中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

利用微卫星标记对地方鸡种群体遗传结构的聚类分析

利用29个微卫星标记,通过计算亚群体杂合度（Hs）、总群体杂合度（Ht）、遗传分化系数（Gst）和基因流（Nm）,并基于Reynolds遗传距离、Nei遗传距离运用NJ和UPGMA聚类法构建4类聚类图,比较分析国家地方禽种遗传资源基因库保存的7个地方鸡品种（仙居鸡、鹿苑鸡、固始鸡、大骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、萧山鸡）间的遗传分化和亲缘关系。结果表明,7个地方鸡种29个微卫星座位的总群体杂合度、亚群体杂合度的平均值为0.642,0.551;平均遗传分化系数为0.142。7个地方鸡品种间,萧山鸡与鹿苑鸡的基因流动最大,为5.832 7;狼山鸡与固始鸡的基因流动最小,为0.805 3;基于Reyonalds遗传距离运用NJ聚类法获得的7个鸡种间的亲缘关系聚类图较为准确地反映了7个地方鸡种间的遗传分化和亲缘关系。     

平湖浆蜂与苏王1号遗传多样性的微卫星DNA分析

利用6对微卫星DNA标记对平湖浆蜂与苏王1号两个蜜蜂品种进行遗传多样性分析，评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。结果表明：共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数从4~10不等，所有位点平均的期望杂合度和多态信息含量值分别为0.5078和0.4708。平湖浆蜂和苏王1号6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.67和5.17，平均基因杂合度为0.4981和0.5007，群体分化系数为3.7％，2个品种间的Reynolds’遗传距离和Nm分别为0.03770和6.507。2个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

新疆6个地方双峰驼遗传多样性分析

利用11对微卫星引物对新疆阿克苏、和田、伊犁、克孜勒苏柯尔克孜自治州(克州)、阿勒泰、木垒6个地方共167峰双峰驼的遗传多样性、遗传分化、基因流与遗传距离间的关系进行分析,并利用遗传距离构建系统树。结果:所使用的11个微卫星座位均呈现出高度多态性,每个座位上所检测到的等位基因数为3～6个,共检测到50个等位基因,平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为4.545 5和3.567 1个,群体平均杂合度在0.671 5～0.707 8之间,平均多态信息含量在0.609 9～0.655 1之间,因此11个座位均可作为有效的遗传标记用于评估地方双峰驼群体的遗传多样性和系统发生关系;从不同地方资源来看,约有4.36%的变异来自群体间,95.64%的变异存在于群体内个体间的差异;基因流平均值为5.486 9,说明各群体间存在或过去某个时期发生基因交流;各群体间平均遗传距离较小,为0.123 8,平均遗传一致度较高(0.884 0),从而再次证明了群体间遗传分化程度较低;基于Nei氏标准遗传距离构建了聚类关系,其结果与双峰驼起源、育成历史及地理分布情况基本一致。     

新疆13个绵羊群体遗传多样性及遗传分化的研究

利用10个微卫星标记对新疆13个绵羊群体的遗传多样性和遗传分化进行了分析。通过计算多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H）、群体内近交系数（Fis）、遗传分化系数（Fst）、总群体近交系数（Fit）和基因流（Nm）等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：13个绵羊群体10个微卫星标记的平均多态信息含量为0.6803;平均杂合度为0.7192,其中中国美利奴羊平均杂合度最高为0.7530,山区和田羊最低为0.6754;13个绵羊群体总近交系数为0.1066,群体内近交系数为0.0565,群体间基因分化系数为0.0531,说明5.65%的遗传变异来自群体间,94.35%的遗传变异来自群体内个体间的差异;基因流Nm平均值为4.4621（3.0808~7.4589）,说明各种群间存在或者在过去某个时期发生基因交流;各种群间平均遗传距离较低,为0.1702,平均遗传一致度数值较高,为0.8448,也再次证明了新疆13个绵羊群体间分化程度不高。基于Nei′s标准遗传距离运用UPGMA聚类法获得的新疆13个绵羊群体的聚类图与其品种育成史和地理分布基本相一致。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

江苏省野生及家养中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

利用8对微卫星标记对江苏省野生及家养中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析，评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化，结果表明，共检测到31个等位基因，每个位点的等位基因数从1～7不等，平均等位基因数为3.875；所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.4424和0.4054。野生及家养中华蜜蜂群体8个微卫星位点平均有效等位基因数分别为3.83和4.17，平均基因杂合度为0.0778和0.0993，两个群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性。群体分化系数为4.9%（P<0.001），两个群体的Reynolds’遗传距离和Nm值分别为0.05024和4.852。江苏省野生及家养中华蜜蜂群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性水平，且有相互交流的迹象。     

蒙古马4个地方品种SSR遗传多样性的研究

利用个策卫星基因座对蒙古马勒个地方品种的188匹马进行了遗传检测。通过软件计算了各微卫星座位的有效等位基因数（E）、多态信息含量（PIC）、平均杂合度（H），并构建NJ聚类图和UPGMA聚类图。结果：9个微卫星基因座均为高度多态位点；4个群体在个位点上的平均有效等位基因数为5.0570-6.0744，平均PIC为0.7662，4个群体平均杂合度无显著差异，均很高；乌珠穆沁马群体与乌审马群体遗传分化最近，马尔虎马群体与锡尼河马群体遗传分化较远。     

利用微卫星标记分析伊犁鹅的保种效果

为分析某保种场伊犁鹅的保种效果,本研究利用9个微卫星标记对新疆伊犁鹅3个世代（0世代、1世代、2世代）的遗传多样性进行检测。试验以3个世代伊犁鹅血液为样本,使用苯酚-氯仿抽提法提取DNA,随后进行12%聚丙烯酰胺凝胶电泳检测、银染法显色及判型。结果表明,9个微卫星位点在伊犁鹅的3个世代中共检测到78个等位基因,0世代、1世代和2世代均检测到26个等位基因;3个世代的平均期望杂合度（He）分别为0.4322、0.4232和0.4516;平均多态信息含量（PIC）分别为0.3751、0.3707和0.3936,表明伊犁鹅的3个世代均处于中度多态,遗传变异处于中等水平,且3个世代间平均期望杂合度和平均多态信息含量均差异不显著（P>0.05）;3个世代的遗传距离分别为0.0097、0.0184和0.0074。综合来看,伊犁鹅具有较丰富的遗传多样性,且该保种场目前所采用的保种方法较好地保存了伊犁鹅原有的遗传多样性。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

猪的遗传标记和系统地位

从猪品种的体型外貌、染色体带型、血型和蛋白质以及DNA分子水平等几个方面的遗传标记及遗传多样性进行了论述，并对其系统地位作了分析。     

牛遗传资源分子遗传多样性的研究进展

作者对牛遗传多样性的主要研究方法（主要包括线粒体DNA、微卫星DNA多态性、单核苷酸多态性、高通量SNP检测方法及全基因组选择方法）及其在牛分子遗传多样性研究方面的应用进行了介绍。     

分子遗传技术在家畜遗传评定中的应用

基于表型信息和谱系信息估计基因加性效应值的种畜遗传评定方法在家畜遗传改良中发挥了很大作用,但因其无法真正了解控制经济性状的遗传本质,影响了家畜遗传改良的进一步进展。分子标记辅助选择可在一定程度上提高种畜遗传评定准确性,但在目前不能精确定位QTL或基因时,其效率受到很大影响。提高种畜遗传评定准确性的最有效途径应是直接利用控制经济性状的基因,后基因组时代的功能基因组研究的快速发展为实现这一目标提供了契机。同时,多个家畜品种基因组测序完成和大量SNP多态性的发现,使得利用覆盖全基因组多态性标记信息的基因组选择方法为家畜遗传评定开拓了又一条途径。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究。结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst达到极显著水平(P<0.01)。鹅群体内近交系数(Fis)均为负值。各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430)。结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致。     

藏系绵羊群体遗传多样性及遗传结构分析

旨在从分子层面对藏区绵羊群体进行群体关系研究。本试验选取西藏、青海、甘肃、云南和四川5个地区的20个藏系绵羊群体共384个个体进行Affymetrix Ovine 600K芯片扫描分型,基于杂合度和近交系数分析藏系绵羊群体的遗传多样性,并通过PCA、NJ-tree和STRUCTURE分析藏系绵羊的群体聚类情况。结果发现,西藏浪卡子绵羊的观测杂合度最低(0.235 0),近交系数最高(0.279 6);青海山谷型藏羊的观测杂合度最高(0.323 4),近交系数最低(0.009 0)。遗传结构分析结果显示,西藏和云南地区藏系绵羊能够单独聚成一支,而青海、甘肃和四川地区的草地型绵羊混乱聚集在一起。结果表明,西藏和云南地区藏系绵羊的遗传多样性普遍低于青海、甘肃和四川地区的藏系绵羊,且西藏和云南地区的藏系绵羊基本能保持地域特异性,而青海、甘肃和四川地区的草地型绵羊在遗传距离和群体结构中差异不大。     

我国十个鹅品种的遗传结构及遗传分化研究

利用多态性丰富的15个微卫星标记对列入国家级畜禽保护名录的10个鹅品种群体遗传结构、遗传分化及基因流进行研究.结果表明:10个鹅群体总近交系数(Fit)为-0.044,群体内近交系数(Fis)为-0.408,群体间基因分化系数(Fst)为0.257,3个固定指数只有Fst 达到极显著水平(P<0.01).鹅群体内近交系数(Fis)均为负值.各个鹅群体间,豁眼鹅与伊犁鹅的基因流值最小(Nm=0.416),四川白鹅与伊犁鹅间基因流值最大(Nm=1.430).结合基因流和STRUCTURE分析结果,10个地方鹅品种可划分为四类:兴国灰鹅、豁眼鹅和太湖鹅为一类,四川白鹅、狮头鹅和乌鬃鹅为一类,酃县白鹅和皖西白鹅为一类,雁鹅和伊犁鹅为一类,这种聚类结果与各个品种的选育历史和地理分布等一致.     

鸡IGFBP-2基因的遗传多态性及其遗传效应分析

采用PCR-SSCP方法检测京海黄鸡、AA鸡、尤溪麻鸡、边鸡4个鸡品种胰岛素样生长因子结合蛋白2(IGFBP-2)第2内含子部分序列和第3外显子的多态性,并分析其对京海黄鸡生长和繁殖性能的遗传效应。结果表明:在该区域中,共检测到4个等位基因,10种基因型。χ2检验结果表明,除边鸡外其余3个品种群体在该座位均达到Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。关联分析结果显示,除开产蛋重和12周龄体重外,其他生长和繁殖性状在不同基因型间均存在显著差异(P<0.05)。因此,推测IGFBP-2基因对个体的生长和繁殖性能有一定影响,将IGFBP-2基因应用于鸡育种过程中的标记辅助选择可以加快鸡的育种进程。