2013—2017年我国小反刍兽疫病毒H基因分子演化特征

为研究我国小反刍兽疫病毒（PPRV）的分子流行特点,对2013—2017年我国37株PPRV流行毒株进行血凝蛋白（H）基因序列测定和生物信息学分析。结果显示：37个毒株H基因核苷酸序列之间的遗传距离为0~0.007 7,变异分布在41个位点,H蛋白氨基酸序列之间的遗传距离为0~0.013 2,变异分布在24个位点。与15株代表毒株进行序列比对发现,2013—2017年我国37株PPRV流行毒株H基因的13个位点发生了核苷酸序列突变,其中9个导致了氨基酸序列的改变。以最大似然法构建分子进化树,发现2013—2017年我国流行的37个毒株构成基因4系中一个独立的进化小分支。本研究阐明了2013—2017年我国PPRV H基因的分子演化特征,从而为该病控制和消灭策略的制定提供了数据支持。     

小反刍兽疫疫情流行毒株P基因序列分析

为分析我国2013年小反刍兽疫(Peste Des Petits Ruminants,PPR)大流行时期各毒株的进化关系,从NCBI下载不同地区的28株PPRV毒株,利用DNAStar分子生物学软件进行PPRV P基因序列分析。结果显示,2013年我国PPR疫情各毒株间P基因核苷酸同源性范围为99.6%~100%,与西藏毒株同源性范围为97.1%~97.5%,与国外毒株同源性范围为89.2%~98.2%;2013年PPR疫情各毒株间P蛋白氨基酸同源性范围为95.7%~100%,与西藏毒株同源性范围为92.3%~96.7%,与国外毒株同源性范围为82.5%~98%;PPRV毒株P基因进化树分析显示该次疫情毒株同属一个分支,与印度毒株进化关系较近,与西藏毒株进化关系较远。通过分析发现,该次疫情可能由中国周边国家传入。     

新疆小反刍兽疫疫情诊断

2013年12月新疆伊犁州霍城县发生不明山羊疫情,根据临床症状和剖检变化怀疑为小反刍兽疫感染。对3只病死山羊病料、8只患病山羊分泌物棉拭子样品和6只患病山羊血清样品分别进行病原学和血清学检测。利用竞争ELISA试剂盒对6份血清样本进行抗体检测,结果全部为阳性。利用抗原捕获ELISA试剂盒,在11只病羊样品中都检测到小反刍兽疫抗原。利用能特异性检测小反刍兽疫病毒的荧光定量RT-PCR方法,在11只病羊样品中检测到小反刍兽疫病毒核酸。利用特异引物进行PPRV N基因片段RT-PCR反应,从11只病羊样品中检测到PPRV核酸。针对2号样本病原核酸N基因和F基因片段进行序列同源性比较,结果该毒株与西藏流行株序列片段相似性分别为96.5%和97.5%。遗传进化分析,该病原属于谱系4,与巴基斯坦等国流行毒株遗传关系最近。     

小反刍兽疫病毒新疆株的N基因序列分析

为了分析小反刍兽疫病毒(PPRV)新疆株的分子演变特点,从Gen Bank数据库中下载所有国家全部PPRV的N基因全序列,应用DNAStar软件进行序列分析。结果显示:PPRV中国新疆株,与中国内地流行毒株核苷酸同源性最高,为99.2%~99.9%;与之前中国西藏毒株核苷酸同源性为98.1%;与中国所用疫苗株核苷酸同源性为93.6%。与其他国家毒株相比,核苷酸同源性最低的是韩国毒株,同源性最高的是印度毒株。N基因系统进化关系分析显示,PPRV中国新疆株属于基因Ⅳ系。N蛋白氨基酸同源性结果与核苷酸比对结果相似。PPRV中国新疆株存在一定程度变异,可能为周边国家传入。     

一起羊小反刍兽疫的诊断及其病毒分离、鉴定和全基因组序列分析

2014年8月,河北涿鹿某养殖场羊群发生不明原因的疫病,临床症状表现为腹泻,咳嗽,呼吸困难,口腔有溃疡,流鼻涕,发热,流泪。应用RT-PCR技术从病羊体内扩增出了小反刍兽疫病毒(PPRV)的基因片段。序列分析发现,China/BJ/2014与China/XJYL/2013的同源性最高,为99.7%,并将该毒株命名为China/BJ/2014。遗传进化树分析表明,China/BJ/2014属于PPRVⅣ系,与China/XJYL/2013、CH/HNZK/2014和CH/GDDG/2014亲缘关系最近。全基因组序列分析发现,与另外3株序列相比,China/BJ/2014存在15处氨基酸替换。本研究确定了此次疫病为小反刍兽疫,且该毒株为国内流行株,全基因组序列分析为进一步研究PPRV进化和防控提供了重要信息。     

新疆小反刍兽疫病毒L基因序列分析

为了分析中国新疆伊犁和新疆巴州两次小反刍兽疫疫情的特点,从Genbank下载两次疫情毒株和其他PPRV毒株L基因全序列,应用DNAstar分子生物学软件进行序列分析。通过核苷酸和氨基酸同源性比对显示:国内毒株间同源性最低的为中国西藏地区的疫情毒株,同源性最高的均为2013年中国新疆伊犁暴发疫情之后国内的毒株。国外毒株间同源性最低的为乌干达毒株,同源性最高的为印度毒株。系统进化树分析显示:中国的10个毒株均属于同一分支,中国新疆伊犁和新疆巴州两次疫情与印度毒株的进化关系最近。因此中国新疆伊犁2013年疫情和中国新疆巴州2015年疫情很有可能是中国周边国家印度传入。     

内蒙古乌兰浩特某羊群暴发小反刍兽疫的诊断

2016年,内蒙古乌兰浩特某羊群暴发临床上以发热、流涎、口腔黏膜严重溃疡、呼吸道症状严重为特征的疫病,发病率为34.30%,死亡率为49.60%。本研究通过流行病学调查、临床与病理学检查及分子生物学检测等方法,确定该羊群暴发的疫病为小反刍兽疫(PPR)。应用PCR技术,扩增分离毒株NH13的N蛋白基因序列并进行序列测定与比对分析,结果显示NH13毒株与国内外新近报道的小反刍兽疫病毒(PPRV)毒株的同源性高达96.4%,表明引起该次暴发流行的PPRV NH13毒株与近几年国内不同地域暴发的PPRV可能源于同一病毒。本研究结果为PPR的防控提供分子流行病学理论依据。     

小反刍兽疫诊断与防治措施

2014年12月新疆阿克苏地区库车县、柯坪县发生不明羊疫情,根据临床症状和剖检变化怀疑为小反刍兽疫感染.对病死羊病料、患病羊分泌物棉拭子样品和患病羊血清样品送自治区动物卫生监督机构分别进行病原学和血清学检测.结果该毒株与西藏流行株序列片段相似性分别为96.5%和97.5%.遗传进化分析,该病原属于谱系4,与巴基斯坦等国流行毒株遗传关系最近.     

小反刍兽疫病毒四川简阳株N基因的系统进化分析

为了调查小反刍兽疫病毒四川简阳株(SCJY株)的分子遗传特征,我们对四川简阳发病羊鼻拭子中的小反刍兽疫病毒N基因进行了遗传进化分析。通过RT-PCR、克隆测序获得SCJY株N基因序列,使用DNASTAR软件将其与GenBank中的15条参考株序列进行同源性比对,使用MEGA6软件进行系统进化分析。结果显示:SCJY株N基因序列全长1578nt,与参考株的核苷酸同源性为88.9%～100%,氨基酸同源性为92.8%～100%,与2013～2014年小反刍兽疫中国流行毒株高度同源;系统进化分析将16个毒株N基因划分为4个谱系,SCJY株属于Ⅳ系。     

云南红河州小反刍兽疫的血清学及分子流行病学调查

为掌握小反刍兽疫在云南省红河州的流行情况及疫苗防控效果,应用竞争酶联免疫吸附试验(ELISA),对该州13个县市采集自人工免疫山羊的920份血清进行抗体检测,同时应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)对215份山羊组织样品检测小反刍兽疫病毒(PPRV)核衣壳蛋白(N)基因小片段,并取PCR扩增呈阳性的组织样品进一步做N基因大片段的克隆与测序,最后与国内外参考毒株进行核苷酸同源性比较及进化关系分析。调查结果表明,该州小反刍兽疫血清抗体平均阳性率为70.65%,病毒核酸阳性率为20.46%;当地流行毒株与国内其他毒株同源性最高,均属于基因Ⅳ系毒株,并与印度株和土耳其株进化关系相近。据此推测,当地流行毒株可能最初从国外传入,再伴随引种传入云南。调查证实,以国外基因Ⅱ系毒株制成的弱毒疫苗,虽与我国毒株不同基因系,但具有较高的免疫保护力。