基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性

旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性，更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序，检测了133头(12头公猪，121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据，分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据，通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构，通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性，最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示：1)NJ90共包含135 760个SNPs位点，其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32 266个SNPs位点，其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系，可将群体分为6个家系。4)根据...     

江苏省野生及家养中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

利用8对微卫星标记对江苏省野生及家养中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析，评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化，结果表明，共检测到31个等位基因，每个位点的等位基因数从1～7不等，平均等位基因数为3.875；所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.4424和0.4054。野生及家养中华蜜蜂群体8个微卫星位点平均有效等位基因数分别为3.83和4.17，平均基因杂合度为0.0778和0.0993，两个群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性。群体分化系数为4.9%（P<0.001），两个群体的Reynolds’遗传距离和Nm值分别为0.05024和4.852。江苏省野生及家养中华蜜蜂群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性水平，且有相互交流的迹象。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104~0.7396,等位基因片段大小为97~285 bp;有效等位基因数为1.7581~8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

岷县黑裘皮羊微卫星遗传多样性分析

试验旨在分析岷县黑裘皮羊群体内遗传多样性,筛选出理想的遗传标记,为岷县黑裘皮羊的选育保种提供理论依据。选取144只岷县黑裘皮羊,颈静脉采血并提取DNA,对24对微卫星引物进行PCR扩增,用毛细管电泳技术进行基因分型,计算其等位基因数、等位基因大小及频率、有效等位基因数、杂合度和多态信息含量。结果显示,24个位点共检测到210个等位基因,平均等位基因数为8.75;群体等位基因频率为0.0104～0.7396,等位基因片段大小为97～285 bp;有效等位基因数为1.7581～8.2433个;群体平均观测杂合度为0.4839;平均期望杂合度为0.6959;平均多态信息含量为0.6527。其中MAF70位点等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度和多态信息含量最高;OarFCB128位点观测杂合度最高;OarAE129位点等位基因数最少,SRCRSP9位点期望杂合度、多态信息含量最低;OarFCB304位点观测杂合度最低。Hardy-Weinberg平衡分析结果表明,所选位点中有19个处于非平衡状态。结果表明,岷县黑裘皮羊的遗传背景复杂,群体内遗传多样性丰富,可为其遗传资源的评估和选育保种工作提供理论依据。     

盘羊及其杂交后代微卫星遗传多样性分析

为了更好地了解盘羊及其杂交后代（盘羊♂×欧拉羊♀）的遗传信息,为盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良提供理论依据。本试验选取24对微卫星引物,应用PCR扩增和毛细管电泳的方法对24只盘羊和24只杂交羊个体进行遗传多样性分析。结果显示,在24只盘羊中,24个微卫星位点上共检测到167个等位基因,平均等位基因数目为6.9583,平均有效等位基因数为3.3665,平均观测杂合度为0.4497,平均期望杂合度为0.6779,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目最多的是位点MAF70,有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点OarFCB193,观测杂合度最高的是位点ILSTS11;在24只杂交羊中,24个微卫星位点上共检测到154个等位基因,平均等位基因数目为6.4166,平均有效等位基因数为3.4061,平均观测杂合度为0.4566,平均期望杂合度为0.6751,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目、有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点MAF70,观测杂合度最高的是位点OarJMP58。从遗传学角度得出,盘羊和杂交羊遗传指标结果相近,试验所得数据可用于盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良。     

盘羊及其杂交后代微卫星遗传多样性分析

为了更好地了解盘羊及其杂交后代(盘羊♂×欧拉羊♀)的遗传信息,为盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良提供理论依据。本试验选取24对微卫星引物,应用PCR扩增和毛细管电泳的方法对24只盘羊和24只杂交羊个体进行遗传多样性分析。结果显示,在24只盘羊中,24个微卫星位点上共检测到167个等位基因,平均等位基因数目为6.9583,平均有效等位基因数为3.3665,平均观测杂合度为0.4497,平均期望杂合度为0.6779,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目最多的是位点MAF70,有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点OarFCB193,观测杂合度最高的是位点ILSTS11;在24只杂交羊中,24个微卫星位点上共检测到154个等位基因,平均等位基因数目为6.4166,平均有效等位基因数为3.4061,平均观测杂合度为0.4566,平均期望杂合度为0.6751,平均多态信息含量为0.6265,其中,等位基因数目、有效等位基因数目、期望杂合度、多态信息含量最高的是位点MAF70,观测杂合度最高的是位点OarJMP58。从遗传学角度得出,盘羊和杂交羊遗传指标结果相近,试验所得数据可用于盘羊遗传资源评价及欧拉羊的复壮改良。     

乌头驴和三粉驴微卫星遗传多态性分析

实验旨在了解德州驴中乌头驴和三粉驴2个品系的遗传多态性。利用13个微卫星位点,通过建立多重多色毛细管电泳荧光检测方法,对39头三粉驴和16头乌头驴进行遗传多样性分析,对等位基因数、多态信息含量(PIC)、遗传杂合度和有效等位基因数进行统计分析。结果表明:13对微卫星位点三粉驴PIC指数平均值为0.47,乌头驴PIC指数平均值为0.40,德州驴2个品系PIC总的平均值为0.47。其中乌头驴品系平均等位基因数为3.31,平均观测杂合度为0.27,有效等位基因数为2.11。三粉驴品系平均等位基因数为4.46,平均观测杂合度为0.33,有效等位基因数为2.61。由此可见,三粉驴比乌头驴的遗传多态性高,但2个驴品系的遗传杂合度均偏低,遗传变异程度较小。     

安徽野生黄花苜蓿与紫花苜蓿产量性状、核型及遗传纯合度比较分析

为探究安徽野生黄花苜蓿的产量和遗传背景,以安徽野生黄花苜蓿和紫花苜蓿巨能601为材料,测定产量性状,分析染色体核型,利用SSR分子标记鉴定基因型。结果表明:黄花苜蓿株高与紫花苜蓿没有显著差异,主茎节数显著多于紫花苜蓿,紫花苜蓿鲜草及干草产量都显著高于安徽野生黄花苜蓿。SSR分子标记检测表明安徽野生黄花苜蓿具有更高的纯合度,其纯合位点占总检测位点的60.20%,巨能601纯合位点仅占总检测位点的41.96%,有2、3和4个等位基因的位点分别占36.61%、13.39%和8.04%,2个品系的遗传相似性为63.39%。     

基于表型性状的新疆野生黄花苜蓿核心种质构建

本研究利用70份新疆野生黄花苜蓿种质的19个表型性状构建新疆野生黄花苜蓿核心种质，设置随机、位点优先和偏离度取样三种取样方法，10%,15%,20%,25%,30%五种取样比例，抽选核心种质。结果表明，70份材料的19个表型性状的平均变异系数为24.05%,平均遗传多样性指数为1.924 6;19个农艺性状提取出6个主成分，累计贡献率达74.131%;15个取样策略中，位点优先取样、取样比例为30%时，抽提出的21份核心种质能够较好的保留原始种质的表型性状并有效降低遗传冗余度。因此，本研究简化了育种工作，为提高育种工作效率提供一定的理论支持。     

SNP芯片评估柯尔克孜羊群体遗传多样性和遗传结构

旨在了解柯尔克孜羊群体的遗传多样性和遗传结构,有效地保护和利用其遗传资源。本研究利用绵羊SNP 50K v3芯片检测61只柯尔克孜种羊(31只公羊、30只母羊)个体的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP);Plink(V1.90)软件对数据进行质控,计算群体有效含量、多态标记的比例、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量、有效等位基因数、最小等位基因频率,分析群体的遗传多样性;Plink计算连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)和近交系数F_ROH;构建状态同源距离矩阵(identical by state, IBS),并采用Gmatrix软件构建G矩阵,解析柯尔克孜羊群的遗传距离和亲缘关系;使用Mega X软件构建种公羊进化树,分析群体家系结构。结果显示,61只柯尔克孜羊共得到64 734个SNPs标记,通过质检的SNPs为56 763个;平均多态信息含量为0.273±0.112,平均观察杂合度和平均期望杂合度分别为0.368±0.140和0.368±0.130,平均最小等位基因频率为0...     

新疆狗牙根种质遗传多样性的SSR分析

利用SSR分子标记技术,对采自中国新疆的51份野生狗牙根（Cynodon dactylon）及19份新疆农业大学选育的材料进行遗传多样性研究。结果表明,11对引物共得到多态性条带数55条,平均每对引物扩增出5条带,每对引物检测到36个等位基因,平均每对引物检测到5个等位基因。每个SSR位点的多态性信息量(PIC)在0.650.83,平均0.78;SSR标记揭示的新疆70份材料间的遗传相似系数变化范围为0.500.84,表明新疆狗牙根具有较丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析表明,SSR标记能够将新疆70份材料区分开;供试材料可聚为4类,其中Cd071单独聚成1类,野生材料聚为2类。表明这些材料遗传差异较大,各生态地理类群间的遗传分化与其所处的生态地理环境具有一定的相关性。     

运用微卫星标记对中国地方绵羊品种的遗传多样性分析

利用30对微卫星引物,以中国西部7个地方绵羊（Ovi saries）品种为研究对象,通过计算基因频率、平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数目（Ne）,并根据共祖遗传距离矩阵进行UPGMA聚类分析,评估其品种内和品种间的遗传变异。结果表明：在30个座位中,共检测到239个等位基因,平均每个座位等位基因数为8个;品种平均有效等位基因数为2.9～3.4个,座位平均有效等位基因数为1.9～5.3个;座位平均杂合度为0.320～0.818,品种平均杂合度在0.656～0.719之间,座位平均PIC为0.388～0.786,品种平均PIC在0.590～0.666之间。聚类分析表明各绵羊品种聚类结果与其来源、育成史和地理分布基本一致,其中有争议之处仍待进一步探讨。     

基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果：1）群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2）遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）,综合评估保种效果。结果显示：1）保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2）基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间;基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护。     

蒺藜苜蓿、天蓝苜蓿、金花菜基因组SNP穿梭标记开发

蒺藜苜蓿是继拟南芥和水稻之后又一个进行全基因组测序的植物,利用蒺藜苜蓿的基因组序列,开发出可以在其他豆科植物上应用的分子标记,即穿梭标记,已成为缺乏基因组信息或基因组复杂的豆科植物基因组学及分子遗传学研究的有效手段。天蓝苜蓿和金花菜是我国最重要的两种一年生苜蓿,由于缺乏有效的分子标记,这两种苜蓿在基因组水平上的研究很少。SLAF-seq是近年来开发出的一种简化基因组测序技术,具有高通量、准确性、成本低、周期短的优点,已在众多物种的全基因组SNP标记开发上得到应用。本研究通过SLAF-seq技术对12份蒺藜苜蓿、天蓝苜蓿和金花菜材料进行简化基因组测序,共得到28.04×10⁶个读长的测序数据,276432个高质量的SLAF标签,其中58748个SLAF标签为多态性标签,平均测序深度为17.44。在58748个多态性SLAF标签中,共检测出次要基因型频率(MAF)大于0.05的SNP标记189133个。本研究开发出的SNP标记可用于一年生苜蓿的遗传多样性、遗传图谱构建和重要农艺性状的QTL定位等的研究,其种间穿梭的特性可为苜蓿属种间基因组排列顺序、系统进化关系、比较图谱构建等方面的研究提供帮助。     

利用微卫星标记分析中国地方鹅品种遗传变异及分化

通过25个多态性较好的微卫星标记,检测我国26个地方鹅品种1 560个个体,共检测到198个等位基因,每个位点平均为7.92个。有效等位基因数为1.307 0～5.795 5,平均3.066 2个。就全群而言,平均观察杂合度、期望杂合度、多态信息含量分别为0.668 6、0.457 7和0.564 0。对各个群体而言,观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别是0.535 1～0.754 7、0.383 1～0.604 9、0.324 0～0.538 0。群体间存在明显的遗传分化,约有28%的遗传分化来自于群体间的变异。右江鹅与永康灰鹅之间的Reynolds遗传距离最大（0.522）,基因流值最小（0.365）,武冈铜鹅与豁眼鹅之间的Reynolds遗传距离最小（0.133）,基因流值最大（1.763）。在Reynolds遗传距离的基础上做品种的NJ聚类图,26个地方鹅资源群体分为5个类群。研究结果为我国地方鹅种种质特性研究提供基础数据,为我国地方鹅品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

36份新疆野生黄花苜蓿SSR水平的差异性研究

以36份新疆野生黄花苜蓿为材料,采用SSR分子标记对其遗传多样性进行分析,以期为新疆黄花苜蓿资源评价和核心种质库构建提供基础数据.结果表明,9对SSR分子标记引物PCR共扩增出93条条带,每对引物扩增出的条带数变异范围为3～19条,平均10.33条/对,多态条带总数为86个,多态条带百分比为92.47％,平均多态性条带...     

北疆苜蓿属植物遗传多样性分析

采用等位酶技术，研究了新疆北部地区苜蓿属植物种群的遗传状况并与栽培的紫花苜蓿种群进行了比较，结果表明，北疆苜蓿属野生种群内的遗传多样性水平较高，每个位点的等位基因平均数为２．２，多态位点比率６０％，平均观察杂合度和平均预期杂合度分别为０．５８７和０．４３５，固定指数为－０．３７５。由于异型交配，长期的自然选择和人工选择形成的压力，使得所有参试种偏离Ｈａｒｄｙ－Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡，呈现出杂合体过多     

新麦草遗传多样性等位酶分析

采用不连续系统的聚丙烯酰胺垂直板凝胶电泳(VPAGE)对新疆新麦草的5个天然居群和1个栽培种遗传多样性和居群结构进行了分析.测定的6个酶系统中,确定了9个等位酶位点,多态位点百分率平均值为90.48%,平均等位基因数为2.920 7,平均预期杂合值为0.542 7.总的基因多样性中,86%存在于居群内,14%来自居群间.聚类分析以遗传距离D=0.14为分界线将6份材料明显地分为2组.研究表明,新麦草具有丰富的遗传多样性,其多样性可能与生境、人工驯化、风媒异交等因素有关.     

五指山猪小群体遗传学检测

本研究利用26个微卫星基因座对中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所保种场的五指山猪小群体58个样本进行了遗传学检测,用非变性(中性)聚丙烯酰胺凝胶电泳检测微卫星的PCR扩增产物,统计了群体平均基因纯合率、等位基因数,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)。统计结果:全群平均基因纯合率为66.5%;平均多态信息含量、平均观测杂合度为、平均期望杂合度分别为0.807、0.338、0.835;每个位点平均等位基因数为11.92,此结果说明该群体虽然近交程度较高,但仍具有丰富的遗传多样性,遗传变异较大。     

不同居群红砂的遗传多样性分析

为了探究不同居群红砂（Reaumuria soogorica）的遗传多样性水平及居群遗传结构。本研究运用SSR分子标记技术对来源于内蒙古、宁夏、甘肃16个不同居群的299份红砂材料进行遗传多样性分析。结果表明11对引物共扩增出67个等位基因，扩增等位基因多态率为83.58%，多态信息含量（Polymorphism information content，PIC）为0.396；居群的等位基因数（Allele number，Na）和有效等位基因数（Effective number of alleles，Ne）为3.735，2.221；香农信息指数（Shannon information index，I）为0.763；居群间遗传分化系数（Fixation index，Fst）为0.041~0.210，平均值为0.088。AMOVA结果表明，居群间的遗传差异仅占变异总来源的5.8%。本研究得出结论红砂的基因多态性为中度，等位基因不均匀的分布在染色体上。观测杂合度和固定指数说明居群内杂合度缺失，纯合体过量。Fst指数表明居群间分化程度较低，且红砂的遗传变异主要来自源于个体内DNA序列的不同。Mantel检测得出遗传距离和地理距离显著相关。聚类分析表明居群间的基因交流是影响居群聚类的重要因素。STRUCTURE结构分析将材料分为5个亚群，第Ⅴ亚群内红砂个体血统较为纯正，第Ⅱ亚群内个体血统混杂。