野生天山马鹿哈密种群微卫星遗传多样性

为了解野生天山马鹿哈密种群的微卫星多态性,本文选用5对微卫星标记引物,利用粪便DNA分析法、PCR和复合电泳银染技术,通过计算基因频率（JP）、有效等位基因数（M）、群体杂合度（1te）、多态信息含量（PIC）和遗传距离,对冬季采集的201份天山马鹿粪便进行了研究,评价了其遗传多样性和系统进化分析。结果表明：成功提取I）NA的194份粪便分属140个体;种群平均等位基因4．200±0．837;平均有效等位基因数3．2167±0．0236;平均多态信息含量0．6332±0．0017;平均期望杂合度0．694±0．035;平均观察杂合度0．792±O．063。整个种群没显著偏离Hardy—Weinberg平衡,种群剧定系数Fis为一0．238。从此可见,野生天山马鹿哈密种群具有比较丰富的遗传多样性.     

兴国灰鹅微卫星标记的遗传多样性分析

为了解兴国灰鹅的遗传多样性,揭示其群体遗传结构,利用10个微卫星标记对兴国灰鹅进行哈代-温伯格平衡(HW)检验,统计群体基因频率、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、等位基因(Na)和有效等位基因(Ne)等。结果显示:10个微卫星标记位点共检测到30个Na,其中Ne为20.549个;Ho、He及PIC值最高的标记为CKW21,分别为0.700、0.734 5、0.679 5;群体平均Ho为0.384、He为0.477 5,平均PIC为0.411 1,表明兴国灰鹅遗传多样性丰富;经HW检验,兴国灰鹅在10个标记位点中存在3个不平衡点,表明群体的遗传结构处于一个逐渐不平衡的状态。     

南京地区圈养黄颊长臂猿核心种群的遗传多样性分析

黄颊长臂猿属于IUCN濒危物种,仅分布于老挝、越南和柬埔寨。该物种微卫星的研究尚未报道。本研究,对黄颊长臂猿SSR位点进行筛选,并对南京地区圈养黄颊长臂猿种群进行了遗传多样性分析,统计了等位基因数、有效等位基因数,计算了群体杂合度、多态信息含量(PIC)、亲缘系数等参数。结果显示,共获得黄颊长臂猿11个多态性微卫星位点,等位基因数在2—5之间,多态信息含量为0.175—0.701,观测杂合度(Ho)为0.067—0.8,期望杂合度(He)为0.191—0.770,其个体间亲缘系数普遍偏高。该圈养群体遗传多样性属于中度多态,为圈养种群的科学化管理提供依据。     

利用微卫星标记分析广西六画山鸡群体遗传结构

为探讨广西六画山鸡的群体遗传结构,利用微卫星标记技术分析18个微卫星位点的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho),利用卡方检测群体在18个位点的平衡状态。结果显示,广西六画山鸡群体的平均PIC为0.4945;平均Ne为2.4787个;平均He为0.5537;平均Ho为0.5182。18个微卫星位点有4个位点处于Hardy-weinberg不平衡状态(P0.05)。说明广西六画山鸡具有较丰富的遗传多样性,具有继续保种价值和开发潜力。     

微卫星标记BMS1714和INRA61在甘肃高山细毛羊中的遗传多样性研究

为了研究甘肃高山细毛羊的遗传多样性,为地方山羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础.本研究选取位于绵羊第25号染色体上的微卫星标记BMS1714和INRA61,对其进行遗传多样性研究.结果表明:微卫星标记BMS1714和INRA61在甘肃高山细毛羊上呈现多态性.BMS1714基因座有10个等位基因,其片段大小在121～138 bp之间;BMS1714基因座多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.714,4.029,0.731.INRA61基因座有11个等位基因,其片段大小在279～292bp之间;INRA61基因座的PIC、Ne、He分别为0.776,5.127,0.809.由此表明,微卫星位点BMS1714和INRA61在甘肃高山细毛羊上均为高度多态位点,可用于甘肃高山细毛羊的遗传多样性分析.     

利用微卫星标记对宁强矮马和蒙古马遗传多样性的研究

通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)和F统计量。结果表明:8个微卫星座位中HMS2变异最大,HTG6变异最小;蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马;总群体的平均遗传分化系数Fst为0.017(P<0.01),群体内近交系数Fis为0.171(P<0.01)。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异,但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。     

新疆塔里木马鹿遗传多样性的微卫星分析

利用5个微卫星标记对新疆塔里木马鹿遗传多样性进行了检测。统计了塔里木马鹿3个群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Rh),利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)。结果表明5个微卫星位点在库尔勒、阿拉尔和沙雅县塔里木马鹿3个群体的平均多态信息含量分别为0.5884、0.5754、0.5344,除微卫星位点BM5004外均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于塔里木马鹿遗传多样性分析;塔里木马鹿三个群体总平均PIC、h、Rh和E分别为:0.5661、0.5995、0.4474和2.7。分析认为塔里木马鹿遗传变异度较高,遗传多样性相对丰富,具有较大的遗传潜力。     

甘肃高山细毛羊超细毛型品系微卫星BMS1714和INRA61的遗传多样性分析

为了解甘肃高山细毛羊的遗传多样性,为地方绵羊品种的选种、选育及保种工作奠定基础,选取位于绵羊第25号染色体上的微卫星标记BMS1714和INRA61,对其进行遗传多样性研究。结果表明:BMS1714基因座有10个等位基因,PCR扩增片段大小在121～138 bp之间;优势等位基因为138,优势基因型为138/138;多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.714、4.029和0.731。INRA61基因座有11个等位基因,PCR扩增片段大小在279～292 bp之间;优势等位基因为286,优势基因型为286/286;PIC、Ne、He分别为0.776、5.127和0.809。因此,甘肃高山细毛羊超细毛品系微卫星位点BMS1714和INR A61均呈现高度多态,这两个位点可用于甘肃高山细毛羊的遗传多样性分析。     

利用微卫星标记分析兴义鸭的遗传多样性

文章旨在阐明兴义鸭的遗传多样性,为其保种与开发利0用提供参考依据。采用20对引物扩增兴义鸭的微卫星片段和判型,计算每个微卫星座位的有效等位基因数(Ne)、等位基因频率(P)、基因杂合度(H)及多态信息含量(PIC)。结果显示:20对微卫星引物在兴义鸭群体中均检测到多态,共检测到85个等位基因,平均每个微卫星基因座等位基因数4.2500个,群体平均杂合度H=0.6850,平均多态含量PIC=0.6284,平均有效等位基因数Ne=3.4449个,其中AJ272578、AJ515883、AJ515889、AJ515895、AJ515897、AJ515900表现为中度多态,剩下的14个位点均表现出高度多态性,试验结果表明,在兴义鸭具有丰富的遗传多样性,具有重要的保种价值和选育开发潜能。     

8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中的遗传多样性研究

利用8个微卫星位点对甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系进行遗传检测,计算了等位基因频率、有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量。结果表明,位点BM3501的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最高（Ne=7.30,H=0.866,PIC=0.848）;位点BM3413的有效等位基因数、群体杂合度和多态信息含量都最低（Ne=2.33,H=0.573,PIC=0.478）;8个微卫星位点在甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系中多态性丰富,除位点BM3413表现为中度多态外,其余位点均表现为高度多态。因此,甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传杂合度较高,遗传多样性丰富,选择余地较大;8个微卫星位点可用于甘肃高山细毛羊肉毛兼用品系遗传多样性评估,并可用于对其羊毛性状和肉用性状的进一步研究。     

Genetic Diversity Analysis of Two Population of Captive Tianshan Red Deer Using Microsatellite Markers

For scientific evaluation, protection and utilization of the valuable resources of 53 captive Tianshan Red deers (CJ, n=31;HM, n =22), the genetic polymorphisms of 8 microsatellites, analyzed the genetic diversity, genetic diversity and kept in captivity Tianshan Red deer was discussed.Microsatellite data indicated that 8 loci alleles were 3 to 7, 37 alleles were detected.The results showed that genetic diversity of Shenghua domesticated Red deer breeding base were A=4.625, He=0.6398, Ho=0.5887, PIC=0.5851, Ne=2.8357, Fis=0.0338, Hami Red deer farm field were A=4.375, He=0.6888, Ho=0.6818, PIC=0.6238, Ne=3.2078, Fis=-0.0175.The two population was not significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE).It suggested that the genetic diversity of the captive Tianshan Red deer from two areas was still higher, however the date of F-statistics indicated that the captive Tianshan Red deer in Changji exchanged individuals resulting to inbreeding. Therefore, at the present, the focus of management of captive Red deer population should shift to avoiding the inbreeding and the loss of genetic diversity.     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

凤头白鸭与连城白鸭的群体遗传多样性分析

为系统地评价、保护凤头白鸭资源的遗传多样性,进一步对其开发利用,本研究利用12个微卫星位点(STR分型技术)对凤头白鸭与连城白鸭(各60只)2个群体的遗传多样性参数进行检测和计算。结果表明:除位点AJ272578以外,凤头白鸭群体在APL2、AJ272577、AJ272579、AJ515884、APH01、AY493256、AY4932898、CMO11等8个STR位点上的等位基因多于连城白鸭,在AJ515887、AJ515893、AY493313等3个位点上与连城白鸭相等;凤头白鸭群体的有效等位基因数(Ne)、期望杂合度(He)、观察杂合度(Ho)、多态信息含量(PIC)均大于连城白鸭;2个群体的群体内近交系数(Fis)分别为-0.02、0.09,凤头白鸭群体表现为杂合子过剩。综上,凤头白鸭群体的遗传多样性较连城白鸭更为丰富。     

四川盆地6个地方鸡群体遗传关系研究

随着交通便利与市场化杂交利用,我国地方鸡遗传资源面临血液混杂、品种来源和品种间的遗传关系不清晰的问题。为了给第三次全国畜禽遗传资源普查工作提供依据。本研究对位于中国大巴山脉和乌蒙山区的6个地方鸡群体（每个群体公、母各10只）共118个个体进行了简化基因组GBS测序,分析了核酸多态性（Pi）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）、观测等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、遗传分化（Fst）、遗传距离（DR）和基因流（Nm）等指标。研究发现,岩水鸡黑羽群体的遗传多样性较低（He=0.154;PIC=0.125）,大宁河鸡遗传多样性最为丰富（He=0.197,PIC=0.162）。城口山地鸡和大宁河鸡之间的遗传分化最低（Fst=0.053）,基因流最高（Nm=4.50）,丰岩乌骨鸡和岩水鸡黑羽群体之间的遗传分化最高（Fst=0.183）,对应的基因流最低（Nm=1.12）。系统发生树和主成分分析显示,岩水鸡白羽群体和黑羽群体聚为一类,城口山地鸡、大宁河鸡和旧院黑鸡聚为一类,丰岩乌骨鸡单独为一类。Structure分析表明,城口山地鸡与岩水鸡白羽群体血缘混杂。本研究探明了邻近区域地方品种的遗传关系,位于乌蒙山区的丰岩乌骨鸡与大巴山脉的旧院黑鸡、城口山地鸡、大宁河鸡、岩水鸡黑羽和白羽具有较远的遗传距离。本研究为地方品种的保护和开发利用提供了依据。     

中国6个双峰驼群体微卫星遗传多样性分析

为了解中国双峰驼群体的遗传多样性及不同种群间的遗传进化关系,本研究采用微卫星标记技术,对中国阿拉善驼、青海驼、南疆驼、北疆驼、肃北驼、苏尼特驼6个双峰驼群体进行了遗传多样性分析。通过计算杂合度（H）、多态信息含量（PIC）、有效等位基因（Ne）、Shannon信息指数等分析群体内遗传变异,通过计算F-统计量、基因流、遗传分化系数、遗传距离等分析群体间遗传进化关系。结果显示,10个微卫星位点共检测到了89个等位基因,平均每个位点检测到8.9个等位基因;所有位点均属中高度多态位点（YWLL08除外）,平均PIC值在0.488~0.752之间;6个群体观测杂合度值（0.355~0.448）都低于期望杂合度值（0.643~0.703）;几乎所有位点的Shannon指数都>1,且处于哈代-温伯格不平衡状态（P< 0.05）。群体间遗传分化系数Fst值为0.059,处于较低程度的中等分化状态; 6个双峰驼群体的平均Fis值均为正值,说明6个双峰驼群体都存在不同程度的近交。基于标准遗传距离D_S和遗传距离D_A进行聚类分析,南疆驼和北疆驼聚为一支,阿拉善驼、青海驼、肃北驼、苏尼特驼4个群体聚为一支。研究表明,中国双峰驼遗传多样性丰富,群体内遗传变异较大,存在一定近交现象;群体间存在着一定的基因流动,群体间的分化主要由群体内的遗传变异造成;6个群体分为2个类群。     

Analysis on the Genetic Diversity of Six Bactrian Camel Populations in China Using Microsatellite Marker

In order to understand the genetic diversity of Bactrian camel and the genetic evolutionary relationships between different populations,the genetic diversity of Alashan camel, Qinghai camel, Nanjiang camel, Beijiang camel, Subei camel and Sunite camel populations in China were analyzed using 10 microsatellite markers. By calculating heterozygosity (H), polymorphism information content (PIC), effective allele (Ne), Shannon information index, the genetic variation within populations were analyzed. By calculating the F-statistics, gene flow, genetic differentiation coefficient and genetic distance to analyze the genetic relationship between populations. The results showed that 89 alleles were tested at the 10 microsatellite loci,8.9 alleles were tested at every locus in average. All loci were medium-highly polymorphic loci (except YWLL08),the average PIC of the Bactrian camel population was between 0.488 to 0.752. The observed heterozygosity (0.355 to 0.448) of 6 Bactrian camel populations was lower than the expected heterozygosity (0.643 to 0.703). Almost all loci Shannon index was greater than 1,and most of loci were in Hardy-Weinberg disequilibrium. The genetic differentiation coefficient between groups (Fst) value was 0.059 and in the low degree of moderately differentiated state. The average Fis values of 6 Bactrian camel populations were positive which suggested 6 Bactrian camel populations had different levels of inbreeding. The standard genetic distance (D_S) and genetic distance T (D_A) clustering analysis showed that the Nanjiang camel and Beijiang camel jointed as one group, the Alxa camel, Qinghai camel, Subei camel, Sunite camel jointed as the other group. Research showed that Chinese Bactrian camel was abundant in genetic diversity, genetic variation within population was larger, and there was a phenomenon of inbreeding. There was a certain gene flow between populations, the differentiation of populations were mainly caused by genetic variation within population. 6 Chinese Bactrian camel populations were divided into two groups.     

采用微卫星DNA标记分析我国2个地方鹅种异地保种效果

本研究以10对荧光标记微卫星引物分析了我国2个地方鹅种(狮头鹅和皖西白鹅)原产地与基因库(泰州)共4个群体的保种效果。检测判定了狮头鹅和皖西白鹅共240个个体的基因型,通过计算4个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fis)分析了狮头鹅和皖西白鹅群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异,基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著差异(P0.05);He、PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(P0.05);Fis低于原产地群体,差异不显著(P0.05)。结果说明,基因库较好地保存了这2个品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,表明对我国地方鹅种采取异地小群保种的方法是可行的。     

采用微卫星DNA标记分析巢湖鸭异地小群保种效果

本研究利用筛选后的12对荧光标记微卫星引物分析巢湖鸭原产地(庐江)与国家水禽种质资源基因库(泰州)2个群体的保种效果。检测判定了160个个体的基因型,通过计算2个群体的优势等位基因频率(P)i、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、群体内近交系数(Fi)s分析了巢湖鸭群体内和群体间的遗传变异,采用配对试验均数差异t检验比较了基因库保种群体与原产地群体的遗传差异。结果表明:基因库保种群体与原产地群体间的Pi无显著性差异(Pi=0.480>0.05);He和PIC均略高于原产地群体,但差异均不显著(PHe=0.209、PPIC=0.118);Fis显著高于原产地群体(PFis=0.022<0.05)。结果说明,基因库较好地保存了该品种并在一定程度上丰富了品种的遗传多样性,初步表明对巢湖鸭采取异地小群保种的方法是可行的。