA序列及相应的氨基酸序列.采用生物信息学方法对其基本理化性质、蛋白质结构及功能结构域进行分析.结果发现红鳍东方纯SREBP-1基因的开放阅读框全长3 330 bp,共编码1 109个氨基酸;红鳍东方鲀SREBP-1的氨基酸序列与黄斑蓝子鱼、大西洋鲑、斑马鱼、人、牛及原鸡的同源性分别为81％、73％、72％、55％ 、55％、54％和54％;系统进化分析结果表明,红鳍东方纯SREBP-1与黄斑蓝子鱼的进化关系最为密切,亲缘关系最近;红鳍东方鲀SREBP-1蛋白中α-螺旋较多,该蛋白质氨基端包含1个bHLH-zip的结构.     

利用配合力和SSR标记对热带和温带玉米自交系进行杂种优势群划分

本研究用代表我国温带玉米主要杂种优势群的4个标准测验种（B73、丹340、Mo17和黄早四)和来自5个热带的玉米群体Suwan1、Pop21、Pop32、Pop28及Antigua种族的25个典型自交系,采用NC－Ⅱ设计得到100个杂交组合,将这些组合种植在云南省景洪、德宏、保山三种不同生态条件下进行观察鉴定,再根据产量进行配合力分析,并结合SSR分子标记进行杂种优势群划分。结果将供试自交系划分为4个类群,第一群包括丹340和黄早四,属国内玉米种质类群;第二类群包括Mo17和来自Antigua种质的M9,属Lancaster种质类群;第三类群包括B73,属Reid种质类群;第四大类群包括除M9以外的24个热带自交系,属于热带玉米种质。第四类群又可分为A和B两个杂种优势群,其中A群属于马齿型的Tuxpeno种质,可再分为亚群1和亚群2,其中亚群1包括除除M15以外的Pop21的4个自交系;亚群2包括M15和M17两个自交系;B群是硬粒型种质,可再分为4个亚群,其中亚群1属于Suwan1种质,包括自交系M1、M2、M3和M5;亚群2属于黄色硬粒型的Antigua种质,包括自交系M6、M7、M8、M10和来自Suwan1的M4;亚群3基本属于硬粒型的ETO种质,包括来自Pop32的M16、M18、M19和来自Pop28的M22、M24;亚种4基本属于Antigua种质,包括来自Pop32(ETO)的M20和来自Pop28的自交系M21、M23、M25。划分结果与系谱来源基本一致。     

川麦42/川农16重组自交系群体中小麦迟α-淀粉酶(LMA)的遗传分析

利用川麦42/川农16的重组自交系(recombined inbreed lines,RILs)群体,采用双抗体夹心酶联免疫吸附(ELISA)试剂盒,对迟熟α-淀粉酶(Late maturityα-amylase,LMA)进行了测试;选用7B染色体上的3对与LMA相关的SSRs引物(Xgwm577,Xwmc276,Xwmc273),对群体中标记与LMA的相关性进行了验证;同时对LMA和降落值(Falling Number,FN)的相关性进行了分析.结果表明:①LMA是受一对基因控制;②3对SSRs引物(Xgwm577,Xwmc276,Xwmc273)在MILs中对LMA的检测没有作用.③在本试验的MILs中,LMA的存在对降落值又重要影响,同时降落值还受其它遗传控制.     

陆地棉重要农艺性状的QTL定位

研究选用苏棉10号和长绒棉两个陆地棉品种的160个F2单株作为图群体, 利用84对SSR标记,构建了一个包括20个连锁群、标记间平均间距16.6 cm、全长630.9 cm的作图群体,约覆盖棉花基因组的12.6;.在此基础上对果枝始节、结铃数、单铃重、衣分、籽指、株高、叶主脉、叶次脉等8个农艺性状进行了QTLs筛选,共鉴定了9个稳定的QTLs:其中有2个与果枝始节有关的QTL分别位于连锁群14和15上;2个与株高有关的QTL分别位于连锁群7和20上;1个与籽指有关的QTL,位于连锁群17上;2个与衣分有关的QTL,分别位于连锁群9和15上,均为增效基因;1个与叶主脉有关的QTL,位于连锁群19上,1个与叶次脉有关的QTL,位于连锁群7上.由于这些QTL有较大的效应值,因此该QTLs在今后的育种、分子标记辅助选择上都有很大的意义.     

陆海杂交棉产量及重要农艺性状QTL定位

[目的]通过海7124和军棉1号构建的陆海杂交棉产量及重要农艺性状的QTL定位研究,筛选与产量及重要农艺性状紧密连锁的分子标记,提高棉花育种效率.[方法]选用陆地棉品种军棉1号和海岛棉品种海7124配制的一个包含148株F_2单株的群体,利用97对SSR标记构建了一个包含17个连锁群,长673.3 cM,标记间平均距离为17.3 cM的遗传图谱,覆盖整个棉花基因组12.2;.在此基础上对果枝始节、果枝台数、结铃数、单铃重、衣分和叶面积6个农艺性状进行了QTL定位研究.[结果]检测到3个稳定的QTL:1个与衣分相关的QTL,位于第4连锁群上;1个与果枝台数相关的QTL,位于第1连锁群上;1个与叶面积相关的QTL,位于第6连锁群上.[结论]这些QTL的效应值较大,对今后的棉花育种的分子辅助选择具有较大的意义.     

转基因抗虫棉品种(系)的遗传多样性初步研究

利用简单重复序列（SSRs)和随机扩增多态性DNAs(RAPDs)2种分子标记对来自我国各个棉区的30份陆地棉转基因四种质材料进行了遗传多样性分析，材料包含有我国的3种转基因类型，利用NTSYS-pc2.10统计分析软件，采用Jaccard‘s相似系数UPGMA法进行聚类，结果表明，3类转基因材料大致分为不同的2类，而且不同棉区的转基因材料交叉分布，相似系数分析表明，我国转基因材料的遗传多样性相对较为丰富。同时对我国转基因材料的生产应用提供了参考意见。     

Detection of Genetic Diversity in Synthetic Hexaploid Wheats Using Microsatellite Markers

Ninety-five synthetic hexaploid wheats (2n = 6x = 42, AABBDD) were analyzed using 45 microsatellite markers to investigate the potential genetic diversity in wheat breeding programs. A total of 326 alleles were detected by these microsatellite primer pairs, with an average of 6.65 alleles per locus. The polymorphic information content (PIC), Simpson index (SI), and genetic similarity (GS) coefficient showed that the D genome is of the highest genetic diversity among the A, B, and D genomes in the synthetic hexaploid wheats. The results also indicated that the synthetic hexaploid wheat is an efficient way to enrich wheat genetic backgrounds, especially to use the genetic variations of the D genome from Aegilops squarrosa for wheat improvement. The UPGMA dendogram, based on a similarity matrix by a simple matching coefficient algorithm, delineated the above accessions into 5 major clusters and was in accordance with the available pedigree information. The results demonstrated the utility of microsatellite markers in detecting DNA polymorphism and estimating genetic diversity.     

利用SSR标记分析"川育12"和人工合成小麦"SYN780"的遗传差异

四川育成品种“川育12”和CIMMYT硬粒小麦-节节麦人工合成种“SYN780”都具有优质小麦基因,本试验利用小麦A、B和D基因组上的229对引物对“川育12”和“SYN780”进行了SSR分子标记比较分析。结果表明,229个SSR标记位点中有140个位点“川育12”和“SYN780”存在多态性差异,占位点数的61.1%。这140个差异位点在A、B和D3个基因组的分布频率(占该基因组被检测位点数)不一致,其中B基因组分布最多,D基因组分布最少,其顺序为B(64.2%)>A(63.5%)>D(54.9%)。     

40个河南省审定小麦品种遗传多样性的SSR标记分析

利用小麦基因组42条染色体臂上的43个SSR标记对40个河南省审定小麦品种的遗传多样性进行了研究。结果发现,43对SSR引物中有31对(占72%)扩增出带并具有多态性,这31对引物共检测到186个等位变异,每对引物能检测到2～14个,平均位点为6个。聚类分析表明,SSR标记能将40个品种相互区分开。品种间遗传距离(GD)变幅为0.231～0.593,平均GD值为0.404。据此认为,SSR标记揭示出这40个河南省审定小麦品种遗传变异较小,遗传基础狭窄。     

利用SSR标记分析"川麦42"和"川麦43"的遗传差异

“川麦42”和“川麦43”是源于CIMMYT硬粒小麦-节节麦人工合成种的姊妹系,具有高产、高抗条锈等特征。本实验利用小麦A、B、D基因组上的91对引物对“川麦42”和“川麦43”进行了SSR分子标记比较分析。结果表明,分析的91个SSR标记位点中有61个位点“川麦42”与“川麦43”多态性一致,占位点数的67.03%;有30个位点两个品种存在多态性差异,占位点数的32.97%;30个差异位点在A、B和D三个基因组的分布频率(占该基因组被检测位点数)不一致,其中A基因组分布最多,B基因组分布最少,其顺序为A>D>B。     

杜仲SSR-PCR反应体系建立及引物筛选

为了对杜仲种质资源的遗传多样性研究奠定理论和技术基础,采用正交试验设计和单因素分析,建立并优化了杜仲的SSR-PCR反应体系。结果表明,杜仲SSR-PCR最适反应体系为正反向引物(10μmol.L-1)各0.2μL,Taq DNA聚合酶(5 U.μL-1)0.1μL,dNTP(10 mmol.L-1)0.2μL,模板DNA(5～10 ng.μL-1)1.0μL,Mg2+(25 mmol.L-1)0.6μL,10×PCR缓冲液1.0μL,HPLC超纯水6.7μL,总体积10.0μL。同时筛选出了3对多态性有效引物,研究结果证明了微卫星引物在不同物种间的通用性受物种间亲缘关系远近的影响,并初步揭示了杜仲的遗传多样性,表明了微卫星标记在遗传多样性研究上的优越性。