SYBR GreenⅠ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒定量分析中的应用

为了探讨SYBR Green Ⅰ实时定量RT-PCR技术在甜樱桃病毒粒子定量分析中的应用前景,以复合感染李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf vi-rus,PDV)、樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)、樱桃小果病毒-2(Little cherry virus-2,LChV-2)的甜樱桃"红灯"Prunus avium cv.Red Lamp植株为研究对象,采用相对定量方法,分析各病毒的外壳蛋白基因的表达,用以指示病毒的增殖量。在花、幼叶、功能叶、衰老叶中均能检测到4个基因,但各基因表达量在各器官中存在差异。PNRSV-CP与CVA-CP表达模式相似,功能叶中明显高于其它器官,衰老叶中急剧降低。PDV-CP与LChV2-CP表达模式类似,幼叶中的表达量较高,功能叶片中较低。PNRSV-CP在花、功能叶中的表达显著高于其它3个病毒基因。LChV2-CP在各器官中的表达量均低于其余3个基因。该方法适用于植物组织内多种甜樱桃病毒增殖量的分析。     

环渤海湾地区甜樱桃小果病毒及樱桃病毒A的鉴定与调查

为了解环渤海湾地区甜樱桃[Cerasusavium (Linn) Moench]中樱桃病毒的发生情况,选取该地区代表性樱桃示范园中甜樱桃品种‘红灯’为研究对象,以生长期功能叶片为材料,根据樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)、樱桃小果病毒-2(Little cherry virus-2,IChv-2)和樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)基因组序列设计特异性检测引物进行RT-PCR扩增,结果扩增出与LChV-2、CVA预期片段337 bp和652 bp大小相符的目的片段,测序结果与基因组(基因登录号NC-005065、NC-003689)对应片段一致性分别为89.0％、98.2％,未检测到LChV-1.本研究完成了对环渤海湾地区甜樱桃‘红灯’样品LChV-2、CVA的检测调查,LChV-2检出率43.1％,CVA检出率60.8％;在该地区首次发现LChV-2、CVA复合侵染植株,复合检出率37.3％0.结果表明该地区CVA发生较为普遍,可与LChv-2等其他病毒共同加重对甜樱桃的危害.     

山东泰安甜樱桃“花叶病”树体症状观察及病毒检测

为了探明山东泰安患有"花叶病"的甜樱桃树体内感染病毒的种类,本研究以嫁接在3种不同砧木上的甜樱桃品种‘红灯’叶片为试验材料,提取植物样本总RNA,采用随机六聚体引物反转录,选取10种甜樱桃病毒作为检测对象,根据各病毒基因组序列设计特异引物,进行RT-PCR检测。结果显示,10种甜樱桃待检病毒中,5种病毒检测结果呈阳性,分别为PNRSV(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、PDV(Prune dwarf virus,PDV)、CVA(Cherry virus A,CVA)、CGRMV(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、LChV-2(Little cherry virus-2,LChV-2),各病毒检出率较高。各"花叶病"甜樱桃样品均至少同时感染2种病毒,多病毒复合感染比例较高。     

我国部分地区樱桃病毒病害初步调查和病原检测

对山东泰安、辽宁大连和北京的樱桃病毒病发生情况进行调查,发现8个果园/栽培区均有病毒病发生,主要症状为叶片皱缩、畸形、卷叶、花叶、植株矮缩等。采集20份样品,利用12种病毒的引物进行RT-PCR检测。结果表明,在样品中扩增出与樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA)、李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV),李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、李树皮坏死与茎痘伴随病毒(Plum bark necrosis stem pitting-associated virus,PBNSPaV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、樱桃小果病毒-1(Little cherry virus-1,LChV-1)预期大小一致的目的片段;序列分析表明,与GenBank中注册所测的病毒核苷酸序列均具有较高的一致性。其中,大连、泰安和北京样品均检测到CVA;大连和北京样品中检测到PNRSV和PDV;北京样品中检测到PBNSPaV;大连苗木样品枝条中检测到CGRMV和LChV-1。这是在我国樱桃上首次检测到LChV-1。     

樱桃小果病毒1号胶体金免疫层析试纸的研发与应用

近年来，病毒病在甜樱桃主产区的发生呈上升趋势，制约了甜樱桃产业升级和发展。能够侵染甜樱桃的病毒种类中，樱桃小果病毒1号(little cherry virus 1,LChV-1)导致樱桃果实缩小，彻底丧失经济价值，对甜樱桃产量影响较大。LChV-1通常具有潜伏侵染的特性，在樱桃苗期难以通过症状进行判断。同时，多数品种对LChV-1敏感，因此该病毒的早期检测对甜樱桃的生产尤为重要。传统的病毒检测手段需要专业仪器，不能满足田间快速检测的需求。本研究获取了LChV-1外壳蛋白的多克隆抗体，并研发了一种能够准确检测LChV-1病毒的胶体金免疫层析试纸，确定了胶体金的最佳抗体标记浓度为0.24 mg/mL,检测线最佳重组蛋白浓度为0.25 mg/mL,质检线最佳羊抗兔IgG抗体浓度为0.04 mg/mL。运用该试纸检测只需10～15 min,检测时间短、成本低、结果容易判断，可用于田间快速检测。本研究为樱桃小果病的综合防控提供了有效的监测和检测手段。     

利用实时荧光定量PCR技术检测樱桃叶斑驳病毒

樱桃叶斑驳病毒(Cherry mottle leaf virus,CMLV)是南美洲樱桃上重要的病害之一。本研究针对Genbank上公布的该病毒的核酸序列,人工合成了CMLV(AF170028.1)6741～7322 nt的核酸序列并连接载体,构建了阳性标准质粒,进行实时荧光定量PCR(Fluorescence quantitative,FQ-PCR)检测。实验结果表明,本研究设计的利用FQ-PCR检测CMLV的引物及探针特异性良好,经灵敏度检测,最低检测浓度为23 copies/μL,比普通PCR检测灵敏度高100倍。该FQ-PCR检测方法为樱桃叶斑驳病毒的防控提供了重要的技术支持。     

樱桃病毒A北京分离物外壳蛋白的原核表达及抗血清制备

根据前期研究获得的樱桃病毒A北京分离物(Cherry virus Aisolate Beijing,CVA-BJ)外壳蛋白基因序列设计引物,将此基因克隆到原核表达载体pET-28a后转化大肠杆菌BL21(DE3),以终浓度为1 mmol/L的IPTG进行诱导表达。Ni珠吸附法纯化表达产物后免疫家兔制备抗血清。间接ELISA测得抗血清效价为1∶2048。以纯化后的蛋白和樱桃叶片总蛋白为检测材料,Western blot分析表明抗血清具有高度特异性。间接ELISA方法检测樱桃病叶,结果呈阳性,与RT-PCR检测结果一致。表明制备的抗血清可用于感病樱桃样品中CVA的检测。     

河南甜樱桃病毒病害调查及病原检测

在河南省郑州市、巩义市、荥阳市、新郑市选择具有代表性的甜樱桃生产园对病毒病发生情况进行调查,采集表现为疑似病毒病症状的样本65份,利用7种病毒引物进行RT-PCR检测。5种病毒检测结果呈阳性,分别是李属坏死环斑病毒(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、李矮缩病毒(Prune dwarf virus,PDV)、樱桃绿环斑驳病毒(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、樱桃坏死锈斑病毒(Cherry necrotic rusty mottle virus,CNRMV)及樱桃病毒A(Cherry virus A,CVA);序列分析结果表明,5种病毒扩增片段与GenBank中注册的相应病毒核苷酸序列均具有较高的一致性;样本病毒检出率为100%,其中13份样本为单独侵染,其余52份样本均为多病毒复合侵染,占比高达80%,复合侵染比例随着侵染病毒种类的增多逐渐降低;病毒侵染组合与叶片表型症状无明显对应关系。     

我国部分地区梅树病毒病的病原初步检测

梅是一种原产于中国、具有重要经济价值、花果兼用型的树种。在其生长繁育过程中易受病毒等病原侵染,从而可能造成严重的经济损失。目前我国梅树上病毒的发生及分布尚不清楚。为此,对无锡、武汉、上海、杭州、南京的梅园进行了调查,采集了115份样品,其中发现了疑似病毒病害,主要症状表现为花叶、卷叶、叶片皱缩、褪绿、脉间失绿等。RT-PCR检测出了苹果茎沟病毒(ASGV)、樱桃病毒A(CVA)和亚洲李属病毒2(APV 2),检出率分别为30.4%、4.3%和3.5%。此外,克隆了这三种病毒的外壳蛋白基因序列,同GenBank已登录的相应序列相似性为86%~99%(核苷酸水平)和83%~99%(氨基酸水平)。序列比较发现APV2梅分离物与日本梅分离物亲缘关系较近。     

水稻MYB基因家族特征及其在RGSV和RRSV侵染后的响应

MYB基因家族作为植物体内最大的转录因子家族之一，在调节植物生长发育以及抗逆境胁迫方面发挥着至关重要的作用。然而，OsMYBs在水稻抗病毒通路中的作用还尚不清楚。为了探究OsMYBs家族在水稻抗病毒通路中所扮演的角色，对其结构、特征，以及对已报道的单链RNA病毒水稻草状矮化病毒(rice grassy stunt virus, RGSV)和双链RNA病毒水稻锯齿叶矮缩病毒(rice ragged stunt virus, RRSV)侵染后的表达谱进行分析，发现51个响应RGSV侵染，50个响应RRSV侵染。进一步分析发现，26个OsMYBs可同时响应两种不同类型病毒。从中筛选出10个表达量相对较高且差异倍数较大的基因进行实时荧光定量PCR(Real-time Quantitative PCR, qRT-PCR)验证，结果表明，OsMYB30、LOC＿Os02g42850、LOC＿Os02g47744、LOC＿Os05g37050、LOC＿Os06g43090和LOC＿Os08g33150在响应两种病毒侵染后表达量下调；而LOC＿Os05g38460在响应两种病毒侵染后表达量上调。LOC...     

A quantitative study of asulam persistence in soil

The persistence of the herbicide asulam was studied at different controlled temperature and moisture levels in Regina heavy clay. Degradation was rapid, approximating to first-order kinetics with a half-life of about 7 days, at temperatures in the range 20–35° and at moistures of above 50% of field capacity. At lower soil temperature and/or moisture regimes, breakdown was slower. The laboratory data were used in conjunction with the appropriate meteorological records in a computer program to simulate the degradation pattern for asulam in six separate microplot field studies carried out during May to November 1976. In three of the six experiments there was close correspondence between observed and predicted residue levels, but in the other three experiments, the model underestimated rates of loss.     

@RISK在有害生物定量风险评估中的应用

定性风险评估和定量风险评估是有害生物风险分析的主要方法,@RISK是进行定量风险评估的重要软件工具之一。本文在回顾有害生物定性风险评估与定量风险评估概念、关系及优缺点的基础上,综合分析了国内外使用@RISK软件针对植物病原物和害虫进行定量风险评估的发展现状,并就@RISK的未来应用提出了相关建议。     

陕西省粮食安全定量评价研究

从粮食自给率、人均粮食占有量、粮食单产水平、人均耕地、粮食生产波动系数等方面构建粮食安全综合指数,采用粮食安全系数评价法,对陕西省11个地市1998~2007年的粮食安全状况进行定量评价。结果表明,在最近10年里陕西省粮食安全总体是安全的,但是各地市差异明显。由粮食安全综合评价值F的大小可以将陕西省粮食安全大致分为3类地区:关中地区的咸阳、渭南、宝鸡属于粮食安全区;铜川、榆林、安康属于粮食临界安全区;其他地区属于粮食基本安全区。影响陕西省粮食安全的主要因素是人口持续增长、土地资源短缺、粮食生产分布不平衡、粮食生产环境恶化等。认为应该从保护耕地、水利建设、商品粮基地建设、粮食储备以及粮食预警等方面保障陕西粮食安全。     

土壤中烟草根黑腐病菌的实时定量PCR检测技术研究

 Thielaviopsis basicola is a soil-borne plant pathogen which causes root rot disease in tobacco plants. Detection and monitoring of T. basicolain soil is of great significance to control this disease. Based on the differences in internal transcribed spacer (ITS) sequences of T. basicola and other fungal pathogens, a specific primer pair Tb1/Tb2 for T. basicolawas developed. The results showed that the primer pair gave a single amplicon of 330 bp from T. basicola and revealed no undesirable cross-reaction with other seven soil-borne pathogen isolates and three tobacco rhizosphere dominant fungi isolates. With a series of 10-fold genomic DNA dilutions of T. basicola, the detection limit of 1 pg/μL in conventional PCRand100 fg/μL in real-time quantitative PCR was achieved. With DNA from the soil inoculated with different numbers of T. basicola conidia, the detection limit was 10 conidia per reaction in conventional PCR and 0.4 conidia per reaction in real-time quantitative PCR.     

A quantitative analysis of temperature-dependent dormancy changes in Polygonum aviculare seeds

Mathematical models that predict emergence of weed seedbanks could be useful tools for determining the most suitable time for weed seedling control and, consequently, should result in a higher efficacy of applied control methods. To achieve this goal in dormant weed species, functional relationships should be established between environmental factors regulating dormancy and dormancy changes of seed populations. In the present work, we used a simple model and an optimisation procedure to quantify the effect of temperature on Polygonum aviculare seed dormancy release and induction, based on germination data. Dormancy release rate was inversely related to temperature, showing a decreasing logistic trend that results in no dormancy release for seeds exposed to 20 and 25°C. In contrast, dormancy induction rates in absolute values were positively associated with temperature, showing a logistic trend in which dormancy induction was almost zero at low temperatures and maximal at 25°C. Derived model parameters were used to simulate dormancy changes of P. aviculare seeds stored under controlled and field conditions. These results suggest that similar model structures could be used to quantify temperature effects on seed dormancy status of other weed species and to develop predictive models of weed emergence.     

基于PCR技术的植物病原菌分子定量检测技术研究进展

植物病原菌的菌源量是病害发生和流行的重要因子之一,对其精准的定量测定或检测可大大提高植物病害预测的准确性,本文对实时荧光定量PCR (qPCR)与数字PCR在植物病原菌定量检测、以及基于RNA水平的real-time PCR和基于核酸染料(EMA/PMA)与qPCR相结合的技术在植物病原菌活体定量检测中的应用进行了综述,并展望其在植物病害流行和预测中的应用前景。     

实时定量PCR的原理及其在植物病理学研究中的应用

实时定量PCR(Real-time quantitative)是一种利用荧光信号实时监测每个循环的扩增产物,从而实现对模板进行定量分析的新技术。它具有快速、灵敏、精确等优点。该技术在分子诊断、分子生物学研究、动植物检疫以及食品安全检测等方面有广泛的应用。本文综述了实时定量PCR的原理、影响因素及其在植物病理学研究中的应用。     

Genetic mapping and utilization of quantitative trichome-mediated insect resistance in potato

Introgression of trichome-mediated insect resistance from the wild speciesSolanum berthaultii has become a major focus of the potato improvement program at Cornell University during the past twelve years. Several quantitative characters are involved in this resistance which is effective against a wide range of pest types. Correlative biochemical assays have been developed to assay specific components of the resistance, and the effects of the resistance on the target pests have been studied. Quantitative laboratory assays and specific measurements of insect behavior and biology have increased the precision of selection and enable the investigation of the genetic control of the resistance.We are currently using restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) for genetic mapping of factors controlling the trichome traits fromS. berthaultii. Backcrosses to both the wild and the cultivated species parents have been evaluated for phenotypes contributing to the resistance mechanism, including trichome density, sucrose ester and polyphenol oxidase production by the trichomes, and the enzymatic browning reaction responsible for insect entrapment. Genetic maps are being developed for these progenies, using RFLP markers previously mapped in potato. Field and greenhouse trials under insect infestations are also being conducted with the mapping progeny. Our goal is to locate genes responsible for quantitative insect resistance by correlating RFLP variation at mapped loci with the trichome phenotypes and insect resistance. Genetic markers for these traits will be useful in transfer of the effective wild chromosomal segments into and among tetraploid potatoes, and for a better understanding of the resistance mechanism.     

死亡识别化学信号相关术语的标准化

对同类的死亡作出响应并非人类独有,昆虫与其他动物也会面对同类死亡作出相近反应。在过去的几十年,大量与死亡相关的文章相继发表,直至2018年,研究人员整合了所有相关研究并提出了一个新的研究领域——进化死亡学,旨在从进化的角度综合研究人类及其他动物的死亡过程与影响。死亡相关化学物质的研究在该领域的形成和发展过程中发挥了重要作用。在进化死亡学这样的跨学科研究领域,往往会出现由于专业术语不统一而阻碍其发展的现象,因此,专业术语的标准化就显得尤为重要。该文将循证系统评价和荟萃分析中的首选报告项目（Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-analysis,PRISMA）与关键词共现联合分析相结合,对已发表文献中死亡相关化学物质的术语进行了整理和量化分析,总结和探讨了相关术语使用中的主要问题,并对未来相关术语的标准化使用提出了建议。结果表明在已存在可用相关术语的情况下,其他术语仍不断被创造和引入;同一领域内不同术语用于描述相同的概念;相同术语用于描述其他领域的不同概念。由于现有术语已足够描述可能出现的死亡相关化学物质,且目前...     

酰胺类驱蚊剂的非线性定量构效关系

驱蚊剂定量构效关系(QSAR)的研究对指导高效新驱蚊剂开发、阐明驱蚊剂的驱避机理有重要意义。以40种酰胺类化合物对埃及伊蚊Aedes aegypti的有效保护时间为驱避活性指标,借助PCLIENT(http:∥w w w.vcclab.org/lab/pclient/start.html)量子化学计算软件获得每个化合物的1 773个初始分子描述符,经二元矩阵重排过滤器、多轮末尾淘汰实施特征非线性筛选后,保留了8个物化意义明确的分子描述符,以支持向量回归SVR建立了高精度的非线性QSAR模型,F=8 465,R2=0.999 6。SVR可解释性体系分析结果表明,保留分子描述符对酰胺类驱蚊剂的驱避活性的非线性关系明显。其中,拓扑极性分子表面积TPSA(Tot)对驱避活性影响最为重要,其值越小,活性越高;负电性对驱避活性有较大影响,其值越大,驱避活性越高。